Embed Size (px)
Citation preview
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN HÀ NỘI
ĐẶNG THỊ THÙY DƢƠNG
XÁC ĐỊNH CĂN NGUYÊN GÂY BỆNH CỦA VI KHUẨN
Clostridium difficile ĐỐI VỚI TIÊU CHẢY LIÊN QUAN ĐẾN
KHÁNG SINH TẠI MỘT SỐ BỆNH VIỆN Ở HÀ NỘI
Chuyên ngành : Vi sinh vật học
Mã số : 62420107
DỰ THẢO TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC
HÀ NỘI – 2017
Công trình này đƣợc hoàn thành tại:
Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội
Ngƣời hƣớng dẫn khoa học:
1. PGS. TS. Bùi Thị Việt Hà
2. TS. Vũ Thị Thu Hƣờng
Phản biện: ……………………………………….
.. .……………………………………
Phản biện: ……………………………………….
………………………………………
Phản biện: ……………………………………….
……………………………………... .
Luận án sẽ đƣợc bảo vệ trƣớc Hội đồng cấp Đại học Quốc gia chấm
luận án tiến sĩ họp tại Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên
vào hồi giờ ngày tháng năm 20
Có thể tìm hiểu luận án tại:
- Thƣ viện Quốc gia Việt Nam,
- Trung tâm thông tin - Thƣ viện, Đại học Quốc gia Hà Nội
1
MỞ ĐẦU
1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
Tiêu chảy sau dùng kháng sinh đƣợc định nghĩa là tình trạng tiêu
chảy xảy ra có liên quan đến việc sử dụng kháng sinh gây phá vỡ sự
cân bằng của hệ vi khuẩn đƣờng ruột hoặc làm phát triển quá mức
các vi khuẩn có hại sinh độc tố. Trong số các tác nhân gây tiêu chảy
sau dùng kháng sinh, Clostridium difficile (C. difficile) là nguyên
nhân nhiễm trùng quan trọng nhất chiếm từ 10-25% các ca tiêu chảy
sau dùng kháng sinh, 90-100% các ca viêm đại tràng giả mạc liên
quan đến kháng sinh.
C. difìcile đã trở thành căn nguyên gây nhiễm trùng phổ biến ở
các nƣớc Châu Âu và Châu Mỹ trong gần hai thập kỉ qua. Theo CDC,
cứ 20 bệnh nhân nằm viện sẽ có 1 bệnh nhân mắc phải nhiễm trùng
liên quan đến chăm sóc y tế và trong khi nhiễm trùng liên quan đến
chăm sóc y tế bởi MRSA đang giảm thì tỉ lệ nhiễm trùng do C.
difficile tiếp tục tăng lên nhanh chóng. Ngoài ra, các nghiên cứu dịch
tễ học phân tử trên thế giới đã chỉ ra rằng có mối liên quan giữa mức
độ nghiêm trọng của bệnh với kiểu gen của vi khuẩn điển hình nhƣ
típ vi khuẩn C. difficile BI/NAP1/027 đƣợc xác định là căn nguyên
gây ra nhiều vụ dịch lớn ở Châu Âu và Bắc Mỹ vào đầu thế kỉ XXI.
Do vậy, việc nghiên cứu các đặc điểm dịch tễ học phân tử của C.
difficile gây bệnh là cần thiết cho điều tra vụ dịch tiêu chảy trong
bệnh viện và phát hiện một típ chủng vi khuẩn có khả năng gây ra các
vụ dịch mới.
Trong khi, nhiều nƣớc nhƣ Anh, Mỹ, Ai-xơ-len có hệ thống giám
sát tiêu chảy bệnh viện nói chung và tiêu chảy do C. difficile nói
riêng ngày càng đƣợc mở rộng và trở thành bắt buộc, nhận thức về
2
căn nguyên gây bệnh này ở Châu Á còn rất hạn chế. Một số ít các
nghiên cứu trong thời gian gần đây đã bƣớc đầu xác định C. difficile
là tác nhân truyền nhiễm mới nổi ở các nƣớc Nhật Bản, Trung quốc,
Singapore, Hàn Quốc và Thái Lan.
Tại Việt Nam, vai trò gây bệnh của vi khuẩn kỵ khí nói chung và
C. difficile chƣa đƣợc quan tâm đúng mức. Một trong những nguyên
nhân của thực trạng này là do thiếu các bằng chứng, cơ sở khoa học
chứng minh vai trò gây bệnh của vi khuẩn này. Trong khi đó, ở nƣớc
ta, kháng sinh thƣờng bị lạm dụng trong bệnh viện và ngoài cộng
đồng. Thêm vào đó, môi trƣờng bệnh viện đông đúc, các biện pháp
phòng chống nhiễm khuẩn thƣờng kém hiệu lực. Các yếu tố này đều
là những yếu tố làm tăng nguy cơ nhiễm trùng do C. difficile. Từ năm
2012, mới có một vài nghiên cứu trong nƣớc báo cáo các ca bệnh
điển hình do C. difficile và bƣớc đầu đã xác định tỉ lệ nhiễm trùng do
C. difficile nhƣng trên lƣợng mẫu nhỏ và chỉ ở một bệnh viện. Do
vậy chƣa phản ánh đƣợc tình hình nhiễm trùng do C. difficile ở một
khu vực. Hơn nữa chƣa có nghiên cứu nào phân tích đặc điểm dịch tễ
học của các chủng C. difficile gây bệnh ở nƣớc ta. Xuất phát từ thực
tế trên, chúng tôi tiến hành đề tài “Xác định căn nguyên gây bệnh
của vi khuẩn Clostridium difficile đối với tiêu chảy liên quan đến
kháng sinh tại một số bệnh viện ở Hà Nội”.
2. MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI
1) Xác định tỷ lệ nhiễm trùng do Clostridium difficile ở những
bệnh nhân tiêu chảy sau dùng kháng sinh
2) Phân tích các đặc điểm dịch tễ học phân tử của vi khuẩn kỵ
khí Clostridium difficile gây bệnh.
3
3. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI
3.1. Ý nghĩa khoa học
- Đây là một trong số ít các nghiên cứu đầu tiên ở Việt Nam xác định
tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile ở những bệnh nhân tiêu chảy sau
dùng kháng sinh. Kết quả này không những góp phần bổ sung thông
tin bị thiếu hụt về tiêu chảy sau dùng kháng sinh mà còn cung cấp
bằng chứng chứng minh vai trò gây bệnh quan trọng của vi khuẩn C.
difficile cũng nhƣ nhóm vi khuẩn kỵ khí gây bệnh nói chung ít đƣợc
quan tâm ở Việt Nam.
- Kết quả về phân loại đặc điểm dịch tễ học phân tử của C. difficile
gây bệnh sẽ là cơ sở khoa học để xác định mối tƣơng quan về kiểu
gen của các chủng vi khuẩn gây bệnh trong một bệnh viện hoặc giữa
các bệnh viện trong khu vực.
3.2. Ý nghĩa thực tiễn
- Tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile ở những bệnh nhân tiêu chảy sau
dùng kháng sinh tại 4 bệnh viến lớn ở Hà Nội là 24,9%. Đây là bằng
chứng thuyết phục cho thấy sự cần thiết phải tiến hành xét nghiệm
phân tìm C. difficile gây bệnh trong các ca bệnh tiêu chảy sau dùng
kháng sinh. Kết quả của các xét nghiệm này sẽ giúp cho các bác sỹ lâm
sàng trong việc xử trí, lựa chọn liệu pháp điều trị thích hợp cho các
bệnh nhân bị tiêu chảy sau dùng kháng sinh, đồng thời giúp kiểm soát
nhiễm khuẩn bệnh viện tốt hơn và giảm gánh nặng cho ngành y tế.
- Kết quả phân loại đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng C.
difficile gây bệnh đã phát hiện đƣợc các típ vi khuẩn gây bệnh phổ biến
tại 4 bệnh viện Hà Nội là trf, 017, cc835, og39 và dự đoán típ có thể
gây ra các vụ dịch là trf. Đây là thông tin quan trọng giúp cho các nhà
dịch tễ học, các nhà quản lý y tế có biện pháp phòng chống khi dịch
bệnh xảy ra.
4
4. PHẠM VI NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI
Đề tài này tiến hành nghiên cứu trên đối tƣợng bệnh nhân có độ
tuổi từ 15 tuổi trở lên, bị tiêu chảy sau khi dùng kháng sinh tại 4 bệnh
viện ở Hà Nội bao gồm bệnh viện Bạch Mai, Nhiệt Đới, Lão Khoa và
bệnh viện Đống Đa. Các kỹ thuật, thí nghiệm đƣợc thực hiện tại
phòng Vi khuẩn Kỵ khí, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng.
Luận án này thực hiện 2 nội dung nghiên cứu chính. Một là xác
định tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile ở những bệnh nhân tiêu chảy sau
dùng kháng sinh bằng hai phƣơng pháp nested PCR và nuôi cấy phân
lập C. difficile sinh độc tố. Trong nội dung này, chúng tôi có tiến
hành đánh giá hiệu năng, xác định giới hạn phát hiện của môi trƣờng
Cycloserine – Cefoxitine – Manitol –Agar (CCMA) trong nuôi cấy
phân lập C. difficile và so sánh hai phƣơng pháp nuôi cấy và nested
PCR. Hai là phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng C.
difficile gây bệnh bằng hai phƣơng pháp phân loại phân tử PCR
ribotyping và giải trình tự gen slpA (slpAST).
5. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN
1) Luận án là công trình nghiên cứu đầu tiên tại Việt Nam phân loại
phân tử các chủng C. difficile gây bệnh tiêu chảy sau dùng kháng
sinh ở quần thể ngƣời lớn, lƣu hành tại bốn bệnh viện ở Hà Nội thành
8 típ ribotype và 10 phân nhóm slpAST. Trong đó các ribotype phổ
biến nhất là trf, 017, cc835 và og39, phân nhóm slpAST phổ biến
nhất là fr-01. Luận án có vai trò nhƣ là bƣớc đi đầu tiên thúc đẩy
hƣớng nghiên cứu tiếp theo về dịch tễ học phân tử của C. difficile
trên các quần thể khác nhau và các vùng miền khác nhau ở nƣớc ta.
2) Kết quả của luận án còn chỉ ra ở Việt Nam xuất hiện hai phân nhóm
slpAST mới so với các phân nhóm đã công bố trên thế giới là fr-23 và
5
fr-24. Trình tự gen slpA của các chủng này đã đƣợc đăng ký trên ngân
hàng Genbank với mã tƣơng ứng là LC176667 và LC189481. Kết quả
này có ý nghĩa hết sức quan trọng trong việc điều tra nguồn gốc của các
chủng gây bệnh lƣu hành giữa các vùng miền trong một nƣớc, giữa các
nƣớc trong một khu vực và trên toàn thế giới.
6. BỐ CỤC CỦA LUẬN ÁN
Luận án bao gồm 149 trang trong đó có 4 trang mở đầu, 33 trang
tổng quan, 19 trang vật liệu và phƣơng pháp nghiên cứu, 60 trang kết
quả và bàn luận.
CHƢƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH
1.1.1. Định nghĩa
1.1.2. Các tác nhân gây tiêu chảy sau dùng kháng sinh
1.2. VI KHUẨN Clostridium difficile
1.2.1. Đặc điểm sinh học
1.2.2. Độc tố của C. difficile
1.2.2.1. Độc tố TcdA và TcdB
Hai độc tố A và B là hai dấu ấn đầu tiên cho chẩn đoán nhiễm
trùng do C. difficile. Các chủng mang một trong hai độc tố hoặc cả
hai độc tố có khả năng gây bệnh (A+B
+, A
-B
+, A
+B
-), các chủng
không sản xuất độc tố (A-B
-) không có khả năng gây bệnh. Trong đó,
dòng A+B
+ và A
-B
+ là hai dòng gây bệnh phổ biến.
1.2.3. Cơ chế gây bệnh
C. difficile gây bệnh nhờ các độc tố chính TcdA và TcdB. Các độc
tố này có khả năng gây độc và gây bệnh lý tế bào.
1.2.4. Các bệnh do C. difficile gây ra
6
1.2.5. Các yếu tố nguy cơ nhiễm trùng do C. difficile
1.3. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƢỚC
1.3.1. Trên thế giới
1.3.1.1. Tình hình nhiễm trùng do C. difficile
1.3.1.2. Dịch tễ học phân tử các chủng C. difficile gây bệnh
1.3.2. Trong nƣớc
Trong vài năm gần đây, một số nghiên cứu trong nƣớc đã đƣa ra
đƣợc quy trình xét nghiệm 2 bƣớc cho chẩn đoán nhiễm trùng do C.
difficile, báo cáo các ca bệnh điển hình, tỉ lệ nhiễm trùng do C.
difficile trên số lƣợng mẫu nhỏ và tại một bệnh viện.
1.4. CÁC PHƢƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN NHIỄM TRÙNG DO
Clostridium difficile
1.4.1. Phƣơng pháp nuôi cấy phân lập C. difficile sinh độc tố
Phƣơng pháp này gồm 2 bƣớc: nuôi cấy phân lập C. difficile từ
phân sau đó xác định chủng vi khuẩn C. difficile sinh độc tố
1.4.2. Phƣơng pháp khuếch đại gen phát hiện gen sinh độc tố trực
tiếp từ mẫu phân
Các kỹ thuật thƣờng dùng là nested PCR, multiplex PCR, real time
PCR để phát hiện các gen sinh độc tố A và hoặc B của C. difficile
1.4.3. Các phƣơng pháp khác
1.4.3.1. Kỹ thuật trung hòa độc tố tế bào
1.4.3.2. Kỹ thuật miễn dịch hấp phụ enzym
1.5. CÁC PHƢƠNG PHÁP PHÂN LOẠI PHÂN TỬ VI KHUẨN
Clostridium difficile GÂY BỆNH
1.5.1. Phƣơng pháp phân loại phẩn tử PCR ribotyping
Phƣơng pháp này phân loại các chủng C. difficile dựa trên sự sai khác
số lƣợng và chiều dài các bản sao vùng ITS giữa rADN 16S và 23S.
7
1.5.2. Phƣơng pháp phân loại phân tử giải trình tự gen slpA
Phƣơng pháp này phân loại các chủng C. difficile dựa trên sự sai
khác về trình tự nucleotide trên gen này
1.5.3. Các phƣơng pháp khác
CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU
2.1.1. Định nghĩa ca bệnh
- Bệnh nhân đƣợc xác định là tiêu chảy sau dùng kháng sinh do C.
difficile khi có đầy đủ các bằng chứng về lâm sàng và xét nghiệm
nhƣ sau: có tiền sử sử dụng kháng sinh trong vòng 4 tuần, đang có
tiêu chảy phân lỏng hoặc nƣớc, kết quả xét nghiệm mẫu phân dƣơng
tính với gen sinh độc tố.
2.1.2. Cỡ mẫu, thời gian và địa điểm nghiên cứu
- Cỡ mẫu tối thiểu: 322 mẫu. Tiến hành thu thập mẫu phân và thu
thập thông tin của bệnh nhân từ tháng 1/ 2013 đến tháng 12/ 2015 tại
4 bệnh viện: Bạch Mai, Nhiệt Đới, Lão Khoa, Đống Đa.
2.2. THIẾT KẾ NGHIÊN CỨU: mô tả cắt ngang
2.3. CÁC BIẾN SỐ NGHIÊN CỨU
2.4. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU
2.4.1. Chủng vi khuẩn
- Các chủng vi khuẩn đƣợc mua từ công ty Microbiologics,
Minnesota, Mỹ. Các bào tử C. difficile tinh khiết đƣợc tạo ra tại
phòng Vi khuẩn kỵ khí, viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng.
2.4.2. Sinh phẩm
Các cặp mồi cho phản ứng PCR đa mồi, nested PCR, PCR
ribotyping, giải trình tự gen, bộ kit tách chiết DNA QIAgen Stool
8
minikit, sinh phẩm tách chiết DNA của QIAgen DNA minikit, kit
tinh sạch sản phẩm PCR của QIAgen.
2.4.3. Môi trƣờng nuôi cấy: Môi trƣờng CCMA, GAM – HT, TSA
2.5. NỘI DUNG VÀ CÁC KỸ THUẬT SỬ DỤNG
2.5.1. Đánh giá hiệu năng và xác định giới hạn phát hiện của môi
trƣờng CCMA
2.5.2. Nuôi cấy phân lập C. difficile sinh độc tố
2.5.2.1. Nuôi cấy phân lập C. difficile từ mẫu phân
2.5.2. 2. Xác định chủng vi khuẩn C. difficile và phân loại độc tố
2.5.3. Kỹ thuật nested PCR
2.5.4. Kỹ thuật PCR ribotyping
2.5.5. Kỹ thuật giải trình tự gen slpA
CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN
3.1. HIỆU NĂNG VÀ GIỚI HẠN PHÁT HIỆN CỦA MÔI
TRƢỜNG CCMA
3.1.1. Tính năng suất
Năng suất của môi trƣờng CCMA so với GAM- HT là PR = 0,97.
Kết quả này chứng tỏ môi trƣờng CCMA có năng suất rất cao.
3.1.2. Tính chọn lọc
Hệ số chọn lọc của môi trƣờng CCMA là SF > 2. Môi trƣờng
CCMA có tính ức chế toàn phần với 21 chủng vi khuẩn thuộc các
nhóm vi khuẩn kỵ khí và hiếu kỵ khí tùy tiện, đặc biệt ngay cả với C.
sordellii là loài có độ tƣơng đồng cao nhất về hệ gen với C. difficile.
Các kết quả này cho thấy môi trƣờng CCMA rất thích hợp để khôi
phục C. difficile từ mẫu bệnh phẩm phân.
9
3.1.3. Giới hạn phát hiện của môi trƣờng CCMA
Ở nồng độ 103
bào tử/1g phân, 100% (18/18) mẫu đều phát hiện
đƣợc C. difficle, nồng độ 102
bào tử/1g phân có 94,4% (17/18) mẫu
phát hiện đƣợc C. difficile, nồng độ 101
bào tử/1g phân chỉ có 53,7%
(29/54) mẫu phát hiện đƣợc C. difficile. Do đó, giới hạn phát hiện của
môi trƣờng CCMA ở mức LOD90 là 102 bào tử/1g phân, ở mức LOD50
là 101
bào tử/1g phân. Nhƣ vậy, có thể nói giới hạn phát hiện của môi
trƣờng CCMA từ 101 đến 10
2 bào tử/1g phân.
3.2. SO SÁNH HAI PHƢƠNG PHÁP NUÔI CẤY C. difficile SINH
ĐỘC TỐ VÀ NESTED PCR
3.2.1. Kết quả phân tích mẫu phân bằng hai phƣơng pháp
Nghiên cứu đã tiến hành thu thập đƣợc tổng số 382 mẫu phân, có
95 mẫu (24,9%) cho kết quả dƣơng tính với ít nhất một trong hai
phƣơng pháp. Phƣơng pháp nested PCR phát hiện đƣợc 85/382 mẫu,
trong đó 28 mẫu chỉ phát hiện đƣợc bằng nested PCR. Phƣơng pháp
nuôi cấy phát hiện đƣợc 67/382 mẫu, trong đó 10 mẫu chỉ phát hiện
đƣợc bằng nuôi cấy. Có 57/382 mẫu cho kết quả dƣơng tính và
287/382 mẫu cho kết quả âm tính với cả hai phƣơng pháp. Tỉ lệ đồng
thuận giữa hai phƣơng pháp đạt 90,1%, chỉ số Kappa bằng 0,69 (p
<0,001) thể hiện mức độ đồng thuận cao giữa hai phƣơng pháp này.
3.2.2. So sánh khả năng chẩn đoán và khả năng áp dụng của 2
phƣơng pháp
Kết quả ở Bảng 3.6 cho thấy nested PCR là phƣơng pháp tin cậy
có độ nhạy và độ đặc hiệu cao, nhanh, đơn giản, ít tốn kém và phù
hợp với hầu hết các phòng xét nghiệm ở nƣớc ta.
10
Bảng 3.6. So sánh khả năng chẩn đoán và tính khả thi của 2
phƣơng pháp Phƣơng pháp
Tiêu chí
Nested PCR Nuôi cấy
Độ nhạy (%) 85,1 67,1
Độ đặc hiệu (%) 91,1 96,6
Giá trị dự đoán dƣơng tính (%) 67,1 85,1
Giá trị dự đoán âm tính (%) 96,6 91,1
Tỉ lệ dƣơng tính giả (%) 8,9 3,4
Tỉ lệ âm tính giả (%) 14,9 32,9
Thời gian 8 giờ 72 giờ
Thao tác Đơn giản
hơn Phức tạp hơn
Yêu cầu về mẫu Có thể bảo quản ở 4
0C hoặc -20
0C
đến khi phân tích
Yêu cầu thiết bị
Máy PCR,
điện di, soi
gel
Thiết bị tạo điều kiện
ủ kỵ khí, máy PCR,
điện di, soi gel
Giá thành/ 1 mẫu (đồng) 400.000 500.000
3.3. TỈ LỆ NHIỄM TRÙNG DO Clostridium diffcile Ở NHỮNG
BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH
3.3.1. Tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile (CDI)
Nghiên cứu đã xác định đƣợc tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile năm
2013 là 24,8%, năm 2014 là 23,4%, năm 2015 là 27,3%, không có
khác biệt có ý nghĩa thống kê về tỉ lệ CDI giữa các năm này, p =
0,761. Tỉ lệ CDI trên cả quần thể nghiên cứu trong 3 năm là 24,9%
(95/382). Số ca tử vong trong quần thể nghiên cứu là 28/ 382 (7,3%),
trong đó 7 ca (1,4%) có mặt của C. difficile sinh độc tố trong phân.
Kết quả này cung cấp bằng chứng chứng minh vai trò gây bệnh
quan trọng của vi khuẩn kỵ khí C. difficile trong bệnh lý tiêu chảy sau
dùng kháng sinh, thu hút sự quan tâm của các bác sĩ lâm sàng cũng
nhƣ cơ quan quản lý y tế và nhận thức của xã hội. Ngoài ra, các nghiên
cứu trên thế giới đã chỉ ra rằng rất khó để phân biệt các ca tiêu chảy do
11
C. difficile và không phải do C. difficile bằng các triệu chứng lâm sàng.
Do vậy, đòi hỏi sự cần thiết phải tiến hành thƣờng quy xét nghiệm phát
hiện C. difficile gây bệnh trong các ca tiêu chảy sau dùng kháng sinh
tại các bệnh viện ở nƣớc ta. Kết quả của xét nghiệm này sẽ giúp các
bác sĩ lâm sàng chẩn đoán chính xác hơn các ca bệnh tiêu chảy sau
dùng kháng sinh nói chung và tiêu chảy do C. difficile nói riêng.
3.3.2. Tỉ lệ CDI theo kiểu độc tố
Tỉ lệ nhiễm trùng do dòng vi khuẩn C. difficile mang kiểu độc tố
A+B+ là 8,1% (31/382), dòng vi khuẩn C. difficile A-B+ là 10,2%
(39/382) các ca tiêu chảy sau dùng kháng sinh. Nhƣ vậy dòng vi
khuẩn C. difficile A-B+ là dòng gây bệnh phổ biến tại 4 bệnh viện
lớn ở Hà Nội ta trong các năm 2013 đến 2015.
3.3.3. TỈ LỆ CDI THEO CÁC ĐẶC ĐIỂM VỀ NHÂN KHẨU HỌC
Bảng 3. 10. Tỉ lệ CDI theo các đặc điểm về nhân khẩu học
Đặc điểm
Tất cả bệnh nhân (n = 382)
Các ca CDI (n = 95)
n % n %
Giới tính Nữ 241 63,1 42 29,8
Nam 141 36,9 53 21,9
Tuổi
15 – 24 22 5,76 5 22,7
25 -34 39 10,2 11 28,2 35 -44 42 11 9 21,4 45-54 59 15,5 12 20,3 55-64 87 22,8 19 21,8 65-74 66 17,3 21 31,8 75 -84 54 14,1 12 22,2
>=85 13 3,4 6 46,2
Nơi ở Hà Nội 166 43,5 47 28,3
Tỉnh khác 211 55,2 48 22,8
12
Bảng 3.11. Mối liên quan giữa đặc điểm nhân khẩu học và CDI
Đặc điểm Các ca CDI
ORa
P 95% CI n %
Giới tính
Nữ 42 29,8 1,505 0,089 0,936 – 2,419
Nhóm tuổi
>= 85 6 46,2 2,69 0,071 0,878– 8,286
>= 75 18 26,9 1,1 0,677 0,624 – 2,067
>= 65 39 29,3 1,43 0,142 0,885 - 2,319
>= 55 58 26,4 1,21 0,432 0,752– 1,945
>= 45 70 25,1 1,05 0,869 0,617 – 1,768
>= 35 79 24,6 0,92 0,788 0,491 – 1,715
>= 25 90 25,0 1,13 0,811 0,406 – 3,164
Nơi ở
Hà Nội 47 28,3 1,34 0,22 0,839 – 2,142
Chú thích: tỉ suất chênh OR đƣợc tính so với nhóm bệnh nhân còn lại theo từng đặc
điểm, theo phân tích đơn biến, 95%CI: khoảng tin cậy 95%, p đƣợc tính theo test
thống kê 2 hoặc Fisher exact.
3.3.3.1. Tỉ lệ CDI theo giới tính
Tỉ lệ CDI trong nhóm nữ giới cao hơn 7,9% so với nhóm nam giới
(29,8% so với 21,9%, p = 0,089) (Bảng 3.10). Tỉ lệ CDI ở nữ giới
luôn cao hơn so với nam giới từ 4,6% – 15,2% qua các năm. Tại mỗi
bệnh viện, tỉ lệ CDI trong nhóm nữ giới cao hơn so với nam giới từ
2,8% đến 11,5%. Kết quả phân tích mối liên quan giữa đặc điểm giới
tính và CDI cho thấy nhóm nữ giới có nguy cơ CDI cao hơn 1,5 lần
(95% CI: 0,936 – 2,419) so với nam giới (Bảng 3.11).
3.3.3.2. Tỉ lệ CDI theo tuổi
Độ tuổi trung trung bình của quần thể nghiên cứu là 55,9 tuổi (15
– 93 tuổi). Tỉ lệ CDI cao nhất ở nhóm tuổi trên 85 tuổi 46,1%, tiếp
đến là nhóm tuổi 65-74 tuổi 31,8% và thấp nhất ở nhóm tuổi 44 – 55
tuổi 20,3% (Bảng 3.10). Kết quả phân tích mối liên quan cho thấy
nhóm tuổi trên 65 tuổi có nguy cơ CDI cao hơn 1,42 lần (95% CI
13
0,885– 2,319) so với nhóm tuổi dƣới 65 tuổi. Lịch sử đã chỉ ra rằng
tuổi cao là yếu tố nguy cơ cho CDI. Tỉ lệ CDI cao ở những ngƣời
trên 65 tuổi cũng đƣợc lặp lại trong nghiên cứu của chúng tôi. Kết
quả này cung cấp thông tin cho các bác sĩ lâm sàng trong việc xác
định nhóm tuổi cần thiết để tiến hành xét nghiệm chẩn đoán căn
nguyên trong các ca bệnh tiêu chảy sau dùng kháng sinh và viêm đại
tràng giả mạc.
3.3.3.3. Tỉ lệ CDI theo nơi ở
Kết quả ở Bảng 3.10 cho thấy tỉ lệ CDI trong nhóm bệnh nhân ở Hà
Nội cao hơn 5,6% so với nhóm bệnh nhân ở tỉnh lẻ (28,3% so với
22,7%, p= 0,242).
3.3.4. Tỉ lệ CDI theo tiền sử sử dụng kháng sinh
Bảng 3. 14. Tỉ lệ CDI theo tiền sử sử dụng kháng sinh
Đặc điểm
Tất cả
bệnh nhân
(n=382)b
Các ca
CDI
(n = 95) OR
a P 95% CI
n % n %
Từng
loại
kháng
sinh
Carbape-
nem 159 46,2 37 23,3 0,875 0,604 0,527–1,451
Cephalo-
sporin 145 42,2 37 25,5 1,15 0,59 0,696–1,897
Quinolo-
ne 136 39,5 34 25,0 1,076 0,775 0,648–1,786
Macrolid
và
linezoline
88 25,6 24 27,3 1,274 0,398 0,726–2,234
Metronid-
azole 53 15,4 5 9,4 0,283 0,0064
* 0,107–0,746
*
Vancomy
-cin 45 13,1 10 22,2 0,885 0,749 0,417–1,876
Penicillin 43 12,5 12 27,9 1,249 0,544 0,608–2,562
Ureidope-
nicilin 38
11,0
4 10 26,3 1,135 0,747 0,525–2,451
14
Aminogly
-coside 31 9,01 11 35,5 1,84 0,122 0,839–4,037
Clindamy
-cin 8 2,3 3 37,5 1,92 0,372 0,447–8,243
Kết
hợp
kháng
sinh
1 loại 101 29,4 22 21,8 - - -
2 loại 138 40,1 33 23,9 0,98 0,939 0,592–1,625
≥ 3 loại 105 30,5 28 26,7 1,217 0,466 0,717–2,063
Chú thích: a: tỉ suất chênh OR đƣợc tính so với nhóm bệnh nhân thuộc nhóm còn lại
theo từng đặc điểm, theo phân tích đơn biến; b: Trong tổng số 382 bệnh nhân có 38
bệnh nhân không rõ loại kháng sinh sử dụng; P: đƣợc tính theo test thống kê 2 hoặc
Fisher exact; *: Có ý nghĩa thống kê khi p <0,05 hoặc 95% CI không chứa 1.
3.3.4.1. Tỉ lệ CDI theo từng loại kháng sinh sử dụng trước tiêu chảy
Kết quả ở Bảng 3.14 cho thấy, tỉ lệ CDI cao nhất ở nhóm bệnh nhân
sử dụng clindamycin 37,5%, tiếp đến là aminoglycoside 35,5%,
penicillin 27,9%, macrolid và linezolide 27,3%. Nhóm bệnh nhân sử
dụng metronidazol có tỉ lệ CDI thấp nhất 9,4%. Các kháng sinh có
nguy cơ cao cho CDI theo thứ tự tăng dần là quinolone, cephalosporin,
ureidopenicillin, macrolid và linezolid, penicillin, aminoglycosid,
clindamycin (có OR>1). Các kháng sinh cho thấy có tác dụng giảm
nguy cơ cho CDI là metronidazole, vancomycin và carbapenem (có
OR<1). Tuy nhiên chỉ tìm thấy duy nhất một mối liên quan có ý nghĩa
thống kê giữa việc sử dụng kháng sinh metronidazole và CDI với OR
= 0,283, p= 0,0064, 95%CI: 0,107 – 0,746.
3.3.4.2. Tỉ lệ CDI theo số lượng kháng sinh sử dụng kết hợp
Kết quả ở Bảng 3.14 cho thấy, tỉ lệ CDI trong nhóm bệnh nhân sử
dụng kết hợp kháng sinh cao hơn so với nhóm bệnh nhân sử dụng 1
loại kháng sinh, cao nhất ở nhóm sử dụng kết hợp từ 3 loại trở lên
26,7%, 2 loại là 23,9% và thấp nhất ở nhóm chỉ sử dụng một loại
kháng sinh 21,8%. Nhóm bệnh nhân sử dụng từ 3 loại kháng sinh trở
lên có nguy cơ nhiễm trùng do C. difficile cao hơn 1,217 lần (p=
0,466,) so với nhóm bệnh nhân sử dụng một loại kháng sinh.
Tỉ lệ
%
15
3.3.5. Tỉ lệ CDI theo tiền sử bệnh lý kèm theo
Bảng 3. 15. Tỉ lệ CDI theo tiền sử bệnh lý kèm theo
Đặc điểm
Tất cả
bệnh nhân
(n=382)
Các ca
CDI
(n = 95)
OR a P 95% CI
Số
ca %
Số
ca %
Khỏe mạnh 134 35,8 29 21,6 - - -
Mắc bệnh
mạn tính 233 61 62 26,6 1,31 0,289 0,792 – 2,175
Tiểu đƣờng 58 24,3 15 25,9 0,967 0,921 0,492 – 1,899
HIV 4 1,67 1 25,0 0,93 0,95 0,095 – 9,153
Ung thƣ 12 5,02 3 25,0 0,928 0,913 0,242 – 3,552
Bệnh lý về
gan 40 16,7 7 17,5 0,542 0,164 0,225 – 1,303
Tim mạch 88 36,8 28 31,8 1,547 0,145 0,857 – 2,791
Phổi mạn
tính 25 10,5 11 44,0 2,45
0,035
*
1,037 –
5,779*
Bệnh lý về
thận 32 13,4 11 34,4 1,56 0,269 0,703 – 3,468
Chú thích:a: tỉ suất chênh OR đƣợc tính so với nhóm bệnh nhân nhóm còn lại theo
từng đặc điểm, theo phân tích đơn biến; b: Trong tổng số 382 bệnh nhân có 38 bệnh
nhân không rõ loại kháng sinh sử dụng; P: đƣợc tính theo test thống kê 2 hoặc
Fisher exact; *: Có ý nghĩa thống kê khi p <0,05 hoặc 95% CI không chứa 1
Tỉ lệ CDI trong nhóm bệnh nhân mắc bệnh mạn tính cao hơn
nhóm khỏe mạnh (26,6% so với 21,6%). Tỉ lệ CDI cao nhất ở nhóm
phổi mạn tính 44% tiếp đến là bệnh lý về thận 34,4%, tim mạch
31,8%. Chỉ tìm thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê ở nhóm bệnh
nhân phổi mạn tính, làm tăng nguy cơ CDI với OR = 2,45; p =0,035;
95%CI: 1,037 – 5,779. Điều này có thể do những bệnh nhân mắc
bệnh phổi mạn tính đều có độ tuổi cao (trung bình là 68,8 tuổi so với
cả quẩn thể là 55,9 tuổi). Ngoài ra những bệnh nhân phổi mạn tính
thƣờng xuyên phải sử dụng kháng sinh. Nhƣ vậy, cả hai yếu tố tuổi
cao và sử dụng kháng sinh đều làm tăng nguy cơ CDI.
16
3.3.6. Tỉ lệ CDI theo khoa và bệnh viện
Bảng 3.16. Tỉ lệ CDI theo khoa và bệnh viện
Đặc điểm
Tất cả bệnh
nhân
(n=382)b
Các ca CDI
(n = 95)
Số ca % Số ca %
Bệnh
viện
Bạch Mai 257 67,3 69 26,9
Nhiệt Đới 61 15,9 12 19,7
Lão Khao 13 3,4 3 23,1
Đống Đa 51 13,4 11 21,6
Khoa
Hồi sức tích cực 173 45,3 39 22,5
Truyền nhiễm 150 39,3 36 24,0
Khoa khác 59 15,5 20 33,9
Tỉ lệ CDI cao nhất ở bệnh viện Bạch Mai 26,9% và khoa truyền
nhiễm 24%, thấp nhất ở bệnh viện Nhiệt Đới 19,7% và khoa hồi sức
tích cực 22,5%. Kết quả nghiên cứu cho thấy không có sự khác biệt
có ý nghĩa thống kê về tỉ lệ CDI giữa 4 bệnh viện (p =0,67), giữa các
khoa (p=0,21).
3.4. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TÊ HỌC PHÂN TỬ CỦA CÁC CHỦNG
Clostridium difficile GÂY BỆNH
3.4.1. Đặc điểm dịch tễ học phân tử C. difficile gây bệnh theo kết
quả phân loại PCR ribotyping
3.4.1.1. Kết quả phân loại
Nghiên cứu này phân lập đƣợc 67 chủng C. difficile có gen sinh
độc tố, nhƣng có 2 chủng bị chết trong quá trình cấy truyền. Do vậy
chỉ còn 65 chủng dùng cho phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử.
65 chủng này đƣợc phân loại thành 8 típ ribotype khác nhau là trf,
017, cc835, og39, 001, cr, 014, và okz; số băng của mỗi típ dao động
từ 4 đến 10 băng (Hình 3.6). Các chủng thuộc ribotype trf và 017 có
kiểu độc tố A-B+, các ribotype còn lại có kiểu độc tố A+B+.
17
Hình 3. 6. Kết quả điện di sản phẩm PCR ribotyping Giếng a: ribotype okz có 10 băng; các giếng b, c, e, i, j: ribotype og39 có 8
băng; các giếng d, g, h, k, l, m: ribotype cc835 có 8 băng; các giếng f, 1: ribotype
001 có 8 băng; giếng 2: ribotype cr có 7 băng; giếng 3: ribotype 014 có 7 băng; giếng
4, 5: ribotype 017 có 6 băng; giếng 6, 7: ribotype trf có 4 băng.
3.4.1.2. Sự phân bố của các ribotype
Cả quần thể nghiên cứu: Trong 8 ribotype lƣu hành tại 4
bệnh viện, các ribotype phổ biến là trf, 017, cc835, og39, 4 ribotype
còn lại là các ribotype ít phổ biến: 001, cr, 014, và okz (Hình 3.7).
Hình 3. 7. Tỉ lệ các ribotype trong quần thể nghiên cứu
Bệnh viện: Trong 4 bệnh viện, bệnh viện Bạch Mai có số
lƣợng bệnh nhân lớn nhất và cũng có số lƣợng các ribotype lƣu hành
đa dạng nhất (7/8 típ), các bệnh viện còn lại chỉ có 3/8 loại ribotype.
Năm: Nhìn chung từ năm 2013 đến 2015 không có thay đổi
lớn tấn suất xuất hiện các ribotye qua các năm (Hình 3.9), ngoại trừ
ribotype trf. Năm 2013, ribotype này chỉ xuất hiện 1/18 ca (5,6%),
nhƣng đã tăng lên đáng kể 11/28 ca trong năm 2014 và 7/19 năm
18
2015. Điều này chứng tỏ có xu hƣớng nổi lên của một típ gây bệnh
và típ này có thể gây ra các vụ dịch tại các bệnh viện.
Hình 3. 9. Sự lƣu hành của các ribotype qua các năm
Phân bố của hai ribotype trf và 017
Nghiên cứu này nhận thấy hai ribotype phổ biến nhất trf và 017 có
sự phân bố khác nhau theo tuổi và kháng sinh sử dụng trƣớc tiêu
chảy. Mặc dù với giá trị P ở ngƣỡng của giá trị phân biệt mức ý nghĩa
thống kê (P = 0,05) nhƣng dễ dàng nhận thấy rằng ribotype trf có xu
hƣớng phổ biến ở những ngƣời già trên 65 tuổi, trong khi đó ribotype
017 lại phổ biến ở lớp tuổi dƣới 65. Sự phân bố của các típ ribotype
khác nhau theo độ tuổi cũng đƣợc ghi nhận trong nghiên cứu của
Fawley và cộng sự. Fawley nhận thấy ribotype 078 phổ biến hơn ở
lớp tuổi trên 65 tuổi so với độ tuổi dƣới 65 tuổi (8,7 % so với 3,4%, p
= 0,019). Cheng và cộng sự cũng nhận thấy các chủng C. difficile
ribotype 002 gây bệnh phổ biến ở Hong Kong có tần suất xuất hiện
cao hơn ở những bệnh nhân lớn tuổi (p = 0,01). Có đến 11/19 chủng
thuộc ribotype trf phân lập đƣợc từ các bệnh nhân có tiển sử sử dụng
kháng sinh cabarpenem, trong khi đó chỉ có 2 chủng thuộc ribotype
017. Sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê với p = 0,004. Cheng và
cộng sự cũng nhận thấy các chủng C. difficile ribotype 002 gây bệnh
phổ biến ở những bệnh nhân có tiền sử sử dụng kháng sinh nhóm -
Năm
Số lƣợng
chủng
phân lâp
đƣợc
19
lactam bao gồm penicillin, cephalosporin và carbapenem (p =0,04)
trong vòng 4 tuần trƣớc khi có triệu chứng tiêu chảy.
3.4.2. Đặc điểm dịch tễ học phân tử C. difficile gây bệnh theo kết
quả phân loại slpAST
Kết quả giải trình tự gen slpA của 65 chủng C. difficile sinh độc tố
đƣợc tìm kiếm trình tự tƣơng đồng trên ngân hàng GenBank và so
sánh với chủng tham chiếu, 65 chủng đƣợc phân loại thành 7 nhóm
và 10 phân nhóm slpAST. Trong đó, phân nhóm phổ biến nhất là fr-
01, tiếp đến là phân nhóm kr-03.1 và og39-01, các phân nhóm còn lại
ít phổ biến là fr-23, fr-24, cr-01, hr-02, gr-01, gr-02, t25-01.
Đặc biệt, xuất hiện hai phân nhóm mới so với các phân nhóm đã
công bố trên thế giới là fr-23 và fr-24. Trình tự gen slpA của hai
chủng thuộc 2 phân nhóm này đã đƣợc đăng ký trên ngân hàng
Genbank với mã số tƣơng ứng là LC176667 và LC189481. Mặc dù
hai phân nhóm này không phải là phân nhóm gây bệnh phổ biến ở 4
bệnh viện nhƣng phát hiện mới này có ý nghĩa hết sức quan trọng
trong việc xác định nguồn gốc của các típ gây bệnh trong một nƣớc,
giữa các nƣớc trong một khu vực và trên toàn thế giới.
3.4.3. Đặc điểm dịch tễ các chủng C. difficile lƣu hành tại 4 bệnh
viện ở Hà Nội và một số nƣớc trên thế giới
3.4.3.1. Mối quan hệ di truyền giữa các chủng C. difficile trong
nghiên cứu và một số nước trên thế giới
Mối quan hệ di truyền gen slpA giữa các chủng thuộc cùng
ribotype hoặc cùng nhóm slpAST lƣu hành tại 4 bệnh viện Hà Nội và
các chủng lƣu hành tại các nƣớc Châu Á và Châu Âu đƣợc thể hiện
qua cây gia hệ gen slpA (Hình 3. 12).
Nhánh 1:
20
- Các chủng thuộc phân nhóm fr-01, fr-23, ribotype trf nằm cùng
nhánh với các chủng thuộc ribotype trf, phân nhóm fr của các nƣớc
Trung Quốc, Nhật Bản. Trình tự gen slpA của các chủng thuộc nhánh
này chỉ khác nhau từ 1 đến 2 nucleotide và từ 1 đến 2 acid amin. Ở
Trung Quốc, Wang và cộng sự xác định phân nhóm fr-01 là phân
nhóm gây bệnh phổ biến tại một bệnh viện trẻ em. Một số nghiên cứu
ở Nhật Bản cũng chỉ rằng các chủng thuộc phân nhóm fr-01/ ribotype
trf là típ gây bệnh phổ biến sau riotype smz. Trong khi đó, kết quả
nghiên cứu của Killgore và cộng sự cho thấy không có chủng nào
thuộc nhóm fr trong số 42 chủng C. difficile phân lập đƣợc từ 4 quốc
gia Bắc Mỹ và châu Âu. Nghiên cứu của chúng tôi chỉ ra rằng phân
nhóm fr-01 và ribotype trf là típ gây bệnh phổ biến tại 4 bệnh viện ở
Hà Nội. Điều này phản ánh hiện tƣợng giao thoa, di nhập các chủng
vi khuẩn giữa các nƣớc láng giềng.
- Các chủng thuộc phân nhóm fr-01, fr-24, ribotype 017 nằm cùng
nhánh với các chủng thuộc ribo 017 của các nƣớc Trung Quốc, Nhật,
Ireland, UK và Bỉ. Trình tự gen slpA của các chủng thuộc nhánh này
chỉ khác nhau từ 1 đến 2 nucleotide và từ 1 đến 2 acid amin. Đặc biệt
các chủng thuộc phân nhóm fr-01/ ribotype 017 có trình tự gen slpA
giống hoàn toàn với chủng của UK, Bỉ và Ireland. Điều đó chứng tỏ
phân nhóm fr-01/ ribotype 017 đã từng lƣu hành ở các nƣớc này. Tuy
nhiên, Colins và cộng sự đã tổng hợp các nghiên cứu ở Châu Á và
ghi nhận rằng ribotype 017 có nguồn gốc từ Châu Á, đặc biệt phổ
biến ở Hàn Quốc và Trung Quốc.
Nhƣ vậy có thể thấy rằng, hai ribotype trf và 017 gây bệnh phổ
biến ở 4 bệnh viện Hà Nội cũng là các ribotype đã từng gây ra các vụ
dịch ở các quốc gia khác. Do vậy đây là kết quả đáng lƣu ý cho các
21
nhà quản lý y tế và các nhà dịch tễ học về khả năng gây dịch của các
ribotype này. Trung Quoc ECUST3290/JX994275. fr-sh1
Trung Quoc ECUST3601/ JX994276. fr-sh2
Trung Quoc ECUST5253/ JX994277. fr-sh3
Trung Quoc ECUST4185/ JX994278. fr-sh4
Bi ATCC 43598/ AF448125. ribo 017
Nhat Ban GAI95600/ AF448126.1. ribo 017
Hanoi- Vietnam 312 . fr-01/ribo trf
Nhat Ban.JND12-02/AB704921. fr-07/Ribo trf
Ireland R13702/DQ060640. Ribo 017
UK.R7404/ AJ300677. ribo 017
Nhat Ban DJNS10-014/ AB819625. fr-12. ribo trf
2014-Hanoi-CDF-1361/LC176667. fr-23/ Ribo trf
Nhat Ban JND11-072/AB704917. fr-09/Ribo trf
2015-Hanoi-CDF-1550/LC189481. fr-24/ Ribo 017
Hanoi -Vietnam 1536. kr-03.1/ ribo cc835
Nhat Ban JND 09-052/ AB518669. kr-04/ Ribo nc952
Nhat Ban ATCC 43602/ LC017890. kr-01/ Ribo kr
Nhat Ban Y32/ AB258981. kr-03/ Ribo y32
Ireland R12865/ DQ060642. ribo 94
Nhat Ban DJNS 04-029/ AB258979. cr-02/ Ribo km 0429
Nhat Ban G9376/ AB258980. cr-03/ Ribo 019
Hanoi - Vietnam 1432. cr-01/ Ribo cr
Bi ATCC 43596/ AF448123.1. ribo 012
Y C253/ AJ291709.1. Ribo 012
Irleland. R13550/DQ060634.1. ribo 012
Ireland HPA R12883/ DQ060636.1. Ribo 046
Nhat Ban J9903/ AB231583. hr-01/ Ribo 014
Y 1064/ HF569017. ribo 014
Hanoi -Vietnam 1269. hr-02/ Ribo 014
Ireland R12885/ DQ060638. ribo 014
Bi ATCC 43600/ AF448365. ribo 014
Phap 89-638/ AF448366. ribo 014
Nhat Ban TMD105/ AB302932. gr-04/ Ribo 001
Bi ATCC 43599/ AF448128. ribo 001
Phap 96392/ AF448129. ribo 001
Hanoi- Vietnam 17. gr-02/ribo okz
Nhat Ban NIID0641/ LC150035. gr-05/ ribo nd641
Hanoi-Vietnam 1235. gr-01/ribo 001
Nhat Ban CDC05 (JND 06-13)/ AB257287. gr-03/ Ribo 001
Ireland. R12879/DQ060625.1/ ribo 001
Ireland R13537/ DQ060626. ribo 001
UK R8366/ AJ300676. ribo 001
Hanoi- Vietnam 1592. t25-01/Ribo og39
Nhat Ban NIID0514/ LC150033. t25-03/ Ribo nd514
Nhat Ban JND14-044/ LC150032. t25-02/ ribo gc14044
Nhat Ban JND 08-037/ AB465011. og39-02.ribo cc0837
Hanoi -Vietnam 421. og39-01/ Ribo og39
Nhat Ban OG39/ AB259787. og39-01/ Ribo og39
Nhat Ban NIID0017/ LC151474. og39-03/ Ribo og39
Trung Quoc ECUST3578/ JX994280. og39-sh1
44
100
74
99
69
71100
99
68
100
100
93
65
60
100
48
67
93
7865
65
57
57
100
0.1 Hình 3. 12. Mối quan hệ di truyền gen slpA giữa các chủng trong
nghiên cứu và các chủng trên thế giới Chú thích:Hình 3.12 đƣợc dựng theo phƣơng pháp Maximum likehood; : Chủng
phân lập đƣợc trong nghiên cứu này.
Nhánh 2: Các chủng thuộc phân nhóm kr-03.1 (ribotype
cc835 theo danh pháp phân loại của Nhật, 012 theo phƣơng pháp
phân loại châu Âu) có quan hệ gần gũi với các chủng của Nhật Bản
22
và Ireland (khác nhau từ 1-2 nucleotit). Wang và cộng sự xác định
phân nhóm kr-03 gây bệnh phổ biến tại một bệnh viện trẻ em ở
Trung Quốc.
Nhánh 7: Các chủng thuộc phân nhóm og39-01, ribotype
og39 (046 theo phƣơng pháp phân loại của Châu Âu) nằm cùng
nhánh với các chủng thuộc nhóm slpAST og39 của Nhật Bản và
Trung Quốc. Các chủng thuộc nhánh này khác nhau từ 1 đến 6
nucleotit và từ 1- 4 axit amin. Ribotype og39 cũng lƣu hành ở Nhật
Bản, Hong Kong.
Các nhánh còn lại: Nhìn chung các chủng thuộc phân nhóm
gr-01/ ribo 001, gr-02/ ribo okz, hr02/ ribo 014 đều có quan hệ gần
gũi với các chủng thuộc cùng ribo đó ở các nƣớc Nhật Bản, Bỉ, UK,
Pháp và Ireland. Nhƣng đây là các phân nhóm ít phổ biến trong
nghiên cứu này.
3.4.3.2. Dịch tễ các chủng C. difficile lưu hành ở bốn bệnh viện Hà
Nội và một số nước trên thế giới
Kết quả ở Bảng 3. 22 cho thấy, nhìn chung dịch tễ các chủng C.
difficile gây bệnh tại 4 bệnh viện Hà Nội đều theo xu hƣớng chung
với các nƣớc ở Châu Á và có sự khác biệt lớn với các châu lục khác.
4 ribotype phổ biến trong nghiên cứu này bao gồm trf, 017, cc835,
og39 cũng là các ribotype phổ biến ở nhiều nƣớc Châu Á nhƣng hiếm
gặp ở các Châu lục khác. Trong đó, điển hình nhất là ribotype 017
lƣu hành phổ biến ở nƣớc ta và các nƣớc láng giềng nhƣ Trung Quốc,
Hàn Quốc và Thái Lan nhƣng ít phổ biến ở một số nƣớc nhƣ Đức,
Mỹ. Ngƣợc lại, ribotype 014 hiếm gặp trong nghiên nứu này nhƣng
lại gây bệnh ở biến ở các nƣớc Châu Âu, Châu Mỹ và Châu Úc.
23
Trong 65 chủng C. difficile gây bệnh phân lập đƣợc tại 4 bệnh viện
không có chủng nào thuộc ribotype 027.
Bảng 3. 22. Dịch tễ các ribotype C. difficile lƣu hành tại 4 bệnh
viện ở Hà Nội và một số nƣớc trên thế giới
Bên cạnh đó, nghiên cứu này cũng chỉ ra rằng dịch tễ C. difficile ở
4 bệnh viện Hà Nội có điểm khác với một số nƣớc Châu Á. Ribotype
trf là típ lƣu hành phổ biến nhất trong nghiên cứu của chúng tôi
nhƣng nhìn chung lại hiếm gặp ở các nƣớc Châu Á. Chúng tôi chỉ tìm
thấy một nghiên cứu ở Nhật Bản xác định trf là ribotype gây bệnh
phổ biến thứ hai sau smz.
24
KẾT LUẬN
1. Tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile ở những bệnh nhân tiêu chảy
sau dùng kháng sinh
- Tỉ lệ nhiễm trùng do C. difficile ở bệnh nhân tiêu chảy sau dùng
kháng sinh tại 4 bệnh viện ở Hà Nội là 24,9%.
- Nhóm bệnh nhân mắc bệnh lý phổi mạn tính có nguy cơ nhiễm
trùng do C. difficile với OR = 2,45, p = 0,035.
- Kháng sinh metronidazole là yếu tố bảo vệ cho nhiễm trùng do C.
difficile với OR = 0,283, p = 0,0064.
2. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng C. difficile gây
bệnh
- Có 8 ribotype lƣu hành tại 4 bệnh viện Hà Nội là trf, 017, cc835,
og39, 001, 014, cr và okz. Trong đó, các ribotye phổ biến là trf , 017,
cc835 và og39. Ribotype trf lƣu hành phổ biến ở bệnh nhân trên 65
tuổi, 017 phổ biến ở những bệnh nhân dƣới 65 tuổi (p = 0,05).
Ribotype trf phổ biến ở nhóm bệnh nhân có tiền sử sử dụng kháng
sinh carbapanem (p = 0,004).
- Có 10 phân nhóm slpAST lƣu hành tại 4 bệnh viện Hà Nội là fr-01,
fr-23, fr-24, kr-03.1, og39.01, gr-01, gr-02, hr-02, cr-01 và t25-01.
Trong đó, fr-01 là phân nhóm lƣu hành phổ biến nhất.
- Xuất hiện hai phân nhóm slpAST mới so với các phân nhóm đã
công bố trên thế giới là fr-23 và fr-24.
KIẾN NGHỊ
1. Cần thiết triển khai kỹ thuật xét nghiệm phân tìm C. difficile
gây bệnh trong các mẫu phân tiêu chảy sau dùng kháng sinh tại các
bệnh viện ở nƣớc ta.
2. Cần tiếp tục thực hiện các nghiên cứu tiếp theo để làm rõ hơn
vai trò gây bệnh của vi khuẩn C. difficile, đặc điểm nhiễm trùng do
C. difficile và đặc điểm dịch tễ các chủng C. difficile gây bệnh ở nƣớc
ta.
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ
CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
1. Tăng Thị Nga, Lê Thị Thu Hƣờng, Đặng Thị Thùy Dƣơng,
Vũ Thị Thu Hƣờng (2016), “Nghiên cứu xây dựng quy trình
sản xuất nha bào Clostridium difficile invitro”, Tạp chí Y học
dự phòng. 8(181), tr. 21-30
2. Đặng Thị Thùy Dƣơng, Bùi Thị Việt Hà, Tăng Thị Nga, Lê
Thị Trang, Vũ Thị Thu Hƣờng (2016), “Đánh giá hiệu năng
và giới hạn phát hiện của môi trƣờng Cycloserine –
Cefoxitine – Manitol – Agar cho nuôi cấy phân lập
Clostridium difficile từ mẫu phân”, Tạp chí Y học dự phòng.
15(188), tr. 140-148.
3. Vũ Thị Thu Hƣờng, Nguyễn Duy Hà, Phùng Thị Thu Hằng,
Phạm Thị Hồng Thủy, Đặng Thị Thùy Dƣơng, Nguyễn Thị
Hƣơng Giang (2016), “Phát triển qui trình nested PCR chẩn
đoán Clostridium difficile gây tiêu chảy sau dùng kháng sinh
ở ngƣời”, Tạp chí Y học dự phòng. 15(188), tr. 70-81.
4. Đặng Thị Thùy Dƣơng, Bùi Thị Việt Hà, Vũ Thị Thu
Hƣờng (2016), “So sánh ba phƣơng pháp xét nghiệm chẩn
đoán nhiễm trùng do Clostridium difficile tại Việt Nam: miễn
dịch phát hiện độc tố, Nested PCR và nuôi cấy Clostridium
difficile sinh độc tố”, Tạp chí Y học dự phòng. 15(188), tr.
88-96.
