42
IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI PADA LOKUS Interferom Gamma Receptor 2 (IFNGR2) DENGAN METODE PCR- RFLP SKRIPSI OLEH : HASMAN I111 12 256 FAKULTAS PETERNAKAN UNIVERSITAS HASANUDDIN MAKASSAR 2017

IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

  • Upload
    vongoc

  • View
    230

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI PADA

LOKUS Interferom Gamma Receptor 2 (IFNGR2) DENGAN METODE PCR-

RFLP

SKRIPSI

OLEH :

HASMAN

I111 12 256

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2017

Page 2: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

i

IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI PADA

LOKUS INTERFEROM GAMMA RECEPTOR 2(IFNGR2) DENGAN

METODE PCR-RFLP

SKRIPSI

OLEH :

HASMAN

I111 12 256

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana pada Fakultas

Peternakan Universitas Hasanuddin

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2017

Page 3: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

ii

Page 4: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

iii

Page 5: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

iv

ABSTRAK

Hasman. I111 12 256. Idetifikasi Gen Pengontrol Sifat PolledSapi Bali Pada

Lokus Interferom Gamma Receptor 2(IFNGR2) Dengan Metode PCR-RFLP.

Dibawah bimbingan Sudirman Baco sebagai pembimbing utama dan Lellah

Rahim sebagai pembimbing anggota.

Pengembangan sapi Bali telah tanpa tanduk (Polled) belum ada informasi yang

menjelaskan penyebab terjadinya sifat Polled sehingga dilakukanlah penelitian ini

dengan tujuan untuk mengetahui gen pengontrol sifat Polled sapi Bali pada lokus

IFNGR2. Sampel yang digunakan terdiri dari 11 sampel darah sapi Bali Polled

dan 89 sampel darah sapi Bali bertanduk. Variasi genetik diidentifikasi

menggunakan teknik polymerase chain reaction restriction fragment length

polimorphism (PCR-RFLP). Keragaman gen IFNGR2 dideteksi dengan

pemotongan amplimer menggunakan enzim retriksi HaA1. Hasil penelitian

didapatkan gen yang seragam (monomorfik) dengan bergenotipe homozigot BB

yang memiliki panjang fragmen 303 pb dan 690 pb. Hasil penelitian

menyimpulkan bahwa tidak ditemukan gen pengontrol sifat Polled sapi Bali pada

lokus IFNGR2.

Kata kunci: Keragaman Genetik, IFNGR2/HaA1, Sapi Bali Polled

Page 6: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

v

ABSTRACT

Hasman. I111 12 256. Identification of the Polled Control Genes of Bali cattle at

Locus Interferom Gamma Receptor 2 (IFNGR2) With PCR-RLFP Method. Under

duegance by Sudirman Baco as the main supervisor and Lellah Rahim as the co

supervisor.

Development of hornless Bali cattle there is no information that explains the cause

of the Polled nature, so the research was done in orderto find the gene controlling

the nature ot the Bali cattle in the IFNGR2 lokus. The sample used compound 11

samples blood Bali Polled cattle and 89 samples blood Bali horned catlle. Genetic

variation was identified use technical polymerase chain polymorphism length of

reaction restriction fragments (PCR-RLFP). The IFNGR2 gene diversity was

detected by amplification amputation using the HaA1 restriction enzyme. The

results showed a uniform (monomorphic) gene with homozygous BB that has a

fragmentlength of 303 bp and 690 bp. The result of this research can be concluded

that there are no control genes for bovine Bali Polle catllein the IFNGR2 locus.

Keywords:Genetic polymorphisms, IFNGR2/HaA1, Bali Polle catlle.

Page 7: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

vi

KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh.

Puji dan syukur penulis panjatkan Kehadirat Allah subhanahuwata’ala,

atas limpahan rahmat dan nikmat-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan

penulisan skripsi yang berjudul “Idetifikasi Gen Pengontrol Sifat Polled Sapi

Bali Pada Lokus Interferom Gamma Receptor 2 (IFNGR2) Dengan Metode

PCR-RFLP” sebagai salah satu tugas akhir. Dalam penulisan skripsi ini tidak

sedikit hambatan dan kesulitan yang penulis hadapi. Penulis menyadari bahwa

skripsi ini tidak akan terselesaikan dengan baik tanpa dukungan, motivasi,

nasehat, dan bantuan dari berbagai pihak.

Ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya penulis sampaikan kepada

bapakProf. Dr. Ir. Sudirman Baco, M.Sc. Sebagai pembimbing utama dan Prof.

Dr. Ir. Lellah Rahim, M.Sc. Selaku pembimbing anggota, yang telah membagi

ilmunya dan banyak meluangkan waktu untuk membimbing, mengarahkan dan

memberikan nasihat serta motivasi dalam penyusunan skripsi ini. Jasa beliau akan

terkenang dalam lembaran kehidupan pribadi penulis dan semoga Allah

membalasnya dengan yang lebih baik dan meridhai setiap amal ibadahnya.

Kepada kedua orang tua saya Syamsirdan Jaria sertakeluarga besar Oze

terimakasih atas segala perhatian dan kasih sayang, bantuan materi maupun non

materi yang tak ternilai harganya serta doa-doa yang senantiasa dipanjatkan.

Dan pada kesempatan ini pula dengan segala keikhlasan dan kerendahan

Page 8: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

vii

hati penulis juga menyampaikan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada :

1. Ibu Rektor UNHAS, Bapak Dekan, Pembantu Dekan I, II dan III dan seluruh

Bapak Ibu Dosen yang telah melimpahkan ilmunya kepada penulis, dan

Bapak/Ibu Staf Pegawai Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin.

2. Untuk Penasehat Akademik saya Dr. Fatma Maruddin, S. Pt., MP.serta

seluruh kalangan civitas akademik yang tak mampu saya sebutkan, terima

kasih atas seluruh partisipasi dan dukunganya yang dari awal hingga akhir

telah banyak membantu.

3. Prof. Dr. Ir. Ambo Ako, M.Sc., Prof. Rr. Sri Rachma A. Bugiwati, M.Sc., Dr.

Muhammad Andi Ihsan Dagong, S.Pt, M.Si Selaku Dosen pembahas/penguji,

yang begitu bijak dalam memberikan masukan/saran untuk mempermudah

dalam perbaikan penulisan skripsi penulis. Semoga beliau tetap diberikan

perlindungan Allah .

4. Dr. Zulkarnaim, S.Pt, M.Si., yang selalu mendampingi dan membimbing

selama penelitian sampai penulisan skripsi ini selesai.

5. Bidikmisi yang sangat membantu dari segi finansial penulis selama berkuliah.

6. Tim Penelitian Erwin Jufri, Muh. Arman Dian Bahari, Radinda Dwi

Chaerunnisa dan Dinda Adam.

7. Sahabat seperjuangan angkatan 2012 “FLOCK MENTALITY” yang selalu

setia dari awal dan untuk selamanya.

8. Sahabat tercinta Abd Rahim Harianto, S.Pt., Jihadul Haq, S.Pt, Tri Astuti

Muhaimin, S.Pt., Sukandi, S.Pt., Mursalim Bakri, Herdi Dwibowo, S.Pt.,

Zulkarnaim, S.Pt., Rahmat Hidayat, S.Pt., Andi Tenri Khaerani, S.Pt, Andi

Page 9: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

viii

Ikbal Nurman, Padu L Pasampang, Khaerul Akbar, S.Pt., Rahmawati, S.Pt.,

Muh. Uriya, Muh, Yasin, S.Pt,. Suptapto, S.Pt., Syaifullah Buhakim, Anwar

Anshari, Andi Kanzul, S.Pt., Zuhal Natsir, Muh. Fajrul, S.Pt., Tilawati, S.Pt.,

Fathul Khaer, Agus Maulana S.Pt., Andi Darmawan Wicaksono, S.Pt.,

Ichwan Husain Rengga, S.Pt., Ibnu Hadi, S.Pt., Muh. Yasin, S.Pt., Erick

Dondatu, S.Pt., dan yang tidak sempat ditulis oleh penulis.

9. Kakanda Nurul Purnomo, S.Pt, dan Kak Tri terima kasih atas bantuannya

selama menjalani penelitian di Lab Bioteknologi Terpadu Fakultas

Peternakan Unhas.

10. Keluarga besar Himpunan Mahasiswa Produksi Ternak, HPMM Kom.

UNHAS, Lab. Ternak Perah, HARMOKO, IPS 1 Alumni 2012 MAN Baraka

terimah kasih atas bantuan yang diberikan kepada penulis selama jadi

mahasiswa.

11. Anak kandang Animal Centre yang selalu memberi semangat.

12. Angkatan 2006, 2007, 2008 (Bakteri), 2009 (Merpati), 2010 (Lion), 2011

(Solandeven), 2013 (Larva), 2014 (Ant), dan 2015 (Rantai) yang telah

memberiakan ilmu serta pengalaman diluar akademik.

Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih sangat jauh dari

kesempurnaan, karena itu mohon maaf atas kekurangan ini. Semoga kita tetap

diberi kesehatan dan kekuatan dalam menuntut Ilmu. Dari itu Saran dan kritik

yang membangun dari pembaca akan membantu kesempurnaan dan kemajuan

ilmu pengetahuan.

Makassar, Oktober 2017

Page 10: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

ix

Penulis

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN SAMPUL .............................................................................. i

PERNYATAAN KEASLIAN ................................................................... ii

HALAMAN PENGESAHAN ................................................................... iii

ABSTRAK ................................................................................................. iv

ABSTRACT ............................................................................................... v

KATA PENGANTAR ............................................................................... vi

DAFTAR ISI .............................................................................................. ix

DAFTAR TABEL ..................................................................................... xi

DAFTAR GAMBAR ................................................................................. xii

PENDAHULUAN ...................................................................................... 1

TINJAUAN PUSTAKA

Gambaran Umum Sapi Bali ............................................................... 3

Sifat Polled pada Sapi Bali ................................................................ 6

Keragaman Genetik ........................................................................... 7

Metode PCR-RFLP ............................................................................ 8

METODOLOGI PENELITIAN

Waktu dan Tempat ............................................................................. 12

Alat dan Bahan .................................................................................. 12

Tahapan Penelitian............................................................................. 12

Analisis Data ...................................................................................... 15

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi Gen IFNGR2 pada Sapi Bali ......................................... 17

Keragaman Gen IFNGR2 pada Sapi Bali dengan Enzim Retriksi HaA1

dengan Metode PCR-RFLP ............................................................... 18

Frekuensi Genotipe dan Alel ............................................................. 19

Nilai Heterozigositas ......................................................................... 20

Page 11: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

x

PENUTUP

Kesimpulan ........................................................................................ 22

Saran .................................................................................................. 22

DAFTAR PUSTAKA ................................................................................ 23

LAMPIRAN

RIWAYAT HIDUP

Page 12: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

xi

DAFTAR TABEL

No.

Teks

1. ..................................................................................................... Urutan

asam dan ukuran primer Lokus IFNGR2 ............................................. 14

2. ..................................................................................................... Frekuen

si Genotipe dan Alel Lokus IFNGR2 ................................................... 20

3. ..................................................................................................... Nilai

Heterozigositas Pengamatan dan Heterozigositas Harapan ................. 21

Halaman

Page 13: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

xii

DAFTAR GAMBAR

No.

Teks

1. ..................................................................................................... Hasil

Amplifikasi Gen IFNGR2 pada Mesin PCR ........................................ 17

2. ..................................................................................................... Visualis

asi PCR-RFLP Gen IFNGR2 dengan Enzim HaA1 ............................ 19

Halaman

Page 14: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

xiii

Page 15: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

1

PENDAHULUAN

Dalam pengembangan sapi potong lokal telah ditemukan sapi Bali tanpa

tanduk atau yang biasa diistilahkan sapi Polled. Sifat Polled ini merupakan sifat

genetik yang tidak ditumbuhi tanduk secara alami yang disebabkan faktor genetik

yang tidak normal. Keuntungan dari sifat Polled ini yaitu mempermudah dalam

manajemen pemeliharaan, karena sifat Polled ini maka tidak perlu lagi dilakukan

pemotongan tanduk (Dehorning) yang membutuhkan biaya lebih. Namun dalam

pengembangan sapi Bali Polled sampai saat ini belum ada hasil penelitian atau

informasi yang menjelaskan tentang penyebab terjadinya sifat Polled ini.

Metode yang dapat digunakan untuk mengetahui penyebab terjadinya sifat

Polled yaitu dengan menggunakan teknologi penanda molekuler (DNA Marker).

Teknologi molekuler telah banyak digunakan dalam penelitian terutama dalam

pengkajian potensi genetik sapi Bali, seperti pada pengkajian gen-gen pengontrol

sifat-sifat produktif, pertumbuhan, reproduksi, daya adaptasi serta keunggulan-

keunggulan lainnya pada sapi Bali.

Salah satu metode penciri genetik (genetic marker) yang dapat digunakan

untuk mengetahui adanya keragaman sekuens DNA yaitu dengan menggunakan

metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism

(PCR-RFLP).PCR-RFLP adalah metode yang dikembangkan untuk menvisualisai

perbedaan pada level DNA yang didasarkan pada pemotongn menggunakan

enzim tertentu. Enzim pemotong akan memotong situs tertentu yang dikenali oleh

enzim tersebut. Situs enzim pemotong tersebut kemudian akan berubah karena

adanya mutasi atau perpindahan karena genetic rearrestrictionment. Proses ini

Page 16: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

2

menyebabkan terbentuknya fragmen-fragmen DNA yang berbeda ukurannya dari

satu organisme ke organisme lainnya.

Berdasarkan uraian tersebut maka perlu dilakukan penelitian untuk

mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan

menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan dapat memberikan informasi

dalam pengembangan sapi lokal Polled.

Tujuan penelitianadalah untuk mengetahuigenpengontrolterjadinya sifat

Polledsapi Bali. Kegunaan dari penelitian ini adalah untuk memberikan informasi

kepada peneliti, peternak dan pemegang kebijakan dalam pengembangan sapi

potong lokal khususnya pada sapi Polled.

Page 17: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

3

TINJAUAN PUSTAKA

Gambaran Umum Sapi Bali

Ternak sapi memberikan kontribusi cukup besar dalam penyediaan daging

nasional. Berdasarkan produksi daging nasional 2008, kontribusi daging sapi

mencapai lebih dari 352 ribu ton, yaitu sekitar 16,2% dari total produksi daging

nasional dari beberapa komoditas ternak, dan menempati peringkat kedua setelah

produksi daging unggas (Ditjennak, 2009).

Sejarah Perkembangan Sapi Bali

Sapi Bali merupakan sapi hasil domestikasi dari banteng (bibos banteng/

bibos sondaicus/ bibos javanicus) berabad-abad yang lalu (Hardjosubroto,

1994).Menurut Wello (2011) sapi Bali mempunyai taksonomi sebagai berikut :

Kingdom : Animalia

Phylum : Chordata / Vertebrata (bertulang belakang)

Class : Mammalia (menyusui)

Ordo : Ungulata (berkuku)

Sub ordo : Artiodactila (berkuku genap)

Golongan : Ruminansia (memamah biak)

Famili : Bovidae (bertanduk berongga)

Genus : Bos (cattle)

Spesies : Bos sondaicus

Page 18: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

4

Sapi Bali didomestikasi petama kali di Pulau Bali. Hal ini menunjukkan

bahwa sapi Bali sudah dipelihara oleh nenek moyang masyarakat Bali sejak

berabad-abad yang lalu, sehingga ternak ini sudah menjadi ciri khas Daerah Bali.

Sapi Bali telah menyebar hampir seluruh wilayah Indonesia, namun yang masih

terjamin kemurnian genetiknya adalah yang di Bali (Handiwirawan dan

Subandriyo,2004)

Hardjosubroto (1994) menyatakan bahwa sapi Bali satu family dengan

subgenus , genus bos, dan bovidae. Diduga sapi Bali berasal dari pulau Bali,

meskipun banyak ditemukan di Sulawesi, Lombok, Timor dan daerah lainnya di

Indonesia. Namun sebagian juga sapi Bali ditemukan di Malaysia,

Filipina,Semenanjung Cobourg bagian utara Astralia (Kirby, 1979). Sapi Bali

dapat ditemukan dikebun-kebun binatang dan taman safari di luar negri, secara

liar dan terpelihara juga dapat dilihat di hutan-hutan tropis (Talib dkk., 1998).

Karakteristik Sapi Bali

Hardjosubroto (1994)karakteristik yang harus dipenuhi dari ternak

sapiBali murni yaitu warna putih pada bagian belakang paha, pinggiran bibir atas,

dan pada paha kaki bawah mulai tarsus dan carpus sampai batas pinggir atas kuku,

bulu pada ujung ekor hitam, bulu pada bagian dalam telinga putih, terdapat garis

hitam yang jelas pada bagian atas punggung, bentuk tanduk pada jantan yang

paling ideal disebut bentuk tanduk silak congklok pada yang betina bentuk tanduk

yang ideal yang disebut manggul gangsa dan berwarna hitam.

Salah satu karakter lain pada sapi Baliyakni perubahan warna sapi jantan

kebirian dari warna hitam kembali pada warna semula yakni coklat muda

Page 19: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

5

keemasan yang diduga karena makin tersedianya hormon testosteron sebagai hasil

produk testestersedianya hormon testosteron sebagai hasil produk testes

(Darmadja, 1980).

Warna sapi Bali adalah merah bata, akan tetapi pada jantan akan berubah

menjadi kehitaman. Perubahan warna tersebut akan mulai terlihat pada umur 15

minggu dan akan mulai terjadi pada empat titik tertemtu yaitu pada leher bawah,

hidung, tengkuk dan carpus. Secara lambat perubahan tersebut akan menyebar ke

bagian belakang dan akhirnya akan mencapai bawah perut dan kaki belakang.

Namun jika sapi jantan dikastrasi empat bulan kemudian secara perlahan akan

kembali menjadi merah bata mulai dari belakang hingga kedepan dan selama satu

tahun akan kembali menjadi merah bata sempurna (Haryana, 1989).

Sapi Bali asli mempunyai bentuk dan karakteristik yang sama dengan sapi

banteng. Morfologi dan ciri-ciri fisik sapi Bali adalah sebagai berikut, warna bulu

pada badannya akan berubah sesuai usia dan jenis kelaminnya sehingga termasuk

hewan dimorphism-sex (bulu berubah warna sesuai usia dan jenis kelamin). Pada

saat masih pedet, bulu badannya berwarna sawo matang sampai kemerahan,

setelah dewasa sapi Bali jantan berwarna lebih gelap bila dibandingkan dengan

sapiBali betina. Warna bulu sapi Bali jantan biasanya berubah dari merah

batamenjadi coklat tua atau hitam setelah sapi itu mencapai dewasa kelamin, sejak

umur 1,5 tahun dan menjadi hitam mulus pada umur 3 tahun. Warnahitam dapat

berubah menjadi coklat tua atau merah bata apabila sapi itudikebiri, yang

disebabkan pengaruh hormon testosteron.Kaki di bawah persendian karpal dan

tarsal berwarna putih. Kulit berwarna putih juga ditemukan pada bagian pantatnya

Page 20: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

6

dan pada paha bagian dalamkulit berwarna putih tersebut berbentuk oval (white

mirror)(Hardjosubroto dan Astuti, 1993).

Warna bulu putih juga dijumpai pada bibir atas/bawah, ujung ekor dan tepi

daun telinga.Kadang-kadang bulu putih terdapat di antara bulu yang coklat

(merupakan bintik-bintik putih) yang merupakan pengecualian atau

penyimpanganditemukan sekitar kurang dari 1%. Bulu sapi Bali dapat dikatakan

bagus(halus) pendek-pendek dan mengkilap. Badan berukuran sedang dan bentuk

badan memanjang, padat dan dada yang dalam. Tidak berpunuk dan seolah tidak

bergelambir. Kakinya ramping, agak pendek menyerupai kaki kerbau. Pada

punggungnya selalu ditemukan bulu hitam membentuk garis memanjang dari

gumba hingga pangkal ekor. Cermin hidung, kuku dan bulu ujung ekor berwarna

hitam. Tanduk pada sapi jantan tumbuh agak kebagian luar kepala, sebaliknya

untuk jenis sapi betina tumbuh kebagian dalam (Hardjosubroto dan Astuti, 1993).

Sifat Polled Pada Sapi

Ternak sapi yang tanduknya tidak tumbuh secara alami diistilahkan

sebagai sapi Polled. Sifat tidak tumbuhnya tanduk pada sapi terjadi dalam dua

kondisi, yaitu dikatakan polled jika tanduk tidak tumbuh secara alami dan kondisi

scurs yakni tidak tumbuhnya tanduk yang disebabkan oleh kegagalan

penggabungan antara inti tulang tanduk dengan tengkorak. Kondisi scurs dapat

juga dikatakan sebagai pertengahan antara kondisi sapi bertanduk dengan tidak

bertanduk, disebabkan sapi yang bersifat scurs tetap memiliki tanduk namun tidak

tumbuh secara sempurna. Hal tersebut menjadi penting untuk membedakan ternak

sapi yang bersifat polled dengan sifat scurs (Zulkarnaim, 2016).

Page 21: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

7

Polled merupakan sebuah sifat yang diturunkan melalui tetua kepada

anaknya(autosomal dominan)(Cargill dkk.,2008). Sifat polled pada sapi

merupakan karakteristik tanduk yang tidak tumbuh disebabkan oleh faktor genetik

yang tidak normal dengan melibatkan bialel autusomal (Capitan, 2011).

Lauwerier, (2015) berpendapat sifat polled terjadi disebabkan oleh terjadinya

mutasi yang ditentukan oleh sebuah gen tunggal (gen polled).

Beberapa penelitian yang telah dilakukan untuk mengidentifikasi

mengenai pengontrol terjadinya sifat polled sebagian besar menyimpulkan bahwa

kejadian sifat polled disebabkan oleh terjadinya mutasi gen yang mengubah asam

basa DNA sehingga terjadi perubahan asam amino yang terbentuk pada saat

proses transkrip DNA. Sifat polled terjadi disebabkan oleh terjadinya mutasi yang

ditentukan oleh sebuah gen tunggal (gen polled). Lebih lanjut, sifat polled

dikodekan dengan alel polled (P), bertanduk (p). Sifat polled bersifat dominan

terhadap sifat bertanduk. Sapi-sapi tanpa tanduk selalu dalam bentuk homozigot

dominan (PP) atau heterozigot (Pp). Sedangkan pada sifat bertanduk hanya akan

muncul jika dalam bentuk homozigot resesif (pp) (Lauwerier, 2015).

Keragaman Genetik

keragaman genetik adalah variasi karakteristik yang diwariskan pada

populasi yang sama. Keragaman genetik terdiri atas antar spesies, antar populasi,

antar individu, dalam populasi dan dalam individu (Indrawan dkk.,

2007).Keragaman genetik pada suatu individu bila terdapat dua alel untuk gen

yang sama merupakan perbedaan konfigurasi DNA yang menduduki lokus yang

sama pada suatu kromosom (Sofro, 1994).

Page 22: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

8

Adanya variasi genetik merupakan ciri-ciri yang umumnya terdapat di

dalam suatu populasi. Keragaman genetik terjadi tidak hanya antar jenis spesies

tetapi juga dapat terjadi di dalam suatu spesies yang sama, antar individu maupun

antar populasi. Keragaman genetik dalam sebuah populasi organisme terutama

dihasilkan oleh tiga mekanisme; mutasi, rekombinasi dan migrasi gen dari satu

tempat ketempat lain (Suryanto, 2003).

Adanya mutasi yang menguntungkan, yang pada awalnya muncul pada

suatu individu dapat direkombinasi dalam kurun waktu tertentu pada populasi

seksual. Sebaliknya, keturunan individu aseksual secara genetik identik dengan

induknya. Satu-satunya sumber kombinasi gen dalam populasi aseksual adalah

mutasi dimana yang dimaksud adalah perubahan dalam material genetik yang

diwariskan ke keturunannya. Mutasi mungkin terjadi spontan (kekeliruan dalam

replikasi material genetik) atau terjadi karena pengaruh faktor eksternal (misal

radiasi dan bahan kimia tertentu). Mutasi terjadi di dalam gen yang terdapat pada

molekul DNA (Deoxyribonucleic acid). Populasi aseksual mengakumulasi

keragaman genetiknya hanya pada laju mutasi gennya. Mutasi yang

menguntungkan pada individu aseksual yang berbeda tidak mungkin mengalami

rekombinasi gen dan muncul pada suatu individu seperti layaknya pada populasi

seksual. Kombinasi gen yang menguntungkan akan lebih besar pada populasi

seksual daripada populasi aseksual (Indrawan dkk., 2007).

Analisa DNA dan Polymerase Chain Reaction –Restriction Fragment Lenght

Polymorphisims (PCR-RFLP)

DNA merupakan molekul yang terdapat dalam inti sel. Molekul DNA

terdiri atas dua untai nukleotida yang saling berkomplemen. Struktur tersebut

Page 23: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

9

memungkinkan terjadinya mekanisme pewarisan sifat. DNA dapat diisolasi dari

berbagai jaringan makhluk hidup yang memiliki inti sel (Misrianti, 2009).Sel

terdiri dari tiga bagian utama, yaitu : sitoplasma, nukleus dan membran sel.

Nukleus mengandung bahan genetik sel, yang disebut kromatin pada sel yang

tidak membelah, dan disebut kromosom pada sel yang sedang membelah. Pada

nukleus sel somatik terdapat informasi yang diperlukan untuk menentukan bentuk

serta struktur sel-sel baru, sedangkan nucleus sel-sel kelamin mengandung

informasi-informasi yang diperlukan untuk menentukan karakteristik individu

baru (Frandson, 1996).

Didalam kromosom terdapat suatu bentukan yang disebut gen. Gen

merupakan unit pewaris sifat yang keberadaannya dapat diketahui dari

pengaruhnya terhadap sifat fenotipiknya. Posisi gen di dalam kromosom adalah

tertentu, sehingga dapat dikatakan bahwa gen membentuk suatu pola tertentu

sepanjang kromosom. Gen menentukan urutan-urutan pertama dari susunan asam

amino yang akan membentuk protein (Hardjesubroto, 1998).

Polymerase Chain Reaction(PCR) merupakan suatu proses sintesis

enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in

vitro. Teknik in vitro bekerja dengan cara mereplikasi atau memperbanyak

segmen DNA spesifik yang berada diantara dua daerah yang komplemen dengan

dua primer yang spesifik (Liudkk., 1998). PCR berfungsi untuk menggandakan

molekul DNA pada target tertentu dengan cara mensintesis molekul DNA baru

yang berkomplemen dengan molekul DNA tersebut dengan enzim polymerase

dan oligonukleotida pendek sebagai primer dalam mesin termocycler. Primer

Page 24: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

10

merupakan oligonukleotida spesifik yang menempel pada bagian sampel DNA

yang akan diperbanyak. Enzim polymerase merupakan enzim yang dapat

mencetak urutan DNA baru (Williams, 2005).

Prinsip dasar PCR dimulai dengan melakukan denaturasi DNA cetakan

sehingga rantai DNA yang berantai ganda akan terpisah menjadi rantai tunggal.

Denaturasi DNA dilakukan dengan menggunakan suhu panas (95 ºC) selama 1-2

menit, kemudian suhu diturunkan menjadi 55 ºC sehingga primer akan menempel

pada cetakan yang telah terpisah menjadi rantai tunggal. Primer akan membentuk

jembatan hydrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang komplementer

dengan sekuen primer. Suhu 55 ºC yang dipergunakan untuk menempelkan primer

pada dasarnya merupakan kompromi. Amplifikasi akan lebih efisien jika

dilakukan pada suhu yang lebih rendah (37 ºC), tetapi biasanya akan terjadi

mispriming yaitu penempelan primer pada tempat yang salah. Pada suhu yang

lebih tinggi (55 ºC), spesifikasi reaksi amplifikasi akan meningkat, tetapi secara

keseluruhan efisiensinya akan menurun (Yuwono, 2006).

Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length Polymorphism

(PCR-RFLP) merupakan salah satu teknik molekuler berupa penggunaan penanda

tertentu untuk mempelajari keanekaragaman genetika.Dasar analisis RFLPadalah

menggunakan mesin PCR yang mampu mengamplifikasi sekuen DNA secarain

vitro. Teknik ini melibatkan penempelan primer tertentu yang dirancang

sesuaidengan kebutuhan. Tiap primer boleh jadi berbeda untuk menelaah

keanekaragamangenetik kelompok yang berbeda. Penggunaan teknik RFLP

memungkinkanuntuk mendeteksi polimorfisme fragmen DNA yang diseleksi

Page 25: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

11

dengan menggunakansatu primer arbitrasi, terutama karena amplifikasi DNA

secara in vitro dapatdilakukan dengan baik dan cepat dengan adanya PCR

(Suryanto, 2003).

Untuk melihatpolimorfisme dalam genom organisme digunakan juga suatu

enzim pemotongtertentu (restriction enzymes). Karena sifatnya yang spesifik,

maka enzim ini akanmemotong situs tertentu yang dikenali oleh enzim ini. Situs

enzim pemotong darigenom suatu kelompok organisme yang kemudian berubah

karena mutasi atau berpindah karena genetic rearrangement dapat menyebabkan

situs tersebut tidak lagi dikenali oleh enzim, atau enzim restriksi akan memotong

daerah lain yang berbeda. Proses ini menyebabkan terbentuknya fragmen-fragmen

DNA yang berbeda ukurannya dari satu organisme ke organisme lainnya.

Polimorfisme ini selanjutnya digunakan untuk membuat pohon

filogeni/dendogram kekerabatan kelompok (Suryanto, 2003).

Page 26: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

12

METODE PENELITIAN

Waktu dan Tempat

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Agustus 2017, di

Laboratorium Ternak Potong, Ranch Maiwa Breeding Center (MBC) dan

Laboratorium Terpadu Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin.

Bahan dan Alat

Penelitian ini menggunakan 89sampel darah sapi Bali bertanduk dan

11sapi Balipolled dari Laboratorium Ternak Potong dan Ranch Maiwa Breeding

Center Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin.

Bahan pendukung antara lain: Primer, bahan ekstraksi DNA (Kit DNA

ekstraksi (Thermo Scientific), Proteinase K, ethanol 96% ), bahan PCR (dNTP

mix, Enzim, Taq, DNA polymerase, 10x buffer, 10x TBE buffer), bahan

elektoforesis (agarose, Ethidium bromide, Marker DNA 100pb, Loading dye),

tissue dan plastik mika.

Alat yang digunakan yaitu : venoject, tabung vakuttainer, mesin PCR

(Sensor Quest Germany), centrifuge, alat pendingin, tabung eppendorf besar kecil,

gel documention, mikropipet, tip, rak tabung, elektroforesis, autoclave,

timbangan, sarung tangan.

Tahapan Penelitian

Koleksi sampel darah

Page 27: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

13

Sampel darah diperoleh dari Laboratorim Ternak Potong dan Ranch

Maiwa Breeding Center Fakultas Peternakan. Pengambilan darah melalui vena

jugularisditampung pada tabung vacutainer yang telah berisi antikoagulan EDTA

untuk mencegah penggumpalan darah.

Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA dilakukan di Laboratorium Terpadu Fakultas Peternakan.

DNA diisolasi dan dimurnikan dengan menggunakan Kit DNA ekstraksi Genjet

Genomic DNA Extraction (Thermo Scientific) dengan mengikuti protokol

ekstraksi yang disediakan. Sebanyak 200 µl sampel darah dilisiskan dengan

menambah 400 µl larutan lysis buffer dan 20 µl proitenase K (10 mg/ml),

dicampurkan kemudian diinkubasi pada suhu 56 ºC selama 60 menit di dalam

waterbath shaker. Setelah inkubasi larutan kemudian ditambahkan 200 µl

Ethanolabsolute 96% dan disentrifugasi 6.000 x g selama 1 menit.

Pemurnian DNA kemudian dilakukan dengan metode spin column dengan

penambahan 500 µl larutan pencuci wash buffer I yang kemudian dilanjutkan

dengan sentrifugasi pada 8.000 x g selama 1 menit. Setelah supernatannya

dibuang, DNA kemudian dicuci lagi dengan 500 µl wash buffer II dan

disentrifugasi pada 12.000 x g selama 3 menit. Setelah supernatannya dibuang,

DNA kemudian dilarutkan dalam 200 µl elution buffer dan disentrifugasi pada

8.000 x g untuk selanjutnya DNA hasil ekstraksi ditampung dan disimpan pada

suhu -20 ºC.

Teknik PCR

Page 28: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

14

Penelitian ini menggunakan Lokus IFNGR2 sebagai penciri pada penanda

DNA. Urutan basa untuk penanda tersebut disajikan pada Tabel 1.

Tabel1. Urutan asam dan ukuran primer Lokus IFNGR2 (AC000158:g

1390292G>A)

Lokus Urutan Basa Primer (5’-3’)

Suhu

Anneling

(°C)

Ukuran

(bp)

IFNGR2

(AC000158:

g.1390292G>A)

F: AAGCGGTACTGACTCCATG

R: AGATGGGGAAACTGTGTTCTG 59 993

Sumber : Glatzer et al., (2013)

F = Forward, R = Reverse

Larutan mix (Primer 0,3 µl, dNTP 1 µl, MgCL 1,5 µl, Tag 0,1 µl, H2O

17,6 µl) disentrifugasi dan dicampurkan dengan 2 µl sampel yang

telah diekstraksi dan disimpan pada column kecil kemudian disentrifugasi

kembali. Selanjutnya sampel dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan

pengaturan denaturasi awal pada suhu 95oC x 2 menit, diikuti dengan 35

siklus berikutnya masing-masing denaturasi 95oC x 45 detik, dengan suhu

annealing yaitu 60oC x 30 detik yang dilanjutkan dengan ekstensi 72oC x

60 detik, yang kemudian diakhiri dengan satu siklus ekstensi akhir pada

suhu 72oC selama 5 menit dengan menggunakan mesin PCR (Sensor

Quest, Germany).

Sampel yang telah di PCR kemudian dipipet sebanyak 2 µl dan

dicampurkan dengan Loading dye pada plastik mika dan dielektrophoresis

pada gel agarose 1.5% (0,6 gram agarose; 40 ml buffer 1x TBE ; dan 2

µl ethidium bromide) selama 45 menit. Selanjutnya gel agarose tersebut

Page 29: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

15

divisualisasi pada UV transiluminator (gel documentation system).

Produk PCR yang diperoleh dari masing-masing gen target kemudian

dianalisis menggunakan RFLP melalui pemotongan menggunakan enzim

HaA1yang memiliki situs pemotongan GCG|C pada IFNGR2. Sebanyak 5 l

DNA produk PCR ditambahkan 0,3 l enzim HaA1 ; 0,7 l buffer enzim dan 1

l aquabides sampai volume 7 l, Selanjutnya dilakukan inkubasi selama 17 jam

pada suhu 37oC.

Sampel produk PCR-RFLP kemudian dipipet sebanyak 2 µl dan

dicampurkan dengan Loading dye pada plastik mika dan dielektrophoresis

pada gel agarose 2% (0,8 gram agarose; 40 ml buffer 1x TBE ; dan 2

µl ethidium bromide) selama 45 menit. Selanjutnya gel agarose tersebut

divisualisasi pada UV transiluminator (gel documentation system).

Analisis Data

• Frekuensi gen penentu sifat Polled diperoleh dari analisis penciri PCR-RLFP

dihitung menggunakan rumus (Nei, 1987) :

Keterangan :

xi = frekuensi alel ke-i

nii = jumlah individu bergenotipe ii (homozigot)

nij = jumlah individu bergenotipe ij (heterozigot)

N = jumlah total sampel

• Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas Harapan (He)

dapat dihitung menggunakan rumus (Hartl, 1988) :

- Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dihitung dengan formula :

Page 30: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

16

Keterangan :

Ho= frekuensi heterozigositas pengamatan

N1ij = jumlah individu heterozigositas pada lokus ke-1

N = jumlah individu yang dianalisis

- Nilai Heterozigositas Harapan (He) dihitung dengan formula :

Keterangan :

Ho = frekuensi heterozigositas harapan

P1i = frekuensi alel ke-I pada lokus 1

n = jumlah alel pada lokus ke-1

Page 31: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

17

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi Gen IFNGR2 pada Sapi Bali

Hasil ekstraksi dan isolasi DNA telah dilakukan terhadap 100 sampel

darah sapi Bali yang terdiri dari 11 sampel darah sapi Bali Polled dan 89 sampel

darah sapi Bali bertanduk, yang selanjutnya dilakukan amplifikasi dengan metode

PCR. Hasil amplifikasi ruas gen dapat divisualisasi pada gel agarose 2%

disajikanpada Gambar 1.

Gambar 1. Hasil Ekstraksi DNApada mesin PCR, M: marker 100-1000 pb; 1-5

sampel Polled; 6-7 sapi Bali Bertanduk.

Pada penelitian ini panjang fragmen yang dihasilkan dalam proses PCR

setelah divisualisasi pada sinar ultraviolet (UV) sesuai dengan yang diharapkan

yaitu memiliki panjang 993 pb (pasang basa). Hal ini sesuai dengan penelitian

yang telah dilakukan Glatzer et al., (2013)bahwa ampilfikasi produk PCR pada

sapi Holstein dengan menggunakan lokus IFNGR2 memiliki panjang fragmen

993 bp.

Page 32: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

18

Pada proses PCR suhu annaeling yang digunakan yaitu 59oC, suhu

annealing sangat menentukan keberhasilan dalam proses amplifikasi. Suhu

annealing sangat menentukan keberhasilan amplifikasi karena proses pengulangan

DNA dimulai dari primer. Hasil PCR yang baik dipengaruhi oleh beberapa faktor

seperti kemurnian DNA hasil ekstraksi, ketepatan pemilihan primer yang

digunakan dan ketetapan kondisi PCR. Ketepatan kondisi PCR ditentukan oleh

ketepatan campuran reaksi dan ketepatan kondisi suhu masing – masing siklus

(Rahayu dkk., 2006).

Keragaman Gen IFNGR2 pada Sapi Bali dengan Enzim Retriksi HaA1

dengan Metode PCR-RFLP

Keragaman gen IFNGR2 pada sapi Bali dalam penelitian ini menggunakan

metode PCR-RLFP (Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length

Polymorphism) dan enzim retriksi HaA1 sebagai enzim pemotong. Enzim retriksi

HaA1 mengenali situs pemotong GCG|C. Dengan menggunakan lokus IFNGR2

dan enzim HaA1 sebagai pemotong maka panjang alel dapat diketahui.

Hasil visualisasi dengan menggunakan gel agarose2% dapat menunjukkan

bahwa panjang fragmen yang didapat adalah 303 pb dan 690 pb. Dari hasil

tersebut menunjukkan bahwa lokus IFNGR2 dengan enzim pemotong HaA1 pada

sapi Bali yang diamati memiliki panjang fragmen yang seragam (monomorfik).

Hasil visualisasi PCR-RLFP dengan enzim retriksi HaA1 dapat dilihat pada

Gambar 2.

Page 33: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

19

Gambar 2. Visualisasi PCR-RFLP Gen IFNGR2 dengan Enzim HaA1, M: marker

100-1000 pb; 1-5 Sampel Polled;6-14 Sapi Bali Bertanduk; 1-14

genotipe BB (303-690 pb)

Berdasarkan Gambar 2 diketahui bahwa penggunaan metode PCR-RLFP

dengan enzim pemotong HaA1 pada sampel sapi Bali Polled dan sapi Bali

bertanduk menghasilkan pola pemotongan yang seragam (monomorfik). Genotipe

yang dihasilkan pada penelitian ini yaitu bergenotipe homozigot BB yang

memiliki panjang fragmen 303 bp dan 690 bp. Hal ini menunjukkan bahwa tidak

ada perbedaan situs potong antara sapi Bali Polled dengan sapi Bali bertanduk

dengan demikian tidak ditemukan gen yang mengontrol sifat Polled pada sapi

Bali. Hal ini tidak sesuai dengan penelitian yang telah dilakukan oleh Glatzer et

al.,(2013) yang menemukan gen pengontrol sifat Polled pada sapi Holstein dengan

menggunakan lokus IFNGR2.

Frekuensi Genotipe dan Alel

Frekuensi alel adalah frekuensi relatif dari suatu alel dalam populasi atau

jumlah suatu alel terhadap total alel yang terdapat dalam suatu populasi.

Page 34: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

20

Keragaman genetik terjadi apabila terdapat dua alel atau lebih dalam populasi

(Nei dan Kumar, 2000). Hasil analisis frekuensi genotipe dan alel pada lokus

IFNGR2 pada sapi Bali dapat dilihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Frekuensi Genotipe dan Alel Lokus IFNGR2

Breed N Frek Genotipe Frek Alel

AA AB BB A B

Polled 11 0,000 0,000 1,000 0,000 1,000

Bertanduk 89 0,000 0,000 1,000 0,000 1,000

Hasil identifikasi genotipe sapi Bali menunjukkan bahwa pada sapi Bali

Polleddan sapi Bali bertanduk hanya mempunyai satu jenis genotipe pada lokus

IFNGR2 yaitu bergenotipe BB, sapi Polled sebanyak 11 ekor dan sapi Bali

bertanduk sebanyak 89 ekor, sedangkan pada genotipe AA dan AB pada sapi Bali

Polled maupun sapi Bali bertanduk tidak ditemukan. Hasil penelitian ini

menunjukkan bahwa populasi yang diamati seragam atau monomorfik. Hal ini

sesuai dengan pendapat Nei dan Kumar, (2000) yang menyatakan bahwa gen

dikatakan polimorfik apabila salah satu alelnya kurang dari 99%, keragaman dapat

ditunjukkan dengan adanya dua alel atau lebih dalam populasi.

Nilai Heterozigositas

Keragaman genetik dapat dilihat berdasarkan nilai heterozigositas. Nilai

Heterozigositas pengamatan(Ho) dan heterozigositas pengamatan (He) digunakan

untuk menduga keragaman genetik. Heterozigositas harapan merupakan penduga

keragaman genetik pada populasi ternak lebih tepat karena perhitungannya dilihat

berdasarkan frekuensi alel. Hasil analisis nilai heterozigositas pengamatan (Ho)

dan heterozigositas harapan (He) pada lokus IFNGR2 dapat dilihat pada Tabel 3.

Page 35: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

21

Tabel 3. Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas

Harapan (He)

Breed N Heterozigositas

H pengamatan H harapan

Polled 11 0,000 0,000

Bertanduk 89 0,000 0,000

Dari Tabel 3 dapat dilihat bahwa pada lokus IFNGR2 pada sapi Bali

Polled dan sapi Bali Bertanduk memiliki nilai heterozigositas pengamatan (Ho)

dan nilai heterozigositas harapan (He) yaitu 0,00. Perhitungan nilai

heterozigositas berdasarkan kaidah Nei, (1987) bahwa nilai heterozigositas

berkisar antara 0-1, apabila nilai heterozigositas sama dengan 0 (nol) maka

diantara populasi yang diukur memiliki hubungan genetik sangat dekat dan

apabila nilai heterozigositas sama dengan 1 (satu) maka diantara populasi yang

diukur tidak terdapat hubungan genetik atau pertalian genetik sama sekali.

Page 36: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

22

PENUTUP

Kesimpulan

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa:

a) Pada lokus IFNGR2 dengan menggunakan enzim HaA1 sebagai enzim

pemotong menghasilkan pola potong yang seragam (monomorfik).

b) Pada lokus IFNGR2 dengan enzim pemotong HaA1 tidak ditemukan gen

pengontrol sifat Polled pada sapi Bali.

Saran

Berdasarkan kesimpulan penelitian ini, maka disarankan untuk melakukan

penelitian lanjutan dalam mengidentifikasi gen pengontrol sifat Polled pada sapi

Bali dengan menggunakan lokus yang lain.

Page 37: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

23

DAFTAR PUSTAKA

Capitan, A. 2011. A newly described bovine type 2 scurs syndrome segregates

with a Frame-Shift mutation in TWIST1. PLoS ONE, 6(7).

Cargill, E.J., Nissing, N.J. and Grosz, M.D. 2008. Single nucleotide

polymorphisms concordant with the horned / polled trait in Holsteins.

BMC Research Notes, 9(1), pp.1–9.

Darmadja, S.D.N.D. 1980. Setengah Abad Peternakan Sapi Tradisional dalam

Ekosistem Pertanian di Bali.Disertasi. Bandung:

UniversitasPadjadjaran.

Ditjennak. 2009. Statistik Peternakan 2009. Jakarta: Direktorat Jendral Petarnakan

Departeman Pertanian RI.

Frandson R. D., 1996. Anatomi dan Fisiologi Ternak. Gadjah Mada University

Press. Yogyakarta.

Glatzer, S, Marten N.J, Dierks, C, Wohlk, A, Philipp, U, and Disti, O. 2013. A

Single Nucleotide Polymorphism within the Interferon Gamma

Receptor 2 Gene Perfectly Coincides with Polledness in Holstein

Cattle. PloS one, 8(6), pp.1–7.

Handiwirawan, E. dan Subandriyo. 2004. Potensi dan keragaman sumberdaya

genetik sapi bali.Lokakarya Nasional Sapi Potong. Pusat Penelitiandan

Pengembangan Peternakan. Hlm. 50-60.

Hardjesubroto W. 1998. Pengantar Genetika Hewan. Fakultas Peternakan

Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.

Hardjosubroto W. 1994. Aplikasi Pemuliabiakan Ternak di Lapangan. Jakarta :

GramediWidiasarana Indonesia.

Hardjosubroto, W. dan J.M. Astuti. 1993. Buku Pintar Peternakan. Jakarta:

Gramedia Widiasarana Indpnesia.

Hartl, D. L. 1988 Primer of Population Genetics. 2 ed. Sinauer Associates,

Sunderland, Massachusetts.Pp 305.

Haryana, I.G.N.R. 1989. Beberapa Aspek Biologi Reproduksi Sapi Bali Jantan

Muda. Disertai. Program Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor.

Hong. 1998. The Polymorphism of a mutation of IGF-1 gene on two goat breeds

in China. Journal Of Animal And Veterinary 9(4) : 790-794.

Page 38: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

24

Indrawan, M., R. B. Primack dan J. Supriatna. 2007. Biologi Konservasi. Yayasan

Obor Indonesia. Jakarta.

Kirby, G.W.M. 1979.Balicattle inAustralia. WorldAnimal Review. FAO. 31:24-

29.

Lauwerier, R.C.G.M. 2015. Polled cattle in the Roman Netherlands. Livestock

Science, 179, pp.71–79.

Liu Wu-Jun, Fang Guang-Xin, Fang Yi, Tian Ke-Chuan, Huang Xi-Xia and Chen

Hong. 1998. the polymorphism of a mutation of igf-1 gene on two

goatbreeds in china. Journal Of Animal And Veterinary 9(4) : 790-794.

Misrianti, R. 2009. Identifikasi keragaman Gen Pituitary-Specific Positive

Transcription Factor 1 (PIT1) pada kerbau lokal (Bubalus bubalis) dan

Sapi FH (Friesian-Holstein). Skripsi. Fakultas Peternakan IPB, Bogor.

Moran. J.B. 1990. Performans dari sapi-sapi Pedaging di Indonesia dalam

Kondisi Pengelolaan Tradisional dan Diperbaiki. Laporan

SeminarRuminansia II. Bogor: Pusat Penelitian dan Pengembangan

Ternak.Obor Indonesia. Jakarta.

Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New

York.

Nei, M., and Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York

:Oxford University Press.

Pane, I. 1990. Upaya peningkatan mutu genetik sapi Bali di P3 Bali. Prosiding

Seminar Nasional Sapi Bali. Bali, 20-22 September 1990.

Ragimekula. N, Varadarajula. N, Mallapuram. S. P, Gangimeni. G, Reddy. G. K,

and Kondreddy. H. R. 2013. Marker Assisted Selection In Disease

Resistance Breeding. Department of Genetics and Plant Breeding,

Acharya N. G. Ranga Agricultural University, S. V. Agricultural college,

Tirupati, Andhra Pradesh, India. J. Plant Breed. Genet. 01 (02) 2013. 90-

109

Rahayu S., S. B Sumitro, T Susilawati, dan Soemarno. 2006. Identifikasi

Polimorfisme Gen GH (Growrth Hormone) Sapi Bali dengan Metode

PCR-RFLP. Berk. Penel. Hayati: 12 (7-11).

Soehadji.1991.KebijakanpengembanganternakpotongdiIndonesia.Proc.Seminar

NasionalSapiBali;UjungPandang, 2-3September.FakultasPetemakan

UniversitasHasanudinUjungPandang.

Sofro, A. S. M. 1994. Keanekaragaman Genetik. Andi Offset. Yogyakarta

Page 39: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

25

Suryanto D. 2003. Melihat keanekaragaman organisme melalui beberapa teknik

genetika molekuler. Program Studi Biologi, Fakultas Matematika Dan

Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sumatera Utara.

Talib, C,S.Sivarajasingam, G.N.Hinch, andA.Bamualim. 1998.Factor

inf1uencin~ preweaning andweaning weight ofBali(Bassondaicus)

calves. Procofthe61I WorldCongress onGenetics Applied toLivestock

Production.

Wello, B. 2011. Manajemen Ternak Sapi Potong. Masagena Press. Makassar.

Williams, J. L. 2005. The use of marker assisted selection in animal breeding and

Biotechnology. Journal of veterinary and animal science research 24:379-

391.

Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. CV. Andi

Offset. Yogyakarta.

Zulkarnaim. 2016. Identifikasi Karakteristik Sapi Bali Polled Sebagai Sapi Potong

Lokal Baru. Proposal Disertasi. Fakultas Peternakan, Universitas

Hasanuddin. Makassar.

Page 40: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

26

LAMPIRAN

Dokumentasi

Page 41: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

27

Page 42: IDETIFIKASI GEN PENGONTROL SIFAT POLLED SAPI BALI … · mengidentifikasi keragaman genetikpengontrol sifat Polled pada sapi Balidengan menggunakan metode (PCR-RFLP)yang diharapkan

28

RIWAYAT HIDUP

Hasman, lahir di Panyurakpada tanggal 24 April 1993,

sebagai anak ketujuh dari pasangan bapak Samsir Oze dan

ibu Jaria, Jenjang pendidikan formal yang pernah ditempuh

adalahSekolah Dasar Negeri 106 Panyurak dan lulus pada

tahun 2006. Kemudian setelah lulus, melanjutkan di SekolahMenengahPertama,

SMPN 1 Pasui, lulus pada tahun 2009 dan Sekolah MAN 1 Baraka, lulus pada

tahun2012. Setelah menyelesaikan Tingkat SekolahMenengah Atas, penulis

diterima di Perguruan Tinggi Negeri (PTN) melalui jalur Seleksi Nasional Masuk

Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN)Fakultas Peternakan, Universitas

Hasanuddin, Makasssar.