-
Ismert transzkripcis faktor kthelyek annotlsa s elemzse ortolg
gerinces promterekenSebestyn Endre s Barta EndreMBK, Bioinformatika
csoport2005
-
ClkitzsekIsmert transzkripcis faktor kthelyek
vizsglataElfordulsuk gyakorisgaEvolcis konzervltsgTranszkripcis
starthelyhez-hez viszonytott elhelyezkeds
-
Ismert kthely adatbzisokAdatbzisokJASPARTRANSFACKsrletesen
vizsglt adatok gyjtemnyeKonszenzus szekvencia vagy eloszlsmtrix a
kthelyek jellemzsre
2 3 4 5A 16 352 3 354C 46 0 10 0G 18 2 2 5T 309 35 374 30
-
Kthelyek keresse promterszekvencikonTRANSFAC mtrixgyjtemnnyel
val keress eredmnyeSok, biolgiailag nem felttlenl relevns (fals
pozitv) kthely ugyanazon a szekvencin
-
DoOP, Ortolg promter adatbzisOrtolg promtercsoportok
analziseTbbszrs szekvenciailleszts (Dialign)Konszenzus szekvencia
kszts, motvumkeressEvolcisan konzervlt rgik (motvumok)
definilsa
-
Statisztikk I (Vizsglt minta)Ortolg promterek 3 csoportbanCsak
ember, csimpnz, makk szekvencikat tartalmaz csoportokEgyb emls
fajokat is tartalmaz csoportokEgyb, nem emls fajokat tartalmaz
csoportok
-
A hromfle promtercsoport szekvenciaillesztsnek klnbsgei
-
Statisztikk II (Leggyakoribb kthelyek)
-
Leggyakrabban elfordul kthelyek tr. faktorainak nhny funkcijaSP1
: hztartsi gnek eltt ltalnosAP2 alpha : embriogenezis,
morfogenezisFREAC-3 s 7 : embriogenezisS8 : embriogenezisMZF-1-4 :
hematopoetikus ssejtekbendeltaEF1 : embriogenezis
-
Konzervlt kthelyekSAP-1N-Mycm3 motvumggGTCAcgTGAc
m4 motvumcCcggcccGgaGc
-
Statisztikk III (Legkonzervltabb kthelyek)
-
bHLH s ETS domainbHLH domainS. cerevisiae, D. melanogaster
fajokban isltalban fejlds s szvetspecifikus gnexpresszit szablyoz
faktorokbanETS domainszivacsokban is megtallhatfejlds,
differencici, sejtprolifercimindkett korai eukarita evolci sorn
jhetett ltre
-
Konzervlt kthelyek tr. starthelyhez viszonytott pozcijaVan-e
preferlt pozcija az adott kthelynek a transzkripcis starthelyhez
kpest?Humn szekvencik vizsglata (megfelelen annotlt 5 UTR)tlagos
kthelyszm 15 bzis hossz ablakon bell
-
AP2 alpha (leggyakoribb) relatv pozcija
Diagram1
0
0
0
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
3
3
4
4
4
5
5
6
6
7
7
7
7
8
8
9
9
9
9
10
10
10
10
9
9
10
10
10
11
11
12
12
12
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
13
13
14
14
14
15
15
15
16
16
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
16
16
16
17
17
17
18
18
18
17
17
17
16
16
15
15
15
14
14
14
14
14
14
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
16
16
16
16
16
17
17
17
17
17
17
17
16
16
16
16
16
16
17
17
17
18
18
19
20
21
21
22
23
24
24
25
25
25
25
24
24
23
23
22
22
21
20
20
20
19
19
20
20
21
21
22
23
23
24
25
25
26
26
27
27
28
28
28
29
29
29
29
29
30
30
30
30
30
30
30
29
29
28
28
28
28
28
28
28
28
29
29
30
30
30
30
31
31
32
32
32
31
31
31
31
30
30
30
30
30
30
30
29
29
29
29
29
29
29
30
30
30
30
31
31
31
32
32
33
34
36
37
39
40
41
42
43
44
46
47
48
49
50
50
50
51
50
50
49
48
47
46
45
44
43
43
42
42
41
41
41
40
40
40
41
41
41
42
42
42
42
43
43
43
43
43
44
44
45
45
45
46
46
47
47
47
47
47
47
48
48
47
47
46
46
47
47
48
48
49
50
50
51
52
53
54
55
56
56
57
57
56
56
55
54
53
52
51
50
49
49
49
48
48
48
48
48
47
47
47
47
47
47
46
46
45
45
45
46
46
46
47
49
51
52
54
54
55
56
57
56
56
55
55
55
55
54
53
52
52
52
52
51
51
50
51
51
52
51
51
51
51
51
51
52
53
54
55
56
58
59
60
61
62
64
65
66
66
67
67
67
67
66
66
65
65
65
65
65
65
66
66
66
65
66
66
67
68
69
69
70
71
72
72
71
71
71
71
71
70
70
70
70
70
69
69
68
68
68
68
68
68
67
68
67
66
66
65
64
63
63
62
61
60
59
59
58
58
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
AP2 alpha
Munka1
-499040
-498050
-497060
-496091
-4951121
-4941151
-4931171
-4921191
-4911211
-4901232
-4893252
-4883272
-4873262
-4862252
-4852242
-4842232
-4832221
-4822211
-4812181
-4800151
-4790121
-4780101
-477081
-476060
-475040
-474020
-473010
-472020
-471040
-470070
-4690101
-4680131
-4670161
-4661191
-4651221
-4642262
-4633302
-4623332
-4613352
-4603372
-4593413
-4583453
-4574534
-4564604
-4553644
-4542695
-4532765
-4524846
-4515926
-4509987
-44991027
-44871057
-44781117
-446101188
-445111268
-444111319
-44391349
-44281369
-44171399
-440914410
-439914610
-4381014510
-437914410
-43681419
-435111419
-4341214410
-4331214910
-4321015410
-431916011
-4301016711
-429817412
-428918212
-4271118712
-4261219113
-4251419313
-4241519613
-4231719713
-4221619613
-4211619713
-4201620013
-4191620113
-4181420213
-4171320113
-4161020213
-415919813
-414919713
-4131219713
-4121219413
-4111318813
-4101318512
-4091618212
-4081318012
-4071517912
-4061618012
-4051317912
-4041017912
-4031118012
-4021018312
-401818112
-400818612
-3991019213
-3981119813
-3971220514
-3961421214
-3951621614
-3941422015
-3931822515
-3922123115
-3912223316
-3902023316
-3891723115
-3881523015
-3871422915
-3861323015
-3851422815
-3841222515
-3831122315
-3821022215
-3811322515
-3801523015
-3791523416
-3781623816
-3771824216
-3762024817
-3751925417
-3742026117
-3732026518
-3721826618
-3711726518
-3701826217
-3691825617
-3681724917
-3671724316
-3661723716
-3651622915
-3641422515
-3631322115
-3621221514
-3611321214
-3601321214
-3591421314
-3581221514
-3571421614
-3561322015
-3551222215
-3541522515
-3531722815
-3521822815
-3511922915
-3501723015
-3491822715
-3481522615
-3471522615
-3461622815
-3451323015
-3441523215
-3431323516
-3421123816
-3411223916
-3401224216
-3391724616
-3381924917
-3372025117
-3362225117
-3352025117
-3341925117
-3331825017
-3321925117
-3311924716
-3301524316
-3291524116
-3281324016
-3271123916
-3261124316
-3251324917
-3241325217
-3231525717
-3221826718
-3212127718
-3201928719
-3192329920
-3182431221
-3172232221
-3162433622
-3152535023
-3142535924
-3132336724
-3122337325
-3112437425
-3102337225
-3092737025
-3082936524
-3072735724
-3062934823
-3052534023
-3042433022
-3032232322
-3022031521
-3011930520
-3001729720
-2991629420
-2981529119
-2971329219
-2961729620
-2951530320
-2941730821
-2932131821
-2922433122
-2912634123
-2902635023
-2892836024
-2882936825
-2872537825
-2862938826
-2853039626
-2842640327
-2832440827
-2822341328
-2812541928
-2802542228
-2792742829
-2782943029
-2773143029
-2763143529
-2753144029
-2743444630
-2733245230
-2723145430
-2713145430
-2703045330
-2693144930
-2682944430
-2672943829
-2663142829
-2652742128
-2642741628
-2632841428
-2622741528
-2612641628
-2602542128
-2592442528
-2582542628
-2572643429
-2562943929
-2553144330
-2543244530
-2533445030
-2523345630
-2513246231
-2503547031
-2493247732
-2483247832
-2472947532
-2463147131
-2453146731
-2443046431
-2433346131
-2423345330
-2413045130
-2402845130
-2392845330
-2383045330
-2373045030
-2362944730
-2352744229
-2343043929
-2333243929
-2323143729
-2313143529
-2302843729
-2292744029
-2282844630
-2273045530
-2263045730
-2252645730
-2242645831
-2233245931
-2223346831
-2213547532
-2203648632
-2193249933
-2183251334
-2173253336
-2163255737
-2153757939
-2143460340
-2133961841
-2124363542
-2114465143
-2104666744
-2095068646
-2085470847
-2075771848
-2065073549
-2055374550
-2044875450
-2034875650
-2025175851
-2015475650
-2004774650
-1995172949
-1984971948
-1975269947
-1964668446
-1954867445
-1944866144
-1934464943
-1924064043
-1914062942
-1903362342
-1893361541
-1883861641
-1873861541
-1864260740
-1853860640
-1844060440
-1834360841
-1824461741
-1814762241
-1804762542
-1794062642
-1784362642
-1773863242
-1764463843
-1754264543
-1743864743
-1734164743
-1723964943
-1714265844
-1704466644
-1694667545
-1685067845
-1674668045
-1664768746
-1654969446
-1644970647
-1635171147
-1624771247
-1614771247
-1604470947
-1594571147
-1584871648
-1575171448
-1564770947
-1554569847
-1544669746
-1534769746
-1524870347
-1515271247
-1504771848
-1494472048
-1484073049
-1474674450
-1464775750
-1455076951
-1445478152
-1435478953
-1425380554
-1415781955
-1405983556
-1395984456
-1385985057
-1376085157
-1366084756
-1356384156
-1345883155
-1335681254
-1325579353
-1315378052
-1305176651
-1295075250
-1284874249
-1274373449
-1263872849
-1254072448
-1244671848
-1234571948
-1224671748
-1215071348
-1205570947
-1195270747
-1185270547
-1174970547
-1165470147
-1154970047
-1144669746
-1134468946
-1124168145
-1113668045
-1104068145
-1094268546
-1084468446
-1074369046
-1064270847
-1054773349
-1045176051
-1035378652
-1025380454
-1015381754
-1005582855
-996484156
-986985257
-976884656
-966283456
-955882155
-945582055
-935582355
-925682555
-915381654
-904180153
-893978652
-884078352
-875277952
-865677852
-855777051
-845576051
-835475550
-825376051
-815976651
-805477652
-795477251
-784776751
-774676351
-764876151
-754676651
-744577251
-735077652
-724879153
-715180454
-705382655
-695384756
-685986558
-675988559
-666390060
-656991561
-646793762
-636995464
-626797065
-616698566
-606699466
-5960100367
-5865100867
-5770100567
-5668100067
-556999266
-546898666
-536898165
-526897565
-516897865
-506697765
-496297865
-486197965
-476198566
-466198666
-456098466
-446398165
-436498766
-427199566
-4169100867
-4075101568
-3969102869
-3866104069
-3765105470
-3674106771
-3574107972
-3475107472
-3368107071
-3274106271
-3173106371
-3074106471
-2976106371
-2876105770
-2766105570
-2665105170
-2567105270
-2470104970
-2367104169
-2264103069
-2168102368
-2072101768
-1971102168
-1869102268
-1771101968
-1665101768
-1563101267
-1469101468
-1370101167
-127099766
-116698466
-106497165
-96895864
-86295063
-76693963
-66592862
-55891261
-45889460
-35688859
-25888559
-15787358
05286858
Munka1
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
AP2 alpha
Munka2
Munka3
-
SAP-1 (legkonzervltabb) relatv pozcija
Diagram1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
2
2
3
3
3
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
1
1
1
2
2
2
2
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
2
2
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
6
6
6
6
7
7
7
7
7
7
7
7
7
6
6
6
6
6
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
5
5
5
5
5
5
5
6
6
6
6
6
6
6
6
6
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
6
6
6
6
6
5
5
5
5
5
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
5
5
5
5
6
6
7
8
8
8
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
8
8
8
7
7
7
7
7
7
7
8
8
8
8
8
8
8
8
8
8
9
9
9
8
8
8
8
8
8
8
8
8
8
8
8
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
10
10
10
10
10
10
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
10
10
10
10
11
11
11
11
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
12
13
13
13
14
14
15
15
16
16
16
16
16
16
15
15
15
16
16
16
16
16
17
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
29
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
31
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
30
31
31
32
32
33
34
35
36
37
38
40
41
43
45
47
49
51
53
55
57
58
59
61
61
61
62
63
63
63
63
63
63
63
63
63
62
62
61
61
60
59
58
56
54
52
50
47
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
SAP-1
Munka1
-499000
-498000
-497000
-496000
-495000
-494000
-493000
-492000
-491000
-490000
-489000
-488000
-487000
-486000
-485000
-484000
-483000
-482010
-481020
-480030
-479040
-478050
-477060
-476070
-475181
-474191
-473191
-472191
-471191
-470191
-469191
-468191
-467181
-466081
-465081
-464081
-463081
-462091
-4610101
-4600111
-4591121
-4581151
-4571181
-4561211
-4552242
-4542272
-4532292
-4522312
-4513322
-4503332
-4493332
-4483322
-4473302
-4462282
-4452262
-4442242
-4432211
-4421181
-4410151
-4400121
-439091
-438070
-437050
-436030
-435010
-434000
-433000
-432010
-431030
-430050
-429070
-428091
-4270111
-4260131
-4251161
-4242191
-4232211
-4222221
-4212232
-4202252
-4192272
-4183302
-4173332
-4162342
-4151352
-4141362
-4132372
-4122383
-4113393
-4104393
-4093383
-4083372
-4073372
-4063372
-4053362
-4043352
-4033332
-4022292
-4011262
-4001232
-3991201
-3981171
-3971141
-3961111
-395081
-394060
-393050
-392040
-391030
-390030
-389030
-388030
-387040
-386050
-385081
-3840111
-3831141
-3821171
-3811201
-3801232
-3791272
-3783322
-3773372
-3763403
-3753423
-3743443
-3733473
-3724493
-3715513
-3705513
-3693503
-3683493
-3673483
-3664483
-3653483
-3643463
-3633433
-3622403
-3612393
-3602383
-3593372
-3583362
-3572362
-3562362
-3552372
-3542403
-3532453
-3522503
-3513554
-3503604
-3493654
-3484695
-3475745
-3467795
-3457836
-3448866
-3438906
-3427946
-3416987
-34071027
-33971067
-33861077
-33751077
-33671077
-33571067
-33471037
-33381007
-3329966
-3318936
-3307906
-3298886
-3287846
-3274805
-3263795
-3253775
-3244755
-3233745
-3223735
-3213715
-3203705
-3196725
-3186745
-3177755
-3167755
-3156755
-3146755
-3136745
-3126745
-3115715
-3104685
-3094654
-3083604
-3073574
-3062554
-3053534
-3043534
-3033544
-3024564
-3012594
-3003624
-2994664
-2984715
-2976745
-2966775
-2956785
-2947775
-2936805
-2927825
-2917836
-2906856
-2896856
-2884856
-2873866
-2865886
-2855916
-2845946
-2836966
-28261007
-28161027
-28071057
-27991097
-27891107
-277101107
-27691107
-275101087
-27481067
-27371037
-27271027
-27161007
-2705987
-2695956
-2684926
-2674896
-2663866
-2656846
-2647825
-2637795
-2627765
-2616735
-2607725
-2595715
-2585705
-2575695
-2563674
-2552654
-2542624
-2533604
-2523584
-2512574
-2505584
-2495594
-2485594
-2474604
-2464624
-2455654
-2444685
-2436745
-2426785
-2413825
-2403886
-2394976
-23861067
-23761148
-23681218
-23591268
-23491289
-233111339
-232131369
-231131399
-230131389
-229111389
-228111369
-22781349
-22681339
-22561319
-22471289
-22351258
-22261198
-22161168
-22071127
-21981107
-21891077
-217101077
-216101077
-21571097
-21481117
-21371168
-21261198
-21151218
-21061228
-20971248
-20871248
-20781268
-206111268
-205101278
-204101278
-203101289
-202121299
-201101299
-20091278
-19981278
-19881248
-19761218
-19661208
-19571198
-19471178
-19351168
-19281168
-19181178
-19071198
-18991238
-18891289
-187101299
-18691299
-18591309
-18491299
-183101299
-182101329
-181111339
-18081349
-17971349
-17861359
-17771379
-17681429
-1751014510
-1741014710
-1731014910
-1721015110
-1711015310
-1701115610
-1691415911
-1681316111
-1671216211
-1661316411
-1651016711
-164916711
-163916811
-1621016911
-1611016711
-1601116611
-1591216611
-1581316211
-1571016111
-1561116111
-1551216211
-1541216411
-1531216511
-1521216711
-151916911
-150916911
-149917111
-1481017111
-1471217011
-1461117011
-1451316711
-1441416611
-1431316611
-1421216511
-1411116411
-1401116211
-1391215911
-138916011
-1371115911
-136915710
-135815510
-134815510
-133815710
-132916111
-1311216511
-1301217111
-1291217211
-1281117412
-1271217712
-1261317912
-1251517912
-1241618112
-1231517812
-1221217612
-1211117612
-1201117812
-1191017912
-118817912
-1171117912
-116918112
-1151018312
-1141218813
-1131319513
-1121320113
-1111320714
-1101521614
-1091822215
-1081723015
-1071723416
-1061823416
-1051723516
-1041623316
-1031723416
-1021723316
-1011723015
-1001423015
-991223015
-981423316
-971123716
-961424016
-951424316
-941524616
-931725217
-921726117
-912127318
-902128519
-891929720
-882031021
-872032722
-862334623
-852336324
-842438025
-832639326
-822340527
-812741828
-803143129
-793444229
-783444630
-773444830
-763444930
-753344930
-743245130
-733345430
-723145530
-712745430
-702545230
-692545130
-682644930
-672545230
-663045530
-653245630
-643345230
-633245030
-623345030
-613245030
-603645230
-593545831
-583445630
-572745330
-562545030
-552545130
-542545030
-532845330
-523145130
-512844730
-502944430
-493044630
-483344930
-473245730
-463546331
-453447231
-443147632
-433148532
-422949933
-412851434
-403352735
-393154036
-383755537
-373557538
-363759540
-354361641
-344564343
-334667345
-324570147
-315073449
-305476451
-295179753
-285282555
-275684857
-265886958
-256189159
-246490861
-236791861
-226892261
-216593462
-206693863
-196694263
-186894463
-176294463
-166094463
-155894663
-146394263
-135694463
-126094063
-116093462
-106192362
-96492061
-86991561
-76490360
-66787959
-56286458
-46083756
-35780754
-25977852
-15574550
04670847
Munka1
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
SAP-1
Munka2
Munka3
-
TATA-box tulajdonsgaisszesen : 3029szekvenciban : 2998
(10,20%)csoportban : 1096 (42,71%)konzervlt : 308 + 124 (10,2%,
14,26%)
Diagram1
0
0
0
0
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
3
3
3
4
4
4
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
3
3
4
4
4
4
4
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
6
6
6
7
7
8
9
10
10
11
12
13
14
14
15
15
16
16
16
16
16
16
16
16
15
15
15
14
14
14
13
14
13
13
13
13
13
13
12
12
12
12
12
12
11
11
10
10
10
9
9
8
8
8
7
7
7
7
7
8
8
8
8
9
10
10
11
11
11
12
12
12
12
12
12
12
13
13
13
14
14
14
15
16
16
17
18
19
20
21
22
22
23
23
23
23
24
24
24
24
24
24
24
23
22
22
21
21
20
19
17
16
15
14
13
12
12
11
11
11
11
11
11
12
13
14
15
16
17
17
18
18
19
19
20
20
21
21
21
20
20
19
19
19
18
18
17
17
16
16
16
15
15
14
15
15
15
14
14
14
14
14
14
14
14
14
14
14
14
13
13
13
13
13
13
13
13
14
14
15
15
15
16
16
16
16
16
16
17
17
17
17
17
17
16
16
16
17
17
17
17
17
18
18
18
18
18
18
18
19
19
18
18
18
19
19
19
19
19
20
20
20
21
21
22
22
23
23
23
24
24
24
24
23
23
23
22
22
21
21
20
19
18
18
17
16
16
16
15
15
14
14
14
14
14
15
15
16
17
17
18
19
19
20
21
21
21
22
22
21
21
20
20
19
19
18
18
18
18
17
17
17
18
18
18
18
18
18
18
18
18
17
16
16
15
14
14
13
12
12
12
12
12
12
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
24
25
25
25
25
25
25
25
26
26
26
26
26
27
27
28
28
29
29
29
30
30
30
30
30
30
30
31
31
31
31
32
33
33
34
36
37
38
40
41
43
46
49
52
55
58
62
66
70
75
80
86
92
99
106
112
118
123
128
133
137
141
145
152
160
168
175
183
189
195
200
206
210
215
219
224
228
229
225
216
204
190
175
161
147
133
119
106
93
80
66
54
43
35
31
28
26
25
25
24
24
23
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
TATA-box
Munka1
-499010
-498030
-497050
-496070
-495091
-4940111
-4930131
-4921151
-4912171
-4902191
-4892211
-4882232
-4872252
-4862272
-4852292
-4842292
-4832272
-4822252
-4812242
-4802232
-4792221
-4782211
-4771201
-4760191
-4750181
-4741171
-4731161
-4721151
-4711161
-4701171
-4691201
-4681242
-4671282
-4661302
-4651332
-4643362
-4633403
-4624443
-4614483
-4604534
-4593594
-4584654
-4574715
-4565735
-4555755
-4545755
-4536755
-4527755
-4517765
-4507755
-4495745
-4485715
-4474685
-4464664
-4454634
-4444584
-4433534
-4423483
-4412463
-4402443
-4393443
-4383453
-4372463
-4362473
-4352503
-4343534
-4333574
-4324624
-4315654
-4305674
-4295705
-4286735
-4276765
-4266775
-4257785
-4246795
-4235785
-4225785
-4215805
-4205805
-4194815
-4184856
-4175896
-4164946
-41551027
-41471107
-41361198
-41271309
-4111014310
-4101115610
-4091116711
-4081318012
-4071319313
-4061420314
-4051621614
-4041722715
-4031723215
-4021623416
-4011723816
-4001823916
-3991724016
-3981924016
-3971823916
-3961523616
-3951323316
-3941523015
-3931422615
-3921422015
-3911421614
-3901520914
-3891420314
-3881420213
-3871320314
-3861320013
-3851219713
-3841319613
-3831219413
-3821219013
-3811418813
-3801418612
-3791218512
-3781118312
-3771318112
-3761217712
-3751117312
-3741216911
-3731216211
-3721215510
-3711115010
-3701014610
-36991389
-36881339
-36781278
-36671218
-36571158
-36471107
-36371097
-36251097
-36171097
-36051127
-35961158
-35861188
-35771228
-356101278
-355101339
-354914310
-3531114910
-3521115811
-3511016411
-3501117111
-3491217612
-3481317612
-3471517612
-3461317712
-3451417612
-3441217712
-3431318212
-3421218813
-3411019413
-3401020013
-3391020314
-3381021014
-3371221614
-3361522515
-3351723316
-3341824316
-3331925617
-3321827018
-3312028719
-3302030420
-3292131821
-3282132722
-3272233322
-3262333823
-3252434223
-3242734823
-3232735223
-3222635624
-3212435924
-3202336224
-3192336424
-3182336324
-3172436124
-3162435424
-3152434523
-3142433622
-3132432822
-3122431921
-3112230821
-3102229520
-3092027919
-3081826217
-3071724516
-3061622915
-3051421214
-3041219813
-3031018712
-302817812
-301717111
-300716611
-299816311
-298716211
-2971016411
-2961116911
-2951317912
-2941319313
-2931320714
-2921422215
-2911523416
-2901625017
-2891726017
-2882027018
-2872227718
-2862128419
-2852229219
-2842029820
-2832330420
-2822030921
-2812131221
-2802030921
-2792030220
-2782129720
-2772029019
-2762128719
-2752127919
-2742027418
-2731726618
-2721525917
-2711625317
-2701524716
-2691724216
-2681523416
-2671522515
-2661321815
-2651321614
-2641421815
-2631521815
-2621521815
-2611321614
-2601221614
-2591321514
-2581521614
-2571721614
-2561621314
-2551520814
-2541520414
-2531520414
-2521420614
-2511420714
-2501320514
-2491120113
-2481019813
-2471119813
-2461319713
-2451419613
-2441419613
-2431319613
-2421319913
-2411320714
-2401521614
-2391422415
-2381422815
-2371423115
-2361423416
-2351623816
-2341924116
-2331924516
-2321924516
-2311724516
-2301724817
-2291725217
-2281725617
-2271625717
-2261725317
-2251524917
-2241424516
-2231724516
-2221824716
-2211824917
-2201725117
-2191525317
-2181525517
-2171526117
-2161726818
-2151926818
-2141926718
-2131926818
-2121826818
-2111927118
-2102127518
-2092127819
-2081727819
-2071727618
-2061927618
-2051727718
-2041827919
-2031928019
-2021827919
-2011728119
-2001728819
-1991929520
-1982029920
-1972030620
-1962031321
-1952031921
-1942332722
-1932433622
-1922434423
-1912334923
-1902435223
-1892535524
-1882535724
-1872635824
-1862635324
-1852534923
-1842434523
-1832334223
-1822333722
-1812232922
-1802131921
-1791830821
-1782029720
-1772028519
-1762027418
-1751926318
-1741725417
-1731524616
-1721523816
-1711523316
-1701322515
-1691321915
-1681221314
-1671420814
-1661420514
-1651320614
-1641321314
-1631222015
-1621423015
-1611423916
-1601425017
-1591425917
-1581626818
-1572227819
-1562229019
-1552330120
-1542230821
-1532331421
-1522332021
-1512332522
-1502332722
-1492531821
-1482331021
-1472130220
-1462029620
-1452028919
-1441928119
-1431827618
-1421327218
-1411426618
-1401526318
-1391626217
-1381626217
-1371526217
-1361826318
-1351926618
-1341927218
-1332027518
-1322027618
-1312027518
-1302027418
-1292027318
-1282126618
-1271925717
-1261724716
-1251623616
-1241522415
-1231521314
-1221420414
-1211119513
-1201018412
-119917612
-118917312
-117817412
-116917612
-1151117912
-1141118512
-1131019613
-1121120914
-1111422415
-1101724016
-1091725717
-1081827318
-1072028619
-1062230220
-1052332021
-1042433622
-1032534723
-1022535624
-1012536424
-1002437025
-992737425
-982837425
-972737725
-962537925
-952637925
-942538225
-932438626
-922439226
-912239426
-902639426
-892639726
-882540327
-872840627
-862941328
-853042128
-842942829
-832843929
-823044229
-813144330
-802944930
-793245230
-783245330
-773145230
-763345430
-752945630
-742745831
-733146031
-723146531
-713047031
-702947832
-693148933
-683049833
-673251334
-663353636
-653455437
-643757338
-634059540
-624262241
-614265143
-604469246
-595073549
-584978052
-575082855
-565287658
-555692762
-546098666
-5371104970
-5275112375
-5178119880
-5082129086
-4985138492
-4891148899
-471011588106
-461051687112
-451181770118
-441251851123
-431411927128
-421441996133
-411562057137
-401562118141
-391592181145
-381542278152
-371562398160
-361542522168
-351512632175
-341462745183
-331522838189
-321642927195
-312023006200
-302383085206
-292493154210
-282513222215
-272573291219
-262493367224
-252453423228
-242383442229
-232333382225
-222253235216
-212223055204
-202202852190
-192222632175
-182082414161
-171832200147
-161421989133
-15911784119
-14691585106
-1348138993
-1237119580
-113199566
-103181154
-92765243
-82853235
-72646331
-62641628
-52639326
-42237925
-32437025
-22436024
-12235524
02235123
Munka1
Relatv pozci TSS-hez kpest
tlagos kthelyszm
TATA-box
Munka2
Munka3
-
sszefoglalsVizsgltuk a klnbz kthelyek mennyisgt az ortolg
promterekbenA DoOP adatbzis segtsgvel megllaptottuk a kthelyek
konzervltsgnak mrtktVizsgltuk a kthelyek pozcibeli preferencijt a
transzkripcis starthelyhez kpest
-
Tovbbi tervekAz ismert kthelyek brzolsa a DoOP adatbzisbanA
kthelyek egyttes elfordulsnak vizsglata
-
KsznetnyilvntsBioinformatika csoportBarta EndreTth GborPlfy
TamsNagy Tibor
Rviden a 3 dologrl, amirl sz lesz.
Clunk volt, hogy vizsgljuk a klnbz kthelyek elfordulsnak
gyakorisgtEz a 2 kiindul adathalmaz egyike.
2 f adatbzis, ksrletes adatok (dns footprinting, random
oligonukleotidok, stb).Kthely lersra mtrix, vizualizlsra
logo.Tovbbiakban a jaspar adatbzis mtrixairl lesz sz!!!Ez j, de nem
elg, a DoOP segtsgvel mondom majd meg mi az ami rtelmes.Rviden,
hogy hogy kreltuk a doop-t, s ez most mire lesz j3 f kategria : -
csak femlsk (ember, csimpnz, makk)-egyb emlsk-egyb, nem emls fajok
(elssorban csirke, xenopus, danio, fugu)Csoport : ortolg
promtercsoportokSzekvencik : az ssz szekvenciaszm a
promtercsoportokbanFemlsk, sok, arnylag nagy motvum, nagyon hasonl
genom miatt, nem ltszik, hogy mi az ami evolcisan konzervltEgyb
emls fajok bevtele esetn kezdenek elbukkanni a konzervldott
motvumokNem emls fajok esetn azok a motvumok maradnak meg, amik
ltalnosan konzervldtak minden gerincesbenOszlopok jelentsnek
magyarzata : sszesen : ami a 2600-ban vtszekvenciban : ez hny
szekvenciban volt : az elzhz hasonl rtk, de nem felttlenl egyezik,
egy szekvenciban tbb kthely is lehet (mondjuk itt elg szpen 1-1 az
arny szinte mindenhol)csoportban : hny olyan csoport volt ahol
legalbb 1 szekvenciban megvolt a motvumkonzervltsg : az ssz tallt
motvumok hny %-a esett konzervlt rgibatpus : a dns szekvencit
felismer fehrjedomain tpusaMintha ltalban embriogenezisben,
ilyenekben vennnek rszt, kivve SP1 ami hztartsi gnek eltt
ltalnosN-Myc s SAP-1 konzekvensen a szekvencik konzervlt rgiiba
esik. Mi az ilyeneknek rlnk.Uaz mint elz tbla, csak van 2 plusz szm
(ha csak emlsk alapjn nzem a konzervltsgot)si tpus doamin-ek, exon
shuffling-nak ksznheten most mr igen sok tr faktorban megvannak?Ets
85, bHLH 60 aminosav, bHLH ~260 fehrjben, ETS-t nemtom2 plda (meg
egy harmadik, a TATA)1277 UTR 1848 eltteGyenge preferencia -62
-13226 UTR 695 eltteHatrozottab cscs, -46, -5Tata : -36 -20UTR 205,
eltte 929
