José A. Cardé, PhDLab Biol 4019Biología Celular-MolecularUniversidad de Puerto Rico-Aguadilla

Luego de haber completado el ejercicio, el (la) estudiante estará capacitado para: 

1. Distinguir entre una electroforesis utilizando geles de poliacrilamida y una electroforesis utilizando geles de agarosa.

2. Describir los diferentes parámetros que influyen en la separación de los fragmentos de DNA.

3. Preparar un gel de agarosa y separar fragmentos de DNA en el mismo.

4. Estimar el peso molecular de los fragmentos de DNA productos de la digestión con endonucleasas de restricción.

Separar y analizar moléculas:Proteínas ADN/ARN

ELECTROFORESIS

... en función de su diferente carga eléctrica.

Moléc. + cátodo (-)Moléc. - ánodo (+)

Arne Tiselius1937

(Nobel 1948)

ELECTROFORESIS DE ZONA MATRIZ (que retiene las moléculas)

ánodocátodo SOPORTE

+-

Arne Tiselius1937

(Nobel 1948)

1 Campo eléctricoDiferencia de potencial (V-voltios): bajo voltaje (10-

500 V) alto voltaje (500-10000

V)Intensidad (A-amperios): flujo de carga eléctrica.

depende de V y de R.Resistencia: determinada por el soporte.Temperatura: efecto joule refrigerantes

2 Muestra Carga o densidad de carga: carga eléctrica/masa de la moléculaTamaño: debido al poro de la matriz.Forma: forma globular vs lineal: avanza más.

3 AmortigudorpH: determina el grado de solvatación y la carga de las moléculas

generalmente es ligeramente básico moléc. -Fuerza iónica: generalmente 0.05 o 0.1 M para que no interfiera

4 SoporteAdsorciónPorosidad molecular

Características:

Gel poroso (tridimensional interno). Tiene que permitir el paso de moléculas. NO puede estar cargado.

no restrictivo (grupo I): papel, almidón, agar, acetato de celulosa.

* poro >>> proteínas.* separación sólo por CARGA

Tipos de Soporte (no restrictivo o restrictivo):

Electroforesis de

proteínas

Electroforesis de

DNA/RNA

restrictivo (grupo II): acrilamida* poros = proteínas* separación por CARGA y TAMAÑO

restrictivo (grupo II): acrilamida, agarosa* poros = moléculas de DNA/RNA* separación sólo por TAMAÑO

Matriz de l gel

Soporte: (restrictivo) :Poliacrilamida

* Polimerización de dos componentes: Acrilamida + Bisacrilamida

* Variación de la concentración variación del tamaño de poro Electroforesis

vertical Ventajas:

* Gran poder de separación(resolución) por CARGA y por TAMAÑO.* Químicamente inertes.* Transparentes (densitograma).* Estables (pH, fuerza iónica, temperatura).* Versatilidad en cuanto al tamaño de poro.

Aplicaciones:

Separar proteínasDeterminar peso molecular de una

proteínaSeparar proteínas oligoméricas

Separar proteínas en función de su pI

Separar proteínas de mezclas muy complejas

Ver si hay una proteína en concreto

SDS-PAGE

Electroforesis 2D

Western Blot

Electroenfoque

Soporte: (restrictivo) * Geles de Agarosa moléculas grandes (0.1-60 kpb)* Geles de Poliacrilamida moléculas pequeñas (6-2000 pb)

Electroforesis horizontal (agarosa) o vertical (poliacrilamida)

Separación por TAMAÑO

Densidad de carga igual para todas las moléculas por los grupos PO4-

Aplicaciones:

Separar, identificar y purificar fragmentos de DNA o RNA.

Determinar tamaño de un fragmento de DNA.

Separación de cromosomas enterosSecuenciación de DNA.

Identificación de regiones de unión a proteínas.

Detectar la presencia de un gen (o secuencia específica de DNA) en una muestra.

Determinar si se expresa un gen específico

Geles poliacrilamida

Geles de agarosa

Southern Blot

Northern Blot

Electroforesis horizontal

Soporte: (restrictivo) Agarosa

muestra (-)

+ -

Campo eléctrico (V)

1. Preparar el gel.2. Aplicación de la muestra.3. Electroforesis.4. Detección por tinción con

Bromuro de Etidio (BrEt): se intercala en el DNA y al irradiarlo con luz UV emite fluorescencia.

* Interacción DNA-DNA (complementación).* Detectar en una mezcla una secuencia de DNA específica (muy sensible).* Detectar la presencia de un gen, etc.

1. Electroforesis en geles de agarosa

moléculasde DNA

2. Transferencia a membranamoléculas

de DNA

3. Hibridación con la sonda radioactiva

DNAinterés…ATTGCA…

…TAACGT…

Sondade DNA

32P

e-

4. Revelado

DNA interés

32P

Gel Agarosa Southern BLOT

Todas los DNA

DNAde interés

5. Resultado

* Interacción RNA-DNA (hibridación).* Detectar en una mezcla una secuencia de RNA específica (muy sensible).* Expresión génica.

1. Electroforesis en geles de agarosa

moléculasde RNA

2. Transferencia a membranamoléculas

de RNA

3. Hibridación con la sonda radioactiva

RNAinterés…AUUGCA…

…TAACGT…

Sondade DNA

32P

e-

4. Revelado

RNA interés

32P

Gel Agarosa Northern BLOT

Todas los DNA

RNAde interés

Resultado

Marcadores de peso molecular:

* Mezcla de diferentes proteínas pre-teñidas de las que conocemos el peso molecular.

* Por comparación y extrapolación podemos averiguar el PM de nuestra proteína.

- El peso molecular del DNA puede ser determinado utilizando la electroforesis en geles de agarosa. -Los fragmentos de DNA es necesario correr junto a las muestras un marcador molecular estándar.- El marcador molecular estándar posee de 5 a 10 fragmentos de DNA a los cuales se le conoce el peso molecular. - Existe una relación lineal entre el logaritmo del peso molecular de las moléculas y la distancia recorrida en el gel. -Esta relación permite crear una curva estándar de la distancia de migración versus el log10 del peso molecular de los fragmento de DNA que se encuentran en el marcador molecular estándar. -Esta curva estándar es utilizada para extrapolar el peso molecular de aquellos fragmentos de DNA en estudio.

Para crear la curva estándar es necesario: 

1)   Medir la distancia desde el punto de partida (fosas) del marcador hasta cada una de las bandas observadas en el marcador. Se repite lo mismo con los fragmentos de DNA en estudio.

2)   Determinar el log10 del peso molecular de los fragmentos de DNA que se encuentran en el marcador estándar y trazar en el eje de Y utilizando papel de gráfica regular.

3)   Trazar la distancia recorrida en el eje de X. Al terminar la gráfica se observa una línea. 

4)   Utilizar la distancia recorrida por las muestras y extrapolar a la línea para determinar el peso molecular.

Preparación del gel de agarosa al 1%

1. Pese 0.5 g de agarosa y colóquelos en un matraz de 200 ml. Añada 50 ml de amortiguador de la corrida (TBE 1X). 2. Cubra el matraz con un pedazo de papel de aluminio para evitar la evaporación del amortiguador. 3. Coloque el matraz en una hornilla y caliente hasta que toda la agarosa se haya disuelto. 4. Remueva el matraz de la hornilla y déjelo enfriar hasta 65 ºC. Añada 2 µl de bromuro de etidio (10 mg/ml).5. Vierta la agarosa sobre la caja de electroforesis. Permita que se solidifique.

Sellar molde para la gel con cinta adhesiva Asegurarse que este bien bien sellada Disolver 0.8 g de agarosa en 100ml de TBE Derretir en microondas con incubaciones

de 30 segundos hasta que hierva y no se vean partículas flotando

Dejarla bajar a 55C-60C y servirla en el molde sellado, colocar peinilla remover burbujas*

* Añadir 1-2µl de EtBr (opcional)

Dejar solidificar por 10 –15 min, la gel se vera opaca

Colocar la gel en la camara vaciáAñadir buffer de corrida TBE hasta

cubrir los pozos completamenteRemover la peinillaServir las muestras en un orden

predeterminado

Preparación de la Muestra

6. Coloque 15 µl de la muestra de DNA cortado con las endonucleasas de restricción en un microtubo de 500 µl. Añada 5 µl de amortiguador de la muestra (“loading buffer”).

7. Coloque 15 µl de la muestra del DNA sin cortar con las endonucleasas de restricción en un microtubo de 500 µl. Añada 5 µl de amortiguador de la muestra.

8. Coloque los dos tubos en hielo hasta que vaya a colocar las muestras en el gel.

9. Coloque el gel de agarosa dentro del tanque de electroforesis.   

10. Añada el amortiguador de la corrida (“running buffer”) al tanque de electroforesis. Asegúrese de cubrir el gel completamente.

11. Utilizando una pipetta de 1-10 µl, añada 5 µl del marcador molecular estándar a la primera fosa del gel.

12. Utilizando una pipetta de 10-100 µl, añada los 20 µl de la muestra de DNA cortado con las endonucleasas de restricción (preparada en la parte anterior) a la segunda  fosa del ge.

13.Coloque los 20 µl de la muestra de DNA sin cortar con las endonucleasas de restricción  (preparada en la parte anterior) a la tercera fosa del gel.  14.Continué con el paso 4 y 5 para cada grupo de trabajo.

15.Coloque la tapa del tanque de electroforesis y conéctela a la caja de electricidad. Verifique que los polos estén correctamente conectados. 

16.Corra la electroforesis a 80 V por 1 hora.

Conectar el power supply 50-100 V y correr la gel por 45-75 minutos

Remover la gel y observarla en lampara de luz UV

Fotografiar y medir distancia en la gel

Preparar gráfica de distancia vs log10 del peso molecular (o bp)

Observación de los resultados

17.Luego de la hora apague la caja de electricidad.

18. Saque el gel de agarosa. Con mucho cuidado colóquelo sobre la lámpara de luz ultravioleta.  19. Utilizando una regla mida las distancias entre las fosas y las diferentes bandas observadas.