Klasifikasi Bakteri: Bakteri terutama diklasifikasikan ke dalam phylum (phylum adalah klasifikasi ilmiah dari organisme). Untuk gampangnya, bakteri dapat dikelompokkan ke dalam kelompok berikut:

1. Klasifikasi bakteri berdasarkan bentuk:

Seperti telah disebutkan, sebelum munculnya sekuensing DNA, bakteri digolongkan berdasarkan bentuk dan sifat biokimia. Sebagian besar bakteri termasuk tiga bentuk utama: batang (bakteri berbentuk batang disebut basil), bulat (bakteri berbentuk bola disebut kokus) dan spiral ( disebut spirilla). Beberapa bakteri mempunyai bentuk yang berbeda, yang lebih kompleks daripada bentuk yang disebutkan di atas.

2. Aerobik dan bakteri anaerob: Bakteri juga diklasifikasikan berdasarkan kebutuhan oksigen untuk kelangsungan hidup mereka. Bakteri yang membutuhkan oksigen untuk kelangsungan hidup mereka disebut bakteri aerobik dan bakteri yang tidak memerlukan oksigen untuk kelangsungan hidupnya disebut. bakteri anaerob, bakteri yang  tidak tahan oksigen dan dapat mati jika disimpan dalam lingkungan yang tinggi oksigen (bakteri anaerob ditemukan di tempat-tempat seperti di bawah permukaan bumi, laut dalam, dan bakteri yang hidup dalam medium tertentu).

3. Gram Positif dan bakteri Gram Negatif: Bakteri dikelompokkan sebagai bakteri 'Gram Positif'   dan 'Gram Negatif' bakteri, yang didasarkan pada hasil pewarnaan Gram  pada bakteri.

Bakteri Gram-positif adalah bakteri yang mempertahankan zat warna kristal violet sewaktu proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna biru atau ungu di bawah mikroskop.

Bakteri gram positif Bacillus anthracis (batang ungu) pada cairan serebrospinal. Sel yang lain adalah sel darah putih.Bakteri gram positif seperti Staphylococcus aureus (bakteri patogen yang umum pada manusia) hanya mempunyai membran plasma tunggal yang dikelilingi dinding sel tebal berupa peptidoglikan. Sekitar 90 persen dari dinding sel tersebut tersusun atas peptidoglikan sedangkan sisanya berupa molekul lain bernama asam teikhoat. Di sisi lain, bakteri gram negatif (seperti E. coli) memiliki sistem membran ganda di mana membran pasmanya diselimuti oleh membran luar permeable. Bakteri ini mempunyai dinding sel tebal berupa peptidoglikan, yang terletak di antara membrane plasma.

Karakteristik Gram positif Gram negative

Dinding sel

Homogen dan tebal (20-80 nm0 serta sebagian besar tersusun dari peptidoglikan. Polisakarida lain dan asam teikoat dapat ikut menyusun dinding sel.

Peptidoglikan (2-7 nm) di antara membran dam dan luar, serta adanya membran luar (7-8 nm tebalnya) yang terdii dari lipid, protein, dan lipopolisakarida

Bentuk selBulat, batang atau filamen Bulat, oval, batang lurus atau melingkar

seprti tand koma, heliks atau filamen; beberapa mempunyai selubung atau kapsul

ReproduksiPembelahan biner Pembelahan biner, kadang-kadang

pertunasan

Metabolismekemoorganoheterotrof Fototrof, kemolitoautotrof, atau

kemoorganoheterotrof

MotilitasKebanyakan nonmotil, bila motil tipe flagelanya adalah petritrikus ( petritrichous )

Motil atau nonmotil. Bentuk flagela dapat bervariasi-polar,lopotrikus ( lophtrichous ), petritrikus ( petritrichous ).

Anggota tubuh (apendase)

Biasanya tidak memiliki apendase Dapat memiliki pili, fimbriae, tangkai

Endospora Beberapa grup dapat membentuk endspora Tidak dapat membentuk endospora

4. Autotrophic dan bakteri heterotrofik: Ini adalah salah satu jenis klasifikasi yang paling penting karena mempertimbangkan aspek yang paling penting dari pertumbuhan bakteri dan reproduksi.  Bakteri Autotrophic (juga dikenal sebagai autotrophs) memperoleh karbon memerlukan dari karbon-dioksida. Beberapa autotrophs langsung menggunakan cahaya matahari untuk menghasilkan gula dari karbon dioksida sedangkan-lainnya  tergantung pada berbagai reaksi kimia. Bakteri heterotrofik memperoleh carbon dan / atau gula dari lingkungan mereka  (misalnya, sel-sel hidup)

5. Klasifikasi berdasarkan Filum: Berdasarkan morfologi, sekuensing DNA, media yang diperlukan dan biokimia, para ilmuwan telah mengklasifikasikan bakteri ke dalam filum: 1) Aquificae 2) Xenobacteria 3) Fibrobacter 4) Bacteroids 5) Firmicutes 6) Planctomycetes 7) Chrysogenetic 8) Cyanobacteria 9) Thermomicrobia 10) Chlorobia

11) Bakteri 12) Spirochaetes 13) Flavobacteria 14) Fusobacteria 15) Verrucomicrobia

Klasifikasi bakteri tersebut mencakup atau  termasuk bakteri yang ditemukan di berbagai jenis lingkungan seperti bakteri air manis, air laut, bakteri yang dapat bertahan hidup pada suhu ekstrim (ekstrim panas seperti pada bakteri belerang dan   air dingin ekstrem seperti  pada bakteri yang ditemukan di Antartika), bakteri yang dapat bertahan hidup dalam lingkungan yang sangat asam, bakteri yang dapat bertahan hidup lingkungan yang sangat basa, bakteri aerobik, bakteri anaerob, bakteri autotrophic, bakteri heterotrofik, bakteri yang dapat menahan radiasi tinggi dll

identifikasi dan isolasi bakteri dlm spesimen klinik dr manusia contohnya urin dan cairan dahak. Langkah-langkah dlm melakukan identifikasi yaitu:

1. Pemeriksaan Mikroskopik Pemeriksaan spesimen menggunakan instrumen mikroskop dgn preparat yg telah dilakukan pewarnaan sesuai dgn keperluan. Pewarnaan sediaan yg sering dilakukan antara lain pewarnaan Gram atau pewarnaan spesifik seperti pewarnaan BTA (Basil Tahan Asam) menggunakan metode Ziehl Nelsen atau Kinyoun Gabbet. 2. Isolasi / Penanaman Isolasi dikalukan pada media yang sesuai tergantung dari pemeriksaan mikroskopik yang telah dilakukan. Media yang umum dipakai yaitu Agar Darah, MSA (Manitol Salt Agar) dll. 3. Uji biokimia dilakukan untuk melihat aktifitas biokimiawi bakteri dalam media-media yg disediakan. Bakteri akan mensintesis zat-zat kimia tertentu tergantung dgn kemampuannya. Uji biokimia yang digunakan yaitu bontrey pendek, bontrey panjang atau imvic. 4. Uji Serologi Uji serologi meliputi tes aglutinasi menggunakan plasma koagulasi spesifik, Uji katalase dengan indikasi pembentukan gas oksigen, dll. 4. Uji Serologi Uji serologi meliputi tes aglutinasi menggunakan plasma koagulasi spesifik, Uji katalase dengan indikasi pembentukan gas oksigen, dll. 5. Uji Kepekaan / Sensitivity Yaitu tes yang digunakan untuk menguji kepekaan suatu bakteri terhadap antibiotik. Dengan dilakukannya tes ini akan diketahui efektifitas dari beberapa antibiotik yg diujikan utk melihat kemampuannya membunuh bakteri. 6. Uji Patogenitas Uji kekuatan bakteri dalam menyebabkan penyakit dgn menggunakan hewan percobaan. Dalam uji patogenitas juga termasuk uji Toksisitas untuk melihat racun yang dapat dihasilkan oleh bakteri tertentu.