KLINICK MIKROBIOLOGIE

MUDr. Pavel ermk, CSc.

Poad hodnot

1. POMOC pacientovi

2. POMOC pacientovi

3. POMOC pacientovi

4. OSTATN - pavda, cht finann, fyzick i duevn vlastn nebo jinchosob atd...

Zkladn problmy

Infekn proces? Jak patogen a kde? Jak jej diagnostikovat? Jak interpretovat mikrobiologick nlez? Terapie? Jak omezit en patogena?

Bn flra

Patogen Podmnn pat. Bn fl.

Vymtit patogeny = NESMYSL

Ke - Pk- stafylokoky (destky varies), korynebakteriekysel povrch - myt !!!

Uretra - Pk- stafylokoky, korynebakterie, alfa streptokokyureaplasmata

Vagina - laktobacily, korynebakterie, Pk- stafylokoky+ v malm mnostv bakt. z oblasti rekta

Bn flra

GITDu. stn - alfa streptokoky, neisserie+ HCD oj. stafylokoky, enterobakterie

anaeroby

aludek, tenk stevo - ???Tlust stevo - G- tye - rzn druhy enterobakteri

G+ koky - enterokoky, streptokokyanaeroby G- tye - bakteroidy

G+ tye - klostrdia, eubakterieG+ koky - peptokoky, peptostreptokoky

Infekce krevnho eit (IKR)

Sepse (IKR) primrn, sekundrn Katetrov infekce Endokarditida

Vskyt infeknho pvodce v krevnm eiti provzenpatofyziologickou reakc organismu.

- rzn pvodce (bakterie, parazit, virus)- odlin patofyziologick reakce- variabiln klinick prbh

Konsensus americk spolenost intenzivn pe:

bakteriln

virov

parazitrn

- striktn patogenn- podmnn patogenn- historick vvoj

CMV, virmie

malrie, babezie, trypanozomymikrifilrie

Pvodci

Bakteriln pvodci - histor.vvoj

Do objevu antibiotik- G+ koky

60.lta 20.stol. G- tyky makrolidy

70.lta 20.stol. nef.tyky protipseudom.ATB

80.lta 20.stol. multirezistence chinolony,karbapen.

90.lta 20.stol. G+ koky ???

Zdroje IKR

Primrn IKR sepse zdroj infekce nen znmSekundrn IKR sepse je znmo loisko zdroj,

ze kterho dochz k en infekce

Nejastj zdrojedchac cesty ventiltorov pneumonie, pneumonieurogenitln trakt urosepsekatetrov infekcetlust stevo, GIT salmonelov infekce, febriln neutropenieinfekce v dutin binmeningitisbakteriln endokarditidalokalizovan infekce, abscesy a jin

* Sands KE et al. JAMA. 1997;278:234-40; Based on data for septicemia. Murphy SL. National Vital Statistics Reports. Angus DC et al. Crit Care Med. 2001; reflects hospital-wide cases of severe sepsis as defined by infection in the presence of organ failure.

Vedouc pina morbidity a mortality ve

svt vedouc pina smrti na nekoronrnch JIP (USA)*

jedenct pina smrti (USA)

ron je v USA vce ne 750,000 ppadtk sepse

v USA, umr denn vce ne 500 pacient na tkou sepsi

zzvavanost problematikynost problematiky

PS/RK 2002

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference ((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

INFEKCEINFEKCEBAKTERIEMIE, VIREMIE, FUNGEMIE, PARAZITEMIEBAKTERIEMIE, VIREMIE, FUNGEMIE, PARAZITEMIESIRSSIRSSEPSESEPSESEVERE SEPSISSEVERE SEPSISSEPTICK SEPTICK OKOKMODSMODS

NepouNepouvat termvat termny:ny:

SEPTIKEMIESEPTIKEMIESEPTICK SYNDROMSEPTICK SYNDROMREFRAKTERNREFRAKTERN OKOK

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference ((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

INFEKCEINFEKCE

zntliv odpov na ptomnost mikrooranism

a/nebo invaze mikroorganism do normln

sterilnch tkn

zntliv odpov na ptomnost mikrooranism

a/nebo invaze mikroorganism do normln

sterilnch tkn

BAKTERIEME ptomnost ivch bakteri v krvi

ptomnost ivch bakteri v krvi

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

NepouNepouvat termvat termny:ny:

SEPTIKEMIESEPTIKEMIESEPTICK SYNDROMSEPTICK SYNDROMREFRAKTERNREFRAKTERN OKOK

SIRSSIRS

Systemic Inflammatory Response Syndrome systmov znliv odpov na (obvykle)

tk inzult rzn etiologie diagnostick kritria (pro dg. SIRS mus bt

ptomn minimln dv kritria)

Systemic Inflammatory Response Syndrome systmov znliv odpov na (obvykle)

tk inzult rzn etiologie diagnostick kritria (pro dg. SIRS mus bt

ptomn minimln dv kritria)

TT > 38 C nebo < 36 C

srden frekv. > 90/min

dechov frekv. > 20/min

4000 > Leu > 12000

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

NepouNepouvava termtermny:ny:

SEPTIKSEPTIKMIAMIASEPTICK SYNDROMSEPTICK SYNDROMREFRAKTREFRAKTERNY ERNY OKOK

SEPSESEPSE

Systemic Inflammatory Response Syndromevyvolan infekc

- t.j. systmov zntliv odpov na infekci diagnostick kritria (pro dg. Sepse mus bt

ptomn minimln dv kritria)

Systemic Inflammatory Response Syndromevyvolan infekc

- t.j. systmov zntliv odpov na infekci diagnostick kritria (pro dg. Sepse mus bt

ptomn minimln dv kritria)

TT > 38 C nebo < 36 C

srden frekv. > 90/min

dechov frekv. > 20/min

4000 > Leu > 12000

SEPSESEPSE SIRSSIRSa (vz(vzjemn vztah ?)jemn vztah ?)

sepse je sepse je poskupinouposkupinou SIRS., jejSIRS., jej etiologie je etiologie je infekinfeknn

majmaj spolespolenou patofyziologiinou patofyziologii

t.j. jde o t.j. jde o systsystmovou zmovou znntlivou odpovtlivou odpov na inzultna inzult

(siln(siln aktivace obrannch mechanizmaktivace obrannch mechanizm

-- tzv. tzv. syndromsyndrom medimeditorovtorovhoho excesuexcesu))

Pi splnn diagnostickch kritri pro SIRS je nutn vdy ptrat po loisku infekce - zanedbn m potenciln fatln nsledky. Pi splnn diagnostickch kritri pro SIRS je nutn vdy ptrat po loisku infekce - zanedbn m potenciln fatln nsledky.

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

SEPTICK OKSEPTICK OK

seps indukovan hypotenze, petrvvajc navzdory adekvtntekutinov resuscitaci, s manifestachypoperfuznch abnormalit

seps indukovan hypotenze, petrvvajc navzdory adekvtntekutinov resuscitaci, s manifestachypoperfuznch abnormalit

DoporuDoporuenen pro poupro pouvvnn termtermnn podle zpodle zvvrrACCP/SCCM ACCP/SCCM ConsensusConsensus ConferenceConference((ChestChest, 101, 1992), 101, 1992)

DoporuDoporuenen terminologie:terminologie:

NepouNepouvava termtermny:ny:

SEPTIKSEPTIKMIAMIASEPTICK SYNDROMSEPTICK SYNDROMREFRAKTREFRAKTERNY ERNY OKOK

MODSMODS

Multiple Organ Dysfunction Syndrome

stav, kdy je ptomn alterace dvou a vce orgnovch systm (Resp., Hemo., Koagul., Hep., Ren., CNS), kter si nevyhnuteln vyaduje terapeutickou intervenci na udren homeostzyorganismu.

Multiple Organ Dysfunction Syndrome

stav, kdy je ptomn alterace dvou a vce orgnovch systm (Resp., Hemo., Koagul., Hep., Ren., CNS), kter si nevyhnuteln vyaduje terapeutickou intervenci na udren homeostzyorganismu.

dal pojmy.

CARSCompensatory Anti-inflamatory response syndrome - paralza imunitynebo okno imunodeficitu, vyvolan protizntlivmi meditory jako odpov na rozvoj SIRS.

MARSMixed Antagonists Response Syndrome - sdn prozntliva protizntliv fze.

PIROPredisposing Conditions Insult Response Organ Dysfunction= klasifikan schma pro sepsi na zklad predispozinch podmnek, povahy a rozsahu inzultu i infekce, sly odpovdi a stupn prvodnch jev orgnov dysfunkce

S frum pro sepsi

Definice sepse

Teplota >38C nebo 90 /min

Tachypnoe >20 /min nebo PaCO2

Diagnostika infekc krevnho eit

Klinick teplota, tesavka laboratorn

- KO (leukocytza, posun doleva)- zntliv markery (CRP, interleukiny)- prkaz pvodce

pm - kultivace- genetick metody

nepm - protiltky

Hemokultivace - odbr materilu

Venosn krev (venepunkce) - nejbnj

Pupenkov krev - puerperln sepseproblm kontaminace

iln katetr - problm kontaminace

Arteriln krev

Bakterimie

Ptomn i u zdravch jedinc po drobnch inzultech pseudobakterimie

nzk 10 - 20 CFU/ml stedn 50 CFU/ml vysk > 80 CFU/ml dti - vysok bakterimie kolsav vyplavovn bakteri = septick

teploty bylo typick pro tyfus

Hemokultivace - doba odbru

Rzn doporuen v zvislosti na inf.agens, Dg, terapii

A - prvn odbr pi vzestupu teploty,druh jednu hodinu pot, tet asi hodinu ped oekvanm vrcholem teplotn kivky

B - dva odbry v rozmez jedn hodiny ped zatkem terapie, dal eventuln odbry tsn ped podnm dal dvky antibiotika

Hemokultivace - doba odbru

C. Akutn sepse2 hemokultury souasn odebran ped zatkem terapie

D. Kontinuln bakterimie, subakutn endokarditis3 hemokultury prvn den: prvn a druh souasn

tet 1 hodinu pot

E. Negativn iniciln hemokultury, ATB terapie- max. 3 dodaten hemokultury 2.a3.den

D - E odbr v dob nejni hladiny ATB

Hemokultivace - doba odbruZVR

Obecn pravidloodebrat krev co nejdve po prvnchklinickch pznacch

Vce odbr rozloit v asezvten pravdpodobnostizachycen bakteri

Dezinfekce

Msto vpichu 70% alkohol (odmatn)jodov desinfekn prostedkynepouvat kvartern amonn soli (ajatin) !

Str z msta vpichu nejednotn nzor, v R se doporuuje

Hemokultivan lahvika - propichovac ztka70% alkohol

!!! Nepouvat jodov desinfekn prostedky u lahviek do automatickch systm - negativnovlivuje detekci CO2 !!!

Mnostv odebran krve

Pojem hemokultura vchny lahviky inokulovankrv odebran z jednoho msta

Dospl - min. 10 ml krve20 ml (vy zchyt)

Dti - min 0,5 ml - speciln dtsk lahviky

Aerobn + anaerobn lahv. ( 5 ml)+ jin

Hemokultura x hemokult.lahvika (nen tot!!!)

Hemokultivan systmy

Zkladn princip

kultivace odebran krve v ndob s vhodnou kult. pdou

pomnoen bakteri ptomnch v krvi

vyokovn na pevn kultivan pdy a mikroskopick prep.

identifikace patogena

stanoven citlivosti na ATB

Hemokultivan systmyhistorie

- kultivace krevnho kolev ptcch mikrobiologie, krev byly jako kultivanmdium

- Patokovy ndoby s jtryvylepen nutrinch vlastnost krve

- transportn systmy + home made lahviky s kultivantekutou pdouproblm trvanlivosti pipravovanch lahviek

- komern vyrbn ndobky s tekutou pdouinokulace krve u lka pacienta

Problematika hemokultivace

Ptomnost spec.a nespec.obrannch mechanism v krvi

nutnost antikoagulanc - nepzniv vliv na rst bakteri (SPS - polyethanolsulfont)

ptomnost ATB a jinch farmak

pomal rst bakteri

Hemokultivan systmy

Manuln stle aktuln

pomalej detekce jedinnevhoda

problm vyokovn x kontaminace

pznivj cena ?Homemade

Bifzick (Castagnedovy) - Septi-Check, BioRadkombinace tekut a pevn pdy (na stn lahviky)zlat standard

Oxoid Signal - detekce pozitivity na zklad tlaku plynua vytlaovn tekut pdy do spojen ndoby

pozitivn

Princip detekce - kolorimetrick

Systm BacT/Alert

- Autorsk prva- USA Organon Teknika- nyn bioMerieux

Princip detekce - fluorimetrick

Sytm Bactecfluorimetrick systm/vy citlivost/

Pednosti automat.systm

Rychlost - TTD 8 - 30 hod. u vtiny bakteri (del TTD anaeroby, plsn)

sortiment, kvalita, standardnost profit pacienta - vasn diagnza vy produktivita, spora lidsk prce snen nklad - pracuje se pouze s

pozitivnmi lahvikami

Hemokultivan lahviky

BacT/Alert aerobn standardn, anaerobn standardnaerobn FN (sorbent aktivn uhl)anaerobn FN (sorbent aktivn uhl)dtskmykobakteriln

Bactec aerobn standardn, anaerobn standardnaerobn/F (sorbent resin)anaerobn/F (sorbent resin)dtskmykobakterilnanaerobn lytickmykotick

Ostatn systmy

Barven akridinovou oran - fluorescenn mikroskopie

Oxoid Isolator - centrifugan systm, pro obtnkultivovateln bakterie a vysok bakterimie (centrifugtse okuje na pevn pdy)

Genetick metody

- prkaz patogena v pozitivn hemokultivan lahvice

- prkaz patogena pmo v odebran krvi

Multiplex PCR SeptiFast

- identifukace 20 nejastjch patogen, vysok cena

Terapie sepse

1. eliminace pvodce ATB terapienejnnnj ATB karbapenemy, cefalosporiny III., IV.

kombinace antibiotikokamit zahjen neclen terapie, pot korekce dle citlivostimaximln dvky

2. podpora zkladnch ivotnch funkc,prevence, terapie oku

Zsah do systmu meditorov boue se zatm neda.

Katetrov sepse

vysok procento nosokomilnch infekc vtinou infekce spojena s centrlnmi ilnmi

katetry bakterimie v 1 ppad z 15 infekc katetru 1990 - letalita 25%, nklady 29000$ (Pitet) 2000 - letalita 13%, nklady 4000$

prevence, diagnostika, terapie

Zdroje kolonizace katetru

Faktory podporujc kolonizaci katetru

hostitel - trombinov vrstva obsahujc fibrin a fibronektin - vazba s povrchovmi adheziny bakteri(S.aureus, kvasinky)

materil a povrch katetru => teflon, silikon, polyuretan

mikrobiln faktory - tvorba vrstvy biofilmu, ochrana bakteri, mnoen => kolonizace (ji za 24 hod),

uvolovn do krevnho obhu => infekce

Pvodci katetrovch infekc

Koagulza neg.stafylokoky

S. aureus

Enterobakterie

Kvasinky

Enterokoky

P.aeruginosa

60 - 70%

5 - 15%

5 - 10%

5 - 15%

2 - 4%

< 5%

Biofilm na vnitnm povrchu kattru tvoen stafylokoky, obrzek

pozen skenovacm elektronovm mikroskopem ( zvteno 2363 x )

Infekn komplikace spojen s cvnmi katetry

lokln infekce v mst vstupu tunelov infekce katetrov sepse septick trombza perzistentn IKR a bakteriln endokarditida

Prevence katerovch infeknch komplikac

steriln bariry - snen vskytu sepse a 6x !!! antiseptick kon ppravky tunelizace antiseptick vnitn povrch katetru vnj antimikrobn potah katetru antibiotick zmek

Mikrobiologick diagnostika infekce cvnch katetr

semikvantitativn kultivace - rolovac Makiho metoda (1977)

Cleriho metoda - vyplchnut vnitku katetru a kvantitativn kultivace (1980)

metoda Linaresov - rolovn + vplach katetru (1985) Brun-Buissonova metoda - vytepn katetru do

roztoku a kvantitativn kultivace (1987) sonifikan metoda (1990) intraluminrn brush - nen nutn odstranit katetr,

nebezpe sekundrn sepse !!!(1996)

Katetrov sepse

Centrln katetry - len kolonizovanch, obtn, ATB

patn pronikaj biofilmem

Infikovan centrln katery - jedin een je odstrann -

dopad na dal terapii pacienta

Kvantitativn mikrobiologick vyeten

Prkaz katetrov sepse = nlez stejnho patogena na

katetru a v hemokultue

Bakteriln endokarditida

Pvodce G+ koky S. aureus, koagulza neg. stafylokoky, enterokoky viridujc streptokoky

Klinika postien srdench chlopn, bakterimie, sepse1% tkch seps, mortalita 30%

DG poslechov nlez, Echo, zobrazovac metodyhemokultivace opakovan odbry, obtn zachytit pvodce

Terapie vysok dvky ATB, dlouhodob,megadvky PNC, kombinace peniciliny a aminoglykosidy