La ricerca bibliografica biomedica con pubmed

Che cos’è PubMed?

PubMed è una risorsa gratuita che viene sviluppata e mantenuta dalla National Center for

Biotechnology Information (NCBI), presso la US National Library of Medicine (NLM), che si trova

presso il National Institutes of Health (NIH).

PUBMED permette di trovare citazioni bibliografiche all’interno di alcuni database tra i quali, il più

importante, MEDLINE.

Medline è la banca dati bibliografica della US National Library of Medicine e copre le seguenti

aree: medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria, sistema sanitario e scienze

precliniche. Contiene più di 20 milioni di record bibliografici a partire dal 1966, per la gran parte in

lingua inglese, tratti da circa 5000 periodici biomedici.

Come collegarsi a PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

oppure

www.pubmed.gov

Come impostare la ricerca Per impostare correttamente la ricerca è consigliato utilizzare il Thesaurus MeSH, un vocabolario

controllato che dà la possibilità di fare ricerche selettive e mirate e, quindi, di ridurre il numero di

voci bibliografiche poco significative per la ricerca. Inserendo solo parole libere si rischia di

ottenere un numero eccessivo di risultati non pertinenti, in quanto i termini inseriti possono essere

presenti in qualsiasi campo del record (autore, indirizzo, abstract, titolo della rivista), ma non tra le

parole chiave (termini MeSH) dell’articolo. Attraverso l’esempio di ricerca seguente, questa

premessa risulterà più chiara.

Strategia di ricerca di base

Scrivi una frase che esprima la tua ricerca, ad esempio:

“Cerco articoli che parlino dell’assistenza in caso di epistassi in paziente iperteso:

formula il quesito utilizzando “PICO”

P- paziente iperteso con epistassi

I- tampone nasale

C- nessun trattamento

O- emostasi

Dividi il soggetto in concetti essenziali “parole chiave” (es: epistassi, ipertensione)

Traducili in inglese: epistaxis, hypertension

Cerca i termini o i descrittori (MeSH headings) che rappresentano i concetti utilizzando

MeSH Database (menù a destra)

Combina le parole chiave con gli operatori booleani

Operatori Booleani Gli operatori booleani sono AND, OR e NOT.

Nella ricerca vanno digitati a lettere maiuscole

Vanno usati per combinare più concetti o descrittori tra loro correlati

OR

esegue la somma logica di due o più descrittori (es.: ipertensione OR epistassi)

Combinando due descrittori con OR si reperiscono articoli che contengono o l'uno o l'altro o

ambedue i termini: di conseguenza si otterrà un maggior numero di risultati

AND

Esegue il prodotto logico di due o più descrittori (es.: ipertensione AND epistassi)

Combinando due o più descrittori con AND si otterranno articoli che contengono

contemporaneamente i termini correlati

si produrranno quindi meno articoli rispetto alla precedente impostazione

NOT

Esclude i descrittori non pertinenti ai fini della ricerca (es.: ipertensione NOT epistassi)

Si reperiscono articoli che contengono solo il primo descrittore, escludendo il secondo.

RICERCA CON PAROLE LIBERE Troncamento

Si usa l’asterisco * per sostituire zero o più caratteri (ad esempio, risk* produrrà risk, risks,

risk-taking, ecc.)

L’uso del termine infection* non produrrà infection control perché è presente uno spazio

dopo il termine infection

Ricerca di frasi

La ricerca con le frasi trova automaticamente le frasi da una lista preordinata (ad esempio,

Poison ivy)

per essere certi che i termini introdotti vengano riconosciuti come frase, bisogna racchiuderli

tra virgolette " " ( ad esempio evidence based)

Attenzione: l'uso delle frasi o delle parole libere può dare risultati non sempre corretti, perché il

sistema esegue la ricerca sul testo cercando le parole casualmente. Per impostare correttamente la

ricerca consigliamo di utilizzare il MeSH Database che, essendo un vocabolario controllato,

permette di aumentare la precisione della ricerca.

MeSH Database Ogni citazione in PubMed è indicizzata con il Medical Subject Headings (o MeSH ). Il MeSH

Database permette di cercare articoli tramite i termini indicizzati in MeSH.

Ad esempio, vogliamo effettuare la seguente ricerca:

“Cerco articoli che parlino degli effetti negativi dell’uso dei sedativi in ambito psichiatrico”

Le parole chiave saranno: sedatives, negative effects, psychiatry

Cliccare sul link MeSH Database a destra della Home page, sotto a More Resources e digitare il

termine che si vuole cercare nella stringa di ricerca

Se il termine adoperato non è un termine MeSH, PubMed mostrerà un elenco dei termini simili.

Ad esempio:

Uso il termine Sedatives, ma, poiché non è un termine MeSH, il programma mi mostrerà i termini

simili, accettati dal vocabolario MeSH:

Cliccare sul termine più rilevante per la ricerca, in questo caso Hypnotics and Sedatives.

Si apre la pagina che mostra, oltre alla definizione del termine, i subheading (cioè i vari aspetti

relativi a quel concetto), i sinonimi (Entry Terms) e la struttura ad albero che presenta i concetti

secondo una struttura gerarchica.

Per selezionare i subheadings, devo cliccare sul box a sinistra dei termini (ad esempio: adverse effects,

poisoning e toxicity)

E’ possibile cliccare su Restrict Search to Major Topic (per limitare la ricerca all’argomento principale)

e/o su Do Not Explode this term per allargare la ricerca ai termini gerarchicamente inferiori al termine

selezionato.

Seleziono il termine da ricercare, ad esempio Hypnotics and Sedatives e i subhedings (in questo caso,

adverse effects, poisoning e toxicity) e poi clicco su Search Box with AND

Per vedere I risultati della ricerca, cliccare sul pulsante Search PubMed.

Devo ora cercare il secondo concetto psychiatry per la mia ricerca.

Utilizzo sempre il MeSH Data Base, e inserisco il termine psychiatry

Seleziono, spuntando il quadratino a sinistra del termine, e scelgo Search box with AND dal menu

a tendina.

Poi clicco su Search PubMed per avviare la ricerca:

Ottengo l’elenco dei risultati per questo termine:

Devo ora metter insieme, utilizzando l’operatore AND, i termini della mia ricerca. In questo caso

sono solo due, ma in ricerche più complesse potrebbero essere molti di più.

Per trovare l’elenco delle ricerche che ho effettuato, clicco su Advanced Search, in alto a destra,

dove rimarranno memorizzate per 8 ore tutte le mie ricerche. Per combinare i 2 concetti, mi

posiziono sul numero di uno dei 2 termini della ricerca con il puntatore sinistro del mouse: quando

appare una manina, clicco e si apre un menu a tendina, nel quale seleziono la prima volta

indifferentemente AND, OR oppure NOT.

Faccio la stessa operazione per il secondo termine, ma questa volta seleziono l’operatore corretto

(AND).

Cliccando su Search, ottengo i risultati complessivi della mia ricerca:

LIMITS Lo strumento "Limits" (Filtri) permette di limitare la ricerca a determinati campi.

E’ possibile limitare la ricerca per:

Data di pubblicazione

tipo di pubblicazione

studi sull’uomo o sull’animale

settori particolari (susbset), ad esempio: AIDS, Storia della Medicina, Riviste per infermieri,

ecc.)

tipi di testo (full text, pubblicazioni con abstracts)

lingua

genere

età

ricerca su singoli campi

Per ridurre i risultati della mia ricerca, utilizzando “limits”, posso selezionare uno o più limiti.

In ogni momento è possibile cambiare o rimuovere i limiti della ricerca, cliccando rispettivamente

su Change o Remove

Gestione e stampa dei risultati Per visualizzare i risultati delle ricerche, basta cliccare sul Numero a destra (Result) di ogni

ricerca in Advanced Search.

I risultati delle ricerche sono visualizzati in ordine cronologico inverso (dal più recente al meno

recente).

Cliccando su Display setting, posso selezionare le modalità di visualizzazione:

Format

Il formato di default è Summary (titolo dell’articolo, Autori, Rivista, Anno, Volume, Fascicolo,

Pagine), il formato Abstract presenta anche l’abstract e i MeSH terms, il formato Abstract (text) è

utile per la stampa, il formato MEDLINE mostra il record con la suddivisione nei vari campi.

Items per page

Serve per selezionare quanti risultati si vogliono vedere per pagina.

Sort by

E’ possibile riordinare i dati secondo vari criteri (Recently added, Pub Date, ecc).

Una volta effettuata la ricerca, posso gestire i risultati in diversi modi:

- stamparli direttamente (scegliendo il formato Abstract Text)

- salvarli su file, scegliendo il formato e l’ordine di visualizzazione

- salvarli sulla Clipboard (memoria temporanea) e continuare a fare altre ricerche

- inviare i risultati per e-mail

- salvarli nelle mie Collections, insieme alle mie strategie di ricerca (vedi oltre il capitolo

NCBI)

Salvare una strategia di ricerca ed i risultati (My NCBI) A volte può essere utile memorizzare una strategia di ricerca che ha dato ottimi risultati per poterla

richiamare a distanza di tempo e tenersi quindi aggiornati su un argomento di nostro interesse.

Dal menu a destra, cliccare su MyNCBI

La registrazione (gratuita) è molto rapida: si deve solo inserire username e password e seguire le

istruzioni. Per poter usare il servizio il browser deve poter accettare i cookies.

Una volta registrati è possibile salvare la propria strategia di ricerca in modo permanente.

Ad esempio, per salvare la strategia di ricerca che abbiamo utilizzato nel nostro esempio, dalla

pagina di Advanced Search (Search History), mi posiziono sul numero relativo alla mia ricerca

con il pulsante sinistro del mouse e, dal menu che si apre, seleziono Save search in My NCBI

Dopo aver immesso login e pw, apparirà la schermata con i dati della ricerca, alla quale si potrà

assegnare un nome a scelta (in questo caso: Psichiatria e sedativi)e si dovrà cliccare su Save per

effettuare il salvataggio.

Posso decidere di ricevere o meno eventuali aggiornamenti relativi alla mia strategia di ricerca. Gli

aggiornamenti saranno inviati all’indirizzo di posta elettronica indicato in fase di registrazione,

secondo la frequenza scelta nel momento del salvataggio. Se decido di riceverli per e-mail, posso

scegliere se riceverli una volta al mese (in quale giorno), una volta alla settimana (in quale giorno),

in quale formato e quanti articoli al massimo desidero ricevere.

In My NCBI, resteranno memorizzate tutte le strategie di ricerca e potrò sempre rivederle o

decidere, qualora avessi scelto di non ricevere gli aggiornamenti in modo regolare, di vedere i

risultati pubblicati successivamente alla data in cui avevo effettuato la ricerca.

Ad esempio selezionando, dall’elenco delle ricerche effettuate, una ricerca salvata precedentemente

e cliccando su “Show what’s new”, ottengo gli ultimi riferimenti relativi a quella ricerca, che sono

stati pubblicati dopo la data in cui ho effettuato la ricerca.

In My NCBI, posso anche memorizzare i risultati delle mie ricerche per un tempo indefinito. Dalla

pagina con l’elenco degli articoli della mia ricerca, clicco su Send to e, dal menu a tendina,

seleziono Collections e poi Add to Collections. In questo modo potrò mantenere in My NCBI

l’elenco degli articoli che mi interessano. Potrò anche scegliere di creare una nuova Collection o di

aggiungere i risultati ad una Collection già esistente

Clinical Queries Clinical queries è una risorsa che consente di reperire:

Studi clinici

Revisioni sistematiche

Ricerche di Medicina genetica

Selezionare il link "Clinical Queries" al centro della Home page, sotto PubMed Tools oppure

attraverso Advanced Search, sotto More resources.

Inserire i dati per la ricerca, cliccare su Search e selezionare la categoria (therapy, diagnosis,

etiology, prognosis, clinical prediction guides). Selezionare Scope, per restringere (narrow) o

ampliare (broad) la strategia di Ricerca ed, eventualmente Topic relativo ad aspetti specifici della

Medicina Genetica.

Per le stesura di questo documento sono state utilizzate: la Guida di Pubmed 2010 (NLM Training: PubMed) ed i

tutorial di PubMed (http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html),

Aggiornato a dicembre 2016.