Upload
lynhan
View
235
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
Metody detekcji i identyfikacji bakterii
Dorota ŻabickaZakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Narodowy Instytut Leków Warszawa
Budowa komórki bakteryjnej
Badanie mikrobiologiczne Cel:
identyfikacja czynnika etiologicznego zakażenia i oznaczenie wrażliwości na antybiotyki
Tok badania mikrobiologicznego Pobranie materiału Badanie materiału:
Metody klasyczne Badanie mikroskopowe Hodowla i identyfikacja drobnoustroju Oznaczenie wrażliwości bakterii na antybiotyki Metody immunologiczne
Metody molekularne
Pobieranie i przesyłanie materiału
Rodzaj podłoża transportowego i rodzaj pojemników są dostosowywane do rodzaju materiału i kierunku badania (bakterie, wirusy, obecność przeciwciał)
Badanie mikroskopowe Mikroskop świetlny Preparaty barwione
metoda Grama metody specjalne np.
barwienie na obecność zarodników
Laseczka tężca Clostridium tetani, zarodniki na końcu komórki bakteryjnej nadające kształt pałeczki dobosza
Ściana komórkowa bakteriiBakterie Gram-dodatnie
Bakterie Gram-ujemne
Badanie mikroskopowe
Neisseria meningitidisPreparat z osadu płynu mózgowo-rdzeniowego barwiony metodą Grama
Cryptococcus neoformans Preparat tuszowy z osadu płynu mózgowo-rdzeniowego
Badanie mikroskopowe
Preparat z ciemnym polem widzenia (Treponema pallidum)
Mikroskop fluorescencyjny
Badanie mikroskopowe
Mikroskop kontrastowo-fazowy grzyby z rodzaju Candida
Badanie mikroskopowe
Mikroskop elektronowy
Hodowla bakterii
Stosowane podłoża bakteriologiczne płynne i stałe
Hodowla prowadzona w warunkach najbardziej odpowiednich dla poszukiwanych drobnoustrojów
Czas hodowli od kilku godzin (np. pałeczki okrężnicy czyli Escherichia coli) do kilkunastu dni (np. prątki gruźlicy czyli Mycobacterium tuberculosis)
Wymagania wzrostowe bakterii Zapotrzebowanie na tlen
Tlenowe – O2
Beztlenowe – mniej niż 1-0,5% O2
Mikroaerofilne – mieszanina 5% O2, 10% CO2, 85% N2
Źródło węgla Autotroficzne – CO2 Heterotroficzne – aminokwasy, peptydy, cukry, lipidy
Pozostałe związki niezbędne do wzrostu Sole nieorganiczne Witaminy
Czynniki fizykochemiczne
Temperatura Psychrofile – optimum 0-10C Mezofile – optimum 20-40C Termofile – optimum 50-60C
pH Większość bakterii preferuje neutralne wartości
pH ~ 7.0 Ciśnienie osmotyczne
Wiekszość preferuje aw ~ 0,99
Wzrost hodowli bakterii w podłożu płynnym
Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów
Podłoże agarowe wzbogacone krwią – widoczna strefa hemolizy dookoła kolonii
Hodowla i wstępna identyfikacja drobnoustrojów
Podłoża wybiórcze, wybórczo-różnicujące chromogenne i specjalne
MacConkey agar
CPS
Oznaczanie mechanizmów oporności na antybiotyki – podłoża chromogenne
MRSAESBL
VRE
Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów
Identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem testów wykonywanych na płytkach
wrażliwość na bacytracynę test CAMP
Hodowla i identyfikacja drobnoustrojów
Identyfikacja drobnoustrojów z zastosowaniem
zestawów probówkowych gotowych testów identyfikacyjnych
Systemy automatyczne
Systemy automatyczne stosowane są do hodowli drobnoustrojów (np. Bactec do posiewów krwi) lub do identyfikacji i oznaczenia lekowrażliwości wyhodowanych wcześniej na podłożach stałych drobnoustrojów
Phoenix BD Diagnostic SystemsVITEK 2 Compact BioMerieux
System VITEK 2 Compact
System automatyczny do identyfikacji i oznaczenia lekowrażliwości drobnoustrojów wyhodowanych wcześniej na podłożach stałych
Oznaczenie lekowrażliwości drobnoustrojów
Oznaczanie metodą rozcieńczeniową Gotowe testy
diagnostyczne do odczytu manualnego
Oznaczanie za pomocą systemów automatycznych
Oznaczanie lekowrażliwości i mechanizmów oporności na antybiotyki
Szczep gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus) oporny na wszystkie antybiotyki -laktamowe (MRSA)
Dyfuzja z krążka
Dyfuzja z paska
Podłoże z antybiotykiem
Metody immunologiczne
Testy lateksowe, ELISA, immunofluorescencyjne wykrywające całe komórki lub antygeny bakterii (białka powierzchniowe, wielocukry otoczkowe, toksyny)
Pozwalają wykryć bakterie w materiale pobranym od chorego lub pomagają w identyfikacji wyhodowanych bakterii
Stosowane gotowe testy manualne lub automatyczne
Aglutynacja lateksowa
Metody immunologiczne - EIA
Metody immunologiczne – systemy automatyczne
System VIDAS
Nowe metody oparte o metody immunologiczne
Spektrometria MALDI-TOF
Spektrometria MALDI-TOF
Spektrometria MALDI-TOF
Metody molekularne Stosowane głównie metody oparte o reakcje PCR lub real-
time PCR Dostępne różne gotowe testy komercyjne w dwóch
wariantach Zestaw odczynników do wykrywania bakterii, reakcja w
dowolnym aparacie do PCR lub real-time PCR Zestawy odczynników lub zamknięte systemy
diagnostyczne przeznaczone do użycia w aparacie określonej firmy
Testy zarówno do wykrycia bakterii np. M.tuberculosis jak i identyfikacji ważnych epidemiologicznie bakterii np. MRSA lub wykrycia toksyn bakteryjnych
Genom bakteryjny
Chromosom bakteryjny o różnej wielkości w zależności od gatunku bakterii oraz obecności wbudowanych elementów ruchomych (plazmidów, transpozonów, bakteriofagów)
Metoda PCR
Metoda PCR
6018
/9967
58/99
ATCC
4330
0 AT
C C 29
213
Rule r
1 00
Rule r
1 00
DNA
mecAok. 550 kb
mecA gen występujący u MRSA
Real-time PCR
Krzywe reakcji real-time PCR
Szybkie testy molekularne np. GeneXpert
Sondy typu Scorpion
rysunki: źródło Cepheid
Dwa rodzaje sond typu Scorpion stosowane w testach z serii GeneXpert
Zintegrowana kontrola wewnętrzna w mieszaninie reakcyjnej
Mg2+
dCTP
dGTP
dUTP
dATP
Taq DNA Polymerase
Internal Control (IC)
IC scorpiontarget scorpion
rysunki źródło Cepheid
Mikromacierze
Bakteriofagi – wirusy bakteryjne
Bakteriofagi - morfologia
Bakteriofagi – cykle życiowe
Bakteriofagi – zastosowanie w diagnostyce
Typowanie bakterii w celu określenia pokrewieństwa izolowanych szczepów
łysinka
Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii
Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii
Bakteriofagi – zastosowanie w detekcji i identyfikacji bakterii
Dziękuję za uwagę