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Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol e a SIColNet no contexto da Rede CRB-Brasil
Vanderlei Perez Canhos
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Desenvolvimento do Sistema de Informação e implanta ção nos CRBs
Rio de Janeiro, ABNT, 25 Setembro 2012
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Coleções Microbiológicas
• de Trabalho
• de Referência
• de Serviços
• “Centros de Recursos Biológicos”
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Material Biológico e Centros de Recursos Biológicos (CRB)
• Material Biológico= todo material que contém informação genética capaz de se auto-reproduzir ou de ser reproduzido em um sistema biológico
• Centros de Recursos Biológicos= coleções de culturas de microrganismos e/ou células, ou bancos de germoplasma, acreditados como tal.
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Coleções Microbiológicas
• de Trabalho
• de Referência
• de Serviços
• “Centros de Recursos Biológicos”
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Papel crítico dos Centros de Recursos Biológicos
• Conservação e suprimento de material biológico para aplicaçõesde P&D nos setores de agricultura, saúde, indústria e meioambiente
• P&D sobre o material do acervo
• Conservação da biodiversidade
• Autoridades de Depósito de material patentário
• Subsídios para a informação do público em geral e formulação de políticas
• Melhoria de práticas de biossegurança/bioproteção
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Programa de Biotecnologia & Recursos Genéticos
Programa de Tecnologia Industrial Básica e Inovação (TIB)
• SICol 1 – Desenho da Arquitetura do Sistema de Informação: CRIA (2001)
• SICol 2 – Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico- CatálogoVirtual : CRIA (2002-2004)
• SICol 3 – FINEP: Sistema de Informação e de Avaliação da Conformidade de Material Biológico para Coleções de Interesse Biológico : CRIA e TECPAR (2005-2007)
• SICol 4 – FINEP: Rede de Centros de Recursos Biológicos para Avaliação da Conformidadede Material Biológico: CRIA, CBMAI, CENARGEN, CLIOC e BCRJ (2006-2008)
• SICol 5 - FINEP: Biotecnologia - Expansão do SICol: IBICT, CRIA (2009 -2011) (Ext 2013)
• + Programa de apoio à capacitação institucional (3 coleções + 2 Redes institucionais + 2 biotérios + Banco de Clones de Jaboticabal)
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol
status
Catálogos
onlineSIColNet
Agenda
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
O que é o microSICol?
microSICol é um sistema de informação para a gestão da qualidade em coleções
microbiológicas desenvolvido pelo Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
desde 2005 com o apoio do Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI).
O principal objetivo do sistema é apoiar a implantação de melhores práticas de gestão
com a documentação e rastreabilidade de insumos, processos e produtos , subsidiando a
disseminação livre e aberta de dados não sensíveis de catálogos de acervos catálogos de
acervos na internet através da SIColNet e speciesLink.
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol • principais características
� Baseado nos guias CABRI* com adequações para atender necessidades e demandas
específicas.
Baseado em tecnologia web e operável em diferentes plataformas.
� Campos para atender requisitos de textos com formatação livre e vocabulário controlado.
� Mecanismos para referências internas a documentos, bibliografia and nomes cientificos
préviamente registrados.
� Multilingue para navegação e conteúdo.
� Esquema robusto de segurança de accesso à
� informação registrada em diferentes níveis
�
� (usuários, grupos e registros).
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Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol • componentes
Documentação da coleção:
(arqueas, bactérias, fungos filamentosos, leveduras e protozoários)
Linhagens (informações genéricas, coleta, isolamento, identificação, depósito,
crescimento, caracteristicas, propriedades tecnológicas, estoque)
Taxa (sistema configurável para diferentes grupos taxonômicos)
Instituições
Pessoas
Documentos (figuras, meios de cultivo, sequencias de DNA)
Referencias bibliográficas
Processos de documentação:
Preservação
Distribuição
Control de qualidade
Controle de estoque (alerta de minimo)
Acesso externo:
Integração com a SIColNet e speciesLink (DarwinCore2 + microbial extension)
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Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol • coleções microbiológicas
15 coleções
CLIOC Leishmania Collection Fiocruz – RJ
CBMAI Coleção de Culturas de Microrganismos de Ambie nte e Indústria Unicamp - SP
CCBS Bacterial Culture Collection of Health Importan ceFiocruz - RJ
CLISTCollection of Listeria
Fiocruz - RJ
CCAMPCollection of Campylobacter
Fiocruz - RJ
CCBHCulture Collection of Hospital Bacteria
Fiocruz - RJ
CENTCollection of Enteropathogenic Bacteria
Fiocruz - RJ
CCFF Culture Collection of Filamentous FungiFiocruz - RJ
CCGB Culture Collection of Bacillus and Related Gene raFiocruz - RJ
CMT Mycological Collection of TrichocomaceaeFiocruz - RJ
ColTryp Collection of Trypanossoma from Wild and Dome stic Mammals and VectorsFiocruz - RJ
CBAM Collection of Bacteria from AmazonFiocruz - AM
CFAM Collection of Fungi from AmazonFiocruz - AM
CBMA Bacteria Collection of the Atlantic ForestFiocruz - RJ
CFP Collection of Pathogenic FungiFiocruz - RJ
INCQSColeção de Microrganismos de Referência do Instituto Na cional de Controle de Qualidadeem Saúde
Fiocruz - RJ
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol • desenvolvimentos em 2010-2011
Mapas de Estoque
Controle rigoroso do estoque da coleção como resultado dos processos de preservação,
controle de qualidade e distribuição. O mapeamento preciso das amostras nos containers
permite o acesso instantâneo à informação da localização da linhagem e o número de
amostras disponíveis.
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Relatórios de rastreabilidade
Relatórios detalhados de rastreabilidade produzidos sob demanda do curador da coleção.Filtros podem ser aplicados para diferentes períodos, op eradores, e tipos de operações.Possibilita o mapear detalhes específicos de etapa do pr ocesso e indicadores da qualidade do produto.
microSICol • desenvolvimentos em 2011
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Relatórios
Mecanismo de geração avançada de relatórios em implementação(lançamento em 2012-2013)
Gerador de relatórios wizard based permite configurações queatendam demandas específicas de diferentes coleções.
Relatórios podem ser gerados em• Tabelas HTML • CSV para importação em spreasheets (MS-Excel)• Documents XML para intercâmbio de dados• Gráficos (Pie, Linhas, Barras, Colunas)• Customizado para páginas HTML
microSICol • desenvolvimentos em 2011-2012 - 2013
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol • relatórios
Relatóriosdefinidos para
atenderdemandasespecíficas
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol
status
Catálogos
online SIColNet
Agenda
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
clio
c.fi
ocr
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Portais de coleções
we
bd
rm.c
pq
ba
.un
ica
mp
.br
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol catálogos integrados a portais institucionais
Website da CLIOC Catálogo da CLIOC disponível na internet
microSICol
• Depósito aberto• Linhagens viáveis• Inserção no catálogo aberto• Sem restrição de segurança
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
microSICol
status
online
cataloguesSIColNet
agenda
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
speciesLink o sistema de informação para a integração de dados
primários de amostras depositadas em coleções biológicas usa os
protocolos Tapir e/ou DiGIR e DarwinCore2 como modelo de
dados.
> 280 acervos biológicos com + de 5,5 milhões de registros online(Agosto 2012)
SIColNet sistema de informação integrador de dados primarios de
coleções microbiológicas, financiado pelo MCTI, FINEP and CRIA.
Usa Tapir como Protocol de busca e DarwinCore2 com a extensão
para microrganismos como modelo de dados.
18 coleções, 13,003 registros on-line de bacterias, fungos
filamentosos, leveduras e protozoários. (Setembro 2012)
SIColNet adota a tecnologia da rede speciesLink
Redes globais
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
DarwinCore2 Extensão Microbiana
modelo de dados • DarwinCore2 com extensão para microrganismos
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Catálogo global Mapas de distribuição Relatórios de indicatores
CLIOC
CBMA
ColTryp
CMT
TAPIRLinkTAPIRLink
CCFF CCGB
CENT CCBH CLIST CCAMP
CCBSCCBS
μSICol
INCQSCFP
Fiocruz - RJ
CBAM
CFAMmicroSICol
Fiocruz - AM
spLinkerspLinker
CBMAI microSICol Unicamp - SP
Relatórios de qualidade de dados
speciesLink (DarwinCore2)speciesLink (DarwinCore2) SIColNet (DarwinCore2 + microbial)SIColNet (DarwinCore2 + microbial)
Integração de sistemas de informação
Embrapa Infomicro
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
SIColNet • outros serviços
information about the collection datacleaning reports
Análise de dados, indicatores e sugestões de georeferenciamento
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Vanderlei Perez Canhos
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
www.cria.org.br
sicol.cria.org.br
Obrigado!
Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA
Programa de Biotecnologia & Recursos Genéticos
Programa de Tecnologia Industrial Básica e Inovação (TIB)
• SICol 1 – Desenho da Arquitetura do Sistema de Informação: CRIA (2001)
• SICol 2 – Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico- CatálogoVirtual : CRIA (2002-2004)
• SICol 3 – FINEP: Sistema de Informação e de Avaliação da Conformidade de Material Biológico para Coleções de Interesse Biológico : CRIA e TECPAR (2005-2007)
• SICol 4 – FINEP: Rede de Centros de Recursos Biológicos para Avaliação da Conformidadede Material Biológico: CRIA, CBMAI, CENARGEN, CLIOC e BCRJ (2006-2008)
• SICol 5 - FINEP: Biotecnologia - Expansão do SICol: IBICT, CRIA (2009 -2011) (Ext 2013)
• + Programa de apoio à capacitação institucional (3 coleções + 2 Redes institucionais + 2 biotérios + Banco de Clones de Jaboticabal)