Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci Biokemija ... 2017/BIL_202_Biokemija_syllabus... · Metabolizam masnih kiselina- sinteza i razgradnja 22. Razgradnja proteina i aminokiselina

Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Izvedbeni nastavni program kolegija Biokemija doc. dr. sc. Ivana Ratkaj, 2017/2018

Biokemija- Syllabus

Studij: Prediplomski sveučilišni studij Biotehnologija i istraživanje lijekova

Broje predmeta: BIL 202

Web stranica predmeta: http://www.biotech.uniri.hr

ECTS bodovi: 12

Nastavno opterećenje/sati: 120 sati (44 P + 44 S + 32 V)

Nositelj kolegija:

doc. dr. sc. Ivana Ratkaj


soba 0-247

Radmile Matejčić 2, 51000 Rijeka

Konzultacije: srijedom 10h

e-mail: [email protected]

Asistenti

dr. sc. Marko Klobučar


soba 0-247


e-mail: mklobuč[email protected]

Anja Harej, mag. biotech. in med


soba 0-222


e-mail: [email protected]

http://www.biotech.uniri.hr/

mailto:[email protected]

mailto:mklobuč[email protected]

mailto:[email protected]



Osnovne informacije o kolegiju:

Predavanja, seminari i vježbe se održavaju od 05.02.- 30.03.2018.

Literatura za pomoć pri svladavanju nastavnog gradiva iz biokemije, praćenje

predavanja i seminara te za pripremu provjere znanja na kolokvijima i završnom ispitu

je:

1. Jeremy M.Berg, John L.Tymoczko, Lubert Stryer: BIOKEMIJA,

Školska knjiga, Zagreb, 2013.

2. Robert K. Murray, David A. Bender, Kathleen M. Botham, Peter J. Kennelly,

Victor W. Rodwell, P. Anthony Weil: Harperova ilustrirana biokemija, Medicinska

naklada, Zagreb, 2011

3. Peter Karlson: Biokemija za studente kemije i medicine, Školska knjiga, Zagreb, 1988.



OPIS PREDMETA

Kolegij u planu nastave obrađuje temelje biokemijskih procesa u stanici na molekularnoj

osnovi. Kolegij biokemije pruža mogućnost studentima da steknu teoretska i praktična

znanja koja su im potrebna za praćenje drugih nastavnih kolegija te praktično izvođenje

biokemijskih eksperimenta na vježbama iz biokemije. Na kolegiju biokemije studente se

podučava osnovnoj kemijskoj građi i svojstvima biološki važnih molekula. Na taj način

studente se uvodi u osnove najvažnijih biokemijskih putova u stanici, načinu prijenosa

signala te regulacije biokemijskih i staničnih procesa. Studentima se na zanimljiv i

prihvatljiv način objašnjava način pretvorbe, korištenja i utroška energije u stanici kao i

važnost regulacije prijenosa signala te međusobne komunikacije stanica živog

organizma.

Osnovna znanja koja student dobiva na kolegiju biokemije prijeko su potrebna za

razumijevanje drugih kolegija kao primjerice fiziologije, patofiziologije, farmakologije,

molekularne medicine, itd.. Studentima će se uz gore navedeno prikazati i objasniti

promjene biokemijskih procesa koje dovode do nastanka patoloških stanja i

metaboličkih bolesti uz prikaz molekularnog principa liječenja metaboličkih bolesti.

Ukratko kolegij biokemije nudi studentima mogućnost stjecanja prijeko potrebnog

znanja iz područja biokemije i upoznavanje biološki važnih molekula, međusobno

povezanih u sustavu stanice, organa i organizma, te razumijevanje biokemijskih

promjena koje dovode do bolesti stanice i organizma.

Uvjet za upis kolegija Biokemija:

Da bi student redovno mogao pohađati nastavu iz kolegija biokemije student/ica

mora dobro vladati gradivom organske kemije i molekularne biologije. ZA

PRISTUPANJE ZAVRŠNOM ISPITU IZ PREDMETA BIOKEMIJA STUDENT/ICA MORA

IMATI POLOŽENI ISPIT IZ OPĆE I ORGANSKE KEMIJE

Ciljevi i očekivani ishodi predmeta (razvijanje općih i specifičnih kompetencija)

Opće kompetencije koje će se razvijati na predmetu: A1, A2, A3, A5, A8, B1, B3, B4; B5;

C1, C2, C3, C4.



Specifične kompetencije koje će se razvijati na predmetu:

Nakon uspješno završenog programa iz ovog predmeta studenti će biti sposobni:

a) Prepoznati i objasniti značenje važnih molekula uključenih u biokemijske procese

stanice te objasniti važnost tih procesa i reakcija za stanicu i organizam

b) Naučiti, shvatiti i vladati molekularnim osnovama biokemijskih procesa

c) Sigurno i učinkovito rukovati uzorcima, provesti biokemijsku analizu prema unaprijed

danom protokolu, razumljivo prikazati rezultate te izvesti potreban zaključak iz

dobivenih rezultata izvršenog testa (proceduralno znanje).

A Predavanja

1. Uvod u biokemiju

2. Stanica i stanične strukture

3. Građa i strukture DNA i RNA molekula

4. Sinteza proteina

5. Sastav i struktura proteina

6. Trodimenzionalne strukture proteina

7. Uloga proteina u stanici

8. Regulacija bioloških reakcija i provođenje signala

9. Enzimi

10. Enzimska kinetika- aktivacija i inhibicija

11. Regulacijske strategije

12. Ugljikohidrati

13. Metaboličke reakcije

14. Glikoliza

15. Regulacija glikolize

16. Glukoneogeneza

17. Metabolizam glikogena

18. Ciklus limunske kiseline

19. Oksidacijska fosforilacija

20. Calvinov ciklus

21. Metabolizam masnih kiselina- sinteza i razgradnja

22. Razgradnja proteina i aminokiselina



23. Biosinteza aminokiselina

24. Biosinteza nukleotida

25. Istraživanje proteina i proteoma

26. Post-transkripcijska regulacija i nekodirajuće RNA molekule

B Seminari

1. Uvod u biokemiju

2. Stanične strukture i makromolekule

3. Aminokiseline, peptidi, proteini- struktura, metabolizam i izolacija

4. Vitamini i koenzimi

5. Enzimi i enzimska kinetika

6. Ugljikohidrati

7. Metabolizam lipida

8. Energijom bogati spojevi

9. Respiratorni lanac i termogeneza, oksidacijski stres i antioksidansi

10. Prijenos signala u stanici

11. Hormoni i receptori

12. Apoptoza- nastanak malignih bolesti

13. Metode analize proteina

14. Metode molekularne biologije

C Vježbe

1. Kvalitativno određivanje proteina

2. Kvantitativno određivanje koncentracije proteina

3. Enzimska reakcija razgradnje škroba

4. Specifičnost amilaze i utjecaj aktivatora i inhibitora

5. Utjecaj pH, temperature i koncentracije supstrata

6. Razdvajanje proteina pomoću SDS elektroforeze



Korelativnost i korespondentnost predmeta:

Program je korespondentan s programima referentnih sveučilišta i sličnim programima

u području prirodnih znanosti i biomedicine



SADRŽAJ KOLEGIJA

Vrsta Tema Broj sati

P1 Uvod u biokemiju 2

P2 Stanica i stanične strukture 1

P3 Građa i strukture DNA i RNA molekula 2

P4 Sinteza proteina 2

P5 Sastav i struktura proteina 1

P6 Trodimenzionalne strukture proteina 2

P7 Uloga proteina u stanici 2

P8 Regulacija bioloških reakcija i provođenje signala 1

P9 Enzimi 1

P10 Enzimska kinetika- aktivacija i inhibicija 2

P11 Regulacijske strategije 2

KOLOKVIJ 1

P12 Ugljikohidrati 2

P13 Metaboličke reakcije 1

P14 Glikoliza 2

P15 Regulacija glikolize 1

P16 Glukoneogeneza 2

P17 Metabolizam glikogena 2

P18 Ciklus limunske kiseline 2

KOLOKVIJ 2

P19 Oksidacijska fosforilacija 1

P20 Calvinov ciklus 1

P21 Metabolizam masnih kiselina- sinteza i razgradnja 3

P22 Razgradnja proteina i aminokiselina 2

P23 Biosinteza aminokiselina 2

P24 Biosinteza nukleotida 1

P25 Istraživanje proteina i proteoma 2

P26 Post-transkripcijska regulacija i nekodirajuće RNA molekule 2

KOLOKVIJ 3




S1 Uvod u biokemiju 3

S2 Stanične strukture i makromolekule

Terminacijski signali transkripcije kod antibiotika- antibiotici

TF i regulacija transkripcije

Kontrola ekspresije kroz regulaciju kromatina

Topoizomeraze kao mete lijekova

2

S3 Aminokiseline, peptidi, proteini- struktura, metabolizam i

izolacija

Obilježavanje proteina ubikvitinom

Aminokiseline kao zwiter-ion

Određivanje naboja aminokiselina tj. polipeptida ovisno o pH

4

S4 Vitamini i koenzimi

Podjela vitamina

Biologija i važnost vitamina i koenzima

Nedostatak vitamina

3

S5 Enzimi i enzimska kinetika

Prikaz enzimske kinetike

Katalitičke strategije

Djelovanje proteaza

Restrikcijski enzimi

Enzimi i lijekovi

Aktivacija zimogena kod aktivacije tripsina i zgrušavanja krvi

4



S6 Ugljikohidrati

Monosaharidi, disaharidi i polisaharidi

Hormonska kontrola metabolizma glukoze i glikogena

Sinteza i uloga adrenalina

Bolesti vezane za poremećaj metabolizma glukoze

Poremećaju glikozilacije

4

S7 Metabolizam lipida

Uloga lipoproteina i transport lipida

Leukotrieni i prostaglandini, nastanak i veza s upalnim procesima

4

S8 Energijom bogati spojevi

ATP sintetaza

ATP kao supstrat

3

S9 Respiratorni lanac i termogeneza, oksidacijski stres i

antioksidansi

3

S10 Prijenos signala u stanici

Stanična signalizacija

MAPK signalni put

3

S11 Hormoni i receptori

Prijenos signala vezanjem hormona za receptor

Steroidni hormoni

2

S12 Apoptoza- nastanak malignih bolesti

Mehanizmi aktivacije apoptoze

Apoptoza i nastanak bolesti

3

S13 Metode analize proteina

Izolacija, pročišćavanje, kromatografija, izoelektrično fokusiranje,

elektroforeza, western blot

3

S14 Metode molekularne biologije

Izolacija, qPCR analiza, analiza ekspresije

3



Način izvođenja nastave

Nastava se odvija u vremenu od 05.02. - 30.03.2017 u obliku predavanja, seminara i

vježbi. Predviđeno vrijeme trajanja nastave je ukupno 8 tjedana.

Obaveze studenata

Studenti su dužni redovito pohađati nastavu, prisustvovati seminarima i vježbama te na

vrijeme pripremiti svoja izlaganja i izvještaje.

Vrednovanje tijekom kolegija

Student može skupiti maksimalno 100 bodova prema tablici 1.

Kontinuirana provjera znanja, seminarski rad i laboratorijski rad donose maksimalno 70

bodova. Tijekom izvođenja nastave očekuje se da studenti redovito prisustvuju svim

nastavnim aktivnostima. Student može samo iz opravdanih razloga izostati najviše 30%

ukupne nastave. Ako student izostane više od 30 % nastave iz opravdanih ili

neopravdanih razloga gubi pravo pristupa završnom ispitu te mora upisati ponovo

kolegij sljedeće akademske godine. Student mora prisustvovati svakoj vježbi jer njezino

naknadno odrađivanje nije moguće, ako je izostanak opravdan tada student može

nadoknaditi vježbu dodatnim seminarskim radom u dogovoru sa nastavnikom. Na ovaj

način moguće je nadoknaditi izostanak sa jedne vježbe.

Laboratorijski rad- laboratorijske vježbe se boduju sa maksimalno 6 bodova koji se

skupljaju ocjenjivanjem izvještaja koja moraju sadržavati teorijski pregled, dobivene

rezultate i njihovi analizu i objašnjenje rezultata. Također prije svake vježbe će se

provesti uvodni kolokvij kojim će se provjeriti pripremljenost studenata za izvođenje

vježbi. Kroz uvodne kolokvije je moguće skupiti maksimalno 12 bodova. U slučaju da

student pokaže da nije dovoljno pripremljen za izvođenje predviđenih vježbi neće mu


V1 Kvalitativno određivanje proteina 5

V2 Kvantitativno određivanje koncentracije proteina 5

V3 Enzimska reakcija razgradnje škroba 6

V4 Specifičnost amilaze i utjecaj aktivatora i inhibitora 5

V5 Utjecaj pH, temperature i koncentracije supstrata 5

V6 Razdvajanje proteina pomoću SDS elektroforeze 6



biti dozvoljeno izvođenje praktičnog dijela te će neizvođenje vježbe morati nadoknaditi

dodatnim seminarskim radom. Moguća je nadoknada samo JEDNE vježbe na ovaj način.

Tijekom provedbe laboratorijskog dijela kolegija moguće je skupiti ukupno 18 boda.

Tijekom održavanja predavanja i seminara provoditi će se kontinuirana provjera znanja

kroz ukupno 3 kolokvija. Svaki kolokvij se sastoji od 20 pitanja i donosi 15 bodova, dakle

student kroz 3 kolokvija može skupiti maksimalno 45 bodova. Svaki kolokvij će imati

2 eliminacijska pitanja koja je obavezno riješiti TOČNO kako bi se uopće ocijenila

preostala pitanja. Ako student ne odgovori točna na dva obavezna pitanja smatra se da

nije prošao na kolokviju. Da bi se kolokvij smatrao položenim nužno je riješiti najmanje

60% pitanja tj. ostvariti najmanje 9 bodova. Ukoliko student ne zadovolji ove uvijete

imati će mogućnost popravka nakon izvođenja ukupne nastave a prije završnog ispita.

Popravak uključuje isključivo samo ispravak kolokvija koji su bili negativno ocjenjeni.

Seminarski radovi koje studenti predaju u pismenom obliku i drže u obliku prezentacije

donosi maksimalno 7 bodova. Završni ispit donosi maksimalno 30 bodova te se sastoji

od pismenog i usmenog dijela te je potrebno skupiti minimalno 10 bodova na pismenom

dijelu ispita kako bi se ispit ocijenio pozitivnim. Nakon rezultata pismenog dijela ispita

studenti će imati usmeni dio gdje će odgovoriti na još 5 pitanja, jedno od pitanja će se

odnositi na izvedenu vježbu.

Ukupna ocjena iz kolegija biokemija sukladan je ocjenjivanju diplomskog studija:

A (5)- 80-100%

B (4)- 70-79.99%

C (3)- 60-69.99%

D (2)-50-59.99%

E (2)-40-49.99%

F i FX (1)- ispod 40%



Tablica 1. Potrebne aktivnosti bodovanja kolegija BIL202 Biokemija

Vrsta aktivnosti

Ishod učenja Aktivnost studenta Metoda procjenjivanja

Bodovanje (max. broj)

Kontinuirana provjera znanja

Objektivno mjerenje znanja

3 kolokvija 45 bodova Svaki test nosi 15 bodova

Laboratorijski rad

-sigurno i djelotvorno rukovanje uzorcima -provođenje mjerenja prema protokolu -prikazati i analizirati rezultate

Izvođenje eksperimenta prema zadanom protokolu

-samostalnost izvođenja -točnost rezultata -predaja izvještaja

6 bodova

Provjera pripremljenosti za vježbe

Pismena provjera pripremljenosti za izvođenje vježbi

12 bodova

Seminarski rad -stjecanje vještine pisanja i izlaganja znanstvenog rada

-usmeno izlaganje,interaktivno učenje

-pripremljenost seminara i vještina izlaganja

7 bodova

Završni ispit Pismeni ispit Usmeni dio

20 bodova 30 10 bodova

UKUPNO 100 BODOVA

SVAKI STUDENT NA PREDAVANJU MORA IMATI BILJEŽNICU U KOJU ĆE PISATI!

Studenti smiju zakasniti maksimalno 15 minuta na početak predavanja, seminara

i vježbi, svako duže kašnjenje nije dozvoljeno te studentima neće biti dopušteno

prisustvovanje nastavi. Tijekom izvođenja nastave, seminara ili vježbi a osobito

tijekom pisanja kolokvija NAJSTROŽE je zabranjeno koristi mobitel, ako student

neće poštovati ovu zabranu biti će uklonjen s nastave ili će mu biti oduzet ispit i

smatrati će se da nije dobio pozitivnu ocjenu.

Na laboratorijskim vježbama student treba nositi zaštitnu odjeću (bijela kuta) a sa

sobom ponijeti flomaster za pisanje po staklu i kalkulator i obavezno Upute za

vježbe.



Predavanja i seminari će se održati u predavaoni O-030 (prizemlje) prema rasporedu

predavanja. Prema potrebama održavanja nastave na drugim kolegijima moguće je da u

tijeku kolegija dođe do promjene održavanja predavanja, seminara ili vježbi o čemu će

studenti biti pravovremeno obaviješteni

Praktične vježbe će se održati u laboratorijima i praktikumima Odjela za biotehnologiju,

drugi kat O-264 i O-265.



Raspored kolegija TJEDAN Datum Predavanja Seminari Vježbe Testovi

1. t

jed

an

0

5.–

09

. 02

. 20

17

Ponedjeljak

05.02. P1*- 030 11-13h

Utorak 06.02.

P2*, P3*-030 9-12h

Srijeda 07.02.

P4*-030 9-11h

S1-030 11-13h

Četvrtak 08.02.

P5*-030 9-12h

Petak 09.02

P6*-030 8-10h

S2-030 10-12h

2. t

jed

an

1

2. –

16

. 02

. 20

17

Ponedjeljak 12.02.

P7*-030 11-12h

S2-030 12-14h

Utorak 13.02.

P8* 12-14h

S3-030 9-12

Srijeda 14.02.

P9*, P10*-030 10.30-13h

S3-030 9-10.30h

Četvrtak 15.02.

P11*-030 09-11h

S3-030 11-13h

Petak 16.02

P12**-030 09-11h

3. t

jed

an

1

9. –

23

. 02

. 20

17

Ponedjeljak 19.02.

P13**-030 13-14.30

KOLOKVIJ 1 030

11-13h Utorak 20.02.

P14**-030 11-13h

S4-030 9-11h

Srijeda 21.02.

P15**-030 11-12.45h

S5-030 9-11h

Četvrtak 22.02.

P16**-030 11-13h

S5-030 9-11h

Petak 23.02

P17**, P18**-030 9-11h

4. t

jed

an

2

6 –

02

. 03

. 20

17

Ponedjeljak 26.02.

KOLOKVIJ 2 030

11-13h Utorak 27.02.

P19***-030 9-11h

Srijeda 28.02.

V2-I i II 9-13h 13-16h

Četvrtak 01.03.

V3-I i II 9-13h 13-16h

Petak 02.03

P20***-030 10-11.30h

S6 11.30-13h



5. t

jed

an

0

5. –

09

. 03

. 20

17

Ponedjeljak 05.03.

P21*** 11-12h

S7 12 -13h

Utorak 06.03.

P22*** - 030 10.30-12h

S7 12-13.30h

Srijeda 07.03.

V5-I i II 9-13h 13-16h

Četvrtak 08.03.

V6-I i II 9-13h 13-16h

Petak 09.03

S8 10-12h

6. t

jed

an

1

2. –

16

. 03

. 20

17

Ponedjeljak 12.03.

P23***- 030 11-13h

S9 13-15h

Utorak 13.03.

P24***- 030 9-10.30h

S9 10.30-12h

Srijeda 14.03.

V7-I i II 9-13h 13-16h

Četvrtak 15.03.

V8-I i II 9-13h 13-16h

Petak 16.03

S10 9-12h

7. t

jed

an

1

9. –

23

. 03

. 20

17

Ponedjeljak 19.03.

P25***-030 12-13h

S11 13-14.30h

Utorak 20.03.

P26***-030 8.30-10h

S12 10-12h

Srijeda 21.03.

S13 9-12h

Četvrtak 22.03.

S14 9-12h

Petak 23.03

KOLOKVIJ 3 030 8.30-11h

3

8. t

jed

an

2

6. –

30

. 03

. 20

17

Ponedjeljak 26.03.

ISPRAVAK KOLOKVIJA 1-4 -030 12-14h

Utorak 27.03.

1. ISPITNI ROK- Pismeni ispit 9-12h- O-030

Srijeda 28.03.

1. ISPITNI ROK- Usmeni ispit 9-12 h

Četvrtak 29.03.

1. ISPITNI ROK- Usmeni ispit 9-12 h

Petak 30.03



UPUTE ZA PISANJE SEMINARSKOG RADA

Seminarski rad se predaje u elektronskog i tiskanom obliku, a piše se u obliku eseja

prema niže navedenim uputama. Seminarski rad se također prezentira u obliku power

point prezentacije te ne može biti samo doslovan prijevod teksta ili rada koji se

obrađuje.

Svaki seminarski rad mora sadržavati:

NASLOV

SADRŽAJ

UVOD

RAZRADA- sadrži definicije, kemijske strukture, sheme metaboličkih putova, slike,

grafikone potrebne za razradu i obradu tematike

ZAKLJUČAK

LITERATURA- sadrži popis svih literaturnih navoda koji su se koristili za pisanje

seminarskog rada navedeni prema Hardwardskom sustavu za navođenje referenci

Izgled prve stranice:

Sveučilište u Rijeci Odjel za biotehnologiju

Ime i prezime, studij

Naslov rada

Seminarski rad

Rijeka, 2018.



Akademska čestitost

Nastavnika obavezuje poštivanje Etičkog kodeksa Sveučilišta u Rijeci a studente Etičkog

kodeksa za studente Sveučilišta u Rijeci

Kontaktiranje s nastavnicima

Nastavnik je svakodnevno dostupan putem e-mail-a za sva pitanja koje se tiču nastave.

Također je predviđeno vrijeme konzultacija srijedom od 10-11h

Informiranje o predmetu

Informacije o tijeku i načinu izvođenju nastave studenti će dobivati putem sustava na

daljinu i direktnim kontaktom s nastavnikom i asistentima

Očekivane opće kompetencije pri upisu studenata

Smatra se da studenti znaju koristiti računalnim programima (Word, Excel i

PowerPoint) kao i da posjeduju dovoljno znanja iz engleskog jezika da se mogu koristiti

literaturom na engleskom jeziku.

Documents

Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci Biokemija ... 2017/BIL_202_Biokemija_syllabus... · Metabolizam masnih kiselina- sinteza i razgradnja 22. Razgradnja proteina i aminokiselina