Upload
others
View
1
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA “JÚLIO DE MESQUITA FILHO” FACULDADE
DE CIÊNCIAS AGRONÔMICAS CÂMPUS DE BOTUCATU
VARIABILIDADE DE Colletotrichum gloeosporioides e Colletotrichum acutatum EM SERINGUEIRA (Hevea brasiliensis)
JUAN FERNAN SIERRA HAYER Mestre, PhD. Agronomia – Proteção de Plantas
BOTUCATU – SP Novembro – 2015
ANTRACNOSE
SIERRA-HAYER & FURTADO, 2010 Flutriafol, Tebuconazol, Epoxiconazol + Piraclostrobina, Azoxistrobina + Ciproconazol e Propiconazol
Folhas, Ramos e Inflorescência
(Silveira & Cardoso, 1987)
ANTRACNOSE
ANTRACNOSE
Painéis de sangria (Silveira et al., 1992)
ANTRACNOSE
Furtado
Fruto (Furtado,
2008)
ANTRACNOSE
Furtado, 1989
Mirassolândia
Furtado, 2009
OBJETIVO PRINCIPAL
C. gloeosporioides
C. acutatum
Filogenéticas
Populacionais
MATERIAL E MÉTODOS
Obtenção e Preservação dos Isolados
Identificação Espécie Hospedeiro Tecido Local Sigla
J01 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J02 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J03 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J04 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Painel Brasil - São Paulo BRA-SP J05 C.gloeosporioides Hevea brasiliensis Fruto Brasil - São Paulo BRA-SP J06 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J07 C. acutatum Hevea brasiliensis Folha Brasil - São Paulo BRA-SP J09 C. acutatum Hevea brasiliensis Fruto Brasil - São Paulo BRA-SP J10 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J11 C. acutatum Hevea brasiliensis Painel Brasil - São Paulo BRA-SP J12 C. acutatum Hevea brasiliensis Folha Brasil - São Paulo BRA-SP J13 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Fruto Brasil - São Paulo BRA-SP J14 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J15 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Painel Brasil - São Paulo BRA-SP J16 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J17 C. gloeosporioides Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP J18 C. acutatum Hevea brasiliensis Folha Brasil - São Paulo BRA-SP J19 C. acutatum Hevea brasiliensis Galhos Brasil - São Paulo BRA-SP
Identificação Molecular
5.2.1 Isolamento do DNA genômico
(NaCl 0,5M; EDTA 0,05M; Tris-HCl 0,1M pH 8,0; β-mercaptoetanol 0,2%)
Dellaporta et al,. 1983
Quantificação e diluição do DNA
Análise por PCR
Calnt2 (5’- GGG GAA GCC TCT CGC GG-3’) ITS4 (5’- TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC -3’) Sreenivasaprasad et al., (1996).
Cglnt (5’- GGC CTC CCG CCT CCG GGC GG-3’) ITS4 (5’- TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3') Mills, Sreenivasaprasad e Brown (1992).
Análise por PCR
ITS1 (5’- TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3’) ITS4 (5’- TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3') White et al., (1990)
(O’Donnell, 1992)
Purificação dos produtos de PCR
Reação de Sequenciamento
Análise das Sequências
Sequências consenso
Metodologia da análise MB ML NJ
Confecção da matriz
Análises filogenéticas
Análise populacional e estatística
Resultados
EU
6222
78 C
olle
totri
chum
lage
nJN
0502
38 C
olle
totri
chum
bre
vis
JN05
0239
Col
leto
trich
um b
revi
s
100
JX66
9450
Col
leto
trich
um g
loeo
sJX
6694
45 C
olle
totri
chum
glo
eos
C. g
loeo
spor
ioid
es J
17
GU
8105
09 G
lom
erel
la c
ingu
lata
JX66
9449
Col
leto
trich
um g
loeo
s
JQ65
8869
Col
leto
trich
um c
livia
e
100
JX54
6816
Col
leto
trich
um li
ndem
u
JX54
6818
Col
leto
trich
um li
ndem
u
JX54
6819
Col
leto
trich
um li
ndem
ut
JX54
6817
Col
leto
trich
um li
ndem
uth
100
100
99
AB24
2419
.2 G
lom
erel
la tu
cum
anen
AB24
2422
.2 G
lom
erel
la tu
cum
anen
s
100
DQ
2861
52 C
olle
totri
chum
tric
hellu
m
GU
2278
13 C
olle
totri
chum
tric
hellu
m
100
89
KC91
3201
Col
leto
trich
um s
paet
hian
um
JX56
7508
Col
leto
trich
um d
emat
ium
JX56
7509
Col
leto
trich
um d
emat
ium
99
100
EU67
2822
Glo
mer
ella
gra
min
icola
JQ65
8887
Col
leto
trich
um s
ublin
eola
100
87
87
JN05
0240
Col
leto
trich
um tr
opici
cola
JN05
0241
Col
leto
trich
um tr
opici
cola
100
JQ68
5746
Col
leto
trich
um c
apsic
i
JX97
1162
Coll
etot
richu
m tr
unca
tum
JX97
1163
Coll
etot
richu
m tr
unca
tum
GU227
879
Colle
totri
chum
trun
catu
m
HQ4376
63 C
ollet
otric
hum
trun
catu
m
JQ68
5749
Coll
etotric
hum
caps
ici
FJ96
8579
Coll
etotri
chum
caps
ici
EU0567
40 C
olleto
trichu
m caps
ici st
rain
EU0567
39 C
olleto
trichu
m caps
ici st
rain
FJ96
8602
Coll
etotric
hum ca
psici
HM4501
29 C
olleto
trichu
m caps
ici
AB7051
52 C
olleto
trichu
m demati
um
EU7816
66 C
olleto
trichu
m caps
ici
JQ65
8871
Coll
etotric
hum ja
smini
genu
m
HQ437664 Colletotrichum tru
ncatum iso
late
10010
0 FJ968605 Colletotric
hum boninense
JX902423 Colletotric
hum cymbidiico
la
JX902424 Colletotric
hum cymbidiico
la
FJ968604 Colletotrichum boninense
JN715846 Colletotric
hum karsti
i
JQ005174 Colletotric
hum colombiense
JQ005173 Colletotrichum colombiense
JN715844 Colletotrichum brassicicola
9590 JQ926743 Colletotrichum boninense
C. gloeosporioides J78
C. gloeosporioides J75
JQ658875 Colletotrichum boninense
JQ658876 Colletotrichum boninense
HQ022474 Colletotrichum aff boninense
JQ005206 Colletotrichum karstii
JQ005222 Colletotrichum annellatum
C. gloeosporioides J73
C. gloeosporioides J74
100100
100
AY266404 Colletotrichum gloeosporioides
HM999897 Colletotrichum gloeosporioides
JN050243 Colletotrichum thailandicum
JN050242 Colletotrichum thailandicum
10010099 JN715847 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
FJ972608 Colletotrichum kahawae
FJ968597 Colletotrichum kahawae
FJ972607 Colletotrichum kahawae
JN715838 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
KC845289 Colletotrichum crassipes
JX009426 Colletotrichum spGU066671 Colletotrichum gloeosporioidesGU066645 Colletotrichum gloeosporioidesC. gloeosporioides J01 GU066699 Colletotrichum gloeosporioidesJX515292 Colletotrichum ignotum isolateC. gloeosporioides J05KC845285 Colletotrichum siamense isolateFJ968596 Colletotrichum gloeosporioides
EU294027 Colletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J52 FJ968590 Colletotrichum gloeosporioides
FJ968589 Colletotrichum gloeosporioides
JX010286 Colletotrichum theobromicola
FR717698 Colletotrichum fragariae
JN390867 Colletotrichum sp
FJ884081 Colletotrichum gloeosporioides
JX010285 Colletotrichum theobromicola
C. gloeosporioides J27
JX844081 Colletotrichum gossypii
JX844074 Colletotrichum gossypii
C. gloeosporioides J13
JQ658886 Colletotrichum musae
C. gloeosporioides J93
JX476955 Colletotrichum gloeosporioides
KF112043 Colletotrichum gloeosporioides
KF112044 Colletotrichum gloeosporioides
99
KC820802 Colletotrichum queenslandicum
KC820802 Colletotrichum queenslandicum 2
EF025955 Colletotrichum gloeosporioides
EF025960 Colletotrichum gloeosporioides
100
JQ814344 Colletotrichum gloeosporioides
JN715843 Colletotrichum fructicola isolate
AF488777 Colletotrichum gloeosporioides
FJ968592 Colletotrichum gloeosporioides
FJ972614 Colletotrichum siamense
C. gloeosporioides J22
FJ972613 Colletotrichum siamense
AB704781 Colletotrichum gloeosporioides
FJ884085 Colletotrichum sp
EU427042 Colletotrichum gloeosporioides
JQ658862 Colletotrichum gloeosporioides
FJ972609 Colletotrichum gloeosporioides
GU223176Glomerella cingulata
GU223178 Glomerella cingulata
GU223179 Glomerella cingulata
GU223177 Glom
erella cingulata
9999
100
DQ463366 Colletotrichum gloeosporioides
DQ463367 Colletotrichum
gloeosporioides
JQ814342 Colletotrichum
gloeosporioides
FR717706 Colletotrichum fructicola
JQ814337 Colletotrichum
theobromicola
C. gloeosporioides J21
JN390876 C
olletotrichum gloeosporioides
HQ
022392 Colletotrichum
cf gloeosporioides
KC845290 C
olletotrichum fructicola
JN007803 C
olletotrichum fructicola
JQ814343 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814365 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814340 C
olletotrichum gloeosporioides
AY739025 Colletotrichum
gloeosporioides
KC
845288 Colletotrichum
fructicola
HQ
022504 Colletotrichum
cf gloeosporioides
HM
562711 Colletotrichum
gloeosporioides
HM
562710 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ884083 Colletotrichum
sp
JQ814332 C
olletotrichum theobrom
icola
JQ814351 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814346 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814345 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814341 C
olletotrichum gloeosporioides
95H
Q022503 C
olletotrichum cf gloeosporioides
AY
266369 Colletotrichum
gloeosporioidesC
. gloeosporioides J63C
. gloeosporioides J15 99
C. gloeosporioides J44
C. gloeosporioides J04
C. gloeosporioides J34
C. gloeosporioides J46
C. gloeosporioides J28
C. gloeosporioides J57
80
AF534466 C
olletotrichum gloeosporioides
FJ968594 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ972612 Colletotrichum
asianum
JX010194 Colletotrichum
asianum
JX402175 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ972615 Colletotrichum
asianum
KC820803 C
olletotrichum asianum
100
C. gloeosporioides J16
GU
066679 Colletotrichum
gloeosporioides
JX010256 Colletotrichum
siamense
JQ814363 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814336 C
olletotrichum gloeosporioides
FJ968595 Colletotrichum gloeosporioides
AY245021 Glom
erella cingulata
JQ814338 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ798596 Glom
erella cingulata
FJ798598 Glom
erella cingulata
100
JQ814356 Colletotrichum gloeosporioides
FJ798602 Glomerella cingulata
80
GU222376 Glomerella cingulata
HQ264184 Colletotrichum gloeosporioides
GU066676 Colletotrichum gloeosporioides
HE655511 Colletotrichum siamense
FR717705 Colletotrichum gloeosporioides
89
100
100
100
100100
C. acu
tatum
J53
C. acu
tatum
J66
C. acu
tatum
J76
C. acu
tatum
J62
C. acu
tatum
J19
C. acu
tatum J88
C. acu
tatum J03
C. acutatum J7
7
C. acutatum J8
3
C. acutatum J31
EU16890 Glomerella acutata
AM404279 Glomerella acutata
JN715834 Colletotrichum godetiae isolate
AM991134 Glomerella acutata
EU168904 Glomerella acutata
KC845287 Colletotrichum fioriniae100
FN566877 Glomerella acutata
EU168903 Glomerella acutata
AF521210 Glomerella acutata
JN543070 Glomerella acutata 86
FJ025802 Glomerella acutata
C. acutatum J1181
C. acutatum J20C. acutatum J81 C. acutatum J97 C. acutatum J50
C. acutatum J49 C. acutatum J43C. acutatum J58C. acutatum J42C. acutatum J85C. acutatum J79 C. acutatum J82 C. acutatum J51C. acutatum J23C. acutatum J48C. acutatum J07
C. acutatum J86 C. acutatum J32C. acutatum J12C. acutatum J35C. acutatum J84 C. acutatum J38C. acutatum J33
C. acutatum J69
C. acutatum J02
C. acutatum J24
C. acutatum J25
C. acutatum J29
C. acutatum J91
C. acutatum J10
C. acutatum J96
C. acutatum J87
C. acutatum J80 92
C. acutatum J18
C. acutatum J09
JN543069 Glomerella acutata
JN543067 Glomerella acutata
AF534467 Glomerella acutata strain
N715840 Colletotrichum sp
C. acutatum J06
C. acutatum J39
C. acutatum J55
C. acutatum J40
C. acutatum J72
JQ814354 Glomerella acutata
C. acutatum J14
C. acutatum J47
AB269945 Glomerella acutata
C. acutatum J92
KC816048 Colletotrichum acutatum
C. acutatum J41
FJ972610 Glomerella acutata
FJ968601 Glomerella acutata
JQ948290 Colletotrichum laticiphilum
C. acutatum J59
JQ814355 Glomerella acutata
C. acutatum J37
C. acutatum J26
FJ972601 Glomerella acutata
HQ330982 Glomerella acutata
GU120390 Glom
erella acutata
EF221832 Glom
erella acutata
EF221831 Glom
erella acutata
EU727318 Glom
erella acutata
EU727317 Glom
erella acutata
AF488778 Glom
erella acutata
DQ
463362 Glom
erella acutata
JQ948289 C
olletotrichum laticiphilum
FJ968598 Glom
erella acutata
EF025968 Glom
erella acutata
100
C. acutatum
C. gloeosporioides
Mister Bayer
JX54
6816
Col
leto
trich
um li
ndem
uthi
anum
JX54
6817
Col
leto
trich
um li
ndem
uthi
anum
JX54
6818
Col
leto
trich
um li
ndem
uthi
anum
JX54
6819
Col
leto
trich
um li
ndem
uthi
anum
95
100
JX66
9445
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
esJQ
6588
69 C
olle
totri
chum
cliv
iae
stra
inC
. glo
eosp
orio
ides
J17
G
U81
0509
Glo
mer
ella
cin
gula
ta
98JX
6694
49 C
olle
totri
chum
glo
eosp
orio
ides
62
JX66
9450
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
es
82
JN05
0239
Col
leto
trich
um b
revi
spor
um
JN05
0238
Col
leto
trich
um b
revi
spor
um
EU62
2278
Col
leto
trich
um la
gena
rium
9010
0
99
60
JN05
0241
Col
leto
trich
um tr
opic
icol
a
JN05
0240
Col
leto
trich
um tr
opic
icol
a
100
AB24
2422
.2 G
lom
erel
la tu
cum
anen
sis
AB24
2419
.2 G
lom
erel
la tu
cum
anen
sis
100
GU
2278
13 C
olle
totri
chum
tric
hellu
m
DQ
2861
52 C
olle
totri
chum
tric
hellu
m
100
61
KC91
3201
Col
leto
trich
um s
paet
hian
um
JX56
7509
Col
leto
trich
um d
emat
ium
JX56
7508
Col
leto
trich
um d
emat
ium
93
99
EU67
2822
Glo
mer
ella
gra
min
icola
JQ65
8887
| Col
leto
trich
um s
ublin
eola
100
54
52
AY26
6404
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
es
HM99
9897
Coll
etot
richu
m g
loeo
spor
ioide
s
JN05
0242
Coll
etot
richu
m th
ailan
dicum
JN05
0243
Coll
etot
richu
m th
ailan
dicum
86
100
99
HQ4376
64 C
ollet
otric
hum
trun
catu
m is
olate
JQ65
8871
Coll
etotric
hum
jasm
inige
num
61
EU78
1666
Coll
etotr
ichum
caps
ici
62
HM4501
29 C
olleto
trichu
m caps
ici
AB7051
52 C
olleto
trichu
m demati
um
64
FJ96
8602
Coll
etotric
hum ca
psici
60
59
EU0567
39 C
olleto
trichu
m caps
ici st
rain
98
EU0567
40 C
olleto
trichu
m caps
ici st
rain
JX97
1163
Coll
etotric
hum tru
ncatu
m
JX97
1162
Coll
etotric
hum tru
ncatu
m
84
HQ437663 Colletotrichum tru
ncatum
GU227879 Colletotrichum tru
ncatum
JQ685749 Colletotric
hum capsic
i
FJ968579 Colletotrichum ca
psici
JQ685746 Colletotric
hum capsic
i
59
95
JQ926743 Colletotric
hum boninense
C. gloeosporioides J78
C. gloeosporioides J74
C. gloeosporioides J73
92 JQ005206 Colletotrichum karstii
HQ022474 Colletotrichum aff boninense
JQ658876 Colletotrichum boninense
JQ658875 Colletotrichum boninense
94 C. gloeosporioides J75
JQ005222 Colletotrichum annellatum
7597
JN715844 Colletotrichum brassicicola
JQ005173 Colletotrichum colombiense
JQ005174 Colletotrichum colombiense
7263
FJ968604 Colletotrichum boninense
JX902424 Colletotrichum cymbidiicola
JX902423 Colletotrichum cymbidiicola
93 FJ968605 Colletotrichum boninense
JN715846 Colletotrichum karstii
9483FJ968597 Colletotrichum kahawae
FJ972607 Colletotrichum kahawae
FJ972608 Colletotrichum kahawae
JN715838 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
JN715847 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
KC845289 Colletotrichum crassipes
C. gloeosporioides J13C. gloeosporioides J15 FJ968590 Colletotrichum gloeosporioidesFJ968589 Colletotrichum gloeosporioidesFJ884081 Colletotrichum gloeosporioidesFR717698 Colletotrichum fragariae54 JX010285 Colletotrichum theobromicolaJN390867 Colletotrichum spJX010286 Colletotrichum theobromicola
JX844074 Colletotrichum gossypii
C. gloeosporioides J27JX844081 Colletotrichum gossypii
85C. gloeosporioides J52
JQ658886 Colletotrichum musae
C. gloeosporioides J93
JX009426 Colletotrichum sp
C. gloeosporioides J01
C. gloeosporioides J05
EU294027 Colletotrichum gloeosporioides
JX515292 Colletotrichum ignotum isolate
KC845285 Colletotrichum siamense isolate
FJ968596 Colletotrichum gloeosporioides
GU066671 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814344 Colletotrichum gloeosporioides
AF488777 Colletotrichum gloeosporioides
JN715843 Colletotrichum fructicola isolate
FJ972613 Colletotrichum siamense
C. gloeosporioides J22
AB704781 Colletotrichum gloeosporioides
FJ972614 Colletotrichum siamense
FJ968592 Colletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J63
JN390876 Colletotrichum gloeosporioides
JN007803 Colletotrichum fructicola
HM562711 Colletotrichum gloeosporioides
HM562710 Colletotrichum gloeosporioides
HQ022504 Colletotrichum cf gloeosporioides
AY266369 Colletotrichum gloeosporioides
KC845290 Colletotrichum fructicola
KC845288 Colletotrichum fructicola
JQ814365 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814343 Colletotrichum gloeosporioides
HQ022392 Colletotrichum cf gloeosporioides
FJ884085 Colletotrichum sp
FJ884083 Colletotrichum sp
JQ814332 Colletotrichum theobrom
icola
JQ814351 Colletotrichum
gloeosporioides
69JQ
814346 Colletotrichum gloeosporioides
62
JQ814345 Colletotrichum
gloeosporioides
JQ814341 Colletotrichum
gloeosporioides
67
JQ814342 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ798598 Glom
erella cingulata
FJ798596 Glom
erella cingulata
79FJ798602 G
lomerella cingulata
JQ814356 C
olletotrichum gloeosporioides
HQ
022503| Colletotrichum
cf gloeosporioides
AY739025 Colletotrichum
gloeosporioides
JQ814337 C
olletotrichum theobrom
icola
JQ814340 C
olletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J21
FR717706 C
olletotrichum fructicola
GU
066699 Colletotrichum
gloeosporioides
EF025955 C
olletotrichum gloeosporioides
EF025960 C
olletotrichum gloeosporioides
62H
Q264184 C
olletotrichum gloeosporioides
GU
222376 Glom
erella cingulata
FR717705 C
olletotrichum gloeosporioides
HE655511 C
olletotrichum siam
ense
62G
U066676 C
olletotrichum gloeosporioides
GU
066645 Colletotrichum
gloeosporioidesFJ968595 C
olletotrichum gloeosporioides
FJ968594 Colletotrichum
gloeosporioidesA
Y245021 G
lomerella cingulata
C. gloeosporioides J44
C. gloeosporioides J28
C. gloeosporioides J57
55
C. gloeosporioides J04
C. gloeosporioides J34
C. gloeosporioides J46
AF534466 C
olletotrichum gloeosporioides
FJ972612 Colletotrichum
asianum
JX010194 C
olletotrichum asianum
84
FJ972615 Colletotrichum
asianum
KC820803 C
olletotrichum asianum
83
JX402175 Colletotrichum
gloeosporioides
78
88
JX476955 Colletotrichum
gloeosporioides
JX010256 Colletotrichum
siamense
GU
066679 Colletotrichum
gloeosporioides
C. gloeosporioides J16
JQ814338 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814363 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814336 C
olletotrichum gloeosporioides
DQ
463366 Colletotrichum gloeosporioides
DQ463367 Colletotrichum
gloeosporioides
EU427042 Colletotrichum gloeosporioides
GU223176G
lomerella cingulata
GU223178 G
lomerella cingulata
GU223179 Glom
erella cingulata
GU223177 Glomerella cingulata
8670
94
FJ972609 Colletotrichum gloeosporioides
JQ658862 Colletotrichum gloeosporioides
59
KF112043 Colletotrichum gloeosporioides
KF112044 Colletotrichum gloeosporioides
96
KC820802 Colletotrichum queenslandicum 2
KC820802 Colletotrichum queenslandicum
56
98
KC8452
87 C
olleto
trichu
m fiorin
iae
EU1689
04 G
lomere
lla ac
utata
AM4042
79 G
lomere
lla ac
utata
AM9911
34 G
lomere
lla ac
utata
JN71
5834
Coll
etotric
hum go
detia
e iso
late
69
JN543069 G
lomerella acutata
JN543067 G
lomerella acutata
C. acutatum J0
6
JN715840 Colletotric
hum sp
AF534467 Glomerella acutata strain
GU120390 Glomerella acutata
EF221831 Glomerella acutata
EF221832 Glomerella acutata
97 62
EU727318 Glomerella acutata
50
HQ330982 Glomerella acutata
AF488778 Glomerella acutata
EU727317 Glomerella acutata
JQ948289 Colletotrichum laticiphilum
DQ463362 Glomerella acutata
FJ968598 Glomerella acutata
AB269945 Glomerella acutata
C. acutatum J26C. acutatum J41C. acutatum J59C. acutatum J14
KC816048 Colletotrichum acutatumC. acutatum J25 C. acutatum J18C. acutatum J33C. acutatum J12C. acutatum J02 C. acutatum J69 C. acutatum J58C. acutatum J31C. acutatum J53C. acutatum J38C. acutatum J76
C. acutatum J66 C. acutatum J83 C. acutatum J82 C. acutatum J84 C. acutatum J96 C. acutatum J97 C. acutatum J50
C. acutatum J03
C. acutatum J10
C. acutatum J77
FJ972610 Glomerella acutata
FJ972601 Glomerella acutata
C. acutatum J92
JQ948290 Colletotrichum laticiphilum
FJ968601 Glomerella acutata
C. acutatum J20
C. acutatum J09
C. acutatum J29
C. acutatum J24
C. acutatum J42
EU168902 Glomerella acutata
EU168903 Glomerella acutata
C. acutatum J11
JN543070 Glomerella acutata
AF521210 Glomerella acutata
59
FJ025802 Glomerella acutata
FN566877 Glomerella acutata
C. acutatum J86
C. acutatum J32
C. acutatum J43
C. acutatum J49
C. acutatum J91
EF025968 Glomerella acutata
C. acutatum J47
C. acutatum J48
C. acutatum J07
C. acutatum J51
C. acutatum J23
C. acutatum J87
C. acutatum J80
C. acutatum J88
C. acutatum J62
C. acutatum J19
C. acutatum J85
C. acutatum J79
JQ814354 G
lomerella acutata
JQ814355 G
lomerella acutata
C. acutatum J40
C. acutatum
J55
C. acutatum
J39
C. acutatum
J72
C. acutatum
J37
C. acutatum
J35
C. acutatum
J81
99
Máxima Verossimilhança
C. acutatum
C. gloeosporioides
GU8
1050
9 G
lom
erel
la c
ingu
lata
C. g
loeo
spor
ioid
es J
1795
JX66
9449
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
66
JQ65
8869
Col
leto
trich
um c
livia
e st
rain
65
JX66
9445
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
e
77
JX66
9450
Col
leto
trich
um g
loeo
spor
ioid
e
90
JN05
0238
Col
leto
trich
um b
revi
spor
um
JN05
0239
Col
leto
trich
um b
revi
spor
um
EU62
2278
Col
leto
trich
um la
gena
rium
9910
0
100
JX54
6816
Col
leto
trich
um li
ndem
uthi
anum
JX54
6817
Col
leto
trich
um lin
dem
uthi
anum
JX54
6819
Col
leto
trich
um lin
dem
uthi
anum
JX54
6818
Col
leto
trich
um lin
dem
uthi
anum
9610
0
61
JN05
0241
Col
leto
trich
um tr
opici
cola
JN05
0240
Col
leto
trich
um tr
opici
cola
100
HQ02
2474
Col
leto
trich
um a
ff bo
nine
nse
JQ65
8876
Col
leto
trich
um b
onin
ense
JQ65
8875
Col
leto
trich
um b
onin
ense
52
JQ00
5206
Col
leto
trich
um k
arst
ii
C. g
loeo
spor
ioid
es J
75
73
JQ00
5222
Col
leto
trich
um a
nnel
latum
C. g
loeos
porio
ides
J73
C. g
loeos
porio
ides
J74
JQ92
6743
Coll
etot
richu
m b
onine
nse
C. g
loeos
porio
ides J
78
87
FJ96
8605
Coll
etot
richu
m b
onine
nse
JQ00
5173
Coll
etotric
hum
colom
biens
e
JQ00
5174
Coll
etotric
hum
colom
biens
e
JN71
5844
Coll
etotric
hum br
assic
icola
52
FJ96
8604
Coll
etotric
hum bo
ninen
se
JN71
5846
Coll
etotric
hum ka
rstii
JX90
2424
Coll
etotric
hum cy
mbidiic
ola
JX90
2423
Coll
etotric
hum cy
mbidiic
ola
91
100
AB7051
52 C
olleto
trichu
m demati
um
HM4501
29 C
olleto
trichu
m caps
ici
83
FJ968
602 C
olleto
trichu
m caps
ici
73
JQ65
8871
Coll
etotric
hum ja
smini
genu
m
HQ437664 Colletotrichum tru
ncatum iso
late
EU781666 Colletotrichum ca
psici
EU056739 Colletotrichum ca
psici st
rain
98
EU056740 Colletotrichum ca
psici st
rain
JQ685746 Colletotric
hum capsic
i
JQ685749 Colletotric
hum capsic
i
FJ968579 Colletotrichum capsici
JX971163 Colletotrichum tru
ncatum
JX971162 Colletotrichum tru
ncatum
GU227879 Colletotrichum truncatum
HQ437663 Colletotrichum truncatum
98
99
77
AY266404 Colletotrichum gloeosporioides
HM999897 Colletotrichum gloeosporioides
JN050242 Colletotrichum thailandicum
JN050243 Colletotrichum thailandicum
8799
9851
JX567508 Colletotrichum dematium
KC913201 Colletotrichum spaethianum
JX567509 Colletotrichum dematium
98 JQ658887| Colletotrichum sublineola
EU672822 Glomerella graminicola
9962 GU227813 Colletotrichum trichellum
DQ286152 Colletotrichum trichellum
100 AB242422.2 Glomerella tucumanensis
AB242419.2 Glomerella tucumanensis
9950FJ884083 Colletotrichum sp
EF025955 Colletotrichum gloeosporioides
FJ884085 Colletotrichum sp
EF025960 Colletotrichum gloeosporioides
JN715847 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
FJ972607 Colletotrichum kahawaeJN715838 Colletotrichum kahawae subsp ciggaro
FJ972608 Colletotrichum kahawaeFJ968597 Colletotrichum kahawae
55
KC845289 Colletotrichum crassipesJN390867 Colletotrichum spC. gloeosporioides J52C. gloeosporioides J13FJ968590 Colletotrichum gloeosporioidesFJ968589 Colletotrichum gloeosporioides
FJ884081 Colletotrichum gloeosporioides
JX010285 Colletotrichum theobromicola
FR717698 Colletotrichum fragariae
JX010286 Colletotrichum theobromicola
JX844081 Colletotrichum gossypii
C. gloeosporioides J27
JX844074 Colletotrichum gossypii
8973
JQ658886 Colletotrichum musae
JX476955 Colletotrichum gloeosporioides
GU222376 Glomerella cingulata
FR717705 Colletotrichum gloeosporioides
HE655511 Colletotrichum siamense
GU066676 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814342 Colletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J93
61GU066645 Colletotrichum gloeosporioides
GU066699 Colletotrichum gloeosporioides
KF112044 Colletotrichum gloeosporioides
KF112043 Colletotrichum gloeosporioides
96
KC845285 Colletotrichum siamense isolate
EU294027 Colletotrichum gloeosporioides
JX515292 Colletotrichum ignotum isolate
GU066671 Colletotrichum gloeosporioides
JX009426 Colletotrichum sp
C. gloeosporioides J05
C. gloeosporioides J01
FJ968596 Colletotrichum gloeosporioides
KC820802 Colletotrichum queenslandicum 2
KC820802 Colletotrichum queenslandicum
63
GU066679 Colletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J16
JQ814338 Colletotrichum gloeosporioides
JX010256 Colletotrichum siamense
JQ814336 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814363 Colletotrichum gloeosporioides
C. gloeosporioides J44
C. gloeosporioides J57
C. gloeosporioides J04
C. gloeosporioides J46
C. gloeosporioides J34
HQ264184 Colletotrichum gloeosporioides
FJ968594 Colletotrichum gloeosporioides
FJ968595 Colletotrichum gloeosporioides
AY245021 Glom
erella cingulata
AF534466 Colletotrichum gloeosporioides
KC820803 Colletotrichum asianum
FJ972615 Colletotrichum asianum
68JX402175 Colletotrichum
gloeosporioides
80JX010194 Colletotrichum
asianum
FJ972612 Colletotrichum
asianum
6194
FJ798598 Glom
erella cingulata
FJ798596 Glom
erella cingulata
79JQ
814356 Colletotrichum
gloeosporioides
GU223177 G
lomerella cingulata
GU
223179 Glom
erella cingulata
76G
U223178 G
lomerella cingulata
56G
U223176G
lomerella cingulata
90JQ
658862 Colletotrichum
gloeosporioides
DQ
463366 Colletotrichum
gloeosporioides
DQ
463367 Colletotrichum
gloeosporioides
FJ972609 Colletotrichum
gloeosporioidesEU
427042 Colletotrichum
gloeosporioidesJQ
814344 Colletotrichum
gloeosporioidesAF488777 C
olletotrichum gloeosporioides
JN715843 C
olletotrichum fructicola isolate
AB704781 Colletotrichum
gloeosporioidesC
. gloeosporioides J22FJ972614 C
olletotrichum siam
enseFJ968592 C
olletotrichum gloeosporioides
JQ814337 C
olletotrichum theobrom
icola
C. gloeosporioides J15
97
JQ814340 C
olletotrichum gloeosporioides
80
C. gloeosporioides J28
FJ972613 Colletotrichum
siamense
C. gloeosporioides J63
FR717706 Colletotrichum fructicola
C. gloeosporioides J21
HQ022504 Colletotrichum
cf gloeosporioides
HQ022503| Colletotrichum
cf gloeosporioides
HM562710 Colletotrichum
gloeosporioides
KC845288 Colletotrichum fructicola
AY266369 Colletotrichum gloeosporioides
JN390876 Colletotrichum gloeosporioides
JN007803 Colletotrichum fructicola
HM562711 Colletotrichum
gloeosporioides
KC845290 Colletotrichum fructicola
HQ022392 Colletotrichum cf gloeosporioides
AY739025 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814343 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814365 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814345 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814341 Colletotrichum gloeosporioides
JQ814332 Colletotrichum theobromicola
JQ814351 Colletotrichum gloeosporioides
FJ798602 Glomerella cingulata
JQ814346 Colletotrichum gloeosporioides
93
56
100
C. acu
tatum
J50
C. acu
tatum
J97
C. acu
tatum
J81
C. acu
tatum J80
C. acu
tatum J48
C. acu
tatum J96
FN566877 Glomerella acutata
C. acutatum J1
1
JN543070 Glomerella acutata
AF521210 Glomerella acutata
78
C. acutatum J91
C. acutatum J69
C. acutatum J85
C. acutatum J19
C. acutatum J62
C. acutatum J23
C. acutatum J07
C. acutatum J84
C. acutatum J83
C. acutatum J82
C. acutatum J76
C. acutatum J66C. acutatum J53C. acutatum J42C. acutatum J38C. acutatum J33C. acutatum J31C. acutatum J29C. acutatum J24C. acutatum J20C. acutatum J18C. acutatum J12C. acutatum J25C. acutatum J58C. acutatum J09C. acutatum J02C. acutatum J03
C. acutatum J10C. acutatum J77C. acutatum J32C. acutatum J43
EU16890 Glomerella acutataC. acutatum J51
EU168903 Glomerella acutata
C. acutatum J86
C. acutatum J55
C. acutatum J39
JQ814354 Glomerella acutata
C. acutatum J40
DQ463362 Glomerella acutata
C. acutatum J49
JQ814355 Glomerella acutata
C. acutatum J35
56
EU727317 Glomerella acutata
C. acutatum J37
AF488778 Glomerella acutata
C. acutatum J47
EU727318 Glomerella acutata
C. acutatum J87
C. acutatum J79
FJ025802 Glomerella acutata
C. acutatum J8856
C. acutatum J06
AF534467 Glomerella acutata strain
N715840 Colletotrichum sp
JN543067 Glomerella acutata
JN543069 Glomerella acutata
HQ330982 Glomerella acutata
EF025968 Glomerella acutata
GU120390 Glomerella acutata
EF221832 Glomerella acutata
EF221831 Glomerella acutata
94
FJ972601 Glomerella acutata
C. acutatum J26
C. acutatum J92
JQ948290 Colletotrichum laticiphilum
FJ972610 Glomerella acutata
JQ948289 Colletotrichum laticiphilum
FJ968598 Glomerella acutata
C. acutatum J72
C. acutatum J59
C. acutatum J41
KC816048 Colletotrichum acutatum
C. acutatum J14
AB269945 Glom
erella acutata
FJ968601 Glom
erella acutata
JN715834 Colletotrichum godetiae isolate
AM404279 G
lomerella acutata
AM991134 G
lomerella acutata
EU168904 Glom
erella acutata
KC845287 Colletotrichum fioriniae
5469
100
Neighbour-Joining
C. acutatum
C. gloeosporioides
USA
EU
1689
02C
a
BRASP J14Ca
0.005
Brasil China
Colômbia Equador Tailândia México Vietnã USA
Austrália Índia
Portugal
Neighbour-Joining entre amostras de C. acutatum
Neighbour-Joining entre amostras de C. gloeosporioides
BR
AM
S J5
2Cg
COL AY245021Gc
BR
ASP J22C
g
0.005
Brasil Peru Colômbia Vietnã Índia China USA Malásia Bolívia Nova Zelândia Angola Equador
Sri Lanka México Itália Kênia Guatemala
Tailândia
Neighbour-Joining entre amostras de C. acutatum
BR
AB
A J9
1Ca
0.005
FOLHA
FRUTO PAINEL
GALHOS
Neighbour-Joining entre amostras de C. gloeosporioides
BR
AS
P J0
4Cg
0.01
FOLHA FRUTO PAINEL
GALHOS
DG DN Nh N
America do Sul 0,8187 +/- 0,0454 0,042303 +/- 0,023622 28 68
Ásia 0,9455 +/- 0,0659 0,047866 +/- 0,028640 9 11
Europa 0,6667 +/- 0,3143 0,020408 +/- 0,019241 2 3
America Centro Norte 0,9000 +/- 0,1610 0,036735 +/- 0,026119 4 5
Oceania 0,0000 +/- 0,0000 0,000000 +/- 0,000000 1 3
Tabela 7. Diversidade Gênica (DG), Diversidade Nucleotídica (DN), Número de Haplótipos (Nh) e Número amostral (N) , nos grupos de C. acutatum.
H1
AMERICA DO SUL ÁSIA
EUROPA AMERICA CENTRO NORTE
OCEANIA
C. acutatum calculada pelo método Median-Joining.
DG DN Nh N
Europa 0,0000 +/- 0,0000 0,000000 +/- 0,000000 1 2
Oceania 0,0000 +/- 0,0000 0,000000 +/- 0,000000 1 2
Africa 0,6667 +/- 0,2041 0,017391 +/- 0,014589 2 4
America do Sul 0,8932 +/- 0,0201 0,076364 +/- 0,039305 27 112
America Centro Norte 0,8736 +/- 0,0310 0,105547 +/- 0,054607 8 30
Ásia 0,9227 +/- 0,0111 0,100270 +/- 0,050646 25 128
Tabela 10. Diversidade Gênica (DG), Diversidade Nucleotídica (DN), Número de Haplótipos (Nh) e Número amostral (N), nos grupos de C. gloeosporioides.
C. gloeosporioides calculada pelo método Median-Joining
AMERICA DO SUL
ÁSIA
EUROPA
AMERICA CENTRO NORTE
OCEANIA
ÁFRICA
CONCLUSÕES
Estudos de análises filogenéticas e estudo populacional revelam a confiabilidade dos resultados. Mostrando que é possível visualizar grupos de haplótipos distintos dentro de espécies;
O haplótipo H1 de C. acutatum é uma linhagem aparentemente exclusiva da região americana;
A rede de haplótipos permite a visualização dos haplótipos em grupos e sua dispersão genética nas localidades;
CONCLUSÕES
A análise de rede de haplótipos de tecidos não foi estatisticamente significativa, pelo número de amostras serem insuficientes;
Dentro do trabalho podemos observar como existe uma alta variabilidade genética e diversidade espalhada por todo o mundo;
Então vamos plantar!!!!
Muito obrigado