Un escape en el epítopo EL9 en gp160 conduce a la progresión clínica en un

paciente LTNP HLA* B1402 tras 27 años de control

Ana Moyano, Nuria Pedreño, Oscar Blanch-Lombarte, Laura Tarancón, Tamara Alvaro, Concepción Casado, Isabel Olivares, Ezequiel Ruiz-

Mateos, Cecilio López-Galíndez, Julia G. Prado, María Pernas*.

GeSIDA 2019

Antecedentes

Control virológico

Control inmunológico

Progresión clínica en pacientes infectados por VIHCO 10

GeSIDA 2019

Antecedentes

Control por la respuesta de los linfocitos T CD8 citotóxicos (CTL)

Respuesta

GAGEscape

Fitness

Nuevas mutacione

Fitness

Respuesta

ENV EscapeFitness

CO 10

GeSIDA 2019

Antecedentes

%CD4 %CD8

Pendiente -0.7827 ± 0.1495 1.148 ± 0.2355

pValor < 0.0001 0,0001

r2 0,6037 0,5692

Pendiente -2.484 ± 0.2951 2.828 ± 0.6002

pValor 0,0002 0,0033

r2 0,9219 0,7872

VIH + 1986

Via de transmisión UDVI

Polimorfismos genéticos

asociados al control de

VIH-1

Características del

paciente

∆32pb en CCR5 Heterocigoto

Mutación V64L en CCR2 Negativo

Promotor de HLA-C Heterocigoto

HLA-B HLA-B44*03 y B14*02

CO 10

GeSIDA 2019

Objetivos

¿por qué se pierde el control tras 27 años de infección?

Factores virológicos.

Factores inmunológicos.

Respuesta T CD8

¿Emergencia de mutantes de escape en EL9 ?

¿Impacto sobre la fitness viral?

CO 10

GeSIDA 2019

Métodos y Resultados

GeSIDA 2019

Métodos y Resultados

Estudio de la evolución viral a lo largo del seguimiento del paciente

Análisis de la evolución viral Estimación de la diversidad Estimación de la divergencia (distancia al Ancestro Común más Reciente) Cálculo de mutaciones sinónimas/no sinónimas si ns/sin > 1 indica que la evolución está condicionada por la presión inmune

OR 10

EL9

GeSIDA 2019

Métodos y ResultadosOR 10

96

81

91

99

99

85

86

100

100

100

86

98

98

99

99

88

94

100

95

100

91 10097

85

86

98

88

100

100

0.0

01

AB1

B2

Análisis filogenético de la región c2-V5

Distribución de poblaciones virales durante el seguimiento

13 añosGeSIDA 2019

Evolución glo

Métodos y Resultados

Existe mayor número de mutaciones no sinónimas que sinónimas en la envuelta selección positiva En gag hay mayor número de mutaciones sinónimas Selección neutral (al azar)

18 20 22 24 26 28 30 32

0.05

0.10

0.15

Years after diagnosis

Ge

ne

tic

dis

tan

ce Env C2-V5dn

ds

18 20 22 24 26 28 30 32

0.05

0.10

0.15

Years after diagnosis

Dis

tan

ce t

o M

RC

A

Env c2-v5ds

dn

16 18 20 22 24 26 28 300.00

0.02

0.04

0.06

0.08

0.10

Years after diagnosis

Ge

ne

tic

dis

tan

ce

Gagds

dn

16 18 20 22 24 26 28 300.00

0.02

0.04

0.06

0.08

0.10

Years after diagnosis

Dis

tan

ce t

o M

RC

A

Gagds

dn

Diversidad

Divergencia

OR 10

Estudio de la evolución viral durante el seguimiento

AB

1B

2

-5

0

5

1 0

1 5

Me

an

div

ers

ity

wit

hin

gro

up

s

<0.0001

<0.0001

AB

1B

2

0

5

1 0

1 5

Me

an

dis

tan

ce

to

MR

CA

<0.0001

<0.0001

Evolución de las variantes Análisis de selección en gag y env de la variante B2GeSIDA 2019

Métodos y ResultadosMutaciones en los epítopos inmunoddominantes para el HLA B*1402

OR 10

B

V clone (date)

A-42(09-2005) DRFYKTLRA

B2-7(03-2004) .........

B2-8(03-2004) .........

B2-43(09-2005) .........

B2-46(09-2005) .........

B2-49(09-2005) .........

B2-51(09-2005) .........

B2-42(06-2006) .........

B2-47(06-2006) .........

B2-5(06-2006) .........

B2-6(06-2006) .........

B2-7(06-2006) .........

B2-5(05-2010) .........

B2-7(05-2010) .........

B2-6(05-2010) .........

B2-43(05-2011) .........

B2-44(05-2011) .........

B2-46(05-2011) .........

B2-47(05-2011) .........

B2-48(05-2011) .........

B2-49(05-2011) .........

B2-50(05-2011) .........

B2-51(05-2011) .........

B2-12(10-2013) .........

B2-5(10-2013) .........

B2-6(10-2013) .........

B2-7(05-2011) .........

B2-8 (05-2011) .........

B2-17(04-2015) ....R....

B2-7(04-2015) .........

B2-26(12-2015) .........

B2-27(12-2015) .........

B2-42(12-2015) .........

B2-43(12-2015) .........

B2-53(12-2015) .........

B2-59(12-2015) .........

B2-62(12-2015) .........

B2-8(12-2015) .........

A 58

8

59

2

V clone(date)

A-1 (04-2006) ERYLKDQQLL

B1-4(03-2004) ...V......

B1-3(04-2006) ........R.

B2-3 (05-2011) ........R.

B2-1 (05-2011) ........R.

B2-11(05-2012) ........R.

B2-10(05-2012) ........R.

B2-4 (05-2012) ........R.

B2-8 (05-2012) ........R.

B2-7 (05-2012) ........R.

B2-6 (05-2012) ........R.

B2-5 (05-2012) ........R.

B2-8 (05-2012) ........R.

B2-6 (05-2012) ........R.

B2-10(10-2014) ........R.

B2-12(10-2014) ........R.

B2-14(10-2014) ........R.

B2-11(10-2014) ....R...R.

B2-20(10-2014) ....R...R.

B2-15(10-2014) ....R...R.

B2-3 (10-2014) ....R...R.

B2-10(12-2015) ....R...R.

B2-51(12-2015) ....R...R.

B2-45(12-2015) ....R...R.

B2-42(12-2015) ....R...R.

A

B

B1

B2

EL9 wt

EL9 592R

EL9 588R 592R

DA9 (wt)GeSIDA 2019

Métodos y ResultadosMutaciones en los epítopos inmunoddominantes para el HLA B*1402

OR 10

B

V clone (date)

A-42(09-2005) DRFYKTLRA

B2-7(03-2004) .........

B2-8(03-2004) .........

B2-43(09-2005) .........

B2-46(09-2005) .........

B2-49(09-2005) .........

B2-51(09-2005) .........

B2-42(06-2006) .........

B2-47(06-2006) .........

B2-5(06-2006) .........

B2-6(06-2006) .........

B2-7(06-2006) .........

B2-5(05-2010) .........

B2-7(05-2010) .........

B2-6(05-2010) .........

B2-43(05-2011) .........

B2-44(05-2011) .........

B2-46(05-2011) .........

B2-47(05-2011) .........

B2-48(05-2011) .........

B2-49(05-2011) .........

B2-50(05-2011) .........

B2-51(05-2011) .........

B2-12(10-2013) .........

B2-5(10-2013) .........

B2-6(10-2013) .........

B2-7(05-2011) .........

B2-8 (05-2011) .........

B2-17(04-2015) ....R....

B2-7(04-2015) .........

B2-26(12-2015) .........

B2-27(12-2015) .........

B2-42(12-2015) .........

B2-43(12-2015) .........

B2-53(12-2015) .........

B2-59(12-2015) .........

B2-62(12-2015) .........

B2-8(12-2015) .........

A 58

8

59

2

V clone(date)

A-1 (04-2006) ERYLKDQQLL

B1-4(03-2004) ...V......

B1-3(04-2006) ........R.

B2-3 (05-2011) ........R.

B2-1 (05-2011) ........R.

B2-11(05-2012) ........R.

B2-10(05-2012) ........R.

B2-4 (05-2012) ........R.

B2-8 (05-2012) ........R.

B2-7 (05-2012) ........R.

B2-6 (05-2012) ........R.

B2-5 (05-2012) ........R.

B2-8 (05-2012) ........R.

B2-6 (05-2012) ........R.

B2-10(10-2014) ........R.

B2-12(10-2014) ........R.

B2-14(10-2014) ........R.

B2-11(10-2014) ....R...R.

B2-20(10-2014) ....R...R.

B2-15(10-2014) ....R...R.

B2-3 (10-2014) ....R...R.

B2-10(12-2015) ....R...R.

B2-51(12-2015) ....R...R.

B2-45(12-2015) ....R...R.

B2-42(12-2015) ....R...R.

A

B

B1

B2

EL9 wt

EL9 592R

EL9 588R 592R

DA9 (wt)Respuesta frente a los epítopos homólogos

05/2012

GeSIDA 2019

ResultadosCambios inmunidadd asociados la respuesta T CD8

Respuesta frente al epítopo wt disminuye con el tiempo Calidad de la respuesta frente a EL9 env cambia antes y

después de la pérdida de control y es diferente en DA9 gag

OR 10

POLIFUNCIONALIDAD1g/ml

Nov 2006

May 2

010

May 2

011

Sep 2

015

Oct 2

0150

200

400

600

800

1000EL9

DA9EL9 592R

IFN

SF

C p

er

millio

n P

BM

C

Jun 2

006

Nov 2006

May 2

010

May 2

011

Oct 2

014

April 2

015

Oct 2

015

Dec 2015

0

1

2

3EL9EL9 592REL9 588R 592RDA9

2g/ml

% IF

N

+ C

D8 s

pecif

ic T

-cells

ELISPOT

Citoinmunomarcaje

GeSIDA 2019

Métodos y resultadosImpacto de la mutación K588R sobre la capacidad replicativa

Obtención de pseudovirus

PseudoVirus

InfecciónLuciferasa

RLU

L592R

Mutagénesis

L592RK588R

L592R

L592R +

K588R 0

5×105

1×106

1.5×106

Un

idad

es r

ela

tiv

as

de

lu

z (R

LU

)

P=0.019

El doble mutante presenta un incremento de 6 veces la capacidad replicativa del mutante L592R

Ensayo de capacidad replicativa en células TZM

OR 10

GeSIDA 2019

Conclusiones

GeSIDA 2019

I. Paciente muestra una respuesta inmuno-dominante frente al epítopo EL9.

II. A pesar de que el mutante de escape L592R es mayoritario en la población viral, el

paciente es capaz de controlar la infección.

III. Pérdida de respuesta frente EL9 se asocia con la selección del doble mutante L592R+

588R con mayor capacidad replicativa.

IV. Existe una importante contribución de la respuesta T citotóxica frente a EL9 en el control

del VIH-1 en este paciente.

ConclusionesOR 10

GeSIDA 2019

@riscomunica

Entidades financiadoras

Ana MoyanoNuria PedreñoTamara AlvaroConcepción CasadoRosa FuentesIsabel OlivaresCecilio López-GalindezMaría Pernas

Julia Garcia-Prado Oscar Blanch

Carmen RodriguezJorge del RomeroMar Vera

Laura TarancónEzequiel Ruiz Mateos

GeSIDA 2019

ResultadosOR 10

%CD57+ EM CD8+

Jun 200

6

Nov 20

06

May

201

0

Oct 201

5

0

20

40

60

80

100

Análisis longitudinal de los linfocitos T CD8+

GeSIDA 2019