Laboratório de Espectrometria de Massas

PROTOCOLO PARA REALIZAR A BUSCA NO MASCOT

Os resultados das análises de peptídeos digeridos serão enviados em formato mgf através do sistema da

Central Analítica, ou o responsável pela amostra poderá retirar os dados brutos pessoalmente.

Com o arquivo .mgf, seguir as instruções abaixo para realizar a busca no banco de dados Mascot:

1. No navegador de internet acessar o link abaixo

http://10.10.1.46/Mascot/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=MIS

Obs. Este link refere-se ao banco de dados que a Central Analítica possui licença, sendo possível também

fazer a busca no Mascot online, dependo do tamanho dos dados obtidos.

2. Preencher os seguintes dados conforme formulário da fig. 1:

a. Database(s) – selecionar um ou mais banco de dados para realizar a busca (utilizar Crtl

para selecionar mais de um)

b. Enzima: Selecionar a enzima utilizada na digestão

c. Allow up to:___ (selecionar o número máximo de clivagens faltantes permitidas)

d. Taxonomy – selecionar a taxonomia (não é necessário para o banco de dados Uniprot)

e. Fixed modifications- Selecionar no quadro ao lado as todas modificações fixas e clicar

na seta para passar para o quadro das modificações selecionadas (em geral é

selecionado a modificação Carbamidomethyl (C))

f. Variable modifications- Selecionar no quadro ao lado todas as modificações variáveis e

clicar na seta para passar para o quadro das modificações selecionadas (em geral é

selecionado a modificação Oxidation (M))

g. Peptide tol* – selecionar a tolerância máxima em PPM para o peptídeo (ex. 50 ppm)

h. MS/MS tol*– selecionar a tolerância máxima em Da para os fragmentos MS do peptídeo

(ex. 0.6 Da)

i. Peptide Charge: selecionar a opção 2+, 3+ and 4+ (para análises por ESI+) ou +1 (para

análises por MALDI)

j. Data file: Selecionar o arquivo com extensão .mgf referente ao arquivo que deseja

analisar. Este arquivo será enviado através do sistema da Central Analítica, ou caso seja

retirado o dado bruto processado o mesmo se encontra dentro da pasta de análise (.d),

conforme fig. 2.

k. Data format: Mascot generic

l. Instrument: selecionar de acordo com o equipamento utilizado.

• ESI-QUAD-TOF – para análises realizadas no Maxis 3G- Bruker

• MALDI-TOF-TOF – para análises realizadas no UltrafleXtreme – Bruker

• ESI-TRAP – para análises realizadas no Amazon – Bruker

m. Report top: AUTO

*Esses valores podem ser modificados de acordo com o instrumento utilizado

Fig. 1 Formulário para preenchimento dos parâmetros de busca

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preenchimento dos parâmetros de busca

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Fig. 2 Seleção do arquivo com extensão .mgf

3. Clicar em Start Search

a. Dependendo do banco selecionado

demorar bastante.

4. O resultado será obtido na tela conforme fig. 3

a. Search parameters

da busca (fig. 3b))

b. Score distribution (ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando

score (fig. 3b))

c. Na aba proteins são listadas as proteínas id

d. Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da

identificação (fig. 4)

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Fig. 2 Seleção do arquivo com extensão .mgf.

Dependendo do banco selecionado e da complexidade dos dados, a busca pode

O resultado será obtido na tela conforme fig. 3a

(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os parâmetros

(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando

são listadas as proteínas identificadas e o score correspondente.

Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da

identificação (fig. 4)

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e da complexidade dos dados, a busca pode

(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os parâmetros

(ao clicar sobre a expressão a guia se abre mostrando os gráficos do

entificadas e o score correspondente.

Clicando no número da sequência correspondente é possível observar os detalhes da

Fig 3a. Tela Mascot – resultados mostrados ao finalizar a busca

Fig 3b. Tela Mascot- com abas search parameters

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mostrados ao finalizar a busca.

search parameters e score distribution expandidas.

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Fig. 4. Tela Mascot- detalhes das sequências identificadas.

e. Na aba Report Builder

amostra.

f. O arquivo pode ser exportado em formato CSV

Fig. 5. Tela Mascot- exportação dos dados do

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detalhes das sequências identificadas.

Builder é exibida uma listagem com as proteínas identificadas na

O arquivo pode ser exportado em formato CSV (fig.5)

exportação dos dados do Report Builder para CSV.

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é exibida uma listagem com as proteínas identificadas na

g. Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,

DTASelect, MascotDat File ou MGF PeakList, clicando no

Export. (fig.6)

Fig. 6. Tela Mascot- exportação dos dados em diferentes formatos.

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Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,

DTASelect, MascotDat File ou MGF PeakList, clicando no início da tela principal em

exportação dos dados em diferentes formatos.

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Os dados podem ser exportados também nos formatos: XML, CSV, pepXML, mzIdentML,

da tela principal em