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在空间分析中的应用初探
R and Spatial Analysis
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
王化儒王化儒王化儒王化儒 [email protected]
为什么要做空间分析为什么要做空间分析为什么要做空间分析为什么要做空间分析
• 经济学经济学经济学经济学
• 地理学地理学地理学地理学
• 环境科学环境科学环境科学环境科学某人于暑假在地球上的轨迹
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• 生物学与生态学生物学与生态学生物学与生态学生物学与生态学
• 流行病学流行病学流行病学流行病学
• ……
某人于暑假在地球上的轨迹
来源:http://yihui.name/cn/
H1N1疫情中国分布图
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
H1N1疫情世界分布图
来源网络:http://www.okokok.com.cn/Maps/ZT_H1N1_global.htm
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来源网络
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
引自魏太云 cos.name
什么是空间分析什么是空间分析什么是空间分析什么是空间分析 what is spatial analysis?
• 分析空间数据分析空间数据分析空间数据分析空间数据 using spatial data
• 描述空间格局描述空间格局描述空间格局描述空间格局 depicting spatial pattern
• 推断空间过程推断空间过程推断空间过程推断空间过程 inferring spatial process
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• 推断空间过程推断空间过程推断空间过程推断空间过程 inferring spatial process
现象现象现象现象((((数据数据数据数据)))) 过程过程过程过程((((模型模型模型模型)))) 预测预测预测预测((((应用应用应用应用))))
空间化或区域化空间化或区域化空间化或区域化空间化或区域化
用用用用 进行空间分析进行空间分析进行空间分析进行空间分析
• 把空间数据装进把空间数据装进把空间数据装进把空间数据装进R((((注意格式注意格式注意格式注意格式))))
• 看看数据啥样子看看数据啥样子看看数据啥样子看看数据啥样子((((EDA))))
• 拟合空间模型拟合空间模型拟合空间模型拟合空间模型
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• 拟合空间模型拟合空间模型拟合空间模型拟合空间模型
• 模拟空间预测模拟空间预测模拟空间预测模拟空间预测
• 多达多达多达多达70个个个个packages的支持的支持的支持的支持((((不完全统计不完全统计不完全统计不完全统计))))
空间数据空间数据空间数据空间数据 spatial data
• 矢量矢量矢量矢量 Vector::::
• 点 point
• 线 line
• 多边形 polygon
Raster 3
57
911
13
15
17
19
21
23
Y
10.2
9.9
11.2
10.0
11.2
11.3
9.9
10.7
10.8
10.1
10.0
9.9
11.7
9.5
12.5
11.1
9.4
9.9
10.8
8.2
10.4
10.4
9.8
10.9
9.8
10.7
11.2
9.7
10.3
9.0
9.3
9.6
10.1
9.4
10.2
11.8
11.0
11.1
10.8
11.1
10.9
9.6
9.3 8.8
9.5
9.5
10.8
17.6
11.0
10.3
9.8
10.6
11.2
11.5
10.8
9.8
9.9
10.2
9.8
9.9
12.8
9.1
10.4
9.0
10.1
10.6
8.9
10.9
10.8
13.1
11.0
11.6
9.9
10.4
10.1
10.4
8.9
11.1
10.3
10.3
10.0
10.7
10.7
8.3
12.7
10.3
9.5
10.1
10.5
9.8
9.2
10.7
8.4
9.4
9.8
10.2
10.6
9.8
8.2
9.4
11.2
10.4
11.6
8.1
9.6
9.6
9.2
13.1
8.7
11.6
10.2
10.0
9.3
8.9
9.5
8.9
9.3
8.8
10.0
9.8
8.6
9.0
9.6
10.9
9.8
9.6
11.4
11.2
9.5
9.2
11.2
9.3
8.1
11.0
9.2
10.6
10.2
9.0
10.1
9.0
9.3
10.7
8.8
7.8
8.2
10.0
9.4
8.5
8.2
8.1
10.1
8.0
9.9
11.4
9.1
9.3
7.7
8.6
9.0
8.2
8.9
8.9
8.6
9.2
9.6
10.9
9.2
11.3
8.6
7.0
7.8
8.6
9.2
8.9
7.3
7.9
7.8
9.1
9.0
8.8
7.9
8.2
7.8
8.6
9.6
7.6
7.8
7.6
11.9
9.1
7.0
9.7
8.2
9.0
9.7
8.9
8.8
10.0
8.8
8.6
10.0
7.6
8.0
9.9
9.1
Coal Ash Percentages
rowcolumn
volcano
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• 栅格栅格栅格栅格 Raster
• Lattice or GRID
• 属性数据属性数据属性数据属性数据
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
1
X
9.3
10.6 10.4
8.8
9.3
9.0 8.3 8.1
x
8
8
8
9
9
9
1 0 11
5 1 0 1 5
510
15
20
y
C o n to u r P lo t o f C o a l A s h % 's
x
5 1 0 1 5
510
15
20
y
G r e y s c a le o r S y m b o l M a p
620000 622000 624000 626000 628000
210000
211000
212000
213000
214000
215000
216000
x
y
dem=read.table(“dem.txt”,skip=6)#读入DEM数据
dem=as.matrix(dem)
dem[dem==-9999]=NA #DEM数据预处理
ARCGIS导出的GRID格式的DEM
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
dem[dem==-9999]=NA #DEM数据预处理
空间数据的表达空间数据的表达空间数据的表达空间数据的表达 Spatial EDA –attribute data
• Histgram,scatterplot,boxplot,
stem-leaf plot, QQ plot, etc.Coal Ash % Row Summaries
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
o x
Means and Medians Across Rows and Columns
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
Coal Ash %
y
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
7 8 9 10 11 12 13
oo o oo oooo o
oo ooo ooo oo oo
o
8 9 10 11 12
515
Coal Ash %
xx xxx xxxx x
xx xxxx
xxxx xxx
Rows
o
o
o o o ooo o
oo
o
o o
o
o
5 10 15
78
910
Columns
x xx x
xx
xx x
x xx
xx
x
x
Coal Ash %
o = Median Coal Ash %
x = Mean Coal Ash %
空间数据的表达空间数据的表达空间数据的表达空间数据的表达 Spatial EDA –coordinates
-3000
-1200
01200
2400
Northing (feet)
RWMC
SDA
TSA
Note: Vapor Extraction Well is at (0,0)
Monitoring Well East-North Coordinates at the RWMC
H e a v y m e ta ls ( to p s o i l) , p p m
c a d m ium c o p p e r
le a d z i n c
[0 .2 ,0 .5 ](0 .5 ,1 ](1 ,2 ](2 ,5 ](5 ,1 0 ](1 0 ,2 0 ](2 0 ,5 0 ](5 0 ,1 0 0 ](1 0 0 ,2 0 0 ](2 0 0 ,5 0 0 ](5 0 0 ,1 0 0 0 ](1 0 0 0 ,2 0 0 0 ]
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
-4000 -2400 -800 0 800 1600 2400 3200 4000
-3000
Easting (feet)0 50 0 m
(1 0 0 0 ,2 0 0 0 ]
lo g (z in c ); u n iv e r s a l k r ig in g s ta n d a rd e r r o r s
0. 30
0. 35
0. 40
0. 45
空间分析的方法空间分析的方法空间分析的方法空间分析的方法 methods for spatial analysis
• 点格局分析点格局分析点格局分析点格局分析 point pattern analysis*
• 趋势面分析趋势面分析趋势面分析趋势面分析 trend surface analysis*
• 空间自相关分析空间自相关分析空间自相关分析空间自相关分析 spatial autocorrelation*
• 地统计学与空间插值地统计学与空间插值地统计学与空间插值地统计学与空间插值 geostatistics and kriging*
• 自回归分析自回归分析自回归分析自回归分析 autoregression
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• 自回归分析自回归分析自回归分析自回归分析 autoregression
• 斑块识别与边界描绘斑块识别与边界描绘斑块识别与边界描绘斑块识别与边界描绘 patch identification and boundary lineation
• PCA,CA,PCoA,RDA,PCNM,AEM,etc.
• 时空交互分析时空交互分析时空交互分析时空交互分析 spatial temporal interaction
• 分维分维分维分维、、、、谱和小波分析谱和小波分析谱和小波分析谱和小波分析 fractal, spectral, wavelet analysis
• 图论与网络分析图论与网络分析图论与网络分析图论与网络分析 graph and network analysis
• 动物移动分析动物移动分析动物移动分析动物移动分析 animal movement analysis
空间点格局空间点格局空间点格局空间点格局
A
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
A
点格局分析点格局分析点格局分析点格局分析 point pattern analysis
• 最近临体分析最近临体分析最近临体分析最近临体分析 Nearest Neighborhood
Analysis,,,,计算计算计算计算distance
• CSR((((Complete Spatial Randomness))))计算计算计算计算distance
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
计算计算计算计算distance
• MCMC
• 计算函数计算函数计算函数计算函数((((G,,,,F,,,,L,,,,K函数函数函数函数,,,,并进行比较并进行比较并进行比较并进行比较
• 判断空间格局的特征判断空间格局的特征判断空间格局的特征判断空间格局的特征((((随机随机随机随机,,,,均匀均匀均匀均匀or聚集聚集聚集聚集))))
• 估计空间密度函数估计空间密度函数估计空间密度函数估计空间密度函数
实例实例实例实例 case study
0.15
0.20
0.25
pointwise envelopes
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25
0.00
0.05
0.10
0.15
r
K(r)
趋势面分析趋势面分析趋势面分析趋势面分析 trend surface analysis
• 趋势面分析是以各个趋势面分析是以各个趋势面分析是以各个趋势面分析是以各个
• 位置的属性值为因变位置的属性值为因变位置的属性值为因变位置的属性值为因变
• 量量量量,,,,以空间位置以空间位置以空间位置以空间位置
• ((((x, y))))为自变量为自变量为自变量为自变量,,,, 0 2 4 6
01
23
45
6
Oder1
y
740 760
780
800
820
840
860
880
900
0 2 4 6
01
23
45
6
Oder2
y
740
760
780
800
820
840
860
880
900 900
920 920
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
• ((((x, y))))为自变量为自变量为自变量为自变量,,,,
• 拟合一个多项式回拟合一个多项式回拟合一个多项式回拟合一个多项式回
• 归模型归模型归模型归模型。。。。
• AIC判别标准判别标准判别标准判别标准
• Order不宜超过不宜超过不宜超过不宜超过2
0 2 4 6
x
0 2 4 6
x
0 2 4 6
01
23
45
6
Oder3
x
y
740
760
780
800
820
840
860
880
880
900 900
0 2 4 6
01
23
45
6
Oder4
x
y
700
750
800
850
850
900 900
950
空间自相关空间自相关空间自相关空间自相关 spatial autocorrelation
∑
∑∑
−
−−=
2)(
))(()(
zzW
zzzzwnhI
i
jiijMoran’s I
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
∑ −∑∑ −−
=2
2
)(2
)()1()(
zzW
zzwnhc
i
jiijGeary’s c
R中空间自相关的显著性检验:moran.test() ; geary.test ()
地统计学地统计学地统计学地统计学 geostatistics
γ(h)
0.4
0.8
1.2
sill = 1.0
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
h
0 2 4 6 8 10
0.0
range h = 5
nugget = 0.2
半方差模型半方差模型半方差模型半方差模型 Variogram models
h
γ(h) α <1
α > 1
h
γ(h)
Linear modelpower model
Exponential
model
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
h
γ(h)
h
γ(h)
hγ(h)
Gaussian modelLogistic model
Spherical model
Kriging
• 类比类比类比类比IDW来思考来思考来思考来思考::::
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
0 1 2 3
02
46
810
X
Y
0 1 2 3
02
46
810
x
y
Kriging步骤步骤步骤步骤
• EDA exploration, removing trend, checking for stationarity and isotropy
• Computing the empirical variogram
• Fitting and selecting a theoretical variogram model to the empirical variogram
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
model to the empirical variogram
• Computing the weight w using the fitted theoretical variogram, i.e., kriging.
• Predicting the values at the locations of interest
• Validation
• Plotting kriging surfaces
Mutivariate methods
Ordination: PCA, CA,
PCoA, NMDS
Canonical
Analysis:RDA,
CCA
Regression
http://rbbs.biosino.org/Rbbs/posts/list/182.page
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北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University
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• Interactive Spatial Data Analysis by Trevor Bailey, Tony Gatrell
• 地统计学及在生态学中的应用王政权著
• http://r-spatial.sourceforge.net/
• http://geodacenter.asu.edu/r-spatial-projects
• http://www.udel.edu/johnmack/frec682/682syll.html
• http://rbbs.biosino.org/Rbbs/posts/list/182.page
谢谢谢谢谢谢谢谢!!!!
北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学北京师范大学 景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心景观生态与可持续发展研究中心 CLESS Beijing Normal UniversityCLESS Beijing Normal University