SBR 2.0-Krav- och funktionsspecifikation · Web viewSyftet med dokumentet är att visa de olika SBR 2.0 intressenternas krav och önskemål av LIS-information i SBR 2.0. LIS-informationen

SBR 2.0 LIS Variabellista 2017B ver 2.1 2019-06-24

SBR 2.0 LIS Variabellista 2017B Version 2.1

2019-06-24

Inera AB Box 177 03Tjärhovsgatan 21118 93 Stockholm

Tel 08 452 71 [email protected]

Organisationsnummer556559-4230

Sid 1/18


1. Versionshistorik

Version Datum Kommentar Utförare

0.7 2016-09-01 Version godkänd I styrgruppen för anskaffning/utvärdering av interna leverantörer.

Jan Lindberg

1.0 2016-10-05 Fastställd och godkänd i styrgruppen efter synpunkter från specialistföreningarna

Jan Lindberg

1.1 2017-04-24 Överförd från excel- till word-format samt uppdaterad med revisionshistorik och några förtydliganden/justeringar (inga fler variabler)

Jan Lindberg

2.0 2017-05-23 Uppdaterad med Cancerregistret senast uppdaterade variable.

Jan Lindberg

2.1 2019-06-24 Omarbetad tillsammans med RBC-Uppsala. I samband med denna uppdatering ändrades dokumentets benämning till Variabellista 2017B.

Patrik Sjöberg




Sid 2/18


2. Innehållsförteckning1. Versionshistorik 2

2. Innehållsförteckning 3

3. Inledning 3

3.1 Detta dokument 3

3.2 Intressenter 4

4. Variabellista 2017B 5

4.1 Läsinstruktion variabler 5

4.2 LIS variabler 7

5. Attribut att hantera i kommande versioner av SBR 2.X 16




Sid 3/18


3. Inledning

3.1 Detta dokumentDokumentet ”SBR 2.0-LIS Variabellista 2017B”. Detta dokument är ett av de dokument som beskriver de krav som ställs på systemet SBR 2.0.

Syftet med dokumentet är att visa de olika SBR 2.0 intressenternas krav och önskemål av LIS-information i SBR 2.0. LIS-informationen är uppdelad/beskriven som LIS-variabler och innehåller information om provgivare, samtycken, prov, provtagning, förvaring, etc.

3.2 IntressenterFöljande intressenter bedöms ha störst nytta av LIS-informationen.

Forskare Vårdpersonal Provgivare RBC-personal Biobankssamordnare, Biobanksansvariga, Biobankshandläggare




Sid 4/18


4. Variabellista 2017B

4.1 Läsinstruktion variablerBeskrivning av kolumnerna i variabellistanNrAvser intern nummersättning för Beställaren, behöver ej tas hänsyn till av Leverantören. Nummer 1 till 44 avser Variabellista 2008 och nummer 45 och framåt avser Variabellista 2017.

Variabel/InformationNamn/beskrivning

Kommentar/KodverkT.ex. SNOMED, det som laboratoriet använder, eller standardiserade format där så finns. Kan variera beroende på variabel/information som det gäller.

Nytta/VärdeSpårbarhet, Forskning, Vård, Effektiv adm, Utveckling, Kvalitetsarbete, utbildning, Cancerregistret, kvalitetsregister

IntressenterPR-Provgivare, Vå-Vårdpersonal, Fo-Forskare, RBC-RBCpersonal, BBS-Biobankssamordnare, BBA-Biobanksansvariga, BBH-Biobankshandläggare

Disciplin(er)P-Pat, M-Mikro, G-gen, K-Kemi, C-Cyt, I-Immun, V-Viro, Ö-Övr, A-Alla

KommentarAvser kommentarer kring variabeln




Sid 5/18


BeslutsregelBeskriver om beslutregel finns kring variabeln

Prio SBR 2.0Underlag för leverantörer med vilken prioritet variabler ska tillföras export till SBR 2.0. P1= Ska vara med om möjligt. P2= Kan vara med om möjligt. P3= Behöver inte vara med.

Prio Kommande versionerUnderlag för leverantörer med vilken prioritet variabler ska tillföras export till kommande versioner av SBR. P1= Ska vara med om möjligt. P2= Kan vara med om möjligt. P3= Behöver inte vara med.




Sid 6/18


4.2 LIS variabler

Nr Variabel/Information Kommentar/Kodverk

Nytta/värde Intressent/er Disciplin/er Kommentar Beslutsregel Prio SBR 2.0

Prio kommande versioner

PROVGIVARINFORMATION 1 Unik identetsbeteckning för

provgivarenProvgivarens personID, skall kunnahantera reservnummer& samordningsnummer

Spårbarhet (spårbarhet BB-lagen, forskning/sökning för forskning, RBC)

Alla Alla Vid provtagning på foster eller vidPKU-provtagning anges moderns id, inte barnets, som ju är den egentliga provgivaren. I ett sådant fall används i stället attributet som pekar ut moderns id, se förslag nedan.

Om spårbarheten ska fungera måste man kunna återfinna en persons alla prover utifrån den personens person-nummer (eller motsvarande ”huvud-id”).

P1

2 Uppgift om vilken typ av närstående till provgivaren som avses.

Mor Spårbarhet, forskning, sökning

Forskningsfokus där relevant I överföringen från labbsystemen till SBR används detta attribut endast för att koppla ett prov från ett foster eller från spädbarnutan personnummer till

P1




Sid 7/18


modern och moderns id (personnummer). Därför är det enda värdet i kodverket”mor”.

2.1 Unik identetsbeteckning för en närstående till provgivaren

Närstående PersonID Spårbarhet, forskning, sökning

Forskningsfokus där relevant Genetik?

P1

3 Uppgift om varför moderns personID anges?

KV typ provgivareFoster, spädbarn,Övrigt

Spårbarhet, forskning, sökning

Forskningsfokus där relevant Används endast om moderns person-id angivits i stället förprovgivarens.

P3

4 Uppgift om provgivarens kön KV KönOkänt, man, kvinna, inte angiven.

Spårbarhet, forskning, sökning

Forskningsfokus Alla Kodat värdeKV Kön (enligt V-TIM)

0 = okänt1 = man2 = kvinna9 = inte angiven

P3

6Provgivarens

förnamn

Alt 1:Provgivare.förnamn

XML: Givenname

Alt 2: Provgivare.förnamn, mellannamn och efternamn

XML: Givenname

Endast i de fall det handlar om enprovgivare är attributet relevant att överföra från labbsystem till SBR, dvs. andra fysiska personer berörs inte

Namninformationen hämtas in från labbsystemen, men SBR ska inte göra någon dubbelkoll mot folkbokföringsregistret. Kontrollen ska ha gjorts i labbsystemet

P1

7Provgivarensefternamn

Alt 1:Provgivare.efternamn

XML: Surname

Alt 2:Lämnas tom om alternativ 2 valts i punkt 6.

XML: Surname

Endast i de fall det handlar om en

provgivare är attributet relevant att överföra från labbsystem till SBR, dvs. andra fysiska personer berörs inte


P1




Sid 8/18


45 Provgivarens ålder vid provtagningstillfället

Forskning sökning Forskningsfokus Alla P2

46 LAKOFO/distrikt vid provtagning LAKOFO kod/distrikt(kopplat till provtagningstillfälle!)

Forskning sökning ForskningsfokusStatistik nationellt

Alla P1

47 Avlidenstatus (JA/NEJ) För övergripande bedömning av möjlig forskningskohort.

Forskningsfokus Alla P1

48 Dödsdatum Information från LIS

P1

49 Obduktion (Ja/Nej) Klinisk patologiInformation från LIS

P1

50 Obduktionsdatum Klinisk patologiInformation från LIS

P1

SAMTYCKESINFORMATION 13.2 Anledning till samtyckesbeslut

saknasKV anledningProvgivaren besluts-oförmögen, avliden,prov före BB-lagen, orsak saknas

Uppfylla BB-lagenProvet får sparas i det ursprungliga syftet.

Alla Alla P1

14 Tidpunkt från vilken samtyckesbeslut är giltigt

Uppfylla BB-lagen Alla Alla P2

15 Samtyckesbeslut, dvs ja eller nej till aktuellt ändamål

KV SamtyckesbeslutJa, Nej, prel Nej (nej-talong inväntas)





Sid 9/18


16 Kod och klartext för ändamål enligt biobankslagen beslutet gäller för

KV SamtyckesbeslutV & B, kval/utb/utvinom vården, forskning och klinisk prövning,spec. forskningsproj.


INFORMATION OM PROV, PROVTAGNING, FÖRVARING, ETC.

17 Provtagningstidpunkt Datum och klockslag Forskning, kvalitet och utveckling

Forskare, verksamhet

Alla OBS! P1 för de system somhar detta (t.ex.klinisk mikrobiologi)

P2

19 Uppgift om anatomisk lokalisation, topografi, organ, kroppdel, kroppsstruktur, etc. för det prov som tagits. (Primärlokalisation i Cancerregistret)

Prov lokalisation och material enligt befintliga kodverk,t ex Snomed

Alla Alla Alla P1

19.1 Kommentar eller mer precis beskrivningav 19.

Olika kodverk för olikadiscipliner

Alla Alla Alla OBS! P1 för de system somhar detta (t.ex.klinisk mikrobiologi)

P3

51 Mikrodia Text1000Kan vara flera

P1

52 LokalisationKod Text100Kan vara flera

P1

53 LokalisationText Text100Kan vara flera

P1

54 Sida Text100Kan vara flera

P1




Sid 10/18


55 Morfologikod Ska angesKodTextKodverkVersion Text100Kan vara flera

P1

56 MorfologiText Text100Kan vara flera

P1

57 Metastaslokalisation Text1000 P1

58 Diagnos Diagnos (enl. koder och klartext), diagnosgrund,etc.

Alla Alla Alla P1

59 DiagnoskoderTyp Kan vara flera P1

60 AnamnesType Kliniska upplysningar från remitterande enhet till diagnosti-serande lab, text

P1

61 Analysresultat Analysresultat och provtyper (t ex IHC, FISH)Det som är tillgängligt i LIS

Alla Alla Alla P1

62 Tillkommande analyser P1

63 Utlåtande Fullständigt PAD-utlåtande, text P1

64 Datum för signerat slutsvar

(I Cancerregistret svarsdatum)

Text,xxxx-xx-xx P1

65 Datum för kompletterande svar P1

66 Ursprungs-ID på konsultations/ eftergranskningsprov (24 eller 30?)

P1

67 Ursprungslab. vid konsultation/eftergranskning

Namn/kod P1




Sid 11/18


68 Ansvarig patolog Namn, text 100 P1

69 Konsulterad patolog Namn P1

70 Preparatnummer Motsvarande preparatnr/år i cancerregistret, text6

P1

71 Preparat int P1

72 Remisstyp Text100 P1

21 Uppgift om vilken provtagningsmetodsom använts

Här används lokaltkodverk med möjlighet till Snomed CT- mappning.

Forskning, kvalitet och utveckling

Forskare, verksamhet

Alla P3

22 Uppgift om vilket biologiskt materialdet sparade provet består av

Använd befintligakodverk/provtypskoder

Alla Alla Alla P1

23 Provets förvaringssätt/form KV förvaringssätt.Kloss, på glas, i rör,i påse, naturligt, etc.och i fritext


Forskare, BB-verksamhet, verksamhet.

Alla Gäller endast de specialiteter där denna uppgift är relevant.

P2

24 Provets ID i levererande LIS Spårbarhet, forskning, kvalitetsutveckling


Alla P1

25 Typ av ID för prov i lokalt LIS eller SBR

Anges som fritext.LID, BID, PID osv.

Spårbarhet, forskning, kvalitetsutveckling


Alla P1

26 Registreringstidpunkt då prov registrerats i labbsystemet eller togs emot på labbet

Datum och klockslag Forskning, kvalitet och utveckling


Alla P1




Sid 12/18


27 Angivelse om vilken temperatur somprovet förvaras i

Gäller långtidsförvaringKV Temperatur



Alla KV Temperatur förlångtidsförvaring av prov i biobank:

- Rumstemperatur(rumtemp)- 2-6°C (2-6c)- Fryst ≤ –20 °C (fry20c)- Fryst ≤ –80 °C (fry80c)- Fryst ≤ –120 °C (fry120c)

P2

73 Infrysningstidpunkt Forskning, kvalitet och utveckling


Alla P1

30 Id för primärprov (moderprov) som prov (barnprov) härstammar från

Spårbarhet BB verksamheten Alla P2

32 Id för primär provsamling som prov härstammar från

SBR ID för aktuellprimär provsamling

Spårbarhet BB verksamheten Alla P1

74 Remitterande enhet (text) Text100 Spårbarhet,övervakning,Forskning

P1

75 Remitterande läkare Text100 Spårbarhet,övervakning,Forskning

P1

76 Frageställning Text1000 P1

77 AnmLabtext Text100 P1

78 AnmLabkod Text100 P1




Sid 13/18


79 Diagnosgrund Text 50 P1

41 Kompletterande information om provets historik

KV provhistorik Vård, utbildning, utveckling, kvalitet, forskning

Alla Alla Vid destruktion/avidentifiering av prov i samband med hantering av sam-tyckesbeslut måste detta anges. Att provet är gallrat eller slut etc. är också viktig inform-ation att få in i SBR, men det finns inget absolut krav att ange detta.

P1

41.1 Uppgift om utlämning av prov Spårbarhet,övervakning,Forskning

BB-verksamhet, forskare (via RBC)

Alla P1

41.2 Uppgift om provet skickats för analys

Spårbarhet,övervakning,Forskning

BB-verksamhet, forskare (via RBC)

Alla P1

42 Tidpunkt för angivande av provhistorik(kopplat till samtycke)

Datum räcker Spårbarhet BB-verksamhet, forskare (via RBC) , provgivare

Alla P1

43 Unik ID för aktuellt projekt/studie Forskningsfokus BB-verksamhet, forskare (via RBC)

Alla P1

44 Namn på aktuell projekt/studie Forskningsfokus BB-verksamhet, forskare (via RBC)

Alla P1




Sid 14/18


Övrigt 80 källa, ursprungligt källsystem

(LIS/LIMS) systemadm (ändringar

felrättning, etc.) P1

81 Reservvariabler Fritext/struktur För att kunna lägga till variabler i framtiden utan att det krävs omfattande LIS utveckling.




Sid 15/18


5. Attribut att hantera i kommande versioner av SBR 2.XPROVGIVARINFORMATION

6.1Provgivarens

mellannamn

Provgivare.mellannamn

XML: Middlename

Endast i de fall det handlar om en

provgivare är attributet relevant att överföra från labbsystem till SBR, dvs. andra fysiska personer berörs inte


P2

XX Provgivarens

adress

För att kunna skicka kompletteringsbrev och bekräftelsebrev vid nej-talongs hantering.Information via SPAR

P1

INFORMATION OM PROV, PROVTAGNING, FÖRVARING, ETC.

xxFinns materialAntal kloss och glasantal/biobank per prov (EE)

Klinisk patologi P?

xx Är materialet infektionskänsligt

Klinisk patologi P?

xxFlagga om det finns scannade bilder

Klinisk patologi P1

xxx Material tillvarataget för mikroskopi ja/nej (EA)

Obduktion P1




Sid 16/18


xxPX

Klinisk patologi P1

xxx Provtyp (px, resektat): Kan vara bra för att få en indikation om hur mycket material som finns för eventuell studie. (EA)

Samma som ovan? Klinisk patologi P1

xxOperationspreparat

Klinisk patologi P1

34 Beställarorganisationens ordernummer för den beställning som är anledning till provtagningen.

Beställning.beställnings

-id

XML: OrderId

Denna uppgift är svår att få fram för

många labb. Det bör utredas om ordernumret är tillgängligt i resp. system. Notera att attributet förutsätter elektroniska remisser; numret finns inte på pappersremisserna.

0..1 Syftet är återkoppling till

beställare som inte skickat med samtyckesbeslut på remissen.

P3

35 Unik identitetsbeteckning på den organisatoriska enhet (klinik eller motsvarande) som lagt den beställning som är anledning till provtagningen

Organisatorisk

enhet.enhets-id

XML: OrdererId

Organisationsnummer kan vara svårt för

labben att få fram. Utred hur organisationer utan HSA-id identifieras i dag i systemen.

HSA-id

(organisationsnummer)

Viktigt att denna info inte visas för alla, eftersom det ev. säger ngt om diagnos.

1 Obs! Organisationsnummer

får endast användas i de fall

HSA-id saknas.

P3

Information Motsvarar

Klass.Attribut i V-DIM

Kommentar Kodverk/värdemängd Mult Beslutsregel P2

36 Beställande organisatorisk

enhets namn.

Organisatorisk

enhet.enhetsnamn

XML: OrderName

Viktigt att denna info

inte visas för alla, eftersom det ev. säger ngt om diagnos.

0..1 P3

38 Unik identitetsbeteckning på Organisatorisk HSA-id 1 Obs! Organisationsnummer P3




Sid 17/18


den organisatorisa enhet (klinik eller motsvarande) där provtagningen genomförts.

enhet.enhets-id XML: SamplingOrganisationI D

(organisationsnummer)

Viktigt att denna info inte visas för alla, eftersom det ev. säger ngt om diagnos.

får endast användas i de fall

HSA-id saknas.

39 Namn på den

organisatoriska enhet där provtagningen genomförts.

Organisatorisk

enhet.enhetsnamn XML: SamplingOrganisation Name

Viktigt att denna info

inte visas för alla, eftersom det ev. säger ngt om diagnos.

0..1 P3




Sid 18/18

Documents

SBR 2.0-Krav- och funktionsspecifikation · Web viewSyftet med dokumentet är att visa de olika SBR 2.0 intressenternas krav och önskemål av LIS-information i SBR 2.0. LIS-informationen