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Università degli Studi di Padova C.L. Biologia Molecolare A.A. 2010/2011 Corso di Biologia Molecolare 2. Studentessa: Silvia Bacco. Tutorial per l’utilizzo di k ScanProsite. Relazione di Laboratorio. ScanProsite. È un tool di Expasy ; - PowerPoint PPT Presentation
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Università degli Studi di PadovaC.L. Biologia MolecolareA.A. 2010/2011
Corso di Biologia Molecolare 2
Studentessa: Silvia Bacco
Relazione di Laboratorio
È un tool di Expasy; permette di ricercare motivi proteici nel
database di Prosite; si può utilizzare nelle modalità: Quick Scan
o Advanced Scan; è disponibile all’indirizzo web:
http://expasy.org/tools/scanprosite/
Si inseriscono da 1 a un massimo di 8 sequenze per riga in formato FASTA UniprotKB oppure il CA identificativo o la carta d’identità nell’apposito spazio.
Dopodiché si può avviare la ricerca contro i motivi di
Prosite premendo
- Sequenza in formato FASTA- codice identificativo della sequenza AC o ID- un profilo di Prosite tramite codice identificativo dello stesso (AC o ID)- inserire sequenze multiple una sotto l’altra (fino ad un massimo di otto se confrontate con tutti i profili Prosite o fino a 16 se confrontate con più di un profilo e 1000 se confrontate con un solo profilo)
- Sequenza in formato FASTA- codice identificativo della sequenza AC o ID- un profilo di Prosite tramite codice identificativo dello stesso (AC o ID)- inserire sequenze multiple una sotto l’altra (fino ad un massimo di otto se confrontate con tutti i profili Prosite o fino a 16 se confrontate con più di un profilo e 1000 se confrontate con un solo profilo)
Per inserire sequenze proteiche bisogna considerare l’apposito box dell’interfaccia del programma e attenersi alle regole indicate in
(per Default si escludono i motivi con alta probabilità di occurrence;
si può anche scegliere di non scansionare profili)
-inserire il pattern (usando la convenzione di Prosite)-inserire i profili multipli uno dopo l’altro con il proprio AC/ID o pattern compilato a mano (al massimo 8 se li cerco in riferimento a un database oppure 16 se contro una proteina)
-inserire il pattern (usando la convenzione di Prosite)-inserire i profili multipli uno dopo l’altro con il proprio AC/ID o pattern compilato a mano (al massimo 8 se li cerco in riferimento a un database oppure 16 se contro una proteina)
Se dobbiamo inserire pattern bisogna considerare l’altro box dell’interfaccia come indicato in
1
2
1
2
Nella sezione Protein Database(s) è possibile selezionare database
diversi (come UniprotKB/Swiss-Prot,
UniProtKB/trEMBL, PDB) nei quali effettuare la ricerca e si possono
eventualmente includere le varianti di risposta
dovute a splicing alternativo (ed escludere
i frammenti).
Randomize database: (no per Default) nel caso in cui abbiamo inserito dei pattern da confrontare con le
banche dati si può utilizzare per avere un riscontro di maggiore accuratezza tramite la modalità reverse di
sequenze o tramite la modalità shuffle.
Nella sezione Filter(s) si
possono inserire dei filtri di ricerca sulla tassonomia
o sulla descrizione. Per
Default sono inseriti quelli per
UniProtKB.
Nella sezione Pattern si può
ridurre il campo di ricerca a hits che sono stati
trovati al massimo un
numero X di volte (per Default è uguale a 1).
Il Match mode permette di compiere delle ricerche scegliendo la combinazione di queste tre opzioni a seconda del nostro interesse:
greedy che estende gli elementi alle lunghezze più variabili dei pattern; overlap che considera zone di sovrapposizione; includes
che considera i match di riscontro di zone sovrapposte.
Se abilitato inserisce le informazioni complete
della proteina di partenza accanto ai
risultati
Permette di ricevere le informazioni richieste direttamente nella propria
casella di posta (soprattutto quando i riscontri sono più di quelli
stabiliti per Default)
È possibile inserire un numero massimo di riscontri ottenibili e
stabilire una soglia di hits per escludere quelli meno probabili
che hanno punteggio basso.
Il formato può essere quello selezionato con rappresentazione grafica oppure simple HTML; plain
text output; plain text FASTA output
Mostra risultati con punteggi più bassi rispetto al
valore soglia
Passando col mouse sopra il dominio TDH si evidenzia in giallo la parte di sequenza
associata al dominio
Passando col mouse sopra il dominio TDH si evidenzia in giallo la parte di sequenza
associata al dominio
La prima parte dell’output riguarda la ricerca di hits by profiles
La prima parte dell’output riguarda la ricerca di hits by profiles
La seconda parte dell’output riguarda la ricerca di hits by patterns.
La seconda parte dell’output riguarda la ricerca di hits by patterns.
Ancora una volta passando col mouse sopra ADH_ZINC si evidenzia in giallo la parte
di sequenza associatagli.
Ancora una volta passando col mouse sopra ADH_ZINC si evidenzia in giallo la parte
di sequenza associatagli.
In entrambi i casi cliccando sopra il dominio evidenziato dal riscontro degli hits (sia per i profiles che per i patterns) si apre una nuova schermata…
In entrambi i casi cliccando sopra il dominio evidenziato dal riscontro degli hits (sia per i profiles che per i patterns) si apre una nuova schermata…
… con la descrizione di struttura, funzioni, relazioni evolutive della proteina e i relativi link ad altre
fonti…
… con la descrizione di struttura, funzioni, relazioni evolutive della proteina e i relativi link ad altre
fonti…
… la scheda tecnica in cui possiamo visualizzare ad
esempio i consensus pattern, le strutture che si possono visualizzare
con PDB…
… la scheda tecnica in cui possiamo visualizzare ad
esempio i consensus pattern, le strutture che si possono visualizzare
con PDB…
… con le referenze su autori che hanno
studiato l’argomento e relativi link.
… con le referenze su autori che hanno
studiato l’argomento e relativi link.
Per ulteriori informazioni è disponibile il manuale d’uso on-line all’indirizzo: http://expasy.org/tools/scnpsit3.html