Virus: un risque émergent? Qu’en est-il de la viande? · Virus et risque alimentaire Estimation des infections d’origine alimentaire Aux USA en 2006 (environ 316 millions habitants)

Virus: un risque émergent?Qu’en est-il de la viande?

POTHIER PierreCentre National de Référence des virus entérique,

Laboratoire de virologie, CHU de Dijon

Steakexpert 9èmes Journées, TERRENA, 23-24 juin 2015, Angers

Virus et risque alimentaire

Les virus représentent-ils un risque émergent?


Les virus représentent-ils un risque émergent ?


Estimation des infections d’origine alimentaireAux USA en 2006 (environ 316 millions habitants)

Scallan E et al. Emerg Infect Dis. 2011;17:7-15

Nombre d’épisodes(%)

Nbre d’hospitalisations(%)

Nbre de décès(%)

Toutesétiologies

9 388 075 (6.6 – 12.7) 55 961 (39.5 – 76) 1351 (712 – 2 268)

Dues aux bactéries

3 645 773 (2.3 – 5.6)(38.8%)

35 796 (21.5 – 53.4)(64% / 1%)

861 (260 – 1 761)(64.5%)

Dues aux Parasites

232 705 (0,2 – 0.4)(58%)

4 881 (3 – 7)(9%)

333 (205 – 488)(24.5%)

Dues au Virus

5 509 597 (3.3 – 8.4)(58.7%)

15 284 (9 – 24)(27%)

157 (91 – 245)(12%)

Virus et risque alimentaireLes virus entériques

Gastro-entérites

• Norovirus (NoV)• Rotavirus (groupe A)• Astrovirus• Sapovirus• Adenovirus (types 40/41)• Aichi virus

(Picornaviridae)• Coronavirus ….

Hépatites

• Virus de l’hépatite A (VHA)

• Virus de l’hépatite E VHE)

Autres pathologies

• Entérovirus• Parechovirus

Virus et risque alimentaireLes virus entériques

Gastro-entérites

• Norovirus (NoV)• Rotavirus (groupe A)• Astrovirus• Sapovirus• Adenovirus (types 40/41)• Aichi virus

(Picornaviridae)• Coronavirus ….

Hépatites

• Virus de l’hépatite A (VHA)

• Virus de l’hépatite E VHE)

Autres pathologies

• Entérovirus• Parechovirus

Virus des Hépatites A et E - NorovirusPoints communs

• Morphologie et structure:– Petits virus (27 à 35 nm) sans enveloppe– Génome constitué d’ARN

• Stables et résistants:– Milieu extérieur– Traitements technologiques & hygiéniques

• Transmission par voie féco-orale• Excrétion importante dans les selles et l’environnement

– (106 à 1010 génomes/gramme de selles)

• Infectieux à faible dose (surtout NoV et VHA).• Difficilement ou non cultivables � étude et détection par

biologie moléculaire (NoV, VHA-E) et sérologie (VHA-E)

Virus des Hépatites A et E - Noroviruset risque alimentaire

• Caractéristiques et résistance des virus,

• Potentiel zoonotique pour certains de ces virus (VHE),

• Limites des méthodes d’étude en industrie agro-alimentaire:– Absence de multiplication � différence virus / bactérie– Propagation en culture cellulaire difficile ou impossible (NoV)– Détection par biologie moléculaire (RT-PCR temps réel)– Problème: Détection de génome = ou ≠ infectiosité ?

�� Difficulté d’évaluer les procédés.� Difficulté d’interpréter les résultats positifs

�� Ces virus sont aujourd’hui identifiéscomme risque important en industrie agro-alimentaire


Estimation des infections d’origine alimentaire aux USA (2006)(environ 316 millions d’habitants)

Scallan E et al. Emerg Infect Dis. 2011;17:7-15

Nombre d’épisodes(%)

Nbre d’hospitalisations% / taux d’hospitalisations

Nbre de décès% / taux de décès

Toutesétiologies

9 388 075 (6.6 – 12.7) 55 961 (39.5 – 76) 1351 (712 – 2 268)

Dues aux bactéries

3 645 773 (2.3 – 5.6)(38.8%)

35 796 (21.5 – 53.4)(64% / 1%)

861 (260 – 1 761)(63.7% / 2.4%)

Dues aux Norovirus

5 461 731 (3.2 – 8.3)(58%)

14 663(26.2% / 0.03%)

149 (84 – 237)(11% / <0.1%)

Dues au VHA

1 566(0.02%)

99 (42 – 193)(0.18% / 31.5%)

7 (3 – 15)(0.5% / 2.4%)

Dues au VHE

−−−−− −−−−− −−−−−


Transmission essentiellementpar voie alimentaire:→Eau,→Produits souillés ou issus

d’animaux réservoirs du virus

Virus des Hépatites A et E - NorovirusPoints de divergence

• “Identité” génétique et antigénique:– VHE (Hepeviridae et genre Hepevirus)– VHA (Picornaviridae et genre Hepatovirus)– Norovirus (Caliciviridae et genre Norovirus)

• Clinique - symptomatologie:– Hépatites ou Gastro-entérites– Incubation courte ou longue

• Épidémiologie – contamination alimentaire:– Potentiel zoonotique ou non– Contamination à la source ou non

Virus des Hépatites A et E - NorovirusLe risque pour la viande ?

• Norovirus et virus de l’hépatite A– Contamination par l’Homme

• Virus de l’hépatite E– Contamination principalement par l’animal

Virus de l’Hépatites A et NorovirusContamination alimentaire

Réservoir animal ?X


Contamination à la source



Contaminationlors de leurpréparation


Contaminationpersonne à personne




Contaminationpersonne à personne



Les norovirus A s

Les norovirus AAgent de Norwalk �� Calicivirus humains �� norovirus s

1968Epidémie

à Norwalk

1972Microscopieélectronique

1990RT-PCR

Critères cliniquesde Kaplan

Norwalk virus�Norovirus1972, Kapikian

Sapporo virus�Sapovirus1977, Chiba

Ne se multiplient pas en culture cellulaire

Les norovirus AAgent de Norwalk �� Calicivirus humains �� norovirus s

1968Epidémie

à Norwalk

1972Microscopieélectronique

1990RT-PCR

Critères cliniquesde Kaplan

Norwalk virus�Norovirus1972, Kapikian

Ne se multiplient pas en culture cellulaire

• Petit virus (27 à 35 nm)• Sans enveloppe• Résistant :

• aux conc. de chlore habituellement utilisées pour traiter l’eau potable.

• aux solutions hydro-alcooliques (SHA) basiques.

GGII: 22 génotypes

GGI: 9 génotypes

Diversité génétiqueet évolution des norovirus

Norovirus humains :GGI, GGII et GIV

Aucune transmission de l’animal à l’Homme

• Norovirus GII plus grande hétérogénéitéque les norovirus GI.

• Résultat probable d’uneplus grande évolutivité

• Norovirus GII.4: nombreux variants

Environnement, Alimentaire

90% des épidémies

GGII.4

Norovirus humains :GGI, GGII et GIV

Aucune transmission de l’animal à l’Homme

• Norovirus GII plus grande hétérogénéitéque les norovirus GI.

• Résultat probable d’uneplus grande évolutivité

• Norovirus GII.4: nombreux variants

GGII: 22 génotypes

GGI: 9 génotypesEnvironnement, Alimentaire

90% des épidémies

sité génétiqueon des norovirus

Gastro-entérites à norovirus :symptomatologie

• Population cible: tous les âges, homme/femmes: 1/1

• Incubation “courte”: 30 – 48 heures• Taux d’attaque: très élevé (64 à 92%)• Formes cliniques

• Formes asymptomatiques: 20 à 30% (rôle dans la transmission) • Principaux symptômes:

‒ Douleurs abdominales: .91 - 96%‒ Nausées: ……………….83 - 91%‒ Diarrhée:.……………… 52 - 64%‒ Vomissements:.………. 41 - 55%‒ Fièvre:….……………… 32 - 73%

• Durée des symptômes: 2 à 4 jours (moy) - immunodéprimés ↗

• Durée de l’excrétion du virus: 3 à 10j (voire 3 semaines)

Gastro-entérites à norovirus :diffusion dans l’environnemenet

• Dissémination dans les vomissures. Dissémination aérienne

• Les norovirus restent infectieux ≥ 61 jours dans l'eau à température ambiante et dans l'obscurité (survie supérieure au froid).

• Les titres infectieux des norovirus dans une suspension de selles et sur les surfaces non poreuses (formica, inox, émail) persistent environ 28 jours (≈2 logs).

• Persistance moindre sur les surfaces poreuses (bois...)• Il existe très probablement des réactivités différentes selon

les génotypes de norovirus

Gastro-entérites à norovirus :épidémies hivernales

Emergence périodique des variants GII.4

2012 ?

Sydney2012

0

50

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200

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400

nov dec janv fev mars avr mai juin juil aout sept oct

2008 - 2013

Nb

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as

gro

up

és

an

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sés

au

CN

R maisons retraite/Hôpitaux

Resto/collectivités enf-adultes

Gastro-entérites à norovirus :épidémies et contamination alimentaire

GGIIsurtout GGII.4

GGI et GGII

Gastro-entérites à norovirusNotre expérience et bilan 2013

(n=304)

(n=48)

(n=121)

(n=133)

(n=2)

Environ 16%

Gastro-entérites à norovirus :traitement de désinfection

• Dépend de la matrice, de l’humidité …

• Moyens physiques– Hautes Pressions: 400 Mpa, 5 min– UV: entre 40 à 240 J/m2

– Chaleur: • +4°C > à 60 jours• +70°C environ 5 min

• Moyens chimiques– Chlore et dérivés chlorés dont eau de Javel (2600ppm)– Glutaraldéhyde– SHA (Ethanol ≥ 70%v/v)

Hépatite virales A :

Hépatite virales A :Caractéristiques du virus

• Caractéristiques microbiologiques– non enveloppé, diamètre = 27 à 30nm, – ARN simple brin positif– Trois génotypes subdivisés chacun en 2 sous-génotypes:

� IA et IB / IIA et IIB / IIA et IIB– Un seul sérotype � pas de réinfection, vaccination efficace

• Survie du VHA � très résistant:– Température:

• Plusieurs mois à -80°C• 30 jours à 24°C dans les selles• 330 jours à +4°C dans l’eau

– Désinfectants:• Chlore: 60 mn à 0,5 – 1,5 mg/L• Ethanol : 10 mn dans l’éthanol à 70%• Chlorhexidine: 10 mn à 0,05%

Hépatite virales A :Caractéristiques du virus

• Petits virus: = 27 à 30nm, • non enveloppé• ARN simple brin positif

• Famille des Picornaviridae

• Genre Hepatovirus

• Trois génotypes subdivisés chacun en 2 sous-génotypes:� IA et IB, IIA et IIB, IIA et IIB

• Un seul sérotype � pas de réinfection, vaccination efficace

Hépatite virales A :Résistance et survie du virus

• Très résistant:– Température:

• Plusieurs mois à -80°C• 30 jours à 24°C dans les selles• 330 jours à +4°C dans l’eau

– pH: survie aux pH entre 3 et 12

– Désinfectants:• Chlore: 60 min à 0,5 – 1,5 mg/L• Ethanol : 10 min dans l’éthanol à 70%• Chlorhexidine: 10 min à 0,05%

Hépatites virales AClinique - symptomatologie

• Population cible: personnes séronégatives pour le VHA

• Incubation “longue”: 15 – 50 j (moy: 30j)• Formes cliniques � différences entre enfants et adultes

• Formes asymptomatiques:…..• Principaux symptômes:

‒ Ictère: ………………………..‒ Troubles digestifs: ………….‒ Syndrome pseudogrippal:…. ‒ Durée: 1 à 4 mois (moy 2 mois) pas de formes chroniques

• Formes graves:• Fulminantes (≤ 0,5%)• Létalité: 0,2 – 0,4% des formes symptomatiques (�2% > 40 ans )

• Durée de l’excrétion : 30 j après début des signes clinques

Enfants80-90%......

55-65%......

50-65%......

48% ………

Adultes20-30%

75-90%

40-65%

60-78%

Hépatite virales A :prévalence

Elevée

Intermédiaire

Faible Génotypes - sous génotypes IA et IB IIA et IIB IIIA et IIIB

Sérotype 1 seul sérotype

Hôte Strictement humain

Un vaccin efficace / Maladie à déclaration obligatoire (DO)

Séroprévalence faible:• Circulation du virus faible et • Risque de transmission interhumaine faible• Mais % de population susceptible élevée




Hépatites virales AContamination alimentaire

• Evaluation du risque alimentaire– A l’origine de 2 à 5% des cas d’hépatite A observés– Cas survenant < 14 j d’intervalle � cas primaires (même source).– Ceux observés > 60 j � cas secondaires (de personne à personne).– Maladie à déclaration obligatoire

• Traitement d’inactivation (variable selon la matric e)– Hautes Pressions: fruits et légumes 375 Mpa, 5 min– UV: fruits et légumes entre 40 à 240 J/m2

– Chaleur:• Laitages: 71°C / 10min ou 80°C / 30 secondes• Moules: 90°C / 2 min• Purée de fraise: 80°C / 36 min ou 90°C / 12 min

– Chlore libre (10 mg/L à 200 mg/L durant 5 à 10 min): • Fruits et légumes: traitements insuffisants pour réduction 4 log

Hépatite virales E

Hépatite virales ECaractéristiques du virus

• Petits virus: = 27 à 30nm, • non enveloppé• ARN simple brin positif

• Famille des Hepeviridae• Genre Orthohepevirus

• Moins résistant que VHA

• Quatre principaux génotypes

Hépatite virales Ecaractéristiques et prévalence

Génotypes 1 2 3 4

Sérotype 1 seul sérotype

Zones géographiques Asie + AfriqueCas d’importation (Europe, USA, Japon)

Europe, USA, Japon

Asie du Sud-estChine

Hôtes Homme Homme - Animaux

Régions de forte endémie

Hépatites virales EClinique - symptomatologie

• Population cible: âge moyen 50-55 ans, homme/femme (3/1)

• Incubation “longue”: 15 – 60 j (moy: 40j)• Formes cliniques

• Formes asymptomatiques: 2/3• Principaux symptômes:

‒ Ictère: 75%‒ Anorexie: 45%‒ Syndrome pseudo grippal: 40%‒ Durée: 1 à 4 semaines

• Formes graves:• Pathologie hépatique sous-jacente• Chronique chez l’immunodéprimé (génotype3)

• Durée de l’excrétion du virus: 1 à 3 semaines

Hépatites virales EModes de transmission

Réservoir animalGénotypes3 et 4

Hépatites virales EContamination alimentaire

• Traitement d’inactivation �� traitement thermique– Température nécessaire pour l’inactivation: 71 °C 20 min– 60°C durant 1 heure est insuffisant– Le virus est intracellulaire � les foies infectés sont contaminés à

l’intérieur et pas seulement en surface

• Evaluation du risque– En élevage:

• Hygiène des élevages (litière …) • Alimentation des porcs (l’alimentation bio des porcs n’est pas une sécurité)• Présence du virus chez les porcs à l’abattoir: 4 à 14% selon les études en Europe

Hépatites virales EExemple des figatelli

Au moins 20mn à 71 C

Virus et infections alimentaires Conclusion

• Peut-on parler d’un risque émergent ?�Risque ancien mais peu connu– Raisons techniques– Virus méconnus ou mal connus– Maladies souvent asymptomatiques

• La viande représente-t-elle un risque spécifique ?�Aliment soumis aux mêmes règles d’hygiène�Mais produit alimentaire spécifique– Nous partageons avec les animaux certains virus– La barrière d’espèce peut être franchie

� différent des végétaux– La viande suis une transformation particulière

Virus et infections alimentaires Conclusion

• Norovirus:– Très résistant, très infectieux– Très grande diversité et évolutivité de ces virus

� peu d’immunité, large réservoir humain– Risque très important de contamination des aliments lors de leur

préparation� du personnel infecté symptomatique ou non, infections dans l’entourage

• VHA: – Nous sommes dans une zone de faible prévalence.– Mais le risque peut venir d’ailleurs, produits importés.– Nous pouvons protéger le personnel exposé par une vaccination.

• Le risque d’infection par le VHE bien ciblé selon le produit alimentaire.

• CNR virus entériques, Dijon

• BALAY Katia• BELLIOT Gaël• de ROUGEMONT Alexis• KAPLON Jérôme• SI-MOHAMMED Ali• et l’ensemble du CNR des virus entériques

Remerciements

• InVS • GALLEY Anne

Persistance des norovirus GII.4effet de l’humidité

Belliot G, Colas de la Noue A et al, 2013

Persistance des norovirus GII.4Facteurs météorologiques (Paris 2000-13)

Belliot G, Colas de la Noue A et al, AEM. 2014

Evolution des norovirus GII.4et épidémiologie

Emergence périodique des variants GII.4

Echantillons disponibles

• Large réservoir humain.– Sensibilité individuelle (Ag ABO, sécréteurs et non sécréteurs)

– Immunité protective ?? Faible et de courte durée.

• Dose infectieuse faible (20 à 1000 particules virales).– La plus faible des virus connus

• Quantité importante de virus excrété dans les selles(105 à 109 particules virales/g de selles).

• Excrétion prolongée au-delà de la phase symptomatique(25% des infections � jusqu’à 3 semaines d’excrétion).– Infectés asymptomatiques (20 à 30%)

– Cas particulier des immunodéprimés (> 1 an).

• Dissémination dans les vomissures.

Contagiosité et transmissiondes norovirus

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6

6

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13

16

US95/96

Bristol

Yerseke2006a

Hunter2004

Farmington2002 Apeldoorn

2008

Osaka

Chiba Den Haag2006b

1987-95

1995-20022002-20042004-2006>2006>2008

Evolution des norovirus GGII.4

1987-95

1995-20022002-20042004-2006>2006>2008

Liaison aux non-sécréteurs

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6

4

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13

16

+ 1 AA

HAB

HAB

H

HHAB

HAB

Evolution des norovirus GGII.4et affinité aux récepteurs

de Rougemont et al, J Virol. 2011

<1990

1995/96

2004

2006

2006

>2008

Documents

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