Konektivitas dan Analisis Filogenetik
Spesies Hiu Sphyrna lewiniBerdasarkan DNA Mitokondria
Sutanto Hadi | Nurlita Putri A. | Toufan Phardana | Effin Muttaqin | Benaya Meitasari
S. | M. Ichsan | Beginer S. | Hawis Madduppa
Jakarta, 28-29 Maret 2018
LATAR BELAKANG
Hiu dan pari merupakan komoditas perikanan penting.
Menurut data FAO (2013) volume penangkapan hiu dan pari
di Indonesia pada 2000-2011 merupakan yang tertinggi di
dunia dan urutan ke-3 dalam perdagangan sirip hiu setelah
China dan Thailand.
Sphyrna lewini merupakan salah satu spesies hiu yang
terancam populasinya, berstatus Endangered berdasarkan
IUCN Redlist dan Appendix II CITES. Di Indonesia sendiri S.
Lewini dilindungi melalui Permen KP No.5/PERMEN-
KP/2018 tentang Larangan Pengeluaran Hiu Koboi dan Hiu
Martil dari Indonesia.
Analisis filogenetik penting kaitannya dengan dinamika
populasi hiu khususnya berkaitan dengan konektivitas antara
populasi (Domingues et al. 2017). Pendekatan genetika
relatif baru di Indonesia sebagai alternatif pendugaan
keterkaitan hubungan populasi dalam rangka upaya
konservasi.
Doc. M. Ichsan (2017)
Sembiring et al. (2015)Identifikasi spesies hiu di beberapa lokasi di Indonesia
Madduppa et al. (2016)Identifikasi stingray di pasar ikan di Palabuhanratu, Muara Saban, dan Lampung
Identifikasi spesies dan analisis filogenetik Alopias pelagicus, Carcharhinus falciformis, C. sorrah, C. amblyrhynchos, Galeocerdo cuvier, Atelomycterus marmoratus, and Spyrna lewini yang didaratkan di Cilacap dan Pelabuhan Ratu. Prehadi et al. (2015)
IBRC (2012)
IBRC (2012)
METODE PENELITIAN
Analisis laboratorium dilakukan di Laboratorium
Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan,
FPIK, IPB.
TUJUAN
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konektivitas
dan filogenetik spesies hiu S. lewini di Aceh dan Tanjung
Luar menggunakan pendekatan molekuler berdasarkan
marka mtDNA
ACEHMeulaboh, n= 23
Aceh Jaya, n= 7
TANJUNG LUARn= 30
Penelitian dilaksanakan pada bulan November 2017– Januari 2018. Pengambilan
sampel dilakukan di Aceh dan Tanjung Luar.
DNA Sampling
Prosedur penanganan sampel genetik hiu
DN
A
2
Polimer Chain Reaction(PCR) CR gen COI
3
Electrophoresis
5
4
Cycle Sequencing*1st BASE
Sequence edit*MEGA 6.06
7
6
Identifikasi*BLASTN di Genbank
Data Analysis*AMOVA
1
DNA Extraction
Kit ekstraksi gsyn geneid
tissue
PCR:
Primer foward fish-BCL dan
reverse primer fish-BCH
(Baldwin et al. 2009 ; Prehadi
et al. 2015; Madduppa et al.
2016)
Siklus PCR at 95°C for 2 min followed by 35 cycles of denaturation (94°C for 30 s), annealing (50 °C for 30 s), and extension (72°C for 45 s) with the final extension step at 72°C for 2 min.(Prehadi et al.)
ANALISIS
HASIL SEKUEN
STATUS IUCN
NAMA LOKAL
hiu caping (Jawa), hiu capil (Bali), hiu bingkoh (lombok)
Doc. M. Ichsan (2017)
SPESIES
KODE GENBANK
% IDENT
Sphyrna lewini
MG816735.1
629-bp (100%)
2973845_T
L_261017_1_39_B
CL
29
73
87
7_
TL
_2
51
01
7_
1_
14
_S
L_
BC
L
3
2973876_T
L_261017_1_21_S
L_B
CL
0
2973875_T
L_061117_1_1_A
P_B
CL
0
2973874_T
L_261017_1_46_S
L_B
CL
0
2973873_TL_091117_1_1_A
P_B
CL
0
2973
868_
TL_
2610
17_1
_26_
SL_
BC
L
0
2973
867_
TL_
2610
17_1
_31_
SL_
BC
L
0
2973
866_
TL_03
1117
_1_1
_AP_B
CL
0
2973865_TL_261017_1_42_SL_BCL
0
2973864_TL_261117_1_29_SL_BCL
0
2973862_TL_231017_2_23_SL_BCL
02973860_TL_261017_1_18_SL_BCL
0 2973857_TL_261017_1_20_SL_BCL
0
2973856_TL_261017_1_37_SL_BCL
0
2973854_TL_221017_5_1_SL_BCL0
2973853_TL_261017_1_23_SL_BCL
0
2973852_TL_261017_1_19_SL_BCL
0
2973851_TL_261017_1_34_SL_BCL
0
2973850_TL_261017_1_15_SL_BCL
0
2973848_TL_261017_2_32_SL_BCL
02973847_TL_261017_1_35_SL_BCL
0 2973846_TL_261017_1_13_SL_BCL
0 2973844_TL_231017_2_27_BCL
02973768_TL_171017_1_47_BC
L
0
2973804_261017_02_07_AJ_B
CL
0
2973790_261017_02_02_AJ_B
CL
2973750_M
BO
_191017_2_B
CL
2973749_M
BO
_171022_19_B
CL
2973748_M
BO
_57_B
CL
2973742_M
BO
_171022_18_B
CL
2973741_M
BO
_14_B
CL
29
73
73
2_
MB
O_
47
_B
CL
29
73
72
8_
MB
O_
11
10
21
_0
3_
BC
L
2973727_M
BO
_171024_22_B
CL
2973726_M
BO
_171024_23_B
CL
2973715_M
BO
_44_B
CL
Sphyr
na le
win
i KU
366619.1
55
2973869_TL_061117_1_2_A
P_B
CL
72
2973
716_
MBO
_33_
BC
L
2973
798_
2610
17_0
2_03
_BCL
2973855_TL_261017_1_16_SL_BCL
2979712_TL_221017_2_6_SL_BCL
85
99
2973717_MBO_9_BCL
2973718_MBO_171025_28_BCL
2973729_MBO_41_BCL2973730_MBO_171021_07_BCL
2973731_MBO_171022_16_BCL2973735_MBO_40_BCL
2973737_MBO_171021_04_BCL
2973738_MBO_29_BCL
2973739_MBO_171021_06_BCL
2973744_MBO_42_BCL
2973746_MBO_171024_21_BCL
2973786_261017_02_01_AJ_BCL
2973792_261017_02_06_AJ_BCL
2973791_261017_01_01_AJ_BCL
2973801_261017_03_01_AJ_B
CL
2973797_RG
P91017_1_1_B
CL
2973871_TL_131117_1_25_A
P_B
CL
99
99
2973734_M
BO
_171023_20_B
CL
Rhin
codon ty
pus F
J375725.1
MeulabohAceh Jaya
Tanjung LuarMeulaboh
Meulaboh
Tanjung LuarMeulaboh
DN
A
ANALISIS
HASIL ANALISIS
Hasil analisis filogenetik menunjukkan konektivitas populasi S. lewini dalam 4 klade dari 11 haplotipe.
KESIMPULAN
Penelitian ini menunjukkan bahwa keragaman genetikSphyrna lewini di dua lokasi rendah
Adanya perbedaan struktur genetik antar populasi.
Doc. M. Ichsan (2017)
Populasi n Hn Hd π
ACEH 30 5 0.630 0.026
TANJUNG LUAR 30 6 0.320 0.006
Antar populasi terdapat perbedaan struktur genetik (Fst= 0.356, p=0.000)
TABEL AMOVA
Ucapan Terimakasih