Orf marco de lectura abierto: parte entre codon de inicio y de paro
En el momento que entra algo q obstaculice la lectura de arn en el ORF la lectura puede cambia la configuración del aproteina o se ve truncada
Hoy: truncar orf con TC5, trabajar un gen UNc22 que se encuentra en C elegans y observar lo q sucede cuando se trunca el ORF, la proteína permite realizar el proceso de contracción y relajación para q el gusano se desplace. (procesos insilico: a nivel de bioinformática)
PAG NCBI bases de datos
Nucelotid
Buscar las dos secuencias las del gen y la de TC5
Código de acceso : GenBank: X15423.1
Es un cod único, para acceder a la secuencia especifica para el genbank
Locus: posición especifica del gen
Secuencia de la Proteína twichi ya traducda
Gen. Secuancia nucletotidica
Fasta
Fasta se copia a bloc de notas para copiar el gen :
Intrones exones
Splicing: anotar posiciones d eintroes desde el ultimo al primero para cortar desde la prate final a la parte inicial
Cola poli a : 35386-47081, porq va hasta el final
1er exón :
<14070..14162
El ORF debe estar después de estos 14162
La cola poliA no se corta
Bioedit :
Editar secuecnais
Comprobar q hay 478081
Y se borra con spr
Corte de todos intrones
Secuencia sin intrones 45856 : unc cDNA
El producto de esta mnipulaciones una secuencia de DNA que es complementaria al mRNA procesado
Busca el codón de inicio del 1 exon : 14070
Buscamos el inico y final de lac odificacion : ORF
Buscando 3 exon del gen : 16114 y 16115 : región del ORF del 3 exon
Cunado se hace splicing el marco de lectura cambia porq no hay intrones
Hay problemas en la remoción de intrones porq si no, daría a todos lo mismo, en la secuencia q ya se tiene se debe encontrar la psicion 16114 o 16115 en la q hay splicing
Ingreso el TC5 en la secunecia
Traducción
Mutada: sec de paro y en la de genbak no mutada puede q no se encuentre un codón de paro
Y la de silvestre es la q ya tiene splicing la twichin genbak y la silvestre son iguales
Si hy trasposon en el ORF cambia el cod de lectura completamte y cambia la codificación proteica
En las silvestre y la de genbank no hay sec de paro mientras q en la otra si hay de paro, por eso el gusano tiene temblores en su desplazamiento