EBI is an Outstation of the European Molecular Biology Laboratory.
Demonstration of the ChEMBL database ケンブルデータベースの利用方法
Kaz Ikeda 池田 和由
24th July 2012@British Embassy
What is ChEMBLdb? / ケンブルとは?
• 医薬品及び開発化合物(drug-like cmpds)のデータベース
• 無料で検索&ダウンロード可能
• 化合物の二次元構造, プロパティ
• SAR情報
• ターゲット(タンパク質など)情報
• 過去約30年間のMedChem論文
• PubChem, DNDiなどの外部データ
• FDA承認薬
• セキュアな接続(HTTPS)
ChEMBLインターフェース(日本語)
ケンブルWikipedia
https://www.ebi.ac.uk/chembldb
ChEMBLdb
ChEMBLデータへのアクセス方法
Website ウェブサイト
Web Services プログラム
Widgets ウィジェット
Downloads ダウンロード
ChEMBLのトップページ
Searching
Tools 検索ツールと
各種タブ機能
Hyperlinks to
other ChEMBL
databases and
downloads
他の
DBへ
リンク
ChEMBL Blog ブログ・最新情報
ChEMBLの検索ページとタブ機能
Compound Search 化合物検索
Protein Sequence Search
配列検索
Browse Targets
ターゲット検索
Browse Drugs
医薬品検索
Protein Sequence Search 配列検索
Pasted FASTA file
アミノ酸配列
Browsing by protein family ターゲットブラウザ
Dynamic pie-chart
showing proportion
of targets in each
family Family tree browser for
ChEMBL protein targets
トップページからの検索の例
• Gleevec
• Adenosine A2a
• Hepatotoxicity
化合物 ターゲット アッセイ
化合物スケッチ(JME, Marvin, JDraw)
Where else to search 様々な検索フィールド
化合物のIDリスト
Marketed Drugs / 医薬品情報
Drug class
Small molecule,
peptide, antibody
etc.
Rule of Five
compliant
First-in-class?
Oral
Delivery? Parenteral
Delivery?
Topical
delivery?
Single Enantiomer? Prodrug?
Boxed
warning
?
• FDA承認薬の情報はOrange Bookから抽出
• 最新の医薬品情報(Recent Drug Approvals)は随時ブログで更新
ドラッグ
アイコン
ケンブルの検索方法
DEMONSTRATION
ChEMBL Hands-on
Case 1
•Search for Target: ターゲット検索
• 創薬標的の既知化合物・SAR情報の収集・サマライズ
Case 2
•Search for Compound: 化合物検索
• 類似化合物情報の収集
Case 3
•Search for Assay: アッセイ検索
• 疾患関連及びADMEアッセイ情報の収集
Case 4
•Search for Marked Drugs: 医薬品検索
• 医薬品の分類・検索、最新承認薬情報の収集
Searching Targets: ターゲット検索 ”Adenosine A2a”
Searching Targets: ターゲット検索 ”Adenosine A2a”
Identify Potent Compounds
IC50<10nM
Bioactivity Filter: 高活性化合物情報の抽出
Searching Compounds: 化合物検索 “Aricept”
ケミカルオントロジー
臨床試験データへのリンク
ウェキペディア
External Linking: 外部リンクへのアクセス
Select “Aricept” structure
and use as query
Do similarity search
>=70%
Searching Disease-related Assays: アッセイ検索
Searching Marked Drugs: 医薬品検索
(検索条件) 低分子
+経口
+承認年02以降
+ファースト・イン・クラス
Searching Marked Drugs: 医薬品検索
(検索条件) モノクローナル抗体薬
名前にmabを含む
その他のサービス
OTHER SERVICES
Web Services / ウェブサービス
• プログラム(JAVA, Perl, Python)からのアクセスが可能(Compound, Assay, Target Search)
• 例:CHEMBL_IDによる化合物検索
• https://www.ebi.ac.uk/chemblws/compounds/CHEMBL1
The ChEMBL-og- / 最新情報
• ChEMBLブログ
• http://chembl.blogspot.co.uk
Help and Feedback / ヘルプとフィードバック
• ケンブルFAQ
• www.ebi.ac.uk/chembldb/index.php/faq
• お問い合わせ
• ケンブルヘルプ:
• データエラーの質問:
• ケンブルアナウンスへの登録:
chembl-announce
Acknowledgment / 謝辞
Mark Davies*
Shaun McGlinchey
Yvonne Light*
Louisa Bellis*
Ruth Akhtar
Francis Atkinson**
Gerard van Westen
Patricia Bento
George Papadatos**
Jon Chambers**
Anna Gaulton**
Anne Hersey**
John Overington* **
(前職が企業研究者* ファーマ出身**)