Il regno che Ferrante ereditò non era molto saldo, insidiato com'era da nemici all'esterno e all'interno per il malcontento che ne debilitava la base.I Baroni che erano stati ostili ad Alfonso si misero in contatto con Giovanni d'Angiò e ottennero che nell'ottobre 1459 egli venisse nell'Italia meridionale per assumere il comando della resistenza che si stava organizzando contro Ferrante. L'insurrezione iniziò in Calabria, dove l'Aragonese fu costretto a spostarsi per rendersi conto della situazione (in effetti la maggior parte dei feudatari tramava contro di lui). Ferrante si trovò a dover fronteggiare una vera guerra di riconquista. La lotta durò cinque anni ma riuscì a domare la rivolta, imprigionando tutti i Baroni ribelli fino alla morte, compreso i suoi parenti traditori.

Agli Angioini rimase solo l'isola d'Ischia nella quale Giovanni d'Angiò si rifugiò, ma quando vide che dalla Francia non giungevano gli aiuti promessi se ne torno' in Provenza: tentò ancora di riconquistare la città inviando una flotta nel golfo di Napoli nella speranza che il popolo lo aiutasse contro Ferrante, invece nè gli isolani nè i napoletani si sollevarono. La flotta angioina fu sconfitta e Ferrante riuscì ad impossessarsi definitivamente anche di Ischia.

Intorno al 1466 i tre maggiori stati italiani, Napoli, Firenze e Milano si unirono in una lega, alla quale il papa Paolo II, Pietro Barbo, non volle aderire.Il matrimonio del duca di Calabria Alfonso, primogenito di Ferrante, con Ippolita Sforza avvenuto nel 1465, rinsaldo' i legami fra Napoli e Milano. Ferrante cercava di imparentare nel migliore dei modi i propri figli per coprirsi le spalle dai propri nemici, primi fra tutti i francesi.Ferrante da questa lega con Firenze e Milano non si sentiva tranquillo perché sia Firenze che Milano erano sotto l'influenza francese. Per riequilibrare le forze ritenne prudente cercare un avvicinamento con la repubblica di Venezia, che mirava a costituire una lega piu' vasta comprendendo il papato e Firenze.

Intanto i Turchi di Maometto II imperversavano in adriatico ed era giunta notizia che avevano occupato Negroponte.

Contemporaneamente Venezia come Napoli diffidavano della politica ambigua dello Sforza il cui amore per i francesi sembrava eccessivo e pericoloso. Infatti il duca di Milano nel marzo 1470 si alleò con Luigi XI invalidando così praticamente la triplice alleanza con Firenze e con Napoli. Venezia e Napoli intrapresero subito una politica unitaria ed azioni di forza nell'Egeo frenarono le velleità turche.

Quest'alleanza però era avversata da Luigi XI di Francia e cercò di dividerla in tutti i modi, una prima volta minacciando Ferrante, nel febbraio 1471, che se non a vesse lasciato perdere Venezia gli avrebbe contrapposto Renato d'Angiò, e una seconda facendo sapere al re di Sicilia tramite Lorenzo de' Medici che avrebbe abbandonato al suo destino gli angioini se egli si fosse distaccato da Venezia.Luigi XI si spinse anche a proporre di imparentarsi fra di loro, ma Ferrante duro e deciso respinse questi approcci, come era nel suo temperamento.Anche lo Sforza tentò di attirare Venezia e Firenze nella sua orbita e di staccarsi da Napoli, senza riuscirci.

Per i successivi 21 anni di vita Ferrante, instaurò alleanze e altrettante rotture con tutte le potenze Italiane in campo: il papato, Venezia, Firenze, Milano, alleandosi anche con Maometto II quando Venezia minacciò di attaccare le coste adriatiche del regno.Tutto questo senza trascurare le continue pretese da parte del re di Francia Luigi XI.