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Mauricio Parra QuijanoConsultor FAOTratado Internacional sobre los Recursos FitogenéticosPara la Alimentación y la AgriculturaCoordinador Programa CAPFITOGEN

Representa

Evalúa la representatividad ecogeográfica de las colecciones de germoplasma

Representatividad genética

A B C

accggtccc accggtcgc accggtctc

A B C

A A A

A B C

AAA

A

B

B B

B

C BA

Representatividad ecogeográfica

A BBBBBBB CCC

A B C Único

A BB CC Uniforme

A BBBB CC Proporcional

Representatividad usando un mapa ELC

y

x

Coordenadas de los datos de pasaporteMapa ELC de Cuba

Sitios donde se ha observado la especie

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Categorías ELCN

o. e

ntr

adas

100

200

300

Banco germoplasma

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Categorías ELC

No

. en

trad

as

100

200

300

Fuentes externas1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Categorías ELC

%ce

ldas

25

50

75

Distribución totalcategorías mapa

Pruebas Χ2

alta

media altamedia bajabaja

Cuartiles

Validación mediante caracterizaciones

-Evidentes

-No evidentes

DIV mapas

Obtención de mapas de diversidad de tipo fenotípico, genotípico y/o ecogeográfico

Midiendo la diversidad de las colecciones

Caracterización

Morfológica

Bioquímica/Molecular

Agronómica/Fisiológica/Fitosantiaria

Ecogeográfica

12467

11883

12470

12471

12472

12473

12483

12484 11461

12478

12479

11481

11868

2302

11869

11401

11405

11406

11407

11408

11835

11832

11833

11484

11827

11828

11542

11539

11540

12468

11891

12465

11493

11494

11508

11506

11507

11496

11492

11490

11491 11489

11501

11563

11504

11502

11503

11543

11546

11547

12474

11838

11534

11532

11533

11529

11527

11528

11535

11564

11764

11524

11523

11522

11521

11520

11519

11517

11518

11854

11841

11842

12477

12475

12476

12469

11473

11472

11471

11469

11470

11477

11474

11475

11467

11468

11516

11514

11515

12461

11848

12480

11549

12466

12462

12463

11879

11875

11872

11874

12455

12456

11480

12448

11460

11458

11459

12453

12454

12458

12459

12452

11455

11453

11452

11451

11448

11450 1

1454

11456

11457

12464

11466

11465

11462

11464

12457

11857

11853

11852

11850

11851

12449

12450

12451

12440

11412

11410

11411

11413

11414

12436

12437

11416

12441

12438

12439

11417

11419

11431

11430

11428

11427

11426

11425

11424

11423

11421

11422

12435

11432

11433

11551

11438

11439

11550

11437

11436

11434

11435

12442

12443

11556

11560

11557

11558

12447

12444

12445

11447

11445

11446

11440

11441

11444

11442

11443

11488

11482

12283

12284

11485

11487

05

10

15

Cluster analysis

hclust (*, "average")

He

igh

t

Como hemos visualizado la diversidad genética

-0.2 0.0 0.2 0.4

-0.3

-0.2

-0.1

0.0

0.1

0.2

0.3

PCO for genotypic characterization

PCO 1

PC

O 2

d = 2

1

2

3 4 5 6

7 8 9 10 11 12

13 14

25 26

33 34 35 36 37 38 39 40

41 42 43 44 45 46 47

48 49 50 51 52

54 55 56 57

58 59 60 61 62 63 64

65 66 67

69

74

75

76 77 78

79 80

81 82 83 84 85

86 87 88

89 90 91

92 93 94 95 96 97 98 99

100 101 102 103 104 105 106

107 108

109

113 120

121

122

123 124

125 126 127

128 129 130

131

132 133 134 135

136

137

138

139

140 141 142 143

144

145

148 149 150

151 152

153 154

157 158

159

160 161 162 163

164

165 166

167 168

169

170 171

172

173 174

175

176

177

178

179 180

181 182 183 184

185

186 187 188 189 190

192 193

X

alt

slope

bio_15

bio_12

bio_18

bio_17

bio_1

bio_9

t_sand

t_caco3

t_cec_clay

t_silt

t_ph_h2o

t_ece

Eigenvalues

Como hemos visualizado la diversidad genética

DIV mapas

Una forma diferente de visualizar la diversidad Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación

DIV mapas

Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)

DIV mapas

Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección

DIV mapas

Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)

DIV mapas

Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide

Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia

DIV mapas

OTU 89 233 152

89 0

233 10 0

152 15 14 0

OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5

89 233 0.56 13 600 0

233 198 1.43 13 700 0

152 201 0.88 10 600 1

Algoritmo de distancia

Promedio distancia = (10+15+14)/3

= 13

Análisis multivariante/multivariado local

DIV mapas

Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección

DIV mapas

Igualmente para las celdas vecindario

DIV mapas

0 0 0 0 1 3 2

1 1 0 1 1 2 1

1 1 0 1 1 0 0

0 0 0 0 0 0 0

Resultado 1:Número de entradas analizadas por celda

DIV mapas

0 13 8

0 0 0 0 2 0

0 0 0 0

Resultado 2:Distancias promedio asignadas a cada celda

DIV mapas

Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping»

1

2......n

Mediana = 2

DIV mapas aplicado

Colección ecuatoriana deArachis hipogaea L.

DIV mapas aplicado

Número de sitios de Recolección por celda

DIV mapas aplicado

Promedio de la distanciaeuclídea