Embed Size (px)
DESCRIPTION
Tercera presentación para Talleres a nivel nacional, Programa CAPFITOGEN
Citation preview
Herramientas
CAPFITOGENRepresenta, DIVmapas
Mauricio Parra Quijano
Coordinador Programa
CAPFITOGEN
Herramientas CAPFITOGEN
• GEOQUAL
• ELCmapas
• ECOGEO
• Representa
• DIVmapas
• Colnucleo
• FIGS_R
Representatividad genética
A B C
accggtccc accggtcgc accggtctc
A B C
A A A
A B C
AAA
A
B
B B
B
C BA
Representatividad ecogeográfica
A BBBBBBB CCC
A B C Único
A BB CC Uniforme
A BBBB CC Proporcional
RE mediante mapas ELC
y
x
Coordenadas de los datos de pasaporteMapa ELC de Cuba
Sitios donde se ha observado la especie
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELCN
o. e
ntr
adas
100
200
300
Banco germoplasma
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELC
No
. en
trad
as
100
200
300
Fuentes externas1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELC
%ce
ldas
25
50
75
Distribución totalcategorías mapa
Pruebas Χ2
alta
media altamedia bajabaja
Cuartiles
Herramientas CAPFITOGEN
• GEOQUAL
• ELCmapas
• ECOGEO
• Representa
• DIVmapas
• Colnucleo
• FIGS_R
Midiendo la diversidad de las colecciones
Caracterización
Morfológica
Bioquímica/Molecular
Agronómica/Fisiológica/Fitosantiaria
Ecogeográfica
Como hemos visualizado la diversidad genética
12467
11883
12470
12471
12472
12473
12483
12484 11461
12478
12479
11481
11868
2302
11869
11401
11405
11406
11407
11408
11835
11832
11833
11484
11827
11828
11542
11539
11540
12468
11891
12465
11493
11494
11508
11506
11507
11496
11492
11490
11491 11489
11501
11563
11504
11502
11503
11543
11546
11547
12474
11838
11534
11532
11533
11529
11527
11528
11535
11564
11764
11524
11523
11522
11521
11520
11519
11517
11518
11854
11841
11842
12477
12475
12476
12469
11473
11472
11471
11469
11470
11477
11474
11475
11467
11468
11516
11514
11515
12461
11848
12480
11549
12466
12462
12463
11879
11875
11872
11874
12455
12456
11480
12448
11460
11458
11459
12453
12454
12458
12459
12452
11455
11453
11452
11451
11448
11450 1
1454
11456
11457
12464
11466
11465
11462
11464
12457
11857
11853
11852
11850
11851
12449
12450
12451
12440
11412
11410
11411
11413
11414
12436
12437
11416
12441
12438
12439
11417
11419
11431
11430
11428
11427
11426
11425
11424
11423
11421
11422
12435
11432
11433
11551
11438
11439
11550
11437
11436
11434
11435
12442
12443
11556
11560
11557
11558
12447
12444
12445
11447
11445
11446
11440
11441
11444
11442
11443
11488
11482
12283
12284
11485
11487
05
10
15
Cluster analysis
hclust (*, "average")
He
igh
t
-0.2 0.0 0.2 0.4-0
.3-0
.2-0
.10
.00
.10
.20
.3
PCO for genotypic characterization
PCO 1
PC
O 2
d = 2
1
2
3 4 5 6
7 8 9 10 11 12
13 14
25 26
33 34 35 36 37 38 39 40
41 42 43 44 45 46 47
48 49 50 51 52
54 55 56 57
58 59 60 61 62 63 64
65 66 67
69
74
75
76 77 78
79 80
81 82 83 84 85
86 87 88
89 90 91
92 93 94 95 96 97 98 99
100 101 102 103 104 105 106
107 108
109
113 120
121
122
123 124
125 126 127
128 129 130
131
132 133 134 135
136
137
138
139
140 141 142 143
144
145
148 149 150
151 152
153 154
157 158
159
160 161 162 163
164
165 166
167 168
169
170 171
172
173 174
175
176
177
178
179 180
181 182 183 184
185
186 187 188 189 190
192 193
X
alt
slope
bio_15
bio_12
bio_18
bio_17
bio_1
bio_9
t_sand
t_caco3
t_cec_clay
t_silt
t_ph_h2o
t_ece
Eigenvalues
Como hemos visualizado la diversidad genética
DIV mapas
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide
Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia
Una forma diferente de visualizar la diversidad
OTU 89 233 152
89 0
233 10 0
152 15 14 0
OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5
89 233 0.56 13 600 0
233 198 1.43 13 700 0
152 201 0.88 10 600 1
Algoritmo de distancia
Promedio distancia = (10+15+14)/3
= 13
Análisis multivariante/multivariado local
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Igualmente para las celdas vecindario
Una forma diferente de visualizar la diversidad
0 0 0 0 1 3 2
1 1 0 1 1 2 1
1 1 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
Resultado 1:Número de entradas analizadas por celda
Una forma diferente de visualizar la diversidad
0 13 8
0 0 0 0 2 0
0 0 0 0
Resultado 2:Distancias promedio asignadas a cada celda
Una forma diferente de visualizar la diversidad
Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping»
1
2......n
Mediana = 2
DIV mapas aplicado
Colección ecuatoriana deArachis hipogaea L.
DIV mapas aplicado
Número de sitios de Recolección por celda
DIV mapas aplicado
Promedio de la distanciaeuclídea
Herramientas CAPFITOGEN
en preparación• GEOQUAL
• ELCmapas
• ECOGEO
• Representa
• DIVmapas
• Colnucleo
• FIGS_R
Colnúcleo y FIGS-R
Colecciónes nucleares (núcleo) ecogeográficas
Mapas ELC Representatividad Alocación Disponibilidad de semillas
Estrategia de identificación focalizada de germoplasma
En base a información ecogeográfica Utilizará algunos parámetros del mejoramiento convencional Sistemas de filtrado y opcionalmente por modelación En cooperación con proyecto PGR secure (VII programa marco – UE)
