BET - brain extraction tool

12

34

5

6

1: input kép (anatómiai MRI, vagy DWI képek, data.nii.gz)

2: kimenet neve (DWI esetén nodiff_brain)

3: A kapott agy nagyságát befolyásoló relativ mérőszám. Alapérték 0.5. Amennyiben nem teljes a szegmentáció, érdemes lecsökkenteni (pl. B0 képekből történő brain extractionnál, 0.3-0.4)

4: algoritmusok. speciális feladatoknak megfelelően optimalizáltra lehet váltani, pl. T2 kép felhasználása

5: a bináris maszk kép kiexportálása (alapból kikapcsolva).DWI feldolgozás esetén szükséges, nodiff_brain_mask.nii.gz kimenetellel.

6: a várható középpont koordinátái. Alapbeállitás az esetek nagy részében müködik. Ha nem, FSLVIEW-ben leolvasott koordinátáknak megfelelően állitani.

agy.nii.gz

agy_brain.nii.gz agy_brain_mask.nii.gz

Cél: az MRI képekről az agy és azon kivül eső szövetek elkülönitése (dura, eye, izmok, scalp). Ezen túl agy-maszk készitése, pl. traktográfiához.