PRİMER DİZAYNI ANLATIMI

DPYD geni dihiropyrimidinin enzim yapısını sağlamaktadır.

Ayrıca bu ayni enzimin yapısının gerekli olduğunda degredasiyonda katılır. Urasil ve Timin bir molekül yapisinda uzaklaştırmak gerektiği zaman bu gen onlarin yapisini bozar.

Dihidropirimidin dehidrogenaz pirimidinlerin yakmasinda ilk basamak alir. Dihidropirimidin dehidrogenaz urasil molekulun yapisini bozarak 5,6dihidrourasiler çevirir,timin nükleotidi ise 5,6 dihidrotimine çevirir.

DPYD geni farkli isimlerde de bulunur; DHP, DHPDHASE, NADP+, Dyhidrourasil dehidrogenaz, DPD gibi.

Bu gen birinci kromozomda 1p21.3 p kolunda bulunur.

ÇALIŞMANIN AŞAMALARI

1) Blast

Primer dizaynı için seçilen organizma;Atelopus zeteki, ilgilenilen gen ise Dpyd’dir. NCBI veritabanında yapılan taramalar sonucunda bu organizma ve ilgili gen ile alakalı herhangi bir çalışmaya rastlanamamıştır.

Seçilen organizmaya en yakın olan ve ilgilenilen genin daha önceden çalışıldığı organizma, Mus Musculus olarak belirlenmiştir.

NCBI veritabanında yapılan taramalar sonucunda ilgilenilen genin bu organizmada daha önceden çalışıldığı bulunmuştur.

Böylelikle yakın akrabası olduğu bilinen Mus Musculus ‘ de Dpyd bulunup fasta formatında kaydedilmiş ve ‘’Run BLAST’’ işlemi yapılarak benzer diziyi taşıyan organizmalar bulunmuştur.

BLAST işlemi sonucunda söz konusu gene ait Mus Musculus canlısıyla benzerlik gösteren türlerin listesi elde edilmiştir.

Blastlama sonucunda Dpyd geni ile ilişkili %100 ile %86 benzerlik gösteren 6 yakın akraba tür belirlenmiştir.

Bu akraba türler şunlardır:

1) Rattus norvegicus

2) Pongo abelii

3) Homo Sapiens

4) Sus scrofa

5) Bos taurus

6) Mus Musculus

Belirlenen akraba türlerin GenBank kayıtları ve gen dizileri fasta formatında kayıt edilmiştir.

2.Alignment

Clustal Omega programı ile fasta formatları kaydedilen dizilerin alignment’ı yapılmıştır. Korunmuş bölgelere göre Forward ve Reverse primerler belirlenmiştir.

Sonuç bir metin belgesi dosyası olarak kayıt edildi ve forward reverse primerler seçildi.

Forward Primer Dizisi: GCYTCCTTBTTGGCTCGATTR

Primer Oligo Calc ve OligoAnalyzer 3.1 programlarıyla online olarak dimer, hairpin ve mismatch yapıları ve tm değeri kontrol edildi.

Revers Primer Dizisi: CCAWKAGKTCAGGWATACGTGGAAC

F ve R primerler arasındaki Tm sıcaklık farkı maksimum 3 derece olması gerektiği için istenilen aralıkta primer Tm sıcaklığı yakalanmıştır ve sonuç olarak primerin çalışmasını engelleyecek bir durum olmadığı belirlenmiştir.