中尾光輝かずさディー・エヌ・エー研究所

mn@kazusa.or.jp

DAS workshop 2008 参加報告

12008年4月10日木曜日

DAS workshop 2008• 2008-02-25,26

• Genome Campus, Hinxton, UK

•一日目：公募によるセミナー

• http://www.dasregistry.org/course.jsp

•二日目：ハンズオンセミナー

• http://www.biodas.org/wiki/DASworkshop200802

22008年4月10日木曜日

DAS

•Distributed Annotation System

32008年4月10日木曜日

ENST00000375949

42008年4月10日木曜日

ENSP00000365116

52008年4月10日木曜日

Coordinate system

•座標系

•NCBI_35

• uniprot

• IDの名前空間

62008年4月10日木曜日

72008年4月10日木曜日

DAS は REST•ウェブサービス

•HTTPでデータ転送

•リクエストはURL

• URL :{PREFIX}/das/{DSN}/{command}

• レスポンスは XML で返る

82008年4月10日木曜日

コマンドerror-segment dna

unknown-segment featureunknown-feature stylesheetfeature-by-id typesgroup-by entry_pointscomponent dsn

supercomponent sequence

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{PREFIX}/das/{DSN}/features?segment=Chr:1234,2345

102008年4月10日木曜日

{PREFIX}/das/{DSN}/types

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{PREFIX}/das/{DSN}/entry_points

122008年4月10日木曜日

サーバ実装

•gbrowse

• ProServer

• Dazzle

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クライアント実装•BioPerl、BioJava、BioRuby、...

• ゲノム

• Ensembl, gbrowse, ...

• タンパク質

• Ensembl, SPICE, Dasty2, ...

142008年4月10日木曜日

公募による発表•http://www.dasregistry.org/course.jsp

• DASの概要

•サーバ、データ公開サイト、クライアント

•開発寄りの利用事例

•エンドユーザの利用事例

152008年4月10日木曜日

DASの概要•サンガーの中ではDASで粗結合化

• サーバ、クライアント実装の増加

• EUでは普及、北米ではいまいち

• 検索機能、サーバ間の連携機能が弱い

• 文献のDASがほしい

• DASの階層化、コンセンサスサーバ

162008年4月10日木曜日

DAS 1.53E• structure

• sources

• alignment

• interacton

• volmap

172008年4月10日木曜日

UniProt DASサーバ•http://www.ebi.ac.uk/das-srv/uniprot/das/uniprot/

• uniprot, uniparc, ipi の AC/ID

•位置情報のないアノテーションの取扱い

•文献情報

182008年4月10日木曜日

Pfam DASサーバ•http://das.sanger.ac.uk/das/pfam/features?segment=P08487

192008年4月10日木曜日

Dasty2 クライアン

202008年4月10日木曜日

CNIO•MaDas

•アノテーションの追加編集のできるDASサービス

• CARGO

•ウィジットを作成するツール。DASクライアントが数クリックで

212008年4月10日木曜日

エンドユーザ事例•自分のアノテーションを外部DASビューア（Ensemblなど）で見たい。

• Dastard

• Firewall や IPアドレスの問題

• DAS サーバのホスティングサービスがあるとよい

222008年4月10日木曜日

Ensembl

• DAS サーバ

• DASクライアント

•唯一のDAS1.53完全準拠

• 164DASソースを利用可能

232008年4月10日木曜日

dasregistry.org• BioSapiensの成果物

• DASサーバのレジストリ

•座標系から利用可能サーバを自動発見

• SOAP

• OpenID

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252008年4月10日木曜日

262008年4月10日木曜日

SPICE

•Protein DASクライアント

•ゲノム配列　Ensembl

• アミノ酸配列　UniProt

• 立体構造　PDB

272008年4月10日木曜日

DAS writeback•DAS 1.53は読み出し専用

•自分のアノテーションを追加したい

•書き込み機能を追加

• XML を POST する

• http://code.google.com/p/daswriteback/

282008年4月10日木曜日

Interaction DAS•DAS 1.53E

• DASMI

• /interaction?interactor={ID}

• DASMIweb クライアント

• iPfam graph クライアント

292008年4月10日木曜日

PepperR•Single particl EM画像のDASソース

302008年4月10日木曜日

Protein Feature Ontology

• 60グループが19サイトで分散アノテーションすると、アノテーション記述の不整合がおこる。

•オントロジーで解決• http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/

browse.do?ontName=BS

312008年4月10日木曜日

ProServer

• PerlによるDAS 1.53Eの実装

•インストールが簡単

• XSLによるビューの提供

• httpサーバ内蔵

322008年4月10日木曜日

BioMart

• DASソースになれる

•問い合わせ形式

• http://{DOMAIN}/biomart/das/{DATASET}/features?segment={FILTER}

332008年4月10日木曜日

オープンディスカッション• 座標系API

• データセットの作り方

• 密度データの問い合わせ

• メーリングリスト

• DAS2は？

• サービスの集約

• 任意のレファレンス配列の利用

• XSLとアノテーションの融合

• attributesやtypesの取得

342008年4月10日木曜日

ハンズオンセミナー•http://www.biodas.org/wiki/DASworkshop200802

• DAS の解説

•クライアントの紹介

•サーバのセットアップ実習

352008年4月10日木曜日

SPICE

362008年4月10日木曜日

372008年4月10日木曜日

1. ProtView を開く。例：http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?peptide=ENSP00000365116

2. Protein DAS Report の DAS Sources で PDB_Spice を追加するために、チャックして、Update ボタンをクリックします。

3. すると、Protein Fatures の画像が更新されて、PDB_Spice トラックが追加されます。

4. ENSP -PDBma.. のトラックをクリックすると、フローティングメニューがあらわれ、

5. run SPICE をクリックすると、

6. SPICE の起動（launch SPICE）画面へ移動します。

7. runspice.jnlp が起動しますが、ブラウザによっては runspice.jnlp ファイルが単にダウンロードされる場合もあります。その場合は、jnlp ファイルをダブルクリックして起動します。

8. SPICE が起動して、

9. DAS ソースからアノテーションを取得します。

382008年4月10日木曜日

Ensembl1. http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?

peptide=ENSP00000365116 の、

2. Protein DAS Report の DAS Sources で登録されているソースの追加ができる。

3. Manage Sources をクリックすると、DasconfView が開き、あたらしく DAS ソースが追加できる。

4. DAS ソースを追加したときは、http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?peptide=ENSP00000365116 の Protein Features の画像が更新される。

392008年4月10日木曜日

ProServer

• DAS 1.53E の実装

• XSL によるブラウザでの内容確認

•モジュール化されていて拡張可能性

• httpサーバ機能

402008年4月10日木曜日

依存モジュール•Perl (>5.6.1)

• DBI

• Getopt::Long

• POSIX

• Sys::Hostname

• CGI

• POE

• HTTP::Request

• HTTP::Response

• Config::InFiles

• Compress::Zlib

412008年4月10日木曜日

インストール•svn co https://proserver.svn.sf.net/svnroot/proserver/trunk

• cd trunk• perl Makefile.PL• make• make test• make install

422008年4月10日木曜日

起動

• perl -Ilib eg/proserver -x -c eg/proerver.ini

432008年4月10日木曜日

アダプタの作成

442008年4月10日木曜日

P51056.gff

452008年4月10日木曜日

462008年4月10日木曜日

DASクライアントプログラミング

•Perlで配列の取得

472008年4月10日木曜日

レスポンス

482008年4月10日木曜日

BioSapiens•大規模ゲノムアノテーション

•Network of Excellence

• EU 6th Framework Programme

• 14カ国、25研究所

• http://www.biosapiens.info/

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502008年4月10日木曜日

14カ国、25研究所

512008年4月10日木曜日

大規模ゲノムアノテーション

•予測ツールからの入力

•実験学者からの入力

•分散、共有

•重複を調整

522008年4月10日木曜日

Work Packages

532008年4月10日木曜日

ハイパーリンク

542008年4月10日木曜日

DAS Servers

552008年4月10日木曜日

562008年4月10日木曜日

572008年4月10日木曜日

Annotated

582008年4月10日木曜日

Annotated species

592008年4月10日木曜日

602008年4月10日木曜日

以上です。

•参加レポート

• http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20080229/DasWorkshop2008

612008年4月10日木曜日