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计算机科学与生命科学( 11 ) 生物信息学基础 2013 年秋季学期通选课程 上课时间:周一 18:30 点 上课地点:软件园 4 区 502d 主讲人:魏天迪 讲义网址: http://www.mbtech.sdu.edu.cn/biocomp/. 多序列比对. 常用的多序列比对工具包:. ClustalW – 最广泛使用的 T-coffee – 最新的 MUSCLE – 最快的. 多序列比对. 常用的多序列比对工具包:. - PowerPoint PPT Presentation
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计算机科学与生命科学( 11)生物信息学基础
2013 年秋季学期通选课程上课时间:周一 18:30 点 上课地点:软件园 4 区 502d主讲人:魏天迪讲义网址: http://www.mbtech.sdu.edu.cn/biocomp/
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Clustal 是最早的多序列比对软件, ClustalW 是 Clustal 的最新版本。至今它已经有 35,000 多次文献引用,是在生物学领域中被引用最多的多序列比对软件。
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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A List of ClustalW Servers
Name Location URL
EBI Europe http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
PIR USA http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/multialn.shtml
EMBnet Europe http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
BCM USA http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/Options/clustalw.html
GenomeNet Japan http://www.genome.jp/tools/clustalw
DDBJ Japan http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
Strasbourg Europe http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation /ClustalW
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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红 : 疏水
蓝 :酸性(负电)
紫红 :碱性(正电)
绿 :羟基 + 胺基 + 疏水
EMBL ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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(*) 绝对保守的位点 (:) 拥有大致相同大小的氨基酸并且这些氨基酸的亲属水性相似。 (.) 拥有大致相同大小的氨基酸或亲属水性相似的氨基酸。
EMBL ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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T-coffee 是近几年发表的多序列比对软件,很准确,速度相对慢一些。http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/play?name=regular
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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T-Coffee Mirror Sites
Name URL
SIB http://tcoffee.vital-it.ch
EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee
CNRS http://www.igs.cnrs-mrs.fr/Tcoffee/tcoffee_cgi/ index.cgi
Max-Planck http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee
CBSU http://cbsuapps.tc.cornell.edu/t_coffee.aspx
EMBnet http://www.es.embnet.org/Services/MolBio/t-coffee
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
T-coffee 是近几年发表的多序列比对软件,很准确,速度相对慢一些。http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/play?name=regular
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T-Coffee http://tcoffee.crg.cat
score_html file
clustalw_aln file
fasta_aln file
phylip file
多序列比对
常用的多序列比对工具包:
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序列 Logo
对于某一列来说:每个字母的高度 Height = fi * R (i=1,…,20) (f 是出现频率 )R = log2(20) – (entropy + en) entropy = -∑fi * log2(fi)en = (20 - 1) / 2*ln(2)*nentropy: 熵en: 小样本检验修正
TRVGNYEMGRTLGEGSFAKVKYAKNTVTGDQAAIK TRVGNYEMGRTLGEGSFAKVKYAKNTVTGDQAAIK TRVGNYEMGRTLGEGSFAKVKYAKNTVTGDQAAIK KQTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGESVAIK KQTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGESVAIK VVGGKFKLGRKLGSGSFGEIFLGVNVQTGEEVAVK VIGGKFKLGRKIGSGSFGELYLGINVQTGEEVAVK VSKKYVPPLRPIGRGASGIVCAAWNSETGEEVAIK MGADDFELLTMIGKGAFGEVRVVREINTGHVFAMK
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