Criniti Brunino 137972 Misale Claudia 137973. OBIETTIVO APPLICAZIONE: Integrazione di risorse...

Criniti Brunino 137972

Misale Claudia 137973

EnsemBlast

OBIETTIVO APPLICAZIONE: Integrazione di risorse ampiamente utilizzate nel

campo della ricerca biomedica: allineamento di sequenze, proteiche o nucleotidiche, e la consultazione di database genomici, in genere accessibili tramite internet.

Risorse:

Softwares allineamento Blast.

database genomico Ensembl.

ATTIVITA’ SVOLTE

Web service che estende sevizi offerti dal web service di Embl-Ebi.

Client che permette di integrare in un’unica applicazione i dati delle ricerche da effettuare.

ATTIVITA’ SVOLTE

FUNZIONALITÀ AGGIUNTE

TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST

Tecnologie e Metodologie

Linguaggio di programmazione: Java. Web Server: Apache Tomcat.

Librerie per lo sviluppo del Web Service: Apache Axis. implementazione SOAP 1.1/1.2; supporto JWS (Java Web Services) per il deploy dei WS; supporto serializzazione/de-serializzazione; implementazione WSDL; utility WSDL2Java e Java2WSDL;

JFreeChart.

Lobo.

Jdom.

TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST

Ambienti e Strumenti

Ambiente di sviluppo NetBeans IDE, realizzato dalla Sun Microsystems.

Per la realizzazione dei tasti è stato utilizzato il

software Button Shop 4.

Per la fase di progettazione è stato utilizzato enterprice architect

SCHEMA GENERALE APPLICAZIONE

WEB SERVICE: BLAST

•Wrapper che permette al client di comunicare con i database forniti da Embl-Ebi.

WEB SERVICE: BLAST

CLIENT

CLIENT: MODEL

Package rappresentante lo stato dell’applicazione.

CLIENT: VIEW Package della gestione dell’interfaccia grafica.

In particolare:

Drag and drop moduli.

Esecuzione alberi di lavoro.

CLIENT: MODULI

Moduli: rappresentano le azioni permesse all’utente.

I seguenti moduli possono essere inseriti tramite drag and drop nel pannello di visualizzazione.

Vengono collegati tra di loro per creare un piano di lavoro.

CLIENT: ALBERO DI ESECUZIONE

Il programma una volta avviata l’esecuzione degli alberi, effettua le seguenti operazioni:

• Controlla che l’utente abbia effettuato le impostazioni dei moduli.

•Avvia la richiesta al web service.

•Permette anche la visualizzazione dei risultati tramite i moduli di Output.

TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT

Output: BlastN/BlastP

Tabellare:

Grafico:

TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT

Output: Ensembl

GRAZIE PER L’ATTENZIONE