DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában

BioGén tábor 2006

DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában

Kósa János

Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika

BioGén tábor 2006

Nukleinsav adatbázisok

Nucleotide Sequence Databases RNA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases Genomics Databases (non-vertebrate) Metabolic and Signaling Pathways Human and other Vertebrate Genomes Human Genes and Diseases Microarray Data and other Gene Expression Databases Proteomics Resources Other Molecular Biology Databases Organelle databases Plant databases Immunological databases …

BioGén tábor 2006

Néhány ismertebb genom adatbázis

NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov

EBI www.ebi.ac.uk

DDBJ www.ddbj.nig.ac.jp

Ensembl www.ensembl.org

GeneCards www.genecards.org

KEGG http://www.genome.jp/kegg/

HPRD http://www.hprd.org/

TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess Transcription Element Search System

BioGén tábor 2006

Példa I: Adott gén szekvenciájának letöltése, értelmezése

Feladat: a humán Bmp8a gén megtalálása, letöltése, e/i határok, leolvasási keret, fehérje szekvencia azonosítása, mRNS letoltese

GenBank: http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/ Search: Gene/Bmp8a, > human NCBI ref seq: NM_181809 (mRNA) Elmentjük a kódoló részt, PCR primer

tervezéshez

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

Példa II: PCR primer tervezés

Feladat: a humán Bmp8a gén konvencionális PCR-ben való monitorozásához PCR primereket terveznénk

Primer3 http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3.cgi

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

Példa III: Ismeretlen szekvencia azonosítása

Feladat: egy beteg kutya lépéből univerzális 18S riboszómális RNS primereket használva egy ismeretlen kórokozó DNS szekvenciáját azonosítottuk (szekvenátorral) a kérdés az, hogy melyik fajról (fajokról) van szó

http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/Basic Local Alignment Search Tool

Szekvencia:AGACCAGACCAAATGGTCAAACCGCTAACGCAAAAATACAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAAGTTTAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATTGCTACTCTGGTGAGGGT

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006

BioGén tábor 2006