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中尾光輝かずさディー・エヌ・エー研究所
mn@kazusa.or.jp
DAS workshop 2008 参加報告
12008年4月10日木曜日
DAS workshop 2008• 2008-02-25,26
• Genome Campus, Hinxton, UK
•一日目：公募によるセミナー
• http://www.dasregistry.org/course.jsp
•二日目：ハンズオンセミナー
• http://www.biodas.org/wiki/DASworkshop200802
22008年4月10日木曜日
DAS
•Distributed Annotation System
32008年4月10日木曜日
ENST00000375949
42008年4月10日木曜日
ENSP00000365116
52008年4月10日木曜日
Coordinate system
•座標系
•NCBI_35
• uniprot
• IDの名前空間
62008年4月10日木曜日
72008年4月10日木曜日
DAS は REST•ウェブサービス
•HTTPでデータ転送
•リクエストはURL
• URL :{PREFIX}/das/{DSN}/{command}
• レスポンスは XML で返る
82008年4月10日木曜日
コマンドerror-segment dna
unknown-segment featureunknown-feature stylesheetfeature-by-id typesgroup-by entry_pointscomponent dsn
supercomponent sequence
92008年4月10日木曜日
{PREFIX}/das/{DSN}/features?segment=Chr:1234,2345
102008年4月10日木曜日
{PREFIX}/das/{DSN}/types
112008年4月10日木曜日
{PREFIX}/das/{DSN}/entry_points
122008年4月10日木曜日
サーバ実装
•gbrowse
• ProServer
• Dazzle
132008年4月10日木曜日
クライアント実装•BioPerl、BioJava、BioRuby、...
• ゲノム
• Ensembl, gbrowse, ...
• タンパク質
• Ensembl, SPICE, Dasty2, ...
142008年4月10日木曜日
公募による発表•http://www.dasregistry.org/course.jsp
• DASの概要
•サーバ、データ公開サイト、クライアント
•開発寄りの利用事例
•エンドユーザの利用事例
152008年4月10日木曜日
DASの概要•サンガーの中ではDASで粗結合化
• サーバ、クライアント実装の増加
• EUでは普及、北米ではいまいち
• 検索機能、サーバ間の連携機能が弱い
• 文献のDASがほしい
• DASの階層化、コンセンサスサーバ
162008年4月10日木曜日
DAS 1.53E• structure
• sources
• alignment
• interacton
• volmap
172008年4月10日木曜日
UniProt DASサーバ•http://www.ebi.ac.uk/das-srv/uniprot/das/uniprot/
• uniprot, uniparc, ipi の AC/ID
•位置情報のないアノテーションの取扱い
•文献情報
182008年4月10日木曜日
Pfam DASサーバ•http://das.sanger.ac.uk/das/pfam/features?segment=P08487
192008年4月10日木曜日
Dasty2 クライアン
202008年4月10日木曜日
CNIO•MaDas
•アノテーションの追加編集のできるDASサービス
• CARGO
•ウィジットを作成するツール。DASクライアントが数クリックで
212008年4月10日木曜日
エンドユーザ事例•自分のアノテーションを外部DASビューア（Ensemblなど）で見たい。
• Dastard
• Firewall や IPアドレスの問題
• DAS サーバのホスティングサービスがあるとよい
222008年4月10日木曜日
Ensembl
• DAS サーバ
• DASクライアント
•唯一のDAS1.53完全準拠
• 164DASソースを利用可能
232008年4月10日木曜日
dasregistry.org• BioSapiensの成果物
• DASサーバのレジストリ
•座標系から利用可能サーバを自動発見
• SOAP
• OpenID
242008年4月10日木曜日
252008年4月10日木曜日
262008年4月10日木曜日
SPICE
•Protein DASクライアント
•ゲノム配列 Ensembl
• アミノ酸配列 UniProt
• 立体構造 PDB
272008年4月10日木曜日
DAS writeback•DAS 1.53は読み出し専用
•自分のアノテーションを追加したい
•書き込み機能を追加
• XML を POST する
• http://code.google.com/p/daswriteback/
282008年4月10日木曜日
Interaction DAS•DAS 1.53E
• DASMI
• /interaction?interactor={ID}
• DASMIweb クライアント
• iPfam graph クライアント
292008年4月10日木曜日
PepperR•Single particl EM画像のDASソース
302008年4月10日木曜日
Protein Feature Ontology
• 60グループが19サイトで分散アノテーションすると、アノテーション記述の不整合がおこる。
•オントロジーで解決• http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/
browse.do?ontName=BS
312008年4月10日木曜日
ProServer
• PerlによるDAS 1.53Eの実装
•インストールが簡単
• XSLによるビューの提供
• httpサーバ内蔵
322008年4月10日木曜日
BioMart
• DASソースになれる
•問い合わせ形式
• http://{DOMAIN}/biomart/das/{DATASET}/features?segment={FILTER}
332008年4月10日木曜日
オープンディスカッション• 座標系API
• データセットの作り方
• 密度データの問い合わせ
• メーリングリスト
• DAS2は？
• サービスの集約
• 任意のレファレンス配列の利用
• XSLとアノテーションの融合
• attributesやtypesの取得
342008年4月10日木曜日
ハンズオンセミナー•http://www.biodas.org/wiki/DASworkshop200802
• DAS の解説
•クライアントの紹介
•サーバのセットアップ実習
352008年4月10日木曜日
SPICE
362008年4月10日木曜日
372008年4月10日木曜日
1. ProtView を開く。例：http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?peptide=ENSP00000365116
2. Protein DAS Report の DAS Sources で PDB_Spice を追加するために、チャックして、Update ボタンをクリックします。
3. すると、Protein Fatures の画像が更新されて、PDB_Spice トラックが追加されます。
4. ENSP -PDBma.. のトラックをクリックすると、フローティングメニューがあらわれ、
5. run SPICE をクリックすると、
6. SPICE の起動（launch SPICE）画面へ移動します。
7. runspice.jnlp が起動しますが、ブラウザによっては runspice.jnlp ファイルが単にダウンロードされる場合もあります。その場合は、jnlp ファイルをダブルクリックして起動します。
8. SPICE が起動して、
9. DAS ソースからアノテーションを取得します。
382008年4月10日木曜日
Ensembl1. http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?
peptide=ENSP00000365116 の、
2. Protein DAS Report の DAS Sources で登録されているソースの追加ができる。
3. Manage Sources をクリックすると、DasconfView が開き、あたらしく DAS ソースが追加できる。
4. DAS ソースを追加したときは、http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?peptide=ENSP00000365116 の Protein Features の画像が更新される。
392008年4月10日木曜日
ProServer
• DAS 1.53E の実装
• XSL によるブラウザでの内容確認
•モジュール化されていて拡張可能性
• httpサーバ機能
402008年4月10日木曜日
依存モジュール•Perl (>5.6.1)
• DBI
• Getopt::Long
• POSIX
• Sys::Hostname
• CGI
• POE
• HTTP::Request
• HTTP::Response
• Config::InFiles
• Compress::Zlib
412008年4月10日木曜日
インストール•svn co https://proserver.svn.sf.net/svnroot/proserver/trunk
• cd trunk• perl Makefile.PL• make• make test• make install
422008年4月10日木曜日
起動
• perl -Ilib eg/proserver -x -c eg/proerver.ini
432008年4月10日木曜日
アダプタの作成
442008年4月10日木曜日
P51056.gff
452008年4月10日木曜日
462008年4月10日木曜日
DASクライアントプログラミング
•Perlで配列の取得
472008年4月10日木曜日
レスポンス
482008年4月10日木曜日
BioSapiens•大規模ゲノムアノテーション
•Network of Excellence
• EU 6th Framework Programme
• 14カ国、25研究所
• http://www.biosapiens.info/
492008年4月10日木曜日
502008年4月10日木曜日
14カ国、25研究所
512008年4月10日木曜日
大規模ゲノムアノテーション
•予測ツールからの入力
•実験学者からの入力
•分散、共有
•重複を調整
522008年4月10日木曜日
Work Packages
532008年4月10日木曜日
ハイパーリンク
542008年4月10日木曜日
DAS Servers
552008年4月10日木曜日
562008年4月10日木曜日
572008年4月10日木曜日
Annotated
582008年4月10日木曜日
Annotated species
592008年4月10日木曜日
602008年4月10日木曜日
以上です。
•参加レポート
• http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20080229/DasWorkshop2008
612008年4月10日木曜日
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