Функции

Метаболические путиKEGG

Д.А. Равчеев

(7 апреля 2009 г.)

Факультет Биоинженерии и Биоинформатики,

2 курс, весенний семестр

KEGG

KEGG

Объединяет информацию

Геномную гены и белки, отношение ортологичности

Химическую лиганды, малые молекулы, ферменты

Биологическую (системную) метаболические пути, другие биологические процессы

Включает 19 баз данных

Systemsinformation

KEGG PATHWAYKEGG BRITE KEGG MODULE KEGG DISEAS

Pathway mapsFunctional hierarchiesPathway modulesDiseases

Genomicinformation

KEGG ORTHOLOGY KEGG GENOME KEGG GENES KEGG DGENES KEGG EGENES KEGG VGENOME KEGG VGENES KEGG OGENES KEGG SSDB

KEGG orthology (KO) groupsKEGG organismsGenes in high-quality genomesGenes in draft genomesGenes as EST contigsViral genomes (to be fully integrated)Genes in viral genomes (to be fully integrated)Genes in organelle genomes (to be fully integrated)Sequence similarities and best hit relations

Chemicalinformation

KEGG COMPOUND KEGG DRUG KEGG GLYCAN KEGG ENZYME KEGG REACTION KEGG RPAIR

Metabolites and other chemical compoundsDrugsGlycansEnzymesEnzymatic reactionsReactant pairs and chemical transformations

KEGG: базы данных

KEGG: система идентификаторовKEGG PATHWAY

KEGG GENOME

KEGG GENES

KEGG ENZYME

KEGG COMPOUND

KEGG REACTION

KEGG ORTHOLOGY

KEGG GLYCAN

KEGG RPAIR

KEGG BRITE

KEGG DRUG

KEGG MODULE

KEGG DISEASE

map number

organism code (T number)

locus_tag/NCBI GeneID

EC number

C number

R number

K number

G number

A number

br number

D number

M number

H number

С00047 - лизинK04527 – инсулиновый рецепторhsa5210 – путь возникновения рака простаты

KEGG: геномыKEGG GENOME (KEGG Organisms)

Эукариоты: 107Бактреии: 804Археи: 56

Система идентификации: трех-четырехбуквенный код

hsa – Homo sapiens ath – Arabidopsis thaliana eco – Escherichia coli K-12 MG1655 ece – Escherichia coli O157 EDL933 hin – Haemophilus influenzae Rd KW20 mja – Methanococcus jannaschii

KEGG: гены

KEGG GENES 4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей

KEGG ORTHOLOGY11,813 ортологичных групп генов

KEGG DGENES – гены из черновых (“draft”) геномов

KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST

KEGG VGENEOME – вирусные геномы

KEGG VGENES – гены из вирусных геномов

KEGG OGENES – гены из геномов органелл

KEGG: химическая информацияKEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на территории США и Японии)

KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов

KEGG ENZYME – 5,050 ферментов

KEGG REACTION – 7,830 реакций

KEGG PATHWAY91,564 пути на основе 345 «reference pathways»

KEGG: биологические процессы

Reference pathway Homo sapiens

KEGG: пример метаболической карты

Задания

1. Найти описания двух веществ, субстрата и продукта.

2. Найти метаболический путь, в котором возможно превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть трудности – придется подумать)

3. Описать цепочку реакций для превращения субстрата в продукт.

4. Исследовать полученную цепочку реакций в других организмах

Киото