Upload
voladores
View
80
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
PUBMEDistruzioni per livello iniziale di ricerca
a cura diLeslie Locche ©
Direttore Biblioteca Centralizzata Azienda Ospedaliero Universitaria di Bologna
Testo aggiornato a Febbraio 2006
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
2
Contenuti della lezione
Pubmed cosa e’ e a cosa serveCome si accede a pubmed Record, campi del record, qualificatoriEsempi di ricerca Ricerca per autoreRicerca per periodicoRicerche per argomentoRicerca di un termineLa funzione details
La funzione troncamento Ricerca di termini composti La funzione limitsOperatori logici: AND - OR – NOTComandiFormati di display e printCome stampareCome recuperare il full text
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
3
Pubmed Cosa è e a cosa serve ?
• Pubmed è la versione gratuita del Medline
• Pubmed è una base di dati bibliografici in ambitobiomedico creata dalla National Library of Medicine ( N.L.M.) – Usa.
• Dato un argomento di ricerca, Pubmed serve a recuperare le citazioni di articoli pubblicati su quel dato argomento dalle principali riviste scientifiche internazionali ( la ricerca viene effettuata su oltre 4.800 riviste biomedichepubblicate negli Stati Uniti e in altri 70 Paesi )
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
4
Pubmed come si accede?
• Pubmed è ad accesso gratuito in internet al sito:
http://pubmed.gov• Oppure, per i professionisti della Azienda Ospedaliero-
Universitaria di Bologna, è possibile accedere a Pubmeddalla home page della biblioteca attivando la voce “banche dati”.
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
5
Record, campi del record, qualificatoricosa sono?
• Abbiamo detto che Pubmed è un database di citazioni bibliografiche.
• Ogni database è composto da records.
• I RECORDS di Pubmed sono quindi citazioni bibliografiche.
• Ogni record è formato da componenti che si chiamano CAMPI.
• Nella interrogazione di Pubmed posso limitare la ricerca ad alcuni specifici campi utilizzando i QUALIFICATORI DI CAMPO
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
6
Elenco completo dei campi e delle sigle in NCBI help
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
7
Definizioni di campi in NCBI help
Alcuni esempi pratici
Nei prossimi esempi vediamo:la videata di interrogazione ( o finestra di ricerca o location )
la videata dei risultati
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
9
La finestra di ricerca in Pubmed
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
10
La videata dei risultati
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
11
Analisi della videata dei risultatiNella videata che si apre sotto la finestra di ricerca vengono mostrati i risultati.Nell’esempio che segue vediamo uno dei due records reperiti nella ricerca LUNG con LIMITI.Posso modificare la visualizzazione , azionando i menu a tendina, attraverso i seguenti comandi:
DISPLAY mostra per default il formato “summary” che prevede 4 campi: AU,TI, SO, PMIDSHOW limita il numero dei records da visualizzare in ogni videata SORT definisce l’ordine . Es. “ by publication date” mostra per primi i più recenti.SEND TO -relativamente alla visualizzazione, definisce il formato: web (per default) o testo
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
12
Ricerca per autore
Per cercare articoli di Stevens J. Digito nella finestra di location cognome e iniziale del nome e aggiungo, tra parentesi
quadre, il qualificatore di campo [AU]
Stevens J [AU]In questo modo, però, oltre a Stevens J. avrò Stevens JR, Stevens JM ecc
Virgolette : per escludere nomi compostiMetto il nome tra virgolette.Quindi nella finestra di location digito cognome e iniziale del nome tra virgolette e
aggiungo il qualificatore di campo [AU] tra parentesi quadre
“Stevens J“[AU]
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
13
Ricerca per periodico
• Cerco il British journal of urologyUtilizzo tra parentesi quadre il qualificatore di campo [JOUR]Digito nella location British journal of urology [JOUR]
• Per risultato univoco occorre inserire il titolo della rivista tra virgolettetra virgolette
Infatti se digito genetics [JOUR] il sistema comprende sì che cerco una rivista e non un termine di ricerca,
ma estrae quattro riviste contenenti la radice GENET e cioè "Nat Rev Genet"[Journal] OR "Nat Genet"[Journal] OR "Genetics"[Journal] OR "BMC Genet"[Journal]
Se invece digito “ genetics”[JOUR] il sistema estrae univocamente la rivista Genetics e interpreta correttamente "genetics"[jour]
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
14
Ricerca per periodico Seguecerco la rivista: Dialysis&Transplantation
•RICERCHE NON CORRETTEDigito nella location1- Dialysis & transplantation senza virgolette e senza qualificatore - Il sistema interpreta la richiesta come una ricerca su trapianto d’organi e su tecniche dialitiche DETTAGLIO : ("dialysis"[MeSH Terms] OR dialysis[TextWord]) AND ("transplantation"[Subheading] OR "transplantation"[MeSH Terms] OR ("organ transplantation"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "organ transplantation"[MeSH Terms] ORtransplantation[Text Word])
2- Dialysis & tranplantation [JOUR] senza virgolette ma con qualificatore - Il sistema interpreta la richiesta come ricerca del termine dialisi nella rivista Transplantation DETTAGLIO : ("dialysis"[MeSH Terms] OR dialysis[Text Word])
AND "Transplantation"[Journal]
RICERCA CORRETTA
Digito nella location il titolo della rivista tra virgolette seguito dal qualificatore [JOUR]
“Dialysis & tranplantation” [JOUR]
DETTAGLIO: "dialysis &transplantation"[JOUR]
Ricerca per argomento
Seguono alcuni esempi di ricerche con inserimento di termini di ricerca
semplici e composti
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
16
Ricerca di un termine non composto
• Per cercare il termine in qualunque campo del record, non inserisco nessun qualificatore :
• Digitare il temine AUTISM e poi GO• In questo modo il sistema opera un “automatic term
mapping” del termine coi vari indici del database e lo traduce in conformità; poi cerca il termine in tutti i campi del record.
• Nel caso specifico il termine viene cercato sia come parola libera [Text Word] sia traducendolo nel descrittore controllato [MeSH Terms] in quanto in questo caso applicabile.
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
17
Ricerca in campi specifici
• Uso dei qualificatori• Per cercare il termine AUTISM nel titolo dell’articolo,
inserisco il qualificatore[TI] e scrivo AUTISM [TI] • Per cercare il termine AUTISM nell’abstract
dell’articolo, inserisco il qualificatore[AB] e scrivo AUTISM[AB]
• Per cercarlo o nel titolo o nell’abstract scrivo AUTISM[TIAB]
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
18
La funzione Details
• Questa funzione permette di verificare come sono stati tradotti dal sistema i termini di ricerca inseriti
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
19
La videata dei Details
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
20
Details : primo esempio
• Digito nella location AUTISM senza alcun qualificatore• Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha
interpretato il temine di ricerca AUTISM• La finestra di details contiene ("autistic disorder"[TIAB] NOT
Medline[SB]) OR "autistic disorder“[MeSH Terms] OR autism[TextWord]
• Ciò significa che il sistema ha cercato la parola AUTISM sia come termine libero [Text Word] autism sia come descrittore controllato del Thesaurus [MeSH Terms] "autistic disorder“
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
21
Details secondo esempio
• Digito nella location IMMUNOTOXICITY • Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha
interpretato il temine di ricerca IMMUNOTOXICITY • La finestra di details contiene: immunotoxicity[All Fields]• Ciò significa che il sistema, dopo aver effettuato l’automatic term
mapping, non avendo io inserito nessun qualificatore, [TI] o [AB] o altro, ha cercato il termine IN TUTTI I CAMPI, quindi nel titolodell’articolo, nell’abstract, nel titolo della rivista, ecc. ma non ha potuto trovarlo nel thesaurus di Medline perché infatti il termine IMMUNOTOXICITY non è un descrittore MESH
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
22
Details ultimo esempio
• Digito nella location il temine di ricerca HEPATITIS senza alcun qualificatore
• Apro la tendina DETAILS per verificare come il sistema ha interpretato il temine di ricerca
• La finestra di details contiene "hepatitis"[MeSH Terms] ORhepatitis[Text Word]
• Ciò significa che il sistema ha cercato il termine libero [Text Word] HEPATITIS e lo ha anche trovato nel descrittore controllato [MeSH Terms] HEPATITIS
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
23
Troncamentoinserendo l’asterisco dopo la radice di un termine di ricerca
e’ possibile reperire il termine nelle sue diverse forme
• Librar*reperisce anche:• Library• Libraries• Librarian• Librarian’s• Librarianship• …………
Immunotoxic*reperisce anche :
ImminotoxicityImmunotoxicImmunotoxicant………………..……………….
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
24
Termini semplici e composti
• Eempi di termine semplice ( non composto)• LUNG• AUTISM• SMOKING
• Esempi di termini composti • CYTOTOXIC DRUGS • LUNG CANCER• SMOKING CESSATION• INFANTILE AUTISM
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
25
Ricerca termine composto esattouso delle virgolette
Ricerca corretta ( 20/1/06)“osteoporotic bone” tra virgolettetra virgolette
• Nei details il sistema traduce: "osteoporotic bone"[All Fields]
• Quantitativamente, negli ultimi 30 giorni questa strategia di ricerca produce 3 articoli
• L’esatto termine composto così come ricercato con i due termini adiacenti è presente in tutti e tre gli abstract
Ricerca meno fedele ( data esecuzione 20/1/06)
Osteoporotic bone – senza virgoletteNei details il sistema traduce: (osteoporotic[All Fields] AND (("bone andbones"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "bone andbones"[MeSH Terms] OR bone[Text Word]))
Quantitativamente, negli ultimi 30 giorni questa strategia di ricerca produce 46 articoli (ridondante)Non è mai presente l’esatto termine composto così come ricercato, anche se sono presenti altri termini composti pertinenti, quali: osteoporotic fractures, osteoporotic women, osteoporotic rat
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
26
Funzione Limitsconsente di restringere la ricerca: ad esempio ad un periodo di tempo o ad una fascia di età o
ad una determinata lingua o ai soli animali o al solo genere maschile o femminile
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
27
Operatori logicidefinizione
• Pubmed consente di combinare tra loro diversi termini di ricerca• La combinazione avviene con gli operatori logici OR –AND – NOT
• ORREPERISCE ARTICOLI CHE CONTENGONO ALMENO UNOALMENO UNODEI VARI TERMINI CHE HO COMBINATI CON “OR” ( quindi anche tutti ).
• ANDREPERISCE ARTICOLI IN CUI TUTTI I TERMINI CHE HO COMBINATI CON “AND” SONO COMPRESENTI COMPRESENTI
• NOTESCLUDEESCLUDE ARTICOLI CHE CONTENGONO I TERMINI PRECEDUTI DA “NOT”
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
28
Operatori logicicombinazione di concetti
• Esempio di come gli operatori logici combinano gli insiemi
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
29
Operatori logiciun esempio nella nostra Azienda
Reperire gli articoli pubblicati dal Dr. Pietro Pavlica senza il Dr. Libero Barozzi
“Pavlica P” [AU] NOT
“Barozzi L” [AU]
Al 20/1/2006 trovo 69 articoliscritti dal Dr. Pietro Pavlicasenza il Dr. Libero Barozzi( riprova è che chiedendo solo Dr Barozzi avrò 28 articoli )
Reperire tutti gli articoli pubblicati dal Dr. Pavlica e tutti gli articoli pubblicati dal Dr. Libero Barozzi, quindi sia insieme che da soli.
“Pavlica P” [AU] OR
“Barozzi L” [AU]
Al 20/1/2006 trovo 143 articoli scritti dai due medici insieme o da soli
Reperire articoli pubblicati dal Dr. Pietro Pavlica insieme col Dr. Libero Barozzi (compresenza dei due autori )
“Pavlica P” [AU] AND
“Barozzi L” [AU]
Al 20/1/2006 trovo 46 articoliin cui i due medici sono coautori
NOTORAND
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
30
Operatori logicicome vanno usati in Pubmed
• Gli operatori logici vanno scritti in MAIUSCOLO• Se tra due termini non viene scritto nessun operatore logico, Pubmed
per default traduce ciò in ANDEsempio: se scrivo osteoporosis alendronate , Pubmed interpreta : osteoporosis AND alendronate e reperisce articoli che presentano sia l’uno che l’altro termine
• Pubmed legge gli operatori combinando i termini da sinistra a destra quindi occorre esprimere le combinazioni nella giusta sequenza oppure occorre usare le parentesi tonde : quindi se cerco articoli suTERAPIA DELL’OSTEOPOROSI CON ALENDRONATO E AMDRONATO
• corretto : osteoporosis AND ( alendronate OR amidronate)• sbagliato : osteoporosis AND alendronate OR amidronate• corretto : alendronate OR amidronate AND osteoporosis
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
31
Comandi
Rispettivamente questi comandi consentono di:
•Visualizzare le citazioni in formato testo •Salvarle in HD o periferica•Memorizzarle temporaneamente presso NLM•Inviarle tutte o un numero selezionato per posta elettronica•Ordinare l’articolo a NLM
SEND TO•TEXT•FILE•CLIPBOARD•E-MAIL•ORDER
Consente di scegliere se visualizzare le citazioni reperite in ordine alfabetico per primo autore o per titolo della rivista o in ordine cronologico di pubblicazione ( presentate dalla più recente in poi )
SORT
Consente di definire quante citazioni bibliografiche si vogliono visualizzare/stampare per facciataSHOW
Consente di definire il formato di visualizzazione e poi stampa desideratoDISPLAY
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
32
Formati del displayi principali esempi
Record completo di tutti i campi così come appare nella base di dati Medline
MEDLINE
Dati contenuti nel formato Abstract – Descrittori controllati – Nome delle sostanzechimiche – Numero del contratto (se la ricerca è finanziata da enti pubblici statunitensi)
CITATION
Dati contenuti nel formato Summary - Abstract- Eventuale link al full text dell’ar-ticolo –Ente di appartenenza del primo autore – Tipi di pubblicazioneABSTRACT
Nome del primo autore – I primi trenta caratteri del titolo –Numero di identificazione del record nel PubMedBRIEF
Autori – Titolo - Fonte bibliografica – Eventuale indicazione che l’articolo non è in lingua inglese – Tipo di pubblicazione – Numerodi identificazione del record nel PubMed – Note aggiuntive ([PubMed – in process])
SUMMARY
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
33
comandi per stampare
Obiettivo: stampare in formato testo tutte le citazioni reperite dalla ricerca ( es. 100) su più pagine
SHOW : cambio da 20 a 100cambio da 20 a 100
SEND TO : scelgo scelgo text text
DA MENU:FILESTAMPA
Obiettivo: stampare solo le citazioni dellavideata corrente in formato web
DA MENU:FILESTAMPA
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
34
C’è l’abstract?C’è il full text??
Il testo completo dell’articolo è gratuito ed è disponibile sulPubMed Central
Il testo completo dell’articolo è gratuito
Citazioni con abstract
Citazioni prive di abstract
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
35
Come recuperare il full textLa Biblioteca Centralizzata della Azienda Ospedaliero Universitaria di Bologna si è registrata presso la National Library of Medicine di Bethesda USA e ha attivato la funzione LINKOUT di PUBMED che consente alla NLM di riconoscere le riviste per le quali l’Azienda ha abbonamento elettronico presso gli Editori e di aprire il collegamento al loro full text durante una ricerca in Pubmed.
Per accedere al full text in questa modalità occorre collegarsi a PUBMED con il seguente URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=iitaoblibCollegandosi da questo URL, limitatamente alle riviste sottoscritte dalla Azienda in formato elettronico, se si clicca sugli autori della citazione, appare una icona con il LOGO della LOGO della nostra Aziendanostra Azienda che apre il full text. Il lavoro è in corso…..daremo ulteriori notizie quando la Biblioteca avrà completato l’implementazione di Linkout.
Allo stato attuale (20/1/2006), da http://pubmd.gov è comunque possibile raggiungere il full text, ma non si ha indicazione preventiva e certa di accesso gratuito per la Azienda e quindi l’Editore potrebbe chiedere password o carta di credito. Procedere come segue :Sulla destra della videata dei risultati di Pubmed all’altezza di ogni citazione compare la scritta LINKSCol mouse destro da LINK attivare il comando LINKOUT che apparirà per le riviste da noi sottoscritte in full text o free; ciò avvierà l’apertura dell’articolo a testo pieno presso il sito dell’Editore. Per il full text occorre provare se il Linkout e’ attivo ..
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
36
La finestra di Linkout in Pubmed
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
37
Comando per salvare il risultato della ricerca
Comando per spedire via e-mail il risultato della ricerca
Formato di visualizzazione che mostra il record completo
Cercare articoli scritti da Santoro A con autori diversi da Mandreoli M
Cercare articoli scritti da Santoro A in collaborazione con Mandreoli M
Cercare articoli pubblicati nel 2004 su autismo
Cercare articoli che contengano nell’Abstract la radice OSTEO
Cergare il termine CANCER nel tiolo dell’articolo
Cercare la rivista Human genetics
Cercare articoli scritti da Rossi A evitando nomi composti
Risposte10 Domande – tempo di risposta previsto 10 minuti
Esercizi
© Leslie Locche - Corso base PUBMED
38
Da tendina SEND TO : fileComando per salvare il risultato della ricerca
Da tendina SEND TO : e mailComando per spedire via e-mail il risultato della ricerca
MEDLINEFormato di visualizzazione che mostra il record completo
“Santoro A” [AU] NOT “Mandreoli M”[AU]]Cercare articoli scritti da Santoro A con autori diversi da Mandreoli M
“Santoro A” [AU] AND “Mandreoli M”[AU]]Cercare articoli scritti da Santoro A in collaborazione con Mandreoli M
Procedura: digito nella location AUTISM; apro la tendina LIMITS:
Apro ozione PUBLICATION DATE e scrivo from 2004 to 2004
Cercare articoli pubblicati nel 2004 su autismo
Osteo* [AB]Cercare articoli che contengano nell’Abstract la radice OSTEO
Carcer [TI]Cergare il termine CANCER nel tiolo dell’articolo
“ human genetics” [JOUR]Cercare la rivista Human genetics
“Rossi A” [AU]Cercare articoli scritti da Rossi A evitando nomi composti
SoluzioneDomanda
Soluzione degli esercizi