Upload
others
View
0
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
VALSTS ZINĀTNISKAIS INSTITŪTS
ATVASINĀTA PUBLISKA PERSONA
LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU
CENTRS
2016.GADA
PUBLISKAIS GADA PĀRSKATS
APSTIPRINU
Direktors
_____________ J.Kloviņš
2017. gada 31. maijā
Rīga 2017
2
SATURS
1. PAMATINFORMĀCIJA ................................................................................... 4
1.1. Juridiskais statuss un struktūra..................................................................... 4
1.2. Galvenās funkcijas un uzdevumi ................................................................. 6
1.3. Galvenie zinātnes virzieni ........................................................................... 6
1.4. Stratēģiskie ilgtermiņa un vidējā termiņa mērķi ........................................... 7
2. ZINĀTNISKĀS DARBĪBAS REZULTĀTI ....................................................... 9
2.1. Īstenotie pētījumu projekti un to rezultāti .................................................... 9
2.1.1. LZP fundamentālie un lietišķie pētījumu projekti .................................. 9
2.1.2. Valsts pētījumu programmas projekti ................................................. 13
2.1.3. Starptautiskie pētniecības un attīstības projekti, tai skaitā nacionālais
līdzfinansējums ................................................................................................. 17
2.1.4. Valsts vai pašvaldības budžeta iestāžu un komersantu pētniecības
projektu līgumdarbi .......................................................................................... 22
2.1.5. Starptautiskie un vietējie pētniecības projektu līgumdarbi .................. 23
2.2. Zinātniskās publikācijas ............................................................................ 23
2.2.1. Zinātniskās publikācijas, kas iekļautas Web of Science vai SCOPUS .. 23
2.2.2. Citas zinātniskās publikācijas ............................................................. 29
2.3. Intelektuālā īpašuma aizsardzība ............................................................... 30
2.3.1. Reģistrētie un uzturētie starptautiskie patenti ..................................... 30
2.3.2. Reģistrētie un uzturētie Latvijas patenti .............................................. 30
2.3.3. Pieteiktie starptautiskie patenti .......................................................... 31
2.3.4. Pieteiktie Latvijas patenti ................................................................... 31
2.4. Dalība konferencēs .................................................................................... 32
2.5. Akadēmisko un kvalifikācijas darbu izstrāde ............................................. 39
2.5.1. Izstrādātie un aizstāvētie promocijas darbi......................................... 39
2.5.2. Izstrādātie un aizstāvētie maģistra darbi ............................................ 39
2.5.3. Izstrādātie un aizstāvētie bakalaura darbi .......................................... 39
2.6. Organizētās konferences, kursi, semināri un vieslektoru uzstāšanās BMC . 40
2.7. Cita institūtam būtiska informācija ............................................................ 40
3. FINANŠU RESURSI UN TO IZLIETOJUMS ................................................. 42
4. PERSONĀLS ................................................................................................... 44
5. ATTĪSTĪBAS PERSPEKTĪVAS 2017.GADĀ ................................................. 45
3
IZMANTOTIE SAĪSINĀJUMI
BBMRI-ERIC – Biobanku un biomolekulāro resursu Eiropas pētniecības
infrastruktūru konsorcijs
BMC – Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
ERAF – Eiropas Reģionālās attīstības fonds
ES – Eiropas Savienība
ESF – Eiropas Sociālais fonds
ESFRI – Eiropas Pētniecības infrastruktūras attīstības forums
DI – Dārzkopības institūts
DU – Daugavpils Universitāte
LR – Latvijas Republika
LR IZM – Latvijas Republikas Izglītības un zinātnes ministrija
LU – Latvijas Universitāte
LZP – Latvijas Zinātnes padome
MK – Ministru kabinets
OSI – Latvijas Organiskās sintēzes institūts
RSU – Rīgas Stradiņa universitāte
VIGDB – Valsts iedzīvotāju genoma datu bāze
VNPC – Valsts nozīmes pētniecības centrs
VPP – Valsts pētījumu programma
7.IP – 7. ietvara programma
4
1. PAMATINFORMĀCIJA
1.1. Juridiskais statuss un struktūra
Valsts zinātniskais institūts Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
saskaņā ar 2006.gada 28.decembra MK noteikumiem Nr.1076 „Grozījumi Zinātniskās
darbības likumā” un LR IZM 2007.gada 10.janvāra lēmumu Nr.15.1-04/04 Valsts
aģentūra „Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs” kļuva par atvasinātu
publisku personu. BMC ir reģistrēts LR IZM Zinātnisko institūciju reģistrā ar
reģistrācijas Nr.181002 un atrodas LR IZM ministra pārraudzībā. BMC darbība
pamatojas uz Zinātniskās darbības likumu un BMC nolikumu, ar kuru saskaņā BMC
pārvalda zinātnieku koleģiāla institūcija – zinātniskā padome un direktors. Zinātnisko
padomi uz pieciem gadiem ievēlē BMC zinātnieku pilnsapulce, direktoru uz pieciem
gadiem ievēlē zinātniskā padome. Zinātniskās padomes priekšsēdētājs ir Dr.biol.
Andris Zeltiņš un BMC direktors ir Dr.biol. Jānis Kloviņš.
2016.gadā notikušas arī nelielas BMC struktūras izmaiņas, jo saskaņā ar BMC
Zinātniskās padomes 2016.gada 9.marta lēmumu tika izveidots jauns amats - direktora
vietnieka finanšu un administratīvajos jautājumos.
5
1.attēls BMC struktūra no 2016.gada 10.marta
Zinātniskā padome
Direktors
Zinātniskais direktors
Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa
Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa
Molekulārās mikrobioloģijas grupa
Vēža šūnas bioloģijas grupa
Melanomas pētniecības grupa
Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa
Vēža gēnu terapijas grupa
Antibakteriālu un pretvēža līdzekļu atlases grupa
Ar G-proteīnu saistīto receptoru funkcionālās izpētes grupa
Vīrusu hepatīta grupa
Molekulārās virusoloģijas grupa
Strukturālās bioloģijas grupa
Augu virusoloģijas grupa
Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa
Studiju direktors
Servisa centri
Genoma centrs
Rekombinanto biotehnoloģiju servisa centrs
Šūnu kultūru un mikroskopijas servisa centrs
Laboratorijas dzīvnieku servisa centrs
IT un bioinformātikas servisa centrs
Direktora vietnieks finanšu un adminsitratīvajos
jautājumos
Projektu un attīstības daļa
Finanšu un grāmatvedības daļa
Saimnieciskā un tehniskā nodrošinājuma daļa
Iepirkumu un sagādes daļa
Lietvedība
Personāla un darba aizsardzības speciālists
Datorsistēmu un datortīklu administrators
Starptautiskā konsultatīvā padome
6
1.2. Galvenās funkcijas un uzdevumi
BMC savu darbību veic saskaņā ar BMC nolikumu, kurā ir definētas šādas BMC
funkcijas:
zinātniskās darbības īstenošanu molekulārajā bioloģijā, ģenētikā, bioķīmijā,
biomedicīnā, biotehnoloģijā un citās zinātņu nozarēs;
zinātnes un augstākās izglītības integrētas attīstības veicināšanu bioloģijas,
ķīmijas, medicīnas un citās zinātņu nozarēs;
pakalpojumu un līgumpētījumu nodrošināšanu Latvijas un ārvalstu
pasūtītājiem;
valsts un starptautisku pētījumu projektu un pētniecības programmu
sagatavošanu, pieteikšanu un īstenošanu;
priekšlikumu sagatavošanu un sniegšanu valsts prioritāšu veidošanā zinātnē,
augstākajā izglītībā un inovācijās;
zinātniskās ekspertīzes veikšanu un Latvijas interešu pārstāvēšanu
starptautiskajās institūcijās atbilstoši BMC kompetencei;
laboratoriskās diagnostikas pakalpojumu sniegšanu un jaunu diagnostikas
līdzekļu un individualizētas terapijas izstrādi.
Lai īstenotu noteiktās funkcijas, BMC veic šādus uzdevumus:
īsteno fundamentālos un lietišķos pētījumus, kas saistīti ar molekulāro
bioloģiju, ģenētiku, bioķīmiju, biomedicīnu, biotehnoloģiju un citām zinātņu
nozarēm;
iesaistās studiju procesā un nodrošina visu līmeņu studentu apmācību
sadarbībā ar Latvijas un ārvalstu augstskolām;
veicina zinātnisko pētījumu rezultātu praktisku izmantošanu, izstrādājot
jaunas tehnoloģijas un produktus, t.sk. bioloģiski aktīvas vielas,
biotehnoloģijas produktus un medicīniskos diagnostikas līdzekļus.
attīsta sadarbību ar citām zinātniskajām institūcijām, iesaistās organizācijās,
biedrībās un asociācijās;
izstrādā un īsteno programmas un pasākumus zinātniskās kvalifikācijas
celšanai;
organizē zinātniskas konferences, seminārus un lekcijas;
izdod informatīvus materiālus;
veido bioloģisko materiālu kolekcijas (biobankas), kā arī klīniskās un
ģenētiskās informācijas datu bāzes;
uztur un attīsta laboratorisko izmeklējumu metodoloģisko, materiāli tehnisko
bāzi un kvalitātes vadības sistēmas medicīnā un citās nozarēs, veic
laboratoriskās diagnostikas pakalpojumus;
veic citos zinātnisko darbību regulējošajos normatīvajos aktos noteiktos
uzdevumus.
1.3. Galvenie zinātnes virzieni
BMC Attīstības stratēģijā 2015.-2020.gadam ir definēti pieci galvenie
zinātniskie virzieni:
7
cilvēka ģenētika un slimību patoģenēzes mehānismi;
vēža izpēte;
biotehnoloģija un struktūrbioloģija;
molekulārā mikrobioloģija un virusoloģija;
molekulārā farmakoloģija.
Cilvēka ģenētikas un slimību patoģenēzes mehānismu virziens BMC ir relatīvi
jauns izpētes virziens, kurā darbojas trīs zinātniskās grupas, kuru darbības mērķis ir
veikt cilvēku ģenētikas pētījumus, ar slimību patoģenēzi asociēto mehānismu izpēti,
biomarķieru identifikāciju un molekulāri diagnostisko testu izstrādi. Būtiski panākumi
pēdējo gadu laikā ir sasniegti, izveidojot unikālu biobanku, Valsts Iedzīvotāju genoma
datubāzi (VIGDB), kas apkopo vairāk nekā 28 000 dalībniekus no Latvijas populācijas
un pacientus no dažādām slimību kohortām. Šī biobanka ir bijusi galvenais resurss
ģenētisko pētījumu ekspansijai BMC, kā arī bāze inovatīviem un integrētiem
pētījumiem.
Vēža izpēte ir viens no lielākajiem BMC pētījumu virzieniem, kurā pašlaik
darbojas piecas zinātniskās grupas. Šajā jomā BMC cenšas nodrošināt līdzsvaru starp
fundamentālajiem pētījumiem vēža bioloģijā un imunoloģijā, un praktiskas ievirzes
pētījumiem, kuru mērķis ir validēt identificētos potenciālos biomarķierus un zāļu
mērķus klīniskajos paraugos, izstrādāt biomarķieru testus un jaunas terapeitiskās
stratēģijas.
Biotehnoloģijas un struktūrbioloģijas virzienā darbojas četras BMC
zinātniskās grupas, kuras ir iesaistītas vīrusu un vīrusveidīgo daļiņu funkcionālos,
strukturālos un pielietojumpētījumus, kā arī uz struktūras balstīto zāļu dizainā.
Molekulārās biokrobioloģijas un virusoloģijas virzienā darbojas trīs
zinātnieku grupas, kuru darbības mērķis ir medicīniski svarīgu mikroorganismu dažādu
bioloģisko funkciju molekulāro mehānismu izpēte un pētījumu veikšana par RNS
saturošiem bakteriofāgiem, B un C hepatīta vīrusiem, poliomavīrusiem, alfavīrusiem,
augu vīrusiem u.c.
Molekulārās farmakoloģijas virzienā darbojas divas zinātnieku grupas, kuru
darbības mērķis ir veikt pētījumus šūnu receptoru balstītā zāļu mērķu identificēšanā,
veicot to detalizētu raksturojumu, izstrādāt un pielietot jaunu savienojumu bioloģiskās
testēšanas sistēmas, lai atklātu jaunus medikamentus.
1.4. Stratēģiskie ilgtermiņa un vidējā termiņa mērķi
BMC Attīstības stratēģijā 2015.-2020.gadam ir noteikti ilgtermiņa un vidējā
termiņa mērķi BMC pētniecības programmas, institucionālā attīstības plāna,
cilvēkresursu attīstības plāna, infrastruktūras un starpinstitucionālās sadarbības
attīstības plāna, izglītības un publicitātes plāna ietvaros.
Pētniecības programmas ietvaros tiks veikti zinātniski pētnieciskais darbs piecu
zinātnisko virzienu ietvaros, veicinot katra virziena attīstību un rezultativitāti.
Institucionālā attīstības plāna ietvaros plānots strādāt pie BMC:
starptautiskās konkurētspējas paaugstināšanas, veicinot starptautisku
sadarbības projektu skaita pieaugumu;
pasākumiem akadēmiskās integritātes un ētikas normu ievērošanai;
8
zināšanu pārneses un inovāciju procesa pilnveides, veicinot legālo
aspektu konsolidāciju sadarbības projektos un inovāciju kapacitātes
palielināšanu, t.sk. zinātnisko pētījumu rezultātu komerciālizāciju;
institucionālās pārvaldības efektivitātes uzlabošanu.
Cilvēkresursu attīstības plāna ietvaros plānots strādāt pie pasākumiem
cilvēkresursu piesaistei un mobilitātes veicināšanai, atbalstot jaunas zinātniskā
personāla paaudzes veidošanos no piesaistītajiem studentiem un ārvalstu zinātnieku
piesaisti.
Infrastruktūras un starpinstitucionālas sadarbības attīstības plāna ietvaros
plānots strādāt pie:
jau esošo infrastruktūras objektu attīstības, turpinot pētniecības servisu
centru pilnveidi gan attīstot to pārvaldības modeļus, gan cilvēkresursu
profesionālo pilnveidi, kā arī izveidojot atvērtās tipa laboratorijas;
jauno infrastruktūras objektu attīstības atbilstoši Latvijas Viedās
specializācijas prioritātēm, kas sevī ietver gan BMC laboratoriju
telpiskā plānojuma un pārvaldes koncepta izstrādi, gan radioloģijas
laboratoriju kompleksa izveidi, gan personalizētās medicīnas, inovatīvo
terapiju un diagnostikas kompleksa izstrādi;
starpinstitucionālās sadarbības stiprināšanā izveidojot un attīstot
Struktūrbioloģijas centru, personalizētās medicīnas konsorciju un
nacionālo biobankas tīklu, kā arī vienota un koordinēta zinātniskās
infrastruktūras attīstības stratēģijas izveides Latvijā.
Izglītības un publicitātes plāna ietvaros plānots strādāt pie:
BMC integrācijas apmācības procesa organizēšanā augstākās izglītības
iestādēs, veicinot sadarbību ar augstākās izglītības iestādēm gan
bakalaura, gan maģistra, gan doktora studiju programmu izstrādē,
īstenošanā un studējošo praktiskā apmācībā;
Starptautisku kursu un konferenču organizēšanas, kā arī publicitātes gan
vietējā, gan starptautiskā mērogā paplašināšanas.
9
2. ZINĀTNISKĀS DARBĪBAS REZULTĀTI
2.1. Īstenotie pētījumu projekti un to rezultāti
BMC zinātniskās pētniecības darbība ir balstīta gan uz Latvijas, gan
starptautiska mēroga zinātniskās pētniecības projektu īstenošanu. 2016.gadā tika
turpināts īstenot gan 7.ietvara programmas projektus (t.sk. ERA-NET), gan Norvēģijas
finanšu instrumenta projektus, kā arī Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības
atbalsta fonda projektus. No vietējā mēroga projektiem turpinājās Valsts pētījuma
programmas īstenošana, Latvijas Zinātnes padomes sadarbības projektu un grantu
īstenošana u.c.
2016.gadā tika sagatavoti un iesniegti arī jauni projekti. Lielākas projektu
iesniegumu skaits tika sagatavots darbības programmas "Izaugsme un nodarbinātība"
1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko
un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un
infrastruktūrā" 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. atlases kārtas
izsludinātajā konkursā – kopumā tika iesniegti 20 projekti kā vadošajam partnerim un
7 projekti kā sadarbības partnerim, no kuriem tika apstiprināti īstenošanai 9 projekti kā
vadošajam partnerim un 1 projekts kā sadarbības partnerim. Kā arī 2016.gada nogalē
tika sagatavoti un iesniegti pieteikumi darbības programmas "Izaugsme un
nodarbinātība" 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa "Palielināt Latvijas zinātnisko
institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu,
ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā" 1.1.1.2. pasākuma "Pēcdoktorantūras
pētniecības atbalsts" 1.atlases kārtas ietvaros – kopumā tika iesniegti 8 projektu
iesniegumi. Starptautiskos projektu konkursos tika sagatavoti pieteikumi Horizon 2020
izsludinātajos konkursos – gan pamatprogrammā, gan apakšprogrammās.
2.1.1. LZP fundamentālie un lietišķie pētījumu projekti
1. LZP Sadarbības projekts Nr. 593/2014 „Jaunu aģentu izstrāde pretvēža un
antimikrobiālai terapijai”
Vadošais partneris – OSI
Apakšprojekta vadītājs BMC - vadošais pētnieks Dr.biol. A.Leončiks
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Projekta ietvaros ir izanalizēts liels skaits jaunsintezētu savienojumu ar potenciālu
pretvēža aktivitāti, lai noskaidrotu to metaloproteināžu inhibīcijas spējas un
selektivitāti. Pārbaudītās vielas un no tām atlasītie kandidāti ir sintezēti no ļoti dažādām
savienojumu grupām (kumarīni, aziridīnu-azolu un azetidīnu-azolu konjugāti,
pirolidīn-2-ona atvasinājumi u.c.), kuras ir tikušas specifiski selektētas izmantojot
struktūras-aktivitātes pētījumus. Jaunsintezētie savienojumi ar potenciālo pretvēža
aktivitāti tiek tālāk testēti OSI un LU, lai noskaidrotu to antimikrobiālo un citotoksisko
efektu, kā arī lai strukturāli uzlabotu specifiskās pretvēža īpašības.
2. LZP Sadarbības projekts Nr.625/2014 „Vēža eksosomas – jauns avots
gastrointestinālo audzēju biomarķieru un terapeitisko mērķu identificēšanai”
Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol.A.Linē
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
10
Šajā gadā galvenā uzmanība tika vērsta uz hipoksijas ietekmes izpēti. Iegūtie
rezultāti parādīja, ka daļā, bet ne visās, vēža šūnu līnijās hipoksija stimulē EV
produkciju HIF1 atkarīgā veidā. Hipoksiskās EVs tiek uzņemtas citās vēža šūnās un
tās stimulē vēža šūnu migrāciju. Meklējot EV virsmas marķierus, ar kuru palīdzību
varētu izolēt hipoksiskās EVs no pacientu plazmas, tika parādīts, ka uz vēža šūnu līniju
producēto EV virsmas ir prezentēta CAIX. Turklāt, tās daudzums pieaug hipoksijas
apstākļos. COST akcijas ME-HAD ietvaros Dr. Ābols viesojās Prof. Pia Siljander
laboratorijā Helsinku Universitātē, kur veica CAIX-pozitīvo EV analīzi CRC un krūts
vēža pacientu plazmā. Pašlaik notiek iegūto rezultātu analīze.
3. LZP Sadarbības projekts Nr.651/2014 „Cilvēka hemokīnu receptoru CCR1
un CCR2, kā potenciālu B-šūnu malignitātes progresijas diagnostisko
marķieru, izpēte”
Vadošais partneris – RSU
Apakšprojekta vadītājs BMC - vadošais pētnieks Dr.biol. A.Leončiks
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Projekta ietvaros ir analizēti selektīvi izvēlētu RNS aptamēru vēža šūnu
dzīvotspējas un proliferācijas specifiskie bloķējošie efekti dažādās B un T šūnu līnijās
izmantojot MTT šūnu proliferācijas testu. Tāpat ir pārbaudīti “no piestiprināšanās
neatkarīgās augšanas” aptamēru bloķējošie efekti izmantojot soft agar augšanas testu.
Visa projekta ietvaros tiek pētīta hemokīnu receptoru ekspresijas intensitāte dažādām
augsti malignu B-šūnu limfomām un neagresīvām HLL leikēmiskām šūnām, lai
noskaidrotu šo receptoru ekspresijas bioloģiju kā potenciālo ļaundabīgo audzēju
progresijas prognostisko marķieru nozīmību pacientiem ar B-šūnu neoplāzijām.
4. LZP Sadarbības projekts Nr.672/2014 „Pētnieciskie un tehnoloģiskie
risinājumi ilgtspējīgai smiltsērkšķu audzēšanai un pilnvērtīgai izmantošanai”
Vadošais partneris – DI
Apakšprojekta vadītājs BMC - vadošais pētnieks Dr.biol. Z.Zeltiņš
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
2016. gadā tika veiktas divu potenciāli inficētu smiltsērkšķu paraugu jaunās
paaudzes sekvenču transkriptomas analīzes. Izmantojot Ion Torrent iekārtu, kopsummā
tika iegūti 706754 un 470872 sekvenču nolasījumi (“read”, vidējais garums – ap 180
nt). Sekvenču datoranalīze uzrādīja vairākas potenciālās vīrusu sekvences, tajā skaitā
augu vīrusu izcelsmes. Papildus tika veiktas manuālas analīzes, izmantojot “blastn”
programmu. Automātiski identificētās vīrusu sekvences izrādījās pārsvarā dažādas
smiltsērkšķu RNS sekvences, ar izteiktu ribosomālo RNS dominanci atlasītajos
sekvenču nolasījumos. Tālākajos eksperimentos tiks optimizēta smiltsērkšķu
transkriptomas iegūšana, īpašu uzmanību pievēršot rRNS aizvākšanai no
analizējamajiem paraugiem.
5. LZP grants Nr.233/2012 „Plazmas membrānas Ca 2+ ATPāzes 4 loma vīriešu
neauglības funkcionālā diagnostikā”
Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.med. J.Ērenpreiss
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
2016.gadā sasniegtie rezultāti:
11
Tika iegūti 200 paraugi no Genoma datus bāzes no auglīgiem Latvijas vīriešiem
(kam ir 4 un vairāk bērni). Minētā mutācija tika konstatēta 5% auglīgu Latvijas
vīriešu, kas ir līdzīgs izplatības biežums, salīdzinot ar 5.8% neauglīgu Igaunijas
vīriešu. Līdz ar to tika konstatēts, ka atrastai PMCA4 gēna mutācijai nav
saistības ar vīriešu auglības funkciju. Iespējams, mutācijas zemā izplatība
jauniem Latvijas vīriešiem ar labu spermatozoīdu kustīgumu (1.1%), salīdzinot
ar 4.2% izplatību vispārējā latviešu populācijā, un 5.8% izplatību starp
neauglīgiem Igaunijas vīriešiem ar pazeminātu spermatozoīdu kustīgumu, ir gan
nejauša atrade (analizēto grupu apjoms – ap 200 katrā grupā), gan parāda ne-
lineāru saistību starp spermatozoīdu kustīgumu, auglības funkciju, kur vēl kā
papildus faktors ņemams vērā etniskais faktors, jo populāciju analīze parāda, ka
šī mutācija visbiežāk ir sastopama (ir radusies) Igaunijā, no kurienes tika iegūta
neauglīgo pacientu izpētes grupa.
Tika analizēta minētā mutācija 52 slovēņu paraugiem no vīriešiem no
neauglīgiem pāriem, un konstatēta 3.8%.
Tika noteikts ATF līmenis 15 neauglīgu pacientu ar samazinātu spermatozoīdu
kustīgumu, un 13 spermas donoru spermas paraugos. Šobrīd iegūtie grupām.
Iegūtie dati par PMCA4 mutāciju šķiet interesanti vairāk no populāciju
ģenētikas viedokļa (nevis saistības ar vīriešu neauglību viedokļa, jo tāda
pārliecinoši konstatēta netika), jo tie norāda uz nesen parādījušos jaunu mutāciju
Baltijas reģionā, kas ir izplatījusies uz apkārtējiem pieguļošiem reģioniem
(Krievija, Baltkrievija, Somija, Slovēnija), bet pēc 1000 Genomu datu bāzes
datiem nav konstatēta nekur citur pasaulē.
6. LZP grants Nr.341/2012 „Pašatjaunošanās un novecošanās regulācija pēc
DNS bojājumu audzēju šūnās”
Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.habil.med. J.Ērenpreisa
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
Tika analizēts 2015.-2016.gada klīniskais materiāls, lai noskaidrotu
pašatjaunošanos un novecošanos attiecības rezistentā pret neoadjuvantu terapiju krūts
vēzī. In vito petījumos izmantojot vēža cilmes šūnu modeļi ar mērķi atrast mehānismu
neatgriezeniskai novecošanai, kas pārvar rezistenci pret genotoksisku terapiju, lielākā
uzmanība tika veltīta kodoliņa agresomām, pozitīvi saistītām ar autofāgiju, un to
saistībai ar hromatīna izeju no šūnu kodoliem, to sastāvu un izdalīšanas mehānismiem.
Tika veikti arī eksperimenti hromatīna topoloģijas pētījumiem, skaidrojot kodoliņa un
heterohromatīna pericentrisko domēnu strukturālas un funkcionālās attiecības normālā
un vēža šūnu bojāejā pēc genotoksiskas terapijas. Ar domu atrast c-myc atkarīgus
transckriptoma mērķus normala poliploidijā, tika pētīti publicēti transkriptomu dati, ka
arī paveikti eksperimenti c-myc proteinu noteikšanai poliploīdās peles hepatocītos,
cilvēka kardiomiocitos un decidua šūnās.
7. LZP grants Nr.343/2012 „2.tipa cukura diabēta attīstības dažādu patogēno
mehānismu identifikācija ar pacientam specifisku šūnu modeļu palīdzību”
Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.med.V.Pīrāgs
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
12
2016.gadā tika turpināta adipozo audu paraugu ievākšana no 2.tipa diabēta un
insulīna rezistentiem pacientiem kā arī veseliem cilvēkiem. Kopsummā iegūti 21
paraugi un lielākai daļai ir izveidotas pacientu specifiskās adipozo audu cilmes šūnu
(ADSC) kultūras, kuras izmantotas insulīna rezistences modeļu pētījumiem un
diferenciācijai par insulīnu producējošām šūnām. Preliminārie dati no viena pacienta
adipocītu transkriptoma sekvencēšanas analīzes uzrādīja šūnas virsmas proteoglikāna-
glipikāna 4, WNT5a un ar tiem saistīto molekulu ekspresijas izmaiņas insulīna
rezistentajos apstākļos kā arī pretdiabēta ligandu klātbūtnē. Gēni, kas uzrādīja statistiski
ticamu atšķirību ekspresijas līmenī tika validēti izmantojot reālā laika PCR diabēta
pacientu (n=5), insulīna rezistento pacientu (n=3) un kontroles (n=2) ADSC šūnās.
Validēšanas dati apstiprina pazeminātu glipikāna 4 ekspresiju un paaugstinātu WNT5a
un tā signāla pārnesē iesaistīto molekulu (RYK, MAPK) gēnu ekspresiju insulīna
rezistences apstākļos. Turklāt glipikāna 4 ekspresija tiek paaugstināta, bet WNT5a
ekspresija tiek normalizēta pretdiabēta ligandu - tiazolidīndeonu klātbūtnē. Iespējams,
ka glipikāns 4 var modulēt insulīna jūtību samazinot iekaisuma reakciju caur WNT5a
signālu pārnesi un ir saistīts ar diabēta terapijas medikamentu terapeitiskajiem
efektiem. Paralēli turpinājās darbs pie iegūto ADSC šūnu diferenciācijas par insulīnu
producējošām šūnām. Diferenciācijas protokoli ar dažādām barotnes un
ķīmisko/hormonālo savienojumu, kas piedalās beta-šūnu attīstībā un nobriešanā,
kombinācijām tika izmēģināti uz 6 ADSC šūnu līnijām. Divām šūnu līnijām vizuāli tika
novēroti ditizona pozitīvie sakopojumi. Tomēr gēnu ekspresijas analīze neuzrādīja
būtisku beta- šūnu transkripciju.
8. LZP grants Nr.364/2012 „Melanokortīnu receptoru un to palīgproteīnu
molekulārā struktūra”
Projekta vadītājs – pētnieks Dr.biol.D.Fridmanis
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
Projekta iepriekšējos posmos tika radītas vairākas rekombinantu ACTHR
ekspresējošas P.pastoris GS115 celma līnijas, neviena no kurām neekspresēja
rekombinanto proteīnu pietiekamā daudzumā. Tādēļ iepriekšējā posma noslēgumā tika
radīts ACTHR ekspresijas konstrukts, kura aminoskābju secību kodējošie kodoni tika
optimizēti, lai atbilstu P. pastoris ekspresijas sistēmā pieejamajiem t-RNS. Šī
ekspresijas sistēmas modifikācijas stratēģija tiek sekmīgi un samērā plaši pielietots
dažāda tipa proteīnu ekspresijā. Saskaņā ar iepriekš minēto šī gada laikā veiktās
aktivitātes pārsvarā bija saistītas ar jaunizveidotā ekspresijas konstrukta darbības
efektivitātes novērtēšanu. Tā kā iepriekšējos projekta posmos tika secināts, ka P.
pastoris SMD1168 celms ir ievērojami efektīvāka rekombinanto proteīnu ekspresijas
sistēma, tad tā tika pielietota arī šajos eksperimentos. Līdzīgi, kā visos iepriekšējos
eksperimentos arī šajā gadījumā pēc ekspresijas klonu atlases tika veikti ACTHR
lielapjoma ekspresijas un proteīna attīrīšanas eksperimenti, kuriem sekoja SDS -
poliakrilamīda gela elektroforēzes un Western blot analīzes. Šajos eksperimentos
iegūtie rezultāti neuzrādīja būtisku ekspresijas efektivitātes pieaugumu salīdzinājumā
ar ekspresijas konstruktu, kas tika balstīts uz savvaļas tipa ACTHR kodējošo sekvenci,
tādejādi arī šajā gadījumā pēc attīrīšanas iegūtā proteīna daudzums vēl ar vien nebija
pietiekams, lai veiktu tā kristalizāciju. Tādēļ projekta posma noslēgumā tika veikta
padziļināta pieejamās literatūras analīze, kuras rezultātā tapa apskata raksts “ACTH
receptor (MC2R) specificity: what do we know about underlying molecular
13
mechanisms?”, kā arī tika gūtas atziņas par rekombinantā ACTHR kodējošās sekvences
modifikācijām kuras nākotnē varētu uzlabot proteīna ekspresijas efektivitāti (piemēram
T4Lyz novietojums un modifikācija).
9. LZP grants Nr.387/2012 „Hepatīta B core daļiņu funkcionālā uzbūve: stabila
ekspresija eikariotu šūnu līnijās, attīrīšana, strukturālās īpatnības un
imunoloģiska izvērtēšana”
Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.habil.biol. T.Kozlovska
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
Ir iegūti izšķiroši rezultāti eikariotiskā HBc kultivēšanā un izdalīšanā un
sagatavots materiāls eikariotiskā HBc izsmeļošai strukturālai raksturošanai. Pirmo reizi
pasaules praksē eikariotiskais HBc ir izdalīts tādā kvalitātē un daudzumā, lai ar to
varētu veikt strukturālus pētījumus. Pirmo reizi ir izdalīti divi eikariotiskā HBc veidi:
no HBc-producējošam cilvēka un kāmja šūnām, kuru salīdzināšanai ir būtiska nozīme
eikariotiskā HBc oriģinālās struktūras noskaidrošanai, pirmām kārtām, vēl joprojām
nezināmās N-gala struktūras noteikšanai. Ir atstrādāti optimāli un reproducējami
cilvēka un kāmja šūnu kultivēšanas apstākļi, ar tādu HBc saturu, lai tas būtu pietiekams
efektīvai eikariotiskā HBc attīrīšanai vīrusiem līdzīgo daļiņu (VLD) veidā. Izstrādāts
optimāls, efektīvs un reproducējams eikariotiskā HBc attīrīšanas protokols - abiem
eikariotisko šūnu-producentu veidiem. Uzsākts darbs pie eikariotiskā HBc
enzimātiskās šķelšanas. Šim nolūkam atstrādāti tādas enzimātiskās šķelšanas modeļi ar
diviem rekombinantā HBc paraugiem, kas iegūti no baktērijām Escherichia coli un no
rauga Pichia pastoris. Iegūti pirmie rezultāti, kas apstiprina sagaidāmās molekulārās
masas N-gala peptīda izveidošanos.
10. LZP grants Nr.532/2012 „ARF ietekme uz HCV core pamata izveidoto
ģenētisko vakcīnu imunoloģiskām īpašībām”
Projekta vadītāja – vadošā pētniece Dr.biol. I.Sominska
Īstenošanas laiks – 2013.-2016.gads
Tika uzkonstruētas uzlabotas HCV core un ARFP ekspresijas plazmīdas
imunizācijas eksperimentiem. Tika iegūti attīrīto eikariotu ekspresijas plazmīdu DNS
preparāti imunizācijas eksperimentiem nepieciešamā kvalitātē un daudzumā.
Laboratorijas dzīvnieki tika imunizēti ar HCV core un ARFP ekspresējošām
plazmīdām, pielietojot elektroporācijas protokolu. Paralēli tika veikta laboratorijas
dzīvnieku imunizācija ar HCV core un ARFP rekombinantiem baktērijās ekspresētiem
un attīrītiem proteīniem, lai salīdzinātu rekombinanto proteīnu un attiecīgo proteīnu
ekspresējošo DNS konstrukciju imunogenitāti. Imunizētiem laboratorijas dzīvniekiem
tika novērtēta imūnatbilde pret HCV core un ARFP antigēniem – peptīdiem un
proteīniem. Izanalizējot datus tika izvelētas konstrukcijas kas var tikt izmatotas kā
vakcīnu prototipi. Iegūtie dati tika izmantoti zinātniskās publikācijas sagatavošanai.
2.1.2. Valsts pētījumu programmas projekti
VPP 2014.-2017.gada 3.posma programmas „Biomedicīna sabiedrības
veselībai (BIOMEDICINE)” (programmas vadītājs - Dr.med. V.Pīrāgs) projekti.
14
1. Projekts Nr.2 „Diabēta un kardiovaskulāro komplikāciju molekulārie
mehānismi, farmakoģenētika un jauni ārstniecības līdzekļi”
Projekta vadītājs - Dr.chem. I.Kalviņš (OSI)
Apakšprojekts Nr.2.1., apakšprojekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. K.Tārs
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
2016. gadā ir uzproducēti tipisku mikrobiotas pārstāvju Klebsiella pneumoniae,
Providencia rettgeri un Eschericia coli CntA un CntB proteīni. Izveidota vienkāršota
CntA aktivitātes testēšanas sistēma bez aktivējošā enzīma CntB klātbūtnes, izmantojot
reducējošo aģentu nātrija ditionītu. Noskaidrots, ka, pretēji dažos literatūras avotos
aprakstītajam, CntA enzīmi nemetabolizē holīnu. Visiem 3 CntA enzīmiem izmēģināti
vairāk kā 10000 kristalizēšanas apstākļi. Kristāli iegūti P. rettegri CntA enzīmam, no
kuriem savākti 3.2 Å izšķirtspējas dati.
Apakšprojekts Nr.2.8., apakšprojekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol.
J.Kloviņš
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Valsts pētījumu programmas ietvaros tika turpināta 2.tipa cukura diabēta
ārstēšanā plaši lietotā medikamenta metformīna efektivitāti nosakošo faktoru izpēte.
Septembrī Eiropas endokrinoloģijas žurnālā (L.Zaharenko et al., European Journal of
Endocrinology, 2016 Sep 8.) tika publicēts raksts, kas apkopo metformīna
farmakoģenētikas pētījumos iegūtos rezultātus. Īsumā, metformīna transportieru gēnu
rajonus reprezentējošo 102 viena nukleotīda polimorfismu (SNP) marķieru asociācijas
analīzē tika parādīts, ka organisko katjonu transportiera 2 gēna lokusā esošie rs3119309
un rs7757336, kā arī organisko katjonu transportiera 3 gēna rajonā lokalizētais
rs2481030 varētu būt marķieri metformīna terapijas neefektivitātei. Pētījuma farmako-
kinētikajā daļā tika apstiprināts, ka rs2481030 marķieris asociējas ar pazeminātu
metformīna uzņemšanu.
2. Projekts Nr.3. „Jaunu pretvēža zāļu un imunoterapijas līdzekļu izstrāde”
Projekta vadītāja - vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē
Apakšprojekts Nr.3.6., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Valsts pētījumu programmas ietvaros tika turpināts darbs pie ogļskābes
anhidrāzes IX (CAIX) funkciju izpētes krūts vēža šūnās. Lai noskaidrotu mehānismu,
ar kura palīdzību CAIX inhibīcija ietekmē krūts vēža šūnu adaptāciju hipoksijas
apstākļiem, tika veikta gēnu ekspresijas profilēšana 3 krūts vēža šūnu līnijās, kurās ar
shRNS nomākta CAIX ekspresija. Iegūtie rezultāti parādīja, ka CAIX ietekme uz
hipoksijas atbildi transkripcijas līmenī ir salīdzinoši neliela. Tomēr katrā šūnu līnijā tika
atrasti vairāki gēni, kuru ekspresija ir atkarīga no CAIX. MDA-MB-231 šūnās CAIX
nomākšana pilnībā bloķēja Stanniokalcīna-1 (STC1) indukciju hipoksijas apstākļos.
Turklāt, šāds pat efekts tika novērts farmakoloģiski inhibējot CA ar acetazolamīdu, kas
parada, ka šis regulācijas mehānisms ir saistīts ar CA enzimātisko aktivitāti. STC1 ir
sekretēts glikoproteīns, kas veicina krūts vēža šūnu invazivitāti un audzēja progresiju.
Šie rezultāti vismaz daļēji izskaidro to, kādēļ CAIX inhibīcija samazina invazivitāti un
15
sfēru veidošanas potenciālu MDA-MB-231 šūnās, ko mēs parādījām iepriekšējos
pētījumos. Par šo tēmu ir sagatavota publikācija.
Apakšprojekts Nr.3.7., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol.
D.Pjanova
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
2016. gadā tika vērtēta atsevišķu dsRNS inducēto citokīnu iespējamā
mijiedarbība. Ar ELISA metodes palīdzību tika noteikta divu antagonistu, IL-10 un
IFN- indukcija. Diemžēl cerēto IFN- produkcijas samazināšanos, pieaugot IL-10
koncentrācijai, nenovērojām. Tāpat ELISA metode tika izmantota, lai apstiprinātu
augsto MIP-1 produkciju un IL-16 supresiju. MIP-1 augstā indukcija apstiprinajās,
kas ir kontekstā ar dsRNS antivirālo darbību, savukārt, IL-16 supresija neapstiprinājās
un varēja novērot ļoti lielas atškirības starp indivīdiem. Darbs pie individuālo reakciju
analīzes vēl turpinās. Dubultspiralizētās dsRNS ietekmes analīzei uz audzēja šūnām
tika izmantotas 13 dažādas audzēju šūnu līnijas (melanomas - FM3, FM9, FM55,
FM94, SkMel28, LVC5, krūts audzēji - SkBr3, MCF7, olnīcu audzējs – SKOV-3,
dzemdes kakla audzējs – HeLa, aizkuņģa dziedzera audzējs – HPAF-II, kuņģa audzējs
– AGS, rabdomiosarkoma – RD), un analizēta audzēju šūnu mitotiskā aktivitāte pēc to
tiešas apstrādes ar dsRNS. Statistiski ticamas atšķirības tika novērotas divu šūnu līniju
gadījumos (SKOV-3 un HPAF-II), tāpēc dsRNS netiešās ietekmes analīzei tika izvēlēta
HPAF-II šūnu līnija, kur audzēja šūnu mitotiskā aktivitāte tika noteikta pēc to apstrādes
ar limfocītiem, kas iepriekš bija kontaktā ar dsRNS. Aktivēto limfocītu ietekme uz
audzēja šunām bija atšķirīga un variēja starp donoriem, kas vēlreiz parāda, ka dsRNS
ietekme ir stipri personalizēta.
Apakšprojekts Nr.3.8., apakšprojekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol.
A.Leončiks
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Projekta ietvaros ir veiktas inhibitorās aktivitātes pārbaudes 36 jaunsintezētiem
selenofēna-kumarīna savienojumiem, izmantojot vielu fluorimetrisku FRET skrīningu,
kā arī papildus vielu kolorimetrisku skrīningu. Skrīninga rezultātā atlasīti tālākiem
pētījumiem savienojumi ar selektīvu MMP2 un MMP14 matriksa metaloproteināžu
inhibitoro aktivitāti. Labākajiem atlasītajiem MMP inhibitoru kandidātiem veikta
citotoksiskuma analīze uz 8 šūnu līnijām, pavisam analizēti 10 perspektīvākie
savienojumi.
Apakšprojekts Nr.3.9., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.habil.biol.
T.Kozlovska
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Šajā posma tika pētīta jaunu OSI sintezētu HBV kapsīda veidošanās inhibitora
BAY 41-4109 analogu efektivitāte zīdītāju šūnās. Šajā darbā HBV kapsīdas proteīna
(HBc) sintēze BHK-21 šūnās tika nodrošināta, izmantojot rekombinantu alfavīrusa
replikonu. Ir pārbaudīta Bay-41-4109 un tā analogu citotoksicitāte šūnās, izvērtējot
šūnu morfoloģiju un aktivitāti ar MTT testu. Tika pieradīts, ka trīs Bay-41-4109
analogi -V4-84-s, V4-92, V4-93- salīdzinot ar Bay-41-4109 ir mazāk toksiski BHK-21
šūnās. Salīdzinot ar kontroles šūnām, vismazākā citotoksicitāte ir novērota V4-92 un
16
V4-93, kas satur lipofilākus aizvietotājus 5.pozīcijā. Noteikts, ka šūnu dzīvotspēja pie
25μM inhibitoru koncentrācijas sastādīja attiecīgi 80% un 83%. Optimizētas kapsīdu
un HBc noteikšanas metodes BHK-21 šūnās, pēc to infekcijas ar rekombinanto
SFV1/HBc alfavīrusu: neskatoties uz ELISA metodes jūtīgumu, ar komerciālo HBeAg
ELISA nevar novērtēt kapsīdu veidošanās inhibitoru devas ietekmi uz veidoto kapsīdu
daudzumu šūnās; Natīvas agarozes gēla elektroforēzes un imunoblota metode ir ļoti
jūtīga, tā ļauj noteikt līdz pat 10 ng HBV kapsīdu paraugā. Ar natīvas agarozes un
Western blot metodēm ir parādīta BAY 41-4109 kapsīdu savākšanās inhibīcija no devas
atkarīgā manierē. Salīdzinot ar oriģinālo BAY 41-4109 inhibitoru, neviens no trīs
analizētājiem analogiem nav pietiekami efektīvs, lai uzrādītu būtisku HBc produkcijas
samazināšanos SFV1/HBc inficētās šūnās. Inhibitors V4-93 inducē ar natīvās agarozes
gēla elektroforēzes imunoblota metodi detektējamu HBc agregātu veidošanos, kuru
identificēšanai un ietekmei uz vīrusa replikāciju ir nepieciešami tālāki pētījumi.
Apakšprojekts Nr.3.10., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece
D.biol.A.Zajakina
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Šī darba posma mērķis bija izpētīt dažādas gēnu piegādes stratēģijas peļu
audzēju modeļos, izmantojot rekombinantos alfavīrusu vektorus un nevirālās gēnu
piegādes sistēmas. Īpaša uzmanība tika pievērsta rekombinanto vīrusu daļiņu un vīrusa
RNS/liposomālo savienojumu pielietošanai, kā arī alfavīrusu onkotropisma
raksturošanai dažādos audzēju modeļos.
Luciferāzes gēnu kodējošais Semliki meža vīruss (SFV/Luc vīrusa daļiņas) un
šī vīrusa RNS genoma lipopleksi (SFV/Luc RNS molekula) tika izmantoti
bioizplatīšanas pētījumos peļu vēža modeļos: peļu krūts vēzis (Balb/c 4T1 un TS/A)
un peļu melanoma (C57BL/6 B16). Vīrusa RNS genoma lipopleksi, kas tika izvēlēti
3.5. aktivitātes rezultātā, tika pielietoti in vivo vēža modeļos, paralēli salīdzinot tos ar
vīrusu daļiņām un neiepakotām, brīvām RNS molekulām. Šajā posmā mēs parādījām
SFV/Luc vīrusa daļiņu dominējošu lokalizāciju audzējos pie optimizētas vīrusa devas
un sistēmiskas vīrusa ievadīšanas (i.v. un i.p.) gan krūts vēža, gan melanomas modeļos.
Interesanti, ka vīrusa devas palielināšana noved pie vīrusa plašākas izplatīšanās
organismā ar maksimālo ekspresiju sirdī un plaušās. Tāpat tika izpētīts SFV RNS gēnu
piegādes potenciāls. Tomēr, neskatoties uz labiem RNS transfekcijas rezultātiem ar
SFV/Luc RNS un 1,3-dihidropiridīna atvasinājumu kompleksiem vēža šūnu kultūrās in
vitro, kas nodrošināja 40-60% transfekcijas efektivitātes (FACS rezultāti), ne
intravenozās, ne intratumorālās RNS/lipopleksu injekcijas nenodrošināja augstāku
transgēna ekspresiju audzējos, salīdzinot ar brīvo RNS intratumorālo injekciju un
vīrusa daļiņu intratumorālo un sistēmisko ievadīšanu. Mēs secinājām, ka EPR efekts
(enhanced permeability and retention effect, paaugstinātā caurlaidība un aizturēšanas
efekts) nespēj nodrošināt liposomālo daļiņu intratumorālo lokalizāciju un augstāku
transgēna ekspresiju. Citi faktori, tādi kā liposomālo daļiņu izmērs (vidēji 120 nm –
Zetasizer Nano), daļiņu internalizācija šūnās 3D apstākļos in vivo (entry), RNS
endosomāla atbrīvošanās šūnās (RNA release), pret daļiņu iedzimtā imūnatbilde (innate
immune response), var ietekmēt piegādes efektivitāti.
17
3. Projekts Nr.7. „Inovatīvu infekcijas procesa regulācijas un modulācijas
stratēģiju izveide”
Projekta vadītāja – Dr.med.M.Murovska (RSU)
Apakšprojekts Nr.7.3., apakšprojekta vadītājs - vadošā pētniece Dr.biol. R.Ranka
Īstenošanas laiks – 2014.-2017.gads
Tuberkulozes izraisītāja molekulārie pētījumi veikti sadarbībā ar RAKUS un
RSU speciālistiem, kā arī balstoties uz agrāk iegūtām zināšanām par M. tuberculosis
genomu un TB sublīniju izplatību Latvijā. Veikta M. tuberculosis klīnisko paraugu
genotipēšana ar konvencionālām metodēm un iegūto datu analīze. Šie rezultāti sniedza
svarīgu informāciju par M. tuberculosis celmu izplatību Latvijā. Īpaši tika padziļināti
pētīti daži, mūsuprāt, potenciāli bīstami genotipi. M. tuberculosis LAM apakšlīnijas
konvencionālā genotipēšana un filoģeogrāfiski pētījumi sadarbībā ar Prof. I.
Mokrousovu (Krievija) apstiprināja Latvijā izolēto tuberkulozes paraugu ģenētisko
radniecību ar Ziemeļaustrumu Eirāzijas reģiona TB izolātiem. Iegūtie rezultāti liecina
par iespējamo LAM ģimenes izcelšanos Rietumu Vidusjūras reģionā, un norāda, ka
cilvēku masu migrācija varētu būt galvenais faktors kas ietekmēja šīs līnijas
izplatīšanos. Ir sagatavots un nopublicēts zinātnisks raksts starptautiski citējamā
izdevumā (Mokrousov et al., 2016). Turpināta Latvijā atrasto TB mikroepidēmiju
uzraudzība. Veikta 16 mikroepidēmiju analīze, iegūtie rezultāti ir prezentēti
Starptautiskās konferencēs.
Nolūkā atrast iespējamās atšķirības LAM klanu virulencē ir atlasīti vairāki DNS
paraugi, kuriem ir veikta visa genoma sekvenēšanai ar jaunās paaudzes tehnoloģiju.
Rezultāti ir prezentēti starptautiskā konferencē.
Ir turpināta M. tuberculosis monitoringa iespēju analīze un praksē lietojamās
shēmas izveide. Veikta konvencionālo genotipēšanas metožu (IS6110 RFLP,
spoligotipēšana un MIRU-VNTR) izšķirtspējas izvērtēšana un analīze gan katrai
metodei atsevišķi, gan 2 metožu kombinācijām ar nolūku izvērtēt to noderīgumu TB
transmisiju izsekošanai. Veikti teorētiski aprēķini par MIRU-VNTR datu iespējamu
homoplāziju. Homoplāzijas lielā varbūtība, uz ko norāda M. avium simulēto populāciju
matemātiskā modelēšana, liecina ka līdzīgu MIRU-VNRT profilu izolātu radniecība
pat relatīvi nelielu ģeogrāfisku attālumu gadījumos ir jāizvērtē piesardzīgi. Šie rezultāti
ir publicēti starptautiski citējamā žurnālā (Kalvisa et al, 2016).
2.1.3. Starptautiskie pētniecības un attīstības projekti, tai skaitā nacionālais
līdzfinansējums
1. 7.IP Nr.313010 „BBMRI-Large Prospective Cohorts” (BBMRI-LPC),
sadarbības projekts
Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. J.Kloviņš
Īstenošanas laiks – 2013.gada 1.februāris – 2017.gada 31.oktobris
Šajā projekta realizācijas periodā turpināts uzsāktais darbs pie biobanku resursu
apzināšanas, veicot anketēšanu, kā rezultātā atjaunināti sākotnējie dati par Latvijas
biobanku tīklā esošajām un iesaistāmajām organizācijām. Veikta arī starptautisku
biobanku kursu organizēšana un vadīšana. Šo kursu laikā astoņi dalībnieki no Ukrainas,
18
Lietuvas, Polijas, Gruzijas, Portugāles apguvuši dažādas praktiskas iemaņas bioloģisko
kolekciju veidošanā un uzturēšanā, kā arī tālākajā izmantošanā pētniecība.
2. 7.IP Nr.602437 „Development of a universal influenza vaccine based on
tandem core technology” (FLUTCORE), sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošais pētnieks Dr.biol. A.Kazāks
Īstenošanas laiks – 2013.gada 1.septembris-2017.gada 31.marts
Projekta mērķis ir uzkonstruēt universālas pretgripas vakcīnas kandidāta
prototipu.
Projektā ir uzkonstruēti un producēti vairāki hepatīta B tandēm-kor-antigēna (t-
HBCAg) varianti ar ģenētiski izveidotiem insertiem no gripas vīrusa hemaglutinīna
stiebra rajona un M2 proteīna konservatīviem fragmentiem. Izveidotajiem
konstruktiem ir konstatēta protekcija peļu modeļos, bet iegūtās vīrusveidīgās daļiņas ir
ļoti nestabilas un grūti attīrāmas.
Ņemot vērā faktu, ka (1) hemaglutinīna stiebra rajons, sapludināts ar t-HBCAg
nespēj izveidot natīvo trimērisko struktūru un (2) uz HBCAg bāzētām vakcīnām ir
paredzamas nopietnas problēmas FDA atļauju iegūšanai lietošnā cilvēkiem, mēs esam
izstrādājuši alternatīvu, nesen apstiprināto ERAF projektu. Jaunajā projektā vakcīnas
konstruēšanai ir paredzēts izmantot RNS fāgu VVD un HA stiebra fragmentu natīvajā,
trimēriskjā konformācijā.
3. Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības atbalsta fonda projekts
„Mitohondriālo slimību funkcionālā modeļa izveide un biomarķieru atlase”,
sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. I.Iņaškina
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2017.gada 30.novembris (2.posms)
Turpinājām apzināt un iesaistīt projektā slimniekus ar aizdomām par
mitohondriālajām saslimšanām. 2016. gadā projektā tika iesaistīti 22 jauni pacienti un
viņiem veikta mtDNS analīze. Trim pacientiem ir atrastas nezināmas nozīmes, iepriekš
neaprakstītas mtDNS mutācijas. Kopiju skaita analīze atklāja ievērojamas mt kopiju
skaita palielināšanas 12 pacientiem. Laboratorijas praksē tika ieviesta metode
OXPHOS proteīnu kompleksu aktivitātes (I, II, III, IV, V, I+III, II+III) noteikšanai
asins perifērajos limfocītos, izmantojot spektrofotometru. Tika izveidota kontroles
grupa no veseliem cilvēkiem dažādās vecuma grupās. Tas tika veikts, jo ir nepieciešams
noteikt references vērtību robežas (kurus katra laboratorija nosaka autonomi), ar kurām
salīdzināt pacientu rādītājus. Iegūtie rezultāti pierāda, ka metode var būt veiksmīgi
izmantojama klīniskajā praksē. Tika turpināti darbi pie iepriekšējā periodā izveidotiem
cibrīdu modeļiem (kā patoloģisko mtDNS mutāciju saturošiem, tā arī kontroles grupas
modeļiem kas satur Eiropai raksturīgas mitohondriālas haplogrupas – A12, H3, H11,
I1, J1, U4, U5, V1, V7, W6), kvalitatīvi analizējot tos. Papildus tam, mēs izveidojām
jaunus cibrīdu modeļus, kas satur mtDNS haplogrupas, kas netika iesaistītas projekta
iepriekšējā periodā.
19
4. Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības atbalsta fonda projekts
„Kuņģa vēža asociēto autoantivielu testa izveide un validēšana agrīnai kuņģa
vēža diagnostikai”, sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. Z.Kalniņa
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2017.gada 30.novembris (3.posms)
Projekta ietvaros tika veikts liela apjoma pētījums, kurā tika noskaidrots, kurā
kuņģa vēža attīstības posmā pacientiem sāk veidoties autoantivielas pret vēža
antigēniem un kāda ir to prognostiskā nozīme. Izmantojot iepriekš izstrādāto
rekombinanto proteīnu mikrorindu tehnoloģiju, šī projekta ietvaros tika testēti vairāk
kā 2500 plazmas paraugi. Šī kohorta ietver kuņģa vēža un atrofiska gastrīta pacientus,
praktiski veselus cilvēkus, kam veikta endoskopiska izmeklēšana, kā arī longitudināla
populācijas pētījuma pacientus, kam pētījuma laikā detektēts kuņģa vēzis (un ir
pieejami pirms diagnozes noteikšanas ņemtie plazmas paraugi). Tika sagatavots viens
zinātniskais raksts.
5. Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības atbalsta fonda projekts
„Dažāda garuma bakteriofāga izcelsmes dsRNS imūnmodulatorās īpašības un
to pielietojums vakcīnās”, sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. D.Pjanova
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2017.gada 30.novembris (1.posms)
Projekta pirmā gada ietvaros no heterogēnās dsRNS (Larifāna) ar gēla
hromatogrāfijas metodi iegūtas dažāda garuma dsRNS frakcijas un ar Lumex xMAP
tehnoloģiju izanalīzēts to induceto citokīnu un hemokīnu spekts (kopā 29 dažādi
citokīni un hemokīni). Balstoties uz iegūtajiem rezultātiem atlasītas trīs dažādas
frakcijas tālākai izpētei.
6. Nr. NFI/R/2014/045 „Prostatas vēža ekstracelulārās vezikulas: funkcionālā
loma starpšūnu komunikācijā un klīniskais pielietojums”
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. A.Linē
Īstenošanas ilgums – 2015.gada 1.maijs-2017.gada 30.aprīlis
Projekta galvenais mērķis ir noskaidrot prostatas vēža šūnu producēto
ekstracelulāro vezikulu (EV) lomu audzēja progresijā un, pētot EV saturu, identificēt
potenciālus terapijas mērķus un biomarķierus slimības gaitas prognozēšanai. Šajā gadā
tika veikti sekojoši uzdevumi:
Pabeigta prostatas vēža (PC) pacientu iesaistīšana pētījumā un izveidota
longitudināla kohorta, kurā iekļauti 53PC pacienti. Šiem pacientiem ir savākti
asins un urīna paraugi pirms operācijas, 7. dienā, 3 un 9 mēnešus pēc operācijas,
kā arī audzēja un normālo audu paraugi no operācijas materiāla. Otrkārt, tika
pabeigta klīniskās informācijas apkopošana retrospektīvās PC un BPH kohortas
pacientiem, kas ļāva identificēt pacientu grupu, kuriem sākotnēja diagnoze BPH
piecu gadu laikā ir mainījusies uz PC.
Tika veikta mazo RNS sekvenēšana viena pacienta asins un urīna EV paraugos,
kas ņemti pirms un pēc operācijas, kā arī audzēja un normālo audu paraugā.
Negaidīti, RNA-Seq datu analīze parādīja, ka šī pacienta asins un urīna EV
paraugos 35 - 82% RNS lasījumu atbilst dažādu mikroorganismu genomiem.
Analizējot cilvēka miRNS, tika konstatēts, ka pirms-operācijas asins un urīna EV
20
paraugi klāsterējas kopā ar audzēja audiem, savukārt pēc operācijas EV paraugi
kopā ar normālajiem audiem. Nākamajā gadā paredzēts veikt mazo RNS
sekvenēšanu vēl viena pacienta pilnā paraugu komplektā un interesējošās mazās
RNS testēt visos longitudinālās kohortas paraugos.
Veicot sistemātisku literatūras analīzi, izveidots 15 PC-asociēto miRNS panelis.
Šīs miRNS ir augstu ekspresētas PC audos, detektētas pacientu plazmā vai urīnā
un tām ir parādīta prognostiska nozīme. Ir iesākts darbs pie šo miRNS testēšanas
retrospektīvās kohortas pacientu plazmas EV un totālās plazmas paraugos. Šī
eksperimenta galvenais mērķis ir noskaidrot vai EV izolēšana dod priekšrocības
diagnostiski vai prognostiski nozīmīgo miRNS biomarķieru detektēšanai.
Tika turpināts darbs pie EV funkcionālo efektu izpētes un peļu modeļa
izveidošanas. NFI stipendiju projekta ietvaros Lilite Sadovska viesojās Oslo
Universitātes slimnīcā, Prof. Kjersti Flatmark laboratorijā, kur apguva praktiskās
iemaņas darbam ar laboratorijas dzīvniekiem, to skaitā audzēju ksenotransplantu
iegūšanā.
Publicēti divi zinātniskie raksti.
7. Nr. NFI/R/2014/051 „Vizuāli kontrolējama vēža gēnu terapija kombinācijā ar
potenciāliem ķīmijterapijas savienojumiem”
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol. A.Zajakina
Īstenošanas ilgums – 2015.gada 1.maijs-2017.gada 30.aprīlis
Lai pārbaudītu citokīnus ekspresējošu, uz Semliki meža vīrusu (SFV) balstītu
vektoru potenciālu audzēja imunoterapijā, tika sintezētas trīs jaunas, uz SFV vektoru
balstītas alfavīrusu konstrukcijas, kas saturēja mTNFa, mIFNg un hIFNg gēnus. Tika
parādīta SFV vektoru spēja inficēt Lewis plaušu karcinomas (LLC) šūnas un efektīvi
inhibēt to augšanu in vitro. Lai noteiktu, vai SFV-mIFNg iegūts mIFNg spēj paaugstināt
makrofāgu aktivāciju caur TLR in vitro, SFV-mIFNg iegūtais mIFNg tika izmantots,
lai aktivētu no kaulu smadzenēm iegūtus makrofāgus (BMDM) un novērtētu LLC šūnu
augšanas inhibīciju. Tā kā SFV iegūta mIFNg funkcionalitāte in vitro tika parādīta trīs
neatkarīgos eksperimentos, tika secināts, ka no SFV iegūts mIFNg varētu tikt izmantots
makrofāgu aktivācijas paaugstināšanā un audzēja supresīva fenotipa iegūšanā caur
dažādu TLR aktivāciju.
Tālāk, terapija ar SFV vektoriem atsevišķi vai kopā ar TLR ligandiem tika
izpētīta audzēju augšanas inhibēšanas eksperimentos sadarbībā ar Norvēģijas
partneriem. Rezultāti demonstrēja pozitīvu terapeitisku efektu (30% audzēju augšanas
samazinājumu), pielietojot šo ārstēšanas stratēģiju. Papildus tam, OSI sintezētie
fluorescentie savienojumi tika izmantoti, lai iezīmētu vēža šūnas šūnu vizualizācjai in
vivo peļu modeļos. Šie jaunie savienojumi ar fluorescences īpašībām infrasarkanajā
spektrā tiks tālāk izmantoti, lai izveidotu teranostikumus vēža diagnostikai un terapijai.
Nākotnē ir paredzēts novērtēt SFV-mTNFa ietekmi uz audzēja augšanas inhibīciju in
vivo kombinācijā ar SFV-mIFNg, kā arī pārbaudīt SFV-hIFNg konstrukta efektivitāti
cilvēka plaušu audzēja ksenotransplantācijas modelī in vivo.
21
8. ERA-NET projekts „Melanomas metastāžu un sekundāro audzēju attīstības
ģenētiskie marķieri (GENMEL)”, sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.D.Pjanova
Īstenošanas ilgums – 2015.gada 1.maijs-2018.gada 30.aprīlis
Projekta ietvaros tika atlasīti 11 melanomas pacienti, kuriem pieejama gan
genomiskā DNS no asinīm, gan saldēts audzēju audu materiāls. No saldētajiem audiem
ar fenola-hloroforma metodi tika izdalīta DNS, kam paralēli ar attiecīgās personas asiņu
DNS tika veikta eksomu sekvenēšana. Iegūtās sekvences gan ir iekļauti projekta kopējā
analīzē, gan norisinās darbs pie eksomu datu apstrādes un analīzes. Parēli tika izdalīta
DNA no formalīnā fiksētiem un parafīnā ieslēgtiem audu DNS paraugiem un parbaudīta
DNS kvalitāte lielapjoma dauzdķēžu paralēlejai sekvenēšanai, izmantojot HaloPlex
platformu. Iegūtie rezultāti atspoguļoti LU Bioloģijas fakultātes studentes Alises
Annijas Vaitkus kursa darbā.
9. ERA-NET projekts „Universāls nano-pastiprinātājs miRNS analīzei multiplās
sklerozes pacientu asinīs, izmantojot virsmas plazmonu rezonanses
tehnoloģiju (NanoPlasmiRNA)”, sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.A.Linē
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2017.gada 31.decembris
Projekta mērķis ir izstrādāt universālu nano-pastiprinātāju, kas uzlabo virsmas
plazmonu rezonanses (SPRi) tehnoloģijas jutību miRNS detektēšanai un parādīt
iespējas šo tehnoloģiju izmantot miRNS biomarķieru detektēšanai multiplās sklerozes
(MS) pacientu asinīs. BMC galvenais uzdevums šajā projektā ir izveidot ~60 miRNS
paneli, kas tiks izmantots SPRi tehnoloģijas testēšanā. miRNS atlase balstās uz mazo
RNS sekvenēšanu MS pacientu un veselu cilvēku plazmā. Projekta pirmajā īstenošanas
gadā tika optimizēta metodika cfRNS (cell-free RNA) izolēšanai no cilvēku plazmas un
nosekvenētas 11 mazo RNS bibliotēkas, izmantojot Ion Torrent tehnoloģiju. Lai gan
visos gadījumos tika iegūts pietiekami liels primāro lasījumu (raw reads) skaits,
rezultātu analīze parādīja, ka identificēto miRNS lasījumu skaits būtiski variē starp
dažādiem paraugiem un ievērojamu daļu lasījumu katrā bibliotēkā sastāda pašliģēti
adapteri bez inserta, kas liecina par to, ka Ion Torrent tehnoloģija nav labi piemērota
mazo RNS bibliotēku konstruēšanai no ļoti maza RNS daudzuma (0.5-1ng). Tādēļ
pašlaik tiek meklētas iespējas izmantot citus reaģentu komplektus mazo RNS bibliotēku
konstruēšanai.
10. ERA-NET projekts „Uz alfavīrusiem basltīta hitināzei līdzīgā proteīna gēna
piegāde makrofāgu pretaudzēja programmēšanai (AlphaChit)”, sadarbības
projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.A.Zajakina
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2018.gada 30.jūnijs
Šajā projekta posmā tika sintezēti vairāki alfavīrusu vektori, kas ekspresē peļu
SI-CLP gēnu: SFV/SI-CLP, SFV/enhSI-CLP, SINrep5/SI-CLP, SIN(NspSer)/SI-CLP.
Savstarpēji salīdzinot šo rekombinanto alfavīrusu vektoru transgēna ekspresiju,
visaugstākā gēna SI-CLP ekspresija tika konstatēta BHK šūnās pēc infekcijas ar
22
SFV/enhSI-CLP vektoru. Izmantojot imunofluorescences mikroskopiju, tika
konstatēts, ka SI-CLP lokalizējas pārsvarā šūnu citoplazmā un daļēji kodolā. Balstoties
uz anti-SI-CLP imunoprecipitāciju ar turpmāku western blota analīzi, tika konstatēts,
ka proteīna sekrēcija nenotiek. Kopā ar Vācijas partneriem tika parādīts, ka SI-CLP
ekspresējošās vēža šūnas stimulē peļu makrofāgu M1 fenotipa marķieru ekspresiju un
makrofāgu pretvēža darbību in vitro.
11. Zviedrijas institūta Baltijas jūras reģiona projekts Nr. 19806/2016 “Baltic
platform for the innovative immunotherapies (INNOVIMMUNE)”,
sadarbības projekts
Projekta vadītājs – vadošā pētniece Dr.biol.I.Sominska
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.novembris-2018.gada 31.marts
Projekta mērķis ir uzlabot Baltijas jūras reģiona (BJR) globālo konkurētspēju
prioritārās sabiedrības veselības nozarēs, izmantojot (1) pēcdiploma izglītību
biomedicīnas un biotehnoloģijas nozarēs, lai nodrošinātu plašu aktuālo zināšanu
izplatīšanas; (2) aktīvi veicināt jauno pētnieku statusa, darbības rādītājus un
konkurētspējas paaugstināšanas; (3) atsevišķo iesaistīto partneru/valstu kapacitāšu
apvienošana kopīgai postošo cilvēku slimību imūnās terapijas inovatīvo pieeju
izstrādāšanai.
2.1.4. Valsts vai pašvaldības budžeta iestāžu un komersantu pētniecības projektu
līgumdarbi
1. Iedzīvotāju genoma datubāzes projekta īstenošana
Projekta vadītājs - vadošais pētnieks Dr.biol. J.Kloviņš
Īstenošanas ilgums – 2016.gada 1.janvāris-2016.gada 31.decembris
2016.gadā Valsts iedzīvotāju genoma datu bāzē tika iesaistīti 2234 dalībnieki,
veikta paraugu apstrāde. Ievākto audu paraugu un fenotipiskās informācijas sadalījums
pa medicīnas iestādēm:
Lai palielinātu datubāzē iesaistīto gēnu donoru skaitu, tika turpināta sadarbība
ar Latvijas Universitātes un starptautisko partneru atbalstīto gremošanas trakta audzēju
izpētes projektu GISTAR. Šāda pieeja ir ļāvusi iesaistīt VIGDB par 935 gēnu donoriem
vairāk no kopējā paraugu skaita.
2016.gadā tika veiktas 18 visa genoma hibridizācijas (CGH) analīzes
pacientiem ar aizdomām par hromosomu struktūras mikrodelēcijām/duplikācijām.
Iedzimtās hiperholesterinēmijas pacientu testēšana veikta 16 pacientiem. FLT3, NPM1
genotipēšanu bērnu onkohematologu vajadzībām tika nosūtīti divi pacienti. Latentā
autoimūnā diabēta (LADA) izpētes ietvaros datubāzē identificēti 126 cilvēki, kuriem
veikta anti-GAD65 antivielu noteikšana un tiek apkopoti iegūtie rezultāti, lai izveidotu
priekšlikumus LADA precīzai diagnostikai Latvijā. Veikta testēšana 20
vairogdziedzera vēža pacientu DNS paraugiem.
23
2.1.5. Starptautiskie un vietējie pētniecības projektu līgumdarbi
1. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SAIBA AH GmbH.
2. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SAIBA GmbH.
3. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Uppsala Universitet.
4. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – ViroGen Corporation.
5. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – HypoPet GmbH.
6. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – Dundee Universitet.
7. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – RSU.
8. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – LLU.
9. Līgums par pētniecības pakalpojumu, pasūtītājs – SIA GenEra.
2.2. Zinātniskās publikācijas
2.2.1. Zinātniskās publikācijas, kas iekļautas Web of Science vai SCOPUS
1. Rasina, D., Otikovs, M., Leitans, J., Recacha, R., Borysov, O.V., Kanepe-Lapsa, I.,
Domraceva, I., Pantelejevs, T., Tars, K., Blackman, M.J., Jaudzems, K., Jirgensons,
A. Fragment-Based Discovery of 2-Aminoquinazolin-4(3H)-ones As Novel Class
Nonpeptidomimetic Inhibitors of the Plasmepsins I, II, and IV (2016) Journal of
Medicinal Chemistry, 59 (1), pp. 374-387. PMID: 26670264
2. Stepanovs, D., Tetere, Z., Raviņa, I., Kumpiņš, V., Zicane, D., Bizdena, E., Bogans,
J., Novosjolova, I., Grigaloviča, A., Meri, R.M., Fotins, J., Čerkasovs, M., Mishnev,
A., Turks, M. Structural characterization of cevimeline and its trans-impurity by
single crystal XRD (2016) Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 118,
pp. 404-409. PMID: 26609680
3. Capligina, V., Berzina, I., Bormane, A., Salmane, I., Vilks, K., Kazarina, A.,
Bandere, D., Baumanis, V., Ranka, R. Prevalence and phylogenetic analysis of
Babesia spp. in Ixodes ricinus and Ixodes persulcatus ticks in Latvia (2016)
Experimental and Applied Acarology, 68 (3), pp. 325-336. PMID: 26481239
4. Spjuth, O., Krestyaninova, M., Hastings, J., Shen, H.-Y., Heikkinen, J.,
Waldenberger, M., Langhammer, A., Ladenvall, C., Esko, T., Persson, M.-.,
Heggland, J., Dietrich, J., Ose, S., Gieger, C., Ried, J.S., Peters, A., Fortier, I., de
Geus, E.J.C., Klovins, J., Zaharenko, L., Willemsen, G., Hottenga, J.-J., Litton, J.-
E., Karvanen, J., Boomsma, D.I., Groop, L., Rung, J., Palmgren, J., Pedersen, N.L.,
McCarthy, M.I., van Duijn, C.M., Hveem, K., Metspalu, A., Ripatti, S., Prokopenko,
I., Harris, J.R. Harmonising and linking biomedical and clinical data across
disparate data archives to enable integrative cross-biobank research (2016)
European Journal of Human Genetics, DOI: 10.1038/ejhg.2015.165. PMID:
26306643
5. Krupovic, M., Dutilh, B.E., Adriaenssens, E.M., Wittmann, J., Vogensen, F.K.,
Sullivan, M.B., Rumnieks, J., Prangishvili, D., Lavigne, R., Kropinski, A.M.,
Klumpp, J., Gillis, A., Enault, F., Edwards, R.A., Duffy, S., Clokie, M.R.C.,
Barylski, J., Ackermann, H.-W., Kuhn, J.H. Taxonomy of prokaryotic viruses:
update from the ICTV bacterial and archaeal viruses subcommittee (2016) Archives
of Virology, pp. 1-5. DOI: 10.1007/s00705-015-2728-0. PMID: 26733293
24
6. Tiškina, V., Capligina, V., Must, K., Berzina, I., Ranka, R., Jokelainen, P. Fatal
Babesia canis canis infection in a splenectomized Estonian dog (2016) Acta
Veterinaria Scandinavica, DOI: 10.1186/s13028-016-0189-4. PMID: 26810086
7. Backes S, Jäger C, Dembek CJ, Kosinska AD, Bauer T, Stephan AS, Dišlers A,
Mutwiri G, Busch DH, Babiuk LA, Gasteiger G, Protzer U. Protein-prime/modified
vaccinia virus Ankara vector-boost vaccination overcomes tolerance in high-
antigenemic HBV-transgenic mice (2016) Vaccine. 2016 Feb 10;34(7):923-32. doi:
10.1016/j.vaccine.2015.12.060. Epub 2016 Jan 15. PMID: 26776470
8. Gerashchenko, B.I., Salmina, K., Eglitis, J., Huna, A., Grjunberga, V., Erenpreisa,
J. Disentangling the aneuploidy and senescence paradoxes: a study of triploid breast
cancers non-responsive to neoadjuvant therapy (2016) Histochemistry and Cell
Biology, 145 (4), pp. 497-508. PMID: 26860864
9. Klionsky, D.J., … Erenpresa J., ... Deter, R.L. Erratum to: Guidelines for the use
and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition) (Autophagy, 12,
1, 1-222, 10.1080/15548627.2015.1100356 (2016) Autophagy, 12 (2), p. 443.
PMID: 26799652
10. Vazquez-Martin, A., Anatskaya, O., Giuliani, A., Erenpreisa, J., Huang, S., Salmina,
K., Inashkina, I., Huna, A., Nikolsky, N., & Vinogradov, A. (2016). Somatic
polyploidy is associated with the upregulation of c-MYC interacting genes and EMT-
like signature. Oncotarget, 7(46), 75235-75260. PMID: 27655693
11. Anatskaya, O.V., Erenpreisa, J.A., Nikolsky, N.N., Vinogradov, A.E. Pairwise
comparison of mammalian transcriptomes associated with the effect of polyploidy
on the expression activity of developmental gene modules (2016) Cell and Tissue
Biology, pp. 122-132. PMID: 26995969
12. Maggio B, Raffa D, Raimondi MV, Cascioferro S, Plescia F, Schillaci D, Cusimano
MG, Leonchiks A, Zhulenkovs D, Basile L, Daidone G. Discovery of a New Class
of Sortase A Transpeptidase Inhibitors to Tackle Gram-Positive Pathogens: 2-(2-
Phenylhydrazinylidene)alkanoic Acids and Related Derivatives. Molecules. 2016
Feb 19;21(2):241. PMID: 26907235
13. Cascioferro S, Maggio B, Raffa D, Raimondi MV, Cusimano MG, Schillaci D,
Manachini B, Leonchiks A, Daidone G. A new class of phenylhydrazinylidene
derivatives as inhibitors of Staphylococcus aureus biofilm formation. Medicinal
Chemistry Research. (2016) May 1;25(5):870-878. DOI: 10.1007/s00044-016-
1535-9
14. Mokrousov, I., Vyazovaya, A., Iwamoto, T., Skiba, Y., Pole, I., Zhdanova, S.,
Arikawa, K., Sinkov, V., Umpeleva, T., Valcheva, V., Alvarez Figueroa, M., Ranka,
R., Jansone, I., Ogarkov, O., Zhuravlev, V., Narvskaya, O. Latin-American-
Mediterranean lineage of Mycobacterium tuberculosis: Human traces across
pathogen's phylogeography (2016) Molecular Phylogenetics and Evolution, 99, pp.
133-143. PMID: 27001605
15. Kalvisa, A., Tsirogiannis, C., Silamikelis, I., Skenders, G., Broka, L., Zirnitis, A.,
Jansone, I., Ranka, R. MIRU-VNTR genotype diversity and indications of homoplasy
in M. avium strains isolated from humans and slaughter pigs in Latvia (2016)
Infection, Genetics and Evolution, 43, pp. 15-21. PMID: 27178993
16. Igumnova, V., Capligina, V., Krams, A., Cirule, A., Elferts, D., Pole, I., Jansone, I.,
Bandere, D., Ranka, R. Genotype and allele frequencies of isoniazid-metabolizing
25
enzymes NAT2 and GSTM1 in Latvian tuberculosis patients (2016) Journal of
Infection and Chemotherapy, 22 (7), pp. 472-477. PMID: 27236516
17. Baumane, K., Ranka, R., Laganovska, G. Association of NT-proANP Level in
Plasma and Humor Aqueous with Primary Open-Angle Glaucoma (2016) Current
Eye Research, pp. 1-4. PMID: 27723368
18. Pumpens, P., Renhofa, R., Dishlers, A., Kozlovska, T., Ose, V., Pushko, P., Tars,
K., Grens, E., Bachmann, M.F. The True Story and Advantages of RNA Phage
Capsids as Nanotools (2016) Intervirology, pp. 74-110. PMID: 27829245
19. Shishovs, M., Rumnieks, J., Diebolder, C., Jaudzems, K., Andreas, L.B., Stanek, J.,
Kazaks, A., Kotelovica, S., Akopjana, I., Pintacuda, G., Koning, R.I., Tars, K.
Structure of AP205 Coat Protein Reveals Circular Permutation in ssRNA
Bacteriophages (2016) Journal of Molecular Biology, 428 (21), pp. 4267-4279. doi:
10.1016/j.jmb.2016.08.025. PMID: 27591890
20. Stanek J, Andreas LB, Jaudzems K, Cala D, Lalli D, Bertarello A, Schubeis T,
Akopjana I, Kotelovica S, Tars K, Pica A, Leone S, Picone D, Xu ZQ, Dixon NE,
Martinez D, Berbon M, El Mammeri N, Noubhani A, Saupe S, Habenstein B, Loquet
A, Pintacuda G. NMR Spectroscopic Assignment of Backbone and Side-Chain
Protons in Fully Protonated Proteins: Microcrystals, Sedimented Assemblies, and
Amyloid Fibrils. Angew Chem Int Ed Engl. 2016 Nov 16. doi:
10.1002/anie.201607084. PMID: 27865050
21. Andreas, L.B., Jaudzems, K., Stanek, J., Lalli, D., Bertarelloa, A., Marchand, T.L.,
De Paepe, D.C., Kotelovica, S., Akopjana, I., Knott, B., Wegner, S., Engelke, F.,
Lesage, A., Emsley, L., Tars, K., Herrmann, T., Pintacuda, G. Structure of fully
protonated proteins by proton-detected magic- Angle spinning NMR (2016)
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,
113 (33), pp. 9187-9192. doi: 10.1073/pnas.1602248113. PMID: 27489348
22. Koning, R.I., Gomez-Blanco, J., Akopjana, I., Vargas, J., Kazaks, A., Tars, K.,
Carazo, J.M., Koster, A.J. Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2
reveals genome structure in situ (2016) Nature Communications, 7, art. no. 12524.
doi: 10.1038/ncomms12524. PMID: 27561669
23. Liepinsh, E., Makrecka-Kuka, M., Volska, K., Kuka, J., Makarova, E., Antone, U.,
Sevostjanovs, E., Vilskersts, R., Strods, A., Tars, K., Dambrova, M. Long-chain
acylcarnitines determine ischaemia/reperfusion-induced damage in heart
mitochondria (2016) Biochemical Journal, 473 (9), pp. 1191-1202. doi:
10.1042/BCJ20160164. PMID: 26936967
24. Recacha, R., Jaudzems, K., Akopjana, I., Jirgensons, A., Tars, K. Crystal structure
of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: The plasticity of proplasmepsins
(2016) Acta Crystallographica Section:F Structural Biology Communications, 72,
pp. 659-666. doi:10.1107/S2053230X16011663. PMID: 27599854
25. Vasilevska, J., De Souza, G.A., Stensland, M., Skrastina, D., Zhulenvovs, D.,
Paplausks, R., Kurena, B., Kozlovska, T., Zajakina, A. Comparative protein
profiling of B16 mouse melanoma cells susceptible and non-susceptible to
alphavirus infection: Effect of the tumor microenvironment (2016) Cancer Biology
and Therapy, 17 (10), pp. 1035-1050. PMID: 27636533
26. Legzdina, D., Romanauska, A., Nikulshin, S., Kozlovska, T., Berzins, U.
Characterization of senescence of culture-expanded human adipose-derived
26
mesenchymal stem cells (2016) International Journal of Stem Cells, 9 (1), pp. 124-
136. PMID: 27426094
27. Endzeliņš, E., Melne, V., Kalniņa, Z., Lietuvietis, V., Riekstiņa, U., Llorente, A.,
Line, A. Diagnostic, prognostic and predictive value of cell-free miRNAs in prostate
cancer: A systematic review (2016) Molecular Cancer, 15 (1), art. no. 41. PMID:
27189160
28. Viter, R., Jekabsons, K., Kalnina, Z., Poletaev, N., Hsu, S.H., Riekstina, U.
Bioanalytical system for detection of cancer cells with photoluminescent ZnO
nanorods (2016) Nanotechnology, 27 (46), art. no. 465101. PMID: 27731308
29. Romanchikova, N., Strods, A., Strazdina, J., Strumfs, B., Trapencieris, P. A novel
aziridine-based bruton's tyrosine kinase inhibitor induces apoptosis through down-
regulation of p65/RelA phosphorylation on serine 536 and ERK1/2 in mantle cell
lymphoma (2016) Anticancer Research, 36 (11), pp. 6133-6140. PMID: 27793942
30. Hamdi, Y., .... Tihomirova, L., ..... Simard, J. Association of breast cancer risk in
BRCA1 and BRCA2 mutation carriers with genetic variants showing differential
allelic expression: identification of a modifier of breast cancer risk at locus 11q22.3
(2016) Breast Cancer Research and Treatment, pp. 1-18. PMID: 27796716
31. Lawrenson, K., … Tihimirova, L., ... Price, M. Functional mechanisms underlying
pleiotropic risk alleles at the 19p13.1 breast-ovarian cancer susceptibility locus
(2016) Nature Communications, 7, art. no. 12675. PMID: 27601076
32. Dujic, T., Zhou, K., Yee, S.W., van Leeuwen N., de Keyser, C.E., Javorský, M.,
Goswami, S., Zaharenko. L., Marie, M., Christensen, H., Out, M., Tavendale, R.,
Kubo, M., Hedderson, M.M., van der Heijden, A.A., Klimčáková, L., Pirags, V.,
Kooy, A., Brøsen, K., Klovins, J., Semiz, S., Tkáč, I., Stricker, B.H., Palmer, C.N.,
't Hart, L.M., Giacomini, K.M., Pearson, E.R. Variants in Pharmacokinetic
Transporters and Glycaemic Response to Metformin: A MetGen Meta-Analysis.
2016. Clinical Pharmacology & Therapeutics, PMID: 27859023
33. Zaharenko, L., Kalnina, I., Geldnere, K., Konrade, I., Grinberga, S., Židzik ,J.,
Javorský, M., Lejnieks, A., Nikitina-Zake, L., Fridmanis, D., Peculis, R., Radovica-
Spalvina, I., Hartmane, D., Pugovics, O., Tkáč, I., Klimčáková, L., Pirags, V.,
Klovins, J. Single nucleotide polymorphisms in the intergenic region between
metformin transporter OCT2 and OCT3 genes are associated with short-term
response to metformin monotherapy in type 2 diabetes mellitus patients (2016)
European Journal of Endocrinology. PMID: 27609360
34. Zhou, K., Yee, S.W., Seiser, E.L., Van Leeuwen, N., Tavendale, R., Bennett, A.J.,
Groves, C.J., Coleman, R.L., Van Der Heijden, A.A., Beulens, J.W., De Keyser,
C.E., Zaharenko, L., Rotroff, D.M., Out, M., Jablonski, K.A., Chen, L., Javorský,
M., Zidzik, J., Levin, A.M., Keoki Williams, L., Dujic, T., Semiz, S., Kubo, M.,
Chien, H.-C., Maeda, S., Witte, J.S., Wu, L., Tká, I., Kooy, A., Van Schaik, R.H.N.,
Stehouwer, C.D.A., Logie, L., Sutherland, C., Klovins, J., Pirags, V., Hofman, A.,
Stricker, B.H., Motsinger-Reif, A.A., Wagner, M.J., Innocenti, F., Hart, L.M.,
Holman, R.R., McCarthy, M.I., Hedderson, M.M., Palmer, C.N.A., Florez, J.C.,
Giacomini, K.M., Pearson, E.R. Variation in the glucose transporter gene SLC2A2
is associated with glycemic response to metformin (2016) Nature Genetics, 48 (9),
pp. 1055-1059. PMID: 27500523
27
35. Megnis, K., Mandrika, I., Petrovska, R., Stukens, J., Rovite, V., Balcere, I., Jansone,
L.S., Peculis, R., Pirags, V., Klovins, J. Functional Characteristics of Multipotent
Mesenchymal Stromal Cells from Pituitary Adenomas (2016) Stem Cells
International, 2016, art. no. 7103720. PMID: 27340409
36. Peculis, R., Balcere, I., Rovite, V., Megnis, K., Valtere, A., Stukens, J., Arnicane,
L., Nikitina-Zake, L., Lejnieks, A., Pirags, V., Klovins, J. Polymorphisms in MEN1
and DRD2 genes are associated with the occurrence and characteristics of pituitary
adenomas (2016) European Journal of Endocrinology, 175 (2), pp. 145-153. PMID:
27185868
37. Franke, B., Stein, J.L., Ripke, S., Anttila, V., Hibar, D.P., van Hulzen, K.J., Arias-
Vasquez, A., Smoller, J.W., Nichols, T.E., Neale, M.C., McIntosh, A.M., Lee, P.,
McMahon, F.J., Meyer-Lindenberg, A., Mattheisen, M., Andreassen, O.A., Gruber,
O., Sachdev, P.S., Roiz-Santiañez, R., Saykin, A.J., Ehrlich, S., Mather, K.A.,
Turner, J.A., Schwarz, E., Thalamuthu, A., Yao, Y., Ho, Y.Y., Martin, N.G., Wright,
M.J., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium,
Psychosis Endophenotypes International Consortium, Wellcome Trust Case Control
Consortium 2, Enigma Consortium, O'Donovan, M.C., Thompson, P.M., Neale,
B.M., Medland, S.E., Sullivan, P.F. Genetic influences on schizophrenia and
subcortical brain volumes: large-scale proof of concept (2016) Nature
Neuroscience, 19(3):420-31. PMID: 26854805
38. Sekar, A., Bialas, A.R., de Rivera, H., Davis, A., Hammond, T.R., Kamitaki, N.,
Tooley, K., Presumey, J., Baum, M., Van Doren, V., Genovese, G., Rose, S.A.,
Handsaker, R.E., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics
Consortium, Daly, M.J., Carroll, M.C., Stevens, B., McCarroll, S.A. Schizophrenia
risk from complex variation of complement component 4 (2016). Nature,
530(7589):177-83. PMID: 26814963
39. Bigdeli, T.B., Ripke, S., Bacanu, S.A., Lee, S.H., Wray, N.R., Gejman, P.V.,
Rietschel, M., Cichon, S., St Clair, D., Corvin, A., Kirov, G., McQuillin, A., Gurling,
H., Rujescu, D., Andreassen, O.A., Werge, T., Blackwood, D.H., Pato, C.N., Pato,
M.T., Malhotra, A.K., O'Donovan, M.C., Kendler, K.S., Fanous, A.H.,
Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genome-
wide association study reveals greater polygenic loading for schizophrenia in cases
with a family history of illness (2016) American Journal of Medical Genetics Part B:
Neuropsychiatric Genetics, 171B(2):276-89. PMID: 26663532
40. Johnson, E. C., D. W. Bjelland, D. P. Howrigan, A. Abdellaoui, G. Breen, A.
Borglum, S. Cichon, F. Degenhardt, A. J. Forstner, J. Frank, G. Genovese, S.
Heilmann-Heimbach, S. Herms, P. Hoffman, W. Maier, M. Mattheisen, D. Morris,
B. Mowry, B. Müller-Mhysok, B. Neale, I. Nenadic, M. M. Nöthen, C. O’Dushlaine,
M. Rietschel, D. M. Ruderfer, D. Rujescu, T. G. Schulze, M. A. Simonson, E. Stahl,
J. Strohmaier, S. H. Witt, Consortium Schizophrenia Working Group of the
Psychiatric Genomics, S. Ripke, B. M. Neale, A. Corvin, J. T. R. Walters, K. H.
Farh, P. A. Holmans, P. Lee, B. Bulik-Sullivan, D. A. Collier, H. Huang, T. H. Pers,
I. Agartz, E. Agerbo, M. Albus, M. Alexander, F. Amin, S. A. Bacanu, M.
Begemann, R. A. Belliveau, Jr., J. Bene, S. E. Bergen, E. Bevilacqua, T. B. Bigdeli,
D. W. Black, R. Bruggeman, N. G. Buccola, R. L. Buckner, W. Byerley, W. Cahn,
G. Cai, D. Campion, R. M. Cantor, V. J. Carr, N. Carrera, S. V. Catts, K. D.
28
Chambert, R. C. K. Chan, R. Y. L. Chen, E. Y. H. Chen, W. Cheng, E. F. C. Cheung,
S. A. Chong, C. Robert Cloninger, D. Cohen, N. Cohen, P. Cormican, N. Craddock,
J. J. Crowley, D. Curtis, M. Davidson, K. L. Davis, J. Del Favero, D. Demontis, D.
Dikeos, T. Dinan, S. Djurovic, G. Donohoe, E. Drapeau, J. Duan, F. Dudbridge, N.
Durmishi, P. Eichhammer, J. Eriksson, V. Escott-Price, L. Essioux, A. H. Fanous,
M. S. Farrell, L. Franke, et al.. No Reliable Association between Runs of
Homozygosity and Schizophrenia in a Well-Powered Replication Study (2016) PLoS
Genetics, 12 (10), art. no. e1006343. PMID: 27792727
41. Damsgaard, J., Joensen, U.N., Carlsen, E., Erenpreiss, J., Blomberg Jensen, M.,
Matulevicius, V., Zilaitiene, B., Olesen, I.A., Perheentupa, A., Punab, M.,
Salzbrunn, A., Toppari, J., Virtanen, H.E., Juul, A., Skakkebæk, N.E., Jørgensen, N.
Varicocele Is Associated with Impaired Semen Quality and Reproductive Hormone
Levels: A Study of 7035 Healthy Young Men from Six European Countries (2016)
European Urology, 70 (6), pp. 1019-1029. PMID: 27423503
42. Jørgensen, N., Joensen, U.N., Toppari, J., Punab, M., Erenpreiss, J., Zilaitiene, B.,
Paasch, U., Salzbrunn, A., Fernandez, M.F., Virtanen, H.E., Matulevicius, V., Olea,
N., Jensen, T.K., Petersen, J.H., Skakkebæk, N.E., Andersson, A.-M. Compensated
reduction in Leydig cell function is associated with lower semen quality variables:
A study of 8182 European young men (2016) Human Reproduction, 31 (5), pp. 947-
957. PMID: 26936886
43. Inashkina, I., Jankevics, E., Stavusis, J., Vasiljeva, I., Viksne, K., Micule, I.,
Strautmanis, J., Naudina, M.S., Cimbalistiene, L., Kucinskas, V., Krumina, A.,
Utkus, A., Burnyte, B., Matuleviciene, A., Lace, B. Robust genotyping tool for
autosomal recessive type of limb-girdle muscular dystrophies (2016) BMC
Musculoskeletal Disorders, 17 (1), art. no. 1058. PMID: 27142102
44. Mangold, E., Böhmer, A.C., Ishorst, N., Hoebel, A.-K., Gültepe, P., Schuenke, H.,
Klamt, J., Hofmann, A., Gölz, L., Raff, R., Tessmann, P., Nowak, S., Reutter, H.,
Hemprich, A., Kreusch, T., Kramer, F.-J., Braumann, B., Reich, R., Schmidt, G.,
Jäger, A., Reiter, R., Brosch, S., Stavusis, J., Ishida, M., Seselgyte, R., Moore, G.E.,
Nöthen, M.M., Borck, G., Aldhorae, K.A., Lace, B., Stanier, P., Knapp, M., Ludwig,
K.U. Sequencing the GRHL3 Coding Region Reveals Rare Truncating Mutations
and a Common Susceptibility Variant for Nonsyndromic Cleft Palate (2016)
American Journal of Human Genetics, 98 (4), pp. 755-762. PMID: 27018475
45. Kreile, M., Piekuse, L., Rots, D., Dobele, Z., Kovalova, Z., Lace, B. Analysis of
possible genetic risk factors contributing to development of childhood acute
lymphoblastic leukaemia in the Latvian population (2016) Archives of Medical
Science, 12 (3), pp. 479-485. PMID: 27279837
46. Audere, M., Rutka, K., Inaskina, I., Peculis, R., Sepetiene, S., Valeina, S., Lāce, B.
Genetic linkage studies of a North Carolina macular dystrophy family (2016)
Medicina (Lithuania), 52 (3), pp. 180-186. PMID: 27496188
47. Taylor, N.J., Handorf, E.A., Mitra, N., Avril, M.-F., Azizi, E., Bergman, W.,
Bianchi-Scarrà, G., Bishop, D.T., Bressac-de Paillerets, B., Calista, D., Cannon-
Albright, L.A., Cuellar, F., Cust, A.E., Demenais, F., Elder, D.E., Friedman, E.,
Gerdes, A.-M., Ghiorzo, P., Goldstein, A.M., Grazziotin, T.C., Hansson, J.,
Hayward, N.K., Hocevar, M., Höiom, V., Holland, E.A., Ingvar, C., Landi, M.T.,
Landman, G., Larre-Borges, A., Leachman, S.A., Mann, G.J., Nagore, E., Olsson,
29
H., Palmer, J., Perić, B., Pjanova, D., Puig, S., Schmid, H., van der Stoep, N., Tucker,
M.A., Wadt, K.A.W., Whitaker, L., Yang, X.R., Newton Bishop, J.A., Gruis, N.A.,
Kanetsky, P.A. Phenotypic and Histopathological Tumor Characteristics According
to CDKN2A Mutation Status among Affected Members of Melanoma Families
(2016) Journal of Investigative Dermatology, 136 (5), pp. 1066-1069. PMID:
26827760
48. Hollestelle, A.,…. Tihomirova, L., … Goode, E.L., Breast Cancer Family Register,
EMBRACE, GENICA Network, HEBON, SWE-BRCA No clinical utility of KRAS
variant rs61764370 for ovarian or breast cancer (2016) Gynecologic Oncology, 141
(2), pp. 386-401. PMID: 25940428
49. Tamošiunas, M., Kadikis, R., Saknite, I., Baltušnikas, J., Kilikevičius, A., Lihachev,
A., Petrovska, R., Jakovels, D., Šatkauskas, S. Noninvasive optical diagnostics of
enhanced green fluorescent protein expression in skeletal muscle for comparison of
electroporation and sonoporation efficiencies (2016) Journal of Biomedical Optics,
21 (4), art. no. 045003. PMID: 27129126
50. Couch, F.J.,…, Tihomirova, L., …. Antoniou, A.C. Identification of four novel
susceptibility loci for oestrogen receptor negative breast cancer (2016) Nature
Communications, 7, art. no. 11375. PMID: 27117709
51. Dunning, A.M.,… Tihomirova, L., … Edwards, S.L. Breast cancer risk variants at
6q25 display different phenotype associations and regulate ESR1, RMND1 and
CCDC170 (2016) Nature Genetics, 48 (4), pp. 374-386. PMID: 26928228
52. Meeks, H.D., …. Tihomirova, L., … Goldgar, D.E. BRCA2 Polymorphic Stop
Codon K3326X and the Risk of Breast, Prostate, and Ovarian Cancers (2016)
Journal of the National Cancer Institute, 108 (2), art. no. Djv315. PMID: 26586665
53. Leśniak, R.K., Markolovic, S., Tars, K., Schofield, C.J. Human carnitine
biosynthesis proceeds via (2S,3S)-3-hydroxy-Nε-trimethyllysine (e-pub 2016)
Chemical Communications, 53 (2), pp. 440-442 PMID: 27965989
54. Zeng, C., .... Tihomirova, L., ... Zheng, W. Identification of independent association
signals and putative functional variants for breast cancer risk through fine-scale
mapping of the 12p11 locus (2016) Breast Cancer Research, 18 (1), art. no. 64,
PMID: 27459855
55. Pumpens, P., Grens, E. The true story and advantages of the famous Hepatitis B
virus core particles: Outlook 2016 (2016) Molecular Biology, 50 (4), pp. 489-509.
PMID: 27668597
56. Rebbeck, T.R., .... Tihomirova, L., ... Ramus, S.J. Inheritance of deleterious
mutations at both BRCA1 and BRCA2 in an international sample of 32,295 women
(2016) Breast Cancer Research, 18 (1), art. no. 112, PMID: 27836010
57. Tsuchiya, M., Giuliani, A., Hashimoto, M., Erenpreisa, J., Yoshikawa, K. Self-
organizing global gene expression regulated through criticality: Mechanism of the
cell-fate change (2016) PLoS ONE, 11 (12), art. no. 0167912, PMID: 27997556
2.2.2. Citas zinātniskās publikācijas
1. Popēna I, Jēkabsons K, Ābols A, Saulīte L, Čonka U, Kozlovska I, Zandberga E,
Stefanovičs J, Ose-Klinklāva V, Muceniece R, Linē A, Riekstiņa U. Vēža šūnu
līniju producēto eksosomu uzņemšana un funkcionālie efekti mezenhimālajās cilmes
30
šūnās. Uptake and functional effects of cancer cell line-produced exosomes in
mesenchymal stem cells. Latvijas Universitātes raksti, 2016, 812: 85-99
2.3. Intelektuālā īpašuma aizsardzība
2016. gadā ir turpināta jau esošu Latvijas un starptautisko patentu uzturēšana,
kā ari turpinājās iepriekšējos gados iesniegto patentu pieteikumu lietvedības process.
Jauni patentu pieteikumi 2016.gadā netika iesniegti.
2.3.1. Reģistrētie un uzturētie starptautiskie patenti
1. Australian patent AU 2009200115, Packaging of immunostimulatory substances
into virus-like particles: method of preparation and use. Inventors: Tissot A,
Meijerink E, Lipowsky G, Cielens I, Storni T, Bachmann Martin F, Maurer P,
Pumpens P, Renhofa R, Schwarz K. Uzturēts līdz: 16.09.2016.
2.3.2. Reģistrētie un uzturētie Latvijas patenti
1. Latvijas patents Nr.13958, Hepatīta B vīrusa core pilna garuma proteīna kapsīdu
iegūšanas paņēmiens, Renhofa R., Pumpēns P., Ozols J., Ose-Klinklāva V.,
uzturēts līdz 14.01.2016.
2. Latvijas patents Nr.13979, Antibiotikas doksorubicīna iepakošana bakteriofāga GA
apvalka proteīna veidotajās nanodaļiņās-kaspīdās, Renhofa R., Pumpēns P.,
Cielēns I., Strods A., uzturēts līdz 08.05.2016.
3. Latvijas patents Nr.14084, Paņēmiens izvēlētā bioloģiskā materiāla iepakošanai
hepatīta B vīrusa core pilna garuma proteīna kapsīdās, Renhofa R., Ozols J., Ose-
Klinklāva V., uzturēts līdz 08.10.2016.
4. Latvijas patents Nr.14204, Heterologas proteīnu sekvences eksponējošu kartupeļu
vīrusam PVY līdzīgo daļiņu iegūšana un izmantošana, Zeltiņš A., Kalniciema I.,
Skrastiņa D., Ose V., Pumpēns P., uzturēts 2011.-2016.
5. Latvijas patents Nr.14884, 1,4-Dihidropiridīn-4-il-piridīnija atvasinājumi kā jauni
adenozīna A2A receptora agoallostēriskie modulatori, Duburs G., Kloviņš J.,
Brūvere I., Petrovska R., Mandrika I., Ignatoviča V., Bisenieks E., Uldriķis J.,
Poikāns J., Vīgante B, iesniegts 17.01.2013., uzturēts 2014-2016.
6. Latvijas patents Nr.14945, Ekspresijas sistēma HBc-preS1 vīrusveidīgo daļiņu
iegūšanai, Dišlers A., Petrovskis I., Liekniņa I., Bērza I, Bogans J., Akopjana I.,
Sominska I., Pumpēns P., iesniegts 21.06.2013., uzturēts 2015.-2016.
7. Latvijas patents Nr.14982, 3’-Aril- un heterilaizvietotās 2-akrilamidocikloheks-1-
ēn-karbonskābes kā hidroksikarbonskābju receptoru saimes (HCA2) jauna ligandu
grupa, Loža E., Bobiļeva O., Bokaldere R., Gailīte V., Kaula I., Ikaunieks M.,
Mandrika I., Petrauska R, Kloviņš J., Duburs G., Bisenieks E., iesniegts
10.10.2013., uzturēts 2015.-2016.
8. Latvijas patens Nr.15002, Heterociklā aizvietoti[(2-karboksi vai
metoksikarbonil)fenilkarbamoil-metil-(vai trimetilēn)]piridīnija vai izohinolīnija
bromīdi kā hidroksikarbonskābju receptoru saimes(HCA2) jauna ligandu klase,
Vīgante B., Luntēna I., Kalme Z., Bisenieks E., Poikāns J., Petrauska R., Mandrika
31
I., Kloviņš J., Loža E., Brūvere I., Duburs G., Uldriķis J., iesniegts 29.10.2013.,
uzturēts 2015.-2016.
9. Latvijas patents Nr.15004, 5-(4-Hlorobutil)-pirano[2,3-d]pirimidīn-
2,4,7(3H)trions un 5-alkil-2-tiokso-1H-pirano[2,3-d]pirimidīn-4,7-dioni kā
niacīna receptoru saimes (HCA2 un HCA3)jauni ligandi un sintoni jaunu ligandu
iegūšanai, Vīgante B., Brūvere I., Bisenieks E., Mandrika I., Petrauska R., Kloviņš
J., Poikāns J., Uldriķis J., Duburs G., iesniegts 08.11.2013., uzturēts 2015.-2016.
10. Latvijas patents Nr.15007, Kartupeļu vīrusam PVM līdzīgo daļiņu iegūšana, Zeltiņš
A., Kalnciema I., Ose-Klinklāva V, Baļķe I., iesniegts 22.10.2013., uzturēts 2015.-
2016.
11. Latvijas patents Nr.15006, Daudzziedu airenes raibuma vīrusam līdzīgo daļiņu
iegūšana, A.Zeltiņš, I. Baļķe, G. Reseviča, V. Ose-Klinklāva, A.Kazāks,
J.Freivalds, iesniegts 02.08.2013., uzturēts 2015.-2016.
12. Latvijas patents Nr.15018, Upeņu reversijas vīrusa antigēnu iegūšana, A.Zeltiņš,
I.Baļķe, J.Šaripo, I. Moročko-Bičevska, D.Skrastiņa, iesniegts 09.12.2013., uzturēts
2015.-2016.
13. Latvijas patents Nr.15033, Paņēmiens izvēlēta materiāla piešūšanai HBV core
proteīna veidotajām nanodaļiņām, R. Renhofa, A. Kazāks, A.Dišlers, L.Jackeviča,
V. Ose-Klinklāva, P. Pumpēns, iesniegts 01.2014., uzturēts 2015.-2016.
14. Latvijas patents Nr.15034, Modificēti HBV core nanokonteineri kā universāla
platforma bioloģiska materiāla eksponēšanai, R. Renhofa, I. Cielēns, A. Strods, G.
Kalniņš, D.Priede, V. Ose-Klinklāva, P. Pumpēns, iesniegts 01.2014., uzturēts
2015.-2016.
15. Latvijas patents Nr.14987, Anti-HCV individuālas terapeitiskas vakcīnas prototips,
I. Sominska, J.Jansons, P.Pumpēns, I.Petrovskis, D.Skrastiņa, G.Sudmale, iesniegts
25.09.2013., uzturēts 2015-2016.
16. Latvijas patents Nr.15035, Rekombinanta himēriska polipeptīda kDNS, kas satur
melanokortīna otrā tipa receptora (MC2R) un melanokortīnu receptoru
palīgproteīna (MRAP) secības, un tās izmantošana aktīvo vielu testēšanai un
terapeitiskiem mērķiem, D.Fridmanis, J.Kloviņš, I.Mandrika, R.Petrovska, A.Roga,
iesniegts 27.12.2013., uzturēts 2015.-2016.
17. Latvijas patents Nr.15022, Viena nukleotīda polimorfismu komplekts paaugstināta
vai pazemināta augsta blīvuma lipoproteīna holesterola līmeņa asinīs ģenētiskās
predisponētības noteikšanai, I.Radoviča, D.Fridmanis, L.Ņikitina-Zaķe, J.Kloviņš,
iesniegts 12.12.2013., uzturēts 2015.-2016.
2.3.3. Pieteiktie starptautiskie patenti
2016.gadā netika pieteikti jauni starptautiskie patenti.
2.3.4. Pieteiktie Latvijas patenti
2016.gadā netika pieteikti jauni Latvijas patenti.
32
2.4. Dalība konferencēs
Nr.
p.k. Prezentācijas/ stenda referāta autori Prezentācijas/ stenda referāta nosaukums Konferences nosaukums
Konferences
vieta
Konferences
datums
1.
Meistere I., Zajakins P., Rulle
U., Pismennaja A., Kalniņa
Z., Šantare D., Leja M., Linē A.
Kuņģa vēža pacientu seruma autoantivielu profilēšana,
izmantojot His-Halo rekombinanto vēža antigēnu
mikrorindas
LU 74. zinātniskā konference Rīga, Latvija 01.02.2016.
2. Salmiņa K., Hūna A., Ērenpreisa Je. Kodoliņa agresomu struktūra un veidošanās mehānismi
šūnās ar nesareparētu DNS bojājumu LU 74. zinātniskā konference Rīga, Latvija 01.02.2016.
3. Krigerts J., Salmiņa K., Erenpreisa Je. Interfāzes kodola heterohromatīna telpiskā organizācija:
primārā attēlu analīze LU 74. zinātniskā konference Rīga, Latvija 01.02.2016.
4.
Kazarina A., Gerhards G., Pētersone-
Gordina E., Pole I., Zole E., Vilks
K.,.Capligina V, Jansone I., Ranka R.
Seno cilvēku mikrobioma identifikācija, izmantojot jaunās
paaudzes sekvenēšanu LU 74. zinātniskā konference Rīga, Latvija 01.02.2016.
5.
Zaharenko L., Kalnina I., Geldnere K.,
Konrade I., Grinberga S., Židzik J.,
Javorský M., Lejnieks A., Nikitina-
Zake L., Fridmanis D., Vaivade I.,
Peculis R., Radovica-Spalvina I.,
Hartmane D., Pugovics O., Tkáč I.,
Pīrāgs V., Klovins J.
Polymorphisms nearby SLC22A2 and SLC22A3 are
associated with the efficiency of metformin monotherapy LU 74. zinātniskā konference Rīga, Latvija 19.02.2016.
6. Meškovska L., Baumane K.,
Laganovska G., Ranka R.
Analysis of gene polymorphisms in Latvian patients with
primary open angle glaucoma RSU Studentu konference Rīga, Latvija 16.03.2016.
7. Zadinane K., Zole E., Pole I., Ranka R. Links between mitochondrial DNA and aging RSU Studentu konference Rīga, Latvija 16.03.2016.
8.
Pole I., Jansone I., Šķenders Ģ.,
Nodieva A., Ozere I., Igumnova V.,
Ranka R.
Mycobacterium tuberculosis Austrumāzijas līnijas
genotipiskais raksturojums Latvijā
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
9. Kajuna I., Rovīte V., Ņikitina-Zaķe L.,
Kloviņš J., Mikažāne H., Staņēviča V. Riska alēļu analīze pacientiem ar vēnu trombozēm Latvijā
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
10. Staņēviča V., Zaķe-Ņikitina L., Zepa L.,
Šantere R., Ščegoļevs A.
Modeling fetal DNA fraction requirements for chr21, chr18
and chr13 trisomy detection using semiconductor
sequencing
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
33
11.
Vaivode K., Petrovska R., Marska I.,
Brūver R., Magone S., Doniņa S.,
Feldmane G., Pjanova P.
Dubultspiralizēto RNS ex vivo inducētie citokīni 2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
12. Stepanovs J., Ozolina A., Rovite V.,
Mamaja B., Vanags I.
Thrombogenic Risk Factor Assessment and Correlation
with Surgical Outcome after Microvascular Free Flap
Transfer
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
13. Stepanovs J., Ozolina A., Rovite V.,
Mamaja B., Vanags I.
Role of Hypercoagulation Detected by Rotational
Thromboelastometry in Prediction of Free Flap Thrombosis
in Patients Undergoing Microvascular Surgery
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
14. Vaivode K. Dubultspiralizēto RNS ex vivo inducētie citokīni 2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
15. Pjanova D. Immunotherapy of melanoma”, Symposium “Targets of
immunotherapy of chronic viral infections and cancers
2016. gada RSU zinātniskā
konference Rīga, Latvija 18.03.2016.
16.
Linē A, Ābols A, Zandberga E,
Toleikiene R, Bajo CS, Pūpola D,
Sadovska L, Zayakin P, Riekstiņa U.
Hypoxic cancer-derived EVs contain specific miRNA cargo
and mediate intercellular communication among hypoxic
cancer cells
ISEV 2016 annual meeting Roterdama,
Nīderlande
04.05.2016.
–
07.05.2016.
17. Bērziņš U. Biosafety aspects for clinical applications of adult human
mesenchymal stem cells
European Biotechnology
Congress 2016 Rīga, Latvija
05.05.2016.
-
07.05.2016.
18. Spunde K, Renhofa R, Fjodorovs A,
Vezane A, Kozlovska T.
Investigation of interaction of preS1-addressed virus like
particles with hepatitis B virus receptor NTCP expressed in
mammalian cells
European Biotechnology
Congress 2016 Rīga, Latvija
05.05.2016.
-
07.05.2016.
19. Balke I, Resevica G, Kalnciema I,
Zeltina V, Ose V, Zeltins A.
New plant virus-like particles: Construction and
characterization
European Biotechnology
Congress 2016 Rīga, Latvija
05.05.2016.
-
07.05.2016.
20.
Burnyte B., Inashkina I., Lace B.,
Pelnena D., Molyte A., Grigalioniene
K., Kucinskas V., Utkus A.
Implementing the survey of disease natural history as a tool
to collect complex information on mitochondrial patients in
Lithuania and Latvia
The European Human Genetics
Conference 2016
Barselona,
Spānija 21.05.2016.
21.
Capligina V., Berzina I., Bormane A.,
Salmane I., Kazarina A., Bandere D.,
Ranka R.
Prevalence and phylogenetic analysis of Borrelia
miyamotoi relapsing-fever group spirochete in Ixodes
ricinus and Ixodes persulcatus ticks in Latvia
3rd Conference on Neglected
Vectors and Vector-Borne
Diseases (EurNegVec)
Zaragoza,
Spānija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
34
22. Sominska I. HBV - viral vaccine as the first vaccine against cancer
Symposium „Targets of
immunotherapy of chronic viral
infections and cancer”
Rīga, Latvija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
23.
Isaguliants M., Starodubova E., Petkov
S., Kilpeläinen A., Krotova O., Jansons
J. Latyshev O., Tukhvatullin A.,
Logunov D.
Naked DNA as a vehicle in immune prevention and immune
therapy of viral infections
Symposium „Targets of
immunotherapy of chronic viral
infections and cancer”
Rīga, Latvija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
24.
Dishlers A., Skrastina D., Petrovskis I.,
Ose V., Lieknina I, Jansons J., Pumpens
P., Sominskaya I.
A novel efficient HBV vaccine candidate based on HBc
and preS1 components presented by VLPs
Symposium „Targets of
immunotherapy of chronic viral
infections and cancer”
Rīga, Latvija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
25.
Jansons J., Dovbenko A., Skrastina D.,
Petkov S., Akopjana I., Stahovska
I.,Isaguliants M., Sominskaya I.
Immunogenicity in mice of plasmid DNA encoding HCV
core and alternative reading frame proteins
Symposium „Targets of
immunotherapy of chronic viral
infections and cancer”
Rīga, Latvija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
26.
Petkov S., Jansons J., Skrastina D.,
Abakumov M., Gordeychuk I.,
Latanova A., Dovbenko A., Strods A.,
Kalis M., Moriizumi Y., Bankovsky P.,
Verkhusha V., Isaguliants M.
Optimization of naked DNA delivery in human explant
model using reporter genes
Symposium „Targets of
immunotherapy of chronic viral
infections and cancer”
Rīga, Latvija
24.05.2016.
-
26.05.2016.
27. Baumanis E., Zole E., Dale R., Leise A.,
Lietuvietis V.
Quantification of mtDNA copy number and telomere length
in benign prostatic hyperplasia patients 3rd EAU Baltic Meeting
Tallina,
Igaunija
27.05.2016.
-
28.05.2016.
28.
Kazarina A., Gerhards G., Pētersone-
Gordina E., Leonova V., Pole .I,
Capligina V., Jansone I., Ranka R.
Metagenomics analysis of archaeological human remains
samples from Medieval Latvia as a primary screening tool
for the identification of pathogen genomes
2nd Conference “Rapid
Microbial NGS and
Bioinformatics: Translation Into
Practice”
Hamburga,
Vācija
09.06.2016.
-
11.06.2016.
29. Vaivode K. Oncolytic ECHO-7 virus effect on different lymphocyte
subpopulations ex vivo and in vivo
4th European Seminar in
Virology “Oncogenic and
Oncolytic Viruses”
Bertinoro,
Itālija
10.06.2016.
-
12.06.2016.
30. Kotelovica K., Dishlers D., Ose V., Tars
K. VLP based vaccine candidates against Lyme borreliosis
3rd meeting on Virus-like
Particles & Nano-particles
Vaccines
Leidene,
Nīderlande
22.06.2016.
-
24.06.2016.
35
31.
Dovbenko A., Petrovska R., Akopjana
I., Jansons J., Stahovska I., Sominskaya
I.
Expression of hepatitis C virus core and ARF protein
variants in eukaryotic system
Vilnius International summit on
Communicable Diseases
Viļņa,
Lietuva
26.06.2016.
-
01.07.2016.
32.
Latanova A., Dovbenko A., Berzina A.,
Hippe L., Strods A., Kalis M.,
Bankovsky P., Yasuhiro M., Isaguliants
M., Jansons J.
Comparing efficacy of elektroporation and lipofection in
eukaryotic cell lines using gene of fluorescent reporter
Vilnius International summit on
Communicable Diseases
Viļņa,
Lietuva
26.06.2016.
-
01.07.2016.
33.
Jansons J., Dovbenko A., Skastina D.,
Petkov S., Akopjana I., Stahovska I.,
Akmenkalns G., Isaguliants M.,
Sominskaya I
Immunogenecity in mice of plasmid DNA encoding HCV
core and alternative reading frame proteins
Vilnius International summit on
Communicable Diseases
Viļņa,
Lietuva
26.06.2016.
-
01.07.2016.
34.
Sominskaya I., Petrovskis I., Dovbenko
A., Jansons J., Andersone S., Lieknina
I., Stahovska I.
HCV core and its ARFP variants: comparison of expression
levels in E. coli cells and protein immunogenicity
Vilnius International summit on
Communicable Diseases
Viļņa,
Lietuva
26.06.2016.
-
01.07.2016.
35.
Pérez-Lago L., Navarro Y., Herranz M.,
Sierra O., Pole I., Ozere I., Comas I.,
Sicilia J., Jesús Ruiz Serrano M., Gijón
P., Bouza E., Garcia de Viedma D.
Evaluation of the acquisition of variability in
Mycobacterium tuberculosis in complex circumstances
involving active transmission and latency periods
Annual Congress of the
European Society of
Mycobacteriology
Sicīlija,
Itālija
03.07.2016.
-
06.07.2016.
36.
Mokrousov I., Vyazovaya A., Iwamoto
T., Skiba Y., Pole I., Zhdanova S.,
Arikawa K., Sinkov V., Valcheva V.,
lvarez Figueroa M., Ranka R., Jansone
I., Ogarkov O., Zhuravlev V.,
Narvskaya o.
Towards global phylogeography and phylogeny of Latin-
American-Mediterranean lineage: Insights from large
deletions and high-resolution Minisatellites
Annual Congress of the
European Society of
Mycobacteriology
Sicīlija,
Itālija
03.07.2016.
-
06.07.2016.
37.
Silamikelis I., Fridmanis F., Radovica-
Spalvina I., Šķenders Ģ., Pole I.,
Jansone I., Ranka R., Klovins J.
Insight in diversity of Mycobacterium tuberculosis strains
from Latvia based on whole genome sequencing
Annual Congress of the
European Society of
Mycobacteriology
Sicīlija,
Itālija
03.07.2016.
-
06.07.2016.
38.
Pole I., Ozere I., Jansone I., Šķenders
Ģ., Nodieva A., Bobrikova O., Lauska
Z., Kristons M., Embrasa L., Igumnova
V., Norvaisa I., Ranka R.
Analysis of M. tuberculosis genotypes in epidemiologically
linked TB patients
Annual Congress of the
European Society of
Mycobacteriology
Sicīlija,
Itālija
03.07.2016.
-
06.07.2016.
36
39.
Vyazovaya A., Mokrousov I., Pole I.,
Solovieva N., Umpeleva T., Skiba Y.,
Al-Hajoj Al-Nakhli S., Varghese B.,
Ludannyy R., Alvarez Figueroa M.,
Šķenders Ģ., Ranka R., Jansone I.,
Zhuravlev V., Narvskaya O.
Multidrug-resistant clone Myсobacterium tuberculosis
LAM SIT252 emerging in some regions of European Russia
and Eastern Europe
Annual Congress of the
European Society of
Mycobacteriology
Sicīlija,
Itālija
03.07.2016.
-
06.07.2016.
40.
Inashkina I., Stavusis J., Micule I.,
Strautmanis J., Naudina M. S.,
Cimbalistiene L., Utkus A., Burnyte B.,
Matuleviciene A., Lace B..
Genotyping versus sequencing in the diagnostics of Limb
Girdle Muscular dystrophies
14th International Congress of
Neuromuscular diseases
Toronto,
Kanāda
05.07.2016.
-
09.07.2016.
41. Pelnena D., Lace B., Micule I.,
Grinfelde I., Inaskina I.
OXPHOS enzyme activity measurements in mitochondria
isolated from peripheral blood leukocytes in control group
and patients with suspected mitochondrial disease
MitoFit Science Camp 2016 Kuehtai,
Austrija
07.07.2016.
-
13.07.2016.
42.
Linē A, Zandberga E, Ābols A, Bajo
CS, Toleikiene R, Zayakin P, Pūpola D,
Shvirksts K, Grube M, Riekstiņa U.
Hypoxic conditions regulate the molecular content, release
and uptake rates of extracellular vesicles produced by
colorectal cancer cells
EACR24 Mančestera,
Lielbritānija
09.07.2016.
-
12.07.2016.
43. Tiškina V., Capligina V., Must K.,
Berzina I., Ranka R., Jokelainen P.
Splenectomized Estonian dog with a fatal Babesia canis
canis infection EMOP XII
Turku,
Somija
20.07.2016.
-
24.07.2016.
44.
Erenpreisa Je., Salmiņa K., Huna A.,
Inashkina I., Belyayev A., Vazquez-
Martin A.
The Nucleolar Aggresome Initiates Autophagic Cell Death
by ‘Destructive Mitosis’
12th International Congress of
Cell Biology
Prāga,
Čehija
21.07.2016.-
25.07.2016.
45. Baumane K., Laganovska G.,
Meskovska L., Ranka R.
Analysis of genetic polymorphisms in operated primary
open angle glaucoma patients in Latvian population
XV Forum
OPHTHALMOLOGICUM
BALTICUM 2016
Rīga, Latvija
19.08.2016.
-
21.08.2016.
46. Ozolina A., Stepanovs J., Rovite V.,
Mamaja B., Vanags I.
Does hypercoagulation detected by rational
thromboelastography (rotem) improve prediction of free
flap thrombosis in microvascular surgery patients?
16th World Congress of
Anaesthesiologists
Honkonga,
Ķīna
28.08.2016.
–
02.09.2016.
47.
Kazarina A., Gerhards G., Pētersone-
Gordina E., Pole I., Capligina V.,
Jansone I., Ranka R.,
Ancient tuberculosis DNA analysis: possible impact of the
burial environment The 41st FEBS Congress
Kuşadası,
Turcija
03.09.2016.
-
08.09.2016.
37
48.
Petkov S., Jansons J., Skrastina D.,
Abakumov M., Gordeychuk I.,
Latanova A., Dovbenko A., Strods A.,
Kalis M., Moriizumi Y., Bankovsky P.,
Verkhusha V.
Near infra-red fluorescent protein iRFP670 as an in vivo
imaging reporter for delivery and immunogenic
performance of naked DNA vaccines
The second international
conference „Mucosal vaccines,
adjuvants & delivery”
Lozanna,
Šveice
14.09.2016.
-
16.09.2016.
49. Ērenpreiss J. Role of plasma membrane Ca2+ ATPase 4 gene in sperm
motility and infertility
9th European Academy of
Andrology Congress
Roterdama,
Nīderlande
21.09.2016.
–
23.09.2016.
50. Baumane K., Meskovska L.,
Laganovska G., Ranka R.
Analysis of genetic polymorphisms in Latvian patients with
primary open angle glaucoma DOG-Kongress 2016
Berlīne,
Vācija
29.09.2016.
-
02.10.2016.
51. Salmina K., Belyayev A., Scherthan H.,
Inashkina I., Erenpreisa J.
Retrotransposition caused and autophagy-aided
heterochromatin release in etoposide treated senescent
teratocarcinoma PA1 cells
2nd Danube Conference on
Epigenetics
Budapešta,
Ungārija
05.10.2016.-
08.10.2016.
52.
Abols A., Santare D., Toleikiene R.,
Zandberga E., Kalnina Z., Vangravs R.,
Takatalo-Laine M., Palviainen M.,
Siljander P., Leja M., Line A.
Carbonic anhydrase ix as the marker of the hypoxia induced
extracellular vesicle secretion.
United European
Gastroenterology Week 2016
Vīne,
Austrija
15.10.2016.
-
19.10.2016.
53.
Kalnina Z., Meistere I., Kupcinskas J.,
Zayakin P., Pismennaja A., Kupcinskas
L., Jonaitis L.V., Leja M., Wu C.-Y.,
Linē A.
The use of cancer-associated autoantibodies as biomarkers
in gastric malignancies
United European
Gastroenterology Week 2016
Vīne,
Austrija
15.10.2016.
-
19.10.2016.
54. Inaskina I., Pelnena D., Micule I.,
Krumina Z., Lace B.
Improvement of diagnosing of patients with suspected
mitochondrial diseases in Latvia
The 13th conference of Asian
Society for Mitochondrial
Reasearch and Medicine
Tokija,
Japāna
30.10.2016.
–
02.11.2016.
55. Lāce B., Pelnēna D., Stāvusis J.,
Jaudzems K., Inaskina I.
Nuclear magnetic resonance spectroscopy role in the
metabolic profiling of mitochondrial diseases
The 13th conference of Asian
Society for Mitochondrial
Reasearch and Medicine
Tokija,
Japāna
30.10.2016.
–
02.11.2016.
56. Pole I., Jansone I., Ozere I., Nodieva A.,
Skenders G., Norvaisa I., Ranka R.
Molecular genotyping of Mycobacterium tuberculosis for
detection of local TB outbreaks in Latvia
First International Forum on TB
in Central and Eastern Europe
Varšava,
Polija
04.11.2016.
-
06.11.2016.
38
57. Erenpreisa J., Krigerts J., Salmina K. Radial, nucleolus-dependent gradient of the chromatin
distribution in active and aging cells
EMBO Conference: From
Functional Genomics to Systems
Biology
Heidelberga,
Vācija
12.11.2016.-
15.11.2016.
58. Sominska I. Protein against DNA, a review of vaccines against hepatitis
B virus
The international conference
"Toolkits for DNA vaccine
design, an update"
Maskava,
Krievija
17.11.2016.
-
21.11.2016.
59.
Dovbenko A., Jansons J., Skastina D.,
Petkov S., Stahovska I., Isaguliants M.,
Sominskaya I.
Comparison of immunogenicity of HCV core and its
alternative reading frame protein in mice
The international conference
"Toolkits for DNA vaccine
design, an update"
Maskava,
Krievija
17.11.2016.
-
21.11.2016.
60.
Jansons J., Petkov S., Skrastina D.,
Abakumov M., Gordeychuk I.,
Latanova A., Dovbenko A., Strods A.,
Kalis M., Moriizumi Y., Bankovsky P.,
Verkhusha V., Isaguliants M.
Delivery and immunogenic performance of naked DNA
vaccines visualized by in vivo imaging of a novel
nearinfrared fluorescent reporter
The international conference
"Toolkits for DNA vaccine
design, an update"
Maskava,
Krievija
17.11.2016.
-
21.11.2016.
61.
Zajakina A., Ķūrēna B., Skrastiņa D.,
Vežāne A., Yin S., Riabov V.,
Kzhyshkowska J.
Development of Gene Therapy Vectors for Functional
Programming of Tumor-associated Macrophages
World Congress on Cancer
Research & Therapy Miami, ASV
21.11.2016.
-
23.11.2016.
62. Elbere I. Association of metformin treatment with gut microbiome
dysbiosis in healthy volunteers
2nd Annual European
Microbiome Congress
Londona,
Lielbritānija
30.11.2016.-
01.12.2016.
63. Zandberga E., Orlova V., Siliņa K.,
Isajev S., Sperga M., Linē L.
Carbonic Anhidrase IX Contributes to the Induction of
Immunosupressive Microenvironment in Triple-Negative
Breast Cancer
2nd Symposium on Advances in
Cancer Immunology and
Immunotherapy
Atēnas,
Grieķija
15.12.2016.
–
17.12.2016.
39
2.5. Akadēmisko un kvalifikācijas darbu izstrāde
2.5.1. Izstrādātie un aizstāvētie promocijas darbi
1. A.Bogdanova-Jātniece „No cilvēka taukaudiem iegūtu cilmes šūnu augšanas
īpašību, marķieru ekspresijas un diferenciācijas spēju raksturojums”, darba
vadītājs – Dr.habil.biol. T.Kozlovska.
2. J.Vasiļevska „Alfavīrusu vektori kā gēnu piegādes līdzeklis vēža terapijai”, darba
vadītājs - Dr.biol. A.Zajakina.
2.5.2. Izstrādātie un aizstāvētie maģistra darbi
1. A.Eihentāle „ Y hromosomas filoģenētiskās struktūras izpēte baltu un austrumslāvu
populāciju kontekstā”, darba vadītājs – Dr.biol. L.Pliss.
2. B.Ķūrēna „Vēža imūnterapijas alfavīrusu vektoru izstrādāšana makrofāgu
aktivācijai”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Zajakina, Dr. Alexandre Corthay (Oslo
University Hospital).
3. E.Černooka „Bakteriofāga Enc34 replikācijas moduļa proteīnu ekspresija,
attīrīšana un raksturošana”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Kazāks.
2.5.3. Izstrādātie un aizstāvētie bakalaura darbi
1. J.Pjalkovskis „ Hepatīta B Vīrusa G genotipa serdes antigēna veidoto vīrussveidīgo
daļiņu raksturošana”, darba vadītājs – Mg.biol. I.Liekniņa.
2. I.Petrovska „ Kolistīna rezistentoindikatorbaktēriju rezistences raksturojums,
izmantojot mikrobioloģijas un molekulārās bioloģijas metodes”, darba vadītājs –
Dr.biol. A.Dišlers.
3. U.N.Dubova „HBV kapsīdu savākšanās inhibīcija ar mazmolekulāriem
savienojumiem”, darba vadītājs – Dr.biol. K.Spunde.
4. L.Voškāne „Laboratorijā pieejamo metožu validācija un optimizācija prenatālo
diagnožu skrīningam”, darba vadītājs – Mg.biol. J.Stāvusis.
5. V.Pancakova „ Listeria monocytogenes transpeptidāzes Sortāzes A inhibitoru
atlase izmantojot uz fluorescences rezonanses enerģijas pārnesi (FRET) bāzētu
skrīningu”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Leončiks.
6. D.Pūpola „Ogļskābes anhidrāzes IX ietekme uz signālceļiem krūts vēža šūnu
līnijās”, darba vadītājs – Mr.biol. E.Zandberga.
7. L.Mandrika „Dubultspiralizēto RNS modulējošās īpašības perifēro asiņu
mononukleārās šūnās un audzēju šūnās”, darba vadītājs – Mg.biol. K.Vaivode.
8. I.Bobrova „ Izmaiņas augsta un vidēja riska gēnos gados jauniem melanomas
pacientiem”, darba vadītājs – Dr.biol. D.Pjanova.
9. A.Ogriņa „Bromoviridae dzimtas augu vīrusa nanodaļiņu konstruēšana un
raksturošana”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Zeltiņš, Dr.biol.I.Baļķe.
10. I.Barkovska „Bromoviridae dzimtas augu vīrusu apvalka proteīnu N-terminālo
daļu īpašību pētījumi”, darba vadītājs – Dr.biol. A.Zeltiņš, Dr.biol.I.Baļķe.
11. U.Krūmiņa „Ģenētiskās izmaiņas pārmantotās melanomas pacientiem Latvijā”,
darba vadītājs – Dr.biol. D.Pjanova.
40
2.6. Organizētās konferences, kursi, semināri un vieslektoru uzstāšanās BMC
1. Seminārs “Novel approaches in cancer treatment”, 31.05.2016.
2. Dr. El Habib Dakir (Bredfordas Universitāte) vieslekcija „Targeting RAN-GTP's in
breast cancer metastasis”, 07.10.2016.
3. Kursi „From blood to sequence” (7.IP projekta Nr.313010 „BBMRI-Large
Prospective Cohorts” (BBMRI-LPC)” ietvaros), 28.11.2016.-02.12.2016.
4. Prof. Luis Antunes (University of Trás-os-Montes and Alto Douro, Porto,
Portugāle) vieslekcija “Design and Conduct of Animal Experiments - The
Economics of Reproducibility in Preclinical Research”, 02.12.2016.
2.7. Cita institūtam būtiska informācija
2016.gada 26.maijā svinīgi
tika atklāts jaunais Biomedicīnas
tehnoloģiju komplekss, kurā ir
izvietots Šūnu bioloģijas bloks un
Dzīvnieku laboratorijas bloks.
Šāds komplekss, kas ir vienīgais
Latvijā, ir aprīkots ar īpašu
ventilācijas un drošības sistēmu,
kas paver iespējas Latvijā veikt
pētījumus pasaules līmenī
sadarbojoties ar ārzemju
labākajiem zinātniekiem, kā arī nodrošināt Latvijas vadošo augstskolu studentu
apmācību.
2016.gada augustā Latvija tika
uzņemta Eiropas pētniecības
infrastruktūras konsorcijā BBMRI-
ERIC (Biobanking and BioMolecular
resources Research Infrastructure -
European Research Infrastructure
Consortium). BMC ir nominēts īstenot
nacionālā mezgla funkciju, savukārt
direktors Jānis Kloviņš ir nominēts kā
nacionālais koordinators.
2016.gada 12.septembrī LZP priekšsēdētāju tika tika ievēlēts BMC direktors
Dr.biol. Jānis Kloviņš.
2016.gada 30.septembrī BMC notika
gadskārtējā Zinātnieku nakts, kura tika
organizeta kvesta veidā ar moto – “Veselā
miesā vesels gars!”. Zinātieku nakts
apmeklētāji BMC varējo noklausīties gan
izglītojošu lekciju, gan paši piedalīties
eksperimentos un datu analīzē.
41
2016.gada 24.novembrī par
Latvijas Zinātņu akadēmijas
korespondētājlocekli tika ievēlēts
BMC Zinātniskās padomes
priekšsēdētājs Dr.biol. Andris
Zeltiņš.
42
3. FINANŠU RESURSI UN TO IZLIETOJUMS
2016. gadā lielākais finanšu ieņēmumu avots, kas sastāda aptuveni 33.02% no
visiem BMC ieņēmumiem, ir piešķirtais zinātniskās darbības bāzes finansējums,
savukārt otrs lielākais ienākumu avots bija ES struktūrfondu iepriekšējā plānošanas
perioda projektu gala maksājuma pieprasījumu atmaksa, kas sastāda 17.48% no
kopējiem BMC ieņēmumiem. Tam seko LZP finansēto grantu un sadarbības projektu
finansējums – 12.91%, pārējais valsts budžeta finansējums (ERA-NET projekti,
Latvijas-Lietuvas-Taivānas sadarbības fonda projekti, 7.IP projektu valsts budžeta
līdzfinansējums, Valsts iedzīvotāju genoma datu bāzes īstenošana, u.c. projekti) –
10.38%, NFI finansējums – 10.27%, VPP īstenošana – 7,53%, starptautiskais
finansējums (piemērām, 7.IP un līgumdarbi starptautiskām juridiskām personām) –
5.95%, ieņēmumi no citām saimieciskām darbībām – 1,78% un ieņēmumi no
līgumdarbiem ar LR juridiskām personām – 0.67% no BMC kopējiem finanšu
līdzekļiem. Sīkāku finansējuma sadalījumu pa finansējuma avotiem var aplūkot
1.tabulā.
1. tabula BMC zinātniskās darbības finansējums, EUR
Ieņēmumu veids
Gads
2013 2014 2015 2016
Finansējums (kopā) 4795.9 4559.0 4909.9 3486.5
Valsts budžeta finansējums (kopā) 4393.2 4126.1 4271.0 3193.7
Eiropas Savienības struktūrfondu finansējums
zinātniskajai darbībai (kopā) 3090.3 2605.2 1890.5 609.6
ESF 1.1.1.2.0. aktivitātes projektu finansējums 99.2 430.8 450.5 0
ERAF 2.1.1.1.0. aktivitātes projektu finansējums 1469.4 952.1 1094.8 0.2
ERAF 2.1.1.2.0. aktivitātes projektu finansējums 16.4 0 45 0
ERAF 2.1.1.3.1. aktivitātes projektu finansējums 1505.3 1222.3 0 501.7
ERAF 2.1.1.3.3. aktivitātes projektu finansējums 0 0 300.2 107.7
NFI projektu finansējums 0 0 357 358.2
LZP granti un cits LZP finansējums 452.9 398.2 450.1 450.1
Zinātniskās darbības bāzes finansējums 458.3 666.2 1030.3 1151.3
Valsts pētījumu programmu finansējums 307.3 259.8 253.6 262.5
Pārējais valsts budžeta finansējums 84.4 196.7 289.5 362.0
Finansējums no starptautiskiem avotiem (kopā) 169.9 316.8 442.9 207.6
7.ietvara programma un cits starptautiskais finansējums 103.3 210.4 125.6 0
Ieņēmumi no līgumdarbiem ar ārvalstu juridiskām
personām 66.6 106.4 317.3 24.4
Ieņēmumi no līgumdarbiem ar Latvijas Republikas
juridiskām personām 136.5 54.3 86.5 23.2
Cits finansējums zinātniskai darbībai (kopā) 96.3 61.8 109.5 62.0
Ieņēmumi no citām saimnieciskām darbībām 96.3 61.8 109.5 62.0
2.tabulā var aplūkot ar saimniecisku darbību nesaistīta finansējuma izlietojumu,
savukārt 3.tabulā var aplūkot ar saimniecisku darbību saistīta finansējuma izlietojumu.
43
2.tabula Ar saimniecisku darbību nesaistīta finansējuma izlietojums, EUR
Izdevumu veids
Izdevumu
finansēšanas
klasifikācijas
kods
Apgūtais finansējums
2013 2014 2015 2016
Izdevumi kopā (1000-4000; 6000-
7000. + 5000;9000.rinda) 1000-9000 4460.0 3220.0 5592.6 2828.5
Uzturēšanas izdevumi 1000-4000;
7000 3921.6 2339.3 3271.7 2516.5
Kārtējie izdevumi (1000. +
2000.rinda) 1000-2000 3905.8 2289.5 3174.8 2441.6
Atlīdzība 1000 2333.5 1665.8 2014.5 1553.3
no tā – zinātniskai darbībai 1100 2283.7 1323.5 1618.6 1237.7
Preces un pakalpojumi 2000 1569.3 623.7 1160.3 888.3
no tā – zinātniskai darbībai 2100 1548.7 516.9 1154.1 883.3
Procentu izdevumi (4000.rinda) 4000 0.0 2.2 1.2 1.4
no tā – zinātniskai darbībai 4100 0.0 2.2 1.2 1.4
Uzturēšanas izdevumu transferti,
pašu resursu maksājumi
(7000.rinda)
7000 3.0 47.6 95.7 73.5
no tā – zinātniskai darbībai 7000 3.0 47.6 95.7 73.5
Kapitālie izdevumi (5000.rinda) 5000; 9000 554.2 880.7 2320.9 312.0
Pamatkapitāla veidošana 5000 554.2 880.7 2320.9 312.0
no tā – zinātniskai darbībai 5100 549.4 873.0 2318.5 312.0
3.tabula Ar saimniecsku darbību saistīta finansējuma izlietojums, EUR
Izdevumu veids
Izdevumu
finansēšanas
klasifikācijas
kods
Apgūtais finansējums
2013 2014 2015 2016
Izdevumi kopā (1000-4000; 6000-
7000. + 5000; 9000.rinda) 1000-9000 20.5 422.5 444.4 400.0
Uzturēšanas izdevumi 1000-4000 15.7 377.9 380.1 397.1
Kārtējie izdevumi (1000 +
2000.rinda) 1000-2000 15.7 377.9 380.1 397.1
Atlīdzība 1000 0.0 277.9 238.0 245.9
no tā – zinātniskai darbībai 1100 0.0 253.8 218.2 224.9
Preces un pakalpojumi 2000 15.7 100.0 142.1 151.2
no tā – zinātniskai darbībai 2100 15.7 81.4 142.1 131.9
Kapitālie izdevumi (5000.rinda) 5000; 9000 4.8 44.6 64.3 2.9
Pamatkapitāla veidošana 5000 4.8 44.6 64.3 2.9
no tā – zinātniskai darbībai 5100 4.8 44.5 64.3 2.9
44
4. PERSONĀLS
Vidēji mēnesī 2016.gadā darba tiesiskās attiecības bija nodibinātas ar 140
nodarbinātajiem, no kopējā nodarbināto skaita – 13.6% sastāda administratīvais
personāls.
2016.gadā ar 17 nodarbinātajiem tika uzsāktas darba tiesiskās attiecības. Ar 27
nodarbinātajiem tika beigtas darba tiesiskās attiecības, no kuriem 33% turpināja
zinātnisko darbību ārvalstīs.
2016.gada zinātniskā personāla izmaiņas: 3 zinātniskie asistenti tika ievēlēti
par pētniekiem un 2 dabaszinātņu labotanti – par zinātniskiem asistentiem.
2016.gadā doktora zinātnisko grādu bioloģijā aizstāvēja 2 nodarbinātie un 2
nodarbinātie ieguva maģistra grādu dabaszinātnēs.
1. Zinātniskā personāla raksturojums
Zinātnē nodarbinātais personāls iedalās: Zinātniskajā personālā un Zinātniski
tehniskajā personālā.
Zinātniskajā personālā (direktors, zinātniskais direktors, studiju direktors,
vadošie pētnieki, pētnieki un zinātniskie asistenti) kopā nodarbināti vidēji mēnesī 103
darbinieki. Zinātniskā personāla vidējais vecums – 41,12 gadi. No zinātniskā personāla
darbiniekiem 74 sievietes (vidējais vecums 40,66 gadi, salīdzinot ar 2015.gadu
samazinājies par 3,6 % ) un 29 vīrieši (vidējais vecums 41,58 gadi, salīdzinot ar
2015.gadu palielinājies par 4,11%).
Zinātniskajā personālā nodarbināti 45 darbinieki ar doktora grādu bioloģijā vai
medicīnā (no tiem 16 vīrieši un 29 sievietes), 56 darbinieki ar maģistra grādu vai
augstāko profesionālo izglītību (no tiem 13 vīrieši un 43 sievietes), savukārt 2 darbinieki
ar bakalaura grādu (2 sievietes).
Zinātniskā personāla sadalījuma pa amatiem:
Vadošie pētnieki – 27 (no tiem 11 vīrieši un 16 sievietes);
Pētnieki un pētnieka v.i. – 28 (no tiem 11 vīrieši un 17 sievietes);
Zinātniskie asistenti – 48 (no tiem 10 vīrieši un 38 sievietes).
Zinātnes tehniskajā personālā (datu ievades operators, biotehnoloģisko
procesu operators, laboratorijas dzīvnieku kopējs un dabaszinātņu laboranti) nodarbināti
vidēji mēnesī 22 darbinieki. Zinātnes tehniskā personāla vidējais vecums 31,83 gadi.
No zinātnes tehniskā personāla darbiniekiem 15 sievietes (vidējais vecums 32,87 gadi,
salīdzinot ar 2015.gadu ir pieaudzis par 11,53 %) un 7 vīrieši (vidējais vecums 30,79
gadi, salīdzinot ar 2015.gadu samazinājies par 1,16 %).
No zinātnes tehniskajā personālā nodarbinātajiem darbiniekiem, 15 darbinieki
ir ar bakalaura grādu (11 sievietes un 4 vīrieši).
2. Administratīvā personāla raksturojums:
BMC administrācijā vidēji nodarbināti 18 darbinieki. Administratīvā personāla
vidējais vecums - 47,42 gadi (salīdzinot ar 2015.gadu samazinājies par 8.3 %). No
administratīvā personāla darbiniekiem 8 personām ir maģistra grāds vai augstākā
izglītība.
Personāla rotācijas koeficients BMC 2016.gadā – 0,32.
45
5. ATTĪSTĪBAS PERSPEKTĪVAS 2017.GADĀ
2017.gadā tiks turpināts mērķtiecīgs darbs pie BMC Attīstības stratēģijas 2015.-
2020.gadam īstenošanas.
1. Pētniecības programmas īstenošana
2017. gadā BMC zinātniskajās grupās tiks turpināta darbība visos piecos
zinātniskās pētniecības virzienos un to ietvaros tiks turpināti vairāki iepriekšējos
periodos uzsāktie zinātniskie projekti:
četri LZP sadarbības projekti (Nr.593/2014, Nr.625/2014, Nr.651/2014,
Nr.672/2014);
divi 7.ietvara programmas projekti (Nr.313010, Nr.602437);
Valsts pētījumu programma BIOMEDICINE;
divi Latvijas-Lietuvas-Taivānas zinātniskās sadarbības fonda projekti;
divi Norvēģijas finanšu instrumenta līdzfinansētie projeki;
trīs ERA-NET projekti;
viens Zviedrijas institūta finansētais Baltijas jūras reģiona sadarbības
projekts;
Valsts iedzīvotāja genoma datu bāzes projekta īstenošana.
BMC ir bijis sekmīgs ERAF 1.1.1.1.pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi”
1.atlases kārtā, kuras ietvaros 2017.gadā tiks uzsākta desmit jaunu projektu īstenošana
– septiņi individuāli īstenoti projekti, divi kā vadošajam partnerim (sadarbības partneris
– LU) un viens projekts kā sadarbības partnerim (vadošais partneris – DU).
Tiek plānots, ka 2017.gadā tiks uzsākta arī vairāku ERAF 1.1.1.2.pasākuma
“Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” 1.atlases kārtas projekti, jo 2016.gada nogalē
BMC iesniedza kopumā deviņus projekta iesniegumus.
2017. gadā tiks turpināts darbs pie jaunu projektu pieteikumu gatavošanas, tai
skaitā Horizon 2020 un citu projektu grantu shēmās.
2. Institucionālā attīstība
2017.gada nogalē tiek plānota otrā BMC Starptautiskās konsultatīvās padomes
vizīte, kurā padome izvērtēs BMC pētniecības programmas īstenošanu par pēdējiem
divem gadiem.
Starptautiskās konkurētspējas paaugstināšanai BMC plāno turpināt un attīstīt
sadarbību ar vietējiem un ārzemju partneriem, lai nodrošinātu precīzu līgumdarbu
izpildi. Īpaši paredzēts turpināt strādāt pie līgumpētījumu apjoma palielināšanas
biotehnoloģijas nozarē uzsākot jaunus projektus sadarbībā ar ārzemju kompānijām
cilvēku un dzīvnieku vakcīnu izstrādes jomā.
BMC strādājošo studentu turpmākai zinātnieku karjeras un iemaņu attīstībai,
plānots izveidot studentu pašpārvaldi.
3. Cilvēkresursu attīstība
Jauna zinātniskā personāla piesaistei plānots turpināt atbalstīt perspektīvos
studentus, nodarbinot tos BMC īstenotajos pētniecības projektos, spējīgāko atalgošanai
paredzot finansējumu no BMC pieejamajiem finanšu līdzekļiem.
46
Plānots, ka ERAF 1.1.1.2.pasākuma “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts”
1.kārtas iesniegumu pozitīva rezultāta gadījumā darbam BMC tiks piesaistīts ārvalstu
pētnieks, tādējādi sekmējot starptautiskā zinātniskā personāla mobilitāti.
4. Infrastruktūras un starpinstitucionālās sadarbības attīstība
2017.gadā tiks sagatavots un uzsākts projekts ERAF 1.1.1.4.pasākuma “P&A
infrastruktūras attīstīšana viedās specializācijas jomās un zinātnisko institūciju
institucionālās kapacitātes stiprināšana” ietvaros. Projekts pilnveidos jau ES
struktūrfondu iepriekšējā plānošanas periodā Farmācijas un biomedicīnas valsts
nozīmes pētniecības centra ietvaros izveidotā Biomedicīnas tehnoloģiju kompleksa
infrastruktūras objekta funkcionalitāti, kā arī ievērojami paaugstinās BMC zinātnisko
kapacitāti. Projekta rezultātā tiks pilnveidots Laboratorijas dzīvnieku servisa centrs,
Šūnu kultūru un mikroskopijas servisa centrs, no jauna izbūvēts un aprīkots Genoma
centra biobankas komplekss, kā arī iegādātas iekārtas Eksperimentālās
biotehnoloģiskās ražošanas laboratorijai un Bioinformātikas servisa centram. Papildus
projekta ieguldījumiem, BMC no piešķirtā zinātniskās darbības bāzes finansējuma
turpinās stiprināt 2016.gadā pētniecisko atbalsta vienību (core facilities) darbību.
Tāpat tiks turpināts darbs pie Nacionālā biobanku tīkla izveides, kas BBMRI-
ERIC struktūrā veidos biomedicīnas pētījumu pamatresursu ar būtisku ietekmi Baltijas
reģionā un Eiropā kopumā.
5. Izglītība un publicitāte
2017. gadā paredzēts turpināt bakalauru, maģistratūras un doktorantūras
studentu zinātnisko darbu izstrādes nodrošināšanu BMC speciālistu vadībā. Ar
augstākās izglītības iestādēm plānots apspriest sadarbības iespējas par jaunu studiju
programmu izveidi BMC zinātniskās pētniecības virzienu ietvaros.