Syaharuddin KasimBagian Kimia Klinik FFUH

Protein merupakan polimer yang tersusun atas beberapa peptida

Peptida merupakan polimer yang tersusun atas asam amino melalui ikatan peptida.

Monomer peptida disebut residu asam amino.

Berdasarkan jumlah penyusunnya peptida terbagi:

Dipeptida 2 residu asam amino Tripeptida 3 residu asam amino Oligopeptida 4-10 residu asam amino Polipeptida >10 residu asam amino Protein terdiri dari polipeptida yang

tersusun atas 40-400 residu asam amino

Pembagian asam amino menurut gugus fungsinya:

1. Asam amino dengan rantai samping alkil (5)2. Asam amino dengan gugus –OH (2)3. Asam amino dengan atom S (2)4. Asam amino dengan gugus karboksilat (2)5. Asam amino dengan gugus amida (2)6. Asam amino mengandung 2 atau lebih gugus N

(2)7. Asam amino dengan cincin benzen (2)8. Heterosiklik asam amino (3)

Glisin mengandung rantai samping –H Alanin mempunyai rantai samping metil Valin mempunyai rantai samping isopropil Leusin mempunyai rantai samping isobutil Isoleusin mempunyai rantai samping butil

Serin merupakan alanin dengan subtitusi gugus –OH (subtituennya metanol)

Threonin mempunyai subtituen percabangan etanol

Sistein adalah alanin dengan subtitusi –SH Metionin mempunyai subtituen 2-

methylthioethyl

Aspartat adalah alanin dengan subtituen karboksilat (mempunyai gugus metil karboksilat)

Glutamat mempunyai gugus etil karboksilat

Asparagin merupakan amida dari aspartat Glutamin merupakan amida dari glutamat

Terdapat 2 basis asam amino (asam amino mengandung 2 atau lebih N)

Lisin mempunyai ε- gugus amino

Arginin mempunyai δ- gugus guanidino

Simbol ε dan δ mempermudah untuk mengingat jumlah atom C yang dimiliki oleh asam amino tersebut

Fenilalanin merupakan alanin dengan subtitusi benzen (fenil)

Tirosin merupakan alanin dengan subtitusi fenol

Prolin mempunyai atom nitrogen pada cincin furan dan merupakan satu-satunya asam amino yang mengandung gugus amin sekunder

Histidin merupakan alanin dengan subtitusi imidazol

Triptofan merupakan alanin dengan subtitusi indol

Notasi D- dan L-asam amino berlaku seperti pada monosakarida

Proyeksi Fischer asam amino digambarkan dengan menempatkan gugus karboksilat di sebelah atas dan gugus R disebelah bawah.

Bila gugus amino (-NH3+) disebelah kanan disebut D-asam amino

Bila gugus amino (-NH3+) disebelah kiri disebut L-asam amino

Ikatan peptida adalah ikatan amida yang terbentuk antar unit asam amino

Peptida dan protein digambarkan dengan gugus amino bebas (asam amino N-terminal) di sebelah kiri dan gugus karboksilat bebas (asam amino C-terminal) di ujung kanan

Ikatan disulfida adalah ikatan S-S Apabila thiol teroksidasi akan menghasilkan

ikatan disulfida

Apabila ikatan disulfida direduksi menghasilkan thiol

Sistein merupakan asam amino yang mengandung gugus thiol, sehingga dapat membentuk ikatan disulfida

Apabila protein mengandung 2/lebih as. amino sistein, dapat terbentuk jembatan disulfida yang merupakan ikatan kovalen

Ketika asam amino saling berikatan melalui ikatan peptida terbentuk peptida

Apabila peptida yang terbentuk mengandung lebih dari 100 unit asam amino disebut protein

Jaringan penunjang: kolagen, ion channel, prealbumin

Transport senyawa kimia dalam tubuh: hemoglobin

Proteksi tubuh: imunoglobulin Kontrol dan regulasi tubuh: hormon, insulin Katalisis : enzim Pergerakan: miosin Cadangan energi: protein otot

Struktur primer protein merupakan urutan asam amino dalam rantai peptida dan lokasi jembatan sulfida

1. Pemutusan jembatan disulfida peptida/protein

2. Pemutusan ikatan peptida3. Penentuan asam amino N-terminal4. Penentuan asam amino C-terminal

Menggunakan reagen pereduksi seperti 2-merkaptoetanol, yang akan teroksidasi menjadi disulfida

Gugus tiol dari asam amino direksikan dengan asam iodoasetat untuk mencegah pembentukan kembaliikatan disulfida

Menggunakan larutan asam (HCl 6N) Protein/peptida dilarutkan dalam 6 N HCl

dan dipanaskan 100 oC selama 24 jam

Menggunakan Edman’s Reagent (fenil isotiosianat)

Reagen ini bereaksi dengan N-terminal membentuk tiazolinon

Menggunakan karboksi peptidase A apabila C-terminal bukan berasal dari asam amino arginin atau lisin

Menggunakan karboksi peptidase B apabila C-terminal berasal dari asam amino arginin atau lisin

α-helix β-pleated sheet

Rantai peptida terikat menyerupai sekrup

Bentuk helix terbentuk dengan adanya ikatan hidrogen antara nitrogen amida dan oksigen karbonil yang diantarai oleh 3 unit asam amino

Rantai polipeptida membentuk zigzag menyerupai lipatan kertas.

Terjadi apabila rantai peptida membentuk lipatan

Bentuk paralel apabila arah rantai peptida sama sedangkan antipararel apabila rantai peptida berlawanan arah

Merupakan struktur tiga-dimensi

Dalam mempertahankan stabilitasnya, protein membentuk interaksi antar atom yang membentuk lipatan dan lekukan

Denaturasi terjadi apabila struktur tersier protein terganggu

Faktor yang mempengaruhi:- pH- Senyawa kimia, seperti urea dan guanidin

HCl- Deterjen- Pelarut organik- Pemanasan