EtiologiInfeksi saluran kemih terutama disebabkan oleh bakteri kolon. Pada wanita, 75-90% dari semua infeksi disebabkan oleh Escherichia coli, diikuti oleh Klebsiella dan Proteus. Beberapa laporan menyatakan bahwa pada anak laki-laki yang berumur lebih dari 1 tahun, infeksi akibat Proteus sama banyaknya seperti E. coli, laporan lain menyatakan suatu organisme gram-positif dalam jumlah lebih besar pada laki-laki. Staphylococcus saprophytics terbukti merupakan patogen pada kedua jenis kelamin. Infeksi virus dapat pula terjadi.Hampir semua infeksi saluran kemih disebabkan oleh satu spesies bakteri. Paling tidak 80% dari cystitis uncomplicated dan pielonefritis disebabkan oleh E.coli, dengan strain patologi terbanyak pada serogrup O. bakteri pathogen saluran kemih lainnya yang lebih jarang termasuk Klebsiella, Proteus, dan Enterobacter dan Enterococci. Pada infeksi nosocomial ISK, varietas yang lebih luas penyebab penyakit lebih banyak termasuk Pseudomonas dan Staphylococcus. ISK yang disebabkan oleh S.aureus biasanya ditemukan sebagai hasil dari diseminasi hematogen. Streptococcus grup B beta-hemolitikus dapat menyebabkan ISK pada wanita hamil. S.saprophyticus dapat menyebabkan ISK pada wanita muda.Pada anak-anak, spektrum bakteri penyebab agak berbeda dengan dewasam dengan Klebsiella dan Enterobacter sebagai bakteri tersering penyebab ISK.

Tabel 1. Mikroorganisme (MO) yang paling sering sebagai penyebab ISK.