Allerton House ILLINOIS, A.B.D

LEVİNTHAL’IN PARADOKSU

LEVİNTHAL’IN PARADOKSU

•protein katlanmasının simülasyonu•Aşağıdaki simülasyonlar izlenmelidir.

•http://www.youtube.com/watch?v=gFcp2Xpd29I•http://www.youtube.com/watch?v=fvBO3TqJ6F•http://www.youtube.com/watch?v=meNEUTn9Atg•http://www.youtube.com/watch?v=sD6vyfTtE4U

PROTEİN KATLANMASI

•“Herkes naapacağını biliyor gibi”

•“Belli bir aşamaya geldikten sonra devam etmiyor”

•“Ne kadar karmaşık gibi görünse de bir plana göre ilerliyor sanki”

•“Karınca yuvası ya da arı kovanı gibi”

PROTEİN KATLANMASI

LEVINTHAL’IN PARADOKSPROTEİN KATLANMASI DÜŞÜNCE DENEYİ

Cyrus Levinthal 1969katlanmamış polipeptit zincirinde çok büyük sayıda alternatif 3 boyutlu yapı (3B) oluşma ihtimali var

100 aa’lik bir polipeptit99 peptit bağı

188 farklı phi ve psi bağ açısı3 farklı bağ açısı farzedersek

3198 farklı 3B yapı oluşurbir yapının 10-13 saniyede oluştuğunu varsay 3198 x 10-13

LEVINTHAL’IN PARADOKS

Evrenin yaşından daha büyük bir zamana ihtiyaç varOysa gerçekte mili saniyede oluyor

Demek ki rastgele olamazBir sistem olmalı

Sistemi yapan olmalıTasarımcı / Yaratıcı / Doğaüstü güç yok (?)

Hem olmalı hem olmamalı = PARADOKS

LEVINTHAL’IN PARADOKSBir maymun bilgisayarda “ben okula gidiyorum” gibi bir cümleyi ne kadar sürede yazar?

Çok büyük zaman (milyonlarca yıl sürebilir)Ama eğer doğru harf doğru sıraya geldiğinde bir mekanizma onu tutsa diğer harfleri tutmasa

binlerce yıla kadar düşebilir

“doğru harfin doğru sırada olduğunu” bilen mekanizma nasıl oluştu?

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşler

Tekrar incelendi ve reddedildi

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşler

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşlerParadoks maradoks yok aslında, sadece Levinthal rastgele arama diye gerçek dışı bir varsayım yapmış.

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşler

Bölgesel etkileşimlerin hızlı oluşumuyla yönlendirilen tercihi yollar olmak zorunda.

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşler

Klavuz etkileşimlere aslında klavuz kuvvetler demek lazım

LEVINTHAL’IN PARADOKSGüncel görüşler

Peki nedi bu kuvvetler? Şu an biliyoruz ki bu kuvvetler SU, ya da solventin tetiklediği protein iskelet ve yan gruplarının hidrofobik gruplarıdır.