Pronalaženje informacija: baze podataka i strategija

njihova pretraživanja

Katedra za istraživanja u biomedicini i

zdravstvu Medicinski fakultet u Splitu

Pretraživanje informacija na internetu

Opći pretraživači

Yahoo http://www.yahoo.com

Google http://www.google.com

Specijalizirani pretraživači i portali

Google Scholar http://scholar.google.hr

Health on the Net http://www.hon.ch/home.html

PlivaMedNet http://www.plivamed.net/

Elektronički časopisi

BMJ http://bmj.com/

CMJ http://www.cmj.hr

Slobodno dostupni časopisi

http://www.freemedicaljournals.com/

http://www.doaj.org/

Bibliografske baze podataka

MEDLINE/PubMed

Current Contents

Web of Science (WoS)

Scopus

Medicinske knjižnice

Objavljivanje

- završna faza istraživanja

Objavljivanje rezultata znanstvenog istraživanja - stožerno značenje u širenju znanja.

Znanstveni rad poštuje niz pravila i uputa kako bi se tijek istraživanja i njegovi rezultati mogli shvatiti, provjeriti i uporabiti u daljnjim istraživanjima, a sve u svrhu povećavanja znanstvenog znanja.

Pronalaženje izvornih radova potrebnih za daljnji rad važna je zadaća svakog znanstvenika.

Znanstvena produktivnost

Sindrom “objavi ili nestani” (publish or perish) - akademska i profesionalna promocija

Po nekim procjenama broj radova raste godišnje po stopi od 10%, a svake se godine u području biomedicine pojavi 75 - 100 novih časopisnih naslova.

Rast broja medicinskih časopisa

Stoljeće/godina

Broj časopisa

17.

10

18.

436

19.

1 147

1961.

~ 6 000

2000.

~ 16 000

Gdje smo danas?

Znanstveni časopis još uvijek ima središnju

ulogu u priopćavanju novih rezultata.

Većina časopisa ima elektroničke inačice.

Mrežni arhivi medicinskih časopisa i članaka

Open access

OA medicinski časopisi

Open Choice (Springer)

Pohrana rukopisa (NIH Public Access Policy)

Institucijski repozitoriji

Baze podataka

Osnovne značajke

Što su baze podataka?

Organizirane zbirke podataka

Svaka se baza podataka sastoji od zapisa

Zapisi sadrže određena polja s točno

određenim podatcima

Svako polje ima:

Nepromjenjivi naziv (npr. Authors)

Promjenjivi sadržaj (npr. Tomic S, Markotic A…)

Neka polja nose različite nazive u različitim

bazama iako im je sadržaj isti

Primjeri strukture zapisa

Current Contents

MEDLINE/ PubMed

Web of Science

Kako nastaju?

Baze podataka izrađuju strukovna udruženja,

knjižnice, profitne i neprofitne udruge…

Stvaraju ih stotine stručnjaka različitih profila:

Knjižničari – definiraju strukturu baze podataka

kako bi bili uključeni svi potrebni elementi koji

opisuju rad

Računalni stručnjaci – izrađuju bazu i sučelja te

brinu o tehničkoj podršci

Indekseri – radovima pridodaju ključne riječi

kojima opisuju sadržaj

Vrste baza podataka

Osnovne vrste su:

Bibliografske baze podataka

Citatne baze podataka

Baze podataka s cjelovitim tekstom

Postoje i druge (npr. tekstualno-numeričke), ali su tri

navedene najvažnije za pronalaženje podataka o

izvornim znanstvenim radovima

Mnoge baze podataka su kombinacija dviju ili više

osnovnih vrsta

Bibliografske baze podataka

Temeljni sekundarni izvor podataka

Sadrže osnovne podatke o primarnim izvorima

(objavljenim radovima): autor/i, naslov rada, naslov

časopisa, godina/svezak/stranice, naziv ustanove i sl.,

ključne riječi, sažetak…

Razlikuju se prema znanstvenim područjima koja

obuhvaćaju, broju časopisa, knjiga i drugih publikacija

koje obrađuju, strukturi i opsegu bibliografskoga zapisa

(neke baze opisuju svaki rad s desetak polja, a neke s

tridesetak i više) te dodatnoj obradi (predmetnice)

Služe za stjecanje uvida u određeno znanstveno

područje

Najvažnije bibliografske baze u području medicine

MEDLINE

EMBASE

Current Contents

Clinical Medicine

Life Sciences

PsycINFO

CINAHL

Citatne baze podataka

Osim osnovne strukture bibliografskih baza podataka

one dodatno obrađuju popise korištene literature i prate

citiranost radova unutar skupine publikacija koje

obrađuju

Daju odgovor na pitanje koliko je puta citiran neki rad ili

neki autor

Ne bilježe razliku između pozitivnih i negativnih citata

Tek je u novije vrijeme moguće razlikovati samocitate

Koriste se za stjecanje uvida u određeno znanstveno

područje i za praćenje odjeka određenoga rada ili autora

unutar znanstvenoga područja

Dostupne citatne baze

Web of Science

Sve do 2004. godine jedina citatna baza

Scopus

Elsevier je objavljuje 2004. godine

Google Scholar

Googleova tražilica lansirana također 2004.

godine

Prati citiranost radova unutar izvora koje

pretražuje

Baze podataka s cjelovitim

tekstom Najčešće su to zbirke elektroničkih časopisa jednoga ili

više izdavača

U pravilu sadrže i bibliografski opis svakoga rada

Potpuni tekst rada obično je dostupan u dva osnovna

formata: HTML i PDF

HTML omogućuje laku navigaciju unutar samoga rada,

hipertekstualne veze između pojedinih dijelova,

povezivanje literaturnih navoda u samome tekstu s

njihovim popisom na kraju itd.

PDF preslikava izgled rada iz tiskane inačice publikacije i

stoga je pogodniji za pohranjivanje i tiskanje

Dostupne baze cjelovitoga teksta

ScienceDirect

Zbirka elektroničkih časopisa jednoga od najvećih izdavača

znanstvenih časopisa Elseviera

Dostupan nam je samo dio časopisa, a ne svi i to najčešće od

1997. godine

Academic Search Complete

Zbirka od oko 7900 časopisa različitih izdavača; dostupna preko

sučelja EBSCOhost

Core Biomedical Collection

Časopisi različitih izdavača; sučelje OvidSP

CINAHL with Full Text

Sučelje EBSCOhost

The Cochrane Database of Systematic Reviews

Sučelje OvidSP

Kako pristupiti?

Centar za online baze podataka

http://www.online-baze.hr

Mogućnosti pristupa

S računala iz mreže ustanove koja je unutar sustava znanosti i visokoga školstva (unutar CARNetove mreže)

S bilo kojeg računala preko proxy servera za sve korisnike koji imaju elektronički identitet u sustavu AAI@EduHr

Preko CARNetovih modemskih ulaza

S bilo kojeg računala za ustanove članice biomedicinskoga konzorcija za dio baza dostupnih preko Ovida (potrebna lozinka)

Osnovne baze podataka

Pregled

Što je MEDLINE?

Najveća i najpoznatija medicinska baza podataka

MEDLINE obuhvaća: medicinu

stomatologiju

veterinarske znanosti

sestrinstvo

biološke znanosti

Dostupna nam je preko četiri različita sučelja: OvidSP

Web of Knowledge

EBSCOhost

PubMed

Osnovni podatci

Stvara je i održava: National Library of Medicine,

Washington, DC.

Pokriva razdoblje od 1940-ih do danas

Sažetke sadržava >75% uključenih bibliografskih zapisa

Obuhvaća časopise iz oko 80 zemalja (oko 50% iz

SAD-a) na 30-ak jezika

Indeksira oko 5.400 časopisa

Trenutno ima oko 21 milijun zapisa

10 hrvatskih časopisa

Dnevno ažuriranje

PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Servis koji pored baze MEDLINE sadrži i dodatne

zapise iz bioloških časopisa zastupljenih u arhivu

PubMedCentral

Poveznice s arhivom PubMed Central (PMC), OA

časopisima i pretplaćenim časopisima na mrežnim

sjedištima agregatora ili izdavača

Javno dostupan

MeSH - Medical Subject Headings

Kontrolirani rječnik (tezaurus) koji se koristi za

indeksiranje i pretraživanje biomedicinske literature

Preko 20.000 deskriptora (organizirani abecedno i

hijerarhijski)

Glavne predmetnice (headings) i potpredmetnice

(subheadings)

Javno, online dostupan MeSH Browser na adresi

http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

Current Contents

Thomson Reuters, ranije Institute for Scientific

Information (ISI)

Indeksira sadržaje oko10.000 znanstvenih časopisa i

drugih publikacija

Dostupan preko dva sučelja:

OvidSP (http://gateway.ovid.com/autologin.html)

Web of Knowledge (http://www.isiknowledge.com)

Većina članaka uključuje i autorske sažetke na

engleskom jeziku

Dostupni podatci od druge polovice 1993. godine do

danas (Ovid)

Baza se ažurira jednom tjedno

Web of Science (WoS)

http://www.isiknowledge.com

Multidisciplinarna baza

Obuhvaća razdoblje od 1955. godine do danas

Indeksira preko 12.000 najutjecajnijih znanstvenih časopisa

General Search – pretraživanje po zapisima

Cited Reference Search – pretraživanje po citatima

Pruža uvid u literaturu koja je prethodila objavljivanju rada i uvid u utjecaj toga rada na daljnja istraživanja

Časopisima koji su indeksirani u WoS-u, na temelju citiranosti objavljenih članaka, izračunava se svake godine čimbenik utjecaja (impact factor) u bazi

Journal Citation Reports

Web of Science sadrži

Tri citatna indeksa:

Science Citation Index Expanded (SCIex) Indeksira oko 8.300 časopisa iz različitih znanstvenih

područja

Social Sciences Citation Index (SSCI) Indeksira oko 2.800 časopisa s područja društvenih

znanosti

Arts & Humanities Citation Index (AHCI) Pokriva oko 1.600 časopisa s područja humanističkih

znanosti i umjetnosti

Journal Citation Reports

Sadrži čimbenike utjecaja (impact factore)

časopisa koji su indeksirani u WoS-u.

Čimbenik utjecaja je omjer između broja

citata koje su radovi u nekom časopisu dobili

u toj godini i broja radova objavljenih u tom

časopisu u prethodne dvije godine.

Ima dva izdanja:

JCR Science Edition

JCR Social Sciences Edition

Scopus

http://www.scopus.com

Bibliografska baza nizozemskog izdavača Elseviera

Obuhvaća područja prirodnih, tehničkih, medicinskih i

društvenih znanosti

Bibliografski zapisi imaju sažetke (od 1966. god.)

Svaki bibliografski zapis ima pretraživ popis literature (od

1996. god.)

Prati citiranost radova unutar baze

100 % MEDLINE, 100 % EMBASE

Što sve Scopus indeksira?

Različite vrste publikacija

Oko 19.500 aktivnih naslova, 5.000 izdavača

18.500 znanstvenih časopisa

300 zbornika skupova i sl.

400 publikacija tvrtki

Časopisi iz različitih zemalja Više od 50% iz Europe, Afrike i s Bliskog istoka

Najveći broj hrvatskih časopisa indeksiran je upravo u

Scopusu

Ukupno oko 47 milijuna zapisa

Medicina utemeljena na

dokazima

Kritička primjena najboljega mogućeg dokaza

Klinička praksa utemeljena na dokazima:

povezivanje osobnoga iskustva i sustava vrijednosti

liječnika i bolesnika s najboljim mogućim dokazom iz

medicinske literature

Pet koraka:

1. Postavljanje kliničkoga pitanja (oblikovanje problema)

2. Traženje dokaza

3. Kritička prosudba valjanosti i relevantnosti dokaza

4. Klinička primjena dokaza

(donošenje odluke, integriranje dokaza s kliničkim

iskustvom i bolesnikovim osobnim vrijednostima)

5. Vrjednovanje rezultata

Postavljanje kliničkoga pitanja

Potrebu za informacijom treba pretvoriti u pitanje na koje se može naći odgovor

Pitanje mora biti specifično i ciljano

Dobro postavljeno pitanje ima 4 elementa

(tzv. model PICO)

Dva dodatna elementa dobro postavljenog pitanja uključuju: vrstu pitanja (terapija, dijagnoza, etiologija, prognoza,

prevencija, troškovi)

vrstu studije (npr. RCT, meta-analiza i sl.)

Model PICO

Patient

Za kojega bolesnika, populaciju ili problem se traži informacija?

Intervention

O kojoj se medicinskoj intervenciji radi?

Comparison

Postoji li alternativna intervencija?

Outcome

Kakav je učinak intervencije?

Klinički scenarij

65-godišnji bolesnik oporavlja se od posljedica

moždanoga udara. Ultrazvučno mu je potvrđeno

blago suženje lijeve karotidne arterije.

Bi li uvođenje acetil-salicilne kiseline trebalo

smanjiti rizik od pojave ponovnog moždanog

udara?

Vrsta istraživanja:

liječenje/prevencija

Ustroj istraživanja:

RCT/sustavni pregledni članak

Koncepti:

moždani udar

acetil-salicilna kiselina (aspirin)

Sustavni pregledni članci ili randomizirane

kontrolirane studije

P Bolesnik: muškarac u dobi od 65 godina s

moždanim udarom

I Intervencija: acetil-salicilna kiselina

C Usporedna intervencija: placebo

O Ishod: prevencija ponovljenog moždanog

udara

Pitanje: Može li primjena acetil-salicilne kiseline

u 65-godišnjeg muškarca koji je doživio jedan

moždani udar smanjiti vjerojatnost pojave

ponovljenog moždanog udara?

Postupak traženja izvora/dokaza

U svakodnevnoj liječničkoj praksi pronalaženje

dokaza treba biti brzo i učinkovito

Različiti EBM izvori:

baze podataka (sustavni pregledi, strukturirani

sažetci), časopisi, smjernice...

Odabir izvora ovisi o naravi kliničkoga pitanja i

raspoloživome vremenu

Početi s izvorima koji sadržavaju već probrane

podatke u sažetome obliku

The Cochrane Library

The Cochrane Collaboration (http://www.cochrane.org)

Međunarodna neprofitna organizacija koja izrađuje, objavljuje i održava sustavne preglede (systematic reviews) o učincima intervencija u zdravstvu

Cochrane knjižnica je dostupna hrvatskoj akademskoj zajednici i zdravstvenim ustanovama preko Ovidovog sučelja (http://gateway.ovid.com/autologin.html)

Ostali je mogu pretraživati do razine sažetaka na adresi http://www.thecochranelibrary.com

Što sadrži Cochrane knjižnica?

Cochrane knjižnica sadrži različite baze podataka, najvažnije su:

The Cochrane Database of Systematic Reviews sustavni pregledni članci i protokoli za članke koji su u postupku

izrade

najbolji izvor podataka o učinkovitosti terapije

Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE) strukturirani sažetci kvalitativno procijenjenih sustavnih pregleda

koji nisu izrađeni u okviru Cochrane kolaboracije

The Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL) nezaobilazan izvor randomiziranih kontroliranih pokusa koji se

preuzimaju iz različitih baza (MEDLINE, EMBASE…) ili su pronađeni ručnim pretraživanjem literature

Clinical Evidence – BMJ Publishing Group (http://www.clinicalevidence.com)

Pokriva više od 160 tema i nudi odgovor na preko 800 kliničkih pitanja

Evidence Based On-Call (http://www.eboncall.org)

CAT (Critically appraised topic) - strukturirani sažetci izvornih znanstvenih radova objavljenih u medicinskim časopisima uz kritičku prosudbu

Vodiči kroz postupke

Pristup slobodan

PubMed Clinical Queries

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical

Sadrži tri filtera:

Clinical Study Categories (terapija, dijagnoza, etiologija…; široko ili fokusirano pretraživanje)

Systematic Reviews (sustavni pregledi, meta-analize, smjernice…)

Medical Genetics

pristup besplatan

EBM časopisi

Strukturirani sažetci izabranih članaka uz komentar o vrijednosti pronađenih dokaza za kliničku praksu

Analiziraju najbolje kliničke časopise ACP Journal Club

Evidence-Based Medicine

Evidence-Based Mental Health

Evidence-Based Oncology

Evidence-Based Cardiovascular Medicine

Bandolier

...

Info-sustavi (portali, metapretraživači, agregatori...)

SUMSearch (http://sumsearch.org)

Istovremeno pretražuje različite medicinske izvore (DARE,

Medline, National Guideline Clearinghouse), pristup slobodan

TRIPDatabase (http://www.tripdatabase.com)

Pretražuje veliki broj EBM-izvora, pristup slobodan

UpToDate (http://www.uptodate.com)

Komercijalni servis koji daje odgovore na klinička pitanja

Smjernice

Daju putokaz kako informaciju primijeniti u

praksi

Izrađuju ih službena tijela, npr. vladine agencije,

medicinska udruženja…

Kombinacija dokaza iz sustavnih pregleda i

mišljenje stručnjaka za određeno područje

Izvori za smjernice

National Guideline Clearinghouse NGC

http://www.guidelines.gov

Agency for Health Care Research and

Quality, AHRQ

http://www.ahrq.gov

National Institute for Clinical Excellence

NICE

http://www.nice.org.uk

Koji izvor odabrati?

Mogući izbor za klinička pitanja o učinkovitosti intervencija:

The Cochrane Database of Systematic Reviews

Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)

PubMed Clinical Queries

TRIP Database, SUMSearch

PubMed/MEDLINE

Druge vrste kliničkih pitanja

Jedan od mogućih izbora:

PubMed Clinical Queries

TRIP Database

SUMSearch

PubMed/MEDLINE

Pitanje Ustroj istraživanja

Dijagnoza Presječno istraživanje

Prognoza Kohortno istraživanje

Etiologija Kohortno istraživanje

Istraživanje parova

Liječenje Randomizirani kontrolirani pokus (RCT)

Kohortno istraživanje

Istraživanje parova

Iskustva bolesnika Kvalitativna istraživanja