BBMRI.fi – yhteistyö

1

• Yleiset tavoitteet

• Yhtenäiset prosessit (suostumus, luovutus, laatu ym.)

• Yhden luukun palvelu (IT-infrastruktuuri)

• Biopankkien yhteiset projektit

• Osallistuminen BBMRI-ERIC – toimintaan

• BBMRI.fi on Suomen infastruktuurien tiekartalla:

• OKM / Suomen Akatemia tukee BBMRI.fi koordinaatiotoimintaa vuosina 2014-2018

• Kansallisille biopankeille myönnetty merkittävästi SA-FIRI laiterahoitusta vuosina 2014-2016

28.2.2017 2

Kansallisten biopankkien kehittämisryhmä

“Työrukkasryhmä”

Yhteisiä asiakirjoja

Pöytäkirjat

BBMRI.fi Viestintäryhmä 2016

Edustajat jokaisesta biopankista, pj. Helena K. apuna Voimisto Oy

9 kokousta

Biopankkiviestinnän arvokeskustelu, kriisiviestintäsuunnittelua

Biopankki.fi www-sivuston tuottaminen

Materiaaleja FinnPro-sivustolle

BBMRI-BTNK yhteisesitteen suunnittelu

SOME-viestintäryhmä

Biopankkien Get Together tapahtuma

Biopankkien tunnettuuskysely (julkaisu alkuvuodesta 2017)

ChemBio 2017 ohjelman suunnittelu

Materiaalit Biopankkitoiminta ja yksilöllistetty lääketiede – julkaisuun

Biopankkien hyvä yhteistyö ryhmässä !

28.2.2017 3

28/02/2017 “4

• BBMRI.fi koordinaatiorahoitusta 2016-2017 suunnattu biopankkitietojenkäytön edistämiseen

• IT-työryhmässä mukana kaikki biopankit, työryhmän vetäjänä Juha Knuuttila

• Yhteisiä IT-ratkaisuja:

• Asennettu: • SamWise näytehallintajärjestelmä THL, KYS

• CORE koordirekisterijärjestelmä asennettu testi- tai tuotantokäyttöönkäyttöön: HUS, FHRB, PSSHP, KSSHP, THL

• Testikäyttö:• BC Platforms järjestelmiä (BCSample/Clin/Genome) Auria + HUS + FIMM/THL

• Yhteiset määrittelyt:• Tietojen harmonisointi

• Koodi, Suostumus ja luovutusrekisteri (CORE workshops)

• Tutkimuslupaportaali (2 REMS workshops with CSC and 1 with National Archives)

• Sähköinen suostumus

• Pilotit Isaacus-hankkeen valmistelemiseksi• THL – Auria – Borealis päällekkäisyyksien tarkistus

• Ratkaisuja tietojen käyttöönottoon ja pseudonymisointiin

• Kliinisen ja väestötiedon yhdistäminen KITE-pilottialustalla

BBMRI.fi IT-yhteistyö

28/02/2017 “5

• Isaacus BBMRI projekti käynnistettiin (Sitran rahoitus)• BBMRI.fi kansallinen yhteistyö syventyi

• Biobanks Finland Joint Operator - valmisteluvaiheen IT-työryhmä• WS2 IT-suunnitelma

• Perttu.Terho@tyks.fi; jarkko.penttinen@pshp.fi; tomi.lilja@ksshp.fi; Timo.Laitinen@kuh.fi;hanna.heikkinen@hus.fi; timo.a.miettinen@fimm.fi; esa.lepola@pshp.fi; Juha.Knuuttila@thl.fi

• BBMRI-ERIC IT Common Service pääasialliset tuotokset• BBMRI.fi: WP8 D8.1 tuotettu tiedon harmonisaatioprotkollat ja vaatimukset

• BBMRI.fi: Koko CS-IT valmistelun työryhmien koordinaatio

• Kaikki jäsenmaat: Olemassa olevat saatavuuspalvelut katsastettu

• Kaikki jäsenmaat: ADOPT (H2020) Colon Ca tietomallit

• Kaikki jäsenmaat: BBMRI-ERIC Directory 2.0 -> 3.0 update

IT-yhteistyöt 2016

BBMRI.fi ISAACUS pilotti

BBMRI.fi ISAACUS pilotoi suomalaisten biopankkienyhteistyötä:

Rintasyöpätapaukset ja niihin liitetyt tiedot kaikistabiopankeista

Tavoitteet:

Selvitetään tietojen yhdistäsinen lakitausta

Tuotetaan työkalut ja ohjeistukset tietojen ja ICT-järjestelmien yhteiskäyttöä varten

Selvitetään yhdistetyn biopankkitiedon kattavuus japäällekkäisyyydet

Tuotetaan prosessi yhdistetyn tietoaineistonanalysoimiseksi biopankkitutkimuksissa

Integroidaan BBMRI.fi pilotti muihin ISAACUS pilottiprojekteihin

Selvitetään vaatimukset yhden palveluntuottajantoiminnan perustaksi ISAACUS

Akatemian COHORT projekti:

CoCoBiConnecting Northern Finland Birth Cohorts with Borealis

and THL Biobanks

Identifying Trajectories of Healthy Aging via Integration of Birth Cohorts and Biobank Data

28.2.2017 7

PI: Minna Männikkö (NFBC)Mukana:• Borealis Biopankki (Pia

Nyberg) • Oulun yliopiston

Computer Science Group (Tapio Seppänen & Jaakko Sauvola)

• THL Biopankki

Biopankkiyhteistyö digipatologian osalta

1) SA Firimikroskooppilasiskannerien

hankinta (hankittu 2015 Oulu, Kuopio, Jyväskylä, Tampere)

3) SA Firi-rahoitus TMA-monikudosblokki-

laitteisto ja skannattujen kuvien säilytyksen ja

jakamisen infrastruktuuri TMA hankkittu 2016 Oulu + Kuopio; Oulu, Kuopio, CSC ja THL yhteistyö

jatkuu kuvapilottien osalta.

2) Tekes-rahoitus (4/2015-5/2017)

Digitaalinen biopankki (Oulun yo, PPSHP, HUS, PSHP,

KSSHP, Neagen Oy ja EMC Computer Systems oy):

digitaaliseen biopankkiin liittyvä tutkimus ja digipatologianimplementointi sairaalaan

arkeen

• SA-Firi-rahoitusta TMA-monikudosblokkilaitteistoon• Oulu, Kuopio (laitteet hankittu)

Tissue microarray biopankkipalveluna 2017 -

Haasteena edelleen esim kuvien pitkäaikaissäilytys ja jakaminen tutkijoille • Kuvat isoja• OB-numerot katsotaan

henkilötiedoksi – tietoturvallinen käsittely

→ tämän ratkaisemiseksi pilotteja Borealisin, Itä-Suomen Biopankin ja CSC (Tieteen tietotekniikan keskus) kesken SA-rahoituksella

BBMRI.fi – muita aktiviteetteja 2016

Biopankkien taustaorganisaatioiden edustajat osallistuivatSTM:n biopankkiselvityksen asiantuntijaryhmään keväällä2016. Lindpaintner ryhmän pj

Syksyllä 2016 biopankkien edustajat osallistuivat 9 työryhmään Turun, Tampereen ja Oulun Biobanks Finland Joint operator – selvitystyössä

Klaus Lindpaintnerin johdolla Biobanks Finland Joint Operator Business Plan

Biopankkien yhteistyö syveni kaikilla rintamilla

28/02/2017 “10

Biobanks Finland Joint Operator Preparatory Phase Steering Committee

Hannu Hämäläinen (STM)Anu Jalanko (THL)Saila Kauppila (Northern Finland Biobank Borealis Oulu)Veli-Matti Kosma & Arto Mannermaa (Eastern Finland Biobank Kuopio)Teijo Kuopio (Central Finland Biobank Jyväskylä)Kimmo Pitkanen (Academic Medical Center Helsinki Biobank)Kimmo Porkka and Tiina Wahlfors (FHRB)Jari Porrasmaa (STM)Heli Salminen-Mankonen (Auria Biobank)Kimmo Savinainen (Tampere Biobank)

Biobanks Finland Joint Operator Preparatory Phase Work Stream Members

Eeva Atangana, Olli Carpen, Marjukka Friman, Jaana Hartikainen, Hanna Heikkinen, Päivikki Hemmilä, Minna Hendolin, Helena Kääriäinen, Lila Kallio, Antti Karlsson, Saila Kauppila, Juha Knuuttila, Teijo Kuopio, Aija Kyttälä, Reijo Laaksonen, Raija Lahdenperä, Minna Lahtinen, Päivi Laiho, Timo Laitinen, Linda Lauren, Tomi Lilja, Juha Mäkelä, Arto Mannermaa, Maaret Nummi, Pia Nyberg, Mika Peippo, Tiina Pekkala, Katariina Peltonen, Jarkko Penttinen, Markus Perola, Kimmo Porkka, Kari Pulkki, Antti Saarelainen, Aulikki Santavuori, Minttu Sauramo, Kimmo Savinainen, Kaisa Silander, Sirpa Soini, Tom Southerington, Perttu Terho, Maria Toivakka, Hanna Tuhkanen, Tiina Vesterinen, Tiina

Wahlfors.

Networking & joint planning – BBF JO Planning example

Biobanks Finland Joint Operator Preparatory Phase Work Stream Coordinators

Maaret Nummi (WS 1: Operational Support, Services, Products)Juha Knuuttila (WS 2: Informatics Infrastructure and Applications)Aulikki Santavuori (WS 3: Quality Management Systems)Tiina Wahlfors (WS 4: Procurement; Vendor selection)Sirpa Soini (WS 5: Ethical, Legal, Structural/Organizational Aspects) Markus Perola (WS 6: Business Dvpmt, Marketing, Sales, Pricing)Pia Nyberg (WS 7: Communications)Hanna Tuhkanen (WS 8: Financials/AccountingJuha Mäkelä (WS 9: Project Management)