BIOLOGI REPRODUKSI DAN GENETIK POPULASI IKAN KEMBUNG

215

Biologi Reproduksi dan Genetik Populasi ..... di Pantai Utara Jawa (Zamroni, A., et al.)

BIOLOGI REPRODUKSI DAN GENETIK POPULASI IKAN KEMBUNG(Rastrelliger brachysoma, FAMILI SCOMBRIDAE) DI PANTAI UTARA JAWA

Achmad Zamroni1), Suwarso1), dan Nur Ainun Mukhlis1)

1)Peneliti pada Balai Riset Perikanan Laut, Muara Baru-Jakarta

Teregristrasi I tanggal: 30 Juli 2007; Diterima setelah perbaikan tanggal: 14 Nopember 2007;

Disetujui terbit tanggal: 3 April 2008

ABSTRAK

Biologi reproduksi ikan dan genetik populasi merupakan hal yang penting dalam manajemenperikanan. Penelitian tentang ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) dilakukan berdasarkan padapengamatan secara visual terhadap gonad dan mengukur indeks gonad. Contoh genetik ikan kembung(Rastrelliger brachysoma) diperoleh dari 5 lokasi penangkapan, yaitu perairan utara Jakarta, EretanWetan (Indramayu), Pekalongan, Rembang, dan Pasuruan (Selat Madura). Analisis restriction fragmentlength polymorphism mitochondria-DNA ikan contoh menggunakan 5 jenis enzim restriksi yaitu Alu I,Hae III, Nde II, Taq I, dan Hind III. Hasil pengamatan terhadap 1.024 spesimen ikan menunjukkanbahwa ikan contoh dominan dalam keadaan belum matang (tingkat kematangan gonad I, II, dan III).Dugaan musim pemijahan ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) terjadi pada musim timur karenanilai indeks gonad pada musim timur rendah. Ukuran ikan yang matang (tingkat kematangan gonadIV) berkisar antara 19 sampai dengan 20 cm (FL) dengan nilai indeks gonad 0,49 sampai dengan6,98. Hasil analisis restriction fragment length polymorphism mitochondria-DNA menunjukkan polapemotongan yang diperoleh adalah sama (satu pola pemotongan) sehingga secara genotip ikancontoh yang diamati tidak terdapat perbedaan yang nyata.

KATAKUNCI: ikan kembung (Rastrelliger brachysoma), biologi reproduksi, indeks gonad,genetik populasi, restriction fragment length polymorphism mitochondria-DNA

ABSTRACT: Reproductive biology and genetic population of Short mackerel (Rastrelligerbrachysoma, Scombridae) in the coastal water of northern Java. By: AchmadZamroni, Suwarso, and Nur Ainun Mukhlis

Reproductive biology and population genetic of fish provide the important point in the fisheriesmanagement. A study on short mackerel (Rastrelliger brachysoma) was based on visual observationsto the ovary and the measurement of gonado somatic index. Genetic sample of short mackerel(Rastrelliger brachysoma) were collected from 5 catch location i.e. northern Jakarta, Eretan Wetan(Indramayu), Pekalongan, Rembang, and Pasuruan (Madura Strait). Analysis restriction fragmentlength polymorphism mitochondria-DNA were used 5 kind restriction enzyme Alu I, Hae III, Nde II,Taq I, and Hind III. Observations on 1,024 specimen showed that the sample was dominated inimmature stage (stage I, II, and III). Spawning season of short mackerel (Rastrelliger brachysoma)was supposed in the east wind due to the fact that gonado somatic index is lower in east wind season.The size of ripe (stage IV) specimen was about 19 to 20 cm fork length, with gonado somatic indexvalue range from 0.49 to 6.98. The result of analysis restriction fragment length polymorphismmitochondria-DNA showed has the same digestion model (one digestion model) therefore no significantdifferences in fish sample gonotip.

KEYWORDS: short mackerel (Rastrelliger brachysoma), reproductive biology, gonado somaticindex, genetic population, restriction fragment length polymorphism mitochondria-DNA

PENDAHULUAN

Ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) termasukjenis ikan pelagis kecil yang hidup di perairan pantai(neritik), serta tersebar hampir di sepanjang pantaiutara Jawa, Selat Madura, pantai barat SumateraSelatan, dan pantai selatan Kalimantan (Ketapang,Kota Baru). Keberadaan ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) pada umumnya diikuti eksploitasi olehpukat cincin mini (mini purse seine) yang hanya aktif

melakukan penangkapan di perairan pantai denganoperasional hanya 1 hari (perikanan skala kecil). Tipearmada penangkap pukat cincin mini terutama berasaldari Jawa Timur dan Brebes. Data pendaratanmenunjukkan di Pekalongan didaratkan 310 ton atausekitar 15% dari seluruh pendaratan oleh pukat cincinmini (Suwarso et al., 2007).

Seperti layaknya perikanan skala kecil padaumumnya, eksploitasi oleh pukat cincin mini telah

___________________Korespondensi Penulis:Komplek Pelabuhan Perikanan Samudera Jl. Muara Baru Ujung-Jakarta 14440, E-mail: [email protected]

216

mengakibatkan tekanan penangkapan tinggi hampirdi seluruh wilayah (Nurhakim et al., 1995), karenajenis ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) menjadisasaran utama penangkapan perikanan tersebut.Penangkapan dilakukan melalui cara berburu(hunting), tanpa bantuan rumpon ataupun lampusehingga aktivitas pada sekitar gelap bulan, yaitusekitar seminggu setelah terang bulan dan berhentiseminggu menjelang terang bulan berikut. Perilakumigrasi ikan tersebut diperkirakan mempengaruhipola migrasi kapal pukat cincin mini di pantai utaraJawa.

Informasi mengenai biologi reproduksi dan unitbiologi (unit stok, sub populasi) sangat penting sebagailandasan kuat bagi pengelolaan perikanan berbasisstok. Dalam konteks penyebaran dan kelimpahanpopulasi, stok ikan pelagis memanfaatkan fenomenaperubahan hidrografis sebagai bagian dari siklusmigrasi dan sejarah hidup (life history), informasibiologi reproduksi sangat menentukan dalampengelolaan sumber daya bagi wilayah perairan padattangkap dan pengembangan perikanan bagi wilayah-wilayah yang rendah tingkat penangkapan. Masalahekologis yang berkaitan dengan unit populasi ikanpelagis akibat aktivitas migrasi dan filogenetikmemerlukan suatu pemecahan, antara lain denganmelakukan identif ikasi stok secara genetik.Identifikasi stok tidak hanya berfungsi untukmengetahui karakter dan asal-usul stok, tetapi dapatpula dipergunakan dalam pengaturan operasipenangkapan ikan, terutama jika aktivitas migrasi ikantersebut meliputi antar negara. Menurut Yusron (2005),keragaman genetik suatu populasi memiliki artipenting, karena faktor yang mempengaruhi responsuatu populasi terhadap seleksi alam maupun buatanyang dilakukan oleh manusia untuk mengeksploitasisumber daya hayati laut tersebut sesuai kebutuhan.Penelitian sebelumnya mengenai struktur populasidan stok ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) diIndonesia dilakukan oleh Sujastani (1976) denganmenggunakan metode morfometrik. Hasil dari

penelitian tersebut menunjukkan bahwa ikankembung (Rastrelliger brachysoma) di pantai utaraJawa tidak terdapat perbedaan yang cukup signifikan.Oleh karena itu, perlu dilakukan studi atau penelitianmengenai struktur populasi ikan yang berbasiskeragaman genetik dari beberapa wilayah geografis.

Variasi genetik dapat dievaluasi dengan 2 carayaitu dengan allelic diversity dan heterozygosity.Beberapa metode dapat digunakan untukmengestimasi tingkat variasi genetik yaitumenggunakan molecular marker (Carvalho & Pitcher,1995) termasuk antara lain mitochodrial-DNA (Martinet al., 1992; Park & Moran, 1995). Pengamatansecara langsung variasi DNA ditemukan bersamadengan isolasi tentang enzim restriksi. Penerapanlangsung teknik molecular marker diawali denganmitochodrial-DNA. Teknik molecular marker dapatdilakukan dengan menggunakan contoh dalamkeadaan segar, beku, ataupun yang disimpan dalamalkohol (Ward & Grewe, 1995; Nugroho et al., 1997).

Tulisan ini membahas tentang beberapa aspekbiologi reproduksi ikan kembung (Rastreligerbrachysoma) di pantai utara Pekalongan dan strukturgenetik populasi di pantai utara Jawa dan SelatMadura, yang diharapkan dapat memberikankontribusi sebagai bahan masukkan bagi pengelolaansumber daya yang tepat dan bertanggungjawab dalamkontek sustainable fishery dan biodiversity di LautJawa.

BAHAN DAN METODE

Ikan contoh untuk studi reproduksi dikumpulkandari hasil tangkapan pukat cincin mini Jawa Timurselama bulan April 2005 sampai dengan Mei 2006 diPelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan, JawaTengah. Pengambilan contoh dilakukan secara acakmelalui pengukuran sistimatis dengan mengikutistandar prosedur pengambilan contoh dan pengukuranseperti dikatakan oleh Potier & Sadhotomo (1991).

Gambar 1. Ikan kembung (Rastrelliger brachysoma).Figure 1. Short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma).

J. Lit. Perikan. Ind. Vol.14 No.2 Juni 2008: 215-226

217

Karakter biologi yang diukur meliputi panjang cagak(fork length) dalam satuan cm, bobot tubuh (g), jeniskelamin (sex), tingkat kematangan gonad, dan bobotgonad segar (g). Pengukuran karakter biologi dimulaipada ukuran 14 cm FL. Tingkat kematangan gonad(ovarium dan testis) ditentukan secara visualberdasarkan pada 5 skala kematangan gonad menurutHolden & Raitt (1974) sebagai berikut tingkatkematangan gonad I (immature), tingkat kematangangonad II (maturing), tingkat kematangan gonad III(ripening), tingkat kematangan gonad IV (ripe), dantingkat kematangan gonad V (spent). Validasi tingkatkematangan gonad dilakukan berdasarkan pada hasilpreparasi terhadap beberapa contoh gonad (ovary)yang terkumpul. Dugaan musim pemijahan didasarkanpada pola fluktuasi gonad somatic index; nilai gonadsomatic index dihitung sebagai berikut:

GSI=(Wg/BW)x100% .......................................... (1

di mana:Wg = bobot gonad (ovary/testis) segarBW = bobot tubuh ikan

Analisis statistik dan grafis diterapkan untukmelihat kecenderungan yang terjadi dalam skalamusim maupun ruang.

Contoh jaringan (daging) ikan untuk studi genetikdiperoleh dari 5 lokasi penangkapan di kawasanpantai, yaitu perairan utara Jakarta, Eretan Wetan(Indramayu), Pekalongan, Rembang, dan Pasuruan(Selat Madura). Contoh jaringan yang dianalisis untukmasing-masing lokasi 10 spesimen daging dari 10individu ikan yang dipilih secara acak. Analisisrestriction fragment length polymorphism diterapkanterhadap genom DNA-mitochondria yang diperolehmelalui ekstraksi dan proses amplifikasi denganmenggunakan alat polymerase chain reaction dankemudian proses restriksi dengan menggunakan 5jenis enzym restriksi, yaitu Alu I, Hae III, Nde II, Taq I,dan Hind III (Gambar 2). Tahapan prosedurselengkapnya diuraikan berikut ini.

DNA ikan diekstraksi dari jaringan daging sebagaiberikut potongan daging dimasukkan ke dalam tabung1,5 ml yang telah berisi 500 μl larutan urea. Kemudianditambahkan 20 μg per ml protein kinase dandiinkubasi pada suhu 37°C selama 24 jam. Setelahitu, ditambahkan 1.000 μl phenol chloroform isoamylalcohol. Kemudian disentrifuge dengan kecepatan

10.000 rpm selama 10 menit. Lapisan supernatandiambil dan dimasukkan ke dalam tabung baru danditambahkan 10 μl NH

3COONa dan 1.000 μl Etanol

90%. DNA diendapkan dengan mensentrifugecampuran tersebut pada kecepatan 10.000 rpmselama 10 menit, kemudian larutan di atas dibuangdan DNA dikeringkan pada suhu ruangan. Kemudianditambahkan 100 μl rehydration solution.

Primer yang digunakan untuk mengamplifikasisekuense mitokondria D-loop adalah primer 16A dan16B. Amplifikasi dilakukan dengan menggunakanmesin polymerize chain reaction. Cycle polymerizechain reaction yang digunakan dalam amplifikasiadalah satu siklus denaturasi pada suhu 95°C selama2 menit. 35 siklus penggandaan yang terdiri atas 95°Cselama 1 menit, 45°C selama 1 menit dan 72°Cselama 2,5 menit. Selanjutnya, 1 siklus terakhir padasuhu 72°C selama 5 menit. Sekuense mitochodrial-DNA yang didapat direstriksi dengan menggunakanendonuklease (enzim restriksi) sesuai denganprosedur standar. Hasil restriksi kemudian dipisahkansecara elektroforesis dengan menggunakan gelagarose dalam Tris-Boric-EDTA buffer dan diamatidalam UV illuminator serta difoto.

HASIL DAN BAHASAN

Biologi Reproduksi

Sebaran ukuran ikan contoh dan sex rasio

Ukuran ikan contoh tersebar antara 14 sampaidengan 21 cm (FL) di mana sebagian besar ikanberukuran 15 sampai dengan 17 cm. Jumlah ikan yangdiamati 1.024 ekor, 491 ekor (48%) berjenis kelaminjantan 533 ekor (52%) berjenis kelamin betina. Rasiokelamin ikan jantan dan ikan betina (1:1.086) denganuji statistik adalah sama atau seimbang (Gambar 3a).Ikan kembung jantan(Rastrelliger brachysoma)ternyata lebih banyak ditemukan pada ukuran lebihkecil (14 sampai dengan 16 cm), sedangkan ikanbetina lebih banyak ditemukan pada kisaran yanglebih besar (17 sampai dengan 20 cm) (Gambar 3b).Ikan betina lebih banyak tertangkap pada bulan Maret,Mei, Juni, Juli, dan September. Hasil tangkapan ikanbetina yang tertinggi terjadi pada bulan Mei, yaitusekitar 80% dari ikan Jantan. Sedangkan untuk ikanjantan banyak tertangkap pada bulan April, Agustus,Oktober, dan Nopember.


218

Gambar 2. Bagan prosedur dalam analisis restriction fragment length polymorphism terhadap genom

mitochodrial-DNA ikan kembung (Rastrelliger brachysoma).Figure 2. Analysis procedure restriction fragment length polymorphism for mitochodrial-DNA of Short

mackerel fish (Rastrelliger brachysoma).

Perkembangan Kematangan Gonad

Dari contoh-contoh ovary yang diperoleh selamapenelitian menunjukkan bahwa ikan yang tertangkapdi daerah penangkapan pada umumnya berada dalamkondisi belum matang dan didominasi oleh tingkatkematangan gonad I, II, dan III, yaitu 91%. Individuikan matang gonad (ripe ovary, tingkat kematangangonad IV) ditemukan 82 spesimen atau hanya sekitar8% dari seluruh spesimen. Sedangkan spesimendalam kondisi mijah (spent, tingkat kematangangonad V) hanya ditemukan 1% dari seluruh spesimen.Spesimen ripe ovary merupakan telur-telur matangyang akan segera dipijahkan. Deskripsi visual darimasing-masing tingkat kematangan gonaddiperlihatkan pada lampiran.

Secara histologis, dalam spesimen gonad tingkatIII (maturing) dapat dijumpai 2 kelompok utamapertumbuhan oocyte, yaitu oocyte t ingkatprevitellogenic dan oocyte dalam tingkat vitellogenesisyang dapat dibedakan 3 macam, yaitu yolk precursor1, yolk precursor 2, dan yolk stage (red staining yolk).Sedangkan dalam ripe ovary, selain tingkat-tingkat

oocyte seperti tersebut di atas juga dapat ditemukanoocyte yang matang (ripe) yang telah berkembangsempurna dengan ukuran paling besar dantranslucent. Proporsi dari setiap tingkat pertumbuhanoocyte dalam suatu tingkat kematangan ovary ataugonad dipresentasikan dalam Tabel 1.

Ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) yangtertangkap pada umumnya memiliki tingkatkematangan gonad II dan III, dan ukuran yang dominantertangkap terdapat pada kisaran 15 sampai dengan16 cm. Ikan yang memiliki kematangan gonad tingkatI dan II berukuran lebih kecil (14 sampai dengan 16cm), sedangkan ikan-ikan yang lebih matang padaumumnya ditemukan pada ikan yang berukuran lebihbesar (>16 cm). Hal tersebut, menunjukkan bahwatingkat kematangan gonad ikan mengikuti atau selarasdengan ukuran ikan (selaras dengan pertumbuhanikan). Gambar 5 memperlihatkan komposisi tingkatkematangan gonad ikan betina menurut ukuran ikan;dapat diduga bahwa ukuran reproduktif ikan kembungbetina kemungkinan antara 16 sampai dengan 18 cmFL, terlihat dari kontribusi tingkat kematangan gonadIII yang paling besar.


219

Gambar 3. Perbandingan kelamin (sex ratio jantan dan betina) ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)di pantai utara Pekalongan (a), sex ratio menurut ukuran (b), dan sex ratio berdasarkan padawaktu (bulan) (c).

Figure 3. Sex ratio of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) in coastal water of northernPekalongan (a), sex ratio by size (b), and sex ratio by time (month) (c).

Indeks Gonad

Indeks gonad atau gonado somatic index,merupakan suatu indeks kuantitatif yangmenunjukkan suatu kondisi kematangan seksualikan. Pada umumnya semakin panjang tubuh ikan,maka semakin besar pula nilai gonado somatic indexyang diperoleh sehingga ovarium yang lebih matangmemiliki bobot dan ukuran lebih besar, termasukpenambahan dari ukuran telur. Dari hasil pengukurandiperoleh gonado somatic index ikan kembung betina(Rastrelliger brachysoma) berkisar antara 0,13sampai dengan 11,24; yang dapat dipisah menuruttingkat kematangan sexual tingkat kematangan gonadI memiliki nilai gonado somatic index antara 0,11sampai dengan 2,69, tingkat kematangan gonad IImemiliki antara 0,28 sampai dengan 4,75, tingkatkematangan gonad III antara 0,59 sampai dengan7,19; dan tingkat kematangan gonad IV antara 2,59sampai dengan 11,24, sedangkan tingkat kematangangonad V nilai gonado somatic index berkisar antara0,53 sampai dengan 7,73 (Gambar 6a).

Secara umum, gonado somatic index maksimumdiperoleh dari spesimen dengan bobot gonad yangmaksimum pula. Pada Gambar 6b diketahui bahwarata-rata gonado somatic index tertinggi didapatkanpada spesimen dengan ukuran 19 sampai dengan 20cm FL. Ikan yang berukuran di bawah 19 cm padaumumnya ikan belum matang, sehingga nilai rata-rata gonado somatic index rendah (Gambar 6b).Diagram scatter nilai gonado somatic index menurutukuran dari setiap tingkat kematangan diperlihatkanpada Gambar 7.

Spesimen yang ditemukan dalam kondisi matangtidak selalu memiliki nilai gonado somatic index yangmaksimum, karena diduga terjadi proses pematanganyang lebih cepat pada telur walaupun ovarium belumtumbuh dengan sempurna. Nilai gonado somatic indexdari ikan-ikan yang matang tersebut berkisar antara0,49 sampai dengan 6,98 dengan nilai rata-rata 3,42(Gambar 7). Pada Gambar 6a menunjukkan bahwasemakin tinggi tingkat kematangan gonad ikan,semakin tinggi pula nilai gonado somatic index yang


220

3 = Yolk precursor

2 = Yolk precursor

4 = Yolk stage (red staining yolk)

1 = Previtellogenic oocyte

5 = Completion of development (ripe)

Lumen

diperoleh, karena dengan meningkat nilai tingkatkematangan gonad, maka diikuti pula denganmeningkat bobot gonad sehingga dapatmeningkatkan bobot tubuh. Terjadi pengecualianuntuk tingkat kematangan gonad V, nilai rata-rata

gonado somatic index cenderung sama dengan nilaipada tingkat kematangan gonad IV, karena padatingkat kematangan gonad V sebagian telur telahdikeluarkan pada saat pemijahan, sehingga bobotgonad cenderung menurun.

551023020124,2316,87

47832121313,4317,26

24462519174,44165

6912666505243174

731215527383,8316,53

45492928323316,72

371242223404,7316,81

CompletionYolk stageYolk

precursor 2Yolk

precursor 1Previtellogenic

oocyte

Gonadweight

(g)Stage

Forklength(cm)

No.

551023020124,2316,87

47832121313,4317,26

24462519174,44165

6912666505243174

731215527383,8316,53

45492928323316,72

371242223404,7316,81

CompletionYolk stageYolk

precursor 2Yolk

precursor 1Previtellogenic

oocyte

Gonadweight

(g)Stage

Forklength(cm)

No.

Tabel 1. Proporsi tingkatan gonad ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) secara histologi di utaraJawa

Table 1. Gonad stage histology proportion of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) in coastalwater of northern Java


Gambar 4. Histologi gonad ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) di pantai utara Jawa.Figure 4. Gonad histology of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) in coastal water of northern

Java.

221

Dugaan Musim Pemijahan

Pola fluktuasi bulanan gonado somatic index ikandapat digunakan untuk menduga musim pemijahanikan. Ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) dipantai utara Pekalongan pada musim timurmempunyai nilai gonado somatic index rendah(minimum) dibandingkan dengan bulan-bulan lain.Penurunan nilai gonado somatic index ini terjadisekitar bulan April sampai dengan Juli 2005 (Gambar8). Penurunan nilai gonado somatic index tersebutdipertegas pada Gambar 9 dengan lebih dominantingkat kematangan gonad I dan II pada bulan Aprilsampai dengan Agustus. Ikan-ikan yang lebih matang

banyak ditemukan pada musim barat. MenurutSuwarso & Sadhotomo (1995), rendah nilai gonadosomatic index tersebut dikarenakan kelompok ikanyang matang gonad tidak berada di daerahpenangkapan (fishing ground), diduga bermigrasi kedaerah pemijahan (spawning ground) dan daerahpenangkapan juga merupakan daerah untuk mencarimakan (feeding ground) serta pertumbuhan bagi ikanini. Suwarso & Hariati (2003) juga menunjukkanbahwa terdapat indikasi pemijahan ikan kembung(Rastrelliger brachysoma) di perairan Indramayu danTeluk Jakarta pada sekitar musim barat; gonad yanglebih besar (lebih matang) ditemukan di sekitar TelukJakarta.

Gambar 5. Tingkat kematangan gonad ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) berdasarkan pada ukuranpanjang (FL).

Figure 5. Gonad stage of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) by size (FL).

a b

Gambar 6. Sebaran nilai gonado somatic index ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) berdasarkanpada tingkat kematangan gonad (a) dan ukuran (b).

Figure 6. Gonado somatic index of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) by gonad stage (a)and size (b).

Genetik Ikan Kembung

Hasil amplifikasi polymerase chain reaction darigenom mitochodrial-DNA ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) dengan menggunakan primer 16A dan16B mempunyai bobot molekul untai DNA 650 bp.

Template mitochodrial-DNA yang dihasilkan dariproduk amplifikasi polymerase chain reactionkemudian dilakukan pemotongan dengan 5 enzimrestriksi. Dari 5 enzim restriksi yang digunakan untukmemotong template mitochodrial-DNA, hanya 1 enzimyang tidak menghasilkan situs pemotongan, yaitu


222

Gambar 7. Diagram scatter nilai gonado somatic index dari tiap tingkat kematangan menurut ukuranikan kembung (Rastrelliger brachysoma).

Figure 7. Gonado somatic index scatter diagram from each gonad stage by size of short mackerelfish (Rastrelliger brachysoma).

enzim Hind III. Sedangkan 4 jenis enzim yang lain(Alu I, Hae III, Nde II, dan Taq I) mempunyai situspemotongan. Ke-4 enzim tersebut hanya mempunyai1 pola restriksi atau pemotongan. Contoh hasilvisualisasi restriksi DNA ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) dapat dilihat pada Gambar 10. Karenahanya terdapat 1 pola restriksi, maka secara genotiptidak terdapat perbedaan yang nyata di antara 5populasi yang diamati. Sehingga diduga bahwa selainikan kembung (Rastrelliger brachysoma) mempunyaidaerah sebaran yang luas, juga berasal dari stok yangsama. Dugaan lain, bahwa dimungkinkan terjadigenetic introgression atau pencampuran genetiksehingga memperlihatkan diversitas genetik yangrendah (low genetic diversity). Jika ikan kembung(Rastrelliger brachysoma) di pantai utara Jawamemang berasal dari stok yang sama, kemungkinanlokasi pemijahan juga di daerah yang sama. Karenarendah diversitas genetik, populasi yang sama dansebaran yang luas, stok ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) di sepanjang pantai utara Jawa sangatrawan terhadap aktivitas penangkapan dan kondisilingkungan, misal polusi. Hal tersebut, dapatmengakibatkan suatu populasi mudah mengalami

kepunahan, sehingga dalam pemanfaatan danpengeloaan perikanan lebih rasional dan bijaksanaserta dalam 1 unit pengelolaan, misal denganpelarangan penangkapan ikan tersebut pada waktutertentu untuk memberi kesempatan bereproduksi danberkembang. Sedangkan populasi dengan keragamangenetik yang tinggi memiliki peluang hidup yang lebihbaik. Hal ini, disebabkan karena setiap gen memilikirespon yang berbeda-beda terhadap kondisilingkungan, sehingga dengan dimiliki berbagai macamgen dari individu-individu di dalam populasi, makaberbagai perubahan lingkungan yang ada akan dapatdirespons lebih baik (Yusron, 2005). Penelitianmengenai struktur populasi genetik ikan kembung(Rastrelliger brachysoma) belum banyak dilakukan,tetapi penelitian serupa pernah dilakukan padaspesies ikan banyar (Rastrelliger kanagurta) padatahun 2004 di India dengan membandingkan populasiikan banyar (Rastrelliger kanagurta) di pantai timurdengan populasi di pantai barat India oleh Jayasankaret al. (2004); hasil menunjukkan bahwa tidakditemukan perbedaan yang nyata antara populasi ikanbanyar (Rastrelliger kanagurta) di pantai sebelah timurdengan pantai sebelah barat India.


223

Gambar 8. Perubahan bulanan gonado somatic index ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) di pantaiutara Pekalongan.

Figure 8. Monthly gonado somatic index of short mackerel (Rastrelliger brachysoma) in coastal waterof northern Pekalongan.

0%

20%

40%

60%

80%

100%

Apr Jun Jul Aug Sep Oct Nov Feb Mar Apr May

2005 2006

TKG V

TKG IV

TKG III

TKG II

TKG I

Gambar 9. Perubahan bulanan tingkat kematangan gonad ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) dipantai utara Pekalongan.

Figure 9. Monthly gonad stage of short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) in coastal water ofnorthern Pekalongan.


224

Gambar 10. Contoh visualisasi hasil restriksi mitochodrial-DNA ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)di pantai utara Jawa-Selat madura: A = Alu I, B = Hae III, C = Nde II, D = Taq I, E = Hind III,1 = Jakarta, 2 = Eretan Wetan, 3 = Pekalongan, 4 = Rembang, 5 = Pasuruan, dan 6 =Marker.

Figure 10. Picture from short mackerel’s (Rastrelliger brachysoma) mitochodrial-DNA restriction resultin coastal water of northern Java–Madura strait: A = Ali I, B = Hae III, C = Nde II, D = Taq I,E = Hind III, 1 = Jakarta, 2 = Eretan Wetan, 3 = Pekalongan, 4 = Rembang, 5 = Pasuruan,and 6 = Marker.


Tabel 2. Distribusi frekuensi haplotipe dari beberapa populasi ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)di pantai utara Jawa berdasarkan pada mitochodrial-DNA D-loop yang direstriksi oleh 4 jenisenzim renstriksi

Table 2. Haplotype frequency distribution of some short mackerel fish population (Rastrelligerbrachysoma) in coastal water of northern Java base on mitochodrial-DNA D-loop restrictedby 4 restrictor enzymes

00000Diversitas genetik

11111N-haplotipe

99999N-contoh

11111AAAAA

PasuruanRembangPekalonganIndramayuJakartaHaplotipe

00000Diversitas genetik

11111N-haplotipe

99999N-contoh

11111AAAAA

PasuruanRembangPekalonganIndramayuJakartaHaplotipe

225


KESIMPULAN

Beberapa kesimpulan yang dapat diambil daripenelitian ini adalah bahwa perbandingan rasio jeniskelamin ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)jantan dan betina tidak berbeda nyata denganperbandingan 1:1. Contoh ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) yang tertangkap di daerah penangkapanpada umumnya (91%) berada dalam kondisi yangbelum matang (immature = tingkat kematangan gonadI, II, dan III). Nilai gonado somatic index ikan kembung(Rastrelliger brachysoma) tersebar tidak beraturankarena ada variasi dari bobot gonad pada suatukelompok ikan. Nilai gonado somatic index cenderungsemakin besar dengan semakin bertambah panjangdan tingkat kematangan gonad ikan. Ukuranreproduktif ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)yang sudah matang tingkat kematangan gonad IV)terdapat pada kisaran panjang antara 19 sampaidengan 20 cm FL, dengan nilai gonado somatic indexantara 0,49 sampai dengan 6,98. Diduga musimpemijahan ikan kembung (Rastrelliger brachysoma)terjadi pada musim timur. Tidak terdapat perbedaangenetik yang nyata antara ikan kembung (Rastrelligerbrachysoma) dari 5 lokasi penangkapan ikan yaituperairan utara Jakarta, Eretan Wetan (Indramayu),Pekalongan, Rembang, dan Pasuruan (Selat Madura),karena hasil analisis menunjukkan hanya terdapatmempunyai 1 pola restriksi atau pemotongan. Karenastok ikan kembung (Rastrelliger brachysoma) di utaraJawa adalah sama, maka diperlukan pemanfaatan danpengelolaan perikanan dalam 1 unit pengelolaan.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis mengucapkan terima kasih pada Dr. EstuNugroho, Kepala Balai Riset Budi Daya Air Tawar(Sempur, Bogor) atas bimbingan dan dukungan saranadalam analisis contoh beserta interpretasi. Terimakasih juga disampaikan untuk Prihatiningsih, S.Pi.dan Nurwiyanto yang telah membantu dalam preparasihistologi gonad.

PERSANTUNAN

Kegiatan dari hasil riset perubahan upaya, hasiltangkapan, dan biologi reproduksi ikan pelagis kecildi Laut Cina Selatan dan Selat Makassar, T. A. 2005-2006, di Balai Riset Perikanan Laut, Muara Baru-Jakarta.

DAFTAR PUSTAKA

Atmaja, S. B., B. Sadhotomo, & Suwarso.Reproduction of the main small pelagic species.

In M. Potier & S. Nurhakim (1994), Biology,Dynamics, and Exploitation of the Small PelagicFishes in the Java Sea. 69-84.

Carvalho, G. R. & T. J. Pitcher. 1995. Moleculargenetics in fisheries. Chapman & Hall. London.255 pp.

Holden, M. J. & D. F. S Raitt (eds.). 1974. Manual offisheries sciences. Part 2. Methods of ResourceInvestigation and TheirApplication. FAO Fish. Tech.Pap. 115 (Rev. 1). 1-214.

Isa, M. M., R. Rumpet, S. A. S. A. Kadir, S. Ishikawa,& S. Siriraksophon. 2002. Standard operatingprocedures for pilot data and analysis. SoutheastAsian Fisheries Development Centre MarineFisheryResources Development and ManagementDepartment.

Jayasankar, P., P. C. Thomas, M. P. Paulton, & J.Mathew. 2004. Morphometric and genetic analyzesof Indian Mackerel (Rastrelliger kangurta) fromPeninsular India. Asian Fisheries Science. 17: 201-215.

Martin, A. P., R. Humphreys, & S. R. Palumbi. 1992.Population genetic structure of the armorhead,Pseudpentaceros wheeleru, in the North PacificOcean: Application of the polymerase chainreaction to fisheries problems. Canadian JournalFisheries Aquatic Science. 49. 2,386-2,391.

Nugroho, E., M. Takagi, & N. Taniguchi. 1997.Practical manual on detection of DNApolymorphism in fish population study. Bulletin ofMarine Science and Fisheries. Kochi University.17. 109-130.

Nurhakim, S. 1993. Beberapa aspek reproduksi ikanbanyar (Rastrelliger kanagurta) di perairan LautJawa. Jurnal Penelitian Perikanan Laut. 81. 8-20.

Park, L. K. & P. Morgan. 1995. Developments inmolecular genetic techniques in fisheries. InMolecular Genetics in Fisheries by Carvalho, G.R. & Pitcher, T. J. (Eds.) Chapman & Hall. London.1-28.

Potier, M. & B., Sadhotomo. 1991. Sampling training.ALA/INS/87/17. Scien. And Tech. Doc. 4. 29 p.

Sujastani, T. 1976. The species of Rastrelliger in theJava Sea, Their Taxonomy and Morphometry

226


(Perciformes, Scombridae). Marine Research InIndonesia. No.16. 1–29.

Sukendi. 2001. Biologi reproduksi danpengendaliannya dalam upaya pembenihan ikanbaung (Mystus nemurus) dari perairan SungaiKampar, Riau. Disertasi Program Pasca Sarjana.Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Suwarso & B. Sadhotomo. 1995. Perkembangankematangan gonad ikan bentong Selarcrumenophthalmus (Carangidae) di Laut Jawa.Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia. 02. 77-88.

Suwarso & T. Hariati. 2003. Biologi dan ekologi ikanpelagis kecil di pantai utara Jawa Barat dan SelatSunda. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia.Vol.9 No.7. 29-36.

Suwarso, M. Taufik, A. Zamroni, U. Chodriyah, & W.A. Pralampita. 2007. Laporan teknis kegiatan risetperubahan upaya, hasil tangkapan dan biologipopulasi ikan pelagis kecil di Laut Cina Selatan,Laut Jawa, dan Selata Makassar. Balai RisetPerikanan Laut. Jakarta.

Ward, R. D. & P. M. Grewe. 1995. Appraisal ofmolecular genetic techniques in fisheries, InMolecular Genetics in Fisheries by Carvalho, G.R. & Pitcher, T. J. (Eds.) Chapman & Hall. London.55-80.

Yusron, E. 2005. Pemanfaatan keragaman genetikdalam pengelolaan sumber hayati laut. Oseana.Vol.30 No. 2. 29-34.

227

Lampiran1. Deskripsi tingkat kematangan gonad ikan Kembung (Rastrelliger brachysoma) (Isa et al.,2002)

Appendix 1. Description of gonad maturity stage for short mackerel fish (Rastrelliger brachysoma) (Isaet al., 2002)


Documents

BIOLOGI REPRODUKSI DAN GENETIK POPULASI IKAN KEMBUNG