C2 BIOQUIMICA PLEGAMIENTO PROTEINAS · secundaria local que luego se asocia para formar la estructura terciaria 2- modelo de “colapso hidrofobico”: el primer evento del plegamiento

BIOQUIMICA DE PROTEINAS

PLEGAMIENTO Y ESTABILIDAD DE PROTEINAS Y TECNICAS

ESPECTROSCÓPICAS PARA SU ANÁLISIS

PROF. LUCIA B. CHEMES

BIBLIOGRAFIA

JR LAKOWICS. Principles of fluorescence spectroscopy. 3rd Edition (2006). Capítulos 1 y 16

FLUORESCENCIA

DICROISMO CIRCULARGD FASMAN, Ed. Circular Dichroism and the conformational analysis of biomolecules Springer 1996. Cap 2, 3 y 4

PLEGAMIENTO Y ESTABILIDAD DE PROTEINAS

FERSHT, A. STRUCTURE AND MECHANISM IN PROTEIN SCIENCE (1999) FREEMAN PRESS, CAP 1, 11, 17 18 Y 19

BRANDEN AND TOOZE. INTRODUCTION TO PROTEIN STRUCTURE (1999) GARLAND PUBLISHING

REPASANDO ALGUNOS CONCEPTOS…

ESTRUCTURA PLEGADA DE LA RIBONUCLEASA

TODA LA INFORMACIÓN NECESARIA PARA PLEGAR ESTA PROTEÍNA ESTABA CODIFICADA

GENÉTICAMENTE EN SU SECUENCIA

RNASA

Desplegada, inactiva

Cisteínas reducidas

DIALISIS REMOVIO LENTAMENTE UREA y MERCAPTOETANOL

RNASA

Replegada Nativa Catalíticamente activa Puentes S-S correctos

PLEGAMIENTO DE LAS PROTEINASLA PARADOJA DE LEVINTHAL

Para una cadena de 100 aminoácidos…. Si hay sólo 3 conformaciones para cada aminoácidoCombinaciones azarosas que deben ser exploradas 3100

Si cada transición lleva 10-13 seg (muy poco!)

5 x 1047~

5 x 1034seg 1.6 x 1027 años!

CUANTAS COMBINATORIAS DEBE EXPLORAR UNA SECUENCIA PARA PODER PLEGARSE?

CUANTO TIEMPO LLEVA HACERLO?

EL PLEGAMIENTO DE LAS PROTEÍNAS NO OCURRE POR UN PROCESO DE EXPLORACIÓN AZAROSA DEL ESPACIO DE CONFORMACIONES !!!!!!

🤔

"ni corriendo se llega…no es compatible con la vida!

ENTONCES: CÓMO OCURRE?

LA ANALOGIA DEL MONO DE SHAKESPEARE

Hacen falta 1040 combinaciones!!!! para que un mono tipee el siguiente texto de Shakespeare al azar

Peeero….si se retienen las posiciones correctas

LA ESENCIA DEL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS ES LA RETENCION DE INTERMEDIARIOS CORRECTOS DE PLEGADO

Sólo hacen falta ~3000 tipeosal azar = 2326 COMBINACIONES

TEORIA DE PAISAJES ENERGÉTICOS ONUCHIC & WOLYNES

LA ESENCIA DEL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS ES LA RETENCION DE INTERMEDIARIOS CORRECTOS DE PLEGADO

Arriba del embudo representa estados “desplegados” de alta entropía (muchas conformaciones)

inestable (alta energía)

Abajo del embudo representa el estado nativo de baja

entropía conformacional y más estable (baja energía)

Estados intermedios de plegado menor entropía, más interacciones

nativas

LA CRISTALOGRAFIA DE PROTEINAS FORTALECIÓ EL CONCEPTO DE QUE LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL ES FUNDAMENTAL PARA EXPLICAR LA

FUNCION

EL PARADIGMA ESTRUCTURA-FUNCION

EJEMPLO CLASICO

EL MODELO LLAVE-CERRADURA PARA EXPLICAR LA ESTEREOQUIMICA DE ASOCIACION DEL SUSTRATO EN ENZIMAS (EMIL FISHER, 1894)

△G PLEGADO = △H prot + △H solvente - T△S prot - T△S solvente

CONTRIBUYEN AL PLEGADO LOS TERMINOS DE ENERGIA NEGATIVOS

△GPLEGADO = △HPLEGADO - T△SPLEGADO

Para entender esto tenemos que analizar las diferentes fuerzas que determinan la estabilidad…

Acordémonos que la reacción ocurrirá si △G total < 0 !!!

hay que analizar a la proteína en el solvente

Al plegarse, se “rompen” interacciones de la proteína con el solvente, pero se “ganan” interacciones proteína-proteína e interacciones solvente-solvente

ESTE BALANCE EN GENERAL FAVORECE AL ESTADO NATIVO

Cómo es el cambio en entalpía del sistema al plegarse la proteína??

△H prot + △H solvente < 0

Se pierden

Int prot-solvente

Se ganan

Int prot-prot

Int solv-solv


ESTADO Desnaturalizadomúltiples conformaciones desplegadasque se interconvierten rápidamente

ESTADO Nativoun conjunto pequeño de conformaciones

que se parecen mucho entre sí

Cómo es el cambio en entropía de la proteína al plegarse??


La proteína se ordena al plegarse lo cual va “en contra” del plegado

ESTADO Desnaturalizadomúltiples conformaciones desplegadasque se interconvierten rápidamente

ESTADO Nativoun conjunto pequeño de conformaciones

que se parecen mucho entre sí

Mayor entropía Menor entropía

PROTEINA

SD > SN

-T△S PROT >0

Cómo es el cambio en entropía de la proteína al plegarse??


Aquí tenemos que recordar el “efecto hidrofóbico”….

Cómo es el cambio en entropía del solvente al plegarse??

△G total = △H prot + △H solvente - T△S prot - T△S solvente

EL PLEGADO LLEVA A UN AUMENTO EN LA ENTROPIA DEL SOLVENTE

CÓMO PODEMOS IMAGINARNOS EL CAMBIO ENTRÓPICO EN EL SOLVENTE CUANDO UNA PROTEÍNA SE PLIEGA?

LA CADENA DESPLEGADA ES “COMO UN ACIDO GRASO EN AGUA”

LA CADENA PLEGADA ES “COMO UNA MICELA DE LIPIDOS”

Las aguas en torno a las moléculas hidrofóbicas

se encuentran ordenadas(forman “quelatos”)

Menor entropía del agua

Agua libre

Al formarse las micelas, se liberan muchas aguas “ordenadas” que pueden volver a su

estado dinámicoen interacción con otras aguas

Clusters de agua fluctuante en el solvente

Mayor entropía del agua

EL AUMENTO EN ENTROPIA DEL AGUA CONTRIBUYE AL PLEGADO

“PROTEINA DESPLEGADA” “PROTEINA PLEGADA”

SOLVENTE

SD < SN

-T△S AGUA < 0

PLEGAMIENTO DE PROTEÍNASENERGIAS LIBRES DE TRANSFERENCIA DE AMINOACIDOSENTRE UN SOLVENTE APOLAR (CICLOHEXANO) Y AGUA

△G > 0TRANSICION NO ES ESPONTANEA

AA HIDROFOBICOS PREFIEREN UNAMBIENTE APOLAR

ENTONCES, RESUMIENDO LAS FUERZAS QUE CONTRIBUYEN AL PLEGADO DE LAS PROTEINAS:

EJEMPLOS DE LOS VALORES TERMODINÁMICOS PARA VARIAS PROTEÍNAS REALES

BIEN…ENTONCES LAS PROTEÍNAS SE PLIEGAN…PERO CÓMO??

CUALES SON LOS MECANISMOS POSIBLES DE PLEGADO?

MODELO DE PLEGADO JERARQUICO: PRIMERO SE ESTABLECE ESTRUCTURA SECUNDARIA LOCAL QUE LUEGO SE ASOCIA PARA FORMAR LA ESTRUCTURA

TERCIARIA

2- MODELO DE “COLAPSO HIDROFOBICO”: EL PRIMER EVENTO DEL PLEGAMIENTO ES EL “COLAPSO HIDROFOBICO” A UNA ESPECIE COMPACTA CON POCA ESTRUCTURA 2RIA Y

3RIA, Y SOLO EN EL CONTEXTO DE ESTA ESPECIE COMPACTA, SE ADQUIERE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA Y TERCIARIA

1

2

DESNATURALIZADO NATIVO

BARNASA

3- MECANISMO INTEGRADO DE PLEGAMIENTONUCLEACIÓN-CONDENSACIÓN (FERSHT )

CUALES SON LOS MECANISMOS POSIBLES DE PLEGADO?

DESNATURALIZADO NATIVO3

PARA LA MAYORIA DE LAS PROTEINAS, SE VE QUE AMBOS PROCESOS (COMPACTACION Y FORMACION DE ESTRUCTURA 2RIA Y 3RIA) OCURREN EN FORMA

SIMULTANEA DANDO LUGAR A UN MODELO INTEGRADO

CI2

Las especies que se forman durante el proceso de plegamiento de una proteína, se llaman intermediarios de plegamiento. Podríamos distinguir a los intermediarios de arriba y abajo, con alguna técnica….?

POR OTRA PARTE…LA EFICIENCIA DEL PLEGAMIENTO VA A DEPENDER DEL PAISAJE ENERGETICO DEL PLEGADO…

Paisajes energéticos: en estos embudos de plegado, donde esperarían que se formen “intermediarios”…? cuales son más rápidas?

COMO DEFINIMOS LA ESTABILIDAD DE UNA PROTEÍNA?

LA ESTABILIDAD DE UNA PROTEINA SE MIDE CON EL

△GUNFOLDING

COORDENADA DE REACCION

ENER

GIA

LIB

RE

(DE

GIB

BS

)

ESTADO DESPLEGADO

ESTADO NATIVO

ESTADO DE TRANSICION

GU

GN

Hay que analizar la DIFERENCIA en energía libre de los dos estados:

△GU

Cómo sé si se pliega??

ENERGIA LIBRE DE UNFOLDING

Para la mayoría de las proteínas en agua, el estado N es más estable que el estado D!!

PARA UNA PROTEINA CON PLEGAMIENTO ESTABLE, LA ENERGIA LIBRE DE UNFOLDING ES POSITIVA (NO TIENDE A DESPLEGARSE)!

△GU = GU - GN

△GU > 0


ENER

GIA

LIB

RE

(DE

GIB

BS

)

N

ESTADO DE TRANSICION

GU

GN

U


ENER

GIA

GU

GN

ESTADO DESPLEGADO

ESTADO NATIVO

Qué quiere decir que △GU > 0 para la mayoría de las proteínas globulares en agua???? Como lo relacionamos con el equilibrio?

△GU = GU - GN

El estado nativo es más estable, y por lo tanto está mas poblado

Ok… y cuánto más poblado está?

N

UKU

ENER

GIA

N

U

Cual es el signo de △GU y cómo dibujarían las flechas del equilibrio en los casos que se muestran en los siguientes gráficos?

CASO 1 CASO 2 CASO 3 CASO 4

N

UN U

N

U

mucho más N que U

△GU > 0

más N que U pero la relación es

menos diferente que en CASO 1

△GU > 0

Igual N que U

△GU = 0

mucho más U que N

△GU < 0

UN EJERCICIO INTUITIVO…

** machete: △GU = GU - GN

Cómo puedo calcular cuán poblado está cada estado??? Cómo se relaciona con el equilibrio que vemos acá??

ESTADO DESPLEGADO

ESTADO NATIVO

hay que definir la constante de equilibrio de esta reacción

KU

△GU = -RT ln (KU)

RT

Constante de los gasesTemperatura (K)

Además, la constante KU y △GU están directamente relacionados…cómo?

KU = [U]/[N] = fU/fN

Fracción de proteína desplegada

Fracción de proteína nativa

Volvamos al ejemplo y veamos cómo dan los números: calculemos KU para estas proporciones fU y fN

ENER

GIA

N

U


N

UN U

N

U

fN = 0.9fU = 0.1

KU = 0.1/0.9

KU = 0.111

fN = 0.7fU = 0.3

fN = 0.5fU = 0.5

fN = 0.1fU = 0.9

** machete: KU = fU/fN

KU = 0.3/0.7

KU = 0.43

△GU > 0 △GU > 0 △GU = 0 △GU < 0

KU = 0.5/0.5

KU = 1

KU = 0.9/0.1

KU = 9

Ahora chequeemos: podemos calcular el valor de y ver si los signos coinciden…!

ENER

GIA

N

U


N

UN U

N

U

△GU > 0 △GU > 0 △GU = 0 △GU < 0

KU = 0.111 KU = 0.43 KU = 1 KU = 9

**machete: △GU = -RT ln (KU) y RT = 0.593 kcal/mol a 25C

△GU

+1.3 kcal/mol△GU

+0.5 kcal/mol△GU

0 kcal/mol△GU

-1.3 kcal/mol

LAS ESTABILIDADES DE LAS PROTEINAS “PLEGADAS” EN QUE RANGO ESTAN ???

Los rangos observados son ~ △GU de +5 a +15 kcal/mol

ENTONCES, CUANTA PROTEINA PLEGADA HAY??

en nuestro ejemplo, 90% proteína nativa correspondía a △GU = + 1.3kcal/mol

KU = e(-RT/△GU)

fN = 1/(1+ KU)

△GU = -RT ln (KU)

KU = fU/fN

LAS ESTABILIDADES DE LAS PROTEINAS “PLEGADAS” EN QUE RANGO ESTAN ???

Los rangos observados son ~ △GU de +5 a +15 kcal/mol

△GU = +5 kcal/mol

fN = 0,9999999999896 △GU = +15 kcal/mol

fN = 0,999782

ENTONCES, CUANTA PROTEINA PLEGADA HAY??

ESTADO DESPLEGADO

ESTADO NATIVO

EN AGUA, CASI TODA LA PROTEINA ESTA PLEGADA !!! SIN EMBARGO, NO ES MUY DIFICIL DESESTABILIZAR EL ESTADO PLEGADO…

el equilibrio esta MUY desplazado hacia la izquierda

en nuestro ejemplo, 90% proteína nativa correspondía a △GU = + 1.3kcal/mol

UNA MANERA DE MEDIR LA ESTABILIDAD DE UNA PROTEINA ES DESPLEGARLA

qué pasa en este punto medio?

AL IR AGREGANDO UREA, VAMOS CAMBIANDO (LINEALMENTE!) EL VALOR DE GU , GN y △GU

CONCENTRACION DE UREA [D]

SIN UREAGN < GU

ALTA UREAGN > GU

GN

GU

△GU 0

[D] 50%

△GU = △GU (H20) + m*[UREA]

△GU (H20)m=pendiente

COMO SE IMAGINAN QUE ES ESTA CURVA??

FRAC

CION

DESP

LEGA

DA

[ UREA ]

ENTONCES, COMO HARIA EL EXPERIMENTO?

ponemos la proteína en cc crecientes de UREA, y medimos la fracción de proteína desplegada (en un rato vemos cómo…)

ES UNA CURVA ALTAMENTE COOPERATIVA: SE ROMPEN MUCHAS INTERACCIONES SIMULTANEAMENTE

la pendiente de la transición se relaciona con cuantos residuos se despliegan

FRAC

CION

DESP

LEGA

DA

[ UREA ]

ENTONCES, COMO HARIA EL EXPERIMENTO?

AL IR AGREGANDO UREA, VAMOS CAMBIANDO (LINEALMENTE!) EL VALOR DE GU , GN y △GU

CONCENTRACION DE UREA [D]

SIN UREAGN < GU

ALTA UREAGN > GU

GN

GU

△GU 0

[D] 50%

△GU = △GU (H20) + m*[UREA]

△GU (H20)m=pendiente

COMO MEDIMOS EL CONTENIDO DE ESTRUCTURA DE UNA PROTEINA?

ESTRUCTURA SECUNDARIA

ESTRUCTURA TERCIARIA

ESTRUCTURA CUATERNARIA

• DICROISMO CIRCULAR *• ESPECTROSCOPIA RAMAN• ESPECTROSCOPIA INFRARROJA• RESONANCIA MAGNETICA NUCLEAR *

• DICROISMO CIRCULAR *• EXCLUSION MOLECULAR (SEC)• FLUORESCENCIA INTRINSECA *

• EXCLUSION MOLECULAR (SEC)• CRISTALOGRAFIA DE RAYOS X *• DISPERSION DE LUZ LASER

METODOS PARA EL ANALISIS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA

• DICROISMO CIRCULAR *• ESPECTROSCOPIA RAMAN• ESPECTROSCOPIA INFRARROJA• RESONANCIA MAGNETICA NUCLEAR *

TODOS LOS METODOS MIDEN DE DIFERENTE MANERA LA CONFIGURACION DEL ENLACE AMIDA…SE ACUERDAN DE RAMACHANDRAN?

EL FENOMENO DE ASIMETRIA ESTRUCTURAL DE UNA MOLECULA: QUIRALIDAD

LOUIS PASTEUR, 1848: ESTUDIOS DE “ACTIVIDAD OPTICA” DE CRISTALES DE TARTRATO DE AMONIO DE SODIO

DEXTROROTATORIOS LEVOROTATORIOS

SI COMBINABA PARTES IGUALES DE AMBOS ENANTIOMEROS, LA MUESTRA NO TENIA ACTIVIDAD OPTICA

ELEMENTOS DE UN POLARIMETRO

[⍺]=⍺/cl

concentración paso óptico

LOS AMINOACIDOS (SALVO GLY) SON MOLECULAS QUIRALES O ASIMETRICAS

DICROISMO CIRCULAR DE PROTEINAS

SON CAPACES DE INTERACTUAR DIFERENCIALMENTE CON LUZ

CIRCULARMENTE POLARIZADA (R Y L O DERECHA E IZQUIERDA)

EL DICROISMO CIRCULAR MIDE LA DIFERENCIA DE ABSORCION DE LUZ CIRCULARMENTE POLARIZADA DERECHA IZQUIERDA (LCP) Y DERECHA (RCP)

de la ley de Lambert-Beer:

LUZ CIRCULAR POLARIZADA DERECHA(el campo eléctrico E gira en sentido horario)

Absortividad molar Derecha

Absortividad molar Izquierda

EN LA PRACTICA, SE ILUMINA LA MUESTRA CON LUZ LINEALMENTE POLARIZADA

Un haz de luz linealmente polarizado (LLP) resulta de la suma de dos haces de luz

circularmente polarizados de diferente signo (RCP y LCP)

ENTONCES, la absorción diferencial de LCP y RCP, genera a la salida un haz de luz elípticamente polarizado

Elipticidad

Elipticidad molar

EL CD SE EXPRESA EN UNIDADES DE ELIPTICIDAD

El eje mayor de la elipse corresponde a EL+ER (b)

El eje menor de la elipse corresponde a EL-ER (o)

para ángulos pequeños, podemos aproximar:

Definimos la elipticidad por el ángulo tita

tan = CO/CA = o/b

unidades: deg.cm2.dmol-1

ORIGEN MOLECULAR DE LAS “BANDAS” DE DICROISMO CIRCULAR EN PROTEINAS - UV LEJANO

El espectro de proteínas surge principalmente de dos transiciones electrónicas del estado basal al estado excitado del enlace amida

Principales momentos de transición dipolar electrico (µ) y magnético (m) del enlace amida

Cada transición ocurre a una frecuencia (longitud de onda) específica

Transiciones electrónicas del enlace amida

Transición Pi-Pi* ~ 190nm, Transición n-Pi* ~210-230 nm

Pi n

DICROÍSMO CIRCULAR

Lampara que genera luz en el rango UV-lejano (180-230nm) y en el UV-cercano (230-340nm)

Cubeta: debe ser que cuarzo para que no absorba la luz UV

ESPECTROS CD DE PROTEINAS CON ESTRUCTURA ALFA HELICE

DOS bandas negativas a 208 y 222 nm

UNA banda positiva a ~ 195 nm

Banda negativa ancha con mínimo entre 210 y 225 nm

UNA banda positiva a ~ 195-200 nm

ESPECTROS CD DE PROTEINAS CON ESTRUCTURA HOJA BETA

ESPECTROS CD DE PROTEINAS DESORDENADAS

UN mínimo negativo a ~200 nm

POCA señal a ~220nm donde hay bandas negativas con ALFA y BETA

ESPECTROS CD DE PROTEINAS CON ESTRUCTURA ALFA + BETA

RESUMIENDO….

DESORDENADAS: Poca señal a 220nmSeñal negativa a ~190nm

BETA: Mínimo a 210-220nmSeñal positiva a ~190nm

ALFA: Mínimo a 208 Y 220nmSeñal positiva a ~190nm

ORIGEN MOLECULAR DE LAS “BANDAS” DE DICROISMO CIRCULAR EN PROTEINAS - UV CERCANO

Dado por el entorno asimétrico de cadenas laterales aromáticas (YWFH). Estos grupos NO SON intrínsecamente quirales!!!

Benzene Phenol Indol

También pueden dar señal los Disulfurosestos SI tienen un grado de quiralidad

Cystine

RESUMEN DE CARACTERISTICAS DE CROMOFOROS DE PROTEINAS EN EL UV CERCANO

TRIPTOFANO Y TIROSINA SON LAS QUE MAS CONTRIBUYEN

EL CD EN EL UV CERCANO SE DA POR EL ENTORNO ASIMETRICO DE LOS RESIDUOS AROMATICOS CUANDO LA PROTEINA ESTA

PLEGADA

LA VIEJA MIOGLOBINA….

NATIVA

6M GDMCL

La señal se pierde si la despliego!

ORIGEN MOLECULAR DE LAS “BANDAS” DE DICROISMO CIRCULAR EN PROTEINAS - UV CERCANO

Rango 250-340nm, el signo y la forma no son definidos

La presencia de señal en el UV CERCANO es indicativo deque la proteína tiene estructura terciaria!!

EJEMPLOS DE ANALISIS

DESNATURALIZACION SEGUIDA POR CD EN EL UV LEJANO

una proteína Beta…en concentraciones crecientes de GdmCl

0M GdmCl

6M GdmCl

Longitud de onda (nm) [GdmCl] (M)

D50%3.8M GdmClMONITOREANDO CON UV LEJANO

FLUORESCENCIA INTRINSECA DE PROTEINAS

EL FENOMENO DE FLUORESCENCIA

Es la emisión de luz por una sustancia al decaer del estado

excitado (S1) al basal (So)

característico de gr aromáticos

“DIAGRAMA DE JABLONSKI”

FLUORESCENCIA INTRINSECA DE PROTEINAS

SE BASA EN LA EMISION DE GRUPOS AROMATICOS DE

LAS PROTEINAS, PRINCIPALMENTE TYR Y TRP

Estos grupos absorben luz entre 250-300 nm y emiten

entre 290 y 350 nm

La emisión es a long de onda mayor que la excitación:Corrimiento de Stokes

EL GRUPO INDOL DEL TRIPTOFANO (W) ES ALTAMENTE SENSIBLE AL ENTORNO QUIMICO!

AUMENTO EN POLARIDAD DEL SOLVENTE

ESTO HACE QUE EL MAXIMO DE EMISION NOS REPORTE SOBRE EL ENTORNO DEL W…CUALES??

La emisión se desplaza hacia el rojo cuanto más expuesto al solvente está el grupo W

TODOS LOS QUE HAY!

W OCULTO W EXPUESTO

ENTONCES, PODEMOS USAR ESTO PARA SEGUIR LA DESNATURALIZACION DE UNA PROTEINA…

P. Aeruginosa Azurin NATIVAMáx 305nm

DESPLEGADAMáx 350nm

VOLVIENDO AL ANALISIS DE ESTABILIDAD…

DE UNA SERIE DE CURVAS, PODEMOS CALCULAR LA FRACCION DE PROTEINA NATIVA EN CADA CONDICION Y GRAFICAR ESTO…

D50%

NATIVA DESPLEGADA

Y CUANDO LAS TRANSICION MEDIDA POR DIFERENTES TECNICAS ES DIFERENTE, COMO LO INTERPRETO??

CD220nm

QUE PASA ACA???

QUE SIGNIFICA SI LAS TRANSICIONES DE UV LEJANO Y CERCANO NO COINCIDEN???

CD280nm

CD220nm

CD280nm

NATIVA DESPLEGADA NATIVA DESPLEGADAINTERMEDIARIO

EL DESACOPLAMIENTO DE LAS TRANSICIONES INDICA LA EXISTENCIA DE INTERMEDIARIOS DE PLEGADO

CASO 1 CASO 2

CD220nm

CD280nm

RETINOBLASTOMA: UNA PROTEINA CON DOS SUB-DOMINIOS A Y B

TIENE TRES TRIPTOFANOS

ANALISIS DE EJEMPLOS AVANZADOS DE PLEGAMIENTO

EL ESTADO NATIVO TIENE ESTRUCTURA SECUNDARIA Y TERCIARIA


320 nm 100% APOLAR

350 nm 100% POLAR

LA FLUORESCENCIA TAMBIEN MUESTRA QUE HAY ESTRUCTURA TERCIARIA

CUANDO ANALIZAMOS EL DESPLEGADO, HAY DOS TRANSICIONES….COMO SE EXPLICA??

HAY UN INTERMEDIARIO ESTABLE!

TIENE PERDIDA PARCIAL DE ESTRUCTURA SECUNDARIA Y TERCIARIA

CD220nm

FLUO TRP

SE DESPLEGO EL DOMINIO B Y A PERMANECE PLEGADOA ES MAS ESTABLE QUE B!!!

N I D

EN EL INTERMEDIARIO, SOLO UNO DE LOS DOMINIOS SE DESPLEGO

ANALISIS DE EJEMPLOS AVANZADOS DE PLEGAMIENTOOLIGOMEROS

ANALISIS DE EJEMPLOS AVANZADOS DE PLEGAMIENTOOLIGOMEROS


INGENIERIA DE PROTEINAS Y MUTACIONES

FRAC

CION

DESP

LEGA

DA

[ UREA ]

Mutación estabilizante

Mutación desestabilizante

Aumento de estabilidad

D50 D50 D50

ADEMAS, EL EFECTO HIDROFOBICO ES PROPORCIONAL AL AREA QUE LA PROTEINA OCULTA AL SOLVENTE AL PLEGARSE

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C2 BIOQUIMICA PLEGAMIENTO PROTEINAS · secundaria local que luego se asocia para formar la estructura terciaria 2- modelo de “colapso hidrofobico”: el primer evento del plegamiento