糖鎖統合データベース

産業技術総合研究所

糖鎖医工学研究センター

2011年2月21日

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資料２－１５

産総研の役割

• 文部科学省からは「産総研の糖鎖のＤＢを統合するだけではなく日本に散在しているＤＢを統合すること。」

大学・研究機関・企業が沢山集まっている日本糖鎖科学コンソーシアム（ＪＣＧＧ）の中で協力を呼びかけコンソーシアムのＤＢとして構築を開始しました。

実現するために

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オールジャパンでの構築体制(JCGGDB)

立命館大学

LipidBank

新規構築→公開

KEGG京都大学

GlycoGene DNA microarray database

Glycosidase database

Pathogen Adherence to Carb DB

GlycotechnologyPatents database

Pathway database

Glycoscience Protocols

JCGGDB Report

GlycoGene Inhibitors database

N-glycan Conformation DB

Knockout Mouse DB

Glycan Synthesis DB

名古屋大学

理化学研究所

野口研＋産総研

産総研の支援で構築したDB

名古屋市立大学

統合用APIを設置

FlyGlyco DB 創価大学

産業技術総合研究所が構築したDB

生化学工業

Worm GGDB database 九州大学

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公開データベース

技術支援（底上げ）

異分野との共同研究への発展

リソース（サンプル・技術・情報）共有

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キーワードや構造で検索できる（情報の技術基盤の確立）

横断検索

構造検索（For Glycobiology）

構造検索(For GlycoChemistry)

統合検索

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統合された糖鎖構造検索

Chemistry Informatics(ChemInfo)の分野で利用されている立体構造を表記する形式（SDF,SMILES,InChI,PDBなど）を利用して糖鎖構造を検索可能

多彩な機能1)一致検索2)部分構造検索3)Super Structure4)類似検索

糖鎖合成支援システム

野口研究所岐阜大学産業技術総合研究所

ステレオケミストリを区別して検索できる

阻害剤DB 286構造産総研のＧＧＤＢグリコシダーゼＤＢと連携

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単糖のDB366構造

糖鎖構造DB6248構造

合成化合物DB:3975構造反応経路DB:反応数：887件

豊富なデータベース

腫瘍マーカーの適応例など

糖鎖科学・実験プロトコル集 糖鎖と病原体のデータベース

遺伝子発現と酵素の基質特異性を活用した糖鎖構造推定を支援

糖タンパク質データベース

糖鎖・日欧米

欧州（EuroCarbDB）

糖鎖構造解析

ms-database

hplc-database

nmr-database

GlycanBuilder(構造描画Ed)Glyco-Peakfinder(糖鎖ピークの検出)

GlycoWorkbench（構造へのアサイン）

ProSpectND（データ処理と推定）

CCPN tools

米国（CFG database）

Glycan structure（構造）

GBP Molecules（レクチン）Glycosyltransferases（糖転移酵素）

Data

Database

Glycan Profiling（ MALDI を使い細胞・組織の糖鎖構造をプロファイリング）

Gene Microarray（遺伝子発現から糖鎖構造）

Phenotyping（糖鎖の機能）

Glycan screen(レクチンの特異性with Glycan array)

日本（JCGGDB）Database遺伝子：糖転移酵素・レクチン・グリコシダーゼの遺伝子の情報と特異性の情報

基礎研究：構造解析（MS,HPLC,NMR）、糖タンパク質

糖鎖機能：モデル生物のフェノタイプ（マウス、線虫、ハエ）

構造DB：阻害剤、単糖、糖鎖、配糖体など

研究支援：糖鎖合成、オンラインプロトコル、オンラインリポート

周辺領域：腫瘍マーカー、感染、疾患の原因遺伝子

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遺伝子：