Upload
brent-morrison
View
47
Download
0
Embed Size (px)
DESCRIPTION
DanBIF www.danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility. Seminar om DanBIF og Amterne – Ny mulighed for samlet adgang til naturdata i Danmark Zoologisk Museum, København 8. november 2004 Isabel Calabuig - DanBIF Projektleder [email protected]. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
1
DanBIFwww.danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility
Seminar om DanBIF og Amterne –Ny mulighed for samlet adgang til naturdata i
Danmark
Zoologisk Museum, København
8. november 2004
Isabel Calabuig - DanBIF Projektleder
2
DanBIFwww.danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility
Dansk knudepunkt i GBIF netværket per. 1. Juli 2001
Finansiering: Hidtidig kontrakt mellem det Naturvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet og Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd (SNF)
Vært: Zoologisk Museum, Københavns Universitet
3
DanBIF Organisation
Bestyrelse
Sekretariat
Netværk af grund- og sektorforskningsinstitutioner
Kreds af yderligere dataholdere
4
DanBIF Mål & Aktiviteter inkluderer bl.a.:
Opfylde GBIF medlemskrav, f.eks.– Deltage aktivt i GBIF bestyrelse og komité for netværket af knudepunkter
– Opbygge, køre og vedligeholde et IT system og et sekretariat for at opfylde kravene & anbefalinger (samarbejde i relevante internationale (EU) projekter)
– Gøre danske biologiske datasæt og oplysninger om dem tilgængelige for søgning via GBIF portal
Opbygge og organisere aktiviteter for et netværk af danske forskningsinstitutioner og andre dataleverandører
– Skabe forum for mulig skabelse af nye tværgående forskningssamarbejder
Blive Dansk videncenter og Internet gateway til information om biodiversitet
5
DanBIF Aktiviteter
Databaseret katalog for oversigt over naturhistoriske samlinger og andre typer af samlinger / datasæt fra forskning, forvaltning, industri, amatørbiologer etc.
– hvad enten de findes på digital form eller ej
– Online spørgeskema om naturhistoriske samlinger - Collections Metadata Inventory – som også publiceres og gøres søgbart
IT-Rådgivning/formidling: – digitalisering af naturhistoriske samlinger og andre naturdata
– database design og web-implementering
Identifikation og klargøring af biologiske databaser for søgning (eller link) via DanBIF/GBIF portalerne
Dansk Web-portal med samlet adgang til al informationen - http://www.danbif.dk
6
http://www.danbif.dk
7
8
9
10
Hvorfor har DanBIF indbudt Amterne til Seminar?
Naturovervågningsdata fra amter, DMU m.fl. relevant i DanBIF-sammenhæng:
– Større brugerflade - inkl. amter, kommuner, interesseorganisationer (& lodsejere, m.fl.)
– Amterne lettere adgang til hinandens data og mange andre datakilder!
– Lettere indrapportering af data til DMU – Lettere indrapportering fra DMU til Skov- og Naturstyrelsen – Lettere indrapportering fra S&N til EU
– BEDRE BREDT FUNDERET VIDENSBASIS FOR VIDTGÅENDE BESLUTNINGER OM BESKYTTELSE AF TRUEDE ARTER
– Bevarelse af, og bred adgang til, data, viden og kompetencer
– Link til andre datatyper, e.g. miljø, klima, habitatdata
11
GBIF henter følgende data via DanBIF
Primary biodiversity data:
– Eksemplarer
– Observationer
– Navne
• Arter
• Litteratur
Metadata om ovenstående
12
GBIF søgeportal PROTOTYPE -
http//www.gbif.net DATAGRUNDLAG, BRUGERFLADE, FUNKTIONALITET øges & udbygges, inkluderer for nuværende bl.a.:
– Data om Danmark fra globale leverandører
– Data fra Danmark om arter globalt
– Artslister for et land – Globalt ECAT – Synonymer
– Udbredelse
– HVEM har oplysningerne/eksemplarerne?
Senere kommer: – Species Bank
– Link til andre datatyper – økologi, abiotiske faktorer, genetik, litteratur, etc. etc.
13
GBIF PortalenFørste eksempel på
Rødlistearter fra Botanisk Musem, KU til
www.gbif.netPilledrager, Pilularia globulifera. Foto: B. Øllgaard.
14
Bemærk landevalg og andre valgmuligheder
15
Søgeresultat fra MANGE leverandører!
16
Stationære versus Dynamiske Kort!
17
18
19
20
21
22
PROTOTYPEmen unik ny mulighed, så
HUSK:Vi trækker data fra hele verden!
Vi trækker fra mange forskellige data formater!
Forskelle i skalering!
Kortgrundlag er for nuværende meget basalt
– samme format for hele verden = laveste fællesnævner, men senere direkte link
23
Dataudveksling inden for GBIF IT-Arkitekturen
Portal
Data providerProvider Services
Providerquery
RequestManager
QueryEngine
Availableproviders
UDDI Registry
InstitutionsServices (Providers)
AccessPoints
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Index
Metadataand name
query
Metadataresponse
Dataquery
Dataresponse
Metadata and logs
Name providerProvider Services
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Synonyms, GUIDs
Publishavailability
CacheMetadata
Accounting
SOAP
DiGIR
HTTP
24
DanBIF værktøjet Hvad kræves for at gøre data
søgbare online?Kobling (mapping) af datasæts felter/kolonner med Darwin Core 2 skema standarden
– Minimum: artsnavn men også gerne indsamler, indsamlingsår, -sted osv. (47 felter)
Rensning og evt. Konvertering af data til Darwin Core format (årstal 19?; 199?; formatering af georeference)
Eksport af datasæt til tekstfilformat
Oprettelse af struktur v. angivelse af standard oplysninger OM datasættet på DanBIF provider serveren
– Foregår decentralt via Internettet
– Inkl. standardoplysninger om dataleverandøren - Hvorfra kommer datasættet?
Uploading af datasættet i tekstfilformat til DanBIF provider serveren under den struktur oprettet i forrige punkt
Frigivelse af datasættet til offentliggørelse, f.eks. global søgning via GBIF portalen
DanBIF vil bistå under hele forløbet!
25
Data Exchange Format: Darwin Core2
– XML skema for data udveksling, e.g. ved forespørgsler fra bruger
– Passende for samlinger og observationsdata
– 48 koncepter (data elementer):DateLastModified * InstitutionCode * CollectionCode * CatalogNumber *
ScientificName * BasisOfRecord Kingdom Phylum
Class Order Family Genus
Species Subspecies ScientificNameAuthor IdentifiedBy
YearIdentified MonthIdentified DayIdentified TypeStatus
CollectorNumber FieldNumber Collector YearCollected
MonthCollected DayCollected JulianDay TimeOfDay
ContinentOcean Country StateProvince County
Locality Longitude Latitude CoordinatePrecision
BoundingBox MinimumElevation MaximumElevation MinimumDepth
MaximumDepth Sex PreparationType IndividualCount
PreviousCatalogNumber RelationshipType RelatedCatalogItem Notes
* = required element
26
Fremtiden
Data vil blive sikkert forvaltet, katalogiseret og vedligeholdt på DanBIF serveren
Udover GBIF, vil data fra DanBIF serveren kunne gøres søgbare på DanBIF portalen og/eller andre, e.g. miljøportalen
27
Fremtiden
Data bliver beriget ved rensning, intelligent indeksering, og sammenstilling med andre typer data
På sigt vil kunne udvikles software der muliggør udnyttelse af datagrundlaget i mange andre sammenhænge:
– så man f.eks. kun arbejder med danske data fra amter, f.eks. via miljøportalen
28
Eksempler på Internetportaler
Fishbase - http://www.fishbase.org/search.cfm
Freshwater Life - http://www.freshwaterlife.info
EEA - http://local.da.eea.eu.int/
NBN, UK, GBIF knudepunkt - http://www.nbn.org.uk/
Artportalen, Sverige - http://artportalen.se/
29
DanBIF – www.danbif.dk
Tak for opmærksomheden
SPØRGSMÅL?