2.-SOBRE LA EVOLUCIÓN Y SUS CAUSAS

Nuevas aportaciones para explicar el hecho evolutivo están apareciendo desde hace bastantes años, pero hay una resistencia “difusa” a incorporar estas nuevas evidencias que hacen tambalear totalmente el modelo neodarwinista todavía predominante. En los libros de texto solamente se habla del neodarwinismo y, aunque están introducidas las propuestas de Lyn Margulis sobre la endosimbiosos y la coordinación, para nada hacen modificar el paradigma de la competencia, la selección del más apto y la mutación como origen del cambio.

Según el Dr Sandín, frente a este modelo que sitúa en el ADN y los genes el origen de los cambios, incluyendo bastantes enfermedades humanas, numerosas investigaciones están abriéndonos a una naturaleza mucho más compleja en donde todo, lo inorgánico y lo orgánico, esta interconectado en armonía y equilibrio; y en este nuevo modelo, en esta nueva biología, el ambiente desempeña un papel primordial. Surge la epigenética y una nueva forma de estudiar los cambios.

Pero la farma-industria y las multinacionales de la biotecnología están basadas en los planteamientos del primer tipo. Y su capacidad de influencia es muy alargada. Quizás esto pueda explicar las resistencias a los cambios.

2-1.- El proceso de cambio evolutivo

A grandes rasgos, los libros de texto vienen a presentar estas diferencias entre la teoría darvinista y lamarckista:

“Para Darwin, las especies cambian de manera lenta y gradual, gracias a un proceso de selección natural que actúa sobre la población, permitiendo que sobrevivan los mas adaptadosPara Lamarck el cambio de las especies vendría dado por el uso o el desuso que el animal hiciera en vida de una determinada estructura” (Extracto de un libro de CMC 1º Bachillerato)

A esto suelen añadir el ejemplo del cuello de las jirafas, ejemplo que probablemente no es de Lamarck y en algunos casos citan la experiencias de Weismann cortando la cola a 20 generaciones de ratones para justificar la falsedad de los planteamientos de Lamarck.Pero Lamarck decía esto:

Las circunstancias influyen sobre la forma y la organización de los individuos / ... / Ciertamente, si se me tomasen estas expresiones al pie de la letra, se me atribuiría un error, porque cualesquiera que puedan ser las circunstancias, no operan directamente sobre la forma y sobre la organización de los animales ninguna modificación. Pero grandes cambios en las circunstancias producen en los animales grandes cambios en sus necesidades y tales cambios en ellas las producen necesariamente en las acciones. Luego si las nuevas necesidades llegan a ser constantes o muy durables, los animales adquieren entonces nuevos hábitos, que son tan durables como las necesidades que los han hecho nacer.

J. B. Lamarck, Filosofía zoológica, p. 167

Pero veamos qué dice la naturaleza, qué dice la ciencia hoy en día:

“Se está comprobando que la información genética no es algo que esté inscrito íntegramente en el ADN; el ADN es una parte muy importante, pero una parte de un circuito muy complejo formado por ADN, ARN, proteínas y otros genes simultáneamente. Hay fenómenos epigenéticos responsables de muchas enfermedades como el cáncer, que son alteraciones producidas por el ambiente, que silencian o activan determinados genes, y que esta alteración pueden ser hereditaria durante unas cuantas generaciones y luego desaparecer. Diversas modificaciones bioquímicas en el ADN y en las histonas como la metilación del ADN, metilación de las histonas, acetilación y fosforilación… hacen que la expresión génica varíe sin cambiar la codificación del ADN”.

Figure 1. The I mpact of Epigenetic Gene ControlDiverse biochemical modifications of DNA and histones, such as DNA methylation (indicated by small hexagons), histone methylation (large hexagons), acetylation (triangles), and phosphorylation (circles), occur in response to the environment and modulate chromatin structure. The organization of chromatin controls the access of many proteins, including transcription factors (ovals), to the DNA template and thus regulates gene expression. This epigenetic gene control has an impact on a variety of biological processes, with implications for agriculture and human biology and disease, including our understanding of stem cells, cancer, and aging.

Figura 1.-El impacto de la epigenética de los genes de controlDiversas modificaciones bioquímicas de ADN y las histonas, tales como la metilación del ADN (indicado por pequeños hexágonos), la metilación de histonas (hexágonos grandes), la acetilación (triángulos), y la fosforilación (círculos), se producen en respuesta al ambiente y modulan estructura de la cromatina. La organización de la cromatina controla el acceso de muchas proteínas, incluyendo factores de transcripción (óvalos), a la plantilla de ADN y así regula la expresión génica. Este control epigenético de los genes tiene un impacto en una variedad de procesos biológicos, con implicaciones para la agricultura y la biología y las enfermedades humanas, incluyendo la comprensión de las células madre, cáncer y envejecimiento.

Es pues una respuesta al ambiente, anatema para los darwinistas; el ambiente, que hace que la información de la genética varíe sin variar el ADN. El ambiente es el que influye en esta forma de expresión de los genes. Pero además hay fenómenos llamados splicing alternativo, es decir que el ARN mensajero está formado por fragmentos que se barajan en función de las disposiciones ambientales .Es decir, no existe el gen D con el significado de una palabra; son como sílabas, que no tienen sentido por sí mismas, y es el conjunto del genoma el que con el splicing alternativo hacen que se mezclen dando un resultado.

Splicing alternativo es el proceso mediante el cual puede ser un solo locus genético transcrito y procesado para generar múltiples y distintas isoformas [1-3]. Informes recientes han mostrado que más de un tercio de todos los genes humanos pueden ser afectados por corte y empalme alternativo [4-9]. La presencia, ausencia, abundancia y actividad de los factores de empalme puede afectar que las regiones del pre-ARNm se incluirán en el ARNm maduro. Se desconoce cómo está regulado el splicing alternativo (o corte y empalme en general) Pero además en el genoma hay una cantidad de elementos móviles de origen viral y que ha sido calificado

como “ADN basura”, basándose en la teoría de Richard Daukins sobre el gen egoísta.

Genética: ADN basura como una fuerza evolutivaChristian Biémont1 y Vieira1 Cristina

ResumenLos elementos transponibles fueron tradicionalmente calificados como inútiles, pero se están convirtiendo en actores importantes en la evolución. Sus interacciones con el genoma y el medio ambiente afectan a cómo los genes se traducen en los rasgos físicos

Otra vez se presenta la interacción del ambiente Los factores ambientales hacen que

los elementos transponibles salten de sitio y se crucen y luego veremos que en los saltos los elementos móviles no van a cualquier sitio, sino que existen zonas preferentes denominadas puntos calientes: hotspots.

2-2.-Darwin, el término evolución y el darwinismo social

El término “evolución” para definir la teoría de Darwin, no fue acuñado por el propio Darwin, sino por Herbert Spencer, quien dedicó su vida a elaborar su sistema de filosofía evolucionista, en la que considera la evolución natural como clave de toda la realidad, a partir de cuya ley mecánico-materialista cabe explicar cualquier nivel progresivo: la materia, lo biológico, lo psíquico y lo social.Darwin utilizó por primera vez el término evolución en la sexta edición en 1872.

Alternative splicing increases mRNA diversity

Alternative splicing is the process whereby a single genetic locus can be transcribed and processed to generate multiple, distinct isoforms[1-3]. Recent reports have shown that more than one third of all human

genes may be affected by alternative splicing[4-9]. The presence, absence, abundance and activity of splicing factors can effect which regions of the pre-mRNA will be included in the mature mRNA. How

alternative splicing (or splicing in general) is regulated remains poorly understood.

Genetics: Junk DNA as an evolutionary forceChristian Biémont1 and Cristina Vieira1

AbstractTransposable elements were long dismissed as useless, but

they are emerging as major players in evolution. Their interactions with the genome and the environment affect how

genes are translated into physical traits

Esta verdad es igualmente aplicable a la especie humana. Las sociedades humanas están en lucha o competencia unas con otras; deben ser consideradas como verdaderas especies, o variedades.... /…/ En competencia con los individuos de su propia especie y en lucha con los de otras especies el individuo degenera y sucumbe, o prospera y se multiplica, según sus dotes. /…/ Un régimen contrario, si pudiera mantenerse, sería con el tiempo funesto para la especie. Si los beneficios recibidos por cada individuo fuesen proporcionales a su inferioridad, se favorecería la propagación de los individuos inferiores y se entorpecería la de los mejor dotados: la especie degeneraría progresivamente y bien pronto desaparecería ante las especies que compiten y luchan contra ella. Herbert Spencer LA ESTÁTICA SOCIAL, 1851

Y asimismo es completamente falso que Spencer se baso en Darwin para estructurar su propuesta del darvinismo social. Fue al revés. Y si alguien lee el libro de “El origen del hombre” vera lo que dice Darwin sobre el darvinismo social.

He llamado a este principio por el cual se conserva toda variación pequeña, cuando es útil, selección natural para marcar su relación con la facultad de selección del hombre. Pero la expresión usada a menudo por Mr. Herbert Spencer, de que sobreviven los más idóneos es más exacta, y algunas veces igualmente conveniente (Charles Darwin “El origen del hombre “pág. 76)

2-3.- Evidencias de la evolución: la mutación y algún ejemplo curioso

La idea de la evolución, de cambio de organización por cambios puntuales, es la referencia general en todos los libros de texto. Máximo Sandín se pregunta cómo han podido convencer a los biólogos de que un reptil, por ejemplo, por mutaciones puntuales pueda convertirse en un mamífero y al azar. Indica que el proceso es muy complejo, tiene que reorganizarse el esqueleto, la piel, los órganos internos y esto no puede explicarse con esta simpleza de la acumulación de mutaciones puntuales y con el paso del tiempo. Critica la pereza mental de darle al tiempo el fundamento del cambio en la evolución y se pregunta cómo han conseguido extender este modelo entre la comunidad científica.

Hace referencia el Dr. Sandín al ejemplo totalmente extendido en los libros de texto de la mariposa Biston betularia. Este ejemplo como prueba de la evolución sale en todos los libros.Y es curioso que este ejemplo se encuentre tan extendido cuando es evidente que estas mariposas ya estaban antes y con el paso del tiempo siguen siendo mariposas y no evolucionan a otras formas diferentes. Es decir, es un ejemplo que simplemente explica un cambio en el color pero sin ningún atisbo de cambio de organización.Por ora parte según los estudios de la etología de estas poblaciones, parece que la mayoría de ellas descansan por el día en las copas de los árboles, que son zonas no tan expuestas como los troncos y que, según este estudio, solo el 1% lo hace en los troncos, con lo que la validez de la utilización de esta prueba debería ser cuestionada. Pero esta tan extendida que incluso aparece en los textos de alguna universidad española sale la siguiente imagen. Se trata pues de un ejemplo tan extendido como pobre e inadecuado para explicar el hecho de la evolución.

¿Dónde descansan el 99,9% de las polillas moteadas durante el día, según la información que conocemos, o, dónde no descansan?Wolf-Ekkehard Lönnig (2003).

Una amplia documentación de los hechos se presenta a continuación, muestra que la polilla (Biston betularia) no suele descansar en posiciones expuestas en los troncos de los árboles (excepto tal vez en menos de un 0,1% de los casos). El 99,9% descansan en lugares no expuestos, lo hacen en lugares más altos de las copas de los árboles. Por lo tanto, los libros de texto biológicos y evolutivos deben de ser revisados en este aspecto.

2-4.- ¿En qué se basa la teoría darvinista actual?

Vamos a ver en que se basa la teoría darwinista actual.

La síntesis evolutiva moderna que la montó Thomas Henry Huxley, presidente de la sociedad eugenésica durante muchos años, está basada en la idea de que los genes son unidades discretas y todos los genes son como las cuentas de un collar, con 2 alelos que pueden ser dominantes o recesivos. Entonces como hay unas cuantas posibilidades, se sacan unas cuentas matemáticas basadas en el fenómeno aleatorio de lanzar una moneda al aire; si se lanza elevado número de veces la frecuencia de un resultado se aproxima a la probabilidad del mismo. Esa es la base científica que no tiene ninguna base de observación de la naturaleza.

Biston betularia: Where do 99.9% of the peppered moths rest by day according to all the known data - or where do they notrest?Wolf-Ekkehard Lönnig (2003)

An extensive documentation of facts is presented below showing that the peppered moth (Biston betularia) does not normally rest in exposed positions on tree trunks (except in perhaps less than 0.1% of the cases). 99.9% of the moths rest in unexposed positions mostly high up in the canopies. Thus, the biological and evolutionary textbooks have, in fact, to be revised on the issue of the peppered moth.

LEY HARDY-WEINBERGEl equilibrio de Hardy-Weinberg, es también conocido como equilibrio panmíctico, fue estudiado a

principios del siglo 20 por diferentes autores, pero fueron Hardy, un matemático y Weinberg, un físico quienes lo establecieron.

El equilibrio de Hardy-Weinberg es un modelo teórico para genética de poblaciones. El concepto de equilibrio en el modelo de Hardy-Weinberg se basa en las siguientes hipótesis.

Supondremos que:

• Existe panmixia, es decir, que, en cada caso, la probabilidad de aparear con un individuo de tipo X es igual a la frecuencia de X en la población.

• Las generaciones son discretas, esto es, que los adultos se reproducen una vez y desaparecen. • El acervo alélico es igual en ambos sexos. • Además, mantendremos las suposiciones planteadas al principio: • La población tiene tamaño (censo) infinito Þ No hay deriva genética.• No existen fuerzas sistemáticas de cambio de las frecuencias génicas: Migración, mutación o

selección.

Panmixia, considera que las probabilidades de cruce entre los organismos de la misma población son las mismas cuando las distancias de su distribución geográfica lo impiden. Y esto es poco probableDebe tener tamaño infinito, también es muy improbable.Etc, etc,…

Y esto es la base científica de la evolución. Richard Milner que es un darwinista ferviente, cuenta la simpleza de cómo se gestó esta ley:

R. C. Punnett, discípulo de Bateson, expuso el problema a su amigo G. H. Hardy, profesor de matemáticas en la Universidad de Cambridge, quien, según se dice, escribió la solución en el puño de la camisa mientras comía. Como la consideró muy elemental, Hardy se negó a presentarla en una publicación que normalmente leerían sus colegas matemáticos, por lo que Punnett la expuso en una revista de biología. Fue la única incursión de Hardy en la genética (?). La solución obtenida por el profesor Hardy fue que la simple expresión binomial (p2 +2pq + q2) = 1  describe la proporción de cada genotipo en la población, donde p representa el alelo dominante (A), q el recesivo (a) y (p + q = 1).MILNER, R. (1995). Diccionario de la evolución. Bibliograf, Barcelona Así pues esta es la base científica de la genética. Y de hecho Mayr, el Darwin del siglo XX dice:

Los matemáticos demostraron convincentemente que, incluso mutaciones con ventajas relativamente pequeñas, eran favorecidas por la selección, y sus hallazgos ayudaron a superar varias objeciones a la Selección Natural.

MAYR, E. 1997. The establishment of evolutionary biology as a discrete biological discipline. BioEssays, 19 (3): 263-266.

2-5.- Mutaciones y código genético

“Las mutaciones son alteraciones en el orden de las bases nitrogenadas en el ADN”.

En ocasiones son origen de nuevos caracteres que mejoran la supervivencia de los organismos “Frases similares encontramos en la mayoría de libros de texto para explicar las consecuencias de las mutaciones. Pero las mutaciones son desorganizaciones y jamás se ha demostrado que una mutación, una alteración del ADN de una ventaja Una mutación es una desorganización.

Vamos a ver cómo son los genes según el proyecto ENCODE ( Encyclopedia of DNA Elements) que es un proyecto que pretende ir conociendo todos los elementos del genoma revisando conceptos.

Los genes tienen muchas formas alternativas y un mismo gen puede dar lugar a proteínas distintas dependiendo de cómo se combinen las distintas regiones. Estas regiones del genoma analizadas están muy interconectadas unas con otras, mientras que la idea que tenían hasta el momento los científicos era que los genes estaban claramente delimitados. En el genoma, todo un conjunto de instrucciones dictan cómo son las características de los seres vivos. Los científicos no sabemos muy bien cómo leer esas instrucciones y qué regiones del genoma son las que realmente codifican esas instrucciones. /…/ La mayor parte del genoma tiene actividad, es decir, no está “silencioso”, lo que echa por tierra la idea de que una gran parte del ADN sería algo así como “basura”, sin función alguna. (Guigo, R., 2007. PROYECTO ENCODE)

Es decir, que lo que se está comprobando es que es el conjunto del genoma el que coordina la actividad de los genes. Y esto es muy interesante y cambia totalmente la concepción preexistente.

2-6.- Evolución y biología del desarrollo

Henry Gee es un científico que publicó en Nature, en el 2003, algunas reflexiones sobre la evolución y embriología. Y plantea que la evolución tenia que deberse a

cambios en el programa embrionario. En la publicación está la ecografía de su hijo:

The question of the origin of species must, fundamentallybe about the evolution of developmental programs. /…/You could look to Darwin for an answer -- but you would look in vain. Darwin studied tiny variations in external features, suggested how variations might be favored by external circumstances, and extrapolated the process to the entire tree of life. But surely, there are deeper questions to be asked than why moths have wings that are black rather than white, or why orchids have petals that are this shape or that? Why, do moths have wings at all, and why do orchids have petals? What creates these structures in the first place? The victory of Darwinism has been so complete that it is a shock to realize just how empty the Darwinian view of life really is.

“La cuestión del origen de las especies tiene fundamentalmente que ver con la evolución de programas en el desarrollo embrionario./…/ Usted puede mirar a Darwin para encontrar una respuesta pero será en vano. Darwin estudio pequeñas variaciones

en características externas sugiriendo como las variaciones pueden ser favorecidas por factores externos y extrapoló el proceso para todo el árbol de la vida. Pero seguramente hay cuestiones más profundas para preguntarse que por qué las polillas tiene alas blancas y las orquídeas tiene pétalos que son de esta forma o de la otra, por que las polillas tiene alas y las orquídeas pétalos, qué creo esas

estructuras por primera vez. La victoria del darwinismo ha sido tan completa que es un shock darse cuenta cuan vacía es la visión darwiniana de la vida”

Pero la presión sobre la divulgación de ciertas ideas es real y este escrito le supuso la imposibilidad de volver a escribir en Nature durante bastantes meses. M. S añade que posteriormente en escritos con algún colega suyo que anda intentando localizarle, le confirma su desaparición de los foros científicos. Y cita este hecho para que se comprenda como está todo bastante controlado en este terreno.

Están surgiendo trabajos de biología del desarrollo que estan aportando nuevas visiones.Y se cita un articulo ya de 1996 en la DEVELOPMENTAL BIOLOGY

DEVELOPMENTAL BIOLOGY 173, 357–372 (1996)ARTICLE NO. 0032REVIEWResynthesizing Evolutionaryand Developmental BiologyScott F. Gilbert,*,1 John M. Opitz,† and Rudolf A. Raff‡*Department of Biology, Swarthmore College, Swarthmore, Pennsylvania 19081; †Foundation for Developmental and Medical Genetics, FRB-Suite 229, 100 Neill Avenue, Helena, Montana 59601 and Department of History, Montana State University, Bozeman, Montana 59715; and ‡Department of Biology, and Institute of Molecular and Cellular Biology,Jordan Hall, Indiana University, Bloomington, Indiana 47405A new and more robust evolutionary synthesis is emerging that attempts to explain macroevolution as well as microevolutionary events. This new synthesis emphasizes three morphological areas of biology that had been marginalized by the Modern Synthesis of genetics and evolution: embryology, macroevolution, and homology. The foundations for this new synthesis have been provided by new findings from developmental genetics and from the reinterpretation of the fossil record. In this nascent synthesis, macroevolutionary questions are not seen as being soluble by population genetics, and the developmental actions of genes involved with growth and cell specification are seen as being critical for the formation of higher taxa. In addition to discovering the remarkable homologies of homeobox genes and their domains of expression, developmental genetics has recently proposed homologies of process that supplement the older homologies of structure.Homologous developmental pathways, such those involving the wnt genes, are seen in numerous embryonic processes, and they are seen occurring in discrete regions, the morphogenetic fields. These fields (which exemplify the modular nature of developing embryos) are proposed to mediate between genotype and phenotype. Just as the cell (and not its genome) functions as the unit of organic structure and function, so the morphogenetic field (and not the genes or the cells) is seen as a major unit of ontogeny whose changes bring about changes in evolution. q 1996 Academic Press, Inc.

Una síntesis de la evolución nueva y más robusta está emergiendo que intenta explicar la macroevolución, así como eventos microevolutivos. Esta nueva síntesis hace hincapié en tres áreas morfológicas de la biología que habían sido marginados por la síntesis moderna de la genética y la evolución: la embriología, la macroevolución, y la homología. Las bases de esta nueva síntesis han sido proporcionadas por los nuevos descubrimientos de la genética del desarrollo y de la reinterpretación de los registros fósiles. . En esta naciente síntesis, las cuestiones macroevolutivas no se solucionan mediante la Genética de poblaciones, y las acciones deterministas de los genes, implicadas en el crecimiento y diferenciación celular son contempladas críticamente para la formación de taxones superiores

2-7.-En cuanto al genoma

Los libros de texto suelen hablar del proyecto Genoma humano y de cómo se secuenciaron los cromosomas al final del siglo pasado. Incluso algunos suelen añadir la decepción que supuso el llegar a la conclusión que solo el 1,5% eran genes que codificaran proteínas.Pero se sigue insistiendo en una visión reduccionista del genoma y del concepto de gen.Los datos de que dispone la ciencia en este momento son:

En el genoma humano lo que secuenciaron fue esto: el 1.5 % de genes codificantes de

proteínas y lo que coordina eso es el resto del genoma.Y hoy sabemos que no hay genes definidos, no hay genes concretos, son secuencias.

Y lo que coordina todo esta compuesto por: 9% son retrovirus endógenos humanos insertados en los genomas, 3% transposones de ADN de origen vírico, LINE y SINE secuencias repetidas largas y cortas insertadas también de origen

viral ADN “basura”, lo ponen ya con interrogante, son intrones también de origen

viral y fragmentos de virus endógenos que participan en la función de expresión de los genomas.

Las secuencias genómicas que no son de origen bacteriano son de origen viral, los genomas están hechos por secuencias bacterianas y virales, que son los virus endógenos del genoma, retrovirus zonas terminales

El gene codifica la cápsida, la endonucleasa que utilizan para romper el cromosoma e integrarse, la trascriptasa inversa para pasar de ARN a ADN y las proteínas de la cápsida

(Target site: sitio destino. Donor site: sitio de origen)

Y los retrotransposones son retrovirus que han ido perdiendo trozos y que se presentan como fragmentos de ADN que cuando hay una agresión ambiental, se transcriben en ARN y con la transcriptasa inversa da ADN complementario y se inserta en otro sitio

Acta Biotheoretica (2006) 54:235_253 DOI: 10.1007/s10441-007-9000-7

NATURAL GENOME-EDITING COMPETENCESOF VIRUSESGünther WitzanyReceived 4 October 2006; Accepted 22 December 2006

ABSTRACT

It is becoming increasingly evident that the driving forces of evolutionary novelty are not randomly derived chance mutations of the genetic text, but a precise genome editing by omnipresent viral agents. These competences integrate the whole toolbox of natural genetic engineering, replication, transcription, translation, genomic imprinting, genomic creativity, enzymatic inventions and all types of genetic repair patterns. Even the non-coding, repetitive DNA sequences which were interpreted as being ancient remnants of former evolutionary stages are now recognized as being of viral descent and crucial for higherorder regulatory and constitutional functions of protein structural vocabulary.

Cada vez es más evidente que las fuerzas directoras de la novedad evolutiva no son cambios ni mutaciones al azar del texto genético, sino una precisa edición del genoma por agentes virales omnipresentes. Estas competencias integran toda la caja de herramientas de la ingeniería genética natural, la replicación, transcripción, traducción, la impronta genómica, la creatividad genómica, las invenciones enzimáticas y todo tipo de patrones genéticos de reparación. Incluso las, secuencias repetitivas de ADN no codificante que fueron interpretados como restos antiguos de los antiguos estadios evolutivos son ahora reconocidos como de origen viral y crucial para las funciones de regulación y constitución del vocabulario estructural de las proteínas.

Como vemos el grado de interacción entre unos elementos y otros es mucho mayor de lo imaginado inicialmente y el estudio del genoma aporta interesante ideas sobre el origen viral y bacteriano de este.

Mobile DNA 2010, 1:4doi:10.1186/1759-8753-1-4

Mobile DNA and evolution in the 21st centuryJames A ShapiroDepartment of Biochemistry and Molecular Biology, University of Chicago, Gordon Center for Integrative Science W123B, 929 E 57th Street, Chicago, IL 60637, USA

Introduction: summary of the argumentThe review assumes that readers of this journal are familiar with the actions of mobile DNA and other genome restructuring functions. It will try to integrate that familiarity into the historical development of evolutionary concepts and incorporate recent discoveries from genome sequencing. Just as our knowledge of mobile DNA has introduced new ways of thinking about hereditary change, the results of sequence analysis have documented several types of genome alterations at key places in evolutionary history, alterations which are notable because they happened within a single generation and affected multiple cellular and organismal characters at the same time: horizontal transfers of large DNA segments, cell fusions and symbioses, and whole genome doublings (WGDs). These rapid multi-character changes are fundamentally different from the slowly accumulating small random variations postulated in Darwinian and neo-Darwinian theory.

La revisión supone que los lectores de esta revista están familiarizados con las acciones de ADN móvil y otras funciones de la reestructuración del genoma. Se tratará de integrar ese conocimiento en el desarrollo histórico de los conceptos evolutivos e incorporar los últimos descubrimientos de la secuenciación del genoma. Al igual que nuestro conocimiento del ADN celular ha introducido nuevas formas de pensar sobre el cambio hereditario, los resultados de los análisis de la secuencia han documentado varios tipos de alteraciones del genoma como puntos clave de la historia evolutiva, las alteraciones que son notables, ya que casualmente en una sola generación y múltiples afectados caracteres celulares y organismicos al mismo tiempo: la transferencia horizontal de grandes segmentos de ADN, fusiones celulares y simbiosis, y duplicaciones globales de todo el genoma (WGDs). Estos rápidos cambios de multi carácter, son fundamentalmente diferentes de los que acumulan poco a poco pequeñas variaciones aleatorias postuladas por la Teoría Darwiniana y Neo-darwinista

O sea que los cambios evolutivos son cambios bruscos que ocurren en una sola generación ¿Cómo se puede explicar eso?Máximo Sandín explica que en los elementos móviles cuando cambian en el genoma hay hot spots, “puntos calientes” y cuando una agresión ambiental los hace movilizarse estos van a puntos concretos los hot spots, con lo cual en muchos organismos al mismo tiempo esos cambios se producen simultáneamente; un meteorito, una erupción volcánica puede provocar cambios en muchos individuos al mismo tiempo con lo que tiene descendencia diferenciada produciendo cambios en la población instantemente sin pasar por selección natural .

Annals of the New York Academy of Sciences 981:154-188 (2002)© 2002 New York Academy of Sciences  On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System

RICHARD v. STERNBERG Department of Systematic Biology, National Museum of Natural History, Smithsonian Institution.  Repetitive DNA sequences comprise a substantial portion of most eukaryotic and some prokaryotic chromosomes. Despite nearly forty years of research, the functions of various sequence families as a whole and their monomer units remain largely unknown. The inability to map specific functional roles onto many repetitive DNA elements (REs), coupled with the taxon-specificity of sequence families, have led many to speculate that these genomic components are "selfish" replicators generating genomic "junk." The purpose of this paper is to critically examine the selfishness, evolutionary effects, and functionality of REs. First, a brief overview of the range of ideas pertaining to RE function is presented. Second, the argument is presented that the selfish DNA "hypothesis" is actually a narrative scheme, that it serves to protect neo-Darwinian assumptions from criticism, and that this story is untestable and therefore not a hypothesis. Third, attempts to synthesize the selfish DNA concept with complex systems models of the genome and RE functionality are critiqued. Fourth, the supposed connection between RE-induced mutations and macroevolutionary events are stated to be at variance with empirical evidence and theoretical considerations. Hypotheses that base phylogenetic transitions in repetitive sequence changes thus remain speculative. Fifth and finally, the case is made for viewing REs as integrally functional components of chromosomes, genomes, and cells. It is argued throughout that a new conceptual framework is needed for understanding the roles of repetitive DNA in genomic/epigenetic systems, and that neo-Darwinian "narratives" have been the primary obstacle to elucidating the effects of these enigmatic components of chromosomes

Anales de la Academia de Ciencias de Nueva York, 981:154-188 (2002)? © 2002 New York Academy of Sciences

Sobre las funciones de Elementos de ADN repetitivas en el contexto de un sistema unificado genómica-Epigenética del sistemaRichard V. STERNBERGDepartamento de Biología Sistemática, el Museo Nacional de Historia Natural, Smithsonian Institution.

Secuencias repetitivas de ADN comprenden una porción sustancial de la mayoría eucariotas y procariotas algunos cromosomas. A pesar de casi cuarenta años de investigación, las funciones de secuencia de las familias diversas en su conjunto y sus unidades de monómero siguen siendo en gran parte desconocido. La imposibilidad de asignar roles funcionales específicos a muchos elementos de ADN repetitivo (REs), junto con el taxón de la especificidad de secuencia de las familias, han llevado a muchos a especular que estos componentes genómicos son "egoístas" replicadores de generación genómica "basura". El propósito de este trabajo es examinar críticamente el egoísmo, los efectos evolutivos, y la funcionalidad de las REs. En primer lugarse presenta, una breve descripción de la variedad de ideas relacionadas con la función de RE . En segundo lugar, se presenta el argumento se de que el ADN egoísta "hipótesis" es en realidad un esquema narrativo, que sirve para proteger a los supuestos neo-darwinianas de la crítica, y que esta historia no es comprobable y por tanto no una hipótesis. El tercer intento, para sintetizar el concepto de ADN egoísta con los modelos de sistemas complejos del genoma y la funcionalidad de RE son criticadas. En cuarto lugarse , la supuesta conexión entre el RE y las mutaciones inducidas por eventos macroevolutivos está en desacuerdo con la evidencia empírica y consideraciones teóricas. Las hipótesis de que las transiciones filogenéticas base en los cambios de secuencia repetitiva por lo tanto siguen siendo especulativas. En quinto y último, el caso se hace para ver ER como componentes funcionales de forma integral los cromosomas, genomas, y las células. Se argumenta que a lo largo de un nuevo marco conceptual es necesaria para comprender las funciones de ADN repetitivo en los sistemas genómicos / epigenética, y que las "narraciones neo-darwinistas " han sido el principal obstáculo para la aclaración de los efectos de estos componentes enigmáticos de los cromosomas

2-8.-La evolución de las especies

Sobre la evolución de las especies en lo que los libros de texto cuentan como las especies que quedan aisladas y poco a poco se va diferenciando; sin embargo Nature dice:

“LAS NUEVAS ESPECIES EVOLUCIONAN DE GOLPE”

Published online 9 December 2009 | Nature | doi:10.1038/news.2009.1134 News

New species evolve in burstsRed Queen hypothesis of gradual evolution undermined.Kerri Smith

Alice and the Red Queen had to run as fast as they could to stay in the same place - just like evolving species, according to the eponymous hypothesis.Through the Looking Glass/ J ohn TennielThis contradicts a widely accepted theory of how speciation occurs: that species are continually changing to keep pace with their environment, and that new species emerge as these changes accrue. Known as the 'Red Queen' hypothesis, it is named after the character in Lewis Carroll's book Through the Looking-Glass, and What Alice Found There who tells a surprised Alice: "Here, you see, it takes all the running you can do, to keep in the same place." But Mark Pagel and his team at the University of Reading, UK, challenge this idea. In a paper published today in Nature, they compared four models of speciation — one of which was the Red Queen hypothesis — to see which best explains the rate of speciation in more than 100 species groups from the animal and plant kingdoms, including bumblebees, turtles, foxes and roses.They looked at the lengths of branches in thousands of species' evolutionary trees contained within these groups to estimate the time periods between speciation events. "What we've shown is that speciation is about happy accidents — rare events that happen in the environment that cause a species to speciate," says Pagel. These events could include a mountain range being thrust up or a shift in climate, he says.The team's findings might stir things up in the world of evolutionary biology. "I t really goes against the grain because most of us have this Darwinian view of speciation," says Pagel. "What we're saying is that to think about natural selection as the cause of speciation is perhaps wrong."

NUEVAS ESPECIES EVOLUCIONANA DE GOLPE…/…Esto contradice una teoría ampliamente aceptada de cómo se produce la especiación: que las especies cambian continuamente para adaptarse a su entorno, y que las nuevas especies surgen como estos cambios se acumulan. Conocida como la hipótesis de la "Reina Roja", que lleva el nombre del personaje en el libro de Lewis Carroll, A través del espejo, y lo que Alicia encontró allí, que le dice a un sorprendido Alice: "Aquí, como ves, se necesita correr todo lo que puede hacer , para mantener en el mismo lugar. "Sin embargo, Mark Pagel y su equipo de la Universidad de Reading, Reino Unido, desafían esta idea. En un artículo publicado hoy en Nature, compararon cuatro modelos de especiación, uno de los cuales fue la hipótesis de la Reina Roja - Para ver lo que mejor explica la tasa de especiación en más de 100 grupos de especies de los reinos animal y vegetal, incluidos los abejorros, las tortugas , los zorros y las rosas.Se miraron las longitudes de las ramas de miles de árboles de especies evolutivas contenidas dentro de estos grupos para calcular los períodos de tiempo entre eventos de especiación.“Lo que henos observado es que la especiación son sucesos casuales, raros acontecimientos que ocurren en el entorno y obligarían a los individuos a la especiación” dice Pagel. Según él, estos acontecimientos podrían incluir desde la formación de una cadena montañosa a un cambio en el clima.Los descubrimientos de este equipo podrían revolucionar el mundo de la Biología evolutiva: “ Va directamente al núcleo de la cuestión , pues muchos de nosotros tenemos un punto de vista darvinista de la especiación”dice Pagel “Lo que queremos decir es que, pensar que la selección natural es la causa de la especiación, puede no ser cierto” NATURE 9 Diciembre 2009

2-9.-- Sobre los mecanismos de la evolución

Los paleontólogos más libres dicen que lo que ven es lo siguiente: Según la teoría de Darwin, la evolución tiene lugar exclusivamente por la vía de pequeña y continua formación y modificación de especies. /…/ Nuestra experiencia, obtenida de la observación del material fósil, contradice directamente esta interpretación. Nosotros encontramos que la estructura organizadora de una Familia o un Orden no surge como el resultado de modificaciones continuas en una larga cadena de especies, sino mas bien por medio de una repentina y discontinua remodelación del complejo tipo de Familia a Familia, de Orden a Orden, de Clase a Clase. Los caracteres que cuentan para las distinciones entre especies son completamente diferentes de los que distinguen un tipo de otro.Schindewolf, O. 1993

Según Máximo Sandín, Otto Schindewolf uno de los grandes paleontólogos europeos poco conocido y que murió en el ostracismo. Él y muchos otros dicen hay datos que demuestran que cada periodo, cambrico, ordovícico, silúrico, carbonífero, etc esta marcado por caídas de grandes asteroides que provocan grandes disturbios ambientales, a veces acompañados de la inversiones del campo magnético; y la magnetosfera protege a la tierra de radiaciones ultravioletas que son muy mutágenas. Cuando hay una inversión magnética la Tierra se queda sin protección frente a la radiación ultravioleta y se sabe experimentalmente que se movilizan los elementos móviles en el ADN de los genomas. O sea que tenemos datos experimentales que demuestran como ha sido la evolución frente a los planteamientos neodarwinistas de cambios puntuales que puedan suponer ventajas. El registro fósil no habla de cambios progresivos sino drásticos y todos en periodos concretos y muy cortos.

Annual Review of GeneticsVol. 36: 389-410 (Volume publication date December 2002) (doi:10.1146/annurev.genet.36.040202.092802)

CHROMOSOME REARRANGEMENTS AND TRANSPOSABLE ELEMENTSWolf-Ekkehard Lönnig and Heinz Saedler Max-Planck-Institut für Züchtungsforschung, Carl-von-Linné-Weg 10, D-50829 Köln, Germany; e-mail: loennig@mpiz-koeln.mpg.deThere has been limited corroboration to date for McClintock's vision of gene regulation by transposable elements (TEs), although her proposition on the origin of species by TE-induced complex chromosome reorganizations in combination with gene mutations, i.e., the involvement of both factors in relatively sudden formations of species in many plant and animal genera, has been more promising. Moreover, resolution is in sight for several seemingly contradictory phenomena such as the endless reshuffling of chromosome structures and gene sequences versus synteny and the constancy of living fossils (or stasis in general). Recent wide-ranging investigations have confirmed and enlarged the number of earlier cases of TE target site selection (hot spots for TE integration), implying preestablished rather than accidental chromosome rearrangements for nonhomologous recombination of host DNA. The possibility of a partly predetermined generation of biodiversity and new species is discussed. The views of several leading transposon experts on the rather abrupt origin of new species have not been synthesized into the macroevolutionary theory of the punctuated equilibrium school of paleontology inferred from thoroughly consistent features of the fossil record.

No ha habido confirmación limitada hasta la fecha para la visión de McClintock de la regulación de genes por elementos de transposición (TES), aunque su propuesta sobre el origen de las especies por la TE-inducidos por las reorganizaciones cromosómicas complejas en combinación con mutaciones en los genes, es decir, la participación de ambos factores en relativamente formaciones repentinos de las especies en muchos géneros de plantas y animales, ha sido más prometedor. Por otra parte, la resolución está a la vista de varios fenómenos aparentemente contradictorios, tales como la reorganización de las estructuras de los cromosomas sin fin y las secuencias de genes en comparación con synteny y la constancia de fósiles vivientes (o estasis en general). Una amplia gama de investigaciones recientes han confirmado y ampliado el número de casos anteriores de selección de sitio de destino de los elementos móviles TE (puntos calientes para la integración TE), lo que implica reordenamientos cromosómicos preestablecidas más que accidentales para la recombinación no homóloga de ADN del huésped.

Es decir que cuando hay una agresión ambiental, se siguen unas reglas en las remodelaciones del ADN y estas no son accidentales, se cambian a un sitio concreto lo que explica como puede pasarse en una generación de unas formas a otras.Por ejemplo se han descubierto virus endógenos que controlan el desarrollo de la placenta en los mamíferos y que probablemente estén en el origen de este salto evolutivo.