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19th DNA-QC 総合解析
(表記含む)
九州ブロック血液センター
黒田 ゆかり
JSHI 19th QCWS集会(2017.9.12) 於:ホテルレイクビュー水戸
1
DNA-QCのテーマ
正確なDNAタイピングが行えること
DNAタイピング結果の 表記を正しく記述 できること
学会の表記法* に従い 正確に表記 すること
DNAタイピング結果に対応したHLA抗原型を 正確に読替える こと
Ambiguityとなるアリルと日本人集団でのアリルの解説
方法別解析
総合解析(表記含む)
2
DNA-QC
試料説明
3
購入した細胞から抽出したDNAを4サンプル配布
(10μg, 20μg)*SSP実施施設は量的に多く配布
日本人由来の細胞で高頻度に検出されるHLA型であること
日本人由来で稀なHLAアリルであること
Sample DNA濃度
H2701 約 60ng/uL
H2702 – H2704 約100ng/uL
19th DNA-QCサンプル
4
19th DNA-QCサンプル Sample A B C DR
H2701
A* 02:06
A* 11:02
B* 38:02
B* 48:01
C* 07:02
C* 08:03
DRB1* 04:10
DRB1* 16:02
A2 A11 B38 B48 Cw7 Cw8 DR4 DR16
H2702
A* 11:01
A* 24:02
B* 55:02
- C*
03:03 C*
12:03 DRB1* 04:05
DRB1* 14:05
A11 A24 B55 - Cw9 Cw12 DR4 DR14
H2703
A* 24:02
A* 26:01
B* 15:27
B* 46:01
C* 01:02
C* 04:01
DRB1* 08:03
DRB1* 09:01
A24 A26 B62 B46 Cw1 Cw4 DR8 DR9
H2704
A* 02:06
A* 02:10
B* 40:06
B* 52:01
C* 08:01
C* 12:02
DRB1* 01:01
DRB1* 15:02
A2 A210 B61 B52 Cw8 Cw12 DR1 DR15
: 日本人におけるGF(%) < 0.5
典型的なハプロタイプではない 5
抗原型(HLA型) allele GF(%)*
A11 A*11:01 8.899
A*11:02 0.165
Cw12 C*12:02 10.864
C*12:03 0.094
B62
B*15:01 7.957
B*15:07 0.619
B*15:27 0.107
A2(A203,A210)
A*02:01 11.211
A*02:03 0.058
A*02:06 9.444
A*02:07 3.259
A*02:10 0.436
*骨髄データセンター資料より
抗原頻度は一般的であるが抗原内遺伝子頻度は低め 6
DNA-QC
参加施設
7
参加施設
部門 14th (2010)
15th (2011)
16th (2012)
17th (2013)
18th (2014)
19th (2015)
輸 血 27
(46.6%)
27
(52.9%)
24
(45.3%)
28
(42.4%)
29
(42.6%)
37
(53.6%)
臓 器 36
(62.1%)
32
(62.7%)
37
(69.8%)
41
(62.1%)
43
(63.2%)
44
(63.8%)
造 血 20
(34.5%)
17
(33.3%)
19
(35.8%)
26
(39.4%)
26
(38.2%)
30
(43.5%)
その他 4
(6.9%)
5
(9.8%)
7
(13.2%)
9
(13.6%)
7
(10.3%)
8
(11.6%)
参加総数 58 51 53 66 68 69
8
重複あり
参加施設
輸 血
臓 器 造 血
その他 8 施設
11 施設
21 施設 0 施設
1 8
4
16
輸 血
臓 器
造 血
その他
37 施設(53.6%)
44 施設(63.8%)
30 施設(43.5%)
8 施設(11.6%)
3部門
輸血のみ
臓器のみ
造血のみ
輸血+臓器
輸血+造血
臓器+造血
その他
3部門+その他
臓+造+その他
16 施設(23.2%)
11 施設(15.9%)
21 施設(30.4%)
0 施設( 0.0%)
1 施設( 1.4%)
8 施設(11.6%)
4 施設( 5.8%)
6 施設( 8.7%)
1 施設( 1.4%)
1 施設( 1.4%)
9
* *部門参加との重複2施設を含む
検査対象ローカス 部門 A B C DRB1
DRB 3/4/5
DQB1 DPB1 DQA1 DPA1
輸 血 (N=37) 37 37 36 35 10 16 4 3 2
臓 器 (N=44) 44 44 34 44 18 25 5 4 1
造 血 (N=30) 30 30 29 30 9 15 5 4 2
その他 (N=8) 8 8 8 8 4 7 5 3 2
総 合 (N=69) 69 69 59 67 24 37 12 7 4
10
0%
20%
40%
60%
80%
100%
A B C DRB1 DRB3/4/5 DQB1 DPB1 DQA1 DPA1
総合 輸血 臓器 造血 その他
重複あり
参加部門とタイピング方法
参加 部門
部門別施設数 SSP
SSO SBT
INNO-LiPA Luminex AlleleSEQR NGS
輸 血 37 8
(21.6%)
0
(0.0%)
30
(81.1%)
2
(5.4%)
2
(5.4%)
臓 器 44 18
(40.9%)
2
(4.5%)
29
(65.9%)
3
(6.8%)
1
(2.3%)
造 血 30 7
(23.3%)
0
(0.0%)
25
(83.3%)
4
(13.3%)
2
(6.9%)
その他 8 3
(37.5%)
0
(0.0%)
6
(75.0%)
1
(12.5%)
1
(12.5%)
総 合 69 22
(31.9%)
2
(2.9%)
50
(72.5%)
4
(5.8%)
3
(4.3%)
重複あり
11
総 合 (N=69)
SBT+Luminex+SSP SBT+Luminex
Luminexのみ SSP+Luminex
INNO-Lipa+Luminex SSPのみ
INNO-Lipaのみ
参加部門とタイピング方法
12
輸血(N=37) 臓器(N=40) 造血(N=30)
重複あり
SBT+Luminex+SSP SBT+Luminex
Luminexのみ SSP+Luminex
INNO-Lipa+Luminex SSPのみ
INNO-Lipaのみ
参加部門とタイピング方法
13
3部門 (N=16+1*)
輸血のみ (N=11) 臓器のみ (N=21) その他のみ(N=6)
・造血部門のみは0施設
*3部門+その他
表記法
14
学会の表記法
HLAタイピング結果のアリル表記法と 結果報告の原則 (2010年度版)
日本組織適合性学会 HLA標準化委員会 (2011年4月8日改訂 1.1版)
http://jshi.umin.ac.jp/standarization/JSHI-hyouki-2010_1.1.pdf
http://jshi.umin.ac.jp/standarization/JSHI-hyouki-2010_1.1s.pdf
15
□ 全て半角
学会の表記法の基本
・ローカス名(A, B, C, DRB, Cw, DR)
・数字(アラビア数字 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9)
・記号(アスタリスク(*), コロン(:),
スラッシュ(/), プラス(+), ハイフン(-))
✔
✔
✔
□ Cローカス ✔ アリル表記は「C」
抗原型(HLA型)表記は「Cw」
□ DRローカス アリル表記は「DRB1」
抗原型(HLA型)表記は「DR」 ✔
□ アスタリスク ✔ アリル表記ではローカス名の後ろに「*」
16
Lab.No. 回答 不備内容
27D02 C*03:03/04/06/+ 9 C*12:03/16:04/+ 12 ローカス名なし
27D20 *02:06 *11:02 ローカス名なし
27D10 DRB1*08:03/33/49/+ DR8 DRB1*09:01/05/11/+ DR9 コロンが全角
27D28 B*38:02:01 B38 B*48:01:01 B48 コロンが全角
27D31 B*40:02/06/11/+ B61 B*52:01/07/10/+ B52 Bが全角
27D28 C*01:02:01 CW1 C*04:01:01:01 CW4 Wが大文字
27D44 B*54*01/55:02/+ B54/55 B*55:02/07/19/+ B55 コロンがアスタリスク
27D24 DRB1*01/01/04/05/+ DR1 DRB1*15:01/02/03/+ DR15 コロンがスラッシュ
27D03 A*24:02/09/11/+ A24 A26:01/24/26/+ A26 アスタリスクなし
27D47 A02:01/06/10/+ A2 A*02:10/61/72/+ A2/210 アスタリスクなし
27D10 B40:02/06/11/+ B61 B*52:01/07/13/+ B52 アスタリスクなし
27D31 A*24:02/04/06/+ A24 A*25:01/*26:01/+ A10/25/26 不要なアスタリスク
27D32 A*:02:06/126 A2 A*11:02/77/110 A11 不要なコロン
27D67 C*:01:02/40/44/+ Cw1 C*04:01/75/79/+ Cw4 不要なコロン
17
Ⅲ.HLAタイピング結果の アリル表記法 について
1.DNAタイピングレベルでの表記
2)中または高解像度レベル(high resolution)のタイピング法
第2区域までの表記が必要である。また、第3区域でのアリルの細分化が知られて
いる場合、アリルが特定できた場合にのみ第3区域までアリルを表記する。
学会の表記法
Ⅱ.アンビギュイティ(ambiguity)の結果表記について
2.第2~4区域で判別できないアリルが複数存在する場合
1)第2区域で判別できないアリルが複数存在する場合、最も数字の小さいアリルを最
初に記し、その後ろに「/(スラッシュ)」を入れ、判別できない他のアリルの第
2区域の数字を小さい順に記す。「/(スラッシュ)」で表記するアリルは、最大
3種類までとし、4種類以上の場合は、最後に「/+(スラッシュ、プラス)」を
付記する。
18
Lab.No. 回答 解答例
27D01 C*03:03/04/06/+ C*12/16 C*12:03/16:04/+
27D48 C*03:03/20/22/+ C*12/16 C*12:03/16:04/+
27D01 DRB1*04:10:01 DRB1*16:02/17/09/+ DRB1*16:02/09/17/+
27D54 B*15:27/327 B*46:01/07N/10/+ B*46:01/07/10/+
27D63 B*15:27/32/109 B*46:01/04/07N/+ B*46:01/04/07/+
□ 区域 ✔ 中・高解像度のタイピング法の場合は第2区域以上
□ 文字 ✔ N(null allele)等の文字は不要
□ 数字 ✔ 小さい順
19
学会の表記法
Ⅳ.血清学的 HLA型の結果表記 について
2.DNAタイピング結果から複数のHLA型の可能性がある場合、最も数字の小さいHLA
型から順番に記し、各HLA型は「/(スラッシュ)」区切る。
例:HLA-A*02:06/10/21/+と判定された場合は、「HLA-A2/210」と表記す
る。
3.WHO命名委員会と日本組織適合性学会HLA標準化委員の何れでもHLA型が不明な場
合は、第1区域で分類されるHLA型で表記する。また、HLA-C座のアリルHLA-
C*12からC*18に対応するHLA型は公認されていないが、第1区域を用いてHLA型と
する。
6.HLA分子を発現しないnullアリルの場合、HLA型を「-(ハイフン)」で表記する。
20
□ 対応抗原 ✔ 正確に
Lab.No. 回答 解答例
27D06 A*11/66 A11/26 A11/66
27D23 B*48:01/04/09/+ B39 B48
27D55 C*04:01/03/04/+ Cw4/6 Cw4
27D02 C*12:03/16:04/+ 12 Cw12/16
27D20 無記入 無記入
□ null allele ✔
null alleleのみの場合は「-」
null alleleを含む複数の抗原がある場合は
「-」不要
21
□ 読替え ✔ 第1区域と異なるHLA型には注意
Allele 抗原型
(HLA型)
A*02:03 A203
A*02:10 A210
A*24:03 A2403
A*24:10 A2403
A*26:10 A10
B*07:03 B703
B*27:08 B2708
B*38:03 B16
B*39:01 B3901
B*39:02 B3902
Allele 抗原型
(HLA型)
B*44:09 B45
B*51:02 B5102
B*51:03 B5103
B*56:06 B78
B*58:08 B17
DRB1*01:03 DR103
DRB1*14:03 DR1403
DRB1*15:08 DR2
下線:GF(%)>0.1 (骨髄データセンター資料)
22
Allele 抗原型
(HLA型)
B*55:02 B55
B*55:04 B55
B*55:07 B54
B*55:08 B56
C*03:02 Cw10
C*03:03 Cw9
C*03:04 Cw10
C*03:XX Cw3,Cw9,Cw10
DRB1*03:01 DR17
DRB1*03:02 DR18
DRB1*03:XX DR3 , DR17 , DR18
Allele 抗原型
(HLA型)
B*15:01 B62
B*15:02 B75
B*15:07 B62
B*15:11 B75
B*15:18 B71
B*15:27 B62
B*15:XX B15,B62,B63,B70,B71,B72,B75,B76
B*40:01 B60
B*40:02 B61
B*40:03 B61
B*40:05 B4005
B*40:06 B61
B*40:XX B21,B40,B41,
B60,B61 下線:GF(%)>0.1 (骨髄データセンター資料)
23
回答 解答例(推奨)
A*02:01/02/03/+ A2 A2/203
A*02:01/06/10/+ A2 A2/210
A*02:10/244/398/+ A210 A2/210
B*40:05/06/26/+ B61 B61/4005
B*40:06/70/103/+ B61 B40/61
B*40:05/06/26/+ B4005/61 B21/61/4005
B*40:05/06/26/+ B61 B21/61/4005
B*55:02/07/12/+ B55 B22/54/55
回答 解答例(推奨)
A*02:10 A210/A2 A210
A26:01/24/26/+ A26 A10/26
B*15:27/109 B62 B15/62
B*15:27/109 B15 B15/62
C*03:03/04/06/+ 9 Cw9/10
C*03:03/11/13/+ Cw9 Cw3/9
A*02:11 A210/A2 A2
A*24:02/03/04/+ A24 A24/2403
24
□ HLA型 ✔ 公認抗原型がない場合、第1区域を用いたHLA型
□ 複数の型 ✔ 数字を「スラッシュ(/)」で区切る。
注)ローカス名は最初のみ
□ 数字 ✔ 小さい順
Lab.No. 回答 不備内容 解答例
27D08 B54/B55 B55/B56 不要なローカス名 B55/56
27D12 A2 A210/A2 不要なローカス名、数字の順番 A2/210
27D22 A2 A210/A2 不要なローカス名、数字の順番 A2/210
27D66 A2 A210/A2 不要なローカス名、数字の順番 A2/210
27D06 B54//+ B55//+ //の使用 B54/55
27D28 CW9 C- HLA型が「-」 Cw12 25
学会の表記法
Ⅲ.HLAタイピング結果の アリル表記法 について
4.ふたつのカラム(セル)にタイピング結果を表記する場合
1)2種類のアリルがヘテロ接合で検出された場合は、それぞれカラムにアリルを記
す。
2)アリルが1つしか検出されなかった場合(注)は、後ろのカラムに「-(ハイフ
ン)」を記す。
注:ホモ接合と判定された場合、同じアリルを2つ記さず、アリルが1つしか検出され
ないため「-(ハイフン)」を記すことが望ましい。これは、次の6.の場合と区別す
るためである。
6.第1区域が同じアリルを2つ検出した場合には、同じアリル名を2つ記す。
26
□ ホモ接合 ✔ 明らかなホモ接合は2つ目のカラムを「-」
□ ヘテロ接合 ✔ 明らかなヘテロ接合は両カラムに記入
Lab.No. 回答 解答例
27D28 B*55:02:01 B*55:02:01 B*55:02:01 -
複数Lab① A*02:01/06/10/+ - A*02:01/06/21/+ A*02:10/244/398
【 課 題 】
SSO等においては、近年、アリルの増加により、ヘテロ接合を否定できずに「明らかなホモ
接合」と判定されることがほぼ無くなっている。
27
①:SSO(Luminex)
並び替え(推奨)
明らかなヘテロ接合の場合、両方のカラムに記入
A2/210 A2/210 A2 A2/210
HLA-A (H2704)
A*02:01 A*02:10
A*02:06 A*02:10
A*02:06 A*02:244
A*02:06 A*02:398
A*02:10 A*02:21
A*02:10 A*02:41
A*02:72 A*02:244
A*02:01/06/10/+ A*02:10/21/41/+
HLA-A (H2704)
A*02:01 A*02:10
A*02:06 A*02:10
A*02:06 A*02:244
A*02:06 A*02:398
A*02:21 A*02:10
A*02:41 A*02:10
A*02:72 A*02:244
A*02:01/06/21/+ A*02:10/244/398
A*02:01/06/10/+ , - としないほうがよい(ホモ接合型との区別) 28
学会の表記法
Ⅱ.アンビギュイティ(ambiguity)の結果表記について
1.第1区域に異なるアリルが複数存在する場合
2)第2区域で判別が出来ないアリルが複数存在する場合、アリルを第2区域まで記し
「/(スラッシュ)」でつなぐ。
例:アリルが2種類の場合、「HLA-DRB1*15:01/16:01」と表記する。
3種類以上の場合「HLA-DRB1*15:01/16:01/+」と表記する。
3.第1区域での組み合わせが複数存在し、それらが判別できない場合は、代表的なアリ
ルに「//+(スラッシュ、スラッシュ、プラス)」をつけて表記する。
例:HLA-B*35:01,B*51:01、HLA-B*35:11,B*51:09、HLA-
B*53:01,B*78:02という3種類の組み合わせで第1区域が判別出来ない場合は
「HLA-B*35:01//+,HLA-B*51:01//+」と表記する。
29
□ アリル/アリル/+ ✔ 一方のカラムのみ第1区域が決まらない
□ アリル//+ ✔ 両カラムの第1区域が決まらない場合
Lab.No. 回答 解答例
複数Lab. C*03:03/04/06/+ C*12:03//+ C*03:03/04/06/+ C*12:03/16:04/+
例
B*35:01 B*51:01
B*35:11 B*51:09
B*53:01 B*78:02
解答例
B*35:01//+ B*51:01//+
代表的なアリル
XX:XX/XX:XX/+
XX:XX//+
30
H2702(HLA-B) *一部のSSO
例
B*55:02 B*55:02
B*55:02 B*55:41
B*55:02 B*55:62
B*55:02 B*55:65
B*55:62 B*55:41
B*55:62 B*55:62
B*55:65 B*55:41
B*55:65 B*55:62
B*55:65 B*55:65
解答例
B*55:02/62/65 B*55:02/41/62/+
解答例
B*55:02/41/62/+ -
いずれも間違いではない
ホモ接合およびヘテロ接合の可能性
31
回答に ばらつきが あった例①
H2702(HLA-B) *一部のSSO
例
B*54:01:02 B*55:02:01
B*54:01:02 B*56:19N
B*55:02:01 B*55:02:01
B*55:02:01 B*55:07
B*55:02:01 B*55:19
B*55:02:01 B*56:19N
代表的なアリルは??
上記のGF%順だと
B*55:02:01 B*55:02:01
第2区域のGF%順だと
B*54:01 B*55:02
そのまま表記すると
B*55:02//+ B*55:02//+
解答例
B*54:01//+ B*55:02//+
同一表記なので…
B*55:02//+ -
ヘテロも否定できない
B*55:02//+ B*55:02//+
いずれも 間違いではない
回答に ばらつきが あった例②
32
DNA-QC
総合評価
33
評価内容 評価項目 評価 段階
判定 採点 持ち点
① 判定結果
1. 各タイピング法での判定が正しいこと
2段階
○:正、×:誤 (検体毎、HLA座毎)
各検体での結果が評価項目1と2の何れかが
「誤」の場合、配点数を減点
(正:マイナス0点、誤マイナス(60÷検体数)
点)
60
2. 各タイピング法の結果が、総合判定と祖語がないこと
2段階
② 結果表記
1. アンビギュイティ(ambiguity)の表記
3段階
A:正 C:誤(減点) B:一部不備
(減点なし)
アンビギュイティ(ambiguity)表記の不正
確:-15(-8)
HLA型(抗原型)読替えの正確性と表記の正確
性:-10(-5)
ローカス名表記の有無:-5(-3)
アスタリスク表記の有無:-5(-3)
その他表記の不備:-5(-3)
40 2. HLA型への読替え 3段階
3. その他DNAタイピング結果表記
3段階
方法別 評価
評価項目 評価 段階
判定・採点
試験結果 1. 使用試薬での結果の妥当性 3段階
A:反応データが全て妥当である
B:反応データの一部に不備がある(相対的)
C:反応データのほとんどが不備である(相対的)
DNAタイピング結果評価
評価対象:A,B,C,DR
34
0
10
20
30
40
50
60
70
評価点数
35
①判定結果の評価
減点なし:54施設(69施設中)
平均 58.59 点(60点満点)
14thQCWS 15thQCWS 16thQCWS 17thQCWS 18thQCWS 19thQCWS
=<30 2 3.4% 2 3.9% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 1 1.4%
31-35 0 0.0% 2 3.9% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
36-40 1 1.7% 1 2.0% 1 1.9% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
41-45 0 0.0% 1 2.0% 3 5.8% 2 3.0% 0 0.0% 0 0.0%
46-50 2 3.4% 2 3.9% 1 1.9% 7 10.6% 0 0.0% 1 1.4%
51-55 6 10.3% 8 15.7% 9 17.3% 3 4.5% 6 8.8% 4 5.8%
56-59 5 8.6% 6 11.8% 6 11.5% 6 9.1% 13 19.1% 9 13.0%
60= 42 72.4% 29 56.9% 32 61.5% 48 72.7% 49 72.1% 54 78.3%
検査法 14thQCWS 15thQCWS 16thQCWS 17thQCWS 18thQCWS 19thQCWS
Luminex 59.3 58.0 57.9 58.6 59.4 59.4
INNO-LiPA 55.0 56.6 60.0 42.5
SSP 57.3 53.4 56.5 57.8 58.1 58.1
SBT 56.7 56.3 58.1 59.5 58.1 60.0
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
評価点数
②結果表記の評価点分布
36
平均 39.51 点(40点満点)
15thQCWS 16thQCWS 17thQCWS 18thQCWS 19thQCWS
≦10 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
11-15 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
16-20 1 2.0% 1 1.9% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
21-25 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 1 1.4%
26-30 1 2.0% 2 3.8% 2 3.0% 0 0.0% 0 0.0%
31-35 1 2.0% 0 0.0% 5 7.6% 2 2.9% 1 1.4%
36-40 48 94.1% 50 94.3% 59 89.4% 66 97.1% 67 97.1%
減点なし:48施設(69施設中)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
評価点数
37
タイピング結果の評価点分布 (総合評価①+②)
平均 98.1 点(100点満点)
評 価 14thQCWS 15thQCWS 16thQCWS 17thQCWS 18thQCWS 19thQCWS
施設数
(%) 施設数
(%) 施設数
(%) 施設数
(%) 施設数
(%) 施設数
(%)
100点 A
:良好 23 39.7% 13 25.5% 26 49.1% 34 51.5% 42 61.8% 41 59.4%
60~ 100点未満
B :要確認
34 58.6% 36 70.6% 27 50.9% 32 48.5% 26 38.2% 28 40.6%
0~ 60点未満
C :要改善
1 1.7% 2 3.9% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0% 0 0.0%
19thQCWS
輸血部門 臓器部門 造血部門 その他
平均点 99.0 97.7 99.6 99.0
38
試験結果の評価
・評価BおよびCは注意が必要
評価 SSP
SSO SBT
INNO-LiPA
Liminex
Allele SEQR
NGS LAB Type
LAB Type HD
WAK Flow
Geno Search
A 19 2 7 11 30 5 3 3
86.4% 100% 100% 100% 88.2% 100% 75.0% 100%
B 3 0 0 0 4 0 1 0
13.6% 0% 0% 0% 11.8% 0% 25.0% 0%
C 0 0 0 0 0 0 0 0
0% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 0%
DNA-QCの一番のテーマは、
「正確なタイピングが行えること」である。
特に、反応性によるミスアサインは重大な問題
であり、憶測を含むことなく判定ができる安定し
た技術が必要である。(詳細は方法別解析を参照)
39