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アジレント SureCall v3.5
インストールガイド
For Windows
(2016年 7月版)
Research Use Only.
Not for use in Diagnostic
Procedures.
2
インストールの前に（重要）
・ SureCall v3.5 for Windows は、Windows 7およびWindows 10に対応してい
ます。Mac対応版については、日本国内での検証が困難であるため、 アジレント
日本ではサポートしておりません。
Mac対応版についてのご質問の受付窓口は、下記メールアドレスになります。問
い合わせは英語で行っていただく必要があります。
この点ご了承のうえ、ご利用いただきますようお願いいたします。
・ アジレント・テクノロジーの SureCall v3.5は無償でお使いいただけるソフトウェア
です。
半年更新のライセンスが必要ですが、更新時にも無償でライセンスが発行されま
す。
・ SureCall v3.5の動作にはインターネットへの接続が必要です。
・ 予期せぬバグ・不具合がある可能性があります。お気づきの点は
[email protected] までご連絡ください。バグ・不具合は見つかり次第、
随時対応していきます。
これまでのバージョンでの変更点
2016年 5月版での変更
・ v3.5 対応版になりました。
2015年 6月版での変更
・ v3.0 対応版になりました。
2015年 1月版での変更
・ v2.1対応版になりました
2014年 4月版での変更点
・ v2.0対応版になりました
2013年 8月版での変更点
・ GenAlignerのバージョンを確認し、必要に応じて GenAlignerのアンインストー
ル・インストールを行う点を追記しました。
3
2013年 7月版での変更点
・ 新しいバージョンの SureCallをインストールする際に、Clientのみをアンインストールし、
新しいバージョンの Clientをインストールする場合の手順に誤りがありましたので訂正し
ました。
・ Clientのみを Uninstall し、新しいバージョンの Clientをインストールする場合にも
SureDesignのアカウント追加が必要な点を追記しました。
4
目次
1. SureCall を初めてインストールする際の手順 .................................................... 6
Step1. インストールの準備 ................................................................................... 7
Step 2. SureCallのインストール：ひとつの PCに Client と Serverの両方をインスト
ールする場合 ........................................................................................................... 11
Step 3. SureCallのインストール：さらに他のコンピュータにクライアントソフトウェアを
インストールする場合 ................................................................................................ 25
Step 4. SureCall 3.5 client ソフトウェアの起動 .................................................... 28
Step 5. SureCall へのログイン ........................................................................... 29
Step 6. ソフトウェアライセンスの入力 .................................................................. 30
Step 7. ユーザーの追加とロールの設定 ............................................................ 31
Step 8. SureDesign登録情報の追加 ............................................................... 32
Step 9. ダウンロードされたデータの確認 ............................................................. 35
2. シーケンスアライメントツール (GenAligners 3.0) のインストール ...................... 37
Step1. インストールの準備 ................................................................................. 38
Step 2. Alignment ツール GenAligners のインストール ..................................... 39
3. ソフトウェアのアップデートを行う (SureCall v3.0 以降のバージョンにのみ対応) 42
インストール済みの SureCall を新しいバージョンにアップグレードする際の手順 ........ 45
1. 前のバージョンの SureCallが存在し、データを保ったままアップグレードする場
合 (推奨) ................................................................................................................. 46
Server と Client がひとつの PCにインストールされている場合のアップグレード 47
初めて SureCall を
インストールする p2 から
インストール済み
SureCallを Updateする p31 から
SureCall を
アンインストールする
p43 から
5
Alignment ツール GenAligners のアップデート .............................................. 54
Client コンピュータの SureCall のアップグレード .............................................. 58
2. 前のバージョンの SureCall を完全にアンインストールしてから新しいバージョン
をインストールする場合 ............................................................................................. 64
SireCall のアンインストール手順 ..................................................................... 65
クライアントソフトウェアのみのアンインストール ................................................. 66
SureCall を完全にアンインストールする方法 .................................................... 70
6
1. SureCall を初めてインストールする際の手順
SureCall でアライメント機能を利用するためには、SureCall そのもののインストー
ルに加えて、シーケンスアライメントツールのインストールが必要です。
アライメント機能を利用せずに、アライメント済み BAM ファイルを読み込んで利用す
る場合には、SureCallのみのインストールで使用できます。
1. SureCall を初めてインストールする際の手順 6
Step1. インストールの準備 7
Step 2. SureCallのインストール：ひとつの PCに Client と Serverの両方をインスト
ールする場合 11
Step 3. SureCallのインストール：さらに他のコンピュータにクライアントソフトウェアを
インストールする場合 25
Step 4. SureCall 3.5 client ソフトウェアの起動 28
Step 5. SureCall へのログイン 29
Step 6. ソフトウェアライセンスの入力 30
Step 7. ユーザーの追加とロールの設定 31
Step 8. SureDesign登録情報の追加 32
Step 9. ダウンロードされたデータの確認 35
2. シーケンスアライメントツール (GenAligners 3.0) のインストール 37
Step1. インストールの準備 38
Step 2. Alignment ツール GenAligners のインストール 39
7
Step1. インストールの準備
a. インストーラーのダウンロード
http://www.agilent.com/genomics/surecall_soft にアクセスします。
Countryの選択画面が表示された場合は、Japanを選択してください。
1. 赤枠内の Download Software をクリックします。
2. 赤枠内の Download をクリックします。
3. SureCall (Windows用), Sequence Aligners (Windows用),
Demo dataのすべてをダウンロードします。
8
OneSeq の解析をされる場合は、OneSeq の sample data もダウンロードしま
す。
保存を選択後、保存先を指定し、Saveをクリックします。
(この時点ではインストールを開始しないでください。)
9
b . システム要件
下記をご参照ください。
SureCallは英語版 OSでのみ動作確認を行っております。
英語版 OSをお使いください。
インストールの際に genome reference data と annotation data をダウンロードす
るため、500 MB 以上のファイルをダウンロードできない場合は SureCall のインスト
ールができません。
500MB 以上のファイルをダウンロードできる環境でインストールをして下さい。
c. アカウント設定
1. ユーザーアカウント権限の設定
• SureCall v3.5 をインストールするときに使用するユーザーアカウントが、イン
ストールする PC での administrator 権限をもつようにします。コンピュータを
そのアカウントで使用するときに必要なパスワード設定もしておきます。パスワ
ードが設定されていないと、インストール後に SureCall v3.5 を起動すること
ができませんのでご注意ください。
• SureCall v3.5 を使用する全てのユーザーアカウントが、SureCall v3.5のクラ
イアントをインストールした PC に対して read/write 権限をもつようにしま
す。
10
• SureCall v3.5 を使用する全てのユーザーアカウントが、SureCall v3.5のデ
ータベースサーバをインストールしたコンピュータの、SureCallをインストール
したフォルダに対して read/write権限をもつようにします。
2. ユーザーアカウント制御の設定
ユーザーアカウント制御の設定を”Never Notify” に変更して下さい。
1. Control panel を開きます。
2. 「User accounts」をクリックします。
3. 「Change User Account Control settings」をクリックします。
4. 「Never Notify」に設定します。
5. コンピュータを再起動して下さい。
ユーザーアカウント権限が正しく設定されていないと、SureCall 3.5の
インストールができない、または使用中に問題が生じます。
ユーザーアカウント権限の設定についてご不明な点は、施設のネット
ワーク管理者にお問い合わせ下さい。
11
Step 2. SureCallのインストール：ひとつの PCに Clientと Serverの両方をイ
ンストールする場合
SureCallは PostgreSQL database server と client software で構成されています。
この章では、ひとつの PCに SureCall v3.5 の Client と Server の両方をインスト
ールする場合について説明します。
SureCall Clientを実行するためには、Serverがインストールされている必要があり
ます。Server ソフトウェアは 1 コピーのみインストールされます。SureCall を使用す
るときに使うプログラムが Client となり、Databaseの管理を Serverが行います。
Client と Serverは 1つのコンピュータにインストールする、あるいは他のコンピュー
タに Clientをインストールして使用することもできます。インストールが終了すると、
Serverはバックグラウンドで動作し、共有 Database を管理します。Clientをインスト
ールするコンピュータは Serverのインストールされたコンピュータにネットワークでア
クセスが可能で、ファイルの read/write権限を持つ必要があります。
1. SureCall v3.5 をインストールするWindows システムにログオンします。アドミ
ニストレーター権限をもつユーザーアカウントを使います。
2. Step. 1でダウンロードしたインストーラーの保存場所を確認します。
Agilent SureCall v3.5.XX.exe ファイルをダブルクリックしてインストーラーを起
動します。
Windowsの User Account Control を Default設定にしている場合、下記のメッセー
ジが表示され、コンピュータへの変更を許可するかどうか確認を求められるので Yes
をクリックします。
Note
12
3. インストールウィザードがスタートします。
4. インストールに関する情報が表示されるので、確認します。とくに、RAM、ハード
ディスクの空き容量についての必要条件に注意します。
5. Next をクリックします。
13
6. ライセンスアグリーメントが表示されます。内容を確認し、「I accept the
terms of the License Agreement」を選択し、Next をクリックします。
7. Standaloneの横のアイコンをクリックし、Nextをクリックします。
14
8. PCに Server が存在しないことを示すメッセージが表示されます。
Fresh Install をクリックします。
9. コンピュータに現在ログオンしている人のドメインとユーザーネームが User
Accountの項目に表示されています。SureCall v3.5 ソフトウェアを使用する
Usernameが表示されていることを確認します。 アドミニストレーター権限の
ある Usernameであることが必要です。
入力例
ドメインユーザの場合：DOMAIN¥username
ローカルマシンの場合：MACHINENAME¥username
15
10. インストールする client の SureCall ユーザーを追加する場合は、Add
SureCall Users ?にチェックを入れます。
パスワードを入力する画面が出てきたら、アドミニストレーターアカウントのパスワ
ードを入力します。
ここでユーザーを追加しない場合は、14ページのステップ 16に進んで下さい。
SureCall のアドミニストレーターは SureCall インストール後でもユーザーを追加
することができます。
11. Next をクリックします。
12. Add SureCall users 画面が開きます。
リストにはドメイン、またはご使用の PCにある全てのユーザーが表示されます。
追加したいユーザーにチェックを入れて下さい。
画面上部の検索ボックスにユーザー名を入力すると、ユーザーを検索することが
できます
13. Next をクリックします。
16
14. 追加するユーザーのロールを設定します。
Roles のドロップダウンでロールを選択して下さい。
設定されたロールごとに、各ユーザーが SureCall で行うことができる内容は異
なります。
各ロールの権限について
各ロールで行うことができる機能の詳細については、SureCall のヘルプをご参照く
ださい。
Administrator : 全ての機能を使用できる
Scientist : 解析メソッドの作成、カテゴリーの設定、解析、解析結果の確認ができる
Technician : 解析、解析結果の確認ができる
15. Next をクリックします。
17
16. インターネット環境によっては、プロキシサーバを経由してインターネットに接続す
る必要がある場合があります。その場合は、Configure Proxy Setting 画面で
Proxy サーバの情報を入力します。詳細は、施設のネットワーク管理者にお問
い合わせください。
17. Next をクリックします。
18
18. データダウンロードオプションが表示されます。
デフォルトでは、SureCallのインストールが終了するとすぐに、Amazon クラウド
から必要なリファレンスデータ、アノテーションデータをダウンロードするように設
定されています。
19. Next をクリックします。
19
20. インストール先フォルダ選択画面が表示されます。
デフォルトでは、プログラムは下記フォルダにインストールされます。
C:¥agilent¥Agilent_SureCall_3.5.X.XX (XXはバージョン番号)
別のロケーションにインストールしたい場合には、Program Location フィールド
にインストール先フォルダのパスを記入します。または、Chooseボタンをクリック
することで、インストール先フォルダを選択することも可能です。
デフォルトのロケーションにインストールしたい場合には、このステップでは何も記
入する必要はありません。
Note Windows の権限設定の都合上、C:¥Program Files フォルダーの下に
SureCalｌ のインストールフォルダを設定することは出来ません。
21. Nextをクリックします。
20
22. Common Storage ファイル(SureCallでの解析データなど)の保存先選択画面
が表示されます。
デフォルトでは、common storage ファイルは下記フォルダにインストールされま
す。
C:¥agilent¥Agilent_SureCall_3.5.X.XX¥Server¥CommonStorage (XXはバ
ージョン番号)
別のロケーションにインストールしたい場合には、Change Common Storage
Location チェックボックスにチェックを入れて下さい。入力するフィールドが表示
されたら、ファイルパスを記入します。または、Chooseボタンをクリックすること
で、保存先フォルダを選択することも可能です。
デフォルトのロケーションに保存したい場合には、このステップでは何も記入する
必要はありません。
21
23. ショートカットフォルダの選択画面が表示されます。
デフォルトでは、プログラムのアイコンは Agilent SureCall プログラムグループ
の中にインストールされます。
デスクトップなど、別のロケーションにアイコンを作成する場合には、適切な場所
を選択します。
Note
2人以上のユーザーが同じ PCで SureCaｌｌを使用する場合は、Create
Icons for All Users にチェックを入れます。ここにチェックを入れないと、ほ
かのユーザーからはプログラムのアイコンが見えません。
24. Nextをクリックします。
22
25. Pre-Installation Summary が表示されます。
インストールの設定情報を確認します。フォルダーなどを変更したい場合、Previous ボタン
で該当の画面まで戻って再度設定を行います。
インストールを開始するには、Install をクリックします。
26. インストールの進行状況が表示されます。
10分程度で次の画面に進みます。
23
27. インストールが完了すると、Install Complete 画面に切り替わります。
Done をクリックして、インストールを終了し、データのダウンロードを開始しま
す。
28. Amazon クラウドからのダウンロードが開始されます。
ダウンロードを行っている間、Download スクリーンにダウンロードされたファイ
ルと、インストールの状況が表示されます。
24
Note インターネット接続環境によって、ダウンロードには 15分から数時間程度か
かります。
ダウンロードが終了したら、Closeをクリックしてウィンドウを閉じます。
ダウンロードが完了しなかった、あるいは失敗した場合は 27ページの「ダウンロード
されたデータの確認」を参照して再度ダウンロードを開始します。
25
Step 3. SureCallのインストール：さらに他のコンピュータにクライアントソ
フトウェアをインストールする場合
他のコンピュータで（データベースを共有し）SureCall v3.5 クライアントソフトウェアを
動かす場合、各コンピュータにクライアントソフトウェアをインストールします。
クライアントソフトウェアをインストールするコンピュータについても、システムの要件
は同じです。
Note
SureCall v3.5 クライアントソフトウェアをインストールする前に、サーバーとし
て使用するコンピューターに SureCall サーバーソフトウェアとクライアントソ
フトウェアをインストールして下さい。インストールの方法は xxページを参照
して下さい。
1. SureCall v3.5 を動かしたい各コンピュータで、インストーラを起動します。
2. Choose Install Set 画面で Client を選択し、Next をクリックします。
26
3. Get Server Details 画面が開きます。
Server Name フィールドに、SureCall v3.5 のデータベースサーバをインストー
ルしたコンピュータ名または IPアドレスを入力します。
コンピュータ名を調べるには、 Start > Control Panel > System をクリック
します。
4. システム管理者から他に設定するように指定されていなければ、デフォルトの
Portをそのまま使用します。
5. Next をクリックします。
インストーラが設定されたデータベースへの接続テストを開始します。データベ
ース設定のパラメータが誤っていたり、PostgreSQLデータベースサービスが
動いていない場合、メッセージが表示されます。 その場合もインストールを完
了させてしまってからデータベース設定を変更することも可能ですが、アジレン
トではインストール中に正しいデータベース設定を行うことを推奨しています。
27
そのままインストールウィザードを続けます。P11-をご参照ください。
28
Step 4. SureCall v3.5 client ソフトウェアの起動
SureCall データベースサーバと、クライアントソフトウェアのインストールを完了した
ら、プログラムを起動します。
SureCall v3.5 のアイコンをダブルクリックするか、あるいはWindows スタートメニュ
ーで SureCall v3.5 を選択します。
Windows の User Account Control を Default 設定にしている場合、SureCall を
起動しようとすると下記のメッセージが表示され、コンピュータへの変更を許可するか
どうかの確認を求められるので Yesをクリックします。
Note SureCall v3.5 の起動方法は、インストール段階のショートカットフォルダ選
択でどのような選択をしたかによります。
29
Step 5. SureCall へのログイン
ログイン画面が開き、インストール時に設定したドメイン名とログイン名が表示されま
す。
1. インストールの際に設定した、アドミニストレーター 権限を持つユーザーネームと
ドメインが表示されていることを確認します。ドメインを変更する際は、ドメインの
横の下向き矢印をクリックして変更します。
2. パスワードを入力し、OKをクリックします。
3. いったんログインすると、ユーザーを追加したり、追加したユーザーのロールを設
定することが出来ます。
30
Step 6. ソフトウェアライセンスの入力
初回ログイン後、下のような画面が表示されます。
1. ライセンスファイルを持っていない場合、Request for license をクリックします。
アジレントの SureCall ライセンス請求ページが開きますので、e-mailアドレス
や、お使いのコンピュータの Host Name （上記ボックス内に表示されています）
など、必要な情報を入力します。Submitすると、入力したメールアドレスあてにラ
イセンスファイルが届きます。SureCall がインストールされているコンピュータに
ライセンスファイルを保存します。
2. Browseをクリックして、保存したライセンスファイルを指定し、Openをクリックし
ます。
ライセンスファイルの内容が上記ボックスの text エリアに表示されます。
3. OKをクリックします。
SureCall が開きます。
31
Step 7. ユーザーの追加とロールの設定
他のユーザーが SureCallにログインして、同じ SureCall データベースを使用するた
めには、アドミニストレーターがユーザーを追加し、ロールの設定を行う必要がありま
す。設定されたロールごとに、各ユーザーが SureCallで行える内容は異なります。
ユーザーの追加方法については、英語版インストールガイドをご参照ください。
http://www.chem.agilent.com/Library/usermanuals/Public/G4890-90004.pdf
各ロールの権限について
各ロールで行うことができる機能の詳細については、SureCall のヘルプをご参照く
ださい。
Administrator : 全ての機能を使用できる
Scientist : 解析メソッドの作成、カテゴリーの設定、解析、解析結果の確認ができる
Technician : 解析、解析結果の確認ができる
32
Step 8. SureDesign登録情報の追加
SureCall では、SureDesign からダウンロードしたデザインファイルに基づいて解析
を行います。したがって、SureCall での解析を行う前に、SureDesign のアカウント
情報を追加する必要があります。
1. SureCall の Home 画面から SureDesign Setting 画面に移動します。
1. プログラムのウィンドウから、Admin をクリックします。
b. 画面左側から、SureDesign Settings をクリックします。
33
2. SureDesignアカウントのユーザーネーム、パスワードを入力します。
SureDesignではユーザーネームは e-mailアドレスです。
3. ユーザーネーム、パスワードを入力したら、Apply をクリックします。
4. 次に Test Connection をクリックして、SureDesign の登録情報が正しく設定
されたかどうかを確認します。
SureDesign に正しく接続できると、下記のメッセージが表示されます。
SureDesign に接続できなかった場合、下記のメッセージが表示されます。
34
SureDesignに接続できなかった場合は、SureDesign のウェブサイト
www.agilent.com/genomics/suredesign
にアクセスしてログインをお試しください。
こちらでログインできなかった場合には、パスワードをリセットする、または新たなアカ
ウントを登録することが出来ます。リセットしたパスワードあるいは新たなアカウント
で、再度設定してください。
35
Step 9. ダウンロードされたデータの確認
SureCallを最初にインストールした際には、プログラムは自動的に必要なリファレン
スファイル、アノテーションファイルを Amason クラウド、あるいは指定したドライブか
らダウンロードします。（18ページをご参照ください）
SureCallでの解析を始める前に、必要なファイルのダウンロードが完了しているかど
うかを確認します。
1. SureCall のアノテーションダウンロード画面に移動します。
a. プログラムウィンドウの上部の Admin をクリックします。
b. 左側の Annotation Download をクリックします。
2. Refresh Annotation Status をクリックします。
3. メッセージボックスが現れたら Yes を選択して続けます。
プログラムは、ファイルのダウンロードおよびアノテーションの状態を表示します。
36
4. ダウンロード状態を確認します。
• ダウンロードに成功している場合
上図の緑枠の位置に、”All data files downloaded successfully." と表示さ
れます。
個々の Status は Downloaded もしくは Extracted となっています。
• ダウンロードできていないファイルがある場合
ファイル名の横に Not downloaded と表示されます。
その場合は、Start Download をクリックします。
SureCallは不足しているファイルをダウンロードします。
Note
SureCall のインストール時に、リファレンスデータをローカルフォルダや
USB ドライブからダウンロードすることを選択している場合があります。その
場合、Start Downloadをクリックすると、インストール時に選択したフォルダ
からのダウンロードが開始されます。
37
2. シーケンスアライメントツール (GenAligners 3.0) のインストール
アライメントされていないシーケンスファイルを SureCall で解析するためには、アジ
レントが提供する Sequence Alignment Tool をインストールする必要があります。
SureCall は、イルミナのデータのアラインメントに Burrows - Wheeler aligner
(BWA)を使用しています。
このセクションでは、Sequence Alignment Tool のインストールについて説明してい
ます。
Note
V3.0以降、SureCall は Ion Torrent のシーケンスデータのアラインメントを
サポートしておりません。そのため、GenAligners は TMAP aligner を含み
ません。
Ion Torrent のデータを SureCall で解析するには、Torrent Server で
FASTQ ファイルのアラインメントを行った後の BAM ファイルをご使用下さ
い。
Note
Sequence Alignment Tool をアップグレードする場合は、現在の
GenAligners をコントロールパネルよりアンインストールしたのち、最新バー
ジョンの Sequence Alignment Tool をインストールして下さい。
シーケンスアライメントツールのインストールガイド
シーケンスアライメントツールのインストール ----------------------------- p30
Step 1. インストールの準備 p31
Step 2. アライメントツール：GenAlignersのインストール p32
38
Step1. インストールの準備
1. インストーラーをダウンロードします。
http://www.agilent.com/genomics/surecall_soft にアクセスし、Download software
をクリックします。
赤枠内の Download をクリックします。
2. Windows 64-bit Aligners Installer をダウンロードします。
保存先を指定し、Saveをクリックします
39
Step 2. Alignment ツール GenAligners のインストール
1. ダウンロードした GenAligners のインストーラーを保存したフォルダを開きます。
2. GenAligners インストーラーのアイコンをダブルクリックします。
GenAlignersセットアップウィザードが起動します。
3. Next をクリックします。
End-User License Agreementウィンドウが開きます。
40
4. "I accept the terms in the License Agreement." にチェックを入れ、Next をクリ
ックします。
インストール先フォルダ選択画面が開きます。
5. デフォルトでは、GenAlignersは C:¥ProgramFiles¥GenAligners フォルダにイ
ンストールされます。別のロケーションにインストールしたい場合は、パスを直接
記入するか、Change をクリックしてインストール先フォルダを選択します。
6. Next をクリックします。
7. Install をクリックします。
41
インストールの進行状況を表す画面が開きます。
8. インストールが完了すると、GenAligner Setup Wizard 完了の画面が開きま
す。
Finish をクリックしてウィザードを閉じます。
Note
アライメントツールのインストールが完了した後にコンピュータを再起動する
ことを推奨しています。SureCallは自動的にアライメントツールを認識して接
続します。
42
3. ソフトウェアのアップデートを行う (SureCall v3.0 以降のバージョン
にのみ対応)
SureCall 3.0 以降のバージョンであれば、最新バージョンにアップデート可能な場
合、SureCall 起動時に自動的に下図のようなポップアップ画面が表示されます。
この画面からアップデートを行うと、インストーラをダウンロードせずにアップデートす
ることができます。
「Always check for updates upon opening SureCall」にチェックを入れておくと、アッ
プデートがあった時にポップアップ画面が出るようになります。
※ このポップアップ画面から v3.5 へのアップデートはできません。
v3.5へのアップデートは「2. インストール済みの SureCall を新しいバージョンに
Updateする際の手順」をご参照下さい。
43
＊予期しないエラーによるデータの損傷に備え、アップデートの前に Server フォルダ
のバックアップをおすすめ致します。
C:¥Agilent¥Agilent_SureCall_XX¥Server (XXはバージョン番号)
1. ポップアップ画面の「Software update」にチェックを入れます。チェックを入れると、
Download ボタンをクリックできるようになります
2. Download ボタンをクリックします。
アップデートファイルをダウンロードすることを確認するメッセージが表示されま
す。
3. OK をクリックするとダウンロードが始まります。
ダウンロードが始まると、進行状況を表すメッセージが出てきます。
アップデートファイルをダウンロードしている間は SureCall を使用できません。
4. ダウンロードが完了すると、完了したことを表すメッセージが表示され、5秒後に
ソフトウェアを閉じます。
OK をクリックするとこの画面をスキップします。
5. ソフトウェアがアップデートされたことを表すダイアログボックスが表示されます。
OK をクリックすると SureCall が起動します。
44
6. ログイン後、ソフトウェアアップデートが完了したことを表すメッセージが表示され
ます。
OK をクリックします。
※ 「Always check for updates upon opening SureCall」 のチェックを一度外して
も、再度、アップデートがある場合にポップアップ画面を表示するように設定する
ことができます。
1. Admin タブをクリックします。
2. Annotation Download をクリックします。
3. Always check for updates upon opening SureCall にチェックを入れま
す。
45
インストール済みの SureCall を新しいバージョンにアップグレードする際の
手順
インストール済みの SureCallについて、新しいバージョンをインストールする際に、2
つの方法があります。
1. 前のバージョンの SureCallが存在し、データを保ったままアップデートする場合
（推奨）
この方法は、それまでのバージョンの SureCallで解析した結果を保持したまま、新し
いバージョンの SureCall をインストールする方法です（推奨）。 38ページからの「前
のバージョンの SureCallが存在し、データを保ったまま Updateする方法」を参照し
てください。
2, 前のバージョンの SureCallを完全にアンインストールしてから新しいバージョン
をインストールする場合
この方法は、それまでのバージョンの SureCallで解析した結果を削除して、新しく
SureCall をインストールする方法です。SureCallが生成したファイルのうち、BAM フ
ァイルは解析に使用した FASTQ ファイルが入っているフォルダに残りますが、変異
検出結果などのデータは削除されます。 xxページからの、「前のバージョンの
SureCallを完全にアンインストールしてから新しいバージョンをインストールする方
法」を参照してください。
46
1. 前のバージョンの SureCallが存在し、データを保ったままアップグレード
する場合 (推奨)
Server と Client がひとつの PCにインストールされている場合のアップグレード
・・・p47
Client コンピュータの SureCall のアップグレード ・・・p58
47
Server と Client がひとつの PCにインストールされている場合のアップグレ
ード
SureCall Clientをアップグレードすると、古いバージョンの Serverでは使うことがで
きません。v3.5へのアップグレードの際には、必ず Serverのアップグレートも必要
になります。
Note
ここでは、v2.1 または v3.0 から v3.5 へのアップデート方法を紹介します。
V1.0、v1.1、v2.0 をご使用の場合は、直接 v3.5へのアップデートができま
せんので、お問い合わせ下さい。
Note アップグレード操作を開始する前にコンピュータを再起動して下さい。
＊予期しないエラーによるデータの損傷に備え、アップデートの前に Server フォルダ
のバックアップをおすすめ致します。
C:¥Agilent¥Agilent_SureCall_XX¥Server (XXはバージョン番号)
インストーラを起動すると、その PCに SureCall Clientがインストールされているか
どうかを自動検出します。
いずれかのバージョンの SureCall Clientがインストールされている場合、アンイン
ストーラーが起動して、Clientのアンインストールをするように指示が出ます。
1. すべてのユーザーが SureCallからログオフしていることを確認します。
2. アジレントのウェブサイトから、新しいバージョンのソフトウェアをダウンロードしま
す。3ページおよび 4ページをご参照ください。
3. Agilent SureCall 3.5.XX.exe (XXはバージョン番号）をダブルクリックすると、イ
ンストーラーウィザードが起動します。
48
4. Introductionが表示されます。
RAMやハードディスク容量の要件をご確認ください。
5. Next をクリックします。
6. 下記の「ソフトウェアアップグレードを続けると、現在行われている解析は中止さ
れます」という警告のメッセージが表示されます。
SureCallで解析を行っている場合は、No をクリックして下さい。解析を行ってい
ない場合は Yes をクリックし、アップグレードを進めて下さい。
49
7. 前のバージョンの SureCallがインストールされていると、自動的に検出され、前
のバージョンの SureCall Client をアンインストールするようにというメッセージが
表示されます。 OKをクリックします。
8. アップグレード操作を始める前にコンピュータの再起動をしていない場合は、下記
のメッセージが表示されます。
Surecall client のアンインストールを始める前にコンピュータを再起動することを
推奨致しますので、ここで再起動し、再度 step 1から始めて下さい。
アンインストールを続ける場合は、Continue をクリックして下さい。
50
9. アンインストールのイントロダクション画面が表示されます。
Uninstall をクリックして下さい。
10. アンインストールのオプションを選択します。データを保持するためには、
Uninstall Specific Features を選択して Nextをクリックします。この段階で、
Complete Uninstallを選択すると、Sever もアンインストールされてデータが消
去されてしまいますので、必ず Uninstall Specific Features を選択してください。
51
11. アンインストールするコンポーネントとして、Clientにチェックを入れます。ここで
Serverにチェックを入れると Server もアンインストールされてデータが消去され
ますので、Serverにはチェックを入れないようご注意ください。選択したら
Uninstallをクリックします。
12. 確認画面が表示されます。Client をアンインストールしようとしていることを確認
したら、Yesをクリックします。アンインストールが実行され、終了すると SureCall
v3.5のインストーラ画面に戻り、インストールが続行されます。
52
13. License Agreement が表示されます。
I accept the terms of the License Agreement を選択し、Next をクリックして下
さい。(Previous をクリックすると前の画面に戻ることができます。)
14. Choose Install Setページで Standalone を選択します。
53
15. Next をクリックします。
インストーラーは有効なサーバーを探し、サーバーとの接続を確立しようとします。
サーバーと接続されると次のメッセージが表示されます。
16. OKをクリックします。
以降は「ひとつの PCに Client と Serverの両方をインストールする場合」のステ
ップ 9（p11）からと同じ手順でインストールします。
17. SureCallを起動します。21ページの "Step 4 SureCall の起動" を参照してく
ださい。
18. ログインし ます。22ページの ”Step 5 SureCall へのログイン”を参照してくださ
い。
19. ライセンス情報を更新します。 23ページの"Step 6 ソフトウェアライセンスの入
力" を参照してください。 以前のバージョンで取得した同じライセンスを使用で
きます。
20. SureDesignの登録情報を入力します。25ページの"Step 8 SureDesign登録
情報の追加"を参照してください。
21. GenAlignerのバージョンを確認します。
最新のバージョンの GenAligner v3.0 を使用することをお勧めします。
SureCall v3.5 へのアップグレードの際は、次ページより記載の方法で
GenAligners のアップグレードも行ってください。
54
Alignment ツール GenAligners のアップデート
Windowsのコントロールパネルの「プログラムのアンインストール」機能で
GenAlignersをアンインストールしたのちに、新しいバージョンの GenAlignerをイン
ストールします。
GenAligners のアンインストール
GenAligners version 2.0 は SureCall v3.5 に対応しておりません。GenAligners
2.0 がインストールされている場合、GenAligners 2.0 をアンインストールしたのちに
GenAligners 3.0 をインストールして下さい。バージョンの確認は GenAligner がイ
ンストールされているフォルダ(デフォルトでは C:¥Program Files¥GenAligners) を
開き、version.txt ファイルを開いて下さい。
アンインストールはコントロールパネルより行ってください。
2. Control panel > Uninstall a program で GenAligners を選び、現在インストー
ルされている GenAligners をアンインストールをします。
2. ダウンロードした GenAlignersのインストーラーを保存したフォルダを開きます。
3. GenAligners インストーラーのアイコンをダブルクリックします。
GenAlignersセットアップウィザードが起動します。
55
4. Next をクリックします。
End-User License Agreementウィンドウが開きます。
5. "I accept the terms in the License Agreement." にチェックを入れ、Next をクリ
ックします。
インストール先フォルダ選択画面が開きます。
6. デフォルトでは、GenAligners は C:¥ProgramFiles¥GenAligners フォルダにイ
ンストールされます。別のロケーションにインストールしたい場合は、パスを直接
記入するか、Change をクリックしてインストール先フォルダを選択します。
7. Next をクリックします。
56
8. Install をクリックします
インストールの進行状況を表す画面が開きます。
9. インストールが完了すると、GenAligner Setup Wizard 完了の画面が開きま
す。
Finish をクリックしてウィザードを閉じます。
57
Note
アライメントツールのインストールが完了した後にコンピュータを
再起動することを推奨しています。SureCallは自動的にアライメ
ントツールを認識して接続します。
58
Client コンピュータの SureCall のアップグレード
ここでは、Client ソフトウェアのみ(データベースサーバは他のコンピュータにある)で
使用している場合のアップグレードの方法を説明します。
Note
Client ソフトウェアを v3.5 にアップグレードする前に、Server とし
て使用するコンピュータのソフトウェアを v3.5 にアップグレードして
下さい。
p.xxのサーバーとクライアントの両方をインストールする場合をご参
照下さい。
Note アップグレード操作を始める前に、コンピュータの再起動をして下
さい。
1. アジレントのウェブサイトから、新しいバージョンのソフトウェアをダウンロードしま
す。3ページおよび 4ページをご参照ください。
2. Agilent SureCall 3.5.XX.exe (XXはバージョン番号）をダブルクリックすると、イ
ンストーラーウィザードが起動します。
3. インストールに関する情報が表示されるので、確認します。とくに、RAM、ハード
ディスクの空き容量についての必要条件に注意します。
4. Next をクリックします。
59
5. .前のバージョンの SureCallがインストールされていると、自動的に検出され、前
のバージョンの SureCall Client をアンインストールするようにというメッセージが
表示されます。 OKをクリックします。
60
6. アップグレード操作を始める前にコンピュータの再起動をしていない場合は、下
記のメッセージが表示されます。
Surecall client のアンインストールを始める前にコンピュータを再起動することを
推奨しますので、ここで再起動し、再度 step1 から始めて下さい。
アンインストールを続ける場合は、Continue をクリックして下さい。
7. アンインストールのイントロダクション画面が表示されます。
Uninstall をクリックして下さい。
61
8. 確認画面が表示されます。Clientをアンインストールしようとしていることを確認
したら、Yesをクリックします。アンインストールが実行され、終了すると SureCall
v3.5のインストーラ画面に戻り、インストールが続行されます。
9. License Agreement が表示されます。
License Agreement を読んだのち、I accept the terms of the License
Agreement を選択し、Next をクリックして下さい。(Previous をクリックすると前
の画面に戻ることができます。)
62
10. Choose Install Setページで Client を選択します。
11. Get Server details 画面が開きます。
Server Name には SureCall v3.5 データベースサーバーがインストールされて
いるコンピュータのコンピュータ名か IPアドレスを記入して下さい。
(コンピュータ名は スタート > コントロールパネル > システムから調べることが
できます。)
63
12. システム管理者が指定しない場合は、Port はデフォルトのまま使用して下さい。
13. Next をクリックして下さい。
Note
データベースパラメータが間違っている場合は、PostgreSQL デ
ータベースサービスが動作せず、その旨を表すメッセージが表示
されます。
そのままインストールを続け、クライアントソフトウェアを立ち上げる時にデー
タベースパラメータを変更することもできますが、インストール時に正しいデ
ータベース情報を入力しておくことを推奨します。
14. そのままインストールウィザードを続けます。P10-をご参照ください。
64
2. 前のバージョンの SureCall を完全にアンインストールしてから新しい
バージョンをインストールする場合
Caution
SureCallを完全にアンインストールすると、データベース、デー
タベースに含まれるデータ、レファレンスゲノムを含むすべての
レファレンスデータはすべて削除されます。新しいバージョンで
データを引き継ぐことはできませんので、ご注意ください。
1. すべてのユーザーが SureCallからログオフしていることを確認します。
2. （オプション）SureCall サーバープログラムフォルダーに保存されているデータを
バックアップします。
C:¥Agilent¥Agilent_SureCall_XX¥Server¥CommonStroage
(XXはバージョン番号)
3. 各クライアントがインストールされたコンピュータから、古いバージョンのクライア
ントをアンインストールします。詳しくは、57ページの ”クライアントソフトウェアの
アンインストール"をご参照ください。
4. SureCall クライアント/サーバーソフトウェアをサーバーコンピュータからアンイン
ストールします。61ページの "SureCallを完全にアンインストールする方法" を
参照してください。
5. アジレントのウェブサイトから、新しいバージョンのソフトウェアをダウンロードしま
す。
6. SureCall サーバー/クライアント ソフトウェアをサーバーコンピュータにインスト
ールします。8ページの"Step 2 ひとつの PCにクライアントとサーバーの両方
をインストールする場合"を参照してください。
7. SureCall クライアントソフトウェアを、必要に応じてインストールします。古いバ
ージョンのクライアントソフトウェアがアンインストールされていることを確認してか
らインストールします。
8. SureCall ソフトウェアを起動します。 21ページの"Step 4 SureCallの起動"を
参照してください。
9. ログインします。22ページの"Step 5. SureCallへのログイン" を参照してくださ
い。
10. ライセンス情報を入力します。23ページの"Step 6 ソフトウェアライセンスの入
力"を参照してください。以前のバージョンで取得したライセンスを使用することが
できます。
65
SireCall のアンインストール手順
クライアントソフトウェアのみのアンインストール ----------------- p66
SureCall を完全にアンインストールする ------------------- p70
66
クライアントソフトウェアのみのアンインストール
アンインストールには、SureCallがインストールされているフォルダに入っている
"Uninstall Agilent SureCall XX"フォルダ内の "Uninstall Agilent SureCall
XX.exe ” ファイルを使います。 (XXはバージョン番号）
"Uninstall Agilent SureCall xx"フォルダ内の "Uninstall Agilent SureCall
xx.exe ”を立ち上げます。 アンインストーラーが起動します。
インストールされているフォルダが不明の場合、スタートメニューあるいはデスクトップ
上の SureCallショートカットアイコンを右クリックし、プロパティの中で確認することが
できます。
インストール状況により、アンインストーラーでの表示内容が異なります。
a. Server と Client の両方をインストールしている場合
Note アンインストール操作を始める前に、コンピュータの再起動をし
て下さい。
a. 表示される情報を確認し、Next をクリックします。
67
b. アンインストールのオプションが表示されます。
Uninstall Specific Features を選択し、Nextをクリックします。
3. 確認メッセージが表示されたら、Yesをクリックして続行します。
Choose Product Features 画面が開きます。
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d. Choose Product Features画面で、 Client にチェックを入れます。
Clientにだけチェックを入れると、クライアントプログラムだけがコンピュータ
から削除されます。クライアントプログラムフォルダ、データフォルダは削除さ
れません。
Caution サーバ・データベースを含めて完全にアンインストールしたい場
合を除いて、Server は選択しないでください。
e. Uninstall をクリックします。
f. アンインストールが終了したら Done をクリックします。
b. クライアントのみをインストールしている場合
a. アンインストーラーが起動したら、Uninstall をクリックします。
69
b. クライアントのアンインストールを行う確認メッセージが出るので Yesをクリッ
クします。
c. アンインストールが完了したら Done をクリックします。
70
SureCall を完全にアンインストールする
アンインストールプログラムを使うと、SureCallのクライアント、サーバー、
PostgreSQLプログラムを簡単にアンインストールすることが出来ます。
Caution
SureCallを完全にアンインストールすると、データベース、デー
タベースに含まれるデータ、レファレンスゲノムを含むすべての
レファレンスデータはすべて削除されます。データベースのバッ
クアップを行うか、SureCallが不要になったとき以外は完全な
アンインストールを行わないでください。
1. "Uninstall Agilent SureCall xx"フォルダ内の "Uninstall Agilent
SureCall .xx.exe ”を立ち上げます。 アンインストーラーが起動します。
2. 表示される情報を確認し、Next をクリックします。
3. 注意書きが表示されるので、内容を確認します。ここでは、アンインストールが始
まったら途中で止めないように注意しています。確認したら Next をクリックしま
す。
アンインストールのオプションが表示されます。
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4. Complete Uninstall を選択して Next をクリックします。
5. アンインストールが完了したら Done をクリックします。
SureCall クライアントプログラム、サーバープログラム、データベース、
PostgreSQLプログラムはコンピュータから完全に削除されました。インストール
後に作成されたプログラムフォルダ、データフォルダは削除されません。
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