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Gene Microarray Clustering System

基因微陣列分群系統

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成員介紹•指導： 張玉盈 教授•主講人：丁 顥 •組員： B943040014 陳廷修 B943040016 郭泓誠

B943040040 丁 顥

B943040043 衛彤軒

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•緒論•系統架構

– 簡介– 原理與演算法– 流程

•結語– 圖形化介面成果– 未來展望與心得

• DEMO TIME 、 Q&A

摘要

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緒論 近年來基因資訊科技的迅速發展讓生命科學衍生的相關產業成為最具發展潛力的明日之星，它廣泛的應用潛力，對醫藥、農業、食品、能源、環保等許多產業皆產生巨大的影響與衝擊。

pCluster+

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系統簡介• 基因微陣列分群系統？

– 貢獻：幫助生物學家統整出生物遺傳基因以利分析• 專題系統核心

– 〔 H. Wang, W. Wang, J. Yang, and P. Yu,Clustering by Pattern Similarity in Large

Data Sets. In ACM SIGMOD, 2002. 〕– 〔李建億 ,黃乙展 ,吳崢榕 ,New pCluster+ & Incrememtal pCluster 〕– Java ： Write once, run everywhere!

• MicroArray(微陣列 )?• Clustering(分群 ) ？

– 歐幾里德距離、餘弦距離 – pCluster+ 、 Complete link 、 Group average

0

2

4

6

8

10

12

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a b c d e

G1G2G3G4G5G6G7G8

6

pCluster+ 分群技術

原理：相似起伏區塊的集合

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原理與演算法MicroArray Difference Sort Clustering

計算差值

依差值大小來排序

C1 C2

O1 3 6

O2 4 7

O3 3 9

O4 5 10

O5 4 2

O6 8 5

O7 5 8

O1 -3

O2 -3

O3 -6

O4 -5

O5 2

O6 3

O7 -3

O3 -6

O4 -5

O1 -3

O2 -3

O7 -3

O5 2

O6 3

O3 -6

O4 -5

O1 -3

O2 -3

O7 -3

O5 2

O6 3

誤差值<

=1

來分群

Step1: 建立 MDSc

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原理與演算法Step 2: 刪去不符合條件的 MDS (MDS Pruning)

firstValue secondValue

C0 C1 O0 O1 O2 O3 O5

0 1 1 1 1 1 1

Object’s countMDS_num = 1

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原理與演算法

(O0 O1) -> (C0 C1 C2)

(O0 O2) -> (C0 C1 C2)

(O1 O2) -> (C0 C1 C2)

pCluster{ (O0 O1 O2)->( C0 C1 C2) }

(O0 O1 O2) -> (C0 C1 C2)

Step 3: 判斷是否繼續產生 MDSo & 合併 MDSo

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專題流程

瞭解並熟練基因微陣列分群系統的演算法

利用 Java撰寫其演算法

利用 AWT與 Swing創造圖形化介面

Test＆ Debug

設計 pCluster+架構

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圖形化介面前後

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心得與未來展望• 組織策劃能力

• 科技始終來自於人性

• 提升效率、準確性、實用性

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DEMO 、Q&A