Informa ní zdroje pro molekulárníbiologii

Databáze

Tvorba rešerší

Cíl praktika

• Shrnout v domosti o IZ v medicín amolekulární biologii

• Uvést konkrétní p íklady databází avysv tlit k emu slouží

• Osv tlit jak se tvo í rešerše• Praktické ukázky

Zdroje informací

• Primární• Sekundární• Terciární

Zdroje v deckých informací

• Odborné asopisy– P inášejí primární informace (p vodní práce)– Jsou recenzované (každá práce projde p ed

otišt ním recenzním ízením– Jsou excerptované (excerptum – výpisek), což

znamená, že jsou vypisovány do databází(sekundární zdroje informací)

Informa ní zdroje

• Odborné asopisy– Impact factor vyjad uje s jakou frekvencí byl

citován pr rný lánek z daného asopisuhem ur itého roku. IF se po ítá vyd lením

po tu citací daného asopisu za dva rokypo tem lánk , které byly za dané obdobívytisknuty v tomto asopise.

Databáze

• On-line služby a databáze– public domain– komer ní produkty

DatabázeDatabáze

•• databázedatabáze = soubor dat uložených v pam ti po íta e• ístup k dat m, jejich správu a komunikaci uživatele

se systémem zajiš uje program pro správu databáze• databáze mohou být poskytovány dv ma zp soby:

• prost ednictvím po íta ových sítí (Internet) =onon--line režimline režim

• prodávají se na p enosných nosi ích (CD ROM, DVD) =offoff--line režimline režim (existují také v sí ových verzích, které

umož ují zp ístupnit databáze v lokálních sítích)

•• bibliografické databázebibliografické databáze• obsahují bibliografické záznamy p vodních dokumentbibliografické záznamy p vodních dokument

zpracované v elektronické podob , které jsou obvykle dopln nyabstrakty a klí ovými slovy popisujícími obsah dokumentu, plný

text je nutno následn získat

•• faktografické databázefaktografické databáze• obsahují konkrétní údaje, které mají textový, numerický,

ípadn kombinovaný charakter, není nutné vyhledávat primárnípramen (tabulky, adresá e, rejst íky...)

•• plnotextovéplnotextové databázedatabáze• obsahují plné texty (full text) p vodních dokument (kompletní

zn ní novin, zpravodajských text , lánk z asopis a sborník zkonferencí, právních dokument )

Databáze podle struktury záznamDatabáze podle struktury záznam

Databáze podle oborového zam eníDatabáze podle oborového zam ení

•• databáze polytematické (databáze polytematické (multioborovémultioborové))• obsahují data z nejr zn jších oblastí v dy a

techniky (databáze se obvykle skládá z n kolikasamostatných oborov zam ených bází dat)

Web of Science, ProQuest, EBSCO, eská národníbibliografie...

•• databáze oborov specializovanédatabáze oborov specializované• obsahují data z ur itého v dního oboru

AGRIS, CAB Abstracts, SEPI...

DATABÁZE NA MUDATABÁZE NA MU

CHARAKTERISTIKACHARAKTERISTIKAVYBRANÝCH DATABÁZÍVYBRANÝCH DATABÁZÍ

UKÁZKY P ÍSTUPUUKÁZKY P ÍSTUPUDO DATABÁZÍDO DATABÁZÍ

Polytematické (Polytematické (multioborovémultioborové))databázedatabáze

•• WebWeb ofof KnowledgeKnowledge (Web(Web ofof Science)Science) -cita ní rejst íky (online MU)

•• JournalJournal CitationCitation ReportsReports(impaktované v decké asopisy) (online

MU)

•• ProQuestProQuest 50005000 InternationalInternational (onlineMU)

•• EBSCOEBSCO -- EIFLEIFL DirectDirect (online MU)

WEB OF SCIENCEWEB OF SCIENCE•• cita ní rejst íkycita ní rejst íky == nejvýznamn jší databáze pro v dunejvýznamn jší databáze pro v du

•• ScienceScience CitationCitation IndexIndex ExpandedExpanded(zem lství, biologie, biochemie, matematika, medicína...)

•• SocialSocial SciencesSciences CitationCitation IndexIndex(ekonomie, obchod a finance, právo...)

•• Art &Art & HumanitiesHumanities CitationCitation IndexIndex(literatura, náboženství, historie, um ní...)

•• producentproducent = Institute of Scientific Information (ISI) , Philadelphia, USA

•• MOŽNOSTI VYUŽITÍMOŽNOSTI VYUŽITÍ• vyhledávání v deckých lánk z dané oblasti (zpracování rešerší),zjiš ování ohlasu / citovanosti v decké práce, sledování historie ur itéhoproblému i metody a identifikace aktuálních výzkumných sm , analýzydopadu publikovaného výzkumu, zjiš ování kontakt (p ehled expert v

dané oblasti)

Vstupní stránka ISI - produktyVstupní stránka ISIVstupní stránka ISI -- produktyprodukty

ISI Journal Citation Reports

- p ehled v deckých asopis s uvedením impact faktor

ISIISI JournalJournal CitationCitation ReportsReports

- ehled v deckých asopis s uvedenímehled v deckých asopis s uvedením impactimpact faktorfaktor

IMPACT FACTOR - ukazatel pr rné citovanostiasopis , vypovídá o tom, s jakou frekvencí je pr rný lánek

asopisu v daném roce citován

IMPACT FACTORIMPACT FACTOR - ukazatel pr rné citovanostiukazatel pr rné citovanostiasopisasopis , vypovídá o tom, s jakou frekvencí je pr rný lánek

asopisu v daném roce citován

PROQUEST 5000PROQUEST 5000•• multioborovámultioborová databázedatabáze s denní aktualizací, obsahuje

informace z více než 8.000 titul periodik, z toho vícenež 4.000 titul je zpracováváno formou fulltext

•• OBSAH DATABÁZEOBSAH DATABÁZE•• ABIABI InformInform GlobalGlobal - obchod, reklama, marketing, ekonomie,

finance, právo...

•• AcademicAcademic ResearchResearch LibraryLibrary - v decká a odborná periodika adenní tisk (New York Times, Wall Street Journal...)

•• AccountingAccounting & Tax& Tax - etnictví a dan (periodika a denní tisk)

•• BankingBanking InformationInformation SourceSource - bankovnictví, finance

•• GeneralGeneral Science PlusScience Plus - Wilson's General Science Abstracts index -multioborové zam ení

•• ProQuestProQuest EuropeanEuropean BusinessBusiness - obchod a finance v Evrop

•• SocialSocial Science PlusScience Plus - Wilson's Social Sciences Index -spole enské v dy

Zdroje v databázi ProQuestZdroje v databázi ProQuest

EBSCO (EIFLEBSCO (EIFL DirectDirect))•• multioborovámultioborová databázedatabáze ,, více než 10.000 titul

plnotextových periodik, plnotextové p íru ky

•• OBSAH DATABÁZEOBSAH DATABÁZE

•• AcademicAcademic SearchSearch PremierPremierdecká multidisciplinární databáze vytvo ená pro

akademické instituce - 4.500 titul s fulltexty z oblastispole enských a humanitních v d, vzd lávání, po íta ové v dy,

techniky, lingvistiky, léka ství...

•• BusinessBusiness SourceSource PremierPremiersbírka ekonomických a v deckých asopis - 7.000 titul sfulltexty z oblasti ekonomie, financí, managementu, ú etnictví a

obchodu

•• NewspaperNewspaper SourceSourceístup k plným text m z vybraných amerických novin,

mezinárodních deník , zpráv zpravodajských agentur apod.

Zdroje v databázi EBSCOZdroje v databázi EBSCO

ístup k databázím naístup k databázím nainternetu:internetu:

•• INfozdrojeINfozdroje..czcz(Informa ní zdroje dostupné on-line pro MU

- projekt AiP Praha)

•• http://www.http://www.infozdrojeinfozdroje..czcz//

Informace o databázích na MU a odkazy proístup do jednotlivých databází najdete také

na stránce fakultní knihovny LF ana WWW stránce knihoven MU -

http://library.muni.cz/

http://www.ukb.muni.cz/kuk/

Informace o databázích na MU a odkazy proístup do jednotlivých databází najdete také

na stránce fakultní knihovny LF ana WWW stránce knihoven MUna WWW stránce knihoven MU --

http://http://librarylibrary..munimuni..czcz//

http://www.http://www.ukbukb..munimuni..czcz//kukkuk//

INfozdroje.czINfozdroje.cz

Plnotextové databáze jednotlivých vydavatelství asopis

Celostátní akademická konsorciální licence pro p ístup do 485elektronických asopis (z toho cca 270 plnotextových) vydávaných nakladatelstvímSPRINGER-Verlag prost ednictvím služby LINK. Retrospektiva on-line archiv jeobvykle od roku 1995. Záznamy obsažené v databázi jsou ur ené pouze pro osobnípot ebu uživatel , není povoleno systematické stahovaní a další ší ení jednotlivýchtext .

Služba zp ístup ující více než 1900 odborných recenzovanýchasopis nakladatelství Elsevier Science a od 1.1.2003 plné texty 176 tituldeckých asopis nakladetelství Academic Press, W.B.Saunders, Churchill

Livingstone, Bailliere Tindall a Mosby íve spravované službou IDEAL v etnjejich archiv . Vyhledávání v databázi obsahující více než 40 milion abstrakt a 5,8milionu celých text v deckých lánk . Odkazy na lánky 120 dalších vydavatel .

ístup k obsah m a celým text m lánk více než 600 odbornýchasopis jednoho z nejv tších vydavatelství Blackwell Science.

(Aries Systems Corporation) - obsahuje celé texty z cca 250biomedicínských asopis .

ístup k obsah m a celým text m z 342 vydávaných asopisHighWire Press.

vyhledávací portál s databází celých text cca 1250 asopis .

ingenta.com a catchword.com, umož uje volný p ístup k abstrakt ma placený p ístup k celým text m 5400 online asopis plus 26 000 dalších odbornýchpublikací. Obsahuje databázi cca 13,5 milionu lánk 170 akademických a odbornýchvydavatel .

ístup k celému obsahu 750 vydávaných asopis Kluwer AcademicPublishers.

ístup k celému obsahu 170 vydávaných asopis .

ístup k celému obsahu 370 vydávaných asopis .

ístup k obsah m a celým text m z asopis vydávaných OxfordUniversity Press.

Wiley InterScience je služba nakladatelství John Wiley & Sons,která zp ístup uje plné texty asopis v elektronické podob . P edplatitelé titul odWiley mají možnost p istupovat k t mto asopis m i online. P ístup k obsah m aabstrakt m cca 300 asopis z produkce nakladatelství Wiley je k dispozici i pro GuestUsers. Na jednotlivých fakultách MU je p edplaceno n kolik titul . Archiv od roku 1997.

Chemické obory

Volné vyhledávání v asopisech z oboru chemiea biochemie ( >16 000 000 lánk ) za posledních 5 let.

CHEMnetBASE - Plošný p ístup v rámci grantového projektu MŠMT LI01051 kekolekci chemických referen ních p íru ek nakladatelství CRC/Chapman & Hall:Combined Chemical Dictionary, The Handbook of Chemistry and Physics, Polymers - aProperty Database. Combined Chemical Dictionary je strukturovaná databázeobsahující informace o chemických látkách. Zahrnuje popisná a íselná data ochemických, fyzikálních a biologických vlastnoctech slou enin; názvy slou enin;literární reference; a diagramy se strukturami. Absahuje všechny slou eninypublikované v Dictionary of Organic Compounds (255,000 záznam ), Dictionary ofNatural Products (170,000 záznam ), Dictionary of Inorganic and OrganometallicCompounds (101,000 záznam ), Dictionary of Drugs (40,000+ záznam ) a Dictionaryof Analytical Reagents (14,000 záznam ).

TOXNET - soubor databází zam ených na toxikologii, nebezpe né chemickéslou eniny a p íbuzné oblasti

CrossFireplusReactions - CrossFire: chemický strukturní a reak ní databázovýsystém, je kompletní informa ní zdroj z oboru chemie. P ístup do databáze jerealizován prost ednictvím klienta. D ležité informace o jeho instalaci najdete nastránkách VŠCHT.

VYHLEDÁVÁNÍVYHLEDÁVÁNÍV DATABÁZÍCHV DATABÁZÍCH

STRATEGIE VYHLEDÁVÁNÍSTRATEGIE VYHLEDÁVÁNÍ

JAK PRACOVAT SJAK PRACOVAT SVYHLEDANÝMI INFORMACEMIVYHLEDANÝMI INFORMACEMI

VYHLEDÁVÁNÍ V DATABÁZÍCHVYHLEDÁVÁNÍ V DATABÁZÍCH

• Firmy zp ístup ující databáze zpravidla nabízejí comožná nejp íjemn jší uživatelské prost edí, možnost

využití nápov dy a manuál pro práci s konkrétnídatabází. Zpravidla lze využít

•• vyhledávání pomocí menuvyhledávání pomocí menu - nabídka výb rujednotlivých inností (vyhledávání, zobrazování astahování záznam ...) v etn obsáhlé nápov dy

•• vyhledávání pomocí vyhledávacího formulá evyhledávání pomocí vyhledávacího formulá e - dotazse zadává do jednotlivých polí (klí ová slova, autor, rokvydání, výrazy tezauru...)

•• VÝSLEDKY VYHLEDÁVÁNÍVÝSLEDKY VYHLEDÁVÁNÍ= bibliografické záznamy dokument (bibliografické

databáze), plné texty dokument (plnotextovédatabáze) nebo konkrétní data, fakta, parametry

(faktografické databáze)

REŠERŠEREŠERŠE -- REŠERŠNÍREŠERŠNÍSTRATEGIESTRATEGIE

•• REŠERŠEREŠERŠE= proces vyhledávání informací o ur ité problematice nazáklad zadaného rešeršního dotazu= výsledný soupis vyhledaných informací (podleperiodicity zpracování rešerše rozlišujeme rešeršejednorázové = retrospektivní a rešerše pr žné =periodické)

•• REŠERŠNÍ STRATEGIEREŠERŠNÍ STRATEGIE = postup práce v databázi odzadání a p esné formulace rešeršního dotazu povyhledání relevantních informací

•• REŠERŠNÍ DOTAZREŠERŠNÍ DOTAZ = kombinace vyhledávaných termín•• REŠERŠNÍ PROFILREŠERŠNÍ PROFIL = optimáln sestavený rešeršní

dotaz, který lze použít pro opakované vyhledávání vdatabázích

Rešeršní strategieRešeršní strategie -- charakteristikacharakteristika

•• edb žná formulace rešeršního dotazuedb žná formulace rešeršního dotazu = vymezenísledovaného tématu (klí ová slova, p edm továhesla...) a jeho další up esn ní z hlediska asového,jazykového... - p i práci s databázemi je vhodnáznalost odborné terminologie v angli tin !znalost odborné terminologie v angli tin !

•• výb r vhodného informa ního zdrojevýb r vhodného informa ního zdroje / databáze podleoborového zam ení rešeršního dotazu

• vlastní sestavení rešeršního dotazusestavení rešeršního dotazu / v databázíchkombinace vyhledávaných výraz s použitím operátorBooleovy algebry (AND, OR, NOT), proximitníchoperátor (NEAR, WITH) a dalších operátor ( =, *, ?)

•• vyhledání záznamvyhledání záznam ve vybraném zdroji, vyhodnoceníjejich relevance vzhledem k rešeršnímu dotazu

Práce s výsledky vyhledáváníPráce s výsledky vyhledávání-- zobrazení záznam :zobrazení záznam :

• Vyhledané záznamy lze zobrazit v úplném nebov úplném nebozkráceném tvaruzkráceném tvaru

• Lze vybrat pole, která se mají zobrazovatvybrat pole, která se mají zobrazovat (úplnýzáznam, citace, citace + abstrakt, citace + deskriptory,názvy dokument , p edvolená pole zkrácenéhozáznamu)

• Lze zvolit systém t íd ní vyhledaných záznamzvolit systém t íd ní vyhledaných záznam (podlenázvu, autora, roku vydání, zdrojového dokumentu...)

• Lze nastavit, jak se budou zobrazovat výsledkyjednotlivých rešeršních dotaz = historie vyhledáváníhistorie vyhledávání

Základní údaje úplného záznamu dokumentuZákladní údaje úplného záznamu dokumentuv databázích:v databázích:

• Název práce, p íp. p eklad názvu z jazyka originálu doangli tiny

• Jméno autora - autor díla•• Adresa autoraAdresa autora - autor• Zdroj = citace p vodního dokumentu• Rok vydání• Jazyk textu•• AbstraktAbstrakt = stru né vyjád ení obsahu práce•• DeskriptoryDeskriptory = výrazy používaného selek ního jazyka v

databázi (r zné druhy deskriptor )• Kódy používané v databázi a jejich slovní vyjád ení• Typ publikace• ISSN = mezinárodní íslo seriálu• ír stkové íslo záznamu v databázi

Výb r relevantních záznam , vytvo eníVýb r relevantních záznam , vytvo enívlastního rešeršního profilu:vlastního rešeršního profilu:

• i prohlížení výsledk vyhledávání lze ozna it vybranéozna it vybranézáznamyzáznamy, které odpovídají zadanému rešeršnímudotazu, tyto záznamy poté vytisknout, uložit na diskvytisknout, uložit na disknebo poslat mailemnebo poslat mailem

• Jednotlivé rešeršní dotazyrešeršní dotazy uložené v historii vyhledávánílzelze i práci s databází dále upravovatdále upravovat - vybraný dotaz

epsat, vymazat nebo kombinovat navzájem r znédotazy prost ednictvím operátor AND a OR

• Upravenou historii vyhledávání lze uložit jako SDI =SDI =rešeršní profil uživatelerešeršní profil uživatele , který lze využít p i další práci sdanou databází nebo jinými databázemi

• Uložené SDI lze využít p i novém vyhledávání, p ípadnje dále editovat, nastavit dobu jejich platnosti, vymazatapod.

Ukázka práceUkázka prácev konkrétní databáziv konkrétní databázi

Databáze ProQuestDatabáze ProQuest

Vstupní stránka databáze ProQuestVstupní stránka databáze ProQuest

ipojení k databázi ProQuest ze stránkyINfozdroje.cz

ipojení k databázi ProQuest ze stránkyINfozdroje.cz

Vstupní obrazovka pro práci v databázi ProQuestvýb r databáze

Vstupní obrazovka pro práci v databázi ProQuestvýb r databáze

vybrané databáze lze ozna itzaškrtnutím nebo kliknutím na název

vybrané databáze lze ozna itzaškrtnutím nebo kliknutím na název

Metody vyhledávání v databázi ProQuest

Basic Search = základní vyhledávání

Metody vyhledávání v databázi ProQuest

Basic Search = základní vyhledávání

= zadání klí ového slova, volbadatabáze, asové vymezení,limitování výb ru (plné texty,typ publikace

= zadání klí ového slova, volbadatabáze, asové vymezení,limitování výb ru (plné texty,typ publikace

Search options - možnost specifikacehledisek vyhledávání ( typ publikace,jméno autora, volba vyhledávání vcitaci nebo plném textu lánku… )

Search optionsSearch options - možnost specifikacehledisek vyhledávání ( typ publikace,jméno autora, volba vyhledávání vcitaci nebo plném textu lánku… )

Lze si objednat zasílání novinek na sledované témamailem

Lze si objednat zasílání novinek na sledované témamailem

Advanced Search - pokro ilé vyhledáváníAdvanced Search - pokro ilé vyhledávání

Sestavení rešeršníhodotazu, kombinacevyhledávacích termín

Sestavení rešeršníhodotazu, kombinacevyhledávacích termín

Search options - specifikacehledisek vyhledávání (názevpublikace, její téma,spole nosti, osoby, lokace,klasifika ní kódy, typlánku, typ publikace…)

Search optionsSearch options - specifikacehledisek vyhledávání (názevpublikace, její téma,spole nosti, osoby, lokace,klasifika ní kódy, typlánku, typ publikace…)

Search tips - nápov da pro vyhledávánía tvorbu dotaz v ProQuestu

Search tips - nápov da pro vyhledávánía tvorbu dotaz v ProQuestu

Formulace dotazu v ProQuestuFormulace dotazu v ProQuestuLogické operátoryLogické operátory

•• ANDAND v záznamu (textu) jsou spole oba (všechny)zadané termíny

•• OROR v záznamu (textu) jsou zadané termíny buspole nebo každý zvláš

•• AND NOTAND NOT omezení výb ru o daný termín•• WITHIN, NOT WITHINWITHIN, NOT WITHIN umíst ní a po adí termín ve

, jejich odd lení po tem jiných slov (marketing W/2Czech republic)

•• PRECEDE BYPRECEDE BY dtto (marketing PRE/3 Czech republic)•• WITHIN DOCWITHIN DOC oba termíny kdekoliv ve v

Nápov da Search tipsNápov da Search tips

Variace termín , definice frází....Variace termín , definice frází....

• symbol zkrácení slovazkrácení slova (truncation) ? - nahrazuje et zecznak , vyhledají se termíny se stejným slovnímzákladem (nap .: cat* = category, catabolism)

• symbol nahrazení znakunahrazení znaku (wildcard) * - nahrazujekonkrétní znak (nap .: m?c donald = macdonald imcdonald)

•• závorkyzávorky - pro zp esn ní vztahu mezi vyhledávanýmitermíny ve složit jších dotazech (p i vyhledávání jedotaz vyhodnocován zleva doprava, p ednost má OR

ed AND → možnost úpravy použitím závorek)•• uvozovkyuvozovky- p esná definice frází s 2 a více slovy

Nápov da Search tipsNápov da Search tips

Search by Topic - vyhledávání podle tématuSearch by Topic - vyhledávání podle tématu

Vyhledávání podle všech témat,obor , spole ností, lidí a lokací(m sto, zem )

Vyhledávání podle všech témat,obor , spole ností, lidí a lokací(m sto, zem )

Zadání tématu do vyhledávacíhopole nebo využití vyhledávacíhomenu

Zadání tématu do vyhledávacíhopole nebo využití vyhledávacíhomenu

Publication Search - vyhledávání podle publikacePublication Search - vyhledávání podle publikace

zadání klí ového slova nebo použitíabecedn azeného seznamu publikací

zadání klí ového slova nebo použitíabecedn azeného seznamu publikací

Možnost prohlížení jednotlivých rok aro ník vybraného periodika

Možnost prohlížení jednotlivých rok aro ník vybraného periodika

Výsledky vyhledávání - seznam vyhledaných záznamu každého záznamu je uvedeno ozna ení jeho typu

(fulltext, abstrakt, text + grafika, page image = kopie textu v PDF)

Výsledky vyhledávání - seznam vyhledaných záznamu každého záznamu je uvedeno ozna ení jeho typuu každého záznamu je uvedeno ozna ení jeho typu

(fulltext, abstrakt, text + grafika, page image = kopie textu v PDF)

Vyhledaný záznam - citaceVyhledaný záznam - citace

Dostupné formy lánkuDostupné formy lánkuepnutí na fulltextepnutí na fulltext

Fulltext lánkuFulltext lánku

Page image = naskenovaná kopie lánku v PDFPage image = naskenovaná kopie lánku v PDF

Marked list = vybrané záznamy :lánky lze vytisknout, poslat e-mailem,

exportovat citace do databázovéhosystému, vytvo it webovou stránku sodkazy

MarkedMarked listlist = vybrané záznamy :lánky lze vytisknout, poslat e-mailem,

exportovat citace do databázovéhosystému, vytvo it webovou stránku sodkazy

Další práce s vyhledanými záznamy a zpracovanýmrešeršním profilem:uložení výsledk (záznamy + historie vyhledávání) vpodob webové stránky / html souboru (download, soubor- uložit) nebo jejich odeslání mailem, možnost editovánívýsledk vyhledávání

Další práce s vyhledanými záznamy a zpracovanýmDalší práce s vyhledanými záznamy a zpracovanýmrešeršním profilemrešeršním profilem::uložení výsledk (záznamy + historie vyhledávání) vpodob webové stránky / html souboru (downloaddownload, soubor, soubor-- uložituložit) nebo jejich odeslání mailem, možnost editovánívýsledk vyhledávání

Vybrané záznamyVybrané záznamy

prohledávané publikaceprohledávané publikace

Lze si objednat zasílání novinek na sledované téma mailemLze si objednat zasílání novinek na sledované téma mailem

Struktura lánku

• Abstract• Introduction• Materials• Methods• Results• Discussion• Conclusion• Acknowledgement

CITACECITACE

Pro citovat ?Pro citovat ?

•• dodržování autorské etiky a zákona ododržování autorské etiky a zákona oautorských právechautorských právech

•• orienta ní pom cka pro tená e k získáníorienta ní pom cka pro tená e k získáníkontextukontextu -možnost ov it si nezkreslenost podávanýchúdaj

•• relevantní zdroj sledované tematické oblastirelevantní zdroj sledované tematické oblasti -citace odkazují na dokumenty vztahující se k danéoblasti poznání

•• zdroj pro vytvá ení statistických ukazatelzdroj pro vytvá ení statistických ukazatel(nap . Impact factor = ukazatel pr rné citovanostiasopis , který vypovídá o tom, s jakou frekvencí je

pr rný lánek asopisu v daném roce citován, polo ascitování a polo as citovanosti)

ENDNOTE

Bibliografická citaceBibliografická citace

•• Bibliografická citaceBibliografická citace= souhrn údaj o citované publikaci nebo její= souhrn údaj o citované publikaci nebo její

ásti umož ující její identifikaciásti umož ující její identifikaci

• uvádí se jednak citace pramene, odkud bylainformace p evzata = citace dokumentu, jednak místo,

odkud byl citát brán = stránka citovanéhodokumentu.

Jak zpracovávat bibliografickéJak zpracovávat bibliografickécitace?citace?

3 etapy práce s citacemi

•• vytvo ení bibliografických citacívytvo ení bibliografických citací = citace musípublikaci jednozna identifikovat, aby byla vyhledatelná(nap . v knihovním katalogu, v knihkupectví, v asopisuatd.)

•• vytvo ení a uspo ádání soupisu citacívytvo ení a uspo ádání soupisu citací (seznamupoužité literatury)

•• odkazování v textu na bibliografické citace vodkazování v textu na bibliografické citace vsoupisusoupisu (odkazy na p íslušné publikace v seznamu použitéliteratury uvedené v míst textu, kde je použita myšlenka

íslušného citovaného autora, popis jeho metody neboodvolání na výsledky jeho práce)

Cita ní normyCita ní normy

•• SNSN ISOISO 690 (01 0197)690 (01 0197)"Bibliografické citace"Bibliografické citace -- obsah, forma a struktura"obsah, forma a struktura"

(ISO = Mezinárodní organizace pro normalizaci)

• V norm jsou uvedena schémata a p íklady citací publikovanýchmonografických a seriálových publikacích, kapitol, lánk atd. v

chto publikacích a patentových dokument , stanoví po adí azp sob uvád ní jednotlivých údaj (prvk ) v citaci. Nelze

ji použít pro citace rukopis a jiných nepublikovaných materiál .

•• SN ISOSN ISO 690690--2 (01 0197)2 (01 0197)"Bibliografické citace. ást 2: elektronické dokumenty"Bibliografické citace. ást 2: elektronické dokumenty

nebo jejich ásti".nebo jejich ásti".• Používá se pro citace elektronických dokument

PP ííklady citacklady citacíí::

• SCHUMACHER, G.H. Anatómia pre stomatológov : u ebnica a atlas.2. diel, Krk, chrbát, centrálny nervový systém, hrudník, brucho,panva, kon atiny. Prel. E.R. Meitner. 1. vyd. Bratislava : Osveta,1992. 479 s. Orig. Anatomie für Stomatologen. ISBN 80-217-0435-7.

• CHANDLER, G.. International and national library and informationservices : a review of some recent developments 1970-80. Oxford :Pergamon Press, 1982. xii, 275 s. Recent advances in library andinformation services. ISBN 0-08-025793-3.

• JASPERSEN, F.Z., AYLWARD, A.H., SUMLINSKI, M.A. Trends inprivate investment in developing countries : statistics for 1970-94.Washington (D.C.) : World Bank, c1995. v, 50 s. Discussion paper,no. 28. ISBN 0-8213-3557-X.

• NEUBAUER, K.W., DYER, E.R. (ed.). European library networks.Norwood (N.J.) : Ablex, c1990. vi, 435 s. ISBN 0-89391-157-7.

íklady citací:íklady citací:

• PARKER, T.J. and HASWELL, W.D.. A textbook ofzoology. 5th ed., vol. 1. London : Macmillan, 1930.Section 12, Phyllum Mollusca, p. 663-772.

• THOMPSON, Anthony. Library buildings of Britain andEurope : an international study, with examples mainlyfrom britain and some from Europe and overseas. Part I,Synthesis : the creation of a building. London :Butterworths, 1963, p. 1-59.

íklady citací :íklady citací :

• Hatina, J., Sykes, B. Léka ská genetika : problémy aístupy. 1. vyd. Praha : Academia, 1999. 296 s.. ISBN 80-

200-0700-8.

• Sykes, B. Pozadí moderní genetiky. In Hatina, J., Sykes, B.Léka ská genetika : problémy a p ístupy. 1. vyd. Praha :Academia, 1999, s. 11-17.

• MacGILL, M., RACINE, D.. OCLC : Online Computer LibraryCenter. In ARMS, C. (ed.). Campus strategies for librariesand electronic information. Bedford (Mass.) : Digital Press,1990, p. 36-56.

Citace monografieCitace monografie

ísp vek v monografiiísp vek v monografii

•• lánek v seriálové publikacilánek v seriálové publikaci(periodický sborník, asopis)

• Primární odpov dnost. Názevlánku. Pod ízená odpov dnost. Názevzdrojového dokumentu. Vydání,

lokace ve zdrojovém dokumentu =rok, íslo svazku, lokace ásti (=

rozsah stran od-do).

• = rok, ro ník, íslo asopisu, lokaceásti (= rozsah stran od-do).

lánek ze sborníku * lánek z asopisulánek ze sborníku * lánek z asopisu

íklady citací:íklady citací:

• OLER, D.E., YOKOTA, A., FLIER, J.S. Normal insulin-receptor cDNA sequence in Pima Indians with NIDDM.

Diabetes, 1989, vol. 38, no. 11, p. 1496-1500.• LACH, Josef. JE Temelín a zásobování teplem.

Energetika, 2001, ro . 51, . 3, s. 84-85. ISSN 0375-8842.

• KREN, Lawrence. Shake hands with a robot. MachineDesign, February 2001, vol. 73, no. 3, p. 88-91. ISSN

0024-9114.

• Fiedler, J., Houska, R. and Pavlík, J. The evaluation ofbreeding work in nucleus herds of pigs. Czech J. Anim.Sci., 2001, vol. 46, no. 8, p. 358-362.

• Vácha, F.. Rozvoj akvakultury a ochrana prost edí vevztahu k strukturálním opat ením Evropské unie.Collection of Scientific Papers, Series for Animal Science,2004, vol. 21, no. 2, p. 241-246.

On-line nástroje

• NCBI -http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

• ExPasyhttp://www.expasy.ch/

• EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/embl/

íklady on-line nástroj

• BLAST Basic Local Alignment Search Tool

– http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

• NEB Cutter– http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

• The Restriction Enzyme Database– http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Nejd ležit jší databáze sekvencí nukleových kyselin a protein

EMBL Nucleotide Sequence Database

ü vytvo ena v roce 1980 jako první databanka na sv schra ující nukleotidovésekvence

ü cílem vytvo ení databáze bylo p im t autory ukládat sekvence p ímo v databázinamísto publikování v asopisech, ze kterých byly p vodn získávány (prvních 2427sekvencí bylo p evedeno do databáze z asopis )

ü koncem roku 1998 databáze obsahovala > 2 500 000 sekvencí a > 2,3 miliardy párnukleotidových bázíü Odkaz na sou asný stav

DDBJ The DNA Data Bank of Japan

ü innost zahájila v roce 1984

ü shromaž uje data p edevším z japonských výzkum a úzce spolupracuje s ostatnímidatabázemi

GenBank DNA Sequence Databaseü založena v roce 1992, databázi spravuje NCBI

ü databáze je sestavována z dat zasílaných jednotlivými laborato emi a dat zasílanýchdo mezinárodních databází EMBL a DDBJü v dubnu 1999 databáze obsahovala 2 571 000 000 bazí obsažených v 3 525 000sekvencíchü nové sekvence se do databáze vkládají pomocí speciálního WWW formulá enazvaného BankIt

V sou asné dob si jednotlivé databáze p edávají získaná data, takže databanky GenBank/EMBL/DDBJ prakticky sdílejí stejnádata v jakoukoli dobu.

SWISS-PROT a TrEMBL Protein Sequence Databaseü obsahuje aminokyselinové sekvence proteinü založena na Univerzit v Ženev v roce 1986ü podílela se na vytvo ení sít propojených databází sekvencíü databázi spravuje Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB)ü TrEMBL je dopln k SWISS-PROT a obsahuje automaticky dopl ované p ekladykódujících oblastí z EMBL Nucleotide Sequence Database, které nejsou uloženy vSWISS-PROT

National center for biotechnology information

Praktické ukázky

• http://www.med.muni.cz/patfyz/patfyzc.html• WOS• ExPasy• Springer• Sciencedirect• Rešerše na téma:

– MT a rakovina– Alpha-synuclein a PD– SNP