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Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos en el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red Nacional
de Laboratorios del Programa Nacional de Control de la Tuberculosis, durante el 2020.
Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología - Inciensa-2021
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Centro Nacional de Referencia de
Micobacteriología
Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos en el Centro
Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red
Nacional de Laboratorios del Programa Nacional de Control de la
Tuberculosis, durante el 2020.
Fecha de elaboración: Mayo 2021
Resumen
Para la elaboración de este informe, se analizaron los 359 cultivos recibidos en
el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología (CNRM), durante el 2020,
de parte de 18 laboratorios de la Red Nacional de Laboratorios. Las cepas fueron
cultivadas en Agar Sangre, Bact/Alert, Löwenstein-Jensen y cultivo líquido MGIT,
a partir de muestras enteras de distinta procedencia: muestras respiratorias (en
su gran mayoría de esputo), abscesos o secreciones, biopsias, líquidos estériles
y otros orígenes. El tiempo transcurrido desde la toma de la muestra hasta su
ingreso al Inciensa, fue de 34 ± 17 días para micobacterias del complejo
Mycobacterium tuberculosis y de 28 ± 19 días para micobacterias no
tuberculosas. De los 359 cultivos recibidos, el 15% presentaron crecimiento por
microorganismos distintos a micobacterias (contaminación), lo cual fue
evidenciado en el CNRM a nivel macroscópico (morfología del cultivo o control
de crecimiento en Agar Sangre) o microscópico (Frotis de la cepa y tinción con
Ziehl-Neelsen). Se realizó análisis moleculares para identificación de la cepa a
303 cultivos, de las cuales 200 fueron identificadas como micobacterias del
complejo Mycobacterium tuberculosis, 92 fueron identificadas como
micobacterias no tuberculosas y 11 cultivos fueron negativos por micobacterias.
Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos en el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red Nacional
de Laboratorios del Programa Nacional de Control de la Tuberculosis, durante el 2020.
Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología - Inciensa-2021
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Elaborado por
Dra. María Laura Fernández Montes de Oca
Revisado por
Dr. Carlos Trabado Alpízar
Grupo técnico del CNRM
Dra. María Laura Fernández Montes de Oca
Dra. Sarah Jbara Chacktoura
Dra. Milena Brenes Calvo
Tec. Maureen Aguilar Méndez
Tec. Andrea Madrigal Vargas
Tec. Diana Mendoza Solano
Tec. María Fernanda Villalta Calderón
Dr. Carlos Luis Trabado Alpízar (coordinador)
Tres Ríos, La Unión, Cartago, Costa Rica, 2021
Contactos:
Dra. María Laura Fernández Montes de Oca [email protected]
Dr. Carlos Luis Trabado Alpízar [email protected]
Cita sugerida: Fernández M.L. (2021). Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos
en el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red Nacional de
Laboratorios del Programa Nacional de Control de la Tuberculosis, durante el 2020. La Unión,
Costa Rica. Inciensa 2021. Disponible en: http://inciensa.sa.cr
Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos en el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red Nacional
de Laboratorios del Programa Nacional de Control de la Tuberculosis, durante el 2020.
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Abreviaturas y Definiciones
Abreviaturas
• AS: Medio de cultivo Agar Sangre.
• BAAR: Bacilos Alcohol Ácido Resistentes
• CNRM: Centro Nacional de Referencia en Micobacteriología
• EMB: Etambutol (E).
• H. Anexión: Hospital de la Anexión
• H. Guápiles: Hospital de Guápiles
• HEBB: Hospital Enrique Baltodano Briceño
• HEP: Hospital Escalante Pradilla
• HM: Hospital México
• HMMV: Hospital Manuel Mora Valverde
• HMPJ: Hospital Max Peralta Jiménez
• HMS: Hospital Monseñor Sanabria
• HNN: Hospital Nacional de Niños
• HRACG: Hospital Rafael Ángel Calderón Guardia
• HRBC: Hospital Raúl Blanco Cervantes (Hospital Nacional Geriátrico
Gerontológico)
• HSC: Hospital de San Carlos
• HSJD: Hospital San Juan de Dios
• HSRA: Hospital San Rafael de Alajuela
• HSVito: Hospital de San Vito
• HSVP: Hospital San Vicente de Paul
• HTFC: Hospital Tony Facio Castro
• Inciensa: Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y
Salud
• INH: Isoniazida (I).
• L.LABIN: Laboratorios Labin
• LJ: Löwenstein-Jensen
• MTB: Mycobacterium tuberculosis.
• NTM: Micobacteria no tuberculosa o ambiental
• PSA: Prueba de sensibilidad a antibióticos.
• PZA: Pirazinamida (P).
• RIF: Rifampicina (R).
• USTL: Unidad de servicios técnicos de laboratorio.
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Definiciones
• Cepa: Población o colonias puras de bacterias de una sola especie,
descendientes de una única célula.
• Cepa resistente: Cepa que crece en presencia de un antibiótico.
• Cepa sensible: Cepa que no crece en presencia de un antibiótico.
• Complejo Mycobacterium tuberculosis: Grupo de micobacterias conformado por
las especies M. tuberculosis, M. africanum, M. bovis, M. microti y M. canettii.
• Concentración crítica: Es la concentración del antibiótico en el ensayo, que
permite interpretar un resultado como resistente o sensible.
• Medio de cultivo agar sangre: Facilita el crecimiento de la gran mayoría de las
bacterias Gram-positivas y Gram-negativas así como de hongos (mohos y
levaduras), a partir de una base rica y complementada, ofreciendo óptimas
condiciones de desarrollo para microorganismos no fastidiosos. En este medio no
crecen micobacteria del Complejo Mycobacterium tuberculosis
• Medio de Cultivo BacT/ALERT®: Proporciona un entorno óptimo para la
recuperación de una amplia gama de organismos, incluyendo bacterias, hongos y
micobacterias.
• Medio de cultivo Löwenstein Jensen (LJ): Medio de cultivo para el crecimiento de
micobacterias.
• Micobacteria: Grupo de bacterias actinomicetales, bacilos delgados, alcohol
ácido resistentes.
• Tubo MGIT: Tubo BD BBLTM MGITTM, del inglés Mycobacteria growth indicador
tube. Contiene 7mL de caldo Middlebrook 7H9 modificado, el cual permite el
crecimiento y detección de micobacterias.
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Contenido
1. Introducción ……………………………………………………….………..….6
2. Análisis ………………………………………………………………………....6
2.1 Total de cultivos recibidos en el CNRM ……..…………………....6
2.2 Medios de cultivo utilizados ………………………………………...8
2.3 Tipo de muestras procesadas …………………………….………..8
2.4 Tiempo transcurrido entre la toma de la muestra y su ingreso
al Inciensa…………………………………………………………………10
2.5 Presencia de contaminación en los cultivos recibidos ……..…..13
2.6 Identificación de las cepas recibidas ……………………………..17
3. Conclusiones y recomendaciones .……………………………………:.….19
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1. Introducción
En seguimiento de la normativa nacional, el CNRM recibe de parte de la Red
Nacional de Laboratorios que procesan muestras para el cultivo por micobacterias
(laboratorios de bioseguridad nivel 2), todos los cultivos positivos por micobacterias,
para su debida identificación y análisis varios.
Como parte del control de calidad externo de la red de laboratorios que realizan
cultivo, el CNRM analiza aspectos varios de todos los cultivos recibidos, para así
evaluar de manera indirecta, el trabajo de los laboratorios de la red. La información
obtenida, sirve para generar propuestas de capacitación y control de parte del
CNRM, que resulten en una mejora en la calidad y homogeneidad en el trabajo
realizado por estos laboratorios, teniendo en cuenta las necesidades específicas de
los diferentes centros de salud.
En el presente informe se plasma el análisis de los cultivos recibidos en el CNRM,
durante el 2020. Se toma en cuenta: el total de cultivos recibidos, laboratorio de
procedencia, medio de cultivo utilizado, muestra origen del cultivo, tiempo
transcurrido desde la toma de la muestra y el ingreso de la cepa al Inciensa, cantidad
de cultivos contaminados e identificación de las cepas.
2. Análisis
2 .1 Total de cultivos recibidos en el CNRM
De 18 laboratorios y en un período de 12 meses, se recibió un total de 359 cultivos.
Esto implica un promedio de 29,9 cultivos por mes. Estudios anteriores han arrojado
promedios de 38 cultivos por mes (enero 2017 a abril 2018) y 36,5 cultivos por mes
(mayo 2018 y diciembre 2019). Por lo tanto, la cantidad de cultivos recibidos en el
CNRM disminuyó durante el 2020, probablemente debido a la pandemia causada
por el virus SARS-CoV-2.
Como se puede apreciar en la figura 1, la cantidad de cultivos enviados, varía por
parte de cada laboratorio. Los laboratorios que remitieron mayor cantidad de cultivos
fueron el Hospital San Juan de Dios (65), el Hospital México (63) y el Hospital Tony
Facio Castro (48); los cuales suman el 49% de los cultivos recibidos en el CNRM.
Por otro lado, los laboratorios Hospital Manuel Mora Valverde, Hospital Nacional de
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Niños, Hospital de la Anexión, Hospital de Guápiles y Hospital de San Vito fueron
quienes enviaron menor cantidad de cepas al CNRM (menos de 5), lo que
representa el 2% de las cepas envidas al CNRM.
Este año no se recibieron cepas de parte del Área de Salud Cariari, Hospital Carlos
Luis Valverde Vega, Hospital CIMA, Hospital Clínica Bíblica, Hospital de Ciudad
Neilly, Hospital de Upala, Hospital del Trauma, Hospital William Allen y Laboratorios
San José
Figura 1. Cantidad de cultivos recibidos en el CNRM según laboratorio de procedencia.
Los laboratorios que enviaron menos de 5 cultivos, para un total de 7 cultivos, fueron:
Hospital Manuel Mora Valverde =3, Hospital Nacional de Niños =1, Hospital de la Anexión
= 1, Hospital de Guápiles = 1 y Hospital de San Vito =1.
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2 .2 Medios de cultivo utilizados
El 80% de las cepas recibidas fueron cultivadas en medio sólido LJ. El resto de
crecimientos se obtuvieron en cultivos realizados en medio líquido MGIT (Hospital
México), botellas BACT/ALERT® (Hospital de Niños y Hospital de San Carlos) y
placas de agar sangre (Hospital Enrique Baltodano Briceño, Hospital Max Peralta
Jiménez y Hospital Rafael Ángel Calderón Guardia) (Ver figura 2).
Figura 2. Medios de cultivo utilizados para el aislamiento de micobacterias.
2.3 Tipo de muestras procesadas
Los cultivos enviados al CNRM provenían de una gran variedad de muestras
enteras, tanto de origen estéril como no estéril, cultivadas con el fin de aislar
micobacterias que pudieran estar presentes en la muestra.
Tal y como se observa en la figura 3, la mayor cantidad de muestras cultivadas para
el aislamiento de micobacterias, son muestras respiratorias, siendo este el origen
del 86% de los cultivos recibidos. Específicamente, el 70% de las cepas recibidas,
provienen del cultivo de esputos y el 16% a partir de otro tipo de muestras
respiratorias, en las cuales se incluyen aspirados bronquiales, lavados
bronquioalveolares y lavados bronquiales.
Un 9% de las cepas, provenían de cultivos de abscesos o secreciones y de biopsias
de distintos sitios anatómicos y tejidos (tanto sitios estériles como no estériles). Un
3% de las cepas fueron cultivadas a partir de líquidos biológicos estériles (líquido
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peritoneal, líquido pleural y sangre). El 2% restante fueron cepas cultivadas a partir
de otro tipo de muestras, como lo son orinas, jugos gástricos y líquidos de catéter.
Figura 3. Origen de las cepas de micobacterias enviadas al CNRM.
Todos estos datos son similares a los de años anteriores, por lo que los tipos de
muestras enteras cultivadas para el aislamiento de micobacterias son prácticamente
los mismos en tipo y cantidad.
Tal y como se observa en la figura 4, en la gran mayoría de los laboratorios, más
del 40% de las cepas enviadas al CNRM fueron cultivadas a partir de muestras de
esputo. De hecho, las cepas enviadas por el Hospital Escalante Pradilla, Hospital
Monseñor Sanabria, Hospital Manuel Mora Valverde, Hospital de San Vito, Hospital
Nacional de Niños y Hospital de Guápiles, fueron cultivadas a partir de esputo.
A excepción de lo anterior, el Hospital México y el Hospital Max Peralta enviaron la
misma cantidad de cepas cultivadas a partir de esputos y de otras muestras
respiratorias. Adicional, el Hospital de la Anexión envió un único cultivo, proveniente
de una biopsia.
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Figura 4. Origen de los cultivos enviados al CNRM por laboratorio.
2.4 Tiempo transcurrido entre la toma de la muestra y su ingreso al Inciensa
Según el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de la Tuberculosis de la PAHO
(OPS, 2008) el cultivo en un medio sólido a base de huevo, como lo es el medio de
cultivo Löwenstein-Jensen, permite identificar el crecimiento de colonias de M.
tuberculosis y otras micobacterias de crecimiento lento en muestras positivas, con
baciloscopías de 3+, en no más de 30 días. Este tiempo de detección puede incluso
disminuir y ser de unos 10 días si se utilizan medios líquidos ricos, incubados en
equipos de detección automatizados, como es el caso del caldo Middlebrook 7H9
en tubos MGIT. Si las muestras presentan menor cantidad de bacilos (incluso con
baciloscopías negativas), el tiempo de crecimiento puede extenderse hasta 8
semanas en medios a base de huevo, y hasta 6 semanas en agar o caldo
enriquecidos.
Por lo tanto, los cultivos de muestras por micobacterias se incuban, en medio sólido
Löwenstein-Jensen hasta por 8 semanas (56 días) y en tubos MGIT por 6 semanas
(42 días). Se debe estar evaluando el cultivo con periodicidad, para detectar
cualquier indicio de positividad, la cual, en caso de darse, el laboratorio debe
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reportar, a la brevedad posible, el desarrollo del crecimiento y enviar el cultivo al
CNRM para los análisis correspondientes. Por otro lado, si transcurrido el periodo
de incubación no se detecta crecimiento, se reporta el cultivo como negativo.
Teniendo presente esta información, sería de esperar que los cultivos que son
referidos al CNRM sean detectados como positivos en su mayoría alrededor de los
30-40 días, siendo el tiempo límite de 56 días para aquellos cultivos con muy poco
crecimiento.
Sin embargo, el CNRM no cuenta con la fecha exacta de cultivo, para así poder
analizar los tiempos de positividad de las cepas referidas (tiempo transcurrido entre
el cultivo de la muestra y la detección de crecimiento). Por lo tanto, en este informe
se analizó el tiempo transcurrido entre la toma de muestra del paciente y el ingreso
del cultivo al Inciensa, pues se espera que la muestra sea cultivada el día de su
toma. Este periodo de tiempo, por lo tanto, comprende la toma de la muestra, su
procesamiento y cultivo, la detección del crecimiento, embalaje del cultivo, envío y
recepción en el Inciensa.
En el CNRM se recibieron cultivos con un tiempo transcurrido desde 5 días (dos de
ellos eran cultivos negativos) hasta 103 días (un cultivo con una cepa de M.
tuberculosis contaminada), con un promedio de (33±17) días en total.
Específicamente, los cultivos de micobacterias del complejo M. tuberculosis fueron
enviados en un promedio de (34 ± 17) días y los cultivos de micobacterias no
tuberculosas un promedio de (28 ± 19) días. Estos tiempos se acortaron en relación
a años anteriores, en donde el promedio de tiempo de envío era de 46,5 días, lo
cual refleja una mejoría en la revisión de cultivos por parte de los laboratorios de la
red.
De los 357 cultivos con fecha de recolección de la muestra (ya que dos cultivos no
indicaban fecha de recolección por lo que no fueron considerados en este cálculo),
38 ingresaron al Inciensa con un periodo igual o superior a los 57 días,
representando este dato el 11% de los cultivos. Los tiempos de envío mejoraron
considerablemente a los del informe anterior (32% de los cultivos enviados con un
periodo igual o superior a los 57 días).
En la figura 5 se puede observar, por laboratorio, los tiempos transcurridos entre
toma de muestra e ingreso de la cepa al Inciensa, para todos los cultivos enviados.
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Figura 5. Tiempo transcurrido entre toma de muestra y envío del cultivo al Inciensa, por
laboratorio. La mediana (medida común del centro de los datos) está representada por la
línea en la caja. La caja de rango intercuartil representa el 50% intermedio de los datos,
donde se muestra la distancia entre el primer cuartil y el tercer cuartil (Q3-Q1). Los
bigotes representan los rangos del 25 % de valores de datos de la parte superior y el 25
% de la parte inferior, excluyendo los valores atípicos, los cuales se muestran como
puntos sueltos.
Hubo 4 laboratorios con mayor porcentaje de cultivos enviados con un periodo
mayor a los 56 días: 80% de los cultivos del laboratorio 13, 19% de los cultivos del
laboratorio 3 (incluyendo un cultivo con un periodo de 103 días) y 14% de los cultivos
del laboratorio 1 y 7.
Por otro lado, el tiempo de detección para micobacterias ambientales de crecimiento
rápido se acorta significativamente y se puede evidenciar en pocos días. Por
ejemplo, se recibieron cultivos de M. fortuitum, M. abscessus y M. mucogenicum
con un periodo menor o igual a los 10 días entre la toma de muestra y su ingreso al
Inciensa. También, se recibieron cepas de M. tuberculosis con un periodo menor o
igual a los 10 días, con la particularidad de haber sido cultivadas en tubos MGIT.
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Es importante controlar que no se den demoras innecesarias en la detección de
cultivos positivos, ya que esto retrasa el diagnóstico, la detección de resistencias, el
tratamiento oportuno, y facilita la contaminación de los cultivos por otros
microorganismos.
2.5 Presencia de contaminación en los cultivos recibidos
Según el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de la Tuberculosis Parte 2
Cultivo, la contaminación de los cultivos se expresa como el porcentaje de tubos
contaminados sobre el total de tubos sembrados. Cuando se utiliza el método de
Petroff para descontaminación de muestras enteras, este valor no debe superar el
(3-4) %. Cuando se descontamina con concentraciones menores de hidróxido de
sodio o bien se cultiva en medios de cultivo más ricos (por ejemplo, tubos MGIT)
este porcentaje puede llegar a (8-9) %.
Sin embargo, el CNRM no cuenta con la totalidad de la información de parte de los
laboratorios de la red (por ejemplo, el total de cultivos realizados), para poder
calcular el porcentaje de contaminación de los cultivos de la red. Por lo tanto, en
este informe lo que se evaluó fue el porcentaje de cultivos contaminados del total
de cultivos recibidos.
La contaminación de los cultivos fue detectada en el CNRM a dos niveles:
macroscópico y microscópico.
a) Macroscópico:
o Mediante la observación directa del cultivo: En los tubos con medio de cultivo
sólido Löwenstein-Jensen se consideró contaminación la presencia de colonias
distintas a micobacterias, presencia de hongos, medio azulado o medio licuado.
En el caso de tubos con medio de cultivo líquido, no se realizó evaluación
macroscópica.
o Mediante el subcultivo de la cepa recibida en una placa de agar sangre, la cual
se incubó a 37 °C durante al menos 48 h. Ya que las micobacterias en general
no crecen en agar sangre (a excepción de algunas micobacterias ambientales de
crecimiento rápido), un crecimiento en este medio al repicar la micobacteria, es
considerado como microorganismo contaminante.
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b) Microscópico: Mediante la elaboración de un frotis de la cepa y su posterior
tinción con la técnica de Ziehl-Neelsen. El objetivo de esta tinción es confirmar en
el cultivo la presencia de BAAR, y a la vez, detectar otro tipo de microorganismos
contaminantes que no se tiñen de rosado con esta técnica, sino que se observan
color azul.
De los 359 cultivos recibidos, el 85% fueron cultivos libres de contaminación,
mejorando levemente respecto al informe anterior, el cual había arrojado un
porcentaje del 18% de cultivos recibidos contaminados. En la figura 6 se detalla la
forma en la cual se dio la detección de la contaminación.
Figura 6. Detección de contaminación en los cultivos recibidos en el CNRM.
De los 54 cultivos contaminados, a 12 (el 22%) se le detectó la contaminación a
nivel macroscópico mediante observación directa (morfología). De estos, en 7
cultivos la contaminación era tal que el medio Löwenstein-Jensen estaba
completamente azulado y en algunos casos hasta licuado, por lo que no fue posible
realizar ningún tipo de análisis.
La apariencia morfológica del 26% de los cultivos parecía libre de contaminación,
sin embargo, al realizar el frotis se detectó la presencia de microorganismos
distintos a micobacterias. Sin embargo, en estos casos no se obtuvo crecimiento de
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ningún microorganismo en el control en Agar Sangre, por lo que es probable que la
contaminación observada no se debiera a contaminantes vivos.
Al 26% no se le detectó contaminación mediante inspección morfológica ni en el
frotis, sino hasta que se realizó el subcultivo en Agar Sangre. Al 39% restante, se le
detectó la contaminación tanto a nivel de frotis como a nivel de subcultivo en Agar
Sangre, por lo que en estos casos sí hay certeza que el microorganismo
contaminante se encuentra vivo.
De los 18 laboratorios que refirieron cepas, destacan positivamente cuatro de ellos,
cuyos cultivos estaban libres de contaminación. El resto de laboratorios enviaron al
menos un cultivo con presencia de microorganismos contaminantes.
En la figura 7 se detalla la procedencia de los 54 cultivos que presentaron algún
grado de contaminación. Poco más del 60% de cultivos contaminados que
ingresaron al CNRM provenían de 4 laboratorios los cuales se encuentran dentro
de los 6 laboratorios que refieren mayor cantidad de cepas cultivadas. El 40%
restante de las cepas contaminadas fueron enviadas por 10 laboratorios distintos.
Sin embargo, no necesariamente, los laboratorios que más enviaron cultivos
contaminados al CNRM, son los que en total envían más cultivos. Según se observa
en la figura 8, hay una tendencia a que entre menos se cultive en el laboratorio, se
da mayor contaminación de los cultivos; y, los que más cultivan, tienen menor
porcentaje de contaminación.
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Figura 7. Procedencia del total de cepas contaminadas que fueron recibidas en el CNRM.
Figura 8. Porcentaje de contaminación del total de cultivos enviados al CNRM por
laboratorio. Cada número de laboratorio corresponde al mismo de la figura 7.
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Los cultivos realizados a partir de esputos y otras muestras respiratorias, son los
que presentaron mayor porcentaje de contaminación, pues en el 18% de los esputos
recibidos y el 14% de otras muestras respiratorias, se detectó la presencia de
microorganismos contaminantes. El 13% de los cultivos a partir de una biopsia (de
piel) presentaron contaminación. El 11% de cultivos a partir de abscesos o
secreciones presentaron contaminación. Las muestras respiratorias, biopsias de
piel y abscesos y secreciones, tienen un alto porcentaje de probabilidad de
contaminación ya que por su origen anatómico vienen acompañadas de microbiota
normal del paciente. Este tipo de muestras deben de ser descontaminadas de una
manera muy cuidadosa, previo al cultivo.
Si bien los cultivos recibidos no corresponden a la totalidad de cultivos realizados
en los laboratorios de la red, sino que representan una muestra pequeña del total,
es preocupante que algunos centros hayan enviado cultivos evidentemente
contaminados, y no los hayan descartado desde el momento en que se detectó la
contaminación, corriendo el riesgo así de contaminar otros cultivos de otros
pacientes. El CNRM no cuenta con la información de si en estos casos, se le solicitó
una nueva muestra al paciente para volver a cultivar.
2.6 Identificación de las cepas recibidas
De los 359 cultivos recibidos, se realizó identificación por micobacterias a 303 (al
84% de los cultivos recibidos). No se les hizo identificación a 56 cultivos debido a
que 6 cultivos estaban contaminados (3 no tenían presencia de BAAR al frotis y 3
tenían tal grado de contaminación que el medio LJ estaba licuado) y 50 cultivos
pertenecían a cepas aisladas de un paciente que ya contaba con una cepa
identificada.
La identificación de cepas de micobacterias se realiza mediante técnicas
moleculares, utilizando los kits de Genotype de la casa comercial Hain.
Específicamente se utiliza el kit GenoType MTBC para la identificación de
micobacterias del complejo M. tuberculosis y el kit GenoType CM/AS para identificar
micobacterias no tuberculosas. En algunas ocasiones, se utiliza también el kit
Anyplex MTB/NTM de Seegene, el cuál únicamente identifica si la micobacteria es
una NTM o una micobacteria del complejo M. tuberculosis
Según la figura 9, de los 303 cultivos a los cuales se les hizo identificación, a 11 se
le realizó identificación a pesar de no presentar BAAR en el frotis, arrojando un
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resultado negativo. A 292 cultivos se les identificó la presencia de una micobacteria,
esto a pesar de que algunas cepas presentaran contaminación. En 200 cultivos se
identificó la cepa como una micobacteria del complejo M. tuberculosis (68.49% de
las cepas identificadas) y 92 cultivos presentaron una cepa de micobacteria no
tuberculosa (31.51% de las cepas identificadas).
Figura 9. Identificación general de los cultivos a los cuales se les realizó algún ensayo
molecular de identificación.
Al detectar crecimiento (positividad) en los medios de cultivo específicos para
micobacterias, la principal consideración que deben tener los laboratorios de la red,
es si lo aislado corresponde a alguna micobacteria del complejo M. tuberculosis o
si se trata de una micobacteria ambiental.
En el caso de sospechosa de que el aislado corresponde a una micobacteria del
complejo M. tuberculosis, debe enviar el cultivo al CNRM, a la brevedad posible,
para su adecuada identificación. Sin embargo, cuando se sospeche de un
aislamiento de una micobacteria ambiental, para considerarlo clínicamente
significativo se debe cumplir que: 1) el paciente sea inmunosupreso, 2) el
aislamiento provenga de un paciente con antecedentes de enfermedad pulmonar
crónica, 3) que el paciente presente síntomas y signos de una micobacteriosis
similar a tuberculosis, 4) el cultivo provenga de una muestra con baciloscopía
positiva, 4) el cultivo provenga de una muestra de tejido o líquido estéril o 5) este
sea por lo menos el segundo aislamiento de este tipo obtenido a partir de distintas
muestras de un mismo paciente.
Informe del análisis realizado a los cultivos recibidos en el Centro Nacional de Referencia de Micobacteriología, de parte de la Red Nacional
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Dadas estas circunstancias, no todo aislamiento de NTM debe ser considerado de
significancia, y, por lo tanto, los laboratorios deben estar en la capacidad de
diferenciar cuando están aislando micobacterias ambientales de relevancia clínica
o cuando se trata de una contaminación del cultivo. En el caso que el aislamiento
sea un NTM de relevancia clínica, el cultivo debe ser enviado al CNRM, a la
brevedad posible, para su identificación.
El CNRM no cuenta con toda la información para confirmar que las identificaciones
de cultivos por NTM se debieron a aislamientos de importancia clínica.
3. Conclusiones y recomendaciones
Según el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de la Tuberculosis Parte 2
Cultivo, de la OPS/OMS, el cultivo complementa a la baciloscopia en el diagnóstico
de la tuberculosis, ya que permite poner en evidencia bacilos viables presentes en
escasa cantidad en una muestra, caracterizarlos para certificar su identificación y
conocer su perfil de resistencia a antibióticos. El cultivo puede ser aplicado en
laboratorios con medianos recursos y mantiene su posición como método de
referencia por su precisión.
Los laboratorios de referencia deben garantizar la calidad del cultivo mediante
controles de calidad, entrenamiento y la implementación de medidas correctivas
necesarias. Uno de los mecanismos aplicados por el CNRM, como laboratorio de
referencia nacional, es el análisis de los cultivos remitidos al CNRM, por parte de
laboratorios que cultivan muestras por micobacterias.
En el presente informe se genera una visión integral de los cultivos recibidos en el
CNRM en un periodo de 12 meses, comprendido entre enero y diciembre del 2020.
En dicho periodo, se recibió un total de 359 cultivos, de parte de 18 laboratorios. El
49% de los cultivos fueron remitidos por el Hospital San Juan de Dios, el Hospital
México y el Hospital Tony Facio Castro, quienes históricamente son de los
laboratorios que más remiten cultivos al CNRM para su estudio por micobacterias.
El medio de cultivo más utilizado para el aislamiento de micobacterias fue el medio
sólido LJ (en el 80% de los cultivos). Otros medios de cultivos utilizados con mucha
menor frecuencia fueron los tubos MGIT, botellas de BACT/ALERT® y placas de
agar sangre.
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Según el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de la Tuberculosis Parte 2
Cultivo, de la OPS/OMS, la calidad del medio de cultivo es un punto crítico. Para
elaborar los medios a base de huevo se requiere de cierta infraestructura y personal
dedicado a la preparación y control de calidad del medio.
El Inciensa tiene centralizada la producción (mediante la USTL) y el control de
calidad (en el CNRM) de los medios de cultivo sólido Löwenstein-Jensen, que son
utilizados por los laboratorios que realizan cultivo, y así los soliciten (el HM y
HRACG, utilizan además tubos LJ comerciales). Los laboratorios que utilizan tubos
MGIT, botellas de BACT/ALERT® y placas de agar sangre, adquieren sus propios
reactivos. Es importante recordar a aquellos laboratorios que adquieren sus propios
medios de cultivo, que deben de aplicar controles de calidad antes de su uso.
Las muestras de origen respiratorio son las más cultivadas para estudio por
micobacterias (86% de los cultivos recibidos), siendo el esputo la más cultivada
(70% de los cultivos recibidos).
Hay tres factores, descritos en el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de la
Tuberculosis Parte 2 Cultivo, de la OPS/OMS; fundamentales para el adecuado
desarrollo de las micobacterias en cultivo: tiempo transcurrido entre toma de
muestra y realización del cultivo, técnica de descontaminación y condiciones de
incubación.
- Las micobacterias ambientales pueden sobrevivir fuera del hospedador si las
condiciones no son extremas, pero los integrantes del complejo M.
tuberculosis resisten menos fuera de él. De manera que la probabilidad de
hacerlos reproducir en el cultivo aumenta con la rapidez con la que se
siembre la muestra del paciente. La demora es muy crítica cuando el número
de bacilos es escaso o cuando el pH de la muestra es desfavorable para la
sobrevivencia del bacilo, como en el caso de lavados gástricos y orinas.
- No es posible aislar al bacilo de la tuberculosis inoculando muestras no
estériles (por ejemplo, muestras del aparato respiratorio que ha atravesado
las vías altas, orina que pasó por uretra, lesiones superficiales de piel, etc),
debido a que la flora habitual de estas zonas prolifera a mayor velocidad que
la mayoría de micobacterias. En estos casos, se debe de aplicar un
procedimiento de descontaminación a la muestra, previo a su inoculación en
el medio de cultivo.
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- El bacilo de la tuberculosis se multiplica mejor cerca de los 37 °C. La
velocidad de desarrollo disminuye al alejarse de esta temperatura, muy
difícilmente crece por debajo de los 34 °C y puede morir por encima de los
40 °C. La luz solar (UV) es perjudicial para su sobrevivencia. Las
micobacterias ambientales, sí pueden preferir otras temperaturas para su
desarrollo, en particular más bajas.
Por lo tanto, es importante insistir en que el cultivo debe realizarse a la brevedad
posible, ya que, la probabilidad de hacer crecer micobacterias del complejo M.
tuberculosis en cultivo, aumenta con la rapidez que se siembre la muestra del
paciente. La postergación de la siembra, además permite la reproducción de la flora
contaminante. Por lo tanto, idealmente la muestra debe ser cultivaba el mismo día
o al día siguiente de su toma. El proceso de descontaminación (en caso de
requerirse) debe de seguirse según los protocolos establecidos, en tiempo y
concentración de reactivos, para eliminar microrganismos contaminantes, sin
afectar la viabilidad de las micobacterias. Y el proceso de incubación debe hacerse
en las condiciones adecuadas para favorecer el desarrollo de las micobacterias.
Con los datos suministrados al CNRM, no se puede hacer un análisis del tiempo
transcurrido entre la toma de la muestra y su cultivo, ni una evaluación del
procedimiento de descontaminación utilizado, ni la corroboración de las condiciones
de incubación. Estos son aspectos que tendrá que evaluar el CNRM utilizando otras
herramientas.
En cuanto se obtenga crecimiento con características típicas de micobacterias, se
debe de informar de inmediato el cultivo y enviarlo al CNRM para su identificación.
El tiempo en el que se detecta un cultivo positivo, depende de: lo enérgico del
método de descontaminación aplicado, el pH al que haya quedado el inóculo, la
riqueza del medio de cultivo, si el medio de cultivo tiene algún indicador de
crecimiento, características particulares de la cepa, la cantidad de bacilos en la
muestra y si el paciente está recibiendo tratamiento.
Con la información obtenida, el CNRM realizó un análisis del tiempo transcurrido
entre la toma de la muestra y el ingreso de la cepa al Inciensa, asumiendo que el
cultivo fue realizado el mismo día de la toma de la muestra, y el envío tan pronto fue
detectada la positividad en el medio de cultivo. El promedio en días para el total de
cultivos remitidos al CNRM fue de (33 ± 17) d, mostrando una ligera mejora en
relación a años anteriores, en donde el promedio de tiempo de envío era de 46,5 d.
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Esto indica que los laboratorios que cultivan, están detectando más oportunamente
los cultivos positivos, y enviándolos al CNRM en un menor tiempo.
Sin embargo, hay que seguir insistiendo con este aspecto, en especial a aquellos
laboratorios que enviaron cultivos con un periodo igual o superior a los 57 d, ya que,
los periodos extendidos de tiempo en el reporte de cultivos positivos o en su envío
al CNRM, enlentecen no sólo el proceso de diagnóstico, sino que, además, se corre
el riesgo de iniciar un tratamiento inadecuado para el paciente. Se recomienda que
los laboratorios verifiquen sus procedimientos de revisión y evaluación de cultivos,
según la periodicidad recomendada (una vez por semana).
El 15% de los cultivos recibidos presentaron la presencia de microorganismos
contaminantes. Este aspecto mejoró levemente respecto al estudio anterior, en
donde se concluyó que el 18% de los cultivos presentaban contaminación. Sin
embargo, es preocupante que incluso, algunos laboratorios enviaron cultivos en
medio LJ completamente azulados o hasta licuados, aspectos que son un claro
indicativo de contaminación. Según el Manual para el Diagnóstico Bacteriológico de
la Tuberculosis Parte 2 Cultivo, de la OPS/OMS, el bacilo de la tuberculosis no crece
en el medio desintegrado ni acidificado, por lo que, si se observa contaminación del
cultivo, en cualquier momento del periodo de incubación, se debe descartar el
cultivo (sea tubo, placa o botella), reportar de inmediato “Cultivo contaminado” y
solicitar una nueva muestra.
Los laboratorios que más enviaron cultivos no son necesariamente quienes envían
mayor cantidad de cultivos contaminados. Más bien hay una tendencia a que, entre
menos se cultive en el laboratorio, se da mayor contaminación de los cultivos. Esto
puede deberse a varios factores, como falta de condiciones de cultivo e incubación
adecuadas o falta de practica de parte del personal, pues no sea una actividad que
se realice con frecuencia en el laboratorio.
Los cultivos realizados a partir de esputos y otras muestras respiratorias, son los
que presentaron mayor porcentaje de contaminación. Estas muestras, debido a su
origen anatómico, deben de ser descontaminadas. Por lo que, nuevamente, se
recomienda a los laboratorios revisar sus procedimientos de descontaminación,
para disminuir la presencia de microorganismos contaminantes en los cultivos.
El enviar cultivos contaminados, lo que indica es que hay factores dentro del
procesamiento y cultivo de las muestras, que deben monitorearse y evaluarse, así
como valorar la recapacitación del personal en el procesamiento de muestras e
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de Laboratorios del Programa Nacional de Control de la Tuberculosis, durante el 2020.
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identificación de contaminación para disminuir estos porcentajes. Por ejemplo, se
debe revisar los protocolos de descontaminación que utilizan los laboratorios.
Además, se debe de evaluar las condiciones de incubación, para detectar puntos
en los cuales se podría estar dando la contaminación de los cultivos. También, se
debe analizar la magnitud y características de la contaminación que ocurre en la
rutina. Todo esto para garantizar la calidad de los cultivos.
Finalmente, en relación a los cultivos en los cuales sí se identificó la presencia de
una micobacteria, el 68.49% fueron identificadas como micobacteria del complejo
M. tuberculosis y 31.51% fueron identificadas como micobacteria no tuberculosa.
Desde el 2017, que se viene realizando este análisis, se ha visto que la proporción
de cepas identificadas como MTB y NTM se ha mantenido constante: alrededor de
un 68,8% de micobacterias del complejo MTB y un 31,2% de micobacterias
ambientales.
El cultivo debe provenir de un caso relevante, es decir, que el crecimiento
corresponda a una micobacteria que realmente estaba presente en la muestra del
paciente y que tenga alta probabilidad de ser la responsable de la infección. Este
punto es importante ya que pueden recuperarse crecimientos puros de
micobacterias ambientales presentes como contaminantes en algún reactivo
utilizado en el proceso o incluso que se presentan como colonizantes transitorios en
el paciente y que no necesariamente son los causales de su cuadro clínico.
Del período de tiempo analizado se puede concluir que existe heterogeneidad entre
las muestras cultivadas por micobacterias, la calidad de las cepas cultivadas que
son referidas por los diferentes laboratorios y la variedad de especies de
micobacterias detectadas. También existen diferencias en la gestión del trabajo de
los laboratorios, evidenciado en los tiempos de duración entre la toma de las
muestras y la llegada del cultivo al Inciensa y el porcentaje de cultivos
contaminados.
Los resultados obtenidos en este estudio, evidencian la necesidad de que el CNRM
fortalezca la capacitación y acompañe a los laboratorios que cultivan, no solamente
en materia técnica sino además en temas de gestión de la calidad, sobre todo
dirigidos al cultivo de muestras, revisión de cultivo y reporte del resultado. Esto en
miras de aumentar la efectividad, disminuir los tiempos de respuesta y mantener la
bioseguridad.