Jabref Guide

Gnralits JabRef : base de donnes Stockage de linformation Alimenter la base Interface avec les traitements de texte Passer sous JabRef Comment faire pour...

Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRefJean-Pierre RossiGroupe Babel - BIOGECO - INRA Bordeaux

octobre

Jean-Pierre Rossi

Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


JabRefBases de donnes Exploitation des ressources bibliographiques externes (net) Interface avec les traitements de texte

JabRef 2.3.1 et Endnote 7 tude comparative ralise par la documentation / INRA Bordeaux-Aquitaine disponible http://www.bordeaux.

inra.fr/urd/gestbib/ comparatif-logiciels-libres/resultats-tests. htmlJean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


JabRef propose toutes les fonctionnalits classiques

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Les ches peuvent tre lies aux chiers pdf correspondant

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Un clic permet douvrir le chier

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Fonction recherche, modication de chane de caractres dans les champs etc... Fonction group trs puissante et exiblecroisement de plusieurs mots-cls ou expressions allocation dynamique les groupes sont sauvegards et restent toujours disponibles

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On peut rechercher des mots-cls

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Les rfrences correspondantes sont isolesJean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


On peut croiser des champs diffrents

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Les ches correspondantes sont extraites de la base

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les donnes sont stockes en ascii donc accessibles directement la base est au format BIBTEX BIBTEX est reconnu par tous les softs de gestion de donnes bibliographiques (y compris EndNote !) La base cre dans JabRef reste utilisable par tout autre logiciel sans perte dinformation

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On peut avoir un aperu de la che en BIBTEX en cliquant sur longlet BibTeX source dans le fentre de JabRef

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JabRef permet dimporter les chiers de donnes bibliographiques dans les formats courants tels que : BIBTEX bien sr !Ris Refer/Endnote SilverPlatter ISI Jstor medline etc...

importation trs simple partir du chier provenant de la plateforme ou de la revue

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Attention ! Les revues fournissent parfois les donnes avec des formats exotiques. Exemple : prnoms complets au lieu des initialesJean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


Jstor offre la possibilit de copier directement la rfrence au format BIBTEX On peut ensuite faire un simple coller dans longlet BibTeX

source

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JabRef permet dextraire des rfrences dans certainesgrandes bases de donnes internationales : cest le menu Web search.

La fentre Fetch permet dentrer les termes rechercher

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JabRef propose dexaminer les rfrences correspondant aux mots-cls

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Les rfrences juges intressantes sont ensuite importes dans la base en cours :

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Endnote sinterface trs bien avec Word et ceci constitue un point important. JebRef sinterface aussi bien et de faon similaire : une barre doutil est insre dans Word.

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InstallationPour utiliser JabRef avec Word vous devez dabord installer le logiciel libre MiKTeX (la version basique suft). [http:// miktex.org/] Copier le chier bibtex4word.dot (cest un chier modle de Word) dans le dossier correspondant Word (Application data) :

C :/Documents and Settings/toto/Application Data/Microsoft/Word/DMARRAGE Le chier dot et linformation utile se trouvent surlexcellent site :MEDICALNERDS . COM

http://www.medicalnerds.com/ how-to-use-jabrefbibtex-with-microsoft-word-2003/Jean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


UtilisationLier word au chier BIBTEX : [Define BibTex File]

Dans JabRef, copier la clef correspondant aux rfrences citer [Copy BibTex key]

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UtilisationInsrer la clef dans word [insert citation]

La citation apparat comme [,cyr2004] Choisir un style biblio [Define BibTex style]

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UtilisationFormater les rfrences [Insert/update biblio]

Le texte est format [1] A. Cyr, L.-O. Cyr, and C. Cyr. Acquired growth hormone deciency and hypogonadotropic hypogonadism in a subject with repeated head trauma, or Tintin goes to the neurologist. CMAJ - JACM, 171(12) :1433-1434, 2004.

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A Utilisation avec LTEXA Les utilisateurs de LTEX seront intresss par les fonctions base de donnes de JabRef mais aucune interface nest A ncessaire sous LTEX A On copie la citation au format LTEX dans le menu Edit de JabRef et on colle dans lditeur. Le formatage est ralis lors de la compilation.

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Les formats biblio des revuesLors de lutilisation de JabRef avec le traitement de texte on choisit un format qui conditionne le rsultats nal (format des citations et de la liste de rfrences) Dans lexemple nous avons opt pour le style plain mais dans la pratique il faut suivre les exigences des revues... JabRef utilise les formats livrs avec votre installation de MiKTeX. Il sagit de chier .bst. Il y en a des milliers disponibles gratuitement sur le web.

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Les formats biblio des revuesOn peut galement crer soi-mme son format mais cest assez long. Utilisez "tous les programmes" ; "Accessoires" ; "Invit de commandes" Puis tapez latex makebst et rpondez aux questions sur la console. Pour ceux qui souhaitent se lancer, la page de Stphane Toulin [JabRef : cration de style(s)] (publi le 3 juin 2008) est remarquable. http://www.arpist.cnrs.fr/spip.

php?article124

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Les formats biblio des revuesJabRef ne comporte pas de module permettant de crer ou dadapter les styles biblio de faon conviviale. Mais est-ce vraiment grave ? Les revues acceptent de plus en plus souvent les A soumissions lectroniques au format LTEX An de simplier la procdure, les diteurs mettent les chiers .bst correspondant leur revue en tlchargement. Il suft de placer ce chier dans le dossier correpondant aux .bst dans le rpertoire dinstallation de MiKTeK et le format devient utilisable avec JabRef et Word.

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Pourquoi passer sous JabRef ?JabRef est un logiciel complet de gestion de rfrences bibliographique GRATUIT JabRef a sensiblement les mmes proprits quEndNote mais avec des options de gestions des groupes supplmentaires JabRef est bas sur le format BIBTEX qui est libre. JabRef A sutilise avec LTEX, OpenOfce (StarOfce) et aussi Microsoft Word. JabRef est un logiciel cross-plateforme cest--dire quil existe sous linux, windows et macJean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


Comment passer sous JabRef ?Si vous partez de rien (tudiants dmarrant leur base biblio) Entrer ou importer les rfrences ne pose aucun problme Si vous avez des bases en BIBTEX issues dun autre logiciel (Bibus...) Importer les rfrences ne pose aucun problme : JabRef lit directement dans les chiers BIBTEX (.bib) Possibilit dimporter dautres formats de chier dans JabRef (RIS, ...)

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Comment passer sous JabRef ?Si vous avez travaill avec EndNote et avez votre base dans le format propritaire de ce logiciel (.enl), la situation est plus complique. Il faut exporter les donnes depuis EndNote vers un format lisible par JabRef. Cette opration nest pas simple car tout est fait pour que lutilisateur dEndNote ne quitte pas ce logiciel... On doit partir dun chier export depuis EndNote sous format BibTex. Attention ! Endnote produit un faux chier BIBTEX !Jean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


Comment passer sous JabRef ?Les donnes sont exportes depuis EndNote avec le ltre dexportation BibTex export

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Comment passer sous JabRef ?Le chier BibTeX cr partir dEndnote est ensuite trait avec le logiciel de Peter Pakulski BibTeXConverter081.exe. qui corrige le format. Le rsultat peut tre import dans JabRef. http://wiki.lyx.org/

uploads/BibTeX/EndnoteConverter/ BibTeXConverter081.exePlusieurs mthodes alternatives sont prsentes ici :

http://wiki.lyx.org/BibTeX/Programs#toc12

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Comment passer sous JabRef ?Il existe un ltre dexport spcique Endnote vers JabRef diponible sur le site du Cemagref https://ist.cemagref.fr/

outils-guides-et-formations/ endnote-et-autres-logiciels/jabref/ exporter-une-base-endnote-vers-jabref-le-format-bibtexAvec le ltre de base BibTex export dEndnote le champ comportant le chemin vers le chier pdf est perdu. Ce problme pourrait ne pas exister avec le ltre dexport disponible sur le site du Cemagref. tester. Jai crit un ltre (Endnote 7) qui doit tre lanc puis coupl avec une recherche et un remplacement de certains caractres dans le chier BIBTEX.Jean-Pierre Rossi Gestion des rfrences bibliographiques avec JabRef


Comment faire pour... Installer JabRef ? Voir Loc si vous ntes pas administrateur de votre machine ou si vous avez des difcults pour installer un logiciel Installer JabRef et lutiliser avec Microsoft Word ? Voir Loc pour une installation de JabRef, MiKTeX et bibtex4word.dotA Installer JabRef et lutiliser avec un diteur LTEX ? Voir Loc pour une installation de JabRef

Quitter le format propritaire dEndnote et passer au format BIBTEX (avec ou sans JabRef). Voir Jean-Pierre en cas de problme lors de la traduction

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