Beszámoló a szakmai gyakorlatról

Avignon ahol a két hónapos szakmai gyakorlatomat végeztem Dél-Franciaországban, Vaucluse megyében található, a Rhone folyó keleti partján. 1309-től a város jelentősége megnőtt, amikor pápai székhelyé vált. A városban található a pápai palota, amely egy 58 méter magas sziklán álló, nyolctornyú, hatalmas várkastély. A város jellegzetessége még, hogy egy, a pápák által épített 5 km kerületű városfal övezi, lőrésekkel, bástyákkal és kapukkal. Avignon szimbolúma a Saint-Bénézet-híd melyet Szent Benedek és tanítványi készítettek

1177 és 1188 között. A híd számtalanszor megsérült és 1680-ig volt használatban, ma már csak turisztikai látványosság. A város legfőbb bevételi forrása a minden nyáron megendezett nyári

művészeti fesztivál, melynek köszönhetően a várost a világ legnagyobb színházaként emlegetik, ilyenkor plakátok lepik el az utcákat és a színészek, jelmezben, szórólapokat osztogatva invitálják a látogatókat a színházakba.

Az Institut National de la Recherche Agronomique-ot (INRA) 1946-ban alapították. Európa legnagyobb, s a világ második legnagyobb mezőgazdasági kutatóintézete. Az kutatóintézet az élelmezéssel kapcsolatos, világszerte felmerülő gondok orvoslása mellett környezetvédelmi projekteken vagy a globális klímaváltozás okozta veszélyek megoldásán is dolgozik. Az intézet tudományos potenciálja igen jelentős: 1800 kutató és 1600 doktorandusz dolgozik itt, emellett átlagosan évi ezer külföldi szakembert látnak vendégül.

Avignonban az INRA azon telephelye (Saint-Maurice), ahol dolgoztam a város falain kívül Montfavet városrész közelében található. A másik (Saint-Paul) a repülőtérhez közel, Avignon dél-nyugati részén. A Növénykórtani Intézet két épületből áll. Az egyikben a baktériumokkal, míg a másikban a vírusokkal és gombákkal kapcsolatos kutatások folynak. Az épületekhez szorosan kapcsolódnak az üvegházak, ahol a kutatók a kutatáshoz felhasznált növényeket (patogenitás, hiperszenzitív reakció vizsgálat) megrendelik az ott dolgozok ezeket előállítják, majd a kutató előre meghatározott igényei szerint ellátják a már inokulált növényeket.

2016. június elsején kezdtem el a szakmai gyakorlatom az INRA-nál. A munka 9 órakor kezdődött, 12-13 óráig ebédszünetünk volt, ahol az ott dolgozókkal közösen mentünk a Saint-Paul területén található étkezdébe.

Az első héten a kutatásom időbeosztását kellett előkészítenem valamint lefoglalni a steril box-ot, klímakamrát, megrendelni a növényeket, táptalajt főzni. Kutatásom témája a Durance folyó felső (hegyvidéki) és alsó (síkvidéki) szakaszáról

izolált Pseudomonas syringae baktérium populációk vizsgálata és tulajdonságaik összehasonlítása. Kutatásom során 355 mintával dolgoztam, ezekre végeztem el 3 különböző tesztet:

1) agresszivitás vizsgálat sárgadinnye 2 szikleveles palántán

2) syringomicin toxintermelés

3) jégmagképző tulajdonság

A második héten egyszer megmutattak minden kísérletet, hogy a továbbiakban már egyedül tudjak dolgozni, természetesen, ha elakadtam mindig segítettek.

A következő hetekben hétfőnként a számomra előkészített, King B táptalajon 2 napos baktériumkultúrákból 3 féle szuszpenziót készítettem a steril boksz-ban.

Az agresszivitás teszthez 1000 ul vízben oldottam fel 108 mennyiségű baktériumot (a helyes mennyiség méréséhez spektofotométert használtam és 0,06-0,12 közötti sűrűség eléréséhez több baktériumot helyeztem a csőbe vagy hígítottam az oldatot), melyet még aznap, fecskendővel juttattam a tűvel előre megszurkált palánta két sziklevele közé (12 növényt fertőztem egy baktérium mintával).

A toxintermelés méréséhez folyékony SRM 300 ul oldathoz egy kacsnyi baktériumot kevertem, melyet 24 órán át 25°C-os kamrába helyeztem. Végül újabb egy kacsnyi baktériumot 1000 ul TP1 oldatba helyeztem, a csövet pedig 4°C-os hűtőszekrényben tároltam. Ezt a TP1 baktérium szuszpenziót használtam, ha ismételni kellett valamelyik kísérletet, amire sajnos a nyári meleg okozta gyakori kontamináció minta volt példa.

A fent részletezett folyamat reggel 9-től körülbelül délután 2-ig tartott. Az első hetekben 30 mintával kezdtem dolgozni, míg a későbbi hetekben már 60 mintával is sikeresen elvégeztem ugyanazt a 3 tesztet egy hét alatt (többet már nem lehetett, mert az agresszivitási teszthez használt klímakamrába 62 db tálca fért be maximálisan, azaz 60 minta és negatív és pozitív kontroll). Hétfőnként a délutánt a

palánták kihordásával és inokulálásával töltöttem, a gyakorlatom elején sokat túlóráztam, hiszen a munkát el kellett végezni. Az inokulálás után a fertőzött növényeket a klímakamrába helyeztem 8 napig és naponta ellenőriztem, hogy megfelelően vannak-e locsolva (a sziklevelekre nem juthatott víz, hiszen lemoshatja az odajuttatott baktérium szuszpenziót).

Sajnos, nem egyszer fordult elő, hogy a klímakamra elromlott és a növényeket át kellett helyezni egy másikba, az eredmények értékelésénél nehézségnek számít, hogy a klímakamrák nem mindig voltak azonosak (pl. fénycsővel vagy leddel történő világítás).

Keddenként ugyancsak a steril box-ban kezdtem, a hétfőn folyékony SRM oldatba helyezett és 25°C tárolt baktériumok szépen megnőtték, vortex-elés után 10 ul-nyi cseppet helyeztem SRM agart tartalmazó Petri-csészébe, csészénként 3-at a takarékosság

miatt.

Megvártam amíg a cseppek megszilárdulnak és csak azután fordítottam meg a Petri-csészéket, hogy a kondenz víz ne a baktériumra folyjék, majd így tároltam egy hétig 20°C-on. Emiatt ugyancsak keddre jutott a már egy hétig tárolt SRM agaron növekvő baktériumok Geotrichum konídiumokkal történő permetezése.

Erre a célra egy kutyaszállítóhoz hasonlító műanyag dobozba helyeztem a nyitott Petri-csészét és rápermeteztem a desztillált vízbe

juttatott 108 db konídiumot tartalmazó szuszpenzióból. Az helyes koncentrációt spektrofotométerrel mértem be az oldat sűrűségének 0,12-0,18 közöttinek kellett lennie. A permetezés után a Petri-csészéket 2 napig ismét 25°C-on tároltam. Ez a munkafolyamat kevesebb időt vett igénybe, mint az agresszivitás teszt, így keddenként szántam több időt a kutatási napló vezetésére amit a gyakorlatom végén le kellett adnom az intézetnek, ebben a naplóban vezettem pontosan, hogy mely mintákkal, melyik nap, milyen vizsgálatot végeztem valamint az eredményeimet is feltűntettem.

Kedden délután a baktériumokkal foglalkozó kutatócsoport, melynek én is a része voltam gyűlést tartott, ahol mindenki elmondta (franciául) hogy mivel foglalkozott az elmúlt héten, beszámolt eredményeiről, illetve amennyiben segítségre volt szüksége itt lehetősége volt feltenni a kérdéseket, egy-egy ilyen összejövetel a mondanivalóktól függően 1-2 óráig tartott, én nagyon hasznosnak találtam. Egy ilyen összejövetelen lehetőségem volt a saját itthoni kutatási témámat is előadni kérésemre angol nyelven, amit érdeklődéssel hallgattak és kérdéseket, javaslatokat tettek. Ugyancsak keddi napon került sor az agresszivitás teszt kiértékelésére is, a növényeket már hétfőn kivettem a klímakamrából, hogy a frissen fertőzött növényeknek legyen hely és egy 0-tól 4-ig terjedő skálán értékeltem növényenként a tűneteket. Minden eredményt Excel táblázatban vezettem, később kinyomtattam és beragasztottam a kutatási naplómba.

Szerdánként a baktériumok jégmagképző képességét vizsgáltam, mely egy érdekes tulajdonsága a Pseudomonas syringae-nek, hogy jelenlétében olyan hőmérsékletem is megfagynak a szövetek, amelyen hiányában még nem tudnak. A vizsgálathoz mindig a vizsgálat napján készítettem el a 1000 ul TP1-hoz kevert baktérium szuszpenziót.

Spektofotométerrel bemértem a 0,06-0,12 közötti sűrűséget, ami 108 mennyiségű baktériumnak felel meg, ezt hígítottam egészen 106-ig és mintánként 3 csövet töltöttem meg 200 ul szuszpenzióval a méréseket automatikusan egy gép végezte, így volt időm előkészíteni a következő adagot, hiszen egyszerre csak 15 mintát tudtam vizsgálni, hogy maradjon hely a pozitív és negatív kontrollnak. Amikor már 60 mintával tudtam dolgozni egy héten a napi 4 INA (Ice Nuclear Activity) pont belefért egy munkanapba. Az eredmények aznap meg is voltak, Excel táblázatban kiértékeltem a kapott adatokat és a képpel összehasonlítva megállapítottam, hogy az egyes minták mely hőmérsékleten fagynak meg, ehhez a 3 ismétlés eredményeit átlagoltam. Képre szükség volt mert sokszor a program nem jelezte, hogy az adott minta megfagyott, ellenben a képen egyértelműen látszik és ilyen esetekben vissza tudtam követni, hogy hol történt a hiba és manuálisan korrigáltam.

Csütörtökönként az SRM-teszt kiértékelését végeztem. Vonalzóval lemértem a távolságot a baktérium és a gomba telepe között, az mért eredményeket Excel táblázatban vezettem.

Csütörtökönként több időm maradt a kutatási naplóm vezetésére, az eredményeket tartalmazó Excel táblázatok kinyomtatására és beragasztására.

A pénteki napokat az előkészületekre szántam, megnéztem van-e megfelelő mennyiségű táptalaj, desztillált víz, alkohol stb. előkészítve, hogy ezekkel a kutatás során ne kelljen foglalkoznom és így időt tudtam megtakarítani. Valamint amennyiben néhány eredmény nem volt egyértelmű ilyenkor végeztem el az ismétléseket.

Péntekenként készítettem elő a kutatásokhoz használt, desztillált vízet, folyékony SRM-et, TP1 oldatot tartalmazó Eppendorf csöveket, mindegyikből több százat hetente és 4°C-on hűtőszekrényben tartottam a felhasználásig. Mind a főnököm mind az ott dolgozók meg voltak elégedve az időbeosztásommal, ha esetleg a saját munkámmal hamarabb végeztem, felajánlottam segítségemet másoknak, amit szintén értékeltek. Így nem töltöttem fölösleges időt a munkahelyemen és

pozitívan értékelték a munkához való hozzáállásomat és lelkesedésemet.

Összességében, úgy érzem nagyon értékes tapasztalatra tettem szert, beleláttam egy vezető kutatóintézet munkájába. Nagyon pozitív élmény volt, ám nagy felelősséggel is járt, hogy kiadták az elvégzendő munkát, de szabad kezet kaptam, hogy hogyan osztom be a rendelkezésre álló időt. Hatalmas sikerélményt jelentett számomra, hogy túlteljesítettem a tőlem elvárt tervet. Ám a közös munka továbbra sem ért végét, az eredmények kiértékelésében és később esetleges publikálásában továbbra is aktívan részt veszek.